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UCUCAUGGAGAGUUCGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUUGAACGAGAAAUAGAACAACUAUUUCUAGUAGCGAACGGGUGCGUAAUUACAUAAGAACUUAUCCUUUUAAGAAGGAAAUAACAAAUAACAAAUGGAAACAUUUGCUAAUGUCCUAUAAGCUGAAAAGUAAAAGGAUUAAAUCCACUAAAGGUAAGGCUUAUGUCUAGUUAGUUGGUAAGGUAACAGCUUAACAAGACAAUGAUCAGUAAUUGGUCUGAGAGGAUGAUCAAUCACACUGGAACUGAGAUAAGGUCCAGACUCCUACGGGUGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCUGACGGGGCAAUGUUGCGUGAAGGCAGAAGGCCGAUAGGUUGUAAACUUCUUUUGUGAGAAAAUAAGGAAAAUGACAGUAUCUCAAGAAUAAGCAUCGGCUAACUUUGUGCCAGCAGCCGCGGUGAUACAGAGGAUGCGAGCAUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGUGUUUUAAGGUGGCUUUAUAAGUCUAUCGUUAAAUCUCAGAGCUUAACUCUGAUUAGGCGAUUGACUAUUAAGCUAGAGCUUUGAAUAAAGCAAGGGGAAUUUCUAAUGAAGCGGUUAAAUGCGUUGAGAUUGGAAAGAACACCAAGGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCAAAAUUGACACUGAUAAACGAAAGCUAGGGUAGCGAGAGGGAUUAGACACCCCAAUAGUCCUAGCUGUAAACAAUGGAUACUUAGCAUUACUAUAUGAAAAGAUAGCUAAGCUUAAAGCUAACGCAAUAAGUAUCCCGCCUGGGAAGUACGUUCGCAAGAAUGAAACUCAAAGGAAUUGGCGGGGGUUCACGCAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAAAGCGAAGAACCUUACCAGGGAUUGUAUGUCGUAAUCUUUCUGAAAAAGUAAGAUACGUAUUUAUUUAAUAAAUAAAUACGUAGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCCCGUGCUGUCAAGCGUAGGGUUAACUCCCAUAACGGGCGCAACUCCCAUGUUUAGUUACCAAUUUAUGGUACUCUAAACAAACAGCUAAUGAUAAAUACUAAAUUAGAGGAAGGUGGGGAAGACGUCAAGUCAUCAUGCCCUUUAUACUCUGGGCUACACGCGUGCUACAAUGGCUGGGACAAAAUGUUGCAAUUCUGUAAAGAUAUAGCAAAACAUAAAACCCAGUCUCAGUUCGGAUUCGGGCUGCAACUCGCCCGCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCAAUACAGCGGUGAAUAAGUCACCGGACCUUGUACACACCGCCCGUCACACUCAGGAAAUUGGUCAUGCCCUAACUCAUUUUAAUAUAAUGAUAAAGGUGAGGCUGGUAACUAGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((((.....))))))))))))))......(((.......((((((((.((...(((((..((.((((...........(((((((....))))))).....))))....(((....)))....(((.....))).)))))))..))))))))))((.(((..((((((((.......))))))))))).....)..)..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((.......))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(...........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..))))))))))))))))))...((.(((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..(((.(((((((........)))).))))))....{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((....(((((((.....)))))))(((((((((((((...)))))))))))))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(((.....)))....)))))))..((((((((............)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))....))....)))....)))))))......(...(((((((........))))).))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.......))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.((((...((((...((((((.(((((.......)))))..((((....((((((((.....))))))))..))))...(.(((((.(((((((.((((..((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).))))(((((.((((((((.........)))).)))).))))).......))))))).(((((((...((.(((......(((((.((......)).)))))..((((.((.(..(((((.((((((....))))))....(((....)))......))..)))..).))...((((((((((....))).........))))))).........))))...)))))...)))).)))....))))).)..........))))))....((((((.((((.(((.(((........(((((..((((((((((...((((((......(((((.....((((.(((((..((..((((((.....))))))))..))))).))))....(((.((((((((....)))))..(((...((((((((..((((........))))...))))))))...).))....((....))..)))))).))))).....))))))..........(((((..(((((.((((((((((((((.....((((((((.(((.........(((((((((((.(((((((.(....).)))).))))).....((....))..)))))))))..(((..((..(.(((((....))))).)..))..)))....))).(((((((.((((.((......)).))))......((((........)))))))))))....)))))))).)))).))))))))))......((....(((((((((((((...)))))))))))))...))..(((.((.(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))......(((((............)))))......))))))..)))).).)))))))).((((..........))))..)))....)))))..)))))(((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....)))(((..(((((((....)))))))..))))))))).))))..)))))...((((((....))))))..)))......((((((.....))))))..)))))))..)))))).)))).(((((.((..((..(((.((((.....(((((.......)))))....)))).)))..))..)).))))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((((.((((((...))))))..((((..((.(((((.......)))))..(((..((.((((((((.....)))))))).))....)))..))))))..........))))).((((((((....((((........((..((((((....))))))...)).))))....(((....)))))))))))....))))..(((((...(((((...((((((((.(((......)))((((((.........(((((((((..((..(((((((((((((....)))..(((((............)))))..))))((((((((((((.((((((....))))))....(((((...(((((.((((....(((((((((.((....((((((.....(((....((((....(((((....................)))))))))...)))))))))..(((((((...((....)).....)))))))..(((((((..((((((...((((....(((..((((((((..(((((((((((.((((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))))...((((....))))...)))))))........((((((((..((((........))))...))))))))...))))...(((...((((...))))..)))..))..)))))).....)))..((((((((........(((........)))......))))))))))))....))))))(((((((((............))).))))))......)))..))))....)).(((((((((((.....(((((....)))))...))))........))))))).)))))))))..(((..((((((((((((..((((........)))))))))...((((((......((((...(((((...........)))))((((((((((((...)))))))))))).)))).(((.(((..((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))......(((((............)))))......))))))..))))...))))))...))))))....)))))).......))))))).....(((((((.....(((((((...(((....)))....))..)))))....))))))).(((((((....)))))))..))).)))).......)))))..))))).......))))....((((.....((((((.....))))))....)))).....))))))))....)))))))))))))))))..(((...(((((.......)))))...)))..)))))).))))))))...)))))......(((((((((((((....))))))))).....))))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................((((((((.....))))))))......................(((((((.....................................................................................................))))))).............................................(((((((.........)))))))....(((((............)))))............................................................................................................................................(((((......(((((((................))))))))))))..................................................................((((((.....))))))...............................................((((((((.....................))))))))......................................................(((((((((.......(((.........)))....))))))))).........(((((((((...........................................))))))))).............(((((....))))).......................................((((((((..............................((((((.............(((((...........))))).......................................................((((((............................))))))..........(((((((.(((((.....)))))..)))))))...................................................................))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))............(((((........)))))......................(((((((..........)))))))........................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((....(((((.....)))))....))))).................(((((((.((...(((((..((.((((............((((((....))))))......)))).....((....)).................)))))))..))))))))).((.(((..((((((((.......)))))))))))...)....)..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((....................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))).)))))))...((.((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.(((..(((((((.....))))))).......((...........))..)))....)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).))...........)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))).)..))....)))....))))))).....((((..((((((........))))).).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.......)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.((((((.(.....(((...........((.((((((((.....)))))))).))...................((((((((.((...(((((..((.((((..........(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).................)))))))..))))))))))((.(((..((((((((.......)))))))))))...)....)..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((....................)))))))))...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).))))))))...((.((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.....((.(((..(((((((.....))))))).......((...........))..)))....))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((..(((.......)))...)))))))..((.(((((............))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))).)..)))...)))....)))))))......((...((((((........))))).)......))..))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.......)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...)))))))))).......(((((.......))))).......((.((((((((.....)))))))).))......................((((..((((.(((((......((...........(.((((((....)))))).)...(((((....(((....)))...))))).....))...))))))))).))))(((((.((((((((.........))))).))).)))))...........((((((.........)))))).....(((((.((......)).)))))...((((((..(((((((.((((((....))))))......(....)..............................(((((((....................((((....................))))..........))))))).........((((((................((((.........)))).................(((((((.....((((((.((.((((.((((((.((..((((((.....)))))))).)))))).)))))).))))))..(((((....)))))..((....((((((((..((((........))))...)))))))).....))........))))))).)))))).........................(((((((((.......(((........))).....))))))))).........(((((((((((..................(((..........)))...))..)))))))))((((.........(((((....)))))...............))))..(((((......((......))...........((((........)))))))))................(((....((((.((.....)).))))(((((((((((((...)))))))))))))))).............(((((....)))))...)))))))..))))))(......).....................(((((((.(((((.....)))))..)))))))......(((..............)))(((.........((.(((.....))).))............)))......................(((((((.....(((((((.(((((....))).)).))..)))))....)))))))............(((((........))))).........................((((..........))))(((((.....)))))....((((............(...(((((.((..(((((((.((((.(...(((((.......)))))...))))).)))))))..)).)))))....)....)))).((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((..(((((.((((.....)))))))))....((((....(....(((.(((..(((..((.((((((((.....)))))))).)))))......(((.......(((((((..(((..(((((.....................((((((....)))))).....((((.....(((....)))....))))..........))))).))).)))))))...(((..(((.((((.......)))).))))))...........((((((((....))))...))))))).(((((.((......)).))))).(.((....)).)...)))))).).......))))....(((....)))..((((.......(((..((((......((((....)))).....))))..........................................(((((......(((((.....((....)).......))))))))))..)))...))))...))..))))((((.(((((((.......((((.((.((((.((((((.....((((((.....))))))...)))))).)))))).))))....((((......))))..(.(...((((((((...(((......)))......))))))))...).).........))))))).))).)(((........................((((((...((....(((.........)))....))))))))..........((((((..(((....((((........))))....)))....((....)).....)))))).))).(((......((((....))))....))).(((((...((((.((((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........((((((.............(((((.((.....)).)))))((((((((((.......)))))))))).......((.((((..((((((.((...(((((((((....))))..(((......)))....)))))......(((((((((((...(((.....)))....)))))))..(..(((((............)))))..)....)))).....)).).)))...)))))))).....))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((((...(((....)))....))..)))))....)))))))......(....((((((........))))).)....).....))))).....(((((((..........)))))))......))....))))))))).)...(.(..((...(((((((......((((.((((.....(((((.......)))))....)))).)))).....)).)))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((((.((((((...)))))))))).))(((.(((((.......)))))..)))..((.((((((((.....)))))))).))......((....))........((((..((((.(((((......(((.........((.((((((....)))))).))..(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).))))(((((.((((((((.........))))).))).)))))..........((((((((....)...)))))))....(((((.((......)).)))))...((((((..(((((((((((((((())))))))...((((....)((((((((((..(((..........((((((((((((.((.......))((.....(((((....................))))).))......)))))))...))).))(((((((((.(((((((.....(((((.......)))))...))))))))).....((((((((....((((((.((.((((.((((((.((..((((((.....)))))))).)))))).)))))).))))))..(((((....)))))..((....((((((((..((((........))))...)))))))).....)).......))))))))))))))).........................(((((((((.(...(.(((........))))..).))))))))).........(((((((((((.......(........)(((((........)))))..))..)))))))))(((((((...((.(((((....)))))..)))))........)))).((((((.((((.((......)).))))......((((........))))))))))..............((((....((((.((.....)).))))(((((((((((((...)))))))))))))))))........)))..))).)))))))))).))))))))..))))))(......).......(((.......))).(((((((.(((((.....)))))..)))))))......((((............))))((((((((...(((.(((.....))).))...))))))...))).......(((()))).......(((((((.....(((((((.(((((....))).)).))..)))))....))))))).((((((((()))))))))...............................(....)(((()........)))((((((.....))))))..((((((..........((.(.(((((.((..(((((((.((((.(...(((((.......)))))...))))).)))))))..)).)))))..).))..))))))((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((.....(((((((.......)))))))...))).................((((((..((....((((.(((.(.((............((((((....))))))......)).).((((((....))))))...........).))))))...)).)))))).((.(((..((((((((.......)))))))))))...))......((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(.(((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(...........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))))))))))...((((((((....((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))).)...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((.....((((((...((((((.....)))))).....((.................)).)).)))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))....))....)))....)))))))....(((((..((((((........))))).).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((......((((.......)))).....))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((..(((.....)))..))).))))).................((((((..((...(((((..((.(.((............((((((....))))))......)).)....((......))................)))))))..)).))))))(((.(((..((((((((.......)))))))))))...))).....((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(.(((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((.....(((.......).)).))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).))))))))...((((((((....((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))).)...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((....((((((.....))))))........((...........)).....).)))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))....))....)))....)))))))...)..((...((((((........))))).)......))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.(((((.....))))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...))))(((((.(((((...)))))))))).......(((((.[[[[[.)))))..]]]]]...((((((((.....)))))))).((((...(((....)))..)))).......((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...)))))))))(((..(((((.((((((((.........)))).)))).))))).[[[[[))).....((((....))))]]]]]..(((.(((((............)))))..[[[[[[..)))......]]]]]].((((((((((((.(((....))).....(((....((((......))))...))).....)))))......[[[...[[[[[......))))))).......]]]]].....]]]....(((...[[[[[[)))...............]]]]]]((((....))))............((((((........(((((((((((((....((((.((((((.....((((((.....))))))...)))))).))))...)))))...))))))))....((((((....((((((((..((((........))))...))))))))..........(((...((((...))))..)))..........(((((.......[[[[[[[[...........)))))............]]]]]]]].........(((((((((...............(((.[[[[[...)))..]]]]]......)))))))))..(((........(((((....))))).....[[[)))..]]](((....[[[[)))......]]]]((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]].....((((((((..[[[[.))))))))..............(((((((((((((...)))))))))))))]]]]...(((((((((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))...................(((...)))......))))))..))))...))))))...((((..........)))).......)))))))...(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....))))))).((((((.[[[[[)))))).....................]]]]](((.......[[[[...)))....]]]](((((.....)))))...))))))......))))))...(((((.......[[[[[.((((....((((((((..(((....)))))))))))...))))....)))))..............((((((((((....))))))))))]]]]]........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...)))))))))).......(((((.......)))))..........((((((((.....)))))))).......................((((((..((((.(((((......((.............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...))))).....))...))))))))).))))))(((.(((.((((.........))))..))).))).............(((((((....))))...))).....(((((............)))))...((....))............................(((....))).............................((((((..........................................................))))))................................((((.........))))..............................(((((.((.((((.((((((.(((..(((((.....)))))))).)))))).)))))).))))).........................((((((((..((((........))))...))))))))...........((....))...................................((((((((........(((........)))......))))))))...........(((((((((...................))))).......((....)).....))))((((((.(((.....(((((....)))))...))).........)))))).........................((((...((((........)))).))))...((((((.......(((....((((.((.....)).))))((((((((((((.....)))))))))))))))...........(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))......(((((((((((.(((((.....)))))..))))))).....(((((............))))).......))))...)))).)).)))))...[[........))))))]].................(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....)))))))............(((((........))))).......................((((((..........))))))((.......))..........................(((((.((..(((((((.((((.....(((((.......)))))....)))).)))))))..)).)))))...............(((((((((....))))))))).......))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((((.....)))))))).))....................((((((..((.(.(((((..(((((((.........((.((((((....)))))).))...))))...................((......)))))))))).))).)))))).((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))......((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(.(((....)))).)))).....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..((..).)..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...))))).....................................((((.(.((((((((((((..(((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))).)))))))))..((((((((....(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((.((((((((......))))).)))))).....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((......(((((..(((((((.....)).......)))))..((.......)).....)..)))).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((.........)))..))))))...((.(((((............))))).)).....)))))))))......................)))))))...................(((((((....((((((((..((((....))).)..)))..)))))...)))))))...........((((((........))))).)....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.......))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((..((.....))..)))).))....................((((((..(((..(((((..(((((((.........((.((((((....)))))).))...))))....(((....)))....((......).))))))))).))).)))))).((.....(((((((((.(...).)))))))..))...))......((((((((....))))...))))(((.(((((.(((.....))))))))..(((....))).......)))........((((...(.(((....)))).)))).............(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..(.....)..)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))................................(((.(.((((((((((((..(((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))).)))))))))...(..((((....(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))..).))....))).).)))....((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((((((.(((((((........)))).))))))....((....))...))))))))...((...((((.(((((....)))))..))))..))...........((((.((....))..((.((((....((((..((((...(...)))))))))....(((.........(((((((.(((((((.....)))))))......(((((.......)))).)..))))))).))))))).)).))))...((((.(((((.((....))...((((......))))..))))).....((((...((((((.((((.......))))..))))))...((.(((((............))))).)).....)))).))))................................................(((((((....((((((((..((((....))).)..)))..)))))...))))))).....((((..((((((........))))).).....))))...........(((((((..........)))))))....................................((((.(((..(((((((((((((...((((((.......))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...)))))))))).....(.(((((.......)))))..........((((((((.....)))))))).(((((..(((.(((.................(((((((((.....((((............((((((....))))))......))))..(((((...........((((...))))...........))))).(((((.((((((((.........))))).))).)))))..(((((.....)))))..))))))))).........(((((.((......)).)))))...((((((..(((((((.((((((....))))))....(((....))).(((.((.....)).)))...((((.(((((((((..(........((((....(......)...))))..........).............)))))))....)).)))).((.(((.(.(((.......((((.........)))).....))).))))....((((((......((((((.((.((((.((((((.((..((((((.....)))))))).)))))).)))))).))))))..(((((....)))))..((....((((((((..((((........))))...)))))))).....))...(((...((((...))))..)))......))))))..........((((((((........(((........)))......)))))))).........(((((((((.(..........)......(((((........)))))......)))))))))..(((..((.((.(((((....)))))..))))..)))...(((..(((((((.((((.((......)).)))).......(((........))).))))))).))).................(((..((.....))..)))(((((((((((((...)))))))))))))............))..(((((....)))))...)))))))..))))))(......)((.....(((.......))).(((((((.(((((.....)))))..))))))).....(((((............)))))........))....(((.....))).....((((..........))))..))).))))))))...(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....)))))))...((((.(((((((((........))))).....)))).)))).)(((((....)))))...........((((((.((((.((....))..))))...))))))......(((((((...(((((((.((((.(...(((((.......)))))...))))).)))))))..)).)))))..............((((((((((....))))))))))......))))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.(((...(((..((((((.((((((........((.(((..((((................................................((((((..((...(((((..((..................(((((....)))))...............................((..))....)))))))..)).))))))....(((..((((((((.......)))))))))))..)))).....((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))).........((((...(((.(....)))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((....................))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))).)))((.....(..((((......(((..(((..(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)))))))))......((((....(((((((....((((((((.(.(((......)))....).))))))))...........((....)).)))))))..)))).........)))...)))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.....(((((((........)))))))........((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.((((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.......................(((((((....))))))).........................(((.((.....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....))))))).....(((((............)))))........))))..)))).).))))......)))))...)))))))...)).)))))))......(((((((.....(((..((...(((.....)))...))....)))....)))))))....)))....((((((........)))).))..........)))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))))))))...)))))((...((((.(((..((((((..((((....(.(((..(....).))).)...))))..))))))..))).))))....)).........(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...(((.....)))...)).)))((......(((.......(((((((..((...(((((..((.((((............((((((....))))))......)))).....((....)).....((.......)).)))))))..)).)))))))((.(((..((((((((.......)))))))))))...)....)..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((...(...........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))))))))))...((.((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(..((.(((..(((((((.....))))))).......((...........))..)))....)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..(..(((((............)))))..).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))).)..))....)))....)))))))...)(((((..((((((........))))).).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))..........)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((((((((....((((((.......))))))...))))))))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((((.(((.....))).)))).)))((......(((..((....(((((((.((...(((((..((.((((((........(.((((((....)))))).)..)))))).....((....)).....((.......)).)))))))..))))))))).((.(((..((((((((.......)))))))))))...)....)))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((...........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....)))))))))))))))))...((.((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...((((((...((...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))....((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))).))(....(((((((..(..((.(((..(((((((.....))))))).......((...........))..)))....)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((.(.((.......)).)..)))))))..((.(((((............))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))).)..))....))))...)))))))...)(((((..((((((.(.....)))))).).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.......))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((...(((.....)))...)).)))((......(((.......(((((((..((...(((((..((.((((............((((((....))))))......)))).....((....)).....((.......)).)))))))..)).)))))))((.(((..((((((((.......)))))))))))...)....)..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((....................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))))))))))...((.((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).(....)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(..((.(((..(((((((.....))))))).......((...........))..)))....)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))).)..))....)))....)))))))....(((((..((((((........))))).).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))..........)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((((((((....((((((.......))))))...))))))))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...)))))))))).......(((((.......))))).(((((....((((((((.....)))))))).(((((..(((.(((.................(((((((((((...(((.............((((((....)))))).......))).((((((...........((((...))))...........))))))(((((.((((((((.........))))).))).)))))..(((((.....)))))))))))))))).........(((((............)))))...((((((..(((((((.((((((....))))))....(((....))).(((.(((...))).)))...((((...(((((((....(((....(((((.(((bbbb..))))))))....)))...BBBB..........))))))).......)))).(((.((((.(((.......((((cccc.ccc.)))).................((((((......((((((.((.((((.((((((.....((((((.....))))))...)))))).)))))).))))))..(((((....)))))........((((((((..((((........))))...))))))))..........(((...((((...))))..)))...<<<))))))..........((((((((((...ddd(((........)))...)).)))))))).........(((((((((.(((......)))......(((((........)))))......)))))))))..(((..((.((.(((((....)))))..))))..)))...(((..(((((((.((((............))))......((((........))))))))))).)))aaaaaaaaCCCCCCC..((((...........))))(((((((((((((...)))))))))))))..)))..)))))))(((((((....))))).)))))))))..))))))...................AAAA.AAAA.(((((((.(((((.....)))))..))))))).....(((((............)))))..............(((.....))).....((((DDD.......))))..))).))))))))...(((((((.....(((((((.(((((....))).)).)))..))))....)))))))....[[[.[[[[[[[[[..))))).]]]]].....]]]].]]]..((((((....))))))....>>>.....(((..{{{{{{{))).}}}.}}}}...............(((((((...(((((((.((((.(...(((((.......)))))...))))).)))))))..)).)))))..............((((((((((....))))))))))......))))... |
|
RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....((((.....)))).....)).((......(((........((((((..((...(((((..((.................((((((....))))))...............((....)).................)))))))..)).)))))).(..(((..((((((((.......)))))))))))........)..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((....................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))))))))))).......(((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))))......))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((.....((.(((...((((((.....))))))........((...........))..)))....)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))....))....)))....)))))))....(((((..((((((........))))).).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((......((((.......)))).....))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....((((.....)))).....)).((......(((........((((((..((...(((((..((.................((((((....))))))...............((....)).................)))))))..)).)))))).((.(((..((((((((.......)))))))))))...)....)..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((....................))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).))))))))...((...((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))...))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.....((.(((..(((((((.....))))))).......((...........))..)))....)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))....))....)))....)))))))....((((...((((((........))))).)......)))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((.......)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((...((((...((((((.(((((.......)))))..((((....((((((((.....))))))))..))))...(.(((((.(((((((.......((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).....(((((.((((((((.........)))).)))).))))).......))))))).(((((((...((.(((......(((((.((......)).)))))..((((.......(((((.((((((....))))))..(.(((....))).)...(((....((((......))))...))).....)))))....(((((....)))))....))))...)))))...)))).)))....))))).)..........))))))....((((((.((((.(((.(((........(((((..((((((((((...((((((......(((((.....((((.(((((..((..((((((.....))))))))..))))).))))....(((.((((((((....)))))..(((...((((((((..((((........))))...))))))))...).))....((....))..)))))).))))).....)))))).....(((..((((((((((...((((((......((((((.((((((((.(((.........(((((((((((.(((((((.(....).)))).))))).....((....))..)))))))))..(((..((..(.(((((....))))).)..))..)))....))).(((((((.((((.((......)).))))......((((........)))))))))))....)))))))).((((...(((((.((.....)).)))))(((((((((((.....))))))))))).))))..)).)))).(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))...(..(((((............)))))..)...))))))..)))).).))))))....)))))).)))))).)))).....)))........(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....))))))).(((((((....))))))).....)))))).))))..)))))...((((((....))))))..)))......((((((.....))))))..)))))))..)))))).)))).(((((.((..((..(((.((((.....(((((.......)))))....)))).)))..))..)).))))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((................................(((((.......)))))..........((((((((.....))))))))..........................(((..((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).)))..((((.(((.((((.........))))..))).))))...............................................................................((((((....))))))....(((....)))............................................................................................................................................................................((.((.(((((....((((.(((((..((..((((((.....))))))))..))))).))))...)))))....)).))................((((((((..((((........))))...))))))))...........((....)).......................................(((((.....(((((.........(((..................((..(((((((((((.(((((((.(....).)))).))))).....((....))..)))))))))..(((..((....(((((....)))))....))..)))...))......................................(((........)))......................(((....((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))))))))))).)))........................(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.(((((.....)))))..)))))))...................................)))...(((.....)))......)))))...))))).....................(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....)))))))........................................................................((((((.....)))))).......................(((((..(..((..(((..(((.....(((((.......)))))....)))..)))..))..)..)))))...............(((((((((....))))))))).......))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((...((((...((((((.(((((.......)))))..((((....((((((((.....))))))))..)))).....(((((.(((((((.((((..((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).))))(((((.((((((((.........)))).)))).))))).......))))))).(((((((...((.(((......(((((.((......)).)))))..((((.......(((((.(((((......)))))....(((....))).....(((....((((......))))...))).....)))))....(((((....)))))....))))...)))))...)))).)))....)))))............))))))....((((((.((((.(((.(((........(((((..((((((((((...((((((......(((((.....((((.(((((..((..((((((.....))))))))..))))).))))....(((.((((((((....)))))..((....((((((((..((((........))))...)))))))).....))....((....))..)))))).))))).....)))))).....(((..((((((((((....(((((......((((((.((((((((.(((.........(((((((((((.(((((((........)))).))))).....((....))..)))))))))..(((..((.((.(((((....)))))..))))..)))....)))..((((((.((((.((......)).))))......((((........)))))))))).....)))))))).((((...(((((.((.....)).)))))((((((((((((...)))))))))))).))))..)).)))).(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))......(((((............)))))......))))))..)))).).))))))....)))))..)))))))).)).....)))........(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....))))))).(((..((....))..))).....)))))).))))..)))))...((((((....))))))..)))......((((((.....))))))..)))))))..)))))).)))).(((((((...((..(((..(((.....(((((.......)))))....)))..)))..))..)).))))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
