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UUUUAGGAUAUAAUUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAGAGGUUUUUAAAGAUUUUUCUUAAAAAACUGAAAGUGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGAGAAUCUGCCUUUAGGAAAGGGACAACAUUUGGAAACGAAUGCUAAUACCUUAUAUGCCUAUUAUAACUUGUAUAAUUAAUAGGUGAAAAGUUUUCUGCCUAGAGAGGAGCUCGCGGCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAACUGAUUUGAGAGGAUGAUCAGUCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCUGCAAUGGGCGAAAGCCUGACAGAGCAAUACCGCGUGAGGGAUGACAGUCCUAUGGAUUGUAAACCUCUUUUUUCAGGGAGGAAGUUCUGACGUUACCUGAAGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGUGUUAUCCGGAAUCACUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGUUUAAUGUGUCUGUUGUUAAAUCUUAAGGCUCAACCUUAAACCAGCAAUGGAAACUAUUAUGACUUGAGUGUGGUAGAGGUAGAGGGAAUUUCCAGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUUGGAAAGACCACCAAUGGCGAAGGCACUCUACUGGGCCAUUACUGACACUGAGAGACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGGAUACUAGAUGUCGCAUGUAUCGACCCAUGCGGUAUUAUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGAAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUAGUACGAAGUUUUUUGAAAAAAAAACCACCUUCGGGAACGUACAUACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGUAACCCUUGUUUUUAGUUGCCUUUCGAGGAUAUUUAGAAAGACUGCCGAUUAUAAAUCGGAGGAAGGUAAGGACGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUACACUCUGGGCUACACACGUGCUACAUUGGGUAGAACAAUAAGUUGCUAAGUUGCGAAACCAAGCGAAUCUUCAAAUCUACUCUAAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUAAAGAUGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUACACAGCGGUGAAUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUCACACCCAAAGUCGUUAUUCUAACCGUUUGGAGGAAGGCGCCUAAGGUAGGAUUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUAUAAAGGUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((((..(((.((..(((((.(((((.((((((..(((((((((.(((.........)))..((((((....(((((((.((((....)))).)))))))....(((((..(((.((((((....((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.............)))))))).............))))))).))).))))))........(((..((((((((.......)))))))))))...((((((...))))))..((((..(((.(((((...(((((.(((.....))))))))..((((.((..(((((((.((((((....))))))...((((....))))....(((((...(((...((((....(((((((...)))))))...))))..((((((((......((....))....))))))))...(((((..((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..)))))...)))..((.(..((((.....(((((.(.((((...((((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).)))).......((((((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...)))))))))..)).......((....)).)))))))..)))).))))..)))).).)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))))))..)))....)))))....(((.....))).((((...((((((.((((..((((.((......)).))))..........(((((.(((...((((((.....))))))......(((((..(((((((....)))))))..((....))..)))))......))).))))))))).))))))(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....)))).......)))))))..))))))..........)))))....................((((..((.(((.....))).)).))))..)))..))))..))).))).))))))))...(((((((........(((((..(((....)))..))))).........)))))))...))))))..(((((((........)))))))..........))))))))).(((((((((.....)).)))))))...))).))).)))))...(((..(((((((((......))))..)).)))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).))))).....))).......(((((((((....))))))))))))))))))).)))))......) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((((((..........................((((((((((((....)))))))))))).........................((((((.......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((((((.............)))))))))............))))))).....)))))).............((((((((.......))))))))..............(((((((.........)))))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..........(((((((...)))))))........(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((................))))))))))))....................................................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..................(((((...(((((((....(((((((((...................)))))))))....................)))))))..)))))....................((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((..(((((((....)))))))............))))).......................................................................................(((((...........)))))....((((((...)))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((................((((........)))).........)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..........))))))))...........................(((((((.................................................)))))))........................((((((((((....))))))))))...................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((...........((..........((((((....))))))..........))...................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((...((((....))))))))))..............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))..........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))....................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((..(((((.((((((.((..................((.........(((((((....))))))).........))...................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((...((((....)))))))))).............))))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((.....)))).....))))..((.(((((..................))))).))....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))).)))....(((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).))...))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...........(...((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((..(((......)))...)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))..........))))))...............)...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))....................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((.((((((...))))))))))..........((.......))................(((((((.((((....)))).)))))))....(((((((.(((..........((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((((((.............)))))))))............))))))).))).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))...........((((....(((((((...)))))))...)))).(((((((((......(......)....)))))))))....(((.......(((((((((.((....)))))...)))))).)))...............(((((.(((((.....)))))....)))))........((((((((......((((((.....))))))....))))))))........................................(((((((((((........))....((((((........)))))).........))))))))).........................((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..............((((....)))).........................((((....)))).................................((((((.....))))))..............((((((....))))))((((((................))))))........((....))((((((.............(((......)))...)))))).....................(((((...........))))).((.((((((...)))))).))...........(((.....)))........................................(((((((......(((((((..(((....)))..)))))..)).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........))))))).........................))).))))))).(((.......)))...(((((..((((((((.(((.(((....((.(.....).))...))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....))))))))))...................... |
|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(.((((.((((((...)))))))))).).(((((((((.......)))))(((((..((....(((((((.((((....)))).)))))))....))...................((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((((((.............)))))))))............))))))).))).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((...((((((((...(((((....))))).))))).))).))))..((((....(((((((...)))))))...)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))............((((((((((((((...))))))...))))))))...((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).))......)))))..(((((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...)))))))))..))................)))))))..)))).......)))...........((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((((((((((((((........))))))))))).).((....))....)))))))))))......(..(((((....)))))...)..........((((((((((((((....))))((.((((((((......((((........))))((((((.....))))))..............((((((....))))))((((((.((....)).......))))))....(...((....))(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((..........(((((((...........))))).((.((((((...)))))).))...))))))..(((.....))))....((((..........))))....)))))))).))..(((((((.....((((((((..(((....)))..)))))..)))....))))))).....((....(((((((........)))))))....)).(((..........((((((((.......).))))))).......)))...)))............))))))).((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((.((.((.(.....).)).))))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))).....(((........)))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..............(((((................)))))..........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......................................((...)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((.....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).)))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....(.....)..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((......).)...)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))..........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....))).)).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))...................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.....(((..(.(.((....)).).)..))).....)))))................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((...((...(((....))))...))))....((....)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....(.((((.....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))).))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))...((.....)).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))..........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))...................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.......))))))((((.((((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]].........(((((((((....)))))))))........(((.....[[[[[[)))(((.....))).......]]]]]]..(((..[[[[.....((((((....)))))))))...]]]]...(((((((((.[[[[[.......)))))))))..]]]]].....(((....)))..(((...(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).[[[[[[[...)))...]]]]]]]..(((((...(((.(((...)))))).((((....))))[[[[))))).........]]]]..(((((....))))).((((((..........((((....(((((((...)))))))...)))).[[[[[[[[[......))))))......]]]]]]]]]........((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]]....(((((........((((((((((((((...))))))...))))))))......(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).[[[[[....)))))...]]]]]...(((((((....(((((((((..(((........)))...))))))))).......[[[[[[.......)))))))..]]]]]].......((((........[[[[[[[[.......[[[[.))))....]]]]....]]]]]]]].....(((((....[[[..[[[[[[[[[)))))...]]]]]]]]]...]]]...............(((..[[[[)))....(((((....)))))....((((.....))))]]]]...((((.......)))).((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]].....((((((.......(((((..(((((((....)))))))[[[[........)))))........]]]]..((((....))))(((((((((....)))..((((......))))..))))))..)))))).((((((..[[[[[[[[[(((....)))..))))))..((((((...)))))).]]]]]]]]].(((..[[[...)))...]]].(((...[[[...)))........]]]((((.[[[[)))).........((((......))))..]]]].(((((......[[[[.......)))))...(((((((........)))))))...]]]]........((((.[[[[[[[....))))..]]]]]]]......(((((((((............)))))....[[[[.))))..]]]]..(((((..(((((....(((.(((......(((......)))..))).)))....))))).)))))..........((((((((((((((....))))))))))....[[[[))))....]]]].. |
|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..((((...))))..))))))).((.((((((.((((.(((((((((((...((.(((..(((..((....(((((((.((((....)))).)))))))....))....)))..))).))....((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.............)))))))).............))))))).))).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((.(((...))).))))...((((....))))....)))).)))))))..((((....(((((((...)))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).....(((((((...))))))).((((((((.......(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).(((.(((((((((.((((((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...)))))))))..)).......((....)).)))))))..)))).))))................((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((..(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))))(((..((.((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((........(((.((((((((((....((((........))))...(((((((.(((((.(((((..(((((....((((....)))).(((((((.((....)).......))))))).((((((((....)))).)))))))))..)))))(((.....)))(((.....))).)))))..............(((((...........))))).((.((((((...)))))).))..)))))))..(((.....))).....((((..........)))).)).)))))))).))).(((((((........(((((..(((....)))..))))).........))))))).....((....(((((((........)))))))....)).((((.((......(((((((..........)))))))....))))))))))))............))))))).((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).))))))))))))))...)))(((((((((....))))))))).))))))))((((...))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((...............)))))............................((((...................(((((((.((((....)))).))))))).........................((((((...((..(((((((..(((.[[..((((((....))))))......)))....(((((((((.............)))))))))....]]......)))))))))...))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...((............aaa))..(((((....)))))..AAA............((((....(((((((...)))))))...))))..((((((((..................)))))))).....((...((...(((((((((.((....)))))...))))))...))...))........((((((.(((((.....)))))....))))))..........((((((.....((((((.....)))))).<<))))))>>...........................(((((((((..(((((((((..((........)).....)))))))))..)).......((....)).)))))))...........................((((((((.......((((.........))))....)))))))).........{{{{{{{.(((((((((((........)))))))))))...((....))))))}}}}}}}.............(((((....)))))...............((((((((((((........(((.((((((((((....((((........))))..))....(((((((........(((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).....((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((............(((((...........)))))....(((((.....)))))........))))..)))).)).)))))...)))))....)))))))......)))))))).))).(((((((......((.(((...(((....)))...)))...)).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..........))))))............))))))...................(((((..((((((((.(((.(((....((.........))...))).))).)))))))).)))))...............(((((((((....)))))))))....................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..(((.....)))..))))))).((.(((((.(((((.(((((((((((...((.(((..(((..((....(((((((.((((....)))).)))))))....))....)))..))).))....((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.............)))))))).............))))))).))).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((.(((...))).))))...((((....))))....))))).))))))..((((....(((((((...)))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))......((((((...))))))..((((((((....((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).))..((((((((..((((((((...(((...........(((((((((((........))....((((((........))))))((....)).))))))))))))...))).)))))..........((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(.(..(..(...((((....))))....).)..).)...((((((((((((((....)))).(..(((((((((.....(((........)))....(((((((.(((((.(((((..((((.....((((....)))).(((((((.((....)).......))))))).((((((((....)))).)))).))))..)))))(((.....)))(((.....))).)))))...(((((((...(((....)))....)))))))..((.((((((...)))))).))..)))))))..(((.....))).....((((..........)))).)).)))))))..)...(((((((........(((((..(((....)))..))))).........)))))))......(....(((((((........)))))))....)..((((.(.......(((((((..........))))))).....)))))...)))............))))))).((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).))))).))))))))......(((((((((....))))))))).))))))))((((...))))... |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((......((.((((....)))).))...))....)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))...............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((...))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).......... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((......((.((((....)))).))...))....)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))...............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((...))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).......... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((........(((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..((((.((.((......((.((((....)))).))...))....))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(..........(((....)))........)...((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..))....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((..((.........).)..))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(.(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).).)))...((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))((.....)).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..((....))..((((((((((((....))))))))).....)))))))).......... |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((........(((((....))))).....)).....))))......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).................(((....))).....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))).)))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))...((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))..........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))............ |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...........((((((..))))))...........)).((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..............((((....))))....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((...((((((....))))))...((....))..)))))....(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))..........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))).......... |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((....((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..))))..((((....((((..............(((((((.((((....)))).)))))))....(((((((.((((((.(((.((((((.........((((....((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.............))))))))..))))......(((((((((((.((.....(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))...((((((((.........(((((...(((((.(((.....))))))))..((((.((..(((((((.((((((.((((..(((...((((....)))).....((((((((((((((.(((((((((((((...)))))))....((..(((((((((...((.((....)).)).)))))))))..))))))......(((((((((.((....)))))...))))))((((((.(((.((((..(((((((((((((.....)))))...))))))))...((((((((((((...(((((..((((((.......(((....)))...(......)..))))))(((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...)))))))))..)).......((....)).)))))))..))))).........)))))......((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...))))))))))))..)))).))).))))))..)))))))))))))...)))...)))..)))).))))))..(((...((((((((...(((.....)))....((.(((((((.((((..((((.((......)).))))..........(((((.(((...((((((.....))))))......(((((..(((((((....)))))))..((....))..)))))......))).))))))))).))))))).))..(((....)))...(((......)))....)))))))).))).........)))))))..))))))..........)))))(((((.....)))))..................))))))))....)).)))....))))))))....)))))).)))...(((((((........(((((..(((....)))..))))).........)))))))...((((((..(((((((........)))))))....(((...((((((.((....(((....)))...))))))))..)))....))))))......))).))).)))))))..)))).)))).((((.(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....))))))))))))))...))))........... |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.(((...((.(((..((((........(....(...(.......)...)...)......))))...((((.((((....((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(...(....(.(.(.((....)).))...)).)....(.....).)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))))))))).))....)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((....)).))))...)))).((..(((((...(.(....).....).))))).....))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))).)))...((((((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((((((..(((..(........))))............))))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...(.......).....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).)))))).(..(((((((..........)))))))....).....))))))............)))))))((((....(.((((((...(((......((((....(..((....))..)..)))).....)))...))))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))).........). |
|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((((.((((.(((((.(((((.((((((.((((................((....(((((((.((((....)))).)))))))....))...................((((((..(((..(((((((..........((((((....))))))..............((((((((.............)))))))).............))))))).))).))))))((((((..(((..((((((((.......)))))))))))....))))))............................((((..(((.....))).)))).((((....)))).........................((((....))))....))))..))))))..((((....(((((((...)))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((......(((((.(..(((...((((...((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))....)))).......(((.((((...(((((((((..(((((((((..((..........))...)))))))))..)).......((....)).)))))))..))))..)))..)))..).)))))...)).....))))....))))))))).(((((((((((((((.((.....(((.(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))..(((..((.((..((((....))))...))))..)))..)))..(((.(((....((((((((...(((((((......((((........))))........(((((((.((.....(((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).....((......(((((...((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))..............................................((((((...))))))..............))))....)))))......)).)).)))))))......)))))))....((((((.....................((((.....(((((.(((.....((..(.....)....)).(((((((........))))))).......))).))))).....))))((..(((((.(.((...............(((((..((....))..)))))........))).)))))..)).)))))).............))))))))......))).))).)).)))))))....))))))))................(((((((((....)))))))))....................... |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((............(((((((....((.(((........))))).(((((.......)))))..)))))))....(((((((.((((....)))).)))))))....(((((((.((((((.(((.((((((.......((((..((..(((((....((((((....))))))....((((((....((((((((.............))))))))....((((((((((((.((((((..((((((((......(((..((((((((.......)))))))))))...((((((...)))))).(((..(((((.(((((.(((((...(((.(((...)))))).((((....))))....)))))..(((((..(..((..((((....))))......((..(((((((((.(((...(((((((...)))))))...((((.(((((((((......((....))....)))))))))..(((((..((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))))).(((.......(..((((.....(((((...(((((((((((((.((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..)).)).)))).)))...((((((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...)))))))))..)).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))))))..)..(((..((((....))))...)))....)))......)))).))).)))..))))))..)).))..)...))))).(((((.(((...((((((.....))))))......(((((..(((((((....)))))))..((....))..)))))......))).)))))))))))))))..)))..)))))))).....((((((.....(((.....))))))))).............)))))).))).....))).)))))).((((((...))))))...))))))..((.(((.....))).))....)))))...))..))))....)))))).)))...(((((((........(((((..(((....)))..))))).........)))))))...(..(((..(((((((........)))))))....(((...((((((.((....(((....)))...))))))))..)))....)))..)......))).))).))))))).))..((.((.(((((.(((((..(((((..(.((..(((......(((......)))..)))..)).)..))))).)))))..............((((((((((....))))))))))))))).))))............ |
