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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00283

RNA: CRW_00283
Rfam family: SSU_rRNA_bacteria

			UUAUAUUGCGAGUUUGAUCCUAGCUCAGAAUUAACGCUAGAAAUAUACAUUACACAUGCAAAUUAAUGAUAAUAUCAUAGUGUAUAGGUGAGGAUAUAUAAAUUUUUAAUUUUAAAUAGAUUAUAAAUUUUAUUAAAUAAUAAUCUAUAAGCGCAAAAAUAUAUGUACUAUAUUAAAAAUUAAUAUUAUUUAAAAUAAAAUUUAUAUUUGAUUAACUAGUUGGUAAUUUAAAAGACUACCAAGGUUAUUAUCAAAAAUUGGUUUGAAAGAAUGUACAAUCACAUUAGGAUUGAAAUAAAGCCUAAAUUUUUAUAAAAAAUCAGCAGUGAGGAAUAUUUUACAAUAAGUGUAAGCUUGAUAAAGUAAUAUUUCUUUUAGGAAGACAGUAUUAUUAAAAUAUUGUAAACUUUUUAUUUUAUUUUUAAAUAUUGAUAAAAAUAAAAAAUAGUAUUUGCUAUUUCUGUGCCAGCAGCAGCGGUAAUACAGAAAAUGCAAGCGUUAUUCAUUUUAUUAGGCGUAAAGCGUUUUAAGGUUUUAUAUUAAUUUUAUGUUUAAAUAUUUAAAUUAAAUUUAAAAUAAAUUAAUAAAUAAUAAUAUAAUAGAGUAUUAUAAAAGUAUUAAGAAUUUUUUGAGAAGUAGUGAAAUACAAUGAUACAAAAAAGAAUAUCAAAGGCGGAAGCAUAAUACUAUAUAAUUACUGACACUUAAAAACGAAAGCUAAGGUAGCAAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCUUAGCUGUAAACUAUGAAUAUUUUAUAUUUAUAUUUUAUAAAUAUAAUAACUAACGUGAUAAAUAUUCCGCCUGAGUAGUAUAUUCGCAAGAAUGAAAUUCAAAGGAAUUGACGGGAGCUUAUACAAGUGGUGGAACAUGUGGCUUAAUUCGAUGCAACACGAUAAACCUUACCAAAAUUUAACAAUAUUUUUAAUAUUAAGAAAUUAAUAUUUUAAUAAAAUAUAUAGGUAGUGCAUGGCUGUCGUCAGUUCGUGCUGUGAAGUGUUAAUUUUAGUAUUAUAACGAACGUAACCUUUUAUAAAAAAAAUUUUUAUAAUAAAUAAUAAUAAAGAUUACGUCAAGUCAUUAUGCUCCUUAUAUUUUGGGCUGCUCACGUGUUACAUAAAAUAUUACAAUAUUUUAUUAUAUGUUAAAUAUAAUAAUUAAAAUAUAUUUAUAGUUCAGAUUAUAAAUUGAAACUCAUUUAUAUAAAGAUGGAAUCACUAGUAAUCGCUAAUCAGAAUUAUAGCGGUGAAUAAGUUCUUAAGCUUUGUACACACCGCCCGUCACAUCUAAAAAGUAUCAUAUUAUAUAAAAAUUAUUGUUAAAUAAUAAUAUAUAAUUAUAUAAUUUAGAUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUAAUAAAAUAAAUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((.(((((...))))))))......(((.....((((((((.((...(((((((.((((.....((((....))))....))))....(((((......)))))...(((((((...)))))))..)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((.....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((((.....)))))).....)))).(..((.(((...(........)...)))))..)...((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).)))))))))).........(((((.....((((..((((.(((((((.(((((((((((....(((((((......)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..((((((((((...))))))))))...[[..))]].....]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....)))))))......))))))).).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...))))))).((.....))...))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..(((........))).....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((((....((((((....)))))).))))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....))))))))))................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((((((.((((((.(((((...........))))).................((..((((.((((..((((....((((((((((((....((((((((((..((((((((((((((((..((((....)))).))))))....((..((........))..)).................))))))))))))))))))))......(((((..((((((.((.....)).)))))))))))...((((....((((((((((((((((....((((.(((((.((......)).)))))..((((....))))......))))...)))))))...(((((((((.((((((((((((...........(((((((((((((((.....))))))))...))))))).((((((((((........)))))))))).(((((..(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..)))))..))))).)))))))))))).((((((........))))))..((((((((((((((((...(((((((...)))))))..................(((((((((((((((.....(((.........((((((((...((((((.......(((((..........)))))...((....))..............))))))...))))))))....((((((((..((...((((.........))))))..))))))))....)))...((((((((((..((((((((...))))))))......(((((......(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))....((.((((((...(((((..(((.((((((((((.....(((((..(((........(((((............((((...((((((((....))))))))..)))).........))))).(((((((((....))).)))))).)))..)))))...................((((((.((((((((((((...))))))))............)))).)))))).)))))).)))).)))...))))))))))).))))))).....))))))))))..))))))))))))))).)))))))))).))))))..)))))))))..)))))))))....))))..))))))))))))..))))..)))).))))....))..))))))......((((((...(((((....)))))......))))))......((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))...)))))).....((((((((((....))))))))))...............)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((.((((((..((((...(((((.((((((((..(((.(((((...........))))))))...)).))))))...(((((((..(((((((((((..((((((((((((((((..((((....)))).)))))))))....(((........)))...(((((((...)))))))...))))))))))))))))))((((((((((..((((((...........)))))))))))..)))))..(((((((......(((((......)))))...((((((...(((((....(((((((............)))))))...((((((.((..((((((((((.....((((((((((((((...))))).)))))))))..((((((((....(((...(((((((..........)))))))..)))..))))))))(((..((((((((...((....)).....))))))))..)))..(((((.((((.....(((.((((...((((((..(((.((((((((..((((((((((....(((((((...))))))).)))))..)))))...))))))))...((((((((...(((((((.....((((((....(((......)))..(((((..........)))))....))))))..)))))))..)))).))))...)))..))))))..(((((((...((...((((.........))))...)))))))))......))))......(((((((((((...)))))))))))...)))..)))).....(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))))))).))))))))))..)).)))))).....)))))..))))))..))).))))...)))))))..)))))........((..((((((((....))))))))..)).((((((((.(((.(((..((((((..(((..((((((..(((((................)))))))))))..................(((((((((...........))))))))))))...))))))...))))))))))))))((((((...((((((.(.(((((((((....))))))))))))))))((((((((..........)))))))))))))).((((((....(((...((((((......))))))..)))...))))))))))))))))......((((((...(((((....)))))......))))))......((((((((..((((....(((((((...((((((....))))))..)))))))..))))..))))))))...)))))).....((((((((((....)))))))))).........))))...
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((.........)))).((((.((((((.(((((((((....(((......(((.((.........)))))...............(((((((.((...(((((((.((((......(((....))).....)))).......((((((((....))))))))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((.....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.........)))).....)))).....(((((................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))).)))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.(((((..(((((((....)))))))......))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........((..(((.....)))))...................)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..........)).....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((...(((((....(.((((....)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((...........)))))........................................................((((((((((..((((((((((((((((...((......))..)))))))).........................................))))))))))))))))))(((((((((((..((((((.(.......).)))))))))))..))))))....................(((((.......)))))....................................(((((((((.......((((....))))........))))))))).........((((((((.....))))))))..........(((((((((((........)))))))))))((((((.(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..))))).))))))...................................(((((.........((((.............)))).......))))).....................................................................................((((((((.....................................(((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))................(((((((((((...)))))))))))..................)))))))).........((((....))))...............((((((.......................................(.((((((..........(((((((..............((((((((....))))))))...............((.(((..(((((((....))).(((..............................)))((((((.((((((((((.......))))))............)))).))))))....))))...)))))....)))))))........)))))).)..(((((((....)))))))(((((((.....)))))))..............((((((((.(((((.............................................))))).))))))))((((((...(((((....)))))......))))))))))))((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.......))))).((((.(((((..(((((((((....(((.(((......(((((...))))).........((((....((((((((((....(((((((((((((((...............))))))))..........(((((.......)))))..............)))))))..))))))))))(((((.((((..((((((...........))))))))))...)))))...(((((((....))))...))))))).(((((............))))).................)))))).......(.(((...(((((....))))).))))))).))))))..........((((((((.....))))))))..........(((((((((((........))))))))))).......(.(((...(((((.....((....)).......)))))...)))))))))))))...(((.(((((.....(.(((((.((((....(((((((......(((((((...........)))))))....)))))))................(((((((((..(((((..(...((((((((...(((......))).....).)))))))...).......((....))...))))).))))).))))...)))).)))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((((((((((((((...)))))))))))..((....))....)))))))))))))..)))....(((....)))....((((....))))(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((.....(((........))).........((((((...........((..((((((((....))))))))..)).......((((((.((((..((((((.((...(((((.(((....)))..((((......))))...)))))........((((((((.....))))))))...................)).).)))...)))))).))))))))))))...)).)))))))).)...((((((.........(((((((((.....))))))))).......))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((((((.........(((((((.....(((((....)))))....))))))).......))))))))....))...)....((((((((((....))))))))))...(((.......)))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((...........)))))....((((.....((............(.......)...))))))...........((((((((((..((((((((((((((((..((((....)))).))))))))...........(((((.....)))))...............))))))))))))))))))(((((((((((..((((((.((.....)).)))))))))))..))))))....................(((((.......)))))...(((((((.....((.......)).........((((((((((...(..(((((....))))).....).))))))))))..((((((((((((((.....))))))))...)))))).(((((((((((........)))))))))))((((((.(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..))))).))))))..........((((.....))))....)))))))(((((((((.((.(((((((...........))))))))))))))))))....(((((((......)))))))................((((.........................))))...........((((((((.....................................(((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))................(((((((((((...)))))))))))..................))))))))........(((((....)))))..((((....))))((((((..(((......))).......................(((.((((((..........(((((((.......((((((.((((((((....)))))))).....))))))((.(((.((((.(((((((....))).((((.......(((....)))...........))))((((((.(((((((((((.....)))))))............)))).))))))....))))..))))))))).)))))))........)))))).)))(((((((....)))))))(((((((.....)))))))..............((((((((.((((((((((........)))))...........................))))).))))))))((((((..((((((....))))).)....))))))))))))((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((........(((...)))....................((((((.((....(((((((.(.((.....((.((...))))....)).).......(....((((........))))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....).)))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((.........)))).)...)))).....(((((...(.((.))..)...)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))......(((((((......((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((....))))))...))))..)))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....)))))).......))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...))))))))).)..(..).....))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..(((.....)))..)))))....))))))).....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..(((((...(((((.....((((((....))))))....))))).)))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((..[[[[[)))))......]]]]]..(((((..((((..(((((..(((.((((...))))))))))))..))))...)))))..........((((((((....(((((((((((((((((((((...((((...(((........)))..))))...........))))))))..)))))))))))))(((((((((((..((((((...........)))))))))))..)))))).....)))))))).(((((.[[[[[)))))..]]]]]..(((((((((..((((((...)))))).....((((((....))))))...........((((((((((((..(((((....(((((((((((((((.....))))))))...))))))).((((((((((........)))))))))))))))...(((((..((((((((((.........)))...)))))))..)))))........)))))))))))).............)))))))))....((((((.((((((.........)))))).))))))...((((((....(((((((......))))))).....))))))....((((((((...((((((.......(((((..........)))))...........(((....)))....))))))...))))))))....((((((((......[[[[.(((((.....)))))..)))))))).....]]]].......(((((((((((...)))))))))))........(((......[[[[))).(((((....(((((....)))))..)))))...]]]]((((((((((.......(((((((((.((((((((((.....(((((..((((.......(((((...........(((((((.((((((((....)))))))).....)))))))...))))).(((((((((....))).))))))))))..)))))....(((......)))...((((((.((((((((((((...))))))))............)))).)))))).)))))).)))).)))(((((.(((((((((...((((((...(((((((((....))))))))).))))))((((((((..........))))))))))))))))).)))))........((((((......)))))).)))))).......)))..............(((((...(((((....)))))......))))))))))))((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.((.....(((((...........)))))........(((((.(((........)))..(((((((((((.(((((.(((((..(((((((((((..((((((.(((((((((..((((....)))).))))))))).((.(((........))).)).((((((...)))))).....))))))))))))))))).(((((((((..((((((.(((...))).)))))))))))..))))....((.((((...(((((((....((((.....((((...((((((.......))))))....))))....))))...)))))))....(((((((..((((((((((((...........(((((((((((((((.....))))))))...))))))).((((((((((........)))))))))).((((((.(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..))))).)))))).)))))))))))).((((((........))))))(((((((((....(((((((...........)))))))..)))))))))................(((((((((..(((((((...............(((......)))..(((((..........)))))...((....)).))))))).))))).)))).))))))).)))).)).((((.((((...............)))).))))..))))).))))).)))))).))))).((((((((((...)))))))))).........)))))....(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..))))).(((((.(((...(((.(((((((((.((((((((((...(((........)))............((((........)))).(((((((((..(((((((((((((..................(((((((((....))).))))))..))))))))))))))))))))))......((((((.((((((((((((...))))))))............)))).)))))).)))))).)))).))).((((.(((((((((...((((((...(((((((((....))))))))).)))))).(((((((..........))))))).))))))))).)))).........((((((......)))))).)))))).)))...))).............((((((.(((((((....))).))))...))))))))))).((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..)))))))))).)))))).....((((((((((....))))))))))................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((...........)))))..............................((.......................(((((((((((..((((((((((((((((...............))))))).........................................)))))))))))))))))))){{{{{(((((..((((((...........)))))))))))))}}}}}...........................................................................((((((aa........(((....)))aaaaaaa....))))))..........((((((((.....))))))))..........(((((((((((........))))))))))).......(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..)))))..........AAAAAAA........................(((((((((....(((((((...........)))))))..)))))))))......................................................................................((....))...................................(((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))................((((((((((.....))))))))))..............AA...................((((....))))...............(((((((.............((((..........(((..........((((((..........((((((...............((((((((....))))))))...............((.(((..((((((..(((((((<<..))))..........................>>.................................................)))...))))))...))))).....))))))........)))))).......((........))..((((((((.....))))))))...................................................................(((((((..........))))))).....[[.....)))]].......)))).)))))))((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((.(..((((((((...))......................................((((.....))))..................(((((((.((...((((((((((((..((...((....)).))...))))...........(((....)))...........((.....)))))))))).)).))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..(((.....)))..................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((.........))))))...)))..(.(((((((...(........)...))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)))........................(((.(.((((((((((((.((((((.(((...((((((((.....)))))).)).))).))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.((((((((((...))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((......(((((((...((((((....)))))).(...).)))))).)................((((((.((((((.((....)).(.((((......))))).))))))....(....((((((.......))))))..............)))))))......................)))))))...................(.(((((....((...(((..(((.....)))..))).))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((..(((((((((.((((.((....))))))).)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))...))))...
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.(......(((((...........)))))..........(...(((........)))...((((((((((.(((((.(((((...((((((((((..((((((((((((((((..((((....)))).))))))))).((.(((........))).)).((((((...))))))....))))))))))))))))).((((((((((..((((((.((.....)).)))))))))))..)))))......((((....(((((.....((((..((((.((......)).))))...(((.....))).......))))....))))).....(((((((..(((((((((((((((..((((....)))).((((((((.....))))))))...((.....(((((((((((........)))))))))))...))..(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..)))))....))).)))))))))))).((((((........))))))(((((((((....(((((((...........)))))))..)))))))))................(((((((((..(((((((...............((........))..(((((..........)))))...((....)).))))))).))))).)))).))))))).))))....((((.((((...............)))).))))..))))).))))).))))))).))).(((((((((((...)))))))))))..........).......((((...(((((....(((((....)))))..)))))..))))..(((((..((....((.(((((((.(.(((.((((.....(((........))).............(((........)))...(((((((..((((((((((((((..................(((((((((....)))).)))))..))))))))))))))))))))).......((((((.((((((((((((...)))))))))............))).))))))...))))..))).).).((((.(((((((((....(((((...(((((((((....))))))))).)))))..(((((((..........))))))).))))))))).)))).........((((((......)))))).)))))).))....))..............((((((.(((((((....))))).))...))))))))))).((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..)))))))).).)))))).....((((((((((....))))))))))................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((.((((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(.((.((...)).)))((......(((......(((((((.((...(((((((.((((.(.(..(((....))))..).))))............(((....))).........((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((.....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.........))))))...))))..((((((((.(((........))).))))))..)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(.....)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))).)))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(.(((((..(((((((....)))))))......))))).).)(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.((..((.......)))).............))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..........)).....))).....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((...(((((....((((((....))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(.((.((...)).)))((......(((......(((((((.((...(((((((.((((.(.(..(((....))))..).))))............(((....))).........((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((.....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.........))))))...))))..((((((((.(((........))).))))))..)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(.....)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))).)))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))))).(....(((((((..(...(.(((((..(((((((....)))))))......))))).).)(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.((..((.......)))).............))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..........)).....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((...(((((....((((((....))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.((((((.(((((...........))))).................((..((((.((((..((((....((((((((((((...((((.((((((((((.....(((((((((..((((....)))).))))))))).((..((........))..))..)))))))))).))))............(((((((((((((((((((..((((((.((.....)).)))))))))))..)))))).....(((((((.((((((((((((.......)))))..(((((((((......................((((((....)))))).....((....((((((((((((...........(((((((((((((((.....))))))))...))))))).((((((((((........)))))))))).(((((..(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..)))))..))))).)))))))))))).....))......))))))))).((((((((((((((((...(((((((...)))))))..................(((((((((((((((.(((.............((((((((...((((((.......(((((..........)))))...((....))..............))))))...))))))))....((((((((..((...((((.........))))))..))))))))((((.....((((((((((((((((((...))))))))))...((....))...))))))))(((.((((((((.(((((....))))).....((((.((((((((((.((((..(((...((((((....((((((..........))..)))).....))..))))..........(((((((.((((((((....)))))))).....))))))).......)))...)))).))))))))))..((.((((..((.(((((((..((((((.((....))......((((((((.....))))))))...))))))...)))))))...))..))))...)).........)))).)))))))).)))))))........))).))))))))))))))).)))))))))).))))))..)))))))....)))))))))))))))....))))))))))))..))))..)))).))))....))..))))))......((((((...((((......))))......))))))......((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))...)))))).....((((((((((....))))))))))................
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((((......(.(((((...........)))))).......(((((.(((........)))..(((((((((((.(((((.(((((.((((((((((((..((((((((((((((((..((((....)))).)))))))))....(((........)))...(((((((...)))))))...))))))))))))))))))((((((((((..((((((.(((...))).)))))))))))..)))))......((((....((((((....((((.(((((............)))))((((((...)))))).....))))...)))))).....(((((((..((((((((((((((((.((((....)))).((((((((.....))))))))..(((.....(((((((((((........)))))))))))...))).(((((.(((((((((((.((....)))))...))))))).))))))...)))).)))))))))))).((((((........))))))(((((((((.((.(((((((.((.(...)))))))))))))))))))))................(((((((((..(((((((....(((((((....(((......)))..{{{{{)))))))...}}}}}............))))))).))))).)))).))))))).))))....((((.((((...............)))).)))).)))))).))))).))))))).))))(((((((((((...)))))))))))........)))))....(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))((((((.(((...(((.((((((((([[[[[[(((((...(((.((...)))))............((((........)))).((((((((..((((((((((((((......(((....)))..(((((((((....)))).)))))..))))))))))))))))))))))....(.((((((.((((((((((((...)))))))))............))).)))))))))))).......))).((((.((((((((....]]]]]]....((((((((....))))))))((((((.....))))))..................)))))))).)))).........((((((......)))))).)))))).)))...))).............((((((.(((((((....))))).))...))))))))))))((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))...)))))).....((((((((((....)))))))))).)))............
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((......((.........)).((......(((......((((((..((...(((((((...((......(((....))).....))..............(((....)))....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((.....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.........)))).....)))).....(((((................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))((....(..((((......((((...(((.(((((((.(((((..((((.....((((((.....))))))...))))...)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(.(((((...((((((....)))))).......))))).)..(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.((..(((.....))))).............))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..........)).....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((....((((....(.((((....)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))).))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.((((((.(((((...........))))).................((..((((.((((..((((....((((((((((((...((((.((((((((((.....(((((((((..((((....)))).))))))))).((..((........))..))..)))))))))).))))............(((((((((((((((((((..((((((.((.....)).)))))))))))..)))))).....(((((((.((((((((((((.......)))))..(((((((((......................((((((....)))))).....((....((((((((((((...........(((((((((((((((.....))))))))...))))))).((((((((((........)))))))))).(((((..(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..)))))..))))).)))))))))))).....))......))))))))).((((((((((((((((...(((((((...)))))))..................(((((((((((((((.(((.............((((((((...((((((.......(((((..........)))))...((....))..............))))))...))))))))....((((((((..((...((((.........))))))..))))))))((((.....((((((((((((((((((...))))))))))...((....))...))))))))(((.((((((((.(((((....))))).....((((.((((((((((.((((..(((...((((((....((((((..........))..)))).....))..))))..........(((((((.((((((((....)))))))).....))))))).......)))...)))).))))))))))..((.((((..((.(((((((..((((((.((....))......((((((((.....))))))))...))))))...)))))))...))..))))...)).........)))).)))))))).)))))))........))).))))))))))))))).)))))))))).))))))..)))))))....)))))))))))))))....))))))))))))..))))..)))).))))....))..))))))......((((((...((((......))))......))))))......((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))...)))))).....((((((((((....))))))))))................
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................(....(.((((.((..((.....(..(.....................((....................(.......(....)....(...(......)......)....................)...(..(.......(((......))).....)..).(..((((....))))...)....))...................).........((....).))..................................(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).))..))))).............((.....((((...(((.(((((((.(.(((..(((......((((((.....))))))...)))....)))...))))))))...((((((((...(((((((.(..(((((((.(..(((......))).....).))))))).....).....((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((((.....)))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((.(....(((........)))..).)).(.(((((((......(...........((((....))))...............)..(((.((((..(((((..(((..((((((.........(((.(((......))))))))))))(...(.((.......((...))..................)).).).)))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...((((((......(.(..((..........))......).).....))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).))))))..(.(((((((...(....).)))))))....)......))))))............)))))))((((..(...((.(.((....((((...............)......)))..)).).))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))...).).......)...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.......((..(((((...............................................................................................((((((((((..(((((..........((..((........))..)).................)))))....)))))))))).(((((((((((..((((((.((.....)).)))))))))))..))))))..........................................................................(((.(..................((((((((((((............(.((((((((((((.....))))))))...)))).)..((((((((((........)))))))))).(((((..(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..)))))..))))).))))))))))))............................................................................................................................................................((....))...................................((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).................(((((((((.....)))))))))..................).)))...)))))....(((((....))))).........))....(((((.................(((.(((.(((((.........................((((...................((((((((....))))))))...............))))..(((((.(((....)))..)))))..............................((((((.(((.((((((((...)))))))).............))).))))))..)))))..))).))).((((.((((..((.....((((.....(((((((......)))))))...))))....(((..............)))....))..)))).))))..........((((........))))...............................((((((...((((......))))......))))))))))).((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))...)))))).....((((((((((....))))))))))................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.((((((.(((((...........))))).................((..((((.((((..((((....((((((..((((...((((.((((((((((.....(((((((((..((((....)))).))))))))).((..((........))..))..)))))))))).))))............(((((((((((((((((((..((((((.((.....)).)))))))))))..)))))).....(((((((.((((((((((((.......)))))..(((((((((......................(((((......))))).....((....((((((((((((...........((..(((((((((((.....))))))))...)))..)).((((((((((........)))))))))).(((((..(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..)))))..))))).)))))))))))).....))......))))))))).((((((((((((((((...(((((((...)))))))..................(((((((((((((((.....(((.........((((((((...((((((.......(((((..........)))))...((....))..............))))))...))))))))....((((((((..((...((((.........))))))..))))))))....)))...((((((((((..((((((((...))))))))......(((((......(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))....((.(((..(...(((((..(((.((((((((((.....((..(..(((........(((((............((((...((((((((....))))))))..)))).........))))).(((((((((....))).)))))).)))..)..))...................((((((.((((((((((((...))))))))............)))).)))))).)))))).)))).)))...))))))..))).))))))).....))))))))))..))))))))))))))).)))))))))).))))))..)))))))....)))))))))))))))....))))..))))))..))))..)))).))))....))..))))))......((((((...(((((....)))))......))))))......((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))...)))))).....((((((((((....))))))))))................

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