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UUGAAAUGGAGAGGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGAUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAAUAUUAAGUUUUCUUAAAUUUGUAGAAAUUUAAUAUUAGUGGCGAACGGGUGAGUAACGCGUAAGAAUCUGCUUUUGGGUAAAGAAUAACAAUUGGAAACGAUUGCUAAUACUUUAUAGGCUGAGGAGUUAAAGGUUUUAUUUCCGCCCAGAAAUGAGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUAAGAUAAAAGCUUACCAAGGCAAUGAUCAGUAGUUGGUCUGAGAGGAUGAUCAACCACACUGGGACUGAGAUACGGCCCAGACCUUUACGGAGGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUAUCGCGUGAAGGAUGACGGCCUGUGGGUUGUAAACUUCUUUUCUUAAGAAAGAAUUCUGACGGUACUUAAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGAAAUUAUUGGGCGUAAAGAGUUUGUAGGUGGUUUUUUAAGUCUACUGUUAAAUAUCAGAGCUUAACUUUGAACAAGCAGUAUGAAACUAAUUAACUUGAGUUUGGUAGAGGCAGAGGGAACUCUCGAUGUAGUGGUGAAAUACGUAGAUAUCGGGGGGAACACCAGUAGCGAAAGCGCUCUGCUGGGCCAUAACUGACACUGAGAAACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGGAUACUAAGUAUUGGGCUUUUUGAAGUUCAGUGUUGAAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGUUCGCAAGAAUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGAAUUGACAUACUCGUUGGUUUUUUAGAAAUAAAAAACUGUUAAAGAGAUACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCUUUAGUUGUUAUCUAGAGAGACUGCCGGUGAUAAACCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUAAGUCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGGUAUAGACAAAGGGAAGCAAAUCUGCGAAGAGUAGCAAAUCUCAAAAACUAUAUCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCCAUACAGCGGUGAAUAUGUUCUCGGGCCUUGUACACACCGCCCAUCACGCUCGAGAAAUUGGAAAUACCCAAAGUCAUCAUUCUAACCAUAUUUUUUGGAAGAUAAUGCCAAAGGUAGAGCUAGUGACUCAAGCGAAGUUGUAACAAGGUAACCGUACUGGAAGGUGCGGUUGGAUCACCUCCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(....((.(((((..(((((.((((((((((....(((((((((.(((((....(((((...(((.((.(((((((((((((..((....))..))))))))))))).))..)))..((((((((.....((.(((((((..(((((((.((((((...((((((....))))))...(((.(((((((((((..........(((..((((((.((((((..............((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....))))).).))))))..)))....((((((((((..((.....((.(((....))).))..((((....))))......))....)).))))))))....))))))))))).)))....)))))).))))))).)).))))).)).((((....(((.(.(((....))).).)))))))..(((((((((((....((((.((((....)))).))))......(..((((......((((.(.(((((((..(((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))...)))..)))...((((((((...(((((((....((((((((((..((........))...))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((...((((((((((....)))))))))).....((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....(((((((.......((((....))))...(((((((((((...((((........))))........((((((.((((....(((..((((((((((....)))))))))).....))).....((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....(((..(((((....(((.((....)))))..(((((.....)))))..)))))..)))..)))).).)))))))))..)).)))).))))))..))).)))))))).....(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....))))))))))))))..))))).)))))).)))))))))))))))).))..))))))))).))).)))...))))..(((((...............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((...((((....((.(((.((((((.........))))))))).))......))))...)))))..))).))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))))))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..(((..((.(((((((((((((............))))))))))))).)))))....((((.(((...(((((((..((...((((((((...((((((.((((...(((..(((((...........)))....)))))...))))))))))..))))))))..)).)))))))...))).(((..((((((((.......))))))))))).....((((((((((((.(((........))))))).)))...)))))......))))...((((....))))...)))))).(((....)))....(((((....)))))...))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))..(((..((((((((.....((((...(((((((.....(((..((((((.....((((((.....))))))...)))))).....)))....)))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))...(((((((...((...((((.........))))...))))))))).....((..(((((((......(((((((....)))))))((((((....))))))....)))))))))..((((((((..((((....))))...))))...((...(((((.(((((((.(((((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...((((((.........(((..((((((((((....)))))))))).....))).((.(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))...(((....(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).))..)))...))))))....)))))))..))))))))..)))))).......))))))).....(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........))))))).....)))...)))))))))).))..)).))))..))))))))...))).....((((....((..((.((((((.........))))))))....))....))))))))))).)).)))))).............((((((((((((....)))))))))..)))..))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((...........((.................((((((....)))))).......))...................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))..................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((...(((((((....)))))))......))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.........)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.((.........)))).((((.((((((.((((((.......(((...........((................(((((((....)))))))......))..................((((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).................))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((..(..........)...))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((...(((((((....)))))))......))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.........)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((..((((((.....)........(((((((((..........((......(((.((.(((((((((((.(((.........)))))))))))))).))..)))............................(((((((((((.(...((((((....))))))....).)))))..............................)))))).............((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........))))))).......(((((((((((.........((((((((....................(((((...(((((....))))).)))))........))))))))...((((((....))))))......((...........)).............((((((((((...((((.((.(((((..........(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..)))))))))).....))))).)).))))))))))))))..(((((((.....((((((.....))))))...)))))))..................((.((((...((((((.....((((((((((.................))))))))))...........(((....)))))))))..))))..)).(((((((((...((((.(((((((...................)))))))(((((...((.................))....))))).))))...)))))))))..............................((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))...........((((..((((........))))))))....((((((.........(((..((((((((((....)))))))))).....))).........((((.((((((.(((((((((((..(....).(((.(((......)))))))))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))))))))..........)))))).......................(((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))))))))))....(((((((........)))))))))........))))))))).(((((((..........))))))).......(((((((((.....................))))))))).........(((..........................((((.........)))).)))..................................(((((((((....))))))))))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((......)).(.....((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((((((............))))))))))))).)))))......(((......(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......))))..................((........))))))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))....).....(((.....(.((((.(.(((.(((..((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..))))..)))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........((((((.........(((...(((((((((....)))))))))......))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...)))))))).....))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((.(..(((.(((..(((((...((((....(.(.....(((..(((.......))).)))....).)...))))...)))))..))).)))...).))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((..(((((((...))).......(((((((((..........((......(((.((.(((((((((((.(((.........)))))))))))))).))..))).............(((((((...(...((((((((((((.(((.((((((....)))))).).)).)))))...((......)).................)))))))..)..)))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........))))))).......(((((((((((.........((((((((...........(((......(((((...(((((....))))).))))).....)))))))))))...((((((....))))))....((((((.((()))))))))..........(((((((((((...((((.((.(((((...((.....(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))))))))...))))).)).))))))))))))))).(((((((.....((((((.....))))))...))))))).................((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....(((....)))))))))..)))).))))(((((((((...((((((((((((...(.((.....)).)...)))))))(((((..(((((...........))..)))...))))))))))...))))))))).......((())).......(((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))))...((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...((((((.(.......(((..((((((((((....)))))))))).....)))....(((.(((((.((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....((((((((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).))....))))).))))).).)))))))))..))))..).)))))).......))))))).........(((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....))))))))))))))....(((((((........)))))))))........))))))))).(((((((..........))))))).......(((((((((.....................)))))))))(((((...((((.........................(((((.........)))))))))...)))))........................((((((((((....))))))))))))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.(((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..................((((.(...........)))))..............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...((((....))))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(..(..)..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((......((((((....)))))).........)).))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.........)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((.(................).))))))))).)))))................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(.((....))..)...............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((.(...(((((((....))))))).......)))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((.......))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((..((((((...............(((((((((..........(((............((((((((((((.((.........))))))))))))))..............(((((((..((............((((((((((.....((((((....))))))......)))))............................dd)))))......((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....)))...)))))....(((((aaaaa.......))))).............................(((((...(((((....))))).)))))...........((((....((((((....))))))...))))....((((((.................)))))).................(((((..((.........)).....))))).))))))))...................DD.........................................................................................((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))).....(((((((((...((((((((((((...................))))))...ccc...)).......................CCCee.)))).EE)))))))))...{{..))}})))......(((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))))((.((((....))))....<<<<<<((((...((((........)))).))))...<<<<<<.........(((..((((((((((....)))))))))).....))).....<<..((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.......))))))).....(((((.....))))).......))))).))))).)).)))))))).))>>.....>>>>>>.......>>>>>>......(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))AAAAA.......bbbbbb....))))BBBBBB)))........))))))))).(((((((..........)))))))................................................(((...[[[))).......................(((((.........))))).]]].................................(((((((((....))))))))))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(..((((((((...))...............(((((.......))))).......((..((((.(((((((............))))))).))).).)).....(((((((.(.....((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))....(((....)))....(((....)..)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...)))..((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))..........(((...(((((....))))).))).............((((....((((((....))))))...))))..((((((((..(((..))).......))))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..................................(.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))).)))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)..(....).(((((.......((((.........))))....)))))..(((...((((.((((((.(((((((((((......)))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))))))..((((.((....))..((.((((...(((((..((((...(...))))))))))...(((......(...(((((((...(((((((....)))))))......))))).)))))))))).)).)))).(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))))).................................................(((((((...(.(((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..................((....))))))))))...(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((.......))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(.(((((..(((((.(...).........(((((((((.(((.........)))...(((((.(((((((((((.(((.........)))))))))))))).(((((....(((((..((((((((..(..((((((((((.((((((.....((((((....))))))......)))))).((((....(((((..(((((((.................(((.....((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((((((((..((....((.(((...(((.(((.....)))))).))).))...))....)).))))))))...((((((....))))))....(((((((.....)))))))....((((((.((((((((((...((((.((..((((..(((.....(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..)))))))))))))..))))..)).))))))))))))))...)))))).....((((((.....))))))...)))....)))))))...)))))..))))...)))))))))).....((((((((((....(((...)))....)))))))))).....(((((((((....))))..))))).........(((((((((.......((((((((..((...((((.........))))))..))))))))..........(((((...)))))...((......)))))))))))....)..))))))))..)))))((((((((((((.(((((....)))))..))))............((((((((((....)))).(..((((.(((......)))))))..)........(((((((.............(((...(((((((((....)))))))))......)))...((((.(((((.((((((....)))).))..........(((.(((......))))))......)).)))))))(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).))..))))))).((((.....))))....)))))).....))))))))........)))))...(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))...)))))...(((((((........)))))))..........))))))))).(((((((..........)))))))..............((..((..(....(((...((((((((..((..((((......))))..)).....(((....(.......)))).......(((...))).))))..)))).....))).....)...))..))(((((((((....))))))))))))))))))))... |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.(.((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(.............((.((((....)))).))...)..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).....((........)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)))(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..)).(((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))......))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.........)).))))))))))...))))).))))))..))).))))....)..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(.............(((((((....)))))))...)..)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....((....)).....((........)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))......))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))......(((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..(((..((.........)).))).))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(.............((.((((....)))).))...)..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......))(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))......))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...((((((.((...(((....)))...)))...)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.........)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(.............(((((((....)))))))...)..)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....((....)).....((........)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....)))))).))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))(...)...(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))......))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((.(((((....((((((..(((..((.........)).))).))))))...))))).))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(((((..(((((.((((((((((....(((((((((.(((((....(((((...(((.((.(((((((((((((..((....))..))))))))))))).))..)))..((((((((...(((((((..((...((((((((...((((((((((((....)))))).((((.(((((.....))))).))))......))))))..))))))))..)).))))))).....(((((..((((((((.......)))))))).(((((...((((.(((((((.........)))))))...))))(((((((((((..((((((..(((...((.(((((((.((((((....(((((....((((....))))..))))).....((((((((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..((....)).......)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((...(((((((..(((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))...)))..)))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((..(((((((...(((((..(((....)))..))))).....((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).))))))....)))))).......((((...(((..((((((((((....)))))))))).....)))..............((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))))).))))....)))))))))).)))))).))))))).)))..))))))........((((((..((.......)).......(((....))).....))))))..............)))))))))))..))))).)))))..)))))))))))))))).))..))))))))).))).)))...)))).((((((...............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((...((((....((.(((.((((((.........))))))))).))......))))...)))))..))).))))..)))))).......(((((((((....))))))))))))))))))))).. |
|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(((((..(((((...............(((((((((.(((.........))).........(((((((((((.(((((....)).)))))))))))))).(((((...........((((((((.....((((((((((.((((((.(((.((((((....)))))).)).).)))))).((((...(((((((.((((((((.................((((...((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((((((((...........(((...(((............))).)))............)).)))))))).(.((((((....)))))))...(((((((.....)))))))...[[[[[[[[[[[[[[[[[[...[[[[....[[[[[..[[[.....[[[.[[[[[[[.[[[[..[[[))))]]]..]]]]..]]]]]]]]]]]]]..]]]]]....]]]]]]]]]]]]]]]..]]]]]]]....((((((.....)))))).........))))))))..))))))).))))...)))))))))).....((((((((((..(.(((...))))...)))))))))).....(((((((((....))))..))))).........(((((((((...(((.((((((((.......((((.........))))....)))))))).........{{{{{{{..........{{{.)))}}}))))))))).......))))))))}}}}}}}((((((((((((.(((((....)))))..))))............((((((((((....))))....((((.((((...).)))))))...........(((((((.............(((..((((((((((....)))))))))).....)))...((((.((((((((((((....)))).))))........(((.(((......)))))).......).)))))))(((((((.......))))))).....(((((.....))))).....))))))).((((.....))))....)))))).....))))))))........)))))...(((((((.....((((......(((....)))........)))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))))).(((((((..........))))))).......(((((...<<<<<<<<<<..<<<...<<<<<<<<))))).((((......)))).....((.((....(((.......)))))))...((((...))))>>>>..>>>>.....>>>..>.>>>.>>>>>>.(((((((((....))))))))))))))))))))).) |
|
RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((...((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((...........................(((((....)))))...........((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))((.....(..((((......((((...(((((((((((.((....(((((.....((((((.....))))))...))))).......)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....)))))).......))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))))))))...)))).((.(.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((................))).)))).)...))))..))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))))))))........ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((..........................((((((....))))))..........((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))..................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...(((((((....)))))))......))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(..........)..))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(((((..(((((.((((((((((....(((((((((.(((((....(((((...(((.((.(((((((((((((..((....))..))))))))))))).))..)))..((((((((...(((((((..((...((((((((...((((((((((((....)))))).((((.(((((.....))))).))))......))))))..))))))))..)).))))))).....(((((..((((((((.......)))))))).(((((...((((.(((((((.........)))))))...))))(((((((((((..((((((..(((...((.(((((((.((((((....(((((...(((((....))))).))))).....((((((((((....((((((....))))))...)))).((((((((((..(........)..).)))))))))...(((((((..(((..((((((....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((.(.(((((((..(((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))...)))..)))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((..(((((((...((((((((((....)))))))))).....((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))...))))......))))).).)))))..)))....))))))).))))))....)))))).......((((...(((..((((((((((....)))))))))).....)))..............((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))))).)))).)..)))))))))).)))))).))))))).)))..))))))........((((((..((.......)).......(((....))).....))))))..............)))))))))))..))))).)))))..)))))))))))))))).))..))))))))).))).)))...)))).((((((...............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((...((((....((.(((.((((((.........))))))))).))......))))...)))))..))).))))..)))))).......(((((((((....))))))))))))))))))))).. |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................(.(....(.(..(.(((((.....(.(.....(....)....................(.(..(.(....(.(......((.(.....)...))..........................).).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...).....)....)...)....((((((....(((....))).).)))))...........((((.((((...((...)).))))...)))).(((..((((...(.(...).....).)))).).))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))...))))...)..........).)((.....(((....(((((((..((.(.((...((((.....((((((.....))))))...))))....))...)))..)))...(((.((((...((.(((.((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....))..))).))..))))..)))..))))...).))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((..((.....)).))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((.(((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((((((.......((..(.........(((....)))..............).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((.......))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))....))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............))).)))((((......(((((...((((......(((.....(...(..........)...)..))).....))))...)))))......))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.((...(((.(((..((((....(....(.((.....................)).)..)...))))(...(((...((....((((((..((...(((.((..((((.(...((((((....)))))).)....))))......(...).......(.........)..)).)).)..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.(((((((.........)))))))...)(((((.(((.....)))))))))).))).).....)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...)))).((..(((((.................))))).....))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((..((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))...)))..)))...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((......)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((.(((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((((((.......(((((.(....((((((....)))))).......).))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((.......))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))....))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............))).)))((((......(((((...((((....(.(((...((...............)).....))).)...))))...)))))......))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(((((((((((((((.((((((..((((((....((((((...........(((.((.((((((((((((.(...........))))))))))))).))..)))......((((..(.(((.((((.((..(((((((.((((((...((((((....)))))).......(((((((((((..........(((..((((((.((((((..............((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....))))).).))))))..)))....((((((((((..((........((......)).....((((....))))......))....)).))))))))....)))))))))))........)))))).))))))).))..)))).)))).))))......)))))).(((......))).)))))).(((.(((((((.((((..(((....)))..))))..))))))))))............................(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..................((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))...........((....)).)))))))..))))..........................................................................(((((((...(((((..(((....)))..))))).....((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....................((((....(((((((((((....(((........))).........((((((.(((.....(((..((((((((((....)))))))))).....)))..........(((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....(((...(((......................(((((.....)))))...)))...))).))))).).)))))))).......))).))))))..))).)))))))).....(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))...........(((((((........)))))))............))))....(((((((..........)))))))..................................................................))))))...........(((((.........)))))....))))))).)).))))))...............((((((((((....))))))))))......))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(((((..(((((.((((((((((....(((((((((.(((((....(((((...(((.((.(((((((((((((..((....))..))))))))))))).))..)))..((((((((...(((((((..((...((((((((...((((((((((((....))))))......(((((...(((....))))))))...))))))..))))))))..)).))))))).....(((((..((((((((.......)))))))).(((((...((((.(((((((.........)))))))...))))(((((((((((..((((((..(((...((.(((((((.((((((....(((((....((((....))))..))))).....((((((((((....((..((....))..))...)))).(((((((((..((....)).......)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((..(((....)))..))))........((((.......((((...(((((((..(((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))...)))..)))...((((((((...(((((((....((((((((((..((........))...))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((..(((((((...(((((..(((....)))..))))).....((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).))))))....)))))).......((((...(((...(((((((((....)))))))))......)))..............((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))))).))))....)))))))))).)))))).))))))).)))..))))))........((((((....((....))........(((....))).....))))))..............)))))))))))..))))).)))))..)))))))))))))))).))..))))))))).))).)))...)))).((((((...............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((...((((....((.(((.((((((.........))))))))).))......))))...)))))..))).))))..)))))).......(((((((((....))))))))))))))))))))).. |
