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AAAUUAUUACGAGUUUGAUCCUGGCUCCGGAAGAACGCAAGAGAUGUGCUUAACACAUGCUAAUUGAAUGGUAUUAAUAUAUCAUAGUGUAAUAGUGAGUAAUGUAUGAGAAUUUAUUUUUAGAAUAUAAUAAAAAUUUAAUAAUUUAUAAUAAACGCAAUAGUGUUUUAAAAGAUAAUUAUUGUCUAAAAAAAAGCUCAUAUCUAAUUAGCUAGUUGGUGAAGUAAUAGUUUUACCAAGGCGAAGAUUAGUAGCUGCCUUGAGAGGGGAAACAGCCACAUAGAGAUUGAAAUACAGCUCUAACUCCUAAGGGGGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCUGCCAAUAAGCGCAAGCUUGACAGAGCGUCAUCACAUGAAGGAGGAAGGCCUAUAAAGGUUGUAAACUUCUUUUGCUUAAAAAAAUAAUACUGACGUUUAAGUUUAAAAAGUAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUCAUACGGGGGAUACAAGCGUUUUCCAAAAUUACUGGGCGUAAAGUGUAUGUAGGUGGAUUGGUAUGUUCUUCCUUAAAUACUAUUUGAUAAAUUUAGAAAAAGGAAGAAAACUAUUAAUCUUGAGUUCGAUAAGGGUAAGAGGAAUUUUUUGAGGAGUAGUGAAAUGCGAAGAUACAAAAAAGAAGAUCAACAGCGAAAGCAUCUUACUGGGUCGAUACUGACACUGAGAUACGAAAGUUAAGGUAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCUUAACUGUAAACAAUGGAUACUCGGUACUGGAGACAUUAAAUAUAUAAAUUCAGUACCCUAGCUAACGCGUUAAGUAUUCCGCCUGAGUAGUACGCUCGCAAGGGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCUCGUACAAGCGGUGGAGCACGUAAUUUAAUUCGAUGUAACGCGAUAAACCUUACCAGAACUAGACUAAAUUUAUUUUAAAUUAUUAAUAUUAAUUAAUAAAAAAUUUACAGGAGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCUACGAGCGCUACCCUUAUUUAAAGUUUUUUAUAUCUUUAAAAACAGACUAUAUAAAUUUUUGUACUAAAUUAGUAGGAAGGAGAGGAAAACGUCAAGUCUUUAUGCCCUUUAUGUUCUGGGCUACAUACGUGCUACAAUAGAUGGUACAAUAAUUUUUAAAAAUAAAUACAAUAUCAAUUUAUUUUUAAUUUAUUUGUGAAAAUAAAUGUAAUAAUUGAAAACCAUUUUUAGUUCGGAACAUAAACUGCAAUUUGUUUAUGUAAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCAUUACGGCGGUGAAUAAGUCUUCGAGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCACGGAAAUUGAUUAUUUUUUAAAACUUUUGAUAAAAGGAUAAAUAAUAAUAAAUAACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACUGGAAGGUGCUGCUGGAUAAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.((((..(.((((.......(((...(((((((((.......((((((((.(((((((....)))))))..................(((((((......((((((((..(((((..(((((....))))).....((((((....)))))).........)))))..))))))))....))))))).))))))))...(((((((((......)))))))))((((((((((....((((((((....)))......(((...(((((.(((.....)))))))).((((...))))))).)))))....))))))).)))..(((((....)))))...))))).))))....(((((((...(((((....))))).....))))))))))...............(((((..............((((((((...(((((((((.((....)))))...))))))..(((.((((..((((((..((((.((((((((((..(((((((..(((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...)))))))))...(((...((((((((.((((((((((.(((((.((((((...............................((....))..((((....((((....))))..))))..((....))....(((((....((((((....((((.....((((((.(((((((...(((......(((((((((.................)))))))))........(((((((.((.(((((((.((((....(((((....)))))..)))).......(((((((....)))).)))..))))))).))...(((......))).)))))))..........)))........................((((((((....))))))))....))))))).....(((((((((....)))).)))))..))))))...))))..)))))))))))...)))))))))))...)))))))))).))))))))..)))...)))))))..(((((.(((((...))))).))))).((.(....).))....)))))))))).(((((((((((((((.....((...))...(((((((.((((.....((((((((((((.........))))))))))))..(((((((....))))))).....))))...))))))).)))))))))))))))................))))..)))))).)))).)))...))))))..)).....(((((((.(((((.(.....).)))))...)))))))))))).....)))).....((((((.((((...(((((....))))).)))).))))))......)..))))))).)))))......((((.(((((....))))).)))).))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((...((((.(((((..((((.((((.((((...((((((((.(((.((((((((..(((((((....)))))))..(((..((((.(((...(((((((..(((.(((((((..(((((...............)))))......((((((((((((....)))).)))))))))))))))))).)))))))...))).)))).(((((((((......))))))))).)))..))))))))((((((((...(((((....(((....................)))....)))))....)))))))).))).(((....))).....))))))))..))))...((((((((......((((((((..(((((....))))).....))))))))..(((......)))...))))))))..))))....(((....)))...)))).))))).....(((((..(((((((..(((.((((...(((((..((((.((((((((((.((((...((((((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((.....((((((....((..(((........................)))))..))))))..)))))))..))))).)))..))))...))))...(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((.................)))))))))...((....))....)))))))..(((((((....(((((....)))))..))))..)))..((((((...(((((((...((((..((........(((((((((((((..(((((((.(((((...(((..((((..........))))..((((((((....))))))))....)))....)))))....(((((....)))))..)))))))..)))))))))))))))))))))))))).((..((((....((((((...(((((((........))).))))..))))))..(((((...)))))..))))..)).....))))))..)))))))))).(((((((((((((((.....((((((.......))))))..(((((.((((((((((((.........))))))))))))..(((((((....)))))))....)))))...........)))))))))))))))................))))..)))))..)))).)))(((((((..........)))))))...............)))))))...)))))..))))((((.(((..(((.((((((........(((((....)))))......)))))).)))..))).))))...)))))......((((.(((((....))))).)))).))))))) |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.((((....)))).)))))................(((((((.((...(((((((((((.....(..)......)))).....((((((....))))))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((........)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((....(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((......)))).....)))).....(((((.................)))))........(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((....(((......))).)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.....(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))..((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(......)..))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((......(((..((.................................((((....))))...))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.....)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).................((((.....))))..........(((((((....)))))))..................(((((((..((..((((((((..(((((.....................((((((....)))))).........)))))..)))))))).)).)))))))............((((((((((....))))))))))(((((((((.....((((((((...(((((....(((....................)))....)))))....))))))))........)))))).)))...((((....)))).......((((........((((((...(((((....))))).....))))))....................))))................................((((((((...........((..(((((.((((..((((((..((((.((((((((((...........(((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...)))))))))...(((((((...(((((((.............................................................)))))))..))))).)).................(((((((((.((...((((.........)))))).))))))))).................(((((((((.................)))))))))..................(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))........(((((((...((((...........((((((((((((((..((((((..((((..............(((((((.........(((((((....)))))))..)))))))....))))....(((((....)))))...))))))..)))))))))))))).)))))))))))...........((((((..........)))))).......................((.......))........................))))))))))((((((((((((((((................((((((..((......((((((((((((.........))))))))))))(((((((....)))))))........))....))))))..))))))))))))))))...............))))..)))))).)))).))).)).))(..........)(((((((.(((((.(.....).)))))...)))))))..((((.(..(((..(((.((((((.((((...((((.....))))..)))).)))))).)))..)))).))))....................(((....)))))))))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.....(((((.......))))).....))((((..((((..(.(....(((.(((.......(((((((....))))))).........(((......(((((((..((...((((((..........(((((....))))).........((((((((.............))))))))))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((........)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).)..))))(((...(((((....))))).....))).........((((......(((((....))))).....))))((..(((((((...............)))))))..))...(((((......(((((.....((....)).......))))))))))..)))).((((....(.(((((((.....(.((((.(.(((.(((((((..(((((((((......(((...........)))....))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....(((((((....(((......))).......)))))))...........((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((.................)))))))))...((....)).....))))))))))).))))...(((((....))))).........)))).(((((.(((((((.((..((((((.((((((((.(.....(((........))).........(((((((....((((((((.((...(((((.......)))))...)).))))))..))..((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((..........)))))))......((((.....................)))).)))).........)).).)))...))))))......)))))))...)..)))))))).)...((((((.....(((((.((((((((((((.........))))))))))))(((((((....)))))))......)))))....))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(.((((.(((..(((.((((((.(...(..((((.....))))..)..).)))))).)))..))).))))..).))...)....((((.(((((....))))).))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......)))))................(((((.....))))).........(((((((....)))))))........(((.......(((((((..(((.((((((((..(((((.....(......)........((((((....)))))).........)))))..))))))))))).))))))).......)))..((((((((((....))))))))))((((((((((.((.((((((((...(((((....(((....................)))....)))))....)))))))).))....))))))).)))..(((((....)))))...((((((((......(((((((...(((((....))))).....)))))))..................)))))))).................(......)....((((((((..........(((..(((((.((((..((((((..((((.((((((((((.....(..(((((((((((((.(((((((((.....(((.((....))..)))...))))))))).).)))))))))..((((((((...(((((((....(((((((.......................)))))))...........((....)).)))))))..))))).)))...)))......(...(((((((((.((...((((.........)))))).))))))))))................(((((((((....(.......)....)))))))))....(....)((((....(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..))))).))))((((((((((...((((........(..((((((((((((((..((((((..(((((..(..........(((((((........((((((((....)))))))).)))))))..))))))..(((((((....))))).))))))))..))))))))))))))))))))))))))....)))...(((((((..........))))))).....................((((.....))))..................)....))))))))))((((((((((((((((...............(((((((.((((.(((.((((((((((((.........))))))))))))(((((((....)))))))...))).))))...))))))).))))))))))))))))(........).....))))..)))))).)))).))).)).)))..((((.....(((((((.(((((.(.....).)))))...)))))))((((((.(..(((..(((.((((((.((((...((((.....))))..)))).)))))).)))..)))).))))...))..........)))).(((....)))))))))))....... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((....)))).)))))................((((((..((...(((((((..((.....(((((..())))))...)).(((....(..)))).................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((........)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((....(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((......)))).)...))))....(((((....(..(....)..)...))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...(..(......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((.....((.((((...(....((((....).))).......))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....)))).).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((.....((.(...((..........))..).))........................))....)....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.((((((((....((((...).)))..)))))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((..(((...[[[.))).))))....]]].((((((((......((((((((.(((((((....)))))))..................(((((((......((((((((..(((((..(((((....))))).....((((((....)))))).........)))))..))))))))....))))))).))))))))...(((((((((......)))))))))((((((((((....((((((((....)))......(((...(((((.(((.....)))))))).((((...))))))).)))))....))))))).)))..))))))))....((((.[[[[))))......(((((((...(((((....))))).....))))))).]]]]............(((((.((((....))))......((((...(((((((((.........)))...))))))......((((..((((((.......((((((((((..(((((((..(((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...))))))))).........((((((((.((((((((((.(((((.(((((.....((((.(((............)))..((((....(((((((.(((.((((....)))).(((............((((((........(((((((((.((((((((.(((..............))))))).(((((((((....(((......))).)))))))))...........(((((...((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))))))))))((((.(((.....))))))).....)))))))))..(((...)))....)))))).)))...((((.....))))...((((((((((((....))))))....))))))))))))))))...))))))))..(((((((((....)))..((((......))))..))))))))))))))))...)))))))))).))))))))........)))))))..(((((.(((((...))))).))))).................))))))))))((((((((((((((((...............(((((((.((((.....((((((((((((.........))))))))))))..(((((((....))))))).....))))...))))))).))))))))))))))))..(((...)))..........)))))).)))).......)))))))))......(((((((.(((((.........))))).)))..[[[[[....)))).(((......((((((.((((...(((((...)))))..)))).))))))......)))]]]]]........(((.[[[[[[)))..........]]]]]]......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((.......)))))((......))(((.(((((((.....))))).))..))).(((((((....))))))).......((((.(((...(((((((..(((.((((((((..............((((((((......((((((....))))))........))))))))))))))))))).)))))))...))).)))).(((((((((......)))))))))..((((((((....((((((((...(((((...........(((((.(((.....)))))))).)))))....)))))))).((((((....))))))...(((((....)))))...((((((((......(((((((...(((((....))))).....)))))))..................))))))))...........(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).((((..((((((..((((.((((((((((.((((...((((((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....(((((((....(((......))).......)))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).................(((((((((.................))))))))).((((......))))...(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..))))).((((....(((....(((.(((((.((.((((((((((((((((((..(((((...(((((....................(((((...((((((((....)))))))))))))......))))).((((((((....)))).)))))))))..)))))))))))))).....)))).)).)))))))).(((((((..........)))))))...............(((((.(((((...))))).))))).))).....))))....))))))))))..((((((((((((((.....((((((.......)))))).........(((((((((((.........))))))))))).(((((((....)))))))......................)))))))))))))).((........))....))))..)))))).))))....(((((((..........))))))).....)))))))).(((((((((((..(((((.........(((..(((.((((((.((((...(((((....))))).)))).)))))).)))..))))))))..)).)).)))))))(((.(((((....))))).))).)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.....................................................((.....(((((((....)))))))..................(((((((......((((((((............................((((((....))))))................))))))))....))))))).aaaa))(((..((((((((((....)))))))))))))....AAAA...((((((((....))))...)))).....((((............))))....((....))...................((((.....((((....))))..))))......................(((((....)))))............................................................(((((..{{{{{{{{..........)))))..(((.((((..((((((..((((.((((((((((...........(((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...))))))))).....(((((...(((((((.ccc(((((((.[[.[[[[...............)))))))...........((....)).)))))))..)))))....................(((((((((.((...((((.........)))))).))))))))).................(((((((((.................)))))))))...((....))........((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))).........((((((....((((............(((((((((((((..(((((......................(((((.........((<<<<<....))>>>>>....)))))..............((((....)))).....)))))..)))))))))))))..)))).)))))).]]]]]].....(((((CCC.......))))).......................(((.......))).......................))))))))))((((((((((((((((.....((((.......bbbb))))........((((((((((((.........))))))))))))(((((((....)))))))................BBBB..))))))))))))))))...............))))..)))))).)))).)))..........(((.....(((((((.(((((.........)))))...)))))))...((..((.(((...((.((((((.((((...(((((....))))).)))).)))))).))...))).))))................)))..((......))}}}}}}}})))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.((..((((......((......)).....((((((.....))))).).......(((((((....)))))))..................(((((((...(..((((((((..(((((...((((....))))......((((((....)))))).........)))))..)))))))).)..))))))).(((((.(((..(((((((((......))))))))))))...)))))...((((((((...(((((...........(((((.(((.....)))))))).)))))....)))))))).(((((......)))))....((((....))))....(((((((.......(((((((...(((((....))))).....)))))))...................)))))))................((.....((((..((.((....)))).....)))).(((((.((((..((((((..((((.((((((((((..(((((((..(((((((((..(((((((((.......(...........).....)))))))))...))))))))).........((((((((.((((((((((.(((((.(((((................................((....)).((..(....((((....))))..)..))......((((((((..((...((((.........))))))..))))))))............(((..(((((((((.................)))))))))...((....)).....)))((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))).........((((((....((((...........((((((((((((((..(((((...(((((............................((((((((....))))))))...........))))).((((((((....)))).)))))))))..)))))))))))))).)))).))))))))))))))))...)))))))))).))))))))........)))))))..(((((.(((((...))))).))))).((........))....)))))))))).(((((((((((((((................((((((.((.......((((((((((((.........)))))))))))).((((((....))))))..........))...))))))..)))))))))))))))((........))....))))..)))))).)))).))).)).))..........(((((((((.(((((.((...)).)))))...))))))).)).......(((..(((.((((((.((((...(((((....))))).)))).)))))).)))..))))))).)).)))))).....((((.(((((....))))).))))........ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((((....)))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((((((...(.(..).)....))))........(((....))).......((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((........)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((.((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((......))))))...))))..((((((((...(..........)..))))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((......)))....))))))))))(....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.(((((((((....(((......))).)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))))).(....(((((((.....(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((............)).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(.((((..((..................................(((....)))....))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.....))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((...(((((((((....)))))))))......)). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.(((.(((((((.((((.......(((...(((((((((.......((((((((.(((((((....)))))))..................(((((((......((((((((..(((((..(((((....))))).....((((((....)))))).........)))))..))))))))....))))))).))))))))...(((((((((......)))))))))((((((((((....((((((((....)))......(((...(((((.(((.....)))))))).((((...))))))).)))))....))))))).)))..(((((....)))))...))))).))))....(((((((...(((((....))))).....))))))))))...............(((((..............((((((((...(((((((((.((....)))))...))))))..(((.((((..((((((..((((.((((((((((..(((((((..(((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...)))))))))...(((...((((((((.((((((((((.(((((.((((((.....((........................((....)).(((((....((((....))))..)))))..)).........(((((....((((((....((((.....((((((.(((((((...(((......(((((((((.................)))))))))........(((((((...(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))..(((...((((.(((.....))))))).)))..............)))))))..........)))........................((((((((....))))))))....))))))).....(((((((((....)))).)))))..))))))...))))..)))))))))))...)))))))))))...)))))))))).))))))))..)))...)))))))..(((((.(((((...))))).))))).................)))))))))).((((((((((..(((.....((...))...(((((((.((((.....((((((((((((.........))))))))))))..(((((((....))))))).....))))...))))))).)))..))))))))))................))))..)))))).)))).)))...))))))..)).....(((((((.(((((.((...)).)))))...)))))))))))).....)))).....((((((.((((...(((((....))))).)))).))))))......)))))))))).)))))).....((((.(((((....))))).))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.........................(((.(((((((.....))))).))..))).(((((((....)))))))..................(((((((..(((.((((((((..(((((..(((((....))))).....((((((....)))))).........)))))..))))))))))).)))))))((((((.(((..((((((((((....)))))))))))))...))))))..((((((((...(((((...........(((((.(((.....)))))))).)))))....)))))))).((((((....))))))...(((((....)))))...((((((((....(.(((((((...(((((....))))).....)))))))).................))))))))..............(((((...(((((((((.((....)))))...))))))(((((.((((..((((((..((((.((((((((((..(((((((..(((((((((.((((((((((.....((((((...)))..)))...)))))))))..)))))))))).........((((((((.((((((((((.(((((.((((((.........(((............)))....................((((((....)))).))..........(((((((((......((((.........))))...)))))))))............((((.(((((((((...((.(....)))...)))))))))...............))))((((...(((((....(((((....)))))..)))))..))))...((((...[[[[[...[[[[[...........[[[[[[[[[[[[[[..[[[[[...(((((........((((.{{{{)))).}}}}..((((((((....))))))))...........))))).[[[[[[[[))))]]]].]]]]]]]]]..]]]]]]]]]]]]]].]]]]]]]]]])))))))))))...)))))))))).))))))))........)))))))..(((((.(((((...))))).))))).................)))))))))).(((((((((((((((...............(((((((.((((.(((.((((((((((((.........)))))))))))).((((((....))))))....))).))))...))))))).)))))))))))))))................))))..)))))).)))).))).)))))))........(((((((((.(((((.........)))))...))))))).))(((....(((..(((.((((((.((((...(((((....))))).)))).)))))).)))..)))..)))...)))))).....((((.(((((....))))).))))..)))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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RSpredict(seed)
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Sfold
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UNAFold
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