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UGAAUAGCAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUUAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACAAGCUUUUUACGGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUACAACAGUUAUAGUUUCUUUGGAGUUCGUUUUCCAUGGAUAACCGUGCUAAUUGUAGGGCUAAUACAAGUUCGAGGCCUUUUGGCGGCGUUUAUUAGUUCGUUAACCACUUUUUCUGGUGAUUCAUAAUAAACUUGCGAAUCGCUUUUGCGAUGUUCCAUUCAAGUUUCUGCCCCAUCAGCUUGACGGUAGGGUAUUGGCCUACCGAGGCAGCAACGGGUAACGGGGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGACACAGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAACAAUACAGGGCUUUCGUCUUGUAAUUGGAAUGAUGGUGAUGUACAACCUCACCAGAGUACCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAACUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGUAUUUCAGCCUCGCGUUUUUUCCCUUUUGUUGGGUCUUUUCGCUGGCUUUUUUUUUACUUUGAGAAAAUUAGAGUGUUUCAAGCAGACUUUUGUCUUGAAUACUUCAGCAUGGAAUAAUAGAGUAGGACCUUGGUUCUAUUUUGUUGGUUUUGAGCCUUGGUAAUGGUUAAUAGGAACGGUUGGGGGCAUUCGUAUUUAACUGUCAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUUGUUAAAGACGAACCACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGACGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCCUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGGAUUGGAGGUCGUCAUUUUCCGACUCCUUCAGCACCUUGAGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGUCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAACCUCACCAGGUCCAGACAGAGUAAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUUUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAACUAGCUGCUUGGAUGUUGUCCUCGUUUGCUUCUUAGAGGGACUCCUGUGCUUCAAGCGUGGGGGAAGUUUAAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCUGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAUGCAUCCAUCGAGUUUGUCCUGUCCCGAAAGGGUUGGGUAAUCUUUAGUGUGCAUCGUGUCGGGGAUUGAUUUUUGCAAUUCUAAAUCAUGAACGAGGAAUGCCUAGUAUGCGCAAGUCAUCAGCUUGUGCAGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUCGAGUGAUCCGGUGAAUUAUUCGGACCGUGGCUUUUCCGAUUCGUCGGUUUUGCCUAGGGAAGUUUUGUGAACCUUAUCACUUAAAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...........(((((...{{{.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....(((......)))...)))))......(((......((((..((..((....((((..........((((....(((((((.....))))))).....))))......(((....))).....((((((........((((.......))))......)))))).........((((....))))...))))...))))..))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((....)))))))).)))......(((((((.......))))))).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......((((..(((......(((.......)))......))).)))).............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((.(((((((...)))))))..))))..)))))))..(((((((((.....))))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.....((..((((....))))..))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................(((....)))......................................................(((((....)))))................................(((((((.......)))))))..............................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((....)))))))).......................................(((((((...................................)))))))......................................................................................................................((((...((((....))))))))...........................((((((((((...............)))))))))).......................((((((((((((((((.........................))))))))))))................)))).............................(((((((.......((((.........))))....)))))))................(((((.(((((((................)))))))..)))))..........................................................................................................................................(((((..................................)))))....................................................................((((((..........(((.....((((...))))......)))...........((((((((((...))))))))))....)))))).....................................................((((((((.............((((((((....))))))))...........))))))))..........((((((..........))))))....................(((((((((.....)))))))))....................................((((((((....(((((((............................((((....))))............................)))))))...))))))))..............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................((((((((................................))..))))))................................................................................................................................................((((....))))................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((....)))))))..)))............................................................................................................................................................................................................................................................((((((((...................))))))))............((((.....(((((.((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((.((((.....))))..))))))..)))))))..(((((..((.....))..))))).....)))))..................))))).....))))..................((..((((((((............((((((((....))))))))..........)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((....((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((..))))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................(((((....)))))............. |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......)))))..........................(((((((((.......(((.........)))........)))..))))))..................................((((..........))))...........((((((.((((................)))).))))))..........................................(((((....)))))...............................((((((((.......))))))))...................(((......)))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((....)))))))).)))........................................................................................................................................................................................................(((....((........))....)))..........................((((((((...................))))))))..((((((((.((((((......(((.((((((((((((..((.(((........))).))...))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))....................................................................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((................))))))..)))))))..(((((..((.....))..))))).....)))))...................................................(..((((((((....(((.....((((((((....))))))))....)))...)))))))).)....((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((..))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((..((((((.((.((((.....)))).)).)))))))).....((((((......(((((((((..((((((..((((.(((.((.....((((((.(((((......))))).))).)))................................(((....)))...((((((((....(((.((((.......)))))))...))))))))..........)).))).))))..)))))).)))))).))).....)))))).(((((((.......)))))))......(.(((((.........((.........))(((.(...((.((((........)))).))....)...)))...................((((...(((........)))))))((((...(((((.(((((((.(((((((.((((..(((((((.((..((((((.(.....).))))))..)).)))))))..)))).....(((..((.((....)))).....)))...................................))))))))).))))))))))....)))).....((((((..(((((((((....................................((((.((((((...((....))))))))))))....(..((((((((((((((((((....)))))))))))))).))))..).........((((((((.((((((..........(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))...........)))))).)))))))).......................(((((((.....(((((........................)))..)).......)))))))........((((((((((.((((.((((..........)))).)))).))))).))))).....................................((((.((((.....)))).))))............))))))))).)))))).........(((.(((.(((((...((((....))))....))))).))).)))........(((((.........(((((...(((((((((((.(.........)..))))))))))))))))...................................(((((((((................(((((((.....)))))))(((.(((((((((.((.(((....))).))).)))))))).))).................((((.(((((((.(...(((.((((((.(.(((....))).))))))).)))..).)))))))))))..(((((((.......))))))).......)))))))))......(((.(((((((((.....))))))))).)))....................)))))))))).)(((((.((....(((((((..(((........(...((..(((....((((....))))....)))..))...)........)))..)))))))...)).)))))...............(((((((((....)))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......)))))(((..((((((.((.(((((...))))).)).)))))))))....((((((......(((((((((..((((((..((((.(((.(((.((.((((((.(((((......))))).))).))).)).....(((((.......))))).......(((....)))(..((((((((....(((.((((.......)))))))...)))))))).).......))).))).))))..)))))).)))))).))).....)))))).(((((((.......)))))))......(.(((((.........(((.......)))(((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))...................((((...((((......))))))))((((...(((((.(((((((.(((((((.(((((.(((((((.((..((((((.((...)).))))))..)).))))))).)))))..(.((((.(((.((....)))))....))))(.......)...........).............))))))))).))))))))))....)))).....((((((..(((((((((......((((((((((((.........))).....(((((.((((((...((....)))))))))))))..((.(((((((((((((((((((....)))))))))))))).))))).))........((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))))..).)))))).)))))))).....))))))))).........(((((((.(((.((((((((((...........))))...))))..)).)))...)))))))(..((((.((((((((((.((((.((((..........)))).)))).))))).))))).........((.......))....)))).).......((((.((((.....)))).))))............))))))))).)))))).((....))(((.(((.(((((.(.((((....))))..).))))).))).)))........((((((((((.((((((((...((((((((((((((.......))).))))))))))))))))............((......)).....((((....((((((((((....((.........((((((((...))))))))(((.(((((((((.((.((((())))).))).)))))))).)))...............(.((((.(((((((.(...(((.((((((.(.(((....))).))))))).)))..).))))))))))).)(((((((.......)))))))))....)))))))))).....((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))..)))...))))).)))))))))).)(((((.((....(((((((..(((..((....(...((..(((....((((....))))....)))..))...)....))..)))..)))))))...)).)))))..............((((((((((....))))))))))........ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......)))))..............((.....))...(((((((((.(.....(((((.....))))).......))))..))))))........................(........(((((..((....)))))))..........(((((..((((....((((....))))))))..))))).......(((.........))).....................((((....)))).....).....................(((..((((((((.......)))))))))))....((((((......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((..))))))))..)))....................................((((((...................................))))))...................................................................................................................(((((((.(((........).))))))))).............(((((((((((((....)))))))))))))...........................((((((...((((((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).......((((((((((.....))))))))))........((.......((((((........((((.........)))).....))))))...........((....(((..(((((((((((.....))))...)))))))..)))...((....))..........))..((.......(..(((((....)))))...).....)).....((((....(((((((((....(((..((((.................................)))).)))..(((((....(...(..............)...)......)))))..)))))))))....)))).))..(((((((((..................)))))))))........(((((((((.((((..(((((((((((((..)))))))))))))..)))))))..(((.(((((.....))))).)))....)))))).................)))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((......((....(((..((((....)))).)))....)).....))))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))................))))))(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((.(.((((....)))).).))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..)............(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((..((((((((..(((..((((((....(((((...)))))....)))))))))....((((((......(((((((((..((((((..........(((........(((.(((((......))))).)))((((..(((.....)))(((((((((...(((....(((....))))))...)))))))))))))..........)))(((((((.(((.....))).)))))))............)))))).)))))).))).....))))))..))))))))....)))(((((((((.(((((((((.....(((((((........((((..(((...((((........))))......)))..))))(((....(((((....((((((...(((((...))))).))))))...................((((((..(((((.(((((((.....((((((.........)))))).....))))))).))))))))))).)))))....)))....))))))).(((.....))).........)))))))))....(((((((.....((((.....)))).....)))))))(((.......))).......(((((..(((((((......)))))))....((((((.(((((((....))).)))))))))))))))..((((((((((((((((((....))))))))))))).)))))..))))))))).((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....))).....(((...[[[[....)))..]]]].(((((((...........[[[.[[[[[.)))))))..]]]]].]]].((((.((((((((...((((.((((..........)))).))))....))))))))..[[[[[[((((.....))))...)))).........((((.((((.....)))).))))]]]]]].......((((.....(((....)))....[[[[[.....))))..]]]]].............(((((((((........(((((((((((((.(((.....(((((((((((........((((.(((.............))).))))......)))))))))))......((((((..(((((((.(((..(((((...((((((..((((...))))..)))...((((((((.....(((....))).....))))))))))))))))..))).((((((((....((((....))))(((.....((((.(((....))).))))....))))))))))).(((((...(((((((.......)))))))....))))))))))))......(((.(((((((((.....))))))))).)))))))))..)))...))))).))))))))(((((((...[[[[..)))))))............]]]].....(((....((((....))))....))).(((........[[[[.)))..]]]]....)))))))))............((((((((((((....))))))))..)))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((.((...........((((((((...)))).))))...(((..((..(((((((...)))))))..))...)))...((((((..............................(((((((..((....))))))))).....)))))).....(((.....(((....))).)))..(((((((......(((((.....)))))...)).))))).........(((((....)))))..................(((..((((((..(((((((((.....))))))))))))..)))..))).........(((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((...(((((...(((((...))))).))))).........((..((((((((((((..))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).)))..((......((((.(((((((..........))))))).))))......................((((((......))))))....((....((........)).))..........((((.....))))..((((((.(((((....))))).)))))).....((((((..((((((((((((((....)))))))))))))).(...............((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).....((....))...))))..)).)))))).))))))))...((....))...(.(((((....))))).....).............).......))))))..((((((..((((((((.((......))...))))))))..)))...((....))..))).....................(((((....)))))........................((.((((.....)))).))........................(((....)))))........................((((((((((((....)))))))).))...((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((((((((...))))))).)))))..))))).)).((((.((((.....)))).))))....))))))).............((..((((..((.....))))))..)).........(((.((((((((..(.(((.((((.((.((((....)))).)))))).))))..)))))))))))..((((((.(((((.((....)).))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))).))...((((.((..((.((((((..(((..(((..((...((((((((((..((......))..))))))))))....)).)))..)))..)))))).)).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...))((((((.(((..((((.(((((((((((......(((((((((((((.((..........((........))...)))))..))))))........(((......((....((((............(((....)))(((.....)))..........((((................))))((((((((......((((.......))))...)).)))))).......(.((((....)))))..))))...))....))).((..(..(((..((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...))........((.((....))))...))))))..(((((...))))))))))))))))........(((((((((((....)))))))).)))......((..(...........)..))........(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((((.........((((..............................................................(((((.......((...(((.....)))(((....))).....))......)))))..............((((((((..............(...)))))))))..((((((((..(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))).....))).)))((((((((..((((....))))...)))...............((((((((((((.((.((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).))....))(..(((((.(((((......((........)).)))))....)))))..)))))))))....((((((......((..((....))..))(((......))).....)))))...(((((((((.((((..(((((((.(((.....))))..))))))..)))))))..(((((..((.....))..)))))....)))))).........).....(..((((..((.....))))))..)......((..(((.(((((((.....(((.....((((((((....))))))))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((....)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((...........(((....).((((.....)))...).....)).((....(((......)))))(.(((((((.......((((.......))))....).)))))).).....(.((((....))))).)))))...)).)..)))(((.....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((....)))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((......................((...))..........................((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........((((((((...................))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.((((....).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))(...)...............((((((((((((.....))))(((.((((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..((((((((((...(..))))).))))))..)))))))..(((((..((.....))..))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.....(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((....)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...))((((((.(((..((((.(((((((((((......(((((((((((((.......((....((........))...)))))..))))))........(((......((....(((((..(........(((....)))(((.....)))..........((((....(..........)))))((((((((......((((.......))))...)).))))))....)..(.((((....))))).)))))...).)...))).((..(..(((..((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...))........((.((....))))...))))))..(((((...))))))))))))))))........(((((((((((....)))))))).)))......((..(...........)..))........(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((((.........((((..............................................................(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..............((((((((..............(...)))))))))..((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))).....))).)))((((((((..((((....))))...)))...............(((((((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).))....))...(((((.(((((..(....(........)).)))))....)))))..)))))))))...(((((((......((..((....))..))(((......))).....)))))...(((((((((.((((..(((((((.((.......)))..))))))..)))))))..(((((..((.....))..)))))....)))))).........(...(((..((((..((.....))))))..)))...)....(((.(((((((.....(((.....((((((((....))))))))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....)))).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((....)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((<<<(((((..(((..((((((....(((((...)))))....)))))))))..(.((((((......(((((((((..((((((..(((....((((((...((((((.(((((......))))).))).)))......)))))).((((...............(((....)))...{{{{{{{{))))(((.((((.......)))))))...}}}}}}}}........(((....))))))..)))))).)))))).))).....)))))))(((((((.(....)))))))).)))))))))))))..((((((((((.(((((((((((..(((.((((((.(.....))))).))...)))..))))(((....(((((....((((((...(((((...))))).))))))......[[[[[........((((((..(((((.(((((((.....((((((.........)))))).....))))))).))))))))))).)))))....)))............(((.((((((.((.......)))))))).)))..((((((.....((((]]]]])))).....))))))(((((..(((((((((......(((((((((.(((((((((((.....)))))))).(((((((((....))).))))))((((......(((((((((((((((((((....)))))))))))))).)))))......)))).((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((.(((.(((((...).)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..))))...)))))))).)))))))).))).)))))))))..(((((....))))).....((((((...((((.(((((...(((..............)))................((((((((((.((((.((((..........)))).)))).))))))).))))))))...((((.....))))..))))..))))))..((((.((((.....)))).))))............))))))))).)))))...(((((.((((.(((.((((((..((((....))))..).))))).))).))))...((((((((((((((.(((.....(((((((((((.((((...((((.(((.............))).)))).)).)))))))))))))......((((((..(((((((((.((((...))))..((((((((((...))))))))))..((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).((((.(((.....((((((((....((((....))))(((.(((.((((.(((....))).))))))).))))))))))).....))).))))..(((((..........)))))..)))))))))......(((.(((((((((.....))))))))).)))))))))..)))...))))).)))))))))((((((.........))))))...))))).....))))))).))).))))))).(((((.((((.((((((.(((((((((((....(((.((.(((.....))))).))).....))))))))))).)))))))))).)))))..>>>..... |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((...........))).....................((((...((((((...............................(((....(((((......................................(((....)))(((.....))))))))..(((..((....................((((((........((((.......))))......))))))...........)).....((((..........................(((..((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((....)))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).)))).........................................................................)))......)))(((....)))............)))))).............(((..............(((..................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((....................)))...)))))))...........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).....((..((((....))))..))...........))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((.(((((.......))))).))......)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...(((((((.....((((..)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((.((((...(((......((((((.((((.(((((((..((((((.............................(((((((.((((((......................................(((....)))(((.....)))))))))......((...................................((............((.((................((((....))))...............((((.(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((....)))))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........)))))))))...........................................................................((((((......(((....)))..))))))....))))))............((((((((((...................))))))))..(((((((..((((((.((...(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))..)))))))...((....)).....(((((....))))).....))....))))))).............(((....(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))))((((....))))...)))...))))...(((((((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....))).....((((((((.......((((((((((((.((..(((((..((.....(((.(..((((.(....).))))..).)))..)).)))))..)).))))).)))))))((((....)))).(.(((((((((.((((..(((((..................)))))..)))))))..((((...((.....))...))))....)))))))........))))).))).......)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.....(((.....(((...((....))...)))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((.(((..(((..((((..(...((((((((..((((((..))))))..))))))))...)..))))..)))..))).)))...)).)))).......)))).))))....(((((....)))))............. |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......((((..(((((((((((((((.((.(((((.((.((((.....)))).)).))))).....((.((((((......(((((((((..((((((..(((..(((((((((..((((((.(((((......))))).))).))).....))))))).(((((((((......((..(((....)))..))..)))))))))................((((((((.(((.....))).))))))))..))..)))..)))))).)))))).))).....))))))))....)).))))))).(((((((((.(((((((((.....(((((((........((((..(((.((((((........)))).))...)))..))))(((.((.(((((....((((((...(((((...))))).))))))...................((((((..(((((.(((((((.((..((((((.(.....).))))))..)).))))))).))))))))))).))))).)).)))....))))))).(((.....))).........))))))))).(((......((((.(((........((((..(((......(((.......)))......))).))))........))).)))).......(((((((.(((((((....))).))))))))))).)))..((((((((((((((((((....))))))))))))).)))))..))))))))).((((((((..(((((......((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))..)))))))).(((..((((((..(((((((.((((..(((..((((.....((((.((..(((((((..(((.......))).)))))))..))....((....))..))))....)))).))).)))).))))).))...))))))......(((((((..(.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((.........((....))......(((((..((...))..)))))..))))))))..)))))))))..)))))))(((((((((((((.(((.((..((((((((..(.((.....((((.(((.....((....))))).))))....)))..))))))))..))..((((((..(((((((.(((..(((((.....((((..(((.....)))..))))..((((((((((...(((....)))..)).))))))))...)))))..))).((((((((....((((....)))).((.((..((...(((....)))..))..)).)).)))))))).(((((...(((((((.......)))))))....))))))))))))..........(((((((((.....)))))))))....))))))..)))...))))).))))))))....(((((.((....(((((((..(((..((....(...((..(((....((((....))))....)))..))...)....))..)))..)))))))...)).)))))..)))......))))(((((((((....)))))))))...)))... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((..(((((......))))(((......(((...(((.(((.((..((((....)))).......)).)))...)))...((......(((.((((........................((..(.((((((.................((((......((((..........)))).))))..(((.(........(...........)..).)))..............................((.((.....(.(...((((.........)))).))...))...)).........(((......(...)...)))..)))))))...))))))..))).))..((.(((((....(((((.(((......((((((.......((.....................))...........)))))).)).......)....((((((......))))))...............(((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).)))))......)))((((((..)))))...)(((((((...(((((..(..((((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))))))).....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..(((((...(...(((.((((((..(((((((..........))))).))..))).............))).....)))...).......))))).....))))).)))))...))..((.(.(.(.(((.................................................(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)................((.(((((((...((.......((((((((....))))))))....))......))))))).))......(((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))).))))...........))))((((((((..(((((((..((((((..((...).)))).......).......))...))..).)).))..)))))))).)))...))).)(.((((((....))))))))))))))... |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((...(((((...((.((((..((((.((((....((((.((((.((((.((....(((..(.....))))......))))))...)))).........)))).((((((......(......(...(...(.....)..)..)..)...))))))....(.(.......((....))...).)((((((..(.....((((.......)))).)....)))))).....(((.((((....))))......((((...((((((.(((.(..(((...(((((((.......))))))).)))....).)))...))))))....)))))))..(((...((.((((((........)))).))...))...)))))))))))(((((....((((((...(((((...))))).))))))..((.....(((...((((((((....)))))))).)))...))....((......(..(((..................)))....).)))))))((.(((((((((.((.((.((((......(((...((.((.((....(((.(............((....................................................((.(((.((.((.......(((.((((((......(((....)))..)))))))).).)).))......)))...))((.(.(((.(((......)))......)))..)))..(((((((...(((..(((...(((((((((.((((((..(.((((......))))..)....)))))).)))))....(((....)))..))))...)))...))).))))))).((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...))...((((((..(...(((.((((((..(((((((..(((.......))).)))))))..))).............))).....)))...).......)))))).))..).))).)).))...)).....)))...)))).......)).))...))).))))))...))))))...)).)))))......)))))))((.(((......((((((...(((...(......).))).)))))).((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....))))).))))))))))))))).(.(((((((((.((((..(((.(..(.......).......).)))..)))))))(.((((..(((.....)))..))))...)))))))...)....(((.((((..((((...........))))....)))).))).(((.(((((((.....(((....((.....((....))....))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).)))))))))...(((((.((.....((.(((..(((..((........((.((((......((.........).)).))).)).......))..)))..))).))....)).)))))..))).......))((((((((((....))))))))))........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((..((((((.((.(((((...))))).)).)))))))))....((((((......(((((((((..((((((..(((..((.........((((((.(((((......))))).))).))).............(..((((((.......(..(((....)))..)...))))))..).................(((((((..((.....))..)))))))...))..)))..)))))).)))))).))).....))))))...........................(((((((((.....(((((((.........(((..(((.((((((........)))).))...)))..))).(((.((.((((.....((((((....(((.....)))..))))))......................(....(((((.(((((((.((..((((((.((...)).))))))..)).))))))).)))))..).....)))).)).)))....))))))).(((.....))).........))))))))).......((((.((..((((.....))))..)).))))..(((((..(((((((((.....((((...........................(((((.((((((((....))).)))))))))).))))......((((((((((((((....))))))))))))))....((((((.......((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))....(((((....)))))...............................................................(((....(((.((((..((............))..)))).))).....)))..((.(....).))................................(((((.....))))).))))))....))))))))).)))))............................................................(((((((((((((.(((.((..((((((((..(.((.....((((.(((.............))).))))....)))..))))))))..))..((((((..(((((((..((..((((......((((..((((...))))..))))..((((((((((...(((....)))..))).)))))))....))))..))..((((((((....((((....)))).((.((..((...(((....)))..))..)).)).))))))))..((((...(((((((.......)))))))....)))).)))))))..........(((((((((.....)))))))))....))))))..)))...))))).))))))))....(((((.((.....((((((..(((..(.............(((....(((......)))....))).............)..)))..))))))....)).)))))................((((((((....)))))))).......... |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((.((.((((......(((((((((..((((...((...))..))))))).))))))..((((.(((...(((((((..((((((..((.............((..(((((......)))))..))...(((((((..(((((.......)))))(((((((((....(((.(((..................((((......)))).........(((((((.(((((((....)))))..))....)))))))..))))))...(((((((((((((.......)))))))..(((((.((((((.....(((((((........((((..(((((.((((........)))).))...)))..))))(((.((.(((((....((((((...(((((...))))).))))))...................((((((..(((((..((((((.((..((((((.(.....).))))))..)).))))))..))))))))))).))))).)).)))....))))))).(((.((((((.((.......)))))))).)))......)))))).))))).....((((..(((......(((.......)))......))).)))).......((((((((.....))))))))..))))))........))))))))).....)))))))..((((((((((((((....))))))))))))))))..))))))..((((.((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))....(((((....)))))...)))).)))))))....))).))))....((((((...((((((((.((((........)))).((..(((.((((..(((((........))))))))).)))..))......((((((..(((((((.....(((((((..(.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((((((.......(((.(((....)))))).....)))).........))))))))..)))))))))..)))))))(((((((((((((.(((.((..((((((((..(.((.....((((.(((.....((....))))).))))....)))..))))))))..))..((((((..(((((((.(((..(..((.....((((..(((.....)))..))))..((((((((((...(((....)))..)).))))))))...))..)..))).((((((((....((((....)))).((.((..((...(((....)))..))..)).)).)))))))).(((((...(((((((.......)))))))....))))))))))))..........(((((((((.....)))))))))....))))))..)))...))))).))))))))........((((((((....))).))))).....))))))).))))))..)))))))))))))).(..((((.(((((..((((....(((.((.(((.....))))).))).....))))..))))).))))..)..)))))).)))))))... |
