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AUCCAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAGCAAAGCAAUUUGUGUAGUGGCGAACGGGUGCGUAACGCGUAAGAACCUACCUAUCGGAGGGGGAUAACAUUGGGAAACUGUUGCUAAUACCCCAUACAGCUGAGGAGUGAAAGGUGAAAAACCGCCGAUAGAGGGGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGGUAACGGCCUCCCAAGGCCACGAGCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUUCGCAAUGGGCGCAAGCGACGGAGCAAUGCCGCGUGCAGGAAGAAGGCCUGUGGGUCGUAAACUGCUUUUCUCAGAGAAGAAGUUCUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCACCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGGUGCAAGCGUUGUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUCGUAAAGUCUAAUGUCAAAUACCAGGGCUCAACCUUGGACCGGCAUUGGAGUACUCACGAGCUUGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCAUGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUAUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGCUCUGCUGGGCCGAAACUGACACUGAGAGACGAAAGCUGGGGGAGCGAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCCAGCCGUAAACUAUGGAGACUAAGUGCUGCCGCAAGCAGUGCUGUAGCUAACGCGUUAAGUCUCCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGACCGCACAAGCGGUGGAUUAUGUGGAUUAAUUCGAUACAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUGUCAAGAACCUCUCAGAAAUGGGAGGGUGCCCUAACGGACUUGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCUGUGAAGUGUAUAGUUAAGUCUCAUAACGAGCGCAACCCUCGUCUUUAGUUGCCAUUUGGUUCUCUAAAGAGACUGCCAGUGUAAGCUGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACAUCCUGGGCUUCACACGUAAUACAAUGGUUGGGACAAUCAGAAGCGACUCGUGAGAGCUAGCGGCUCUGUUAAACCCAACCUCAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCAGUCAGCUAUAUGGCGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUCUGCUCCAAGUCGUUACCCUAACCUUCGGGAGGGGGGCGCCUAAAGCAGGGCUAGUGACUAGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGGGCUACUGGAAGGUGGCCCUGGCUCACCUCCUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((....)))))).))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....(((.....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((.((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(..((....))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..((((((((.....))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....)))))))..(((.....)))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...).)))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((((.....(((((..(((.((..(((((....)))))...))..))).....)))))....(((.....(((..(((((((.((((..((.((..((....))..)).))...))))...................(((.....))).)))))))))).((((((((((.....(((...((((((((((....))))))....))))..)))....(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...)))))))))).))))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((.(((......(((((.(.((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......))))))...(((.((((...(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).)))))))..))))..)))..)))).).)))))...))).)).))))...)))))))))))...((.((.(((((((((((...((..(((((((.((..(((.(....))))..))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......))..((((....))))...((((((((((....((((........))))........(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))....((....)).)))).)))..((..((((.((((((.((((.((((((..((.((..((......))..)).))..)))))).....((((.(((((((..(((....)))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))))..)).))).)))))))...)).))))))))...))))))))))).)).)).(((((((.((((..(((((((..((((.....((.(((....))).))..(((((((........)))))))......))))..)))))))..)))).)))).)))....(((((((..((((...........))))..)))))))..((((.((.(((..((((((((((((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..))))))))))))..)))))))))..........((.((((((((((....)))))))))).))...))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((.......)))))..((((...((((((((((((((..((((((((..((.......))...)))...)))))...(((((..((((((((...))))....))))..........((((.......(((((...((((((((.....(((((...((((((((((....((((......)))).......(((((...(((...(((((((((((((((((((....))))))..((((((...((....)))))))).............)))).)))))..)))))))..)))))..))))))........)))).((((((....)))))).)))))....))))))))((((..(((((..(((((.......)))))(((((((..(((..((((((...)))))))))(((((.(((((((((.......(((((......(((((((...((....)).....))))))))))))..((..((((((.......))))))...(((((((...((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......))))))...((..((((...(((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..))))...))..))))...))))....)))......))........)))))))))......(((((((((((...((..(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......)).(((((....)))))..((((((((......((((........))))(((.....(((((((......(((((((..(((((((....)))))))....((....)).))))).)).(((.(((((.(((((..(((((((((((..(((((................))))))))))).....((((((((((((((((....((((((((....))))..))))..)).)))))))))....))))).)))))...)))))))..))))))...)))))))..))).))))))))...)))))))))))..))))).)))))))..........)))))..))))...)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).)))))))).)).))).)))))).....(((((((..((((...........))))..)))))))))))...))))))).((((((((((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))))))))))((...((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))...)) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((........................(((((....))))).......................(((((((...............((((...........................))))...........................................)))))))..................................................((((((((....)...)))))))....(((((............))))).((((....))))............................................))))))).........................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......))))))).............(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((.....))))))))...............))))))).............(((((....)))))................((((((((...................................................(((((((...............(((((((....))))))).......................................................................((((((.................(((((((...............))))))).........................))))))...........................))))))).....................................................................................(((((((........))))))).........................................................))))))))................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((...((((....))))....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((.((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(..((....))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((.(((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))).))..............)))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((......(((...........((...((((....))))....))..................((((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))...............))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((.((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(..((....))).))))...)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))..............(((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..(((....)))...))....))))....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........))).))...................((((.(((..(((((((((((((...(.((((..(((..((....)).))).)))).)..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((...)))))))))).......(((((.......)))))...........(((((....))))).......................(((((((..(((..(((((((.((((..........(....)...........))..............................)).))))))))))..))))))).....................(......)..................((.(((((((.........))))))).)).(((((.((.......))))))).((((....))))......(((((......)))))...............................(((((.......)))))...........(((((((((((((......(......)....)))))))))..))))........(((((((((.((....)))))...)))))).......((((((.................................(((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......))))))).....(((((.(((((((((.....(((((((....(..........).....))))))).....................))))...............................(((((((...................))))))).))))).))))).......(((((((.((((((((.....))))))))...............)))))))...(....((((.(((((....)))))..))))...)...........(((((....)))))((((((.......))))))....))))))..............(((.((((....))))...(((((((....)))))))...)))......................(((.((((((.(((((((((((...((((................)))).)))))).....((((((((((((..(((....)))...))))))......(((((....)))))......)))))).))))).).))))))))................(((((((..((....((...(((((((.....((((.((..(((....)))...))...)))).....)))))))...)).))...(((((((........))))))))))))))...................(..........)(((((((..(((...(....)....)))..))))))).....((((.(((..((((((((((((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..(((((....)))))...)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((.(((....))).))......))))...................(((.....))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((.((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)................((....)).......)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......)))))).......((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))........))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((.....))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...............(((((((....)))))))(((.((....)).......))).((.((((..((((((.((...((((((..((.((..............)).))..)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....((((.((..(((....)))...))...)))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...))).)))))).))....(..((...((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...))))))))))))..))).))))....))...).((.((((((((((....)))))))))).)).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(.(((((.(((((...)))))))))).).(((((((((.......)))))..((....(..(((((....)))))...)..))...((....))....(((((((..(((..(((((((.((((...(((...((....))))).......)))......(((....))).....((.....))).))))))))))..)))))))((.....((.....(((((((((....)))).))...)))....)).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((((..)))))))...))(.....((......))....))...((((((.......)))))).((((.....(((((((((((((......((....))....)))))))))..)))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))(((....((((((((((.......)))(((.....)))........(((((((..(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)).)))))))....((((((.(((((((((....((((((((...(((........)))....))))))))............((....))))))...............................(((((((...(...........)...))))))).))))).))))))......((((((((((((((((.....)))))))).)....(((()))).)))))))(((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))..(((((....)))))((((((.......))))))...))))))).....))).....((((((((((())))))...(((((((....)))))))..)))))......((((....))))..((((.((((((.(((((((((((..(((((.((..........)).))))))))))).....((((((((((((..(((....)))...))))))...((.(((((....))))).))...)))))).))))).).)))))))))..........(((..(((((((..((....((...(((((((...(.((((.(((.(((....))).).))...)))).)...)))))))...)).))...(((((((........))))))))))))))))).............)))(..........)(((((((..((((..((()))...))))..))))))).......))))))).((((((((((((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))))))))))).....((((((...........(.((((((((((....)))))))))).)))))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((......(((((....))))).....)))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).(((.(((....))))...))..........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..(((((((.(.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((.....(((....))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((...)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))...((......)).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))).).............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((......(((.(((..(((..((.((((((....))))).).)))))................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(.......)..)))))))..)).)))))).(((.((.(((..(((((((.(.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((.....(((....))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((...)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))........(((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....)))))).....((....)).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))).).............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((..))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((.(((((...))))))))))(((..((((.(((...[[[[[.))).))))....))).........]]]]]....(((...[[[[......)))......]]]]..(((((((.((((........(((....))).........)))).....(((....)))....(((.....))).)))))))....(((((((((((....(((...((((((((((....))))))....)))).........(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..))).((((((....))))))..)))))))))))..(((.[[[...)))..]]]........(((..[[[[))).....]]]].(((((((((..(((...)))..[[[[.))))))))).....]]]].....(((((((((...[[[[[[)))...))))))..((((.(((((((((((.....))))))....))))).)))).]]]]]].......(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))(((((((......))))))).................((((((((.....[[[[............))))))))...]]]]...(((...[[[))).......]]]..........((((.........[[[[[[[............))))...]]]]]]].(((((((((((.......(((((((.((((((((.....)))))))).((((......)))))))))))..((((..((((.(((((.[[[)))))..)))).......]]].)))).(((((...[[[..[[[[[[)))))..]]]]]].......]]].............(((((........[[[[[..(((((((....)))))))..)))))......]]]]].((((...[[[(((((((((....)))).)))))))))..((((...((((.......))))..)))).]]]....(((((((((.....(((((((((....))))..)))))....)))))))))...(((((..((((.....))))....[[[[))))).....]]]]...............))))))))))).......(((((((.((((..(((((((..((((........(((....))).....(((((((........)))))))......))))..)))))))..)))).)))).)))....(((((((..((((...........))))..))))))).......))))))).((((((((((((......(((..((((..........))))..))).....))))))))))))((((.[[[[[[)))).........((((((((((....))))))))))..]]]]]]..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((...........{{{)))))((..(((((((aaa......)).............(((((....)))))................................(((..(((((((.((((.....((.(((....))).))......))))...................(((.....))).)))))))))).((((((((((.....(((....((.(((((.......)))))....))...))).((.((((((((....))...)))))).)).(((((.((.......))))))).((((....)))).........................)))))))))).....AAA...)))))..(((((.....ee)))))...EE......(((((((((((((..................)))))))))..))))........(((((((((.((....)))))...)))))).......))((((}}}..........((((.....)))).......(((((((..(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)).))))))).....(((((..((((.........((((((([[[[[..[[............)))))))....]](((((.((....))]]]]])))))..........................((bb(((.......<<..........)))>>)).))))BB))))).......(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))........((((.(((((....)))))..))))...............(((((....)))))((((((.......))))))....)))).....(((((.......))))).............(((((((....)))))))....((....))................(((.((((((.(((((((((((...(((..................))).)))))).....((((((((((((..........dd.dd))))..DD...DD((((....)))).....)))))))).))))).)).)))))))................(((((((.............(((((((.....((((.((...((cc..))CC..))...)))).....)))))))...........(((((((........)))))))))))))).............(((((((..........)))))))......................................))))))).((((((((((((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))))))))))).....((((((.(((..........(((((((((....))))))))))))))))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((..((((......))))...))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...((.((....))))...((.......)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((.((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....))))))))..(((....)))..................((((...(..((....))).))))...(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..(...)..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((((((.))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))....((((....))))..........(((((..((((...(...))))))))))...(((((((......((((((((.(((((((....)))))))....((....))))))).)))................((((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((...(((((((.((((...).)))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))......................)))))))...................(((((((....((((.(((..(((....)))...)))...))))....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((....))))).).))...................((((((..(((..((((((((.(((.(((.((((((....)))))).)).).)))....(((((....)))))...(.......).)))))))).))).)))))).(.((((.(((..((((((.((.(...).)))))))))))...)))).((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))........)........((((...(..((....))).))))......((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(...(.)).......)))))))))...))).)))....(((((((((.((....)))))...))))))........................((((((((.(((((.(.(.(((.((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)..(....).(((((.......((((.........))))....)))))..(((.......(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))).(((.((....))..((.(((((.(.((((..((((...(...))))))))).................(((((((..(((((((....)))))))..(.((....))))))).))).).))))).)).)))..(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.((((....))))..))))))...((.(((((....))))).)).....))))))))...............)))))))))))))......................((((((....((((((((..(((....)))...)))..)))))....))))))............(((((((........))))))).....................((((((..........))))))...............((((((.((((...........((((.(((..((((((((((((((.((.((((..(((..(((..))).))).)))))).))))))))))))))..))).))))..)).))..)))))).((((((((....)))))))).)))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((.(((((...)))))))))).(..((((((.((.(....................(((((....)))))...........((...........))......(((..(((((((.((((.....((..((....))..))......)))).....(((....)))....(((.....))).)))))))))).((((((((((.....(((.(.((((((((((....))))))....))))).))).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...))))))))))....).))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..)(((((((((.......))))))....))).(((((...(((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......)))))))....)))))...............((((((((...(((........)))....)))))))).....(((((((((....))))..)))))..........................(((((((...................))))))).(((((((((((.......(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..........(((((....)))))...(((((((((....((((........))))...(((((((.(((..(((....)))....(((((((....)))))))...)))....((((((((((((.......(((((((((....)))).)))))......))))....)))))))).....((((.......)))).(((((((...((..((((((((....))))..)))).))...)))))))...))))))).((((.....))))....((((..........)))).)).)))))))....)))))))))))........((((((.((((..((((((((.((((.....((.(((....))).))..(((((((........)))))))......)))).))))))))..)))).)))).)).....(((((((..((((...........))))..))))))).......))))))).((((((((((((...((.(((..((((..((...))..)))).))).))..)))))))))))).....(((((...........((.((((((((((....)))))))))).)))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....))))))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((.((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).))).)).((....))...).)))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((.(((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....))))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((.((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((....(.((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))).........(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....((((.(((((((..(((....))..).)))))))..((.(((((....))))).)).....)))).))))).).))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).))).)).((....))...).)))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...)))..))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....))))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((.((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...((((((.((..(((....)))...)))...)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).))).)).((....))...).)))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....))))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((.((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((....(.((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))).........(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...).(((.(((((((..(((....))..).)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).))).)).((....))...).)))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((.(((((...))))))))))(((.((((((.((((....................(((((....)))))...<<<<<<.......................(((..(((((((.((((........(((....))).........))))...(.(((....))))...(((.....))).)))))))))).(((((((((((.(..(((.(.((((((((((....))))))....))))).)))....(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....)))))).))))))))))))....))))..))))))..((((......((((aa.a)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))..(((((((.....)))))))........((((({{{(((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......)))))))....)))))...............((((((((...(((........)))....)))))))).....(((((((((....))))..))))).(((....(((.}}}...........(((((((...................))))))).(((((((((((.......(((((((.((((((((.....))))))))...............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..........(((((....)))))..((((((((((....((((........))))...(((((((......(((....)))....(((((((....)))))))..........((((((((((((.......(((((((((....)))).)))))[[[[..))))....))))))))]]]].((((.......)))).((((((((......((((((((....))))..)))).....))))))))...))))))).((((.....))))....((((..........)))).)).))))))))...))))))))))).......bbb...........bbbbbbbb.bbb.............)))...)))..(((((((.(.....)))))))).......BBB.BBBBBBBB...((((.((((BBB...))))))))..((((...AAA.....)))).........>>>>>>.))))))).((((((((((((......((((.((((...........)))))))).....)))))))))))).....(((((..............((((((((((....))))))))))...)))))..... |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((.((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((......((....))..))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........((....)).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((......(((.(((.......((...((((....))))....)).((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((...((((....)))).)))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(..((....))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((..(((((((((((.((.((((((((((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........))).)).((....))...).)))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(.....)..))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((((.....(((((.((((.((..(((((....)))))...))..)).))...)))))....(((.....(((..(((((((.((((..((.((..((....))..)).))...))))...................(((.....))).)))))))))).((((((((((.....(((..((.((((((((...(((((....))))).......((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))))))))))).)).)))....((((((....))))))...)))))))))).))))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((.(((......(((((.(.((((((((((..(.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)....))))))...(((.((((...(((((((....((((....)))).((((...(.((((....)))).)....))))....((....)).)))))))..))))..)))..)))).).)))))...))).)).))))...)))))))))))((((((((.(((((((((((.......(((((((.((..(((.(....))))..))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..........(((((....)))))..((((((((((....((((........))))........(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))....((....)).)))).)))..((..((((.((((((.((((.((((((..((.((..((......))..)).))..)))))).....((((.(((((((..(((....)))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))))..)).))).)))))))...)).))))))))...)))))))))))..(((..(((((((.((((..(((((((..((((.....((.(((....))).))..(((((((........)))))))......))))..)))))))..)))).)))).)))....(((((((..((((..(....)...))))..)))))))..........)))..((((((((((((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))))))))))).))))))))............((.((((((((((....)))))))))).))...))))... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................((.(.(((.((.(....(((.(........(.((.....)).....)...(..(((.....((.(....(....(...(....(.....)..................)...)...)..).))..(((.((.(((...(((.((.(.......))).))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).))).).........)...)))..)....((((((.....((....))).)))))..))..)....((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((...(.(....).....).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).......))...............((.....((.....((((((((((..(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))....).))))))...(((.((((...((.(((.((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....))..))).))..))))..)))..))))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((.(((((((((.((((((((.....))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((....((((((..(((((((((.(...((((........)))).).))...(((((((......((....(..(((.(((....))).)))..............)....)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((..((......)).)))))))))(...((.(..(((((((..(((....)))...))))))).(((.(((((....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...))))))).......)))))))((...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))).))............).)))))((((..(...((((((..((((......((((...((..((....))...)))))).....))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))..........).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................(..((.((((.((.(....(((.(.......(.(((......))).).....(....(.....((.(....(....(...(..((....))...................)...)...)..).))..(((.((.(((...(((.((.(.......))).))).)))...)).)))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))).)...).........)...)))..)....((((((.....((....))).)))))..)).....(.((((.(.((...((...)).)).)...))))...)((((((....(.(...).....).))))))......(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))...))))...............))((.....((((...((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((.(((((((((.(((((((.......)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((....((((((..(((((((((.(...((((........)))).).))...(((((((.((...(((((.(..(((..((....))..)))..............)))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((..((......)).))))))))).....((((((((((((..(((....)))...)))))))..((.(((((....))))).))....)))))..))))...)))))...))))))))).))))))).......)))))))((...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))).))............).)))))((((..(...((((((((((((......((((...(...((....)).)...)))).....))))))))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).........).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((((.(((((.(((((.((((((.((((............(((.((..(((((....)))))...))..)))..............(((.....(((..(((((((.((((.....((..((....))..))......))))...................(((.....))).)))))))))).((((((((((..................((......)).................((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...)))))))))).)))))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......(......)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((.(((......(((((.(.((((((((((..(.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)....))))))....(..((((...(((((((....................................................((....)).)))))))..))))...)...)))).).)))))...))).)).))))...))))))))))..........(((((((((((.......(((((((.((..(((.(....))))..))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..........(((((....)))))..((((((((((....((((........))))........(((((((.((...(((((((..(((((((....)))))))....((....)).))))).)).......(((.((((((.(((((((((((...(.((..((......))..)).)...)))))).....(((((.....((.........(((..............)))........)).........))))).))))).).)))))))).......)).)))))))...)).))))))))...))))))))))).......(((((((.((((..(((((((..((((.....((.(((....))).))..(((((((........)))))))......))))..)))))))..)))).)))).)))....(((((((..((((..(....)...))))..)))))))...............(((((..(((((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))))..)))))......................(.((((((((((....)))))))))).)........... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..(((((...((..((...((((.((((((.(((((((((((.....(((((..(((.((..(((((....)))))...))..))).....)))))....(((.....(((..(((((((.((((..((.((..((....))..)).))...))))...................(((.....))).)))))))))).((((((((((.....(((...((((((((((....))))))....))))..))).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((......)))))...)))))))))).))))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((((....((((....((((((((.((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))(((((((......)))))))..)).))))........((((((((...(((......)))......))))))))...))))...))))...)))))).))..))...)))))(((.((((.........(((((((...................))))))).(((((((((((.......(((((((.((..((((.....))))..))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..........(((((....)))))..((((((((((....((((........))))........(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))....((....)).)))).)))..((..((((.((((((.((((.((((((..((.((..((......))..)).))..)))))).....((((.(((((((..(((....)))...)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)))))))))..)).))).)))))))...)).))))))))...)))))))))))..)))).(((((((.((((..(((((((..((((.....((.(((....))).))..(((((((........)))))))......))))..)))))))..)))).)))).)))....(((((((..((((...........))))..))))))).)))...))))))).(((((..(((((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))))..))))).....((((((.(((..........(((((((((....))))))))))))))))))..... |
