|
|
|
UGCUAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGGUGCUUAUGGCAAAGAUUCUUUCGAGGGUCGGCGCCAUCUGCAUAGUGGCGAACGGGUGAGGAACACGUAAGAACCUACCCUUUGGAGGGGGAUAACGUCUGGAAACAGUCGCUAAUACCCCGUAGGCUGAGGAGUGAAACGGGAAACCGGCCAAAGGAUGGGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAAAAGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUGCCGCGUGGAGGAUGAAGGCCCAUGGGUUGUAAACUCCUUUUCUCAGAGACGAAGUUCUGACGGUAUCUGAGGAAGAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGCGUUCGUAGGUGGUUCCGAAAGUCCGCUGUCAAAGCCCAGAGCUUAACUCUGGUCCGGCAGUAGAAACUUCGGGGCUUGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUUCCGGUGUAACGGUGAAAUGUGCAGAUCUCGGGAAGAACCCCUAAGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCGUGACUGACACUCAUGAACGAAAGCUAGGGGAGCCAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAAGUGCUGUGCGGUUACCAUCGACCAGUACUGUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGCGAAUUUUUCAGAAAUGAAGAAGUGCCUUCGGGAGCGCGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCGUCUUUAGUUACGGAAGCUCUAAAGAGACUGCCGGUGAUAAACCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACGCCCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCCGGGACAAAGAGUCGCCACCUUGCGAAAGGGAGCUAAUCUCAAAAACCCGGCCUCAGUUCAGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGGCGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUAUACAGCGGUGAAUCCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGCCAUGCCCAAAGUUGUUACUCUAACCCCUUCACCGGGGAGGGGAAUGCCAAAGGCAGGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((..(((((...((((((....))))))...)))))..))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((....)))....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..(((((((((((((....)))))))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...........)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((((......)))).))))))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.((....((((....((((((((..(((((....(((((...(((.((.((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).))..)))..(((((((....(((((((..((((.(((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...))))..................(((....))).))))))).)))))))))))..((((((((..((((((((.......)))))))).(((((......((((((((((..(((((....(((((...(((((.(((.....))))))))..(((....))).......(((((..(((((((((...((((....))))..((((....).))).))))))))).....))))).))))).....)))))((((((((..((.........))...))))))))...)).))))))))..((((.((((..(((.(((((..(((((.((((((....))....(((((((((((((((.....))))))...)))))))))...)))).)))))..(((((((.((....(((((((((((((((.....(((..((((((..(((.(.(((((((.(((((..((.(((......))).))..(((((......(((((..(((((....(((...(((.....)))..)))......(((((((((((((((..(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..(((((((.((((.((((.(.(.((.((((.(.((((....(((..(((...)))..)))....)))).))))).)).(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..).).))))..)))).))))))).)))).))))))).)))))))))...)))))......))))).)))))))))))).))))..))))))..)))..))))))))......))))))).((((.(..(.((((.....)))).)...).))))..)).)))))))..)).))))))....)))))))).......)))))..((((....)))).)))))))).........((((((((((....)))).))))))...)))))))))))).)))))...)))))))).(((((((..........)))))))..))))....))..(((((((((((..((((((((((.(((.(....))))....((((................(((((((.....)))))))..((((...))))))))..)))))..)))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((.((((..((((.((((((.(((((.((((.....((((..((((((...((((..(((((...((((((....))))))...)))))..))))....((......((.((((..(((((((..((...(((((((..((..((..((.(((....))).))...))..(((((..(((....)))...)))))...))..)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....))))))))..)))))).(((((((((.(((((..(((((((((...((((....))))..(((.......))).))))))))).....)))))..)))))...)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...)).)))))).....))))..))))))))).(((..........))).))))))))))....(((((((......((((((((..(((((((((((.(((..((((((.....((((((.....))))))...))))))....))))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......))))))....)))))))...))).....((....))..))))))..))))).)))..))))..)))))....))).......))))))).......(((((((((....((((((.........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....))))))).((((((.(((....)))...(((((((((((....((...(((((((((((((....(((((...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))....(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).))....))))).)))))...)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...((((....(((((((........)))))))....((((....))))....(((((((..........))))))))))))))))..))))))..((....))..)))))))...(((((.......))))).))..)))).)))))))..(((((((.....)))))))....))..))))..))))))..))))))))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((.............................(((((......................)))))...........................(((((((..((((((((((((..........((((((....)))))).......................................))))))))))))))))))).....................................................((((....))))...........(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..))))))).........................................................................(((((......((((((..................))))))))))).........................................(((((((((................((((((.....))))))...............)))))))))....((((((...(((((((....(((((((.......................)))))))....................)))))))..))))))....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((................)))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))............................................................................(((((((...........))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..............((((....))))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.............................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((...............(............((((((....))))))............).......................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((..........)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((........((((..(((((.((((((.((...................(..(............((((((....))))))............)..)...................((((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((....))...............))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..)))))))))....(((((((...(((((((....((((((((((..((........))...))))))))))...........((....)).)))))))..))))).))...))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((.......(((........))).........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..((..(......))).)))))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..((((((...)))))).)))...(((((.(((((((((.............((.((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).))..................(((((((..((((.(((((((.((((.(((.((.(((....))).)).)).).)))).....((....)).....(((....))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........))))))).............((.((((((((((.(((((((...........(((((......)))))..(((((....)))))((((((....((((...((((......((((....)))).....))))((((((((((.(((.........)).).))))))))))......))))...))))))(((.((....)))))........................(((((((((((((((.....)))))...))))))))))((...(.((((((...(.((((((.....)))))).).)))))).)....))...............)))))))(((((......((((......))...................))..............(....)..))))))))))))))).)).................(((((((.......((((.........))))....)))))))..................(((((((..((((....))))..)))))))...........))))))))).)))))....((((.(((((....)))))..))))........((((((((((((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((........(((((..(((((((....))))))).............))))).....((..((((.((((((.(((((((((((..(....)..(..(((......))).).)))))).....((((((((((((...........))))))...((.(((((.....))))).))...)))))).))))).).)))))))))...))....)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....(((...(((((((........))))))))))..(((((.((........((((((..........)))))).)).)))))......)))............)))))))((((..((..(((((((.((((....(..(((.((((..((((......)))))))).))).)....)))).)))))))..))..))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((.(((....))).))......))))..................(((....))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))....((((((......((....))....))))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))(....)....(((.....(.((((...(((.(((((((.((((.((((.....(.((((((.....)))))).)...)))).))..)))))))))......(((((...(((((((((..(((((.......(((...............))))))))..))......((....)).)))))))..))))).......)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((..((((....))))..)))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((...(((((((....)))))))((.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.(((..((((..((((......)))).)))).))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((...)))))))))).).(((((((((.......)))))....((.((.((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).))..))..............(((((((..((((.(((((((.((((.(((.((.(((....))).)).)).).)))).(..(((....)))...)(((....))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........))))))).....((((....((.((((((((((.(((((((...........((((((.().))))))..(((((....)))))((((((....((((.((((((......(((((()))))).....))))((((((((((.(((...(....))).).))))))))))..))..))))...))))))(((.((....)))))......((...((....))...))((((((((((((((((...))))))...))))))))))((.(((.((((((...(.((((((.....)))))).).)))))).))..)))...............)))))))(((((((..(((((((.......................)))))))....)).....((....)).))))))))))))))).))....))))....((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....)))))))))))....((((.(((((....)))))..))))...((...((((((((((((((....))))((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.((...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).((((.((((.((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....((((((((((((...(....)..))))))...((.(((((.....))))).))...)))))).))))).).))))))))))..))))).)))))))......)))))))).))..(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))((((((.(((.......((((((()........))))))))).)))))).....)))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....((.(((.((((..((((......)))))))).)))))....)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))........))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(.(.((.(.(........(......)..).)..)..)...)..).)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)..(((((....))))...)..........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((..((((((....))))))...((......)))))))..)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..))..)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((..........)))))..)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(........(......(((......)))......)........).)))))................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).((((((....))))...)).........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).(((.(((((.......(.)........))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((.....)).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(....)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..((..........)).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((..[[[[..))))))).......]]]]...(((.[[[[)))......]]]]..((((....((((..(((((...((((((....))))))...)))))..))))..))))..(((....[[[....))).....]]]..(((((((.((((........(((....))).........))))[[[[[[[...........(((....))).)))))))...]]]]]]].........(((..((((((((.......))))))))))).....(((...[[[[[[[)))......]]]]]]]....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.(((((..(((((((((..(((((....))))).(((.......))).))))))))).....)))))..))))).......((((((((((.....[[[[.........)))))))))).(((....)))]]]](((.........[[[))).....]]].(((((..[[[[.)))))(((((((((((((((...))))))...))))))))).......]]]]....(((.[[[[[[)))..]]]]]](((((.(((....)))))))).......((((((...(((((((.......(((.[[[[.))).......]]]]......(((......))).............)))))))..))))))........................((((......[[[[[[[[....))))..]]]]]]]]........((((((......[[[[[[[........))))))..]]]]]]].........(((........(((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......)))).[[[)))......]]]...((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]]...(((((((........((((...(((((((....)))))))..............))))....(((..((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((.....(((...(((....))).)))(((((.....)))))..)))))))))).)))))...)))))))))...)))...)))))))...................(((((((...............[[[[[[[..((((.....)))).....)))))))..........]]]]]]].(((...[[[[[[)))...]]]]]].((((((.........[[[[[[[[[....))))))...(((((...(((((............))))).......)))))]]]]]]]]].((((....[[[[[[[.....(((((((.....)))))))..((((...))))))))....((((.......))))]]]]]]]...(((((((((....)))))))))(((.....)))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((((((((..(((((.((((.(((((((((((..(((.((...((((....((((..(((((...((((((....))))))...)))))..))))..))))...)).)))......(((((((..((((.(((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...))))....(((....)))....(((....))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....)))).)))))))..((((..((..((((....)))).))..)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))((((((((((((((((...)))))))...)))))))))..(((((((((((...(((.((((.....)))))))..))))))..........))))).((((((((...(((((..((...((((((((((.((((((...(((((((..(((((((....(((((.(.(((..(((((..((((((..(((((.......))))).(((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))))))...((((((....(((.(((...))).))))))))).))))))..)).)))..))).).......(((....)))((((.(((((....)))))..))))............))))).((((....))))((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......(((((((..(((((((....))))))).............))))).)).(((.(((((.((((((.(((((((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((((((((.........(((((....))).)).(((((.....)))))..)))))))))).))))).).)))))))..))))))...)))))))......)))))))).))..(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........))))))))))).(((((.((((.......(((((..........))))))))).))))))))))))..)))))))...)).)))).)))))..)))))....)).)))))....))).)))))...(((((((.....)))))))...(((...))).))))))).((((.......))))..........(((((((((....))))))))).))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..[[[[[.............))...((((((((({{{{{{.)))))..........((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).....................(((((((..((((.(((((((.((((.....((.(((....))).))......))))..................(((....))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))................(((((((((..((((....))))........((((............(((((....)))))..........(((....((((......((((....)))).....)))).(((((((((..((.........))...)))))))))........)))...(((((.(((.........)))....)))))...............(((((((((((((((.....)))))...)))))))))).......((((((...<<<<(((aaa..aa)))<<<<<))))))..........>>>>>...AA..AAA..>>>>cc..............................................))))....((....))...CC..)))))))))....................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((...(((((((..((((....))))..)))))))...((....))}}}}}})))))))))....((((.(((((....)))))..)))).........(((((((((((((....)).....((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((...........))))))).....(((((.....))))).......))))).))))).)).)))))))..))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))......(((............((((((..........)))))).....))).....)))))bbb.........)))))).((((.(((..(((((((.((((.......(((.((((..((((......)))))))).)))......)))).)))))))..))).)))).........BBB...(((((((((....)))))))))]]]]]..))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.(((..(((......(..(((....))..))........)))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))....((....)).)))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...(((((....))))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((..(...(...)..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...))))))))).....((((((.......(((((((.(((((((....)))))))...((....)).)))))).)..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((..)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))).....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((........))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...))........................................(.(((.(.(.........((((....)).))..........))))).)....................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....(......)......((....)).)))))))).))).))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))......((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((...(..((.))..)....))))).)))...))).))).....((((((((.((....)))))...))))).....................................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).))))......(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((........((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))).....((((....))))...(((((((.(.....(((..(((...)))..)))).....((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).))..((.((((.((((((((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((((.(.).))..))))))...((.(((((.....))))).))))...)))))))))....)))))))..)))))....))))))........)))))))......((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))......((.((((((((((........)))))))....))).))..........(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..(((........))))))).))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((((((.(((((.(((((.(((((((((((..(((......((((..(.((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).)))))......)))......(((((((..((((.(((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...))))....(((....)))....(((....))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....))))).))))))..((((..(...((((....))))..)..)))).(((((((((..(............)..)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((((((((((((((...)))))))...))))))))....(((.((((((...(.((((((.....)))))))..))))))...........)))..((((((((...(((((..((...((((((((((.((((((...(((((((..(((((((....(((((...((....))....(.(((((((((((.......))))).(((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))).......(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....))))))).)))))))(((...((((....))))....)))............))))).((((....)))).(.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((((.((((((.(((((((((((..(....).....(((......)))...)))))).....((((((((((.........(((((....))).)).(((((.....)))))..)))))))))).))))).).))))))))..)))))...))))))).......))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........))))))))))).(((((..(((.......(((((..........))))))))..))))))))))))..)))))))...))).))).)))))..)))))....)).)))))....)))).))))...(((((((.....)))))))...(((...))).))))))).((((.......))))..........(((((((((....))))))))).))))))))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(...........((.((((....)))).))...........)..)))((......(((...(..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...(....)..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..........)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(..............((((....))))..............)..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)((((...(((((((........)))))))......)))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((..........)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((..(...........((.((((....)))).))...........)..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((......)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..........)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((...(((.((..(..............((((....))))..............)..))..)))....(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((..........)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((....((((....((((((((..(((((....(((((...(((.((.((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).))..)))..(((((((....(((((((..((((.(((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...))))..................(((....))).))))))).)))))))))))..((((((((..((((((((.......))))))))((((((......((((((((((..(((((....(((((...(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((..(((((((((...((((....))))..(((.......))).))))))))).....))))).))))).....)))))((((((((..((.........))...))))))))...)).))))))))..((((.((((..((.((((((..(((((.((((((....))....(((((((((((..((.....))..))...)))))))))...)))).)))))..(((((((.((....(((((((((((((((.....(((..((((((..(((...(((((((.(((((..((.(((......))).))..(((((......(((((..(((((....(((...(((.....)))..)))......(((((((((((((((..(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..(((((((.((((.((((.....((.((((...((((....(((..(((...)))..)))....))))..)))).)).(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))......))))..)))).))))))).)))).))))))).)))))))))...)))))......))))).))))))))))))..)))..))))))..)))..))))))))......)))))))....((((((.((((.....)))).......)))))))).)))))))..)).))))))....)))))))).......)))))).((((....)))).)))))))).........((((((((((....)))).))))))...)))))))))))).)))))...)))))))).(((((((..........)))))))..))))....))..(((((((((((..((((((((((...((((.......))))((((................(((((((.....)))))))..((((...))))))))..)))))..)))))..)).))).)))))).((((((((....)))))))).)))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((((((.(((((.(((((.(((((((((((..(((......(((.....((((..(((((...((((((....))))))...)))))..))))...)))......)))......(((((((..((((.(((((((.((((.(((....(((....)))....)).).))))....(((....)))....(((....))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..(((((....)))))...))))).))))))..((((......((((....)))).....))))((((((((((.(((.........).)).))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((((((((((((((...)))))))...))))))))........((((((...(.((((((.....)))))))..))))))................((((((((...(((((.......((((((((((.((((((...(((((((..(((((((....(((((..............((.(((((((((((.......))))).(((...(((((((.......((((.........))))....)))))))))).......(((((((.((((((((.((((....))))).)))))))...............))))))).))))))))(((.(((((....)))))..))).............))))).((((....))))...((((((((((((..((((.((...)))))))))))...(((((((......(((((((.((((((((....))))))).)...........))))).)).(((.(((((.((((((.(((((((((((..........(.((((......))))).)))))).....((((((((((.........(((((....))).)).(((((.....)))))..)))))))))).))))).).))))))))..)))))...))))))).......))))))).....(((((((.....((((.....((((....))))......).))).....)))))))....((((...(((((((.(.....)))))))))))).(((((.((((.......(((((..........))))))))).))))))))))))..)))))))...))).))).)))))..))))).......)))))....))).)))))...(((((((.....)))))))..((((...)))))))))))(((((.......))))).........(((((((((....))))))))).))))))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.........................(((((....)))))...................((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.................))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.....(.............(((((....))))).............)...))))......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((.(((....))).))....((....))..))))).)).(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))((...((((.(((((((...........)))))))......((((.....))))))))...))...)))))))))).))......))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))......)))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(...........)..))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((....((((....((((((((..(((((....(((((...(((.((.((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).))..)))..(((((((....(((((((..((((.(((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...))))..................(((....))).))))))).)))))))))))..((((((((..((((((((.......))))))))((((((......((((((((((..(((((....(((((...(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((..(((((((((...((((....))))..((((....).))).))))))))).....))))).))))).....)))))((((((((..((.........))...))))))))...)).))))))))..((((.((((..(((.(((((..(((((.(((((....)......(((((((((((((((.....))))))...)))))))))...)))).)))))..(((((((.((....(((((((((((((((.....(((..((((((..(((.(.(((((((.(((((..((.(((......))).))..(((((......(((((..(((((....(((...(((.....)))..)))......(((((((((((((((..(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..(((((((.((((.((((.(.(.((.((((.(.((((....(((..(((...)))..)))....)))).))))).)).(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..).).))))..)))).))))))).)))).))))))).)))))))))...)))))......))))).)))))))))))).))))..))))))..)))..))))))))......))))))).((((.(..(.((((.....)))).)...).))))..)).)))))))..)).))))))....)))))))).......)))))).((((....)))).)))))))).........((((((((((....)))).))))))...)))))))))))).)))))...)))))))).(((((((..........)))))))..))))....))..(((((((((((..((((((((((...((((.......))))((((................(((((((.....)))))))..((((...))))))))..)))))..)))))..)).)).))))))).((((((((....)))))))).)))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................((.(..(.(.(..(...(((.(.........(.(....).)........(....((.....((.(....(.((.......((....)).....................))...)..).))..((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).).).....)...).....))).......((((((....(((....))).).)))))...........((((.((((...((...)).))))...))))((((..((((...(.(....).....).))))..))))..(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..........)..........).)((.....((((...(((((((((((.(.((..(((((...(.((((((.....)))))).).)))))..))...))))))))...((((((((...((.(((.((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....))..))).))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((.((((......))).))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(.((..(((.(((....))).)))...............))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...........))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).......)).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((((...((..(((........)))..)).)))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))).........).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.(((...((.(((..((((..................(((.(......).)))................))))...(.((.(((.....((((((..((...((((((..((((.(...((.(((....))).)).)....))))...................(......)..).)))))..)).)))))).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))).)))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...))))((((((((((...(.(....).....).))))))))))..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((.((((((...(.((((((.....)))))).).)))))).))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((.((((......))).))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((......(((.(((....))).)))................)..)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((...........))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).......)).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((((...((..(((.......)))...)).)))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....(((((.(((((.(((((.(((((.((((((.((((.......((..........((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).....................(((((((..((((.(((((((.((((...(.((.(((....))).)).)....)))).....(......).....(((....))).))))))).)))))))))))............((((((((.......)))))))).........................................(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)).((((((....))))))...((((....))))....))))..))))))..((((......((((....)))).....))))((((((((((..((.........))...))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........(((......(((((((..((((..(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...)))))..)...((.(((((...((((((..(..((((((((((..((......)).)))....)))))))...).......((....))..))))))..)))))..))..)))..)))))))...)))....)))))............(((((((((....((((((.........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....)))))))........((((..((((....))))...)))).................................(((((((((((...((((........)))).))))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).......(((.((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).)))))).....((((.(((((((...(....)..))))))).....(((((.....)))))........)))).))))).).))))))))..........))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........................((((((((.....................(((((..((....))..)))))............))))))))......................(((((((.....)))))))..............))))))..)))))))))...............(((((((((....))))))))))))))..))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((((((((.((((((.((((.(((((((((((......(((..((((....((((..(((((...((..((....))..))...)))))..))))..))))......(((......(((((((..((((.(((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...))))..................(((....))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))(((((......)))))...((((....))))....)))).)))))))..((((..((...(((....)))..))..)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........(((......(((((((..((((..(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...)))))..)...((((((((...(((((((((..(((((((((((.((......))))))....)))))))...))).....((....))..))))))..))))).)))..)))..)))))))...)))....)))))...))))))))))((((((((....((((((.........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....))))))).((((..((((((.((((....))))................(((..((((.......((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((..((((.........(((((....))).)).(((((.....)))))..))))..))))..)))).).)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))((((....))))....))))))((((((((....(((((.....)))))..(((((..((....))..)))))............))))))))..))))...)))..))))))..(((((((.....)))))))........))))..))))))..))))))))...............((((((((((....))))))))))......))))... |
