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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00277



RNA: CRW_00277
Rfam family: SSU_rRNA_bacteria

UGGAAAUGACGAGUUUGAUCCUUGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUUGAACGAAAUUACUAGCAAUAGUAAUUUAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUAUGUAAGAAUCUGCGCUUGGGCGAGGAAUAACAGAUGGAAACGUUUGCUAAUGCCUCAUAAUUUACUAGAUCUAUGUGAGUAGCUAGUUAAAGAGAAUUUCGCCUAGGCAUGAGCUUGCAUCUGAUUAGCUUGUUGGUGAGGUAAAGGCUUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGAUUUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGAUUGAGAACGGAACAGACUUCUACGGAAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAAGGAAGACGGCCUUUGGGUUGAAAACCUCUUUUCUCAAAGAAGAAGAAAUGACGGUAUUUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAAUUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGGAGAUGCGAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGAGUUUGUAGGCGGUCAAGUGUGUUUAAUGUUAAAAGUCAAAGCUUAACUUUGGAAGGGCAUUAAAAACUGCUAGACUUGAGUAUGGUAGGGGUGAAGGGAAUUUCCAGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUUGGAAAGAACACCAAUGGCGAAGGCACUUUUCUAGGCCAAUACUGACGCUGAGAAACGAAAGCUGAGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGUAGUCUUGGCCGUAAACUAUGGAUACUAAGUGGUGCUGAAAGUGCACUGCUGUAGUUAACACGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCUUGCACAAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACACGAAGAACCUUACCAGGAUUUGACAGGAUCUAGGAAGUUUGAAAGAACGCAGUACCUUCGGGUAUCUAGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUUUUUUUAAUUAACGCUUGUCAUUUAGAAAUACUGCUGGUUAUUACCGGAGGAAGGUGAGGACGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUAUCCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUUAAGACAAUAAGUUGCAAUUUUGUGAAAAUGAGCUAAUCUUAAAACUUAGCCUAAGUUCGGAUUGUAGGCUGAAACUCGCCUACAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCUAUACGGCGGUGAAUACGUUCUCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGUCGGCUGUGCCCGAAGUUAUUAUCUUGCCUGAAAAGAGGGAAAUACCUAAGGCCUGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGUGGCUGGAACAACUCC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..........(((((...{{{.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((((((....)))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((...)))......(((((..((........)).))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((.........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))..))))))))..........<<<<<<..((((((((.......))))))))...<<..))>>.....>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((.((((((..((((....))))....((((....))))))))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....))))))))))..........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.........(((((.(.(((.(((.(((.(....).))))))....(((..((((...(.(((...((.(((((((((....))))))))).))(((.((((((((.((...(((((((..((...((((((((((((.....((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))..))))))))))))..)).)))))))..((((..(.(.((((((((.......)))))))).).)..)))).((.(((((((.........))))))).))((.(((.(((((((((..((...((((....))))......(((.((....(((((...(((((....))))).))))).....((.(((.((.........((((((((((....(((((.((((((......).))))).)).)))......(((((.(((....))).)))))((((.(((.(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))))))......(.(((.(((((((...(((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).)))..((((((.((((((((((.((.((((..((((((((((..(((((....((.((((.(((((........))))).((....)).....)))).))...))))))))))).)))).....(((.....)))...............)))).)).)))).)))))).....((...((((((..((((.......))))..)).))))...))..))))))...))))))).))).)..))).))))......))))))))))..)).))).))..)).))).((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..((.(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((((((((((...((....))...))))))).....(((((....)))))..))))).)..)))))))))).).)))))).))..))).))))))).......))))))).....(((((((....((((..((.(((((...)))))..))....))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))).....))))))))).))).))....))))))))))..(((.((.....(((((.(((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))).)))))...)).))).)))..))).)...))))))).))).)))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((...(((..(((...(((((..(((((((((((((((.....(((((((((..((.(((((((((....))))))))).)).(((((.....................)))))((((((((((((.((..((((((....))))))...))..(((....((((((((..((((....)))))))).)))))))..))))))))))))...)))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))((((((((..((((((....((((((....(((((.................)))))..((((((........((....(((((...(((((....))))).))))).....)).(((........))))))))).))))))...))))))((((((((..................))))))))......)))))))).(((((((...((....)).....))))))).....))))))..(((((..((((((((((..((((((((...(((((((.((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))).)))...((((((((.(((..((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))...((((......(((((((((.........))))).(((((((((((..((((((..(((((((((((((.......)))))))).))).))...)))..))).(((((((((((.....(((((....)))))...)))..)))......)))))..((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.........(((((...((((....))))...(((((....))))))))))...(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))...(((....(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).))..)))...))))))....))))))...))))))...))))))).......)))))))...)))))))))))..............)))).......))))..)))).....(((((((((((....))).))))))))....)))))).))))..))))))))))))))..)))))....))).....(((((((..((((...........))))..))))))).((((((((.....(((((((((..(((..((((((((....((((......(((......))).)))).....))))))))))).....((....))....)))))).)))....)))))))).)))..))))).
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................(((((((.......................(((((((((....))))))))).....................(((((((.......((((((((((((.......................................................................)))))))))))).....)))))))............((((((((.......))))))))..............(((((((.........)))))))..........................((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..))))))).........................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))........................((((((((.....................)))))))).......................................................(((((((......(((((.........)))))..)))))))..........(((((((.((((((((.......))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((.........((((((..((((....))))................))))))............................................................................................................(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((.........................................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.......................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))..........
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((....((((((....))))))....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((...(((....))).)))))))............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(..(((((..((((....))))......((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................((((..(((((.((((((.((....(((............(...(((((((....)))))))...)....................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((...(((....))).)))))))...........))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......((.((((((..((((....))))......((....))..))))))))..((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((....))...)))))))...(.(((((....))))).)............)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))...........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................((.(((((((((....))))))))).))...................((((((.......(((((((((((......((((((....)))))).................(((((..((((....)))))))))..........))))))))))).....)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))......................................................(((((...(((((....))))).))))).....................((((((.((((......(((((((((............................(((((.(((....))).))))).......(((((.................((.((((...(((((............................((((.(((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).))).))))........................((((((((...(((........)))....))))))))............................((((....................................(((((.........)))))......)))).........((((((((((((((((.......)))))))).)))).............))))........((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))..........(((((..((((........)))))))))...((.((((((....)))))).))..((((....)))).....(((....)))........................((....))((((((..........(..(((......))).).))))))...........................................(((((....))))).................................................................(((((((....((((..((................))....))))...)))))))...........(((((((........))))))).....)))))..)))).)).(((((((..........))))))).................................................))))).......................))))))))).....)))))))))).................................(((((((((....)))))))))...........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.........)))).((((........(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((....))))))))).)))))......(((......(((((((..((...((((((((((.......((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))....))))))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).......................((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..............(((((((((.......((..(..((((((...(.........)....))))))..)..))..........(((((.....((....)).......)))))..(((((((((..(((.......((((((.....(.((((.(.(((.(((.(((..((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..).))).)))...((((((((...((.(((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))).))..)))).))))...))))..))))....((((((...((..(((((.........))))).))))))))..........((((((..((((((((.......))))))))...((....)).....))))))))))))))))..)))))))))........)))))))))...(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........((((((..((((....))))....((((....))))))))))....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.(.((....)).).)))))))..((.(((((....))))).)))))).........)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((((.(((....(.((((.((((.......))))....)))).)...))).))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))......)))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((((.....)))).....((..)).(((((.......)))))..(((..((.(((((((((....))))))))).)))))...............(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)(((.....(.(((((..((((....)))))))))..).)))...)))))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..........................((((....)))).(..(.....((.((((((((...(((((....))))).))))).))).))..............((((((.((((......(((((((((...((((.......((((((((((....(((((.(((....))).)))))))))).(((((((................((.((((...(((((........(((.......))).....((((((.(((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).))).)))).............(((........((((((((...(((........)))....))))))))....))).....................((((((.(((...(((..........)))...........(((((.........)))))))).)))))))).......((((((((((((((((.......)))))))).)))).............))))(.....).((((.(((((....)))))..))))..((((......((((((((((....))))..........(((((..((((........)))))))))(..((.((((((....)))))).)).)((((....))))...(((((....)))))..................((((.((((((.((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....((((((................................(((((....))))).))))))....)))))).....))))....))))))....))))...........(.((......(((((((....((((..((.((((.....))))..))....))))...)))))))...)).)....(((((((........))))))).....)))))..)))).)).(((((((..........)))))))...........(((((............)))))...............))))))).......)))))..))))....))))))))).....))))))))))..)..).(((((.......)))))........((((((((((....))))))))))..........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............(((((........)))))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((..(((......)))))))).)............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(..(...)..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((....))))....(..(....))...))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.(..(....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((.((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))..........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((...........((((.(........).))))..(((..................((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((..((........)))))))..)).........))))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((...(.........)....))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.((((((((((..)).))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((.(((((...((((....))))....(.(.....))...))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((...).)...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......[[[[....)))..]]]]........((((....(((((.[[[[[.)))))..]]]]]...(((((((((....)))))))))...))))((((((((........(((......)))((((((((((((.....((((((....))))))......))))...((((((.........))))))....[[[[...(((...)))))))))))...]]]](((..[[[[[[.[[[[..[[[[[[[)))....]]]]]]]]]]]...]]]]]]..(((((((.........)))))))..(((((...........[[[[....((((....))))....))))).......]]]]....(((((....)))))(((....[[[[[[[)))..(((....(((((....)))))....))).((((((......)))))).....]]]]]]]...(((((.......[[[..)))))..]]]....(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))))))...............(((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..((((((..[[[.....))))))......]]].......((((((.(((......))).........((((((........[[[[.......))))))...]]]]......))))))..........(((.[[[[)))...............]]]].....))))))))).......((((((..((((((((.......))))))))..........[[[[[[))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..]]]]]]((((((((....((((((..((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.....(((.((((((..((((....))))....((((....)))))))))).....((((((..((((.((((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((..............))))))).....(((((....)))))..)))))....))))))))))...))))))...)))...)))))))......)))))))).....(((((((....((((.....(((((...)))))........))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).(((.((((((.............)))))).))).....))))))))........)))))))).......(((...(((((.(((((..((((((((....((((......(((......))).)))).....)))))))).))))).)))))........((((((((((....)))))))))).......)))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.(((.(((..((.(((........))))).(((((.......)))))..........(((((((((....))))))))).(((((((.((((((......(((((((..((...((((((((((((.....((((((....)))))).......(((....((((((((..((((....)))))))).)))))))..))))))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))...((.(((.(((((((((.......((((....))))...(((((((......(((((...(((((....))))).))))).((((((((((..(((....(((((....)))))....))).((((((......)))))).))).)))))))...(((((.(((....))).)))))..((((((((((.((......))))((((((((((((((....(((.....(((......((((((.......(((((((((((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..((((((.((....)).)))))).((((.......((((((((...(((........)))....))))))))...)))).(((((.(((((...(((((.(((..........))).))))).....(((.....)))..(((((.........))))).))))).))))).(((..((...((((((((((((.......)))))))).))))...)).))).....((((.....)))).)))))))).)).....)))))).........(((((.(((((((....)))(((..((((.(((......)))))))..)))...((((.((.((.((((((....)))))).))))))))........(((.(((((....((......))..))))).)))..)))).))))).((((((.........(((.(((......))))))))))))....))).....)))...))))))))).))))).......))))))))..(((((.......))))).((.(((.....))).))..((((..........)))).((....))........(((((((....((((..((.(((((...)))))..))....))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).))))).)).(((((((..........))))))).....))))))))).))).)).))).))).))))))).((.((.....(((((..((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))..)))))...)).)).(((((((((....)))))))))))).)))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................((......(((((((((....))))))))).....................[[[[[[........((((((((((((.....((((((....))))))......)).........(((((..((((....)))))))))...........))))))))))....))]]]]]]((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..........................((((....)))).................((((...(((((....))))).))))......................(((((..((((......(((((((((............................(((((.(((....))).)))))................(((.........aaaaaaaaa...aa....)))(((((((.........((((((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....................................((((((((.....................))))))))...........((....)).................................................(((((.........)))))...)))))))))...))))).......((((((((.......))))))))......................)))))))AA...AAAAAAAAA...........................((((((.....(((....(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((.........(((((...((((....))))...(((((....))))))))))............(((((...((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((........((........................<<))....>>...)))))).......))))....)))))............)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((................))....))))...))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...))).....(((((((..........)))))))...........)))))).......................................{{....{{.............))))))))).....)))).))))).........}}...}}.................(((((((((....)))))))))...........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((.(..((((((((...)).......................................((.((.((((((....))))))))..))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))........((.((((.....)))...).))......((....)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((....))))))))..(((....)))...................(((...(((((....))))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..(...)..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..(....((((.........)))))..))))))..((........((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))........((....)).....(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((......((.((((((.(((((....))))..)...((....))..)))))))).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((.)).))).))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).......................))))))).......))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((.(((((((...((((((.((((..(((..))).))))))))))..))))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((.(..((((((((...))...............(((((.......))))).......((.(((((((((....))))))))).))..................(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(..(((((..((((....))))))))).)...........))))))))..)).)))))))..((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))).((.((((((((....)))...))))).)).(((((.(((....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(.........)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........))).........................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..)))).))))...))).).)))......((((((..(....((((.........)))))..))))))..((.......(((((((.((((((((.......))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).............................(.....(((..(((...)))..))))....(((((((.......(..(((((..((((....)))).....(((....))).))))).)....(((((((.((((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((.((((...).))).))))))...((.(((((....))))).))))...))))))))))))).).)))))).........)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...))))))).....((((.((((((((........)))))))....)))))............((((((..........)))))).............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((.((((((.(..((((((.((((..(((..))).))))))))))..))))).)))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.((.(((..((.(((........))))).(((((.......)))))..........(((((((((....))))))))).(((((((.((((((......(((((((..((...(((((((((((......((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))...)))))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))...((.(((..((((((((.......((((....))))................(((((...(((((....))))).))))).((((((((((..(((....(((((....)))))....))).((((((......)))))).))).)))))))...(((((.(((....))).))))).........(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..)))))))))).......((((...(((..((..(((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..((((((.((....)).)))))).((((.......((((((((...(((........)))....))))))))...))))...(((..(((......)))..)))..))).)).)))...))))....(((.....)))..(((((.........))))).(((((((((((......((...((((((((((((.......)))))))).))))...)).........((((.....))))...(((........)))...(((............((((((.(((....)))(((..((((.(((......)))))))..)))......(((((((.((((((....)))))).....((((....))))(((.(((((................))))).)))..(((((....)))).)............(..(((......))).)..((((((....................))))))................(((((....))))).....)))))))..(((.....))).....))))))........)))................)))))))))))..((((..((...((.....))....))....))))......(((.....(((((..(((((((........))))))).....)))))...)))....(((((((..........))))))).....))))))))..))).)).))).))).)))))))(((.((.....(((((..((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))..)))))...)).))).((((((((....)))))))).))).)))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))...............(((....)))............((...)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))..))))))))......)...(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).))
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...............(((....)))............((...)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((.....(((((....)))))....))))((((((((((...(.........)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))...)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......)))))))))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).))
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((((.((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))...............(((....)))............((...)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))..))))))))......)...(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).))
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...............(((....)))............((...)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))..))....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.(((.(((..(((...(((((..(((((((((..(((((.(((((((((.(((....(((((((((....))))))))).(((((..(((.((((((...(((((((..((...((((((((((((.....((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))..))))))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((((((((..(((......((((....)))).((((((((.((.((((((((....((((....))))..))))).))).))((((.((((((((.((((((((((((....(((((.((((((......)).)))).)).)))......(((((.(((....))).)))))((((.(((.(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))))))........(((.(((((((...(((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).)))..((((((.((((((((((.((.((((..((((((((((..(((((....((.((((.(((((........))))).((....)).....)))).))...))))))))))).)))).....(((.....)))...............)))).)).))))).))))).....((...((((((..((((.......))))..)).))))...))..))))))...))))))).)))....))).))))......))))))))))...((((((.((((.((((.....(((..((((.(((......)))))))..))).....((((..((.((((((....)))))).))..((((....))))...(((((....)))))........)))).))))..)))).))))))(((((((((....)))...(((......)))...))))))....)).)))))))).....))))..............)))))))).......)))..((...((((.(((........))).)))).)).)))).)))))))))).))).))))))))..............))).)))))....)))).......(((((.........))))).)))))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))))))..)))))....))).....(((((((..((((((....)))...)))..))))))).((((((((.....(((((((((.((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))...((....))....)))))).)))....)))))))).))).)))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.((.(((.(((.(((........))))))(((((.<<<<<.)))))..>>>>>...(((((((((....))))))))).(((((((.((((((......(((((((..((.(.((((((((((((.....((((((....)))))).......(((....((((((((..((((....))))))))).))))))..)))))))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))......(((.(((((((((.......((((....))))...(((((((......(((((...(((((....))))).)))))(((((((((((..(((....(((((....)))))....))).((((((......)))))).))).))))))).).(((((.(((....))).))))).........(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..)))))))))).......(((....((((.((..((((.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..((((((..........)))))).((((.......((((((((...(((........)))....))))))))...))))..........................)))).))))))....)))....(((.....)))..(((((.........))))).............(((.......((((((((((((.......)))))))).))))......))).....((((.....))))...(((((aaaa))))).........(((....((([[[[[.(((....)))(((..((((.(((......)))))))..)))......[[[[[...((((((....)))))).....((((....))))(((.(((((.......{{{......))))).)))...[[[[.)))]]]].............(((.(((......))))))(((((((....................))))))).....}}}.......(((((....))))).......]]]]]..(((.....))).....]]]]].....)))............AAAA......(((((((....((((((((.(((((...)))))..)).)).))))...)))))))....(((((..(((((((.((...))))))))).....))))).))))).)).(((((((..........))))))).....))))))))).)))....))).))).)))))))(((......(.(((((.(((((..((((((((....((((......(((......))).)))).....)))))))).))))).)))))).....)))(((((((((....)))))))))))).)))))).
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....(((((....))))).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).................(((....)))....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))...))))))).....((((.(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..............(((((....))))).....(((((...(((.((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((((.....(((....)))...)))))............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).))))).)))((((....)))).....))))).(((((.(((....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..(....((((.........)))))..)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))...(((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........((((((..((((....))))......((....))..))))))...(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).......)))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((..((((((((.(((.(....).))))).(((((.......)))))..((...((.(((((((((....))))))))).)).))...(((((.(((...(((((((..((...((((((((((((.....((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))..))))))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).))))).))))))..((((((((((((((((....((((.(((...((((....))))(((((((((....((((((.((...((((....))))........((((((((((..(((....(((((....)))))....))).((((((......)))))).))).)))))))...(((((.(((....))).)))))..((((...(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))))))....((.(((..((((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..((((((.((....)).))))))......((((..((((((((((..(((((....((.((((.(((((........))))).((....)).....)))).))...))))))))))).)))).....(((.....)))...............)))).....)))))))))...)))..))).))...)))))).)))))).))))))))).)))....))))....)))))..(..(.((((.(((((....)))))..))))...((...(((((((((((((....((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..((.(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((((((((((...((....))...))))))).....(((((....)))))..))))).)..)))))))))).).)))))).))..))).))))))).......))))))).....(((((((....((((..((.((((.....))))..))....))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).(((.((((((.((........)))))))).))).....)))))).((....))...))))))).(((.((.....(((((.(((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))).)))))...)).)))..))...)..)..)))))))))))...))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................(.(.....(.(..((....((.((.......(...((...............))....(.....((........(..((....((....((..))................)).....))..).....((.(((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((...(((....)))..)))).)......)....)........))....((((((....(((....))).).)))))...........((.(...((...((...)).)).....).)).(((..((((...(.(....).....).)))).).))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..)..)..))..............((.....(((....(((((((.(((.....(.(((((.....((((((.....))))))...)))))...)....))).)))...(((.((((...((.((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))).))..))))..)))..))))...).))....))((((.(......((((.........)))))...))))(((....((.(((((((((.((((((((.......))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.......(...........................................)..(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((....))...))))))).(((.(..(.......).).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((...(((.(....(((...((..(.......)..))..))).)...)))...))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))).)......))
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................(((((...((...(..(.(((.......(.(((....)))..).....(.(..((.....(.((........((....(...(................)..................)....))........)).).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((...(((....)))..)))..)).)...)...)))...)..)......((((((....(((....))).).)))))..)).......((.(...((...((...)).)).....).)).(((((((((......(.........).)))))))))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........)))...........))((.....((((...(((((((.(((..(.((.(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...)))).)))...(((.((((...((.((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))).))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))))...))))(((....((.(((((((((.((((((((.......))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.......(.(((........(........)..........)).......).)..(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((...((....))...))))))).(((.(..(.......).).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((...(((.(....(((..(((...((....)).)))..))).)...)))...))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))...........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.............((.(....).))...............................(((((((((....))))))))).....................(((((((..((...(((((((((((......((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))...)))))))))))..)).))))))).............(((((((.......)))))))................................................................((((....)))).........................((((....))))..................................................................................(((((.(((....))).))))).........(((.(((((((.(((..((((....))))..)))..))))))))))............................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))........................................(((((...((((.....((.((((...(((........)))...((....)).....)))).))....)))).))))).....................................................................((..((((.......))))..)).........................(....((((.(((((....)))))..))))...).............................((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((.....(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((..((((((...((....))...))))))......(((((....)))))...))))....)))))))))).).)))))).....))).))))))).......)))))))................................................................(((((..(((((((........))))))).....))))).........................................................................................((((..((((((((....(((.......(((......)))..))).....)))))))).))))............................................)))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((....(((((.((((((((.(((..((((((.((.........((((((..((((((((((((((....)))))))))..((((((..((.(((((...(((((((..((...(((((((((((......((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))...)))))))))))..)).)))))))..((((((((..((((((((.......))))))...(((((.....((.(((((((.........))))))).))...(((((....((((.......((((....))))(((((((((........((((....((((....))))..))))..((((((((((..(((....(..((....))..)....))).((((((......)))))).))).)))))))...(((((.(((....))).)))))....((((((((.(..((((.(((..((((....))))..)))..))))..)))).......(((..((((((((((((....((((((((......((((((.....))))))....))))))))..((((((.((....)).))))))......((((..((((((((((..(((((....((.((((((((((........))))..((....))...)))))).))...))))))))))).)))).....(((.....)))...............)))).....)))))))))...)))..))).........)))))......)))))))))........))))....))))).(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((......((((....))))((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..((.(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((...((....))...))))))).....(((((....)))))..)))))....)))))))))).).)))))).))..))).))))))).......))))))).))...)))))........)))))...........))..)))))))).....))))).))....(((((..(((((((........))))))).....))))).))))))...(((((((..........))))))).....)))))......)))))))).)))))))))))).)).)))....(((((..((((..(((((..(.((.((((......(((......))).))))..)).)..))))).))))..)))))...)))))(((((..(((....)))..)))))....))))).