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AAACUAUCGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUUACACAUGCAAGUCGUACGAAAGUGUUAAAACUUUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGAGAAUUUACCUUUAGGAGGGGAAUAACAGUUGGAAAUGACUGCUAAUGCCGCAUAUCGUAAUUAUGAGACAUAUCAUAACUAUGAAAGAAGAAAUUCGCCUAAAGAAAAGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUAAGGGUAAAGGCUACAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUUUGAGAGGACGACCAGUCACACUGGACUGAGACACGGUCCAGACUACUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCUGCAAUGGGCGAAACUGAACAGAGCAAUACCGCGUGAGGGAAGAAAGCCCACAGGGUUGUAAACCUCUUUUGUCAAGGAAGAAGAUUCUGACGUUACUUGACGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGGACGGGGGAUGCAAGUGUUAUCCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGUUUGUAGGUGGUUUAGUAAGUCUAUUGUUAAAGCUUGAAGCUUAACUUCAAAAGUGUAAUAGAAACUACUAGACUUGAGGAUAGUAGGGGUAAAGGGAAUUUCCAGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUUGGAAGGACCACCGAUGGCGAAGGCACUUUACUGGGCUAUUUCUGACACUAAGAGACGAAAGCUAGGGUAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGAAUACUAGAUGUUGCGUGUAUCGAUCCAUGCAGUAUCGUAGCUAACGCGUUAAGUAUUCCGCCUGGGAACUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGUGGCAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUUAUGUAAAUCUAUUUGAAAGAACAGAGUGCCCUCGGGAAUACAUAAACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUUUCUAGUUGCUUUACAAAAGGAAUCUUGAAGACUGCCGGUUAUAAACCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUACCCUGGGCUACACACGUGCUACAUUGGAUAAGACAAAAAGUUGCGAAUUUGUGAAAAUAAGCUAAUCUUUAAACUUAUUCCUAAGUUCGGAUUGAAGGCUGCAACUCGCCUUCAUGAAGAUGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUAUACAGCGGUGAAUCCGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCGUUUUCUUAACCUUUUUGGAGAGAGGCGCCUAAGGUAAGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACGGGAACGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..))))).(((((((.......((((.(((....))).....((((.....((.(((.(((.(((...(((..((..(((..(((((((.(.((..((.(((((......))))).))...)).)...(((((.((((((......)))))).)))))..(((....))).))))))))))..))..)))...))).))).))).))..))))...))))...(((((..((((((...)))))).(((((((((((........((((((((.....)))))))).......((((.((.((..(((((...((((((((..((..((....))..))..))....((.(....))).)))))))))))..(((((.....((..(((((((((..(((....))).......)))))))))..))...)))))..))))..((((((..(((.(((...((((((((.((((((....((((((.....(((((((((..((((.(((((..(((((((((..(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...)))))))))...........(((((((((((..(((((.(((((((...(((((((.(((..(((((........))))).((....))......))).)).)))))....((((.(((((((.((((((((..((...((((.........))))))..))))))))....................(((((......(((((((((((.((((...((....)).....(((((((.(..(((.(((..((((....)))).....(((((.((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))..((((.......((((((.....)))))).......))))......)))))........))).)))..)))))))).......)))).)))))))..))))...(((((((((....)))...(((......)))...)))))))))))..))))))))))).)))))))....................((((((...)))))).))))).....((((((.....))))))....))))).))))))...))))).))))..)))...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))....))))))..(((((((........)))))))....((((((((((((.(((...(((....)))..)))))))))...)))))).))))))))))))....)).))))))..))).)))..))))))....))))..)))))))))))..((((((....)))))))))))...)))))))........(((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..)))))))...) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......)))))..((((((((..((((.((((((.((((((((((((..((((....((...))....))))......((((((.((((..((((((((...........))))))))...........((..((((((....))))))...)).))))...(((((..(((((......)))))..))))).........((((((((.......((((.(((((...(((((..((..........)))))))..)))))......(((((((((((.........)))))))....((((((((.....))))))))..)))).....)))).((((...........))))..)))))))))))))).)))))).))))))..((((.......((((...))))......)))).((((((((((((((....)))....)).)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).))))))))))....(((((((((((....(((((...((((((((((((..(((((((.....((((((((.....))))..)))).)))))))...))))))))..(((.(((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))..(((....)))........)))))))..))))))))...))))...)))))..(((((((...((...((((.........))))...)))))))))..((((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))....(((((((((.((((....((((...))))...((...(((((((..(((((....))).)).((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((..(((.......)))...(((....))).....)))))))..(((.(((..((((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((..(((((((..(((((............)))))))).((((((...)))))).))))...)))).)))))...))))))...))))))...))))))).......))))))).....(((((((((..((((((((..((((....))))..)).)).)))).((((((....))))))(((..(((((((........)))))))....((((((((((((.(((...(((....)))..)))))))))...)))))).))).))))))).....)).)))))))..))...)).)))))))...))))..)))))))((((..((.....)).)))).)))))))..)))))))))).))..(((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((.......................(((((......))))).....................(((((((.......(((((((..................................................................................))))))).....)))))))................................................(((((((.........)))))))......................................................(((((.................)))))..)))))))...................................(((((((((...................)))))))))...(((((......((((((...................))))))))))).........................................(((((((((..((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))).............(((((((.............................................................)))))))..........................................((((.........)))).....................(((((((..............................................)))))))..............................................((((((((............((((((((..............................(((((((..............................................................................................................................((((((..............))))))...........((((((...)))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((.........................................)))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((........................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.....((....)).....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((......))))))))))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..(((.(..((.......)))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(.......).))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.(......))))....))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((..((((((...((.......))....))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))......((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((((..(((((.(((((((((....(((............(.....((....)).....)...................((((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((......))))))))))..............))))))))..))))))))))(((.((.(((..(((.(..((.......)))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(.......).))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).(((.(((((...................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))....))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((.......(((........))).........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))...........((((((...((.......))....))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...)))....))))))).......((...(((((((........)))))))......))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((.((((((...)))))))))).............................(.((.(((((......))))).))..).................(...........(((((((..........((((((....)))))).............(((((.((((((......)))))).))))).............))))))).........)..................................................(((((((.........)))))))....((((((((.....))))))))......................................((((....................................))))..................(((((((((...................))))))))).................................(.....(((((...............................................(((((((((..((((((((....((((((((.....))))))..))))))))))...)))))))))............((((..(((....(((((((....((........)).....)))))))..((((((.....(((.((((((.............(((.......)))......(((((((((.((...((((.........)))))).))))))))).............((..(((((((((((.(....).))))))))))))).................((((.............((((....))))..........)))).....((....))......((......))...........................(((((.......)))))..............................)))))).)))..............)))))).......((....))((((((..........(..(((......))).).))))))...........................................((.((((((...)))))).))........((((((.....)))))).....)))...)))).......................((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))).............(((((((........)))))))....................(((((((..........))))))).............................)))))....).......(((((((.((((....(.(((.......................))).)...)))).)))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.((..((((....(((.......((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..(((..((.(((((......))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.....................((.(((.......)))..))(((.((((((......)))))).)))....(((....))).)))))))..)).)))))))(((....(((..(((................))))))......)))..(((((((.........)))))))))).(((((((.......)))))))................))))))((......((.......)).....)).....))))).))))))..((((.......((((...))))......))))....((((((...(..........)....))))))......(((((......(((((.....((....))........)))))))))).)))))))))))))....((((((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))..(.(((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....)).)))))))..))))))).)...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....))))))))))))).......((((....))))...))))...)).).(((((.(((((((.((..(((..(.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((.(((....))).))).(.((....)).))))))))...((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((..(((.((...(((......)))...)).)))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....))))))).......(....(((((((........)))))))....).......))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.(((((.(((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.((((.((((((...)))))))))).)...(((((((.......)))))....)).((.(((((......))))).))(((((.(((.........(((((((.......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)).....(((((.((((((......)))))).)))))..........)).))))))).....))))))).(((((.((..........................))...)))))((.(((((((.........))))))).)).((((((((.....))))))))................((((...........))))..(((((.............((......)).............)))))..((((.....))))..(((((((((((.......))........)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))....)))))))))))(((......(((.................((((.(((....(((((((((.(((((((((....((((((((.....))))))..))))))))))..)))))))))).......(((.(((((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).((((((.....(((.(((((((..........(((((.......)))))....(((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))............((((((((((((((((.((())).))))))))))).)))....(()).....))((((...((((.....(((((....)))))...))))..))))....((((..))))((((.((......)).))))......((((........))))((((((.....)))))).............................))))))).)))..............)))))).......((....))((((((.((....))(((.(((......))))))))))))...........(((.((...((.......))....)).)))..((.((((((...)))))).))...((...((((((.....))))))..))))))).))))))..)))))).))))........(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...))))))).......(....(((((((........)))))))....)(((((.((.......(((((((()........))))))))).)))))...)))..))).......))).)))))....(..((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))((((((...(.......).((((((((((....))))))))))..))))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...((((....))))...)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((.(((((((....))))))).)))...............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..(((.((((.......))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((....(.((((.....)))).)...)))).....(((((...(..........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))...((......)).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((.(((((...((..(....)))...))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....))))).))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..................)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).............(((....))).......................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..(((.(((.(......))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....((((((((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((.....)))).)...))))..((.(((((......((........)).))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((.(((....))).)))...((....))..)))))).).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((.(((((...(((......)))...))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(((...(((((((........)))))))......))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.((((((...))))))...[[[[.((((..(((.........)))..))))((....))....)))))))...]]]]...((((((((.....(((...(((..((((...))))..)))..((((((....)))))).......)))...(((((.((((((......)))))).)))))........))))))))..(((..[[[[....)))....]]]].((((...........[[[[[[....)))).....]]]]]].((((....)))).....(((...((((((((.....)))))))).[[[[[......)))...]]]]]((((((((((.......(((...................)))..((((......(((((...))))).....)))).[[[[[[[[[..)))))))))).......]]]]]]]]]........((((..[[[[[[[[[...))))..]]]....]]]]]]..........((((((....((((.((((((...))))))))))..(((((((((..(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...)))))))))...))))))....(((((((....((((((((....[[[[[............))))))))...]]]]]............)))))))..(((((((((.......)))))....[[[[[[[[))))...((((.........))))....]]]]]]]].....(((((..[[[..[[[[[[[[[[[)))))...]]]]]]]]]]]]]](((..[[[[[[.)))(((((...((((.....(((((....)))))...))))..)))))...(((....)))....]]]]]]...((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]].....(((((......[[[[[[[..(((.(((....))).)))..)))))......]]]]]]]...(((((((..((((....))))(((((((((....)))..((((......))))..))))))(((((....[[[[[[.)))))........]]]]]]...........((((((...))))))......(((((((((((.....))))))..[[[[))))).....]]]]..((((..(((....(((.......)))......)))....))))...(((((...[[[[[[[..)))))(((.......))).(((((((........)))))))]]]]]]]........((((.[[[[[[[....))))..]]]]]]]....(((....)))..........))))))).(((((((((.......))))..[[[[[...(((.((((((..........)))))).)))((((......))))..)))))..]]]]]..........((((((((((((((....))))))))))........)))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((((...))))).......................................(((((......))))).....((...............((((((.......(((((((...((.....((((((....))))))......)).....(((((.((((((......)))))).)))))..(((....))).))))))).....)))))).................................................((((((((....))...))))))....(((((((.......))))))).....................................................................................................((((((((...................)))))))).......................ffff.((gg.gg(((.cc((hh................))...)))....))..................(((((((...(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..ii)))))))...........II.............(((((ddddddddddd..............)))))....DDDDD...((....)).DDDDDD............................(((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))...........((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....))))....(((((((((..(((((....)))))............................(((.........((((((.......((((........))))((......eeeeeee))......(((.........((....)).......bb...........))).....((.(((...(((((..((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))...............((..................)).........((((((...))))))...........aa)))))...)))))AA..)))))....EEEEEEEBB.....)))))).......................{{.....)))........}}..............................(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))......)))))))))..............HH))CC...GG.GG...FFFF((....[[[..[[[((<<......<<<<<...<<.......))>>.>>>>>...)).>>..]]].]]].................(((((((((....))))))))).............. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(..((((((.((((.................................................(....)...........................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....(((.(((((((....))))))).)))..............))))))))..)).)))))).((((((.(((..(((.(.((..(...).)))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....(((.(((.....))).)))..((((....)))).................((((...((((.....)))).)))).....(((((((.(((....((((((.....))))))...)))..(((((((((...((.....)).......)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))....)))))......................................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))....(((.((....))..((.(((((.(((.....(((..(((...)))..))))).................(((((((.(((((((....)))))))...((....)).)))))).)..).))))).)).)))..(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((((.((((..).))).)).))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))).................................................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...)))).)))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.((((((...)))))).)).))).((((((.((((...................(((((......))))).(((((...((.(((.....))).))...(((..((((...))))..)))..((((((....)))))).....)))))...(((((.((((((......)))))).))))).........((((((((.......((..((.(((....((.(((........(((....(((....)))....))).((.(((((((.........))))))).)).((((((((.....)))))))).)))))...))).)).)).(((((......)))))..))))))))........))))..))))))..((((......(((((...))))).....)))).(((((((((...................))))))))).......(((......))).((((((..(((.(((...((((((((.((((((....((((((.....(((((.(((..((((.(((((..(((((((((..(((((((.....((((((((.....)))))..))).)))))))...)))))))))(.(((.((..(((((((.((((..((((((((...(((........)))....)))))))).((((((.....(((.((((((...(((..((.(((((.......)))))....((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).................(((((((((((........)))))))))))...((.....(((..............((.......((((....)))).....)).........(.(((....))))....))).....))..............(........)...((((((.....)))))).((.....)).............))..))))))))).)))..............)))))).((((((((....)))).))))..(.....(((.(((......)))))).....)....))))..((((.((((.((((...)))).)).)).)))).((.((((((...)))))).))........((((((.....)))))).)))))))..)).))).).))))).))))..)))...(.(((((.......(..((..((((....))))..))....)......))))).).....)))))..(((((((........)))))))....((((((.((((.......(((((..........))))))))).)))))).))))))))))))....)).))))))..))).)))..))))))...((((..((....((((((..((.....)).)))))).((((......))))......)).))))...............((((((((((....))))))))))............. |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..(((((.(((....)))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((......)))...........((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..(((.(..((.......)))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.((.....)).))))).((((....)))))).))))))........((((....(((.....)))..))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))(...)...(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)(((((.((((((...((.......))....))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.(((....)))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))............(((......)))...........((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..(((.(..((.......)))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.((.....)).))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).))))))))))(......))((((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((..((((((.(.((.......)).)..))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))....)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..(((..((.((.(((....)))))..)))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((......)))...........((......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..(((.(..((.......)))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.((.....)).))))).((((....))))...))))))..).....((((....(((.....)))..))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))(...)...(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....(((((.((((((...((.......))....))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..)))))..((((((..((((((((..(((....)))......((((((..((((.((.(((.....))).))...(((..((((...))))..)))..(((((......)))))......))))...(((((.((((((......)))))).)))))..(((....)))..))))))....)))))))).....{{{{{.....)))))).....}}}}}....(((((..(((.(((((....((((((((((((...((...((((((((.....)))))))).........((((..(((.(((.((((((((((......((((((..........((......))..((((......(((((...))))).....)))).)))))).....))))))))))..((((....))))......)))..)))..))))..((((((..(((.(((...((((((((.((((((....((((((.....(((((((((..((((.(((((..(((((((((..(((((((.....((((((((.....)))))..))).)))))))...)))))))))...........(((((((((((..(((((.(((((((...(((((((.(((..(((((........))))).((....))......))).)).)))))....(((.((((((((.((((((((..((...((((.........))))))..))))))))....................(((((......(((((((((((.((((...((....)).....(((((((.(((..((.....((((....)))).....))..)))......(((((....((((..((((.(((....((......))....))).))))...((((((.....)))))).............(((.(((....))).))))))))))))))))))).......)))).)))))))..))))...(((((((((....)))...(((......)))...)))))))))))..))))))))))).)))))))....................(((((.....))))).))))).....((((((.....))))))....))))).))))))...))))).))))..)))...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))....))))))..(((((((........)))))))....((((((((((((.(((...(((....)))..)))))))))...)))))).))))))))))))....)).))))))..))).)))..)))))).......)).))))))))))))(((((...((.........)).)))))..))))).)))..[[[[[[[.))))).......((((((((((....))))))))))..]]]]]]].... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....((....)).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((......)))......................)))))))..)).)))))).(((....(((..(((.(...(((....))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((...........))))).((((....)))))).))))))........((((.....((.....))...))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((..((((((...((.......))....))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....))))))).....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((..(((((..(((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....((....)).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)............(((......)))......................)))))))..)).)))))).(((....(((..(((.(..((.......)))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.((.....)).))))).((((....)))))).))))))........((((.....((.....))...))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).(((.(((((...................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).))))))))))((.....(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....(((((.((((((...((.......))....))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....))))))).....((((...(((((((........)))))))......)))))))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))))))))...)))))((.(.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..).))........((((((((((....))))))))))))))).))).... |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..))))).(((((((.......((((.(((....))).....(((((....((.(((.(((.(((...(((..((..(((..(((((((.(.((..((.(((((......))))).))...)).)...(((((.((((((......)))))).)))))..(((....))).))))))))))..))..)))...))).))).))).)).)))))...))))...(((((.(..((..(((..((.(((((((((((((...((...((((((((.....)))))))).........((((..(((.(((.((((((((((.(....((((((..........((......))..((((......(((((...))))).....)))).))))))...).))))))))))..((((....))))......)))..)))..))))..((((((..(((.(((...((((((((.((((((....((((((.....(((((((((..((((.(((((..(((((((((..(((((((.....((((((((.....)))))..))).)))))))...)))))))))...........(((((((((((..(((((.(((((((...(((((((.(((..(((((........))))).((....))......))).)).)))))....((((.(((((((.((((((((..((...((((.........))))))..))))))))....................(((((......(((((((((((.((((...((....)).....(((((((.(..(((.(((..((((....)))).....(((((.((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))..((((.......((((((.....)))))).......))))......)))))........))).)))..)))))))).......)))).)))))))..))))...(((((((((....)))...(((......)))...)))))))))))..))))))))))).)))))))....................(((((.....))))).))))).....((((((.....))))))....))))).))))))...))))).))))..)))...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))....))))))..(((((((........)))))))....((((((((((((.(((...(((....)))..)))))))))...)))))).))))))))))))....)).))))))..))).)))..)))))).......)).))))))))))))).))..)))..))..).)))))...)))))))........(((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))).... |
|
RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((((((...((.(((..((((....(............)....))))...(.((..(((....((((((..((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).(...((......................)))...((......)).)))))))..)).)))))).((.(((.(((...((...((........)).)).)))...))).))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.((.....)).)))))))).))...)...)))...)).))......((((.....((.....))...))))))).))))))..((((.(.((...((....)).)).)...)))).(((..((((......((........)).))))..)))...(((((......((((((.((.((....)))).....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...((((((((......((((((.....))))))....))))))))....)))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(((....(.(..((((....))))...).)...)))...(((((((((((((....((((....(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.........(..((....).)..)....................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((..(((.((...((.......))....)).))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))).))...))(((...(((((((........)))))))......)))...)))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((....(.((((...((..((.....))..)).)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((...))))))...................................((....))..............................................(((((((.(.((..((.(((((......))))).))...)).)...(((((.((((((......)))))).)))))..(((....))).)))))))...........................................................(((((.....(((((((((((.(((...((((((((.....))))))))....(....)..)))....(((((....((((.((..((..(......)..))..))....((.(....)))..)))).)))))..))))))...))))).((((((((..((......)).......))))))))........)))))................((..(((...((((((....(((((............................((((..(....((((((((..((((((.....(((.....)))...............))))))...))))))))....(((.....(((((...((((((.(((((((((((((((.......................)))))...((....)).))))))))))..))))))..........................................))))).....)))....)..))))...(((((((.((((.((((((........)))))).))))...((....))....)))))))..............((((....))))...................((....))...................................................(((((((......(((((((..(((.(((....))).)))...((....))..)))))))...((.(((..(((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....(((....((...((.(((.....))).))....))......((((((...)))))).........))).))))).).))))))...)))))....)))))))......................................................................................(((((((........))))))).....(((((((((((.(((...(((....)))..)))))))))...)))))........)))))........))))))..)))..))........................................................................(((((.............((((((((((....))))))))))..)))))...... |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..))))).(((...((.((((((((..(((....)))......((((((..((((..((((((((...........))))))))...............(((((......)))))......))))...(((((.((((((......)))))).)))))..(((....)))..))))))....)))))))).))...))).......((((((.....(((....)))...((((.((..((((((.........))))))..)).((((((((.....))))))))..(((.((.((((..(((.(((.((((((((((......((((((..........((......))..((((......(((((...))))).....)))).)))))).....))))))))))..((((....))))......)))..)))..))))..((((((..((..(((...((((((((.((((((....((((((.....(((..((((..((((.(((((..(((((((((..(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...)))))))))..(((.((..(((((((..((...((((((((...(((......)))......))))))))..))...((((((....(((((...(((...(((((((((((((..........((((((((..((...((((.........))))))..))))))))......(((...(((..(((((.(((((((((((.....((.....(((.(((..((((((....(((((...((((......((((....))))....))))..)))))((.(((....)))))..))))))..))))))..)).....))))))).))))...((((((.....)))))).)))))..))).)))...............))))...)))))))))......)))..))))).((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.((((.((...((((....))))...)).)))).((.((((((...)))))))).))))....)))))))))).)))))).)))))))..)).)))...))))).))))..)))...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))....)..)))..(((((((........)))))))....((((((((((((.(((...(((....)))..)))))))))...)))))).))))))))))))....)).))))))..)))..))..))))))..(((((..((((..........((((((....)))))).((((......))))....)))).)))))..)).)))......((((((((((....))))))))))))))...)))))) |
