|
|
|
UGGAAAUGACGAGUUUGAUCCUUGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUUGAACGAAAUUACUAGCAAUAGUAAUUUAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUAUGUAAGAAUCUGCGCUUGGGCGAGGAAUAACAGAUGGAAACGUUUGCUAAUGCCUCAUAAUUUACUAGAUCUAUGUGAGUAGCUAGUUAAAGAGAAUUUCGCCUAGGCAUGAGCUUGCAUCUGAUUAGCUUGUUGGUGAGGUAAAGGCUUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGAUUUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGAUUGAGAACGGAACAGACUUCUACGGAAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAAGGAAGACGGCCUUUGGGUUGAAAACCUCUUUUCUCAAAGAAGAAGAAAUGACGGUAUUUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAAUUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGGAGAUGCGAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGAGUUUGUAGGCGGUCAAGUGUGUUUAAUGUUAAAAGUCAAAGCUUAACUUUGGAAGGGCAUUAAAAACUGCUAGACUUGAGUAUGGUAGGGGUGAAGGGAAUUUCCAGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUUGGAAAGAACACCAAUGGCGAAGGCACUUUUCUAGGCCAAUACUGACGCUGAGAAACGAAAGCUGAGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGUAGUCUUGGCCGUAAACUAUGGAUACUAAGUGGUGCUGAAAGUGCACUGCUGUAGUUAACACGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCUUGCACAAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACACGAAGAACCUUACCAGGAUUUGACAGGAUCUAGGAAGUUUGAAAGAACGCAGUACCUUCGGGUAUCUAGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUUUUUUUAAUUAACGCUUGUCAUUUAGAAAUACUGCUGGUUAUUACCGGAGGAAGGUGAGGACGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUAUCCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUUAAGACAAUAAGUUGCAAUUUUGUGAAAAUGAGCUAAUCUUAAAACUUAGCCUAAGUUCGGAUUGUAGGCUGAAACUCGCCUACAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCUAUACGGCGGUGAAUACGUUCUCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGUCGGCUGUGCCCGAAGUUAUUAUCUUGCCUGAAAAGAGGGAAAUACCUAAGGCCUGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGUGGCUGGAACAACUCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..........(((((...{{{.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((((((....)))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((...)))......(((((..((........)).))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((.........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))..))))))))..........<<<<<<..((((((((.......))))))))...<<..))>>.....>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((.((((((..((((....))))....((((....))))))))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....))))))))))..........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........(((((.(.(((.(((.(((.(....).))))))....(((..((((...(.(((...((.(((((((((....))))))))).))(((.((((((((.((...(((((((..((...((((((((((((.....((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))..))))))))))))..)).)))))))..((((..(.(.((((((((.......)))))))).).)..)))).((.(((((((.........))))))).))((.(((.(((((((((..((...((((....))))......(((.((....(((((...(((((....))))).))))).....((.(((.((.........((((((((((....(((((.((((((......).))))).)).)))......(((((.(((....))).)))))((((.(((.(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))))))......(.(((.(((((((...(((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).)))..((((((.((((((((((.((.((((..((((((((((..(((((....((.((((.(((((........))))).((....)).....)))).))...))))))))))).)))).....(((.....)))...............)))).)).)))).)))))).....((...((((((..((((.......))))..)).))))...))..))))))...))))))).))).)..))).))))......))))))))))..)).))).))..)).))).((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..((.(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((((((((((...((....))...))))))).....(((((....)))))..))))).)..)))))))))).).)))))).))..))).))))))).......))))))).....(((((((....((((..((.(((((...)))))..))....))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))).....))))))))).))).))....))))))))))..(((.((.....(((((.(((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))).)))))...)).))).)))..))).)...))))))).))).))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...(((..(((...(((((..(((((((((((((((.....(((((((((..((.(((((((((....))))))))).)).(((((.....................)))))((((((((((((.((..((((((....))))))...))..(((....((((((((..((((....)))))))).)))))))..))))))))))))...)))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))((((((((..((((((....((((((....(((((.................)))))..((((((........((....(((((...(((((....))))).))))).....)).(((........))))))))).))))))...))))))((((((((..................))))))))......)))))))).(((((((...((....)).....))))))).....))))))..(((((..((((((((((..((((((((...(((((((.((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))).)))...((((((((.(((..((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))...((((......(((((((((.........))))).(((((((((((..((((((..(((((((((((((.......)))))))).))).))...)))..))).(((((((((((.....(((((....)))))...)))..)))......)))))..((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.........(((((...((((....))))...(((((....))))))))))...(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))...(((....(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).))..)))...))))))....))))))...))))))...))))))).......)))))))...)))))))))))..............)))).......))))..)))).....(((((((((((....))).))))))))....)))))).))))..))))))))))))))..)))))....))).....(((((((..((((...........))))..))))))).((((((((.....(((((((((..(((..((((((((....((((......(((......))).)))).....))))))))))).....((....))....)))))).)))....)))))))).)))..))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((.......................(((((((((....))))))))).....................(((((((.......((((((((((((.......................................................................)))))))))))).....)))))))............((((((((.......))))))))..............(((((((.........)))))))..........................((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..))))))).........................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))........................((((((((.....................)))))))).......................................................(((((((......(((((.........)))))..)))))))..........(((((((.((((((((.......))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((.........((((((..((((....))))................))))))............................................................................................................(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((.........................................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.......................................))))))))))))........................((((((((((....)))))))))).......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((....((((((....))))))....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((...(((....))).)))))))............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(..(((((..((((....))))......((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((((..(((((.((((((.((....(((............(...(((((((....)))))))...)....................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((...(((....))).)))))))...........))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......((.((((((..((((....))))......((....))..))))))))..((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((....))...)))))))...(.(((((....))))).)............)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................((.(((((((((....))))))))).))...................((((((.......(((((((((((......((((((....)))))).................(((((..((((....)))))))))..........))))))))))).....)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))......................................................(((((...(((((....))))).))))).....................((((((.((((......(((((((((............................(((((.(((....))).))))).......(((((.................((.((((...(((((............................((((.(((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).))).))))........................((((((((...(((........)))....))))))))............................((((....................................(((((.........)))))......)))).........((((((((((((((((.......)))))))).)))).............))))........((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))..........(((((..((((........)))))))))...((.((((((....)))))).))..((((....)))).....(((....)))........................((....))((((((..........(..(((......))).).))))))...........................................(((((....))))).................................................................(((((((....((((..((................))....))))...)))))))...........(((((((........))))))).....)))))..)))).)).(((((((..........))))))).................................................))))).......................))))))))).....)))))))))).................................(((((((((....)))))))))........... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.........)))).((((........(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((....))))))))).)))))......(((......(((((((..((...((((((((((.......((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))....))))))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).......................((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..............(((((((((.......((..(..((((((...(.........)....))))))..)..))..........(((((.....((....)).......)))))..(((((((((..(((.......((((((.....(.((((.(.(((.(((.(((..((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..).))).)))...((((((((...((.(((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))).))..)))).))))...))))..))))....((((((...((..(((((.........))))).))))))))..........((((((..((((((((.......))))))))...((....)).....))))))))))))))))..)))))))))........)))))))))...(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........((((((..((((....))))....((((....))))))))))....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.(.((....)).).)))))))..((.(((((....))))).)))))).........)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((((.(((....(.((((.((((.......))))....)))).)...))).))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))......)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((.....)))).....((..)).(((((.......)))))..(((..((.(((((((((....))))))))).)))))...............(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)(((.....(.(((((..((((....)))))))))..).)))...)))))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..........................((((....)))).(..(.....((.((((((((...(((((....))))).))))).))).))..............((((((.((((......(((((((((...((((.......((((((((((....(((((.(((....))).)))))))))).(((((((................((.((((...(((((........(((.......))).....((((((.(((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).))).)))).............(((........((((((((...(((........)))....))))))))....))).....................((((((.(((...(((..........)))...........(((((.........)))))))).)))))))).......((((((((((((((((.......)))))))).)))).............))))(.....).((((.(((((....)))))..))))..((((......((((((((((....))))..........(((((..((((........)))))))))(..((.((((((....)))))).)).)((((....))))...(((((....)))))..................((((.((((((.((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....((((((................................(((((....))))).))))))....)))))).....))))....))))))....))))...........(.((......(((((((....((((..((.((((.....))))..))....))))...)))))))...)).)....(((((((........))))))).....)))))..)))).)).(((((((..........)))))))...........(((((............)))))...............))))))).......)))))..))))....))))))))).....))))))))))..)..).(((((.......)))))........((((((((((....)))))))))).......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............(((((........)))))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((..(((......)))))))).)............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(..(...)..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((....))))....(..(....))...))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.(..(....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((.((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((...........((((.(........).))))..(((..................((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((..((........)))))))..)).........))))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((...(.........)....))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.((((((((((..)).))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((.(((((...((((....))))....(.(.....))...))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((...).)...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......[[[[....)))..]]]]........((((....(((((.[[[[[.)))))..]]]]]...(((((((((....)))))))))...))))((((((((........(((......)))((((((((((((.....((((((....))))))......))))...((((((.........))))))....[[[[...(((...)))))))))))...]]]](((..[[[[[[.[[[[..[[[[[[[)))....]]]]]]]]]]]...]]]]]]..(((((((.........)))))))..(((((...........[[[[....((((....))))....))))).......]]]]....(((((....)))))(((....[[[[[[[)))..(((....(((((....)))))....))).((((((......)))))).....]]]]]]]...(((((.......[[[..)))))..]]]....(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))))))...............(((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..((((((..[[[.....))))))......]]].......((((((.(((......))).........((((((........[[[[.......))))))...]]]]......))))))..........(((.[[[[)))...............]]]].....))))))))).......((((((..((((((((.......))))))))..........[[[[[[))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..]]]]]]((((((((....((((((..((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.....(((.((((((..((((....))))....((((....)))))))))).....((((((..((((.((((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((..............))))))).....(((((....)))))..)))))....))))))))))...))))))...)))...)))))))......)))))))).....(((((((....((((.....(((((...)))))........))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).(((.((((((.............)))))).))).....))))))))........)))))))).......(((...(((((.(((((..((((((((....((((......(((......))).)))).....)))))))).))))).)))))........((((((((((....)))))))))).......))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.(((.(((..((.(((........))))).(((((.......)))))..........(((((((((....))))))))).(((((((.((((((......(((((((..((...((((((((((((.....((((((....)))))).......(((....((((((((..((((....)))))))).)))))))..))))))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))...((.(((.(((((((((.......((((....))))...(((((((......(((((...(((((....))))).))))).((((((((((..(((....(((((....)))))....))).((((((......)))))).))).)))))))...(((((.(((....))).)))))..((((((((((.((......))))((((((((((((((....(((.....(((......((((((.......(((((((((((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..((((((.((....)).)))))).((((.......((((((((...(((........)))....))))))))...)))).(((((.(((((...(((((.(((..........))).))))).....(((.....)))..(((((.........))))).))))).))))).(((..((...((((((((((((.......)))))))).))))...)).))).....((((.....)))).)))))))).)).....)))))).........(((((.(((((((....)))(((..((((.(((......)))))))..)))...((((.((.((.((((((....)))))).))))))))........(((.(((((....((......))..))))).)))..)))).))))).((((((.........(((.(((......))))))))))))....))).....)))...))))))))).))))).......))))))))..(((((.......))))).((.(((.....))).))..((((..........)))).((....))........(((((((....((((..((.(((((...)))))..))....))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).))))).)).(((((((..........))))))).....))))))))).))).)).))).))).))))))).((.((.....(((((..((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))..)))))...)).)).(((((((((....)))))))))))).)))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................((......(((((((((....))))))))).....................[[[[[[........((((((((((((.....((((((....))))))......)).........(((((..((((....)))))))))...........))))))))))....))]]]]]]((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..........................((((....)))).................((((...(((((....))))).))))......................(((((..((((......(((((((((............................(((((.(((....))).)))))................(((.........aaaaaaaaa...aa....)))(((((((.........((((((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....................................((((((((.....................))))))))...........((....)).................................................(((((.........)))))...)))))))))...))))).......((((((((.......))))))))......................)))))))AA...AAAAAAAAA...........................((((((.....(((....(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((.........(((((...((((....))))...(((((....))))))))))............(((((...((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((........((........................<<))....>>...)))))).......))))....)))))............)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((................))....))))...))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...))).....(((((((..........)))))))...........)))))).......................................{{....{{.............))))))))).....)))).))))).........}}...}}.................(((((((((....)))))))))........... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((.(..((((((((...)).......................................((.((.((((((....))))))))..))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))........((.((((.....)))...).))......((....)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((....))))))))..(((....)))...................(((...(((((....))))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..(...)..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..(....((((.........)))))..))))))..((........((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))........((....)).....(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((......((.((((((.(((((....))))..)...((....))..)))))))).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((.)).))).))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).......................))))))).......))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((.(((((((...((((((.((((..(((..))).))))))))))..))))).)))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((.(..((((((((...))...............(((((.......))))).......((.(((((((((....))))))))).))..................(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(..(((((..((((....))))))))).)...........))))))))..)).)))))))..((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))).((.((((((((....)))...))))).)).(((((.(((....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(.........)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........))).........................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..)))).))))...))).).)))......((((((..(....((((.........)))))..))))))..((.......(((((((.((((((((.......))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).............................(.....(((..(((...)))..))))....(((((((.......(..(((((..((((....)))).....(((....))).))))).)....(((((((.((((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((.((((...).))).))))))...((.(((((....))))).))))...))))))))))))).).)))))).........)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...))))))).....((((.((((((((........)))))))....)))))............((((((..........)))))).............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((.((((((.(..((((((.((((..(((..))).))))))))))..))))).)))))))..))).)))................(((((((((....)))))))))))))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.((.(((..((.(((........))))).(((((.......)))))..........(((((((((....))))))))).(((((((.((((((......(((((((..((...(((((((((((......((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))...)))))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))...((.(((..((((((((.......((((....))))................(((((...(((((....))))).))))).((((((((((..(((....(((((....)))))....))).((((((......)))))).))).)))))))...(((((.(((....))).))))).........(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..)))))))))).......((((...(((..((..(((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..((((((.((....)).)))))).((((.......((((((((...(((........)))....))))))))...))))...(((..(((......)))..)))..))).)).)))...))))....(((.....)))..(((((.........))))).(((((((((((......((...((((((((((((.......)))))))).))))...)).........((((.....))))...(((........)))...(((............((((((.(((....)))(((..((((.(((......)))))))..)))......(((((((.((((((....)))))).....((((....))))(((.(((((................))))).)))..(((((....)))).)............(..(((......))).)..((((((....................))))))................(((((....))))).....)))))))..(((.....))).....))))))........)))................)))))))))))..((((..((...((.....))....))....))))......(((.....(((((..(((((((........))))))).....)))))...)))....(((((((..........))))))).....))))))))..))).)).))).))).)))))))(((.((.....(((((..((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))..)))))...)).))).((((((((....)))))))).))).)))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))...............(((....)))............((...)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))..))))))))......)...(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).)) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...............(((....)))............((...)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((.....(((((....)))))....))))((((((((((...(.........)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))...)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......)))))))))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).)) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((.((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))...............(((....)))............((...)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))..))))))))......)...(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).)) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...............(((....)))............((...)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))..))....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).)) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.(((.(((..(((...(((((..(((((((((..(((((.(((((((((.(((....(((((((((....))))))))).(((((..(((.((((((...(((((((..((...((((((((((((.....((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))..))))))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((((((((..(((......((((....)))).((((((((.((.((((((((....((((....))))..))))).))).))((((.((((((((.((((((((((((....(((((.((((((......)).)))).)).)))......(((((.(((....))).)))))((((.(((.(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))))))........(((.(((((((...(((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).)))..((((((.((((((((((.((.((((..((((((((((..(((((....((.((((.(((((........))))).((....)).....)))).))...))))))))))).)))).....(((.....)))...............)))).)).))))).))))).....((...((((((..((((.......))))..)).))))...))..))))))...))))))).)))....))).))))......))))))))))...((((((.((((.((((.....(((..((((.(((......)))))))..))).....((((..((.((((((....)))))).))..((((....))))...(((((....)))))........)))).))))..)))).))))))(((((((((....)))...(((......)))...))))))....)).)))))))).....))))..............)))))))).......)))..((...((((.(((........))).)))).)).)))).)))))))))).))).))))))))..............))).)))))....)))).......(((((.........))))).)))))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))))))..)))))....))).....(((((((..((((((....)))...)))..))))))).((((((((.....(((((((((.((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))...((....))....)))))).)))....)))))))).))).)))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.((.(((.(((.(((........))))))(((((.<<<<<.)))))..>>>>>...(((((((((....))))))))).(((((((.((((((......(((((((..((.(.((((((((((((.....((((((....)))))).......(((....((((((((..((((....))))))))).))))))..)))))))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))......(((.(((((((((.......((((....))))...(((((((......(((((...(((((....))))).)))))(((((((((((..(((....(((((....)))))....))).((((((......)))))).))).))))))).).(((((.(((....))).))))).........(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..)))))))))).......(((....((((.((..((((.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..((((((..........)))))).((((.......((((((((...(((........)))....))))))))...))))..........................)))).))))))....)))....(((.....)))..(((((.........))))).............(((.......((((((((((((.......)))))))).))))......))).....((((.....))))...(((((aaaa))))).........(((....((([[[[[.(((....)))(((..((((.(((......)))))))..)))......[[[[[...((((((....)))))).....((((....))))(((.(((((.......{{{......))))).)))...[[[[.)))]]]].............(((.(((......))))))(((((((....................))))))).....}}}.......(((((....))))).......]]]]]..(((.....))).....]]]]].....)))............AAAA......(((((((....((((((((.(((((...)))))..)).)).))))...)))))))....(((((..(((((((.((...))))))))).....))))).))))).)).(((((((..........))))))).....))))))))).)))....))).))).)))))))(((......(.(((((.(((((..((((((((....((((......(((......))).)))).....)))))))).))))).)))))).....)))(((((((((....)))))))))))).)))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....(((((....))))).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).................(((....)))....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))...))))))).....((((.(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....))) |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..............(((((....))))).....(((((...(((.((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((((.....(((....)))...)))))............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).))))).)))((((....)))).....))))).(((((.(((....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..(....((((.........)))))..)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))...(((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........((((((..((((....))))......((....))..))))))...(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).......))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((..((((((((.(((.(....).))))).(((((.......)))))..((...((.(((((((((....))))))))).)).))...(((((.(((...(((((((..((...((((((((((((.....((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))..))))))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).))))).))))))..((((((((((((((((....((((.(((...((((....))))(((((((((....((((((.((...((((....))))........((((((((((..(((....(((((....)))))....))).((((((......)))))).))).)))))))...(((((.(((....))).)))))..((((...(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))))))....((.(((..((((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..((((((.((....)).))))))......((((..((((((((((..(((((....((.((((.(((((........))))).((....)).....)))).))...))))))))))).)))).....(((.....)))...............)))).....)))))))))...)))..))).))...)))))).)))))).))))))))).)))....))))....)))))..(..(.((((.(((((....)))))..))))...((...(((((((((((((....((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..((.(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((((((((((...((....))...))))))).....(((((....)))))..))))).)..)))))))))).).)))))).))..))).))))))).......))))))).....(((((((....((((..((.((((.....))))..))....))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).(((.((((((.((........)))))))).))).....)))))).((....))...))))))).(((.((.....(((((.(((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))).)))))...)).)))..))...)..)..)))))))))))...))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................(.(.....(.(..((....((.((.......(...((...............))....(.....((........(..((....((....((..))................)).....))..).....((.(((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((...(((....)))..)))).)......)....)........))....((((((....(((....))).).)))))...........((.(...((...((...)).)).....).)).(((..((((...(.(....).....).)))).).))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..)..)..))..............((.....(((....(((((((.(((.....(.(((((.....((((((.....))))))...)))))...)....))).)))...(((.((((...((.((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))).))..))))..)))..))))...).))....))((((.(......((((.........)))))...))))(((....((.(((((((((.((((((((.......))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.......(...........................................)..(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((....))...))))))).(((.(..(.......).).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((...(((.(....(((...((..(.......)..))..))).)...)))...))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))).)......)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................(((((...((...(..(.(((.......(.(((....)))..).....(.(..((.....(.((........((....(...(................)..................)....))........)).).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((...(((....)))..)))..)).)...)...)))...)..)......((((((....(((....))).).)))))..)).......((.(...((...((...)).)).....).)).(((((((((......(.........).)))))))))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........)))...........))((.....((((...(((((((.(((..(.((.(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...)))).)))...(((.((((...((.((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))).))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))))...))))(((....((.(((((((((.((((((((.......))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.......(.(((........(........)..........)).......).)..(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((...((....))...))))))).(((.(..(.......).).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((...(((.(....(((..(((...((....)).)))..))).)...)))...))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))........... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.............((.(....).))...............................(((((((((....))))))))).....................(((((((..((...(((((((((((......((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))...)))))))))))..)).))))))).............(((((((.......)))))))................................................................((((....)))).........................((((....))))..................................................................................(((((.(((....))).))))).........(((.(((((((.(((..((((....))))..)))..))))))))))............................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))........................................(((((...((((.....((.((((...(((........)))...((....)).....)))).))....)))).))))).....................................................................((..((((.......))))..)).........................(....((((.(((((....)))))..))))...).............................((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((.....(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((..((((((...((....))...))))))......(((((....)))))...))))....)))))))))).).)))))).....))).))))))).......)))))))................................................................(((((..(((((((........))))))).....))))).........................................................................................((((..((((((((....(((.......(((......)))..))).....)))))))).))))............................................)))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((....(((((.((((((((.(((..((((((.((.........((((((..((((((((((((((....)))))))))..((((((..((.(((((...(((((((..((...(((((((((((......((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))...)))))))))))..)).)))))))..((((((((..((((((((.......))))))...(((((.....((.(((((((.........))))))).))...(((((....((((.......((((....))))(((((((((........((((....((((....))))..))))..((((((((((..(((....(..((....))..)....))).((((((......)))))).))).)))))))...(((((.(((....))).)))))....((((((((.(..((((.(((..((((....))))..)))..))))..)))).......(((..((((((((((((....((((((((......((((((.....))))))....))))))))..((((((.((....)).))))))......((((..((((((((((..(((((....((.((((((((((........))))..((....))...)))))).))...))))))))))).)))).....(((.....)))...............)))).....)))))))))...)))..))).........)))))......)))))))))........))))....))))).(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((......((((....))))((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..((.(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((...((....))...))))))).....(((((....)))))..)))))....)))))))))).).)))))).))..))).))))))).......))))))).))...)))))........)))))...........))..)))))))).....))))).))....(((((..(((((((........))))))).....))))).))))))...(((((((..........))))))).....)))))......)))))))).)))))))))))).)).)))....(((((..((((..(((((..(.((.((((......(((......))).))))..)).)..))))).))))..)))))...)))))(((((..(((....)))..)))))....))))). |