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UCUCAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGUACGGGAAGGAUCCUAGUGGUGUUUCCAGUGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUAAGAACCUGCCCUUGGGAGGGGGACAACAGCUGGAAACGGUUGCUAAUACCCCAUAGGCUGAGGAGCAAAAGGAGGAAUCCGCCUAAGGAGGGGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCUUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAACGUGACGGAGCAAUGCCGCGUGGAGGUAGAAGGCUCACGGGUCGUAAACUCCUUUUCUCAGAGAAGAUGCAAUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUUUUUAAGUCCGCCGUCAAAUCCCAGGGCUCAACCCUGGACAGGCGGUGGAAACUACCAAGCUGGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUUCCGGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCGGAAAGAACACCAAUGGCGAAAGCACUCUUCUGGGCCGACACUGACACUGAGAGACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAAGCGCUGUGCUAUCGACCCGUGCAGUGCUGUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGUUCGCAAGAAUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGUGAAUCUUUUUGAAAGAAAAGAGUGCCUUCGGGAACGCGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUAAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCUUGUUUAGUUGCCAUCAUUAAGUUUGGAACCCUAAACAGACUGCCGGUGAUAAGCCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACGCCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGGCCGGGACAAAGGGUCGCGACCUCGCGAGAGAAAGCUAACCUCAAAAACCCGGCCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCCAUACGGCGGUGAAUCCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACUAUGGGAGCUGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACUCUAACCGUAAGGAGGGGGGUGCCGAACAGGGGCUAGUGACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((((((.....)))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((....)))....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((((.....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..((((((((((.........))))))))))...[[..))]].....]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..(((((((((((.....((((((.((((..((....)).))))))))))...)))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.(((((.((((((.((((.(((((((((((....((((....((((.(((((((..(((((.((.(((((((.(((((.(((.(((.......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).........))))))).)).)))))..)))))))......))))..))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.....((......))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((((((((..(((..(((((((((((.......((((.(((((((.((((((((.....)))))..(((((((((....).)))....((...((((((.(((((........(((((((((...(((((....((.(((((...((........))....((....))....))))).))...))))).))))).)))).....(((.((((..................))))))).))))).))))))..))..(((((((.(((((((..(.........)..)))))))...((....))....))))))).)))))..((((.(((((....)))))..))))...))).)))))))))))........((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).))))))))((((.((((((((....((((.((((.(((....)))..................(((((.(((........(((((((........)))))))))).)))))..)))).....(((((((..........)))))))..))))..)))).))))))))...))))))..))))).))))))..)))....))))))))..(((.((((((..((....))...)))))).)))....)))))...((((.......))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((..(((..((((.((((((.(((((((((((..(((......(((.(((((((....)))).)))..(((.((((((.................(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..)))))))))...)))...(((((..((((....))))......((((((....))))))..))))).....)))...))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...(((((((((((.....(((((...((((((((....(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))...)))).((.((.((((.(((..((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).))..))))...)))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).((..((((.(((((((.((((((((((.........))))))))))...((....))....))))))).(((((((((((..((((....))))...)))).........((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))....(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).)))))...)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....((((((((....))))).((....))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))...))..)))).(((....)))......))))))))))))).))))..))..))))))...((((..((..(((((((....((....(((..(((((..((....))...)))))..)))...)))))))))..))..))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((.......................(((((((((.....))))))))).....................(((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))......)............................))))))))))).....)))))))............((((((((.......))))))))..................((((....))))...........(((((............))))).............................(((((.................)))))..)))))))............((((....)))).................................................(((((....................................)))))....................................................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))............................((((....((((((((.....................))))))))....................))))...............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((.........))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))...........................................................................((((((((.......................))))))))....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((...............(((....))).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................(((((((................................................)))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.....((((((....))))))....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((....((....(.((((..(((..((....)).))).)))).).....)).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.........)))..((((.((((((.(((((((((....(((......(((...(.((.(((((((....))))))))).).)))...............((((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....))...............))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..(((((((...((....(.((((.((((..((....)).)))))))).).....)))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..((((((...)))))).)))....((((((((.......))))....)))).....................................................................((((.....((((((....))))))......)))).(((((.............((....)).)))))...............((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..................(((((((((..................((((((....))))))..........................((.......))...........................(((((((((..................)))))))))..............(((((((((.((....)))))...)))))).........................................................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..(((((............)))))............((((((((...(((........)))....))))))))............(....)......)))))))))......................(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((.........))))))))))...............)))))))........((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))..........(((((..((((........)))))))))...(((((((...............(((((((....)))))))............................(((.((((((.((((((((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....))))).))..........))))).).))))))))..........)))))))...................(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..............................................((((((.....((....(((.((((((..((.......)))))))).)))...)).))))))((((.......)))).........((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))..(..(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((.(((.....))).))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((.(.....).)).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...)...(((.....(.((((.(.((((((((..(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))..)))))..(((.((((...((.(((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))).))..))))..)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((.........))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((....(((((((....)))))))((.((....)).)).))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((..((((((...(((..........)))....))))))...((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((....(((...((...(((....)))...))...)))......)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((................((((..((....)).))))....((.....)))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((...)))))))))).).(((((((((.......))))....)))).)((((....)))).......(((((((((((((.(((.........(((((((..(((..(((.....((((.....((((((....))))))......)))).(((((............(((....))))))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(.(((((((.........))))))).)................(((((((((((((....))))......(((((((())))))))..((.......))............(((.......)))....((((....))))..........(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................(((((.....))))).................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..(((((..((....))..))))).......((...((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).....)))))))))...(.........)...((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))........(((((((.((((((((((.........)))))))))).........()....)))))))..((....((((.(((((....)))))..))))...))...........((((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((...............(((((((....)))))))(((.((.((....)).)).))).((..((((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(..((((((((...(((.(.....)..)))....)))))))).((.(((((.....))))).)).......)..))))).).)))))))))...))....))))))).......))))))).(...(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......)))))))...).((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........)))))))....(((....)))))..........))).)))))))....))))))(((((....(((....(((.((((((..((.......)))))))).)))...))))))))(((((.......)))))........((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...........(...(.((....))))............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...((((....))))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((.......)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(......).)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((...(.......)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))...)).).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(.(((......((((..(((..((....))...)))..))))..)))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((.(.(.....).).)))...)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......................((..)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((...(...(...).)....))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((...((....).)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((......((((..(((..((....)).).))...)))).))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...))))((((.((((((...))))))))))....(((((((((((....((((....((((.(((((((..(((((....(((((((.(((((((((.(((.......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))).............))))).(((((.(((.....)))))))).........)))))))....)))))..)))))))......))))..))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((...[[[[[..........)))))))))...]]]]]((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]].((((..[[[[[..((((.....))))))))..]]]]]........(((((......(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..[[[[[))))).......]]]]]...(((((((..((((((((.....[[[[............))))))))...]]]]..............)))))))..............((((...[[[...[[[[[[[.......[[[[.))))....]]]]....]]]]]]]]]]...(((((..[[[..[[[[[[[[[[)))))....]]]]]]]]]]]]]................((((.[[[[))))...(((((....)))))....((((.....))))]]]]...((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]].....(((((........[[[[[..(((((((....)))))))..)))))......]]]]].(((.[[[[)))..((((....))))(((((((((....)))..((((......))))..))))))(((((...........)))))]]]].....((((((....))))))......(((((.....)))))......(((((..((((.....))))....[[[[))))).....]]]].................(((((((.....((((......(((....))).......))))......)))))))(((.[[[[[..(((((((........))))))))))..]]]]]...(((....[[[[[[[...)))....]]]]]]]......((((..((((............))))........[[[[))))...]]]]((((....(((.((((((......[[[[[[[)))))).)))....))))...(((((.......)))))......((((((((((((....)))))))))..))).]]]]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((((...)))..))).(((((.(((.........))).))))).((((((((((.((((((((...(((.((..((..(((((((((....((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...(((....(((...((((((..((((.......))))....)))).))...)))....))).(((((((((.....((......))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((..(((((((.(((..((((((...))))))...(((((.........(((((((((...(((.((((.....)))))))..)))))))))..))))).(((((.(((((.(((.(((((..((...((((((((...(((........)))....)))))))).....))..))((....)).....(((.((............)).))).(((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))))))...((((((.(((........))))))))).))).))).))))).)))))..(((((...((....(((((((((.((((((((....)))))....((((.....)))).((((((.(((....)))(((..((((.(((......)))))))..)))......(((((((.((((((((((.((((((...((((((....)))))).(((((..((....)).)).)))........)))))))))))..)))))(((((((....(((.(((......))))))))).))))...(((((.(((((.(((((..((....((((((....))))))....))..)))))))))).)))))..))))))).((((.....))))....))))))))).)))))))))))..))))).......(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......)))))))))).))))))))))..))))).)))))))))..))..)).)))))))))))..(((((((..........)))))))..)))).)))))).(((((((((((..((((((((((....(((.......))).((((....(((.((((((..((....))...)))))).)))....))))..))))).)).)))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((..............[[....))((..(((((((((((...........(((...(((((((..(((((.((.(((((((.....................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((......))....(((....))).))))))).))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).........))))))).)).)))))..))))))).....)))...........))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))..............(((((((((.((....)))))...)))))).......)).....]]...............................(((.......(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..{{{{{.)))........}}}}}............((((((((....((........)).....))))))))...........((....))....................................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.((((((((((.........))))))))))...((....))....)))))))........((((.(((((....)))))..))))...............((((((............(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((........((((...(((((((....)))))))((.((....)).)))))).....((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....))))))).....(((((.....)))))........)))).))))).)).)))))))..))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........)))))))...........))))))..............................................(((.((((((..((....))...)))))).)))............((((.......))))..........(((((((((....))))))))).............. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.(((....((......))...))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....(......).....((......)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...((((.....)))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..().....)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((......).))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))..........(((((..((((...(...))))))))))....((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).................(((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((....((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))).....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))..))).)....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..((((((((((.((...((((...((((..(((..)))...))))))))..))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.((((..((((..(((((.((((((((.......))))).......((.(((...(((....)))....))).))...................((((((..((..(((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))....((....)).))))))))).)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).(((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))).......(((((...((((.....)))).)))))......)))...(((....((((((....))))))...))).((((.(((((...(..(...)..)....))))).))))...((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))..))))).)))).....................(((((.((((.(((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))....((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..)))).))))..)))).)))))....((((((((..((...((((.........))))))..))))))))..........(((((((.((((((((((.......))))))))))....((....))...)))))))....((...((((.(((((....)))))..))))..))............(((.((....))..((.(((((.((((((..((((...(...))))))))))................((((((((.(((((((....)))))))..(((....))))))))).)).).))))).)).)))..(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((((((.....))).))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))..............(((((.........)))))...............((((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))))..........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))....................................((((.(((..(((((((((((.(....((((..((((..((....))..)))))...)))))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(...(((((.(...)(..........).(((((.(((.........))).))))).((((((((((.((((((((...(((.((..((..(((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...(.((((..(((....((((..((((.......))))....)))))))..))))......).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((..(((((((.((...((((((...))))))...((..(.........(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)..)).(((((.(((((.(((.(((....((...((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....))..............................(((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))))))...((((((.(((........))))))))).))).))).))))).)))))................(((((((((.((.(((((....)))))....((.........)).((((((((((....))))..................(((........)))....(((((((.(((((.((((.((((((..(((((((....))))))).((....((....))....)).........))))))))))...)))))(((((((....(((.(((......))))))))).))))...(((((.((((....(((........((((((....))))))........)))...)))).)))))..))))))).((((.....))))....)))))).)).)))))))))................(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......))))))).)).))))))))))..))))).)))))))))..))..)).)))))))))))..(((((((..........)))))))..)))).)))))).(((((((((((..((((((((((....(((.......))).((((....(((.((((((..((....))...)))))).)))....))))..))))).)).)))..)).)).))))))).((((((((....)))))))).))))).)))))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...(((((..(((((..(((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.................................................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).............(.....).........)))))))..)).))))))........(((..((((((((.......)))))))))))..)))).....((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))..))....(..((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....))))))).......((((...(((((((....((((((((.(.(((......)))....).))))))))...........((....)).)))))))..)))).......))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..((((((((.....))))))))..))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..................((((....)))).............................(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))......(((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))).))......)))......)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))......)))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))(((..(((..((((((..((((....(.(((...(((..((....)).)))..))).)..))))..))))))..)))..)))..))).........((((((((((....)))))))))))))))..)).... |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((....)))).)))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((....((....((((((.((((..((....)).)))))))))).....)).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.(((((((....))))))))).)))((......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((......)).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))((((((((((...(.........)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..(...)((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))(.((((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..(((((((...((....((((((.((((..((....)).)))))))))).....)))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.((.((((....)))).)))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((....((....((((((.((((..((....)).)))))))))).....)).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.(((((((....))))))))).)))((......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((......)).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..(...)((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).)...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..(((((((...((....((((((.((((..((....)).)))))))))).....)))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((((((((.(((((.(((((.(((((((((((....((((....((((.(((((((..(((((.((.(((((((.(((((.(((.(((.......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).........))))))).)).)))))..)))))))......))))..))))...))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.....((......))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((((((((..(((..(((((((((((.......((((.(((((((.((((((((.....)))))..((((((((((...)))))....((...((((((.(((((........(((((((((...(((((....((.(((((...((........))....((....))....))))).))...))))).))))).)))).....(((.((((..................))))))).))))).))))))..))..(((((((.((((((((((.........))))))))))...((....))....))))))).)))))..((((.(((((....)))))..))))...))).)))))))))))........((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).))))))))..)).....)))))))..))).))))))))((((.((((((((....((((.((((.(((....)))..................(((((.(((........(((((((........)))))))))).)))))..)))).....(((((((..........)))))))..))))..)))))).))))))...))))))..))))).))))))..)))....))))))))..(((.((((((..((....))...)))))).)))....))))))).((((.......)))).........((((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((...................(((((.(((.........))).))))).((((((((((((((((((...((((.........(((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....)))))).....((((..(((....((((..((((.......))))....)))))))..))))........(((((((((.....(((.......))))))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((..(((((((.(((.(((((((...)))))))..(((((.........(((((((((...(.((((((.....)))))))..)))))))))..))))).(((((.(((((.(((.(((.........((((((((...((([[[.....))){{{{))))))))......................}.}}}.......]]]............(((...(((((((.......((((.........))))....))))))))))...((((((.(((........))))))))).))).))).))))).)))))........................((((.(((((....)))))..)))).............(((((((((....))))....((((....<<<..<<<<))))....>>>>>>>(((((((.((((((((((.((((((..(((((((....)))))))(((................)))........)))))))))))..)))))(((((((....(((.(((......))))))))).))))...(((......................((((((....))))))......(((((.....))))))))..))))))).((((.....))))....)))))..............................(((((((.....((((......(((....))).......))))......)))))))))).))))))))))..))))).))))))))).........)))))))))))..((((((((.......).)))))))).)))).)))))).(((((((((((..((((((((((...((((.......))))((((...((((.((((((.............)))))).))).)..))))..))))).)).)))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((....))))).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((....((....(.((((..(((...........))).)))).).....)).))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..(((((..((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((....))))).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((....))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((...(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))....)))))))...(((..(((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..)))...)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((..(((.(((....))).)))...((....))..)))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((....((....(.((((..(((..((....)).))).)))).).....)).))))))..))).)))).)))).........((((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((.((((((.((((.(((((((((((....((((....((((.(((((((..(((((.((.(((((((.(((((.(((.(((.......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).........))))))).)).)))))..)))))))......))))..))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.....((......))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((((((((..(((..(((((((((((.......((((.(((((((.((((((((.....)))))..(((((((((....).)))....((...((((((.(((((........(((((((((...(((((....((.(((((...((........))....((....))....))))).))...))))).))))).)))).....(((.((((..................))))))).))))).))))))..))..(((((((.(((((((..(.........)..)))))))...((....))....))))))).)))))..((((.(((((....)))))..))))...))).)))))))))))........((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))))))..)).....)))))))..))).))))))))((((.((((((((....((((.((((.(((....)))..................(((((.(((........(((((((........)))))))))).)))))..)))).....(((((((..........)))))))..))))..)))).))))))))...))))))..))))).))))))..)))....))))))))..(((.((((((..((....))...)))))).)))....)))))...((((.......))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................((.(.(..(((......(((.(.....((..(.(....).).))...............(.(..(..(.(....(.((((((...........)).....................)))).).((.(((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))).)).)...)...).....))).......((((((.....(.....)..).)))))..)).......((((...((...((...)).)).....)))).(((..((((...(............).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))......).)...............((.....((.....((((((((..(.(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))..))))...(((.((((...((.(((.((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....))..)))).)..))))..)))..))))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((.((.........)).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(.((..(.................)..............))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((....((.(....((((...((..((....))...)))))).).....)).))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).)) |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((....(..(.(..(......)).)..)...))))...(.((.((((...(((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(...(....)....)..((......)).)))))))..)).)))))))((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.(((((((.........)))))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)))...)....(((((.....(.....)..).))))))).))))))..((((...((...((...)).)).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...((((((((..((..(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))..))))...(((.((((...((.((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))).))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((.........))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.((...((.(......(..................)..............).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((.(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...))))))))).)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...(((((((...((.....(((.(.(.(...((....)).)).....).)))...)))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.(((...(((((.(((((.(((((((((((....((((...(.....(((((((..(((((.((.(((((((.(((((...............(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))(((((..(((..((((((((.......)))))))))))....))))).......................))))).(((((.(((.....)))))))).........))))))).)).)))))..))))))).......)....))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((...((((((.((............(((((((.....)).))))).....((((((..((((..((((((.(((............................................((((((((.....................))))))))...........((....)).......................))).....(....)))))))))))...)))))).....))))))))..)))..))).....(((.(((((((.(((((((..(.........)..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....(((((...........(((((...(((((((((((...((((........))))........(((((((.((...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).......(((.((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..(..(((((.....)))))..).....)))).))))).).)))))))).......)).)))))))..))).)))))))).....(((((((......((..((...(((....)))...))...)).......))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))..)))))....(((((((..........)))))))..............................))))).((((..((..((((((.....((....(((.((((((..((....))...)))))).)))...)).))))))..))..))))...))).........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((..((((((.((((.(((((((((((....((((....((((.(((((((..(((((.((.((..(((.(((((...((((..(((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)))..)))).((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).........)))..)).)).)))))..)))))))......))))..))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.....((......))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))....((((.(((((.....(((((...((((((((......(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).......)))).((.((.((((..(((.((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..))))))).((..((((.(((((((.(((((((..(.........)..)))))))...((....))....))))))).(((((((((((.(((((....)))))..))))...(((..((.(((....)))))..((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...)))...))))))).))))..))..)))))))))((((..((..(((((((....((....(((..(((((..((....))...)))))..)))...)))))))))..))..)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
