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GUCAAUUUUAAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUUAACGCUGGCGGCAUGCCUAAUACAUGCAAAUCGAACGAAGCCUUUUAGGCUUAGUGGUGAACGGGUGAGUAACACGUAUCCAAUCUACCCUUAAGUUGGGGAUAACUAGUCGAAAGAUUAGCUAAUACCGAAUAAUAACAUCAAUAUCGCAUGAGAAGAUGUAGAAAGUCGCUCUUUGUGGCGACGCUUUUGGAUGAGGGUGCGACGUAUCAGAUAGUUGGUGAGGUAAUGGCUCACCAAGUCAAUGACGCGUAGCUGUACUGAGAGGUAGAACAGCCACAAUGGGACUGAGACACGGCCCAUACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUUUUUCACAAUGGGCGCAAGCCUUAUGAAGCAAUGCCGCGUGAACGAUGAAGGUCUUAUAGAUUGUAAAGUUCUUUUAUAUGGGAAGAAACGCUAAAAUAGGAAAUGAUUUUAGUUUGACUGUACCAUUUGAAUAAGUAUCGGCUAACUAUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAUAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAUUUACUGGGCGUAAAACGAGCGCAGGCGGGUUUGUAAGUUUGGUAUUAAAUCUAGAUGCUUAACGUCUAGCUGUAUCAAAAACUGUAAACCUAGAGUGUAGUAGGGAGUUGGGGAACUCCAUGUGGAGCGGUAAAAUGCGUAGAUAUAUGGAAGAACACCGGUGGCGAAGGCGCCAACUUGGACUAUCACUGACGCUUAGGCUCGAAAGUGUGGGGAGCAAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCACACCGUAAACGAUCAUCAUUAAAUGUCGGCCCGAAUGGGUCGGUGUUGUAGCUAACGCAUUAAAUGAUGUGCCUGGGUAGUACAUUCGCAAGAAUGAAACUCAAACGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGUGGUGGAGCAUGUUGCUUAAUUUGACAAUACACGUAGAACCUUACCUAGGUUUGACAUCUAUUGCGAUGCUAUAGAAAUAUAGUUGAGGUUAACAAUAUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUUUCGUUAGUUACUUUUCUAGCGAUACUGCUACCGCAAGGUAGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUAUCUAGGGCUGCAAACGUGCUACAAUGGCUAAUACAAACUGCUGCAAAAUCGUAAGAUGAAGCGAAACAGAAAAAGUUAGUCUCAGUUCGGAUAGAGGGCUGCAAUUCGUCCUCUUGAAGUUGGAAUCACUAGUAAUCGCGAAUCAGACAUGUCGCGGUGAAUACGUUCUCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCAAACUAUGGGAGCUGGUAAUAUCUAAAACCGCAAAGCUAACCUUUUGGAGGCAUGCGUCUAGGGUAGGAUCGGUGACUGGAGUUAAGUCGUAACAAGGUAUCCCUACGAGAACGUGGGGAUGGAUCACCUCCUUUCUUCGGAGUAAAUUUUUAAUUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((..(((.((((((((((((...))))))))).)))....((((((((.......((..........(((((.....))))).((((((((((.((((......(((((((......((((......))))....((((((....))))))......(((((.....(((((....((....))...))))).....((((((......))))))...)))))....)))))))..(..(((...(.((((((((.......)))))))).)...)))..)...((((((((....)))...)))))..((((.((((((((((...((.....((((....))))...(((((((.(((((((..(((((.(((....))).(((((..(.......((....))......)..))))).))))))))))))..(((.((((..((....((((((((........))))))))....))...)))).)))....((((..((((....(((((..(..(((.((((((......((((((....).)))))....)))))))))......)..)))))((((.(((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))).........((((((.....((((((..(((((....((((((((..(((........)))...))))))))....).)))).((((...((((((.((((..((((((((...((((((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((..((((((....))))))..)))...((....))....))))))).))))))))....(((((....)))))...............((.(((....)))))..))))))))..(((((((.(((((((..(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....))))))..)))))))))))))).)))))))))).((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))))).))))))..))))))).))))....))))..))))...)))))))...(((....)))...))..(((.......))).))))))))))....(((((((........)))))))....))))...)))).....(((((((..((....))))))))).....)))))..((((....(((.((...(((((......)))))...)))))..))))...)))))...))...((....)))))))))).(((..((.((((..(((((.....((((.....))))....((((((((((....))))))))))..)))))))))..))..))).....)))..)))).)) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((((((.......................((((((...))))))......................(((((((........................((((((....))))))............................................................................))))))).............................................................................(((((............)))))......................................((((....)))).........)))))))........................................((((........((((((((........)))))))).........))))........(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...))))))))).............(((((((.....((((((((...................)))))))).....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((.................((((((....))))))..........................................................((((......))))..................(((((((........))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((...............(((....))).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))..................................................................................................................((((((((((....))))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((.........)))).((((..(((((.((((((.((..................((.((((((...)))))).))...................(((((((..((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((((((..((((....)))).))))))......................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((.....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..(((((((((....((((((((.....)))))))).)))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..........(((((.((((((....((((((..((((((((.......(((........))).........(((((((.......((((((...(((((((....)))))))........))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((........)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))...................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((.((((((((...)))))))))).......(((((.......))))).......((.((((((...)))))).))................................((((.......(....(.((((((....)))))).)....).........(((((...............))))).....((((((......))))))...........)))).((.((((.((((((..((((((((.......)))))))))))..))).)))).))......((((((..((((((((......((((((((((..........((((....))))((((((((.........((((....((((....))))..))))..........................................(((.....((((..((....((((((((.(....).))))))))....))...))))................................(((.((((((......(((((.......)))))....)))))))))(.........)......((((((((.((((((((((...(.(((((((.....))))))).))))))..)))))))))))))............((((((....))))))(((.......................)))...))).......(((((....)))))................................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....))))))))((........))..))).))))))).............(((((....)))))...........................................................(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....)))))).................................(.(((((((((((.............(((......)))...)))))).....(....(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).......)..))))).)........................................................))))))))....((((........))))..............))))))))))........)))))...)))..))))))...................(((((((..((....)))))))))............(((..............))).................................(........................)................((((((.......)))).........((((((((((....))))))))))....)).(((.......)))((((((.....)))))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(..(((((((((((...(((((....((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((.....))))).)))))......(((.......(((((((..((...((..(((((.((.....((((((....))))))......)).)......(((((...............))))).....(((((........)))))))))..))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)......((((....((((....))))..)))).)).))))))..((((......(((((...))))).....))))......((((...(....((((((((.(....).))))))))....)....))))........(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......)))))....))))..((....)).(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((.......((((((((....(((((((...(((......)))......)))))))......))....((....))..)))))).......))))....(((((((......((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....))))))((..........))))))).))))))).))))))).....(((((....)))))...............(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((.......(......).............(((((((......(((((((....((((((....)))))).........))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((........)))))))..((.(((((....))))).))..))..)).....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((..(((((.....((((..(((..((....)).))).))))....)))))..))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....))))))))).......((((.......))))....)))))))..).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((.((((((((...))))))))))((())).(((((.......))))).......((.((((((...)))))).)).....(.((((...........)))).....((((((....(((...((.((((((....)))))).))...))).......(((((....((....))...))))).....((((((......))))))..........))))))((.((((.((((((..((((((((.......)))))))))))..))).)))).))....((((((((..((((((((.(.((.((((((((((..(((.....((((....))))((((((((.((..((.(((((....((((....))))..)))))..)).))....((((......((((.....)))).....)))).((((.((((..((....((((((((.(....).))))))))....))...)))).)))).........((.........(((.((.(((.((((((......((((((....).)))))....)))))))))((.......)))).(((((((((((.((((((((((...(.(((((((.....))))))).))))))..)))))))))))))..((((((((..((((((....))))))(((((..(((........)))...)))))...........(((((((....))))).))...)))).))))...)))(((((.(....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).......)..(((((((.(((((((((((....)))))))(((((....))))))))).))))))).)))))(...((.(((((....)))))..)))..............((....))((....))....((((.....)))).(.....(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....)))))).....)................)))(((((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......))))))))))))....(((((((((((((........)))))))..((.(((((....))))).))))...)))).))))).)).))))...)))((((.......))))...................))........))))))))....((((........))))..........))).))))))))))..)).)..)))))...)))..)))))))..)...............(((((((..((....)))))))))...........(((((...(....)...))))))...............(((...((((.....((((..(((..((....)).))).))))....))))...)))(((((((.......)))).........((((((((((....))))))))))....)))(((.......)))((((((.....)))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.............(((...))).........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((((.(((((....))))))))))........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((.....)))).)...)))).....(((((...(.....(....................).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....)))))).(....)..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((......((((..(((..((....)).))).)))).....))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))..................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(.(.....).)...)))))................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((((((.(((....))))))))))........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((.....)))).)...)))).....(((((...(.....((((((..........)))))).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((.((....(((((....)))))..........))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((........)))))))..((.(((((....))))).))......)))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))..................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..............[[[[[[[)))..]]]]]]].....(((.[[[[)))......]]]].....(((..[[[[[)))..]]]]].(((......[[[[[.....)))..........]]]]].....((((......((((((....))))))......)))).......(((..[[[[[..)))....]]]]].....(((((...[[[[[[[...((((((....))))))))))).......((((((((((((.......))))))..(((...)))....))))))(((....)))......]]]]]]]..((((((((((....(((...((((....))))...[[[...)))....(((((....((((....))))..)))))...]]].....((((......(((((...))))).....)))).((((.((((........((((((((........)))))))).........)))).))))..(((...[[[..)))....]]]....(((.((((((......(((((...[[[[)))))....))))))))).........]]]](((((((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...))))))))...((((((((..((((((....)))))).......(((......)))...................(((.(((((....)))))...))))))).))))..)))))..((((....[[[[[[[))))...((((.........))))....]]]]]]].....((((.[[[[[[[.....(((((((....)))))))..))))...(((....)))]]]]]]](((.[[[[[.)))(((((....)))))..]]]]].......(((........[[[[.)))...]]]]..(((((((.(((((((..(((((......((((((.....))))))......)))))....((((((....))))))..))))))))))))))....(((((((((((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((((((((((........))))).......(((((....)))))..))))..)))).)))))...))))))..(((((((.......))))..)))...)))))))...............(((.(((...(((....)))...)))...))).........))))))))))....(((((((........)))))))...(((.[[[[[.))).((((((((((..........)))))))...)))]]]]]......(((.....[[[[[[[[[)))...]]]]]...]]]]....(((((((.[[[[.........)))))))....]]]](((((((.((((..(((((.....((((.....))))....((((((((((....))))))))))..))))))))).)))).)))(((((((...))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((...)))))))).........((((((((...................((((((...))))))....................................((........)).....((((((....)))))).................((((...............))))......(((((........)))))...................((((.(((.....((((((((.......)))))))).....))).)))).((((((((....))))...)))).......((((((((((..........((((....))))((((((((.........((((....((((....))))..))))..................................................((((..((....((((((((........))))))))....))...)))).................................((.((((((......(((((.......)))))....)))))))).......(((((...(((((((((((.((((((((((.....((((((.......))))))..))))))))..)))))))))...((((((((....((((.......((((((((..((........)).....))))))))...........((((....))))))))...)))).))))..))))...)))))...((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).............(((((....)))))...........................................................(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....))))))............................((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((........))))))).....(((((....)))))........)))).))))).))).)))..................................................))))))))...(((....))).....................))))))))))....(((((((........)))))))....................(((((((..((....)))))))))...................................................................................))))))))..................((((.......)))).........((((((((((....))))))))))............((....))((((((.....)))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(...((((((...((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(.........(((....)))........)...((..............)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....))))..((.(((((...(................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..(...)((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...))))))).(....)...(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((.....(((......)).....)......(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).((((((((((..........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((....)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))....)((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))......................... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((((.((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))..............(((....)))............((..............)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((........)))).).(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....(((((.((...(((....)))...)))...))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))......................... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(...((((((....(.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(.........(((....)))........)...((..............)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((.(((((...(................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).).....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))((....))..(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((......))..))........(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))....(((...(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))....)((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))......................... |
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PPfold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(...((((((....(.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(.........(((....)))........)...((..............)).)))))))..))))))))).(((((..((...((((((((.......)))))))).))....)))))..(((((((......))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....))))..((.(((((.(((................................).)).)))))....)).(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).))))))))))..........((((......((((....((((((((((.(((((((((.......((((((.....))))))....)))))))..)))))))))...((((((((....(((((((....(((((((...((........))......)))))))....).((...))(....)..))))))...))))).)))..)))....))))....((((((........((((....(...))))).....))))))..........(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....))))))))))).)(...(...((((....))))....))...).)))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((......((......))............(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((..(((......))).))))))))....(((...(((((((........))))))).....(((((....)))))........)))))))))....)).)..)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....((((...(((((((.(.....))))))))......)))))))))).)...((((((..........)))))))...........))))))..(....)....)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((....)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))....)((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))......................... |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(((((.(((((((((...))))))))).....((((((((.((...................(((((.....))))).(((((..((.(((((......(((((((......((((......))))....((((((....))))))......(((((.....(((((....((....))...))))).....((((((......))))))...)))))....)))))))(((..(((.....((((((((.......)))))))).....)))..))).((((((((....)))...)))))..((((.((((((((((...((.....((((....))))((((((((..((((((((..(((((.(((....))).(((((.((.......((....))......)).))))).)))))))))))))((((.((((..((....((((((((........))))))))....))...)))).))))...((((..((((....(((((.....(((.((((((......((((((....)).))))....))))))))).........)))))((((.(((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))).........((((((.....((((((..((((.....((((((((..(((......))).....))))))))......)))).((((...(((((.(((((..((((((((...((((((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..(((((((....)))))))..))...((....))....))))))).))))))))....(((((....)))))...............((.(((....)))))..))))))))..(((((((.(((((((..(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....))))))..)))))))))))))).)))))))))).((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).))).)))...)))))))))).))))))..))))))).))))....))))..))))..))))))))...(((....)))...))..(((.......))).))))))))))....(((((((........)))))))....))))...))))).)).))))).....)).))))))))(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((..(((((.....((((..(((..((....)).))).))))....)))))..))))))..))..))))....))))......((((((((((....))))))))))..)))))....)))))..))))............... |
|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((...((((((((...))))))))...((((..((((((((..............(((((((((((...))))))..(((((((((...........))).((((((.((((((((.(((....(((.((((((....)))))).)).)....)))....(((((...............))))).(((.((((((......))))))..)))....))))))))..((((.((((((..((((((((.(....))))))))))))..))).)))).(((((.(((.....))).)))))....(((((.((([[[[.)))))))).((((....))))((((((((.....((((((((....((((....))))..))))).))).......((((......(((((...))))).....)))).((((.((((.....((.(((((((((.....).)))))))))).......)))).))))...((((.(((((.(((((((((.((....)))))...))))))((((...((((((((((((((((((.(((((...((((...(((((((((((((.((((((((((.(...(((((((.....))))))).))))))))..))))))))))).(((((.(((.((.((((.(((...((((((((..(((........)))...))))))))..........(((((....))))).))).)))).)))))..)))))..........(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((.((((((....)))))).(((((....))))))))).))))))).)))))...(((.(((((....)))))..)))...((((..(((((((.((((.(((((..........(((((((.((((((((.(((((......((((((.....))))))......)))))))..((((((....))))))...))))))))))))).....).))))..)))).))))))).)))).))))...))))).))).))))))(((.....)))...(((((((((((((........)))))))..((.(((((....))))))).)))).))))))))))).....))))..(((.((.(....)))))).(((....))).....))))).))))..))))))))....((((........))))(((.......))).]]]]..........(((((((........)))))))....)))))).))))))...(((((((..........))))))).....))))).(((((............)))))..(((.......(((((((..........)))....)))).....)))..))))))))..))))...((((..(((((.....((((.....))))....((((((((((....))))))))))..))))))))).))))....(((((((...))))))) |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((...))))...)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))................(((....)))...............................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))...)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))............((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....)))))).........))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((......((((..(((...........))).)))).....))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))........................... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((((((...))))))..))))......(((.......((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).............((((....))))..............................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((....((((....))))..))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))............((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....(((...((...))...))).....(((((((........(((((....((((((....)))))).........)))))....(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))........................... |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(((((..((((((((...))))))))((.((((..((((((((.......((..........(((((.....))))).((((((((((.((((......(((((((......((((......))))....((((((....))))))......(((((.....(((((....((....))...))))).....((((((......))))))...)))))....)))))))(((..(((...(.((((((((.......)))))))).)...)))..))).((((((((....)))...)))))..((((.((((((((((...((.....((((....))))((((((((..((((((((..(((((.(((....))).(((((..(.......((....))......)..))))).)))))))))))))((((.((((..((..(.((((((((........)))))))).)..))...)))).))))...((((..((((....(((((..(..(((.((((((......((((((....).)))))....)))))))))......)..)))))((((.(((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))).........((((((.....((((((..(((((....((((((((..(((........)))...))))))))....).)))).((((...((((((.((((..((((((((...((((((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((..((((((....))))))..)))...((....))....))))))).))))))))....(((((....)))))...............((.(((....)))))..))))))))..(((((((.(((((((..(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....))))))..)))))))))))))).)))))))))).((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))))).))))))..))))))).))))....))))..))))..))))))))...(((....)))...))..(((.......))).))))))))))....(((((((........)))))))....))))...)))).....(((((((..((....))))))))).....)))))..((((....(((.((.(.(((((......))))).).)))))..))))...)))))...))...((....))))))))))..)))).)).(((..(((((.....((((.....))))....((((((((((....))))))))))..)))))))).)))))..))))............... |
|
RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................(......((((...(((..(((..((....(..(..(.............)..)...((.(..(.(.....((.(..(((.............((((.....)))).....)))...)..))....).).(...((.(((...(((((((.......))))))).)))...))...)(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))).)......)...)...............(((((.....(((....)))...))))).....))....((((.((((...(......).))))...)))).((((.((((...(.(...........................).....).)))).))))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))................))).((.....((((...(((((((((((.(...(.((((.....(((((((.....)))))))..))))...)...))))))))...((((((((...(((((((((...((((((((..(((......))).....))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((........)))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...).))...(((((((((((((....((((((..(((((((.(.(...(.((........)).).).)..(.(((((((......(...(((.(...(..((....))..)..........)..)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((........))))))).(((.(((((....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((.....((..((....)).))....)).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))......)........................... |
|
RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................(.......(.((.((((....((((((...((...((..(((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).)......((((.....((....))....)))).....((..............)).)))..))..)).)))))).(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...................(((((.....(((....)))...)))))...........((((.((((...(......).))))...)))).((...((((......((..............................)).))))......))(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........................((.....((((...(((((((((((...((((((((......((((((.....))))))...))))))))....)))))))...((((((((...(((((((((...((((((((..(((......))).....))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((........)))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...).))...(((((((((((((....(((((((.(((((((.(.((....((........))..)).)..(.(((((((......((.((((....((((((....)))))).........))))..)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((........))))))).(((.(((((....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((((....(..((....))..)..)))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........)........................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..((((...((((((((...))))))))((.(((((.((((((((...................((((((...))))))...................................((((..............((((((....))))))......((((......(((((...............))))).....((((((......))))))....))))...))))....(((..(((...(.((((((((.......)))))))).)...)))..))).........((((((..((((((((....(.((((((((((..........((((....))))((((((((..((((((((..(((((((((....))))(((((..(.......((....))......)..))))).))))))))))))).(((.((((..((..(.((((((((........)))))))).)..))...)))).)))....((((..((((.....((((.....(((.((((((......((((.(....)..))))....))))))))).........)))).((((.((((((...((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))).........((((((.......................(((((((...................)))))))............(((....(((((..((((..((((((((...((....))......(((((((.........(((................)))..............(((((((.((..(((((((....)))))))..))...((....))....))))))).....((((....(((((....)))))..))))..................))))))).))))))))..(((((((.((((((...(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....))))))...))))))))))))).)))).))))).(((.((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....((((..(((((((........)))))))..(..(((((....)))))..).....)))).))))).))..)))....))).......))))))...)))))).))))....))))..))))..))))))))...(((....))).....................)))))))))).)......)))))...)))..))))))...................(((((((..(......))))))))...........................................................................(......)))))))))).)))).))((((..(((((.....((((.....))))....((((((((((....))))))))))..))))))))).))))..))))............... |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(((((.(((((((((...))))))))).....((((((((.((...................(((((.....))))).(((((..((..((((......(((((((......((((......))))....((((((....))))))......(((((.....(((((....((....))...))))).....((((((......))))))...)))))....)))))))(((..(((.....((((((((.......)))))))).....)))..))).((((((((....)))...)))))..((((.((((((((((...((.....((((....))))((((((((..((((((((..(((((.(((....))).(((((..(.......((....))......)..))))).)))))))))))))((((.((((..((....((((((((........))))))))....))...)))).))))...((((..((((.......((((...(((.((((((......((((((....).)))))....)))))))))......(((((..(((((((((((....((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))).....))))))...((((((((...(((((((.....((((((((..(((........)))...))))))))............((....)).)))))))..)))).))))..)))))..)))))...(((((((.........((((((..........))))))...((((...((..(((((((.(((..((((((....))))))..)))...((....))....)))))))....(((((....(((((....)))))..)))))..))......))))...)))))))...))))..((((((((((.....(((.(((((...((..(((((.....)))))..))...)))))))).((..((((.((((.((((....)))).))))...(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((........)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).))....))))))))))))...))))..)).)).))))))))....))))..))))..))))))))...(((....)))...))..(((.......))).))))))))))....(((((((........)))))))....))))...))))..)).))))).....)).))))))))(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((..(((((.....((((..(((..((....)).))).))))....)))))..))))))..))..))))....))))......((((((((((....))))))))))..)))))....)))))..))))............... |
