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AUUUUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCCUAACACAUGCAAGUCGAACUAGCUCUAGCGCAAGUUAGAGUGGGUGGCGGACGGGUGAGGAACACGUAAGAACCUACCCUUUGGAGGAGGAUAACUGUUGGAAACGGCAGCUAAUACUCCAUAUGCUGAGGAGUAAAAGGUCGAAAGGCCGCCAAGGGAUGGGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAAUGCUUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAAGGAUGAAGGCCUGUGGGUUGUAAACUUCUUUUCUCAGAGACGAAUAAAUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUUUCCAAGUCUUUUGUCAAAUCCCAGAGCUUAACUUUGGAUCGGCACGAGAAACUCGAGAGCUUGAGUAUGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCCGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCGGGAAGAACACCGAUGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCAUUACUGACACUGAGAGACGAAAGCUAAGGGAGCGAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCUUAGCCGUAAACGAUGGAAACUAAGUGCUUGGGCCGCGAGUAAUCGCUGCUUGAGUCCUGUAGCUAACGCGUUAAGUUUCCCGCCUGGGAAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCACUCUUUCGGGAGGUCAUGGUGAAAGCCAGUUUAGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCUCUUGUUGCAACUUUGUUGUUAUCGAGAGAGACUGCCGGUGAUAAGUCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACGCCCUGGGCAACACACGUGCUACAAUGGCCAGGACAAAGAGAUGCAACCUCGCAAGAGCAAGCCAACCUCAAAAACCUGGUCUCAGUUCGGAUUAGUCUCUGCAACCCGAGACUAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUAUACAGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGGGAGCUGGCUAUGCCCAAAGUCGUUACCCCAACCGUUUGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGAGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((((((....)))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((....)))....((((....)))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..((((((((((((((((....))))))))))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((.((((....))))....((((....)))).....)).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((((...))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.((((..((((((.((((.(((((((.(((..(((.(((........(((.(((((((....))))))))))....(((((.(((.......(((((((..((((.(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))))............(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))....((((.(((((.....(((((.(.((((((((((....((((.((((.....((((((.....))))))...)))).)))).....))))))...((((((((...(((((((....((((((((.(.(((........)))..).))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).)))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).((..((((.(((((((.((..((..(((.((((....)))).)))..))..))...((....))....))))))).(((((((((((((((((....))))...............((.(((....)))))..((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((.((((.(.((........)).).))))..(((....((......)).)))(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...)))))))..((.((..(((....)))..)).))..))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))..)))).))))))))).))))..))..)))))))))((((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))).)))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((..(((..((((.((((((.(((((((.(((..(((.(((..(((..((..((((((((....))))))))..)))))......((.((((..(((((((..((...(((((((.((((.((..((((((....))))))...)).))))...((((....))))...((((....)))).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....))))))))..))))))........)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((.......(((....)))......)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...(((((.(((((...(((((((...((((((((((....(((..((((.....((((((.....))))))...))))..))).....))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....)))..(((((((..((((((((..........))))))))(((((.....((((..(((.((((..((((((((((....))))..((((..((((...((....((((.....(((((....)))))..))))..))..((((...))))..)))).....)))))))))).((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((.((((....))))....((((....)))).....))....(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...)))))))..((.((((.......)))).)).....)))).)))))...)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))...)))))))...))))...))))).....)))))))...............))))).((((.((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))).)))))))..))))))))).))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((........................((((((((....))))))))......................(((((((..((((((((((((...................................................................))))))))))))))))))).................................................(((((((.........)))))))....(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..))))))).........................................................................(((((......((((((..................))))))))))).........................................(((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).....))))))).....(((((...(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))..))))).....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((....(((((((((((((....)))))))))))))..................))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((...........................((((....)))).................................((((((............................)))))).....................................................................................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................))))))).....................................................(((((((..........)))))))...........))))))))..................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((....((((((....))))))....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))..................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(((.....(((((....))..)))...((....))..)).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.........)))..((((..(((((.((((((.......(((...........((...(((((((....)))))))...))...................(((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((..................))))))))....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......((((.....(((((....))..)))...((....))..)).))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....((((((((....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..((((((...)))))).))).........(((.......))).........(((.((((((((....)))))))).))).....(((((........(((((((..((((.(((((((........(.((((((....)))))).)..((((((.........))))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))........((((((.............((((....))))..........((.((.(((((...(((((....))))).)))))..)).))...............(((....)))...........(((((((((.(((.........)).).)))))))))..............(((((((((.((....)))))...))))))...............................................................((......((((((.....))))))....))....................((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).))).................((((((........((((.........)))).....))))))...............(..((.((((((((.((((....)))).)))))))).))................)((((((....))))))...((((....)))).........................((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((....(((((..((((....))))).))))(......)..................((((.((((((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).........((((((((..(((((...)))))...)))))))..)..(((((.....))))).............))))).).))))))))).........))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))))))))).....(((((((.(....).))))))).....((((...((......(((((((..........))))))).....))...))))...............)))))..((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((.((((((((....)))))))).))))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..................((((....)))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.((((((..((((((.((((.....((((((.....))))))...)))).))))..)).))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((.....((((((((.((((....)))).))))))))......((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((...........((((....))))....((((....))))............((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((((...))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))..))).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((...)))))))))).).....(((((.......)))))..(((..(((.((((((((....)))))))).)))))).((((((((......(((((((..((((.(((((((.......((.((((((....)))))).)).((((((.........))))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(.(((((((.........))))))).).....(((((((...........(.((((....)))).)........((.((((((((...(((((....))))).))))).))).))....((((......((((....)))).....)))).(((((((((.(((.........)).).)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................(((((.....))))).........((((...(((((.((((..((.((((((.....)))))))).))))((((...))))(....)..((((((((...((((((((...((((((((...(((........)))....)))))))).....).....((....)).)))))))..))))).)))........)))))))))(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(.........)...(((.((.((((((((.((((....)))).)))))))).)).......((()))..)))(((((....)))))(..(((((....)))))...)....................((((....)))).(.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((....(((((..((((....))))).))))((....))..((.......))((((.((((.((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......))))))))))))....((((.(((((((((.(((((...))))).).)))))))..)(.(((((.....))))).)......)))).))))).).))))))))))..)))...))))))).......))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))))))))))....(((((((.(....).)))))))....(((((((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))).)))).)...........)))))))).((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))))........))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..(((((.(......).)))))..)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)..(((((....))))...)............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..(((((((.(((......))).)))))))..))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.((..(((...(....)))).(......)..)....)..)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(...)))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..((.((((......)))).))..)))))................(((((((.((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....(((....))).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((.(.(.........)..).))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((.(((...((......))...)))).)))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).((((...(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((.....(((....)))............(.))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(((.....)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))........)))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((...)))))).((((((.(((((((.(((..(((.(((.(((...))).((((((((....))))))))..(((((((((.(((.......(((((((..((((.(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))).............))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))))).....((((...(((((....))))).))))...)))))))....(((..[[[[.)))............]]]].(((((((((..................)))))))))........((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]]......))))))(((.[[[[.))).((((((...))))))..........]]]]...((((.((((.....((((((.....))))))...)))).)))).((((((....))))))........(((((((....((((((((...(((......)))......)))))))).......[[[[[[.......)))))))..]]]]]]........................((((.....[[[[[[[[.....))))((((..(((((((((.....))))...)))))))))..(((.((((....)))).)))..]]]]]]]]...............(((((..[[[[)))))..(((((....)))))....((((.....))))]]]]...((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]].......(((.[[[[..))).((((....))))]]]]..(((...[[[[........)))...]]]]...(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...))))))).(((.((((.......)))).....))))))).)))))...)))))....(((........[[[[)))......(((......)))..]]]].....(((.......(((....)))...[[[[..))).......]]]].(((.[[[[[..(((((((........))))))))))..]]]]]......(((.[[[[[[[....)))...]]]]]]]...((((.....[[[[..))))......]]]]....((((.(((..(((((((................((((............)))).((((...)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((((((((.((((((.((((.(((((((.(((..(((.(((..(((..(((.((((((((....)))))))).)))....)))..(((......(((((((..((((.(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((..((..((((....)))).))..)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((((((((((((.(((.(((((.((((((((((....((((.((((..((((.((((.....)))))))).)))).)))).....)))))).....((((((.(((((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))((((((...((((...))))..)))))).((((.(((((((.(((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))).......(((((((.((.((((((((.((((....)))).)))))))).))...((....))....))))))).(((((((..(((.((((....)))).....((((.....)))).((((((.(((....)))(((..((((.(((......)))))))..)))......(((((((.(((((((((.((((.(((....))).)).))((((....)))).((((.(((((((.(((((((....)).))))).)).))))).)))).......))))))))).((((((((.(((.....)))..))))))))..((((((((((((((..((...))..)))))))))..)))))...))))))).((((.....))))....)))))))))..)))))))......(((......))).(((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))))))))))))......))))))..)))...)))))).....((((.((.((...(((((((..........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))...))))))))).)))...))))))))..)))))).((((..((....))..))))..(((...))).))))))).((((.......))))..........(((((((((....))))))))).))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((.......((((...(((..((((((......................((.((((((((....)))))))).))...................(((((((..((((.(((((((.((((.....((((((....))))))....[[)))).............]]...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))...))))))...(((......((((....)))).....)))..(((((((((..((.........))...)))))))))..............(((((((((.((....)))))...)))))).......)))..))))...............................((((((....((((.((((..(((.(((((.....)))))))).)))).)))).....))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).))).................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.((.((((((((.((((....)))).)))))))).))...((....))....))))))).............(((((....))))).....................(((((......((.....(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((......((...(((......)))..))((((....))))............((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((..(((((...)))))...))))))).....(((((.....))))).............))))).)).)))))))..))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))....)).....(((((((..........)))))))............)))))...................((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((((.(((((((....))))))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...((((....))).)..(((......))))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..(((.((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((..((..(...)..))...)))))))))...))).)))....(((((((((.((....)))))...)))))).........)))...........................(...((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))...(((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).))....)))...)..(....)..((((..((...((((.........))))))..))))...(((.......(((((((.((((((.(((((..(.........))))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))).....((((....))))...(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......((((.(((.((((....)))))))..((...))...)).))..................(((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((...(((((((.((((((...))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................))))))).......)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))......((((..(((((((........))))))).....))))............((((((..........))))))..............(((..((....))..)))......(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((((((.(((((.(((((.(((((((.(((..(((.(((..(((..(((.((((((((....)))))))).)))....)))...........(((((((..((((.(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((..((..((((....)))).))..)))).(((((((((..(............)..)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((((((((((((.(((.(((((.((((((((((...((((((((((..((.((((((.....)))))))).(((.((((...))))...)))...(((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)).))))...))))))))))))............((((((((..........)))))))).((((.....))))...(..((.((((((((.((((....)))).)))))))).))...)...............((((....)))).(...((((....))))....)...........((((((.(.((((....)))).(.(((((((((.....((((........))))...)....(((((((.......(((..((....))..)).).((((....)))).((((.(((((((.(((((((....)).))))).)).))))).)))).....(((......)))((((((((.(((.....)))..))))))))(((...)))(....)...((...)).(((.........)))......(.((...((((.....)))).....))).....)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))(..((.(....(((((((..........)))))))....))).)......).............)))))).))))))))).)))...))))))))..)))))).((((..((....))..))))..(((...))).))))))).((((.......))))..........(((((((((....))))))))).))))))))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.(((((((....))))))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((((.....(((((....))..)))...((....))..)).)))(((.((..((((((((.(((((((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).))))...))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((........)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...((((.....(((((....))..)))...((....))..)).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...((((((.((...(((....)))...)))...)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.(((((((....))))))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((..((.........))...))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((((.....(((((....))..)))...((....))..)).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).))))...))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((..........((.((((((.(((((..(((.(((..(((..(((.((((((((....)))))))).)))..(((((.(((.......(((((((..((((.(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))))....))).....(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).)))))).((.((((((((....((((....))))..))))).))).))......)))...((((((((.((..((((..(((..(((((((((..((.........))...))))))))).)))..((((((..(((((((((.((....)))))...))))))..((((......(((((((.(((..((((((((...((((..((.((((((((((((((...((((.....((((((.....))))))...))))......((((((....)))))).((((((((.....(((....))).((((.(((.((((....(((((((((((........))))).((....)).)))))).(((((..............(((((....(((.....)))...((((.........))))...)))))..((((.......(((((((.((..((..(((.((((....)))).)))..))..))...((....))....)))))))..(((..((.((..((((....))))...))))..))).....)))).))))).((((.((......)).))))......)))).))).))))......)))))))).)))))).((((((.(((....))).)).))))..)))))))).))..))))...((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...)))))))..((.((..(((....)))..)).))..))))..)))).)).))))))))..)).))))))))..((((.......)))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))).)))))))[[[[[[[))))....]]]]]]]...)))))).((((((.(((...(((....)))..)))))))))...))))..))))))))))...)).)))))).))..((((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))).)))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((((((.(((((.(((((.(((((((((((..(((.(((..((((.(((.((((((((....)))))))).)))..).)))..(((......(((((((..((((.(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.(((.........).)).)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((((((((((((.(((.(((((.((((((((((...(((((((((((.((.((((((.....)))))))).(((.((((...))))...)))...(((((((...(((((((....((((((((.(.(((........))))...))))))))....................)))))))..))))).)))))))...))))))))))))............((((((((..........)))))))).((((.{{{.)))).........((((((((.((((....)))).))))))))..............}}}..........(((........(((((....)))))........)))...(((((((((.((((....))))...((((((((((((..((((........))))))))(((([[[[[[[......((((.(((....))).)).))((((....)))).((((.(((((((.(((((((....)).))))).)).))))).)))).....(((......))).(((((((.(((.....)))..)))))))((((...)))).(((............<<<)))......>>>.......))))..((((.....)))).............]]]]]]]......)))))))).....(((((((.....(((.(((...(((....)))...)).)..))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))).................)).)))))))))))))))).)))...))))))))..)))))).((((............)))).((((...)))))))))))(((((.......))))).........(((((((((....))))))))).))))))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....(((((....))))).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((((......((((....))..))....((....))..)).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((....((((((....))))))....)).((......(((.......(((((((.((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((..............)))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...)))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........((......((((....))..))....((....))..))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((..((((((.((((.(((((((.(((..(((.(((..(((..(((.((((((((....)))))))).)))..(((((.(((.......(((((((..((((.(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))))....))).....(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))....((((.(((((.....(((((.(.((((((((((....((((.((((.....((((((.....))))))...)))).)))).....))))))...((((((((...(((((((....((((((((.(.(((......)))....).))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).)))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).((..((((.(((((((.((..((..(((.((((....)))).)))..))..))...((....))....))))))).(((((((((((((..((((..(((.....))).((((...((((((.((((.((((.(.(.(((..((((.(((......)))))))..)))......(((......(((((..((((((.(((....))).)).))))....))))).....))).....).).))))..)))).))))))(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....)))).(((((((..(((((...)))))...)))))))..(((((((((((..(((.(.((.....((((.((((.....)))).....)))).....)).).)))........((((((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...).))))))))))))).))).......))))...)))).))))))))).))))..))..)))))))))((((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))).)))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................(.(....(.(..(((((.(.....(..(..............................(.((((....(....(.(........................(..).....).)...)..)))...((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))).....)...)...)......)........((((((....(((....))).).))))).........(.((((.((((...((...)).))))...))))...)((((((..................))))))......(((((.......(((((.((.((....))))....))))).)))))..).))..)))..........).)((.....((((...((((((((((..(.((((.((((.....((((((.....))))))...)))).))))...).))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((.(((((((................))))))).))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(....(..(.(.......).).).............).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((.......)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((......((((...((..((....))..)).)))).....))))..))))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).......).).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.......(((((.(((((.(((((((.(((..(((.(((.......(((.((((((((....)))))))).)))..................(((((((..((((.(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))(((((..(((..((((((((.......)))))))))))....))))).............................(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))))).....((((....((((....))))..))))...)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((.....(((((.(.((((((((((....(((..((((..(((.(((((.....)))))))).))))..))).....))))))...(((.((((...(((((((....((((((((.(.(((........)))..).))))))))...........((....)).)))))))..))))..)))..)))).).)))))...((((((........((((.........)))).....)))))).....(((..(((((((.((..((..(((.((((....)))).)))..))..))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....))))..................(((....)))....(((((...((((((((((.....(((........))).........(((((((...........................((((....)))).................(((.((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...))))))).....((((.......))))........)))).))))).).))))))))..........)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).)))))....(((((((..........)))))))...))).)))))))))..)))......)))))....((((.(((..(((((((.((((...((.(((...(((..((....))..))).))).))..)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((..((((((.((((.(((((((.(((..(((.(((..((((.(((..(((((((....)))))))..)))..).)))..(((......(((((((..((((.(((((((.((((..((.(((..(....)..))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))))))....(((((....((((....))))..)))))..)))))))..((((..((...(((....)))..))..)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))....((((.(((((.....(((((...((((((((((....(((..((((.....((((((.....))))))...))))..))).....))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).((..((((.(((((((.((..((..(((.((((....)))).)))..))..))...((....))....))))))).(((((((((((((((((....))))...............((.(((....)))))..((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((..(((..(((.(((....))).)))..((((....)))))))........(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...)))))))..((.((..(((....)))..)).))..))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))..)))).))))))))).))))..))..)))))))))((((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))).)))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
