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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00310



RNA: CRW_00310
Rfam family: SSU_rRNA_eukarya

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...{{{.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....(((..........)))...)))))......(((......((((..((..((....(((................((((....(((((((.....))))))).....)))).......(((((..(((.....)))..)))))....((((((........((((..(((((....)))))........))))......)))))).........((((.((((......))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....((((((((((((....)))).))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......((((((((((.((((((((((((.............)))))).)).))...)))).)).)))))).......((((((......((.(((((((((....)))))))))))..........)))))).................................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..(((((((...(((.................))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..........((((((((((((((((....))))))))))))))))....((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((..((((((((((((((....(((((..((((.((((.(((.((.(((..((((((.(((((((....)))))))......((((((...((((((.....(((((.((.....)).)))))........((((((((..((....))))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..)))))))))))..))))))....(((((((((((....)))))......))))))....))))))))))))..)))).))))).......))))))))..))))))..))......((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))(((.((((((((((((((....((((((.((..(((((((..(((((((.............((((.(((((..((.......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....))))...))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).............)))))))..))))))).)).)))))).(((((((((((((.(((.....))))))))..))...))))))))))))).))))))).(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))).)))..((((((........(((((.(((((..(((((((.....)))))))....(((((.((((...((((((((((((((....))))))))))))))...(((((..((((.....................((((((.......(((((((((..((...((((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))).(((...(((....)))....)))....))..))))))))).....(((((((.((((((..((((.((.....)).))))..((((((((........))))....))))(.(((((.(((((((((....)))))......)))).))))).)...))))))...)))))))..........((((((((.(..((((.((((.....)))).)))).).).)))))))..))))))..(((....))).))))..))))))))).))))).........))))).))))).....((((..(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((...........((((((...(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).................)))))).....((((...........))))(((....)))...(((.((((((((((((((((....)))))))).((((((((((((....))))))))))))..(((((((((.((((....)))).))).)))))).....)))))))))))...)))))))))).........))))))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.((((((....((...((((((((((.(((((....))))).))))))))))..))...)))..))).)))))))))).)).))))..))))....))))))(((((((((....))))))))).......))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................((((((((.....)))....))))).......................................................................((((((((...))))....))))..................................((((((((.......)))))))).....................................................................................................(((((...)))))....................................................................................(((((((...................................)))))))..............................................................................................................................................................................................................................................................((((((((((((.............))))))))))))....................................................................................((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))......................((((((((........................))))))))....((((((....)))))).............................................................................................................................(((((..................................)))))....................................................................((((((................(((((((....))))))).......................(((((.....))))).......)))))).....................................................(((((((((.................((((((((((((((((....))))))))))))))))....................................)))))))))..........(((((............)))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................(((((((((((((((((....................................................)))..)))))))))))))).......................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..........................(((((.((........((((..........))))..........))...)))))....................................................................((((((.((((......(((((...............))))))))).))))))..............((((....))))..................................((((..(((......))).))))...................(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))).....................(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............((((((((((((....)))).))))).)))...............................................))))).))))....................................................................................................................................................................(((((((......))))))).......................................................................................((((((((((((....))))))))))))......................((((((((.((((((......((((((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((....)))..)))).....)))))).))))))))...........(...........((((.........))))........)...................(((..((((((((........................))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))...........................((((.....))))............................................................................................(((((((((.((.............((((((((((................))))))))))........(((((.(((.((((..((((((.(((((........)))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..................((((...........)))).................((((((((.........................................................((((((((....))))))))............))))))))......((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))........)).).))))))))....(((((.((...(((((((((((((..((((..(...((((((((((((((((....))))))))))))))))...)..))))..)))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).))).........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.........)))...........................((((((.(........(((((((....)))))))..........)...))))))...................................((((((((..........)))))))).......((((((((((((......(((((((((.....)))))))))))))))))))))........((((.(((((....))))).......))))........................................(((((((((.............((((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..))))).....((((.((((((((..(((((((.(((((((........))))))).).)))...(((((((((((((.(((((..((((...(((((...))))).))))...............(((((((((((....)))).))))).))....................................................(((.....(((((.....(((((......(((((((..........)))))))....................)))))....)))))........)))..............))))))))..)))))))))))))..))))))))..)))).((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).)..)))))))))......(((((((............)))))))(((((((.....))))))).................((((((((((((((....))))))))))))))................................................(((((((((((((((((((..........................))))))..((((((((((.....))))))))))...............................)))))))))))))((((((..............))))))...((..((.(((((((((........................))))))))).)).....(((((((((.....)))))))))............))................................((((.((((.....)))).)))).................................(((..........))).........................................((((((((((.(((.((((((((((((((.((((((......(((((((((((((((((.............(((.(((((((((((((((((((....))))))...))))))))))))))))...(.(((((.....))))).)...(((((((((....(((....)))...).))))))))...........................(((((((.(((((((....)))))))((((((((((((((....))))))))))))))((((((((((((((....)))))))).)))))).....)))))))))))))))))))))))).........))))))))))))))))))))...((((((((((((((.....)))))))))))))).......)))...))))).))))))))))))))((((((..(((((((((((((((((.........((((((((((((((((....)))))))))))))))).......)))..)))))))))))))).))))))................((((((((((....))))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))....................(((.(...(((((..((((((((((......((((.....))))..(((((.................)))))...........................))))))))))..)))))..).))).(((............)))..(((((..(((.....)))..)))))....................(((.(((((....)))))....)))..((((((.(..........(((.....)))..(((((..(((..(((((((((((.(.((((.(.((((((..(((((....((((((((.......))))))))................(((((..(((((((((...(((((..((.((((........)))).))...)))...((((((((((..........(.(((...(((((...))))).))))(((((((..........((((.((((....))))..)))).........................(((...........(((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))...........))).....((((((........................))))))..)))))))((((((.............)))))))))))))))).))..)))))))))..)))))((((((((.((((((((((((((....))))))))))))))....)))))))).(((((((((((((............)))))))(((((((.....)))))))..............................(((((((((((.............)))))))))))))))))............)))))))))))...).)))).).)).(((((((....((((........))))......))))))).((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))...............((((((.....(((((....................))))).(((((...((.((((....))))))...)))))))))))(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((.((((((...((.((((((((......(((((....(.(((((..........(((....)))............((........)))))))).......)))))((.((((..((((((((....(((((((((((((((.....)))))).)))....))))))....((((((.((.((((..(((((((((((((....))))))...)))))))..)))).....((.(((((.....))))).)).)).))))))....))).)))...).)))))))..........)))))))).))......(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....)))))))))))))..((((((((.((((....)))).))).)))))......)))))))))))...(....(((((............)))))....).....))))))....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....))))))))).....(...((((((((((.(((((....((....((((((((((.(((((....))))).))))))))))..))....))..))).)))))))))).)............)))..)))))(((((((((....))))))))).))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..........................(((((((((...((..(((((((....))))))).))......)))..))))))...(.((..............)).)..........((((((((..((....)))))))))).......((((((..(((......(((((..(((.....)))..))))))))..)))))).......(((((((((((....)))))......))))))((((...((.......)).))))((((.......))))..(((((................((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))....((((((((((((((..(((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))(((((((((((.(((((((((((...(((((...).))))))))).............((((((((((((....)))).))))).)))...................((((.................))))...(((.((((.(.((((((.(.(.(((((.((((.(((((((..........))))))).)((......)).....)))))))).).)))))))....).)))).))).........)))))))))..)))))))).......))))))))).)))))((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).)..)))))))))(((((((((((((............)))))..(((((((.....))))))).....(((.....((((((((((((((((((....))))))))))))))..))))))).....))))))))...................((.....(((((((((((((((((((....((((((....))))))......))))))).((((((((((.....))))))))))..........(((....)))............))))))))))))((((((..............))))))))....(((..(((((((((.......(((....)))...)..))))))))..)))(((((....)))))........................((((((.(((((............................((((.....))))))))))))))).................((....)).((((..........))))...........(..........)..............(((((((((((((.(((.((((((.((((((((.((((((.....((((((((((.((.................(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..(((((((((.((.((((())))).))).)))))))).........(((....)))...(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....))))))))))))).)))))))))).....)...))))))))))))).))))))((.((((.(((((((((.....))))))))).)))).))....)))...))))).)))))))))))))((((.((..((((((((((.((((((..((((...((((((((((.(((((....))))).))))))))))))))...)))..))).)))))))))).)).))))...............((((((((((....))))))))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((((((.......((((..........)))).........).......((((......................................((((..((....))))))........))))........((......(((((..(.........)..))))))).................(............................)......................((((..(((......))).))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((....)))).))))..)))....................................((((((.......((((....................)))))))))).................................................((((..((.(..(((((((((((((..............))))..)).)..))))))))))))).................(((((((((((..........))))))))))).........................................................................))))))..............((((((((.....................))))))))...(((((((..((((((..(...((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..))))..)..))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((...(...(.............).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..(((((.(((((((....)))))))....)))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)..................................................(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((((.((.(((((....))))).)).)))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)..............(((((....))))).............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..........................(((((((((.(.....(((((........)))))........))))..)))))).......................................((((..((....))))))...........(((((..((((......(((((..(.........)..)))))))))..)))))................((....))....................................((((..(((......))).))))..................................((((((((.......)))))))).......(((((.......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((.((((((((....)))).))))..)))...............................................))))).))))...................((.......))............................................(((((..((((..(..(....((......(.............)).).))..).)))..)))).)...............(((((.(((.(((..........)))).)))).).)..)..............................(((((((.....(((.........))))))))))................................................................((((.((..((((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)).)))).........(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(((..((((((((...(((...............)))))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........((.....))..................((....)).............(((((..................................)))))..)))))))))....)))......((....((((................))))....))........(((((((((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))..(.((((((.....)))))).)....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((......((..................................................(((.((((....)))).)))....)).......))))))))))..(((((((((((............))))).......((....)).....((((((((.......))))))))......)))))).................)))))...((((.((...((((((((..(((..((.(..(...(((((((.((.(((((....))))).)).)))))))...)..).))..)))..))))))))..)).))))....................(((((....))))).............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).........((((((((...))).)))))...(((((((((((((((((....)))))))......((((((...(((((((((((((.(((....))).)))))))........((((((((..........))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..))))))))))).)))))......(((((((((((....)))))......))))))....)))))......(((.[[[[)))..(((........)))....]]]].........((((.((((((..........)))))).)))).(((..[[[[)))....]]]]......(((((((((((((((..((((((.....((((........))))......)))...(((((((((((((.((((((....((((((((.....(((((..................((((((((((((....)))).)))).))))((((.......))))...))))).....))))....))))..(((..(((.((((...((((((((((.......((((.(((((((..........))))))).)))).......))))..((((...))))))))))......)))).)))......))))))))))))..)))))))))))))..))))))).))))))))(((((((..((((((((((((((....)))))))))))))).....))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((.....)))))))....(((.[[[..))).((((((((((((((....))))))))))))))]]].................((((((((...((((((((((..........)))))))))).((((....((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))..))))))))))))..(((....))).....(((...[[[[....)))..]]]]...............(((....((((.......))))[[[[[[[[[.)))....]]]]....]]]]].(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..((((.[[[))))...)))).......]]].....((((((((....))))).[[[)))....]]].....((((......(((....)))[[[[))))......]]]].((((((((......((((....))))))))))))(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((...........((((((...(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))).....(((((.....))))).....(((.........)))))))))(((..((((..(((...)))))))..)))........(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....)))))))))))...)))))))))).........))))))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.....((((((((((...((((..((((...((((((((((.(((((....))))).))))))))))))))...)))).....))))))))))....)))).............((((((((((((....))))))))..))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((.(((((((((((((.(((.((......)).)))..(((....((((((..(((((((((((((......((((.((((((((((((..((((...))))....)))).....)))))))))))).......))).))))))))))..))))))...)))....((((((..(((((((...(((.(((.....)))))).))).))))..)))))).......(((((((((((....)))))......))))))..((((((((((.((((..((((.....(((........)))....))))...))))....((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))....((((((((((((((....((((((.((..(((((((..(((((((.............((((.(((((..((.......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....))))...))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).)))))((((....)))).)))))))..))))))).)).)))))).(((((((((((((.(((.....))))))))..))...))))))))))))).))))))).(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))).......(((((((............)))))))(((((((.....)))))))......)))))))))).((((((((((((((....))))))))))))))...(((((..((((.((...(((((((.....(((((((((..........)))))))))(((((((....((((((....))))))......))))))).((((((((((.....)))))))))).)))))))...))....(((((((.......((((.........))))....)))))))......((((.((.....)).)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..(((((((.((((.........................(((((....)))))..))))))))))).......)))).....(((....))).))))..)))))..)))).)))))))))))...((((....)))).((((((((((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((.((..(((........))).(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))).....(((((.....))))).((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))).(((.((....))))).(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....))))))))))))).)))))))))).........))))))))))))).))))))((.((((.(((((((((.....))))))))).)))).))....)))...))))).)))))))))).((((((.((..((((((((((.((((((....((...((((((((((.(((((....))))).))))))))))..))...)))..))).)))))))))).)).)))...))).............(((((((....))))))).)))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.......))))............................((((.((........(((((((....)))))))..........))...))))....................................((((((((..........)))))))).......((((((..((((.............................))))..)))))).......(((((((((((....)))))......))))))....(((((((.............................dddddd................(((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..)))).....(((((.((((((((...(((((...((((((........)))).))...)))...(((((((((((((.((((((.((((.....((.....))aa.)))).................(((((((((....)))).))))).......................AA..........................(((.((((.((((((((.....(((((.(((..(((((((..........))))))).................))))))))....))))))...)).)))).)))..ee.....)))))))))EE))))))))))))...))))))))..)))))((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..)))))))).ddddddddd......................(((((((.....))))))).......)))))))...((((((((((((((....))))))))))))))............DDDDDDDDD.........(((.....((....(((.(((((((((((((((((((......ccccc...............))))))(({{{{))(((..CCCCC)))..}}}}..........(((....)))...........)))))))))))))(((((................))))).......((..((((((((........((......))......))))))))..)).(((((....))))).......................(((((....))))).................(((...............................................(((....)))........................................................bbbbbbbbbbbb.bb)))[[[[..[[[[[[[.[[[[[.......[[[[[[[[[[............(((((.......((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))........(((((.....)))))....................)))))...)))<<<<)).....))).>>>>.............(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....)))))))))))...]]]]]]]]]]..........]]]]]]]]]]]]..]]]].........(((((((((.....))))))))).............BB...BBBBB.BBBBBBBDDDDDD((((.((...(((((((((.((((((.........((((((((((.(((((....))))).)))))))))).......))))..)).)))))))))..)).))))................(((((((((....))))))))).........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(.((((((((..................((((...))))..(((((((((.(((..((((((((....))))))))...))..)))))..)))))....................................(((((((..((....)))))))))........((((((...........(((((..((.......))..))))).....)))))).(.....((((((((((......))))......))))))..).................(((((.((((......))))))))).................((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))....................(((((((...((((((........)))).))...)))..))))................((((((...(((((...))))).))))))........((..((((((((((((....)))).))))).)))..))...........................................((((((.(((..(....)..((.......(((.....)))..............(((.(((((((.(((.(((...((........(((((((.....((((((((.((...(((.....)))..))...)))))))))).)))))...........(((((((.((((((((((((..........))))))))))).)...))))))).)).....................(((((.....((((.........)))))))))......(((((..((((((((((((((....))))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....)).....((((......))))...........................)))))...((((((..((((((((...(((...............)))))))))))..)))...((....))..)))......................((((....)))).......................((((.((((.....)))).))))))))))...))))))))))...(((....)))))..)))))))))..................(..((((....))))..).....((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))...((((((..((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))...(((((((((...))))))))).....)))))..........)...((..((((..(((...)))))))..)).........(((.(((((((((((.((((.((.....(........................................((((((((....))))))))))))))))))..)))))))))))..((((((.(((.(.((....)).))))........(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))...)))))))))...))))).)))))))))....((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((.(((((((....))))))).))))))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))))))))))).)
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((.((((..((.(...(.(...(((...)))....)..).....).))..((((((......))))))..........................(((((.(.......).)))))..........((((((..((....))))))))...(((((.((((((..(((((((...(((.(((.....)))))).))).))))..)))))).......(((((((((((....)))))......))))))..((((((((((....(....((((.((((......))))))))..((....)).......((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))....((((((((((((((..((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((.......(((.((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).))))).)))..)).........)))..))))).....)))).....)))...))..))))).)))).((((((..((.(((((.((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))))))..))))))......(((((((((((((.(((.....))))))))..))...)))))))))))))).)))))).(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))).....((((((((.....))))))))..)....(((((((.....)))))))......)))))))))).((((((((((((((....))))))))))))))...)))))..(.((......(((((((....((((((((((..........))))))))))((((((....((((((....))))))......))))))..((((((((((.....)))))))))).)))))))..(((....))).............................................((((.((.....)).)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((....(((((((.((((.........................(((((....)))))..))))))))))).........)).....(((....))).)).).........))))..)))))))).(....(........)).((((((.(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((.(..................(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))).....(((((.....))))).(((.((((((((((...(((....)))..))).)))))))..))).((.(((....))))).(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....))))))))))).).)))))))))).........))))))))))))).)))))).(.((((.(((((((((.....))))))))).)))).).....)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.((((((.........((((((((((.(((((....))))).)))))))))).......)))..))).)))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))).))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((..........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((................(((.......(((.....)))...).....)).((......((((((((.........))))))))))(.((((((((......((((...(...........)........))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..((((((((((((....)))).))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((...................(.......((....))...................).......................................((((.(((((......)))))..))))................((((((((.......((...((((...))))(((........))).....))......)))))..))).........(((((((((((...............)))))))))))(.((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((.(((..((((((((......(((((...)).....)))))))))))..)))...((....))...)).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(.....(((....)))((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((..................................................(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((......)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(...)(((((((((((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.(((...((((((......))))))....)..)))))..))))))((......(((......((....((((.................(((....)..(((.....))).........)).(.......(((((..(.........)..)))))..(.((((((((......((((...(((......))).........))))...)).)))))).)...).(.((((...((......))..)))))..))))...))....)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))........((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............((((((((((........)).))))).)))...)).((.................))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((.((......(.((...(((........................(...((.....))....)....................................................((.(((((((......)))))))..)).....(.........)...(((((.......((...((((...))))(((........))).....))......)))))(....)........((((((((((.................))))))))))(.((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...(((((((((((.((((((((......(((............)))))))))))).)))...((....))..))))....))).((...))..((..((((....))))...))...........((((((((((((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))...(((((..((.(.....(((........))).))).....)))))..))))))))(..((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((..((((((......))))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........)))).(((..((((..((.....))))))..)))..)..(..(((.(((((((.(...)((..................................................(((.((((....)))).)))....)).......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((.(.)))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....)))))))))).((((((((....))))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((..........)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((.......(........(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((.........))))))))))(.((((((((......((((...(...........)........))))...)).)))))).).)...(.((((...((......))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..((((((((((((....)))).))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((...................(.......((....))...................).......................................((((...(((......)))....))))................((((((((.......((...((((...))))(((........))).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(.((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((.(((..((((((((......(((((...)).....)))))))))))..)))...((....))...)).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((..................................................(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((......)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(...)(((((((((((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.(((...(((((........)))))....))..))))..))))))((((.......((((..((....((((...............(.(((....)..(((.....))).........)).).......(((((..(.........)..)))))..(.((((((((......((((...(((......))).........))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..)))))..))))...))....((((((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))....((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))........))))(....).....((((((...(((((...))))).))))))........))))((((((((((........)).))))).))).)))).((.................))..(...).((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((((.......((((...(((............................((.....)).........................................................((.(..((((......))))..)..)).....(.........)...(((((.......((...((((...))))(((........))).....))......)))))(....)........((((((((((..........).......)))))))))(.((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...))((....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((...(((((((((((.((((((((......(((............)))))))))))).)))...((....))..))))....)))(((...))).))...)).))....))...(((..........(((((((((((((((((.((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))(..(((((..((.(..((............))..))).....)))))..)))))))((..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((..((((((......))))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........))).))(..((((...(.....).))))..)..........(((.(((((((((...)((..................................................(((.((((....)))).)))....))......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))).(....).....))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((.(.)))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).))).)))))))))).((((((((....))))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((((((((((............((((((...)))).))........(((....(((((((....))))))).............((((...))))..(((((...........)))))........aaaaaaaa....)))...AAAAAAAA((((((((((((((.(((((((...(((.(((.....)))))).))).))))).)))))).......(((((((((((....)))))......))))))..(((((((((((((((....((((.((((......)))))))).................((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))(((.((((((((((((((..((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((bbb.bbb.....bbbbb))))...[[[........((((((((((((....)))).))))).)))..................BBBBB.....BBB.....BBB........))))).)))).((((((..((.(((((.((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))))))..))))))...]]]((((((..(((((.(((.....)))))))).......)))))))))))))).))))))((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))))))).((((((((.....))))))))..)))))(((((((.....)))))))......)))))))))).((((((((((((((....))))))))))))))..))))))).((((......((((((((...((((((((((..........))))))))))((((((....((((((....))))))......))))))..((((((((((.....))))))))))))))))))..(((....)))............(((........................)))...((((...........)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..((((((.(((((.................<.<<<<<<(((((....)))))..))))))))))).......)))).....(((....))).)))).........)))).))))))))))..........>>>>>>>{{{{{{.(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.(((((((((...((((((((((....................(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))).....(((((.....))))).((((((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).)))).((.(((....))))).(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....)))))))))))...))))))))))....)))..))))))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))(((((((.....((((((((((.((((((.........((((((((((.(((((....))))).)))))))))).......)))..))).))))))))))....))))...)).)......)))(((((((((....)))))))))}}}}}}...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).....................((((...((((((................................((((((((.((((((...........................................(((....)))(((.....)))))))))((((..........(((((..((.......))..)))))((................................................((.((................((((..(((......))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).((((..((((((........)))((((.(.((....)).(((.((.(((((....((((((...(((((...))))).))))))(((.............((((((((....)))).)))).........................((((...............))))....)))..))))).)).)))).))))..)))..))))....))))))..........))))))))...........................................................................................................................................................................((((((......................))))))....)))))).............(((..............(((.....................((((.((..((((((..........(((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))).....((....))............))))))..)).)))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...((((((((((..(((((((..........................)))))))..)))...((....))..))))....)))...(((.((.((((...(((((..((..........))..))).))(((((((.((((.....))))(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((....((((((...(((..((....))..))).)))))).........((.((((((((((((.....(..((((((((((.....)))).))))))..)..))))..(.(((((((((.((((...((((.......................))))...)))))))..(.(((((.......))))).)....))))))).......))))....))))))....)))).))))))))).)))).))).(((.(((((((.(.....)..................................................(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...((((......((((((....))))))......))))...)....))..)))..)))))))...)).))))..)))).........((((.(((((....))))).))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..((((((((((((((....(((((..((((.((((.(((.((.(((..((((((.(((((((....)))))))......((((((...((((((.....(((((.((.....)).)))))........((((((((..((....))))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..)))))))))))..))))))....(((((((((((....)))))......))))))....))))))))))))..)))).))))).......))))))))..))))))..))......((((((((((.....(.((((((((.......)))))))).))))))..)))))...(((((((((((((((....((((((.((..(((((((..(((((((.............((((.(((((..((......(((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....)))).).))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).............)))))))..))))))).)).)))))).(((((((((((((.(((.....))))))))..))...))))))))))))).))))))))(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..)))))))......((((((........(((((.(((((..(((((((.....)))))))....(((((.((((...((((((((((((((....))))))))))))))...(((((..((((.....................((((((..((...(((((((((..((.((((....((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))..)))).(..(((...(((....)))....)))..).))..)))))))))...((((.(((..........((((.((.....)).)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).))))).))).))))((((((.((((..................(....).(((((....)))))..))))))))))......)).))))))..(((....))).))))..))))))))).))))).........))))).))))).....((((..(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((....(.((((((((((.((.((((....(((((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))....((..((((...(((..((((.((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))).)))...))))..))........))))))).....(((((((....(..(((((((((((((....)))))))))))))..)(((((((.((((....)))).))).))))..)))))))....)))).)).))))))))))...).....))))))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.((((((...(((...((((((((((.(((((....))))).)))))))))).)))...)))..))).)))))))))).)).))))..))))....))))))(((((((((....))))))))).........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((.................................................................................................................................................................................................................................................................((.(.(((((((((.((((((((((.((((..(....((((........))))...)...))))...))))..............))))))...)))............))...((..(.((((((...(((((..........(((......(((((............)))))(...(((((.(.......((((..(((((....))))).....))))...).))))).)...((.((((.((((.....)))))))).....((((...((((((.((((...(((.....(((((((.......))))))).))).....))))...))))))....)))).)).((((....((((((........)))).))......)))).))).....)....(((..(((((...))))).)).)..((....))........))))..(((....(((((...()))))).)))...........)))))))...))(((..((.(...(((..........(.((..(.....((.(...(((((...((.....((......))......)).......)))))..))).)(((((.....)))))......................))....).....))).).......................)).)))..((((...((...(((((((..(((......))).....))))))).)).))))..(.((((.(....(((((((((((((((((.((((((......)))).))...)))))))))))))....(((....)))..)))).)...).))).).(((((((((....((((.((.(((((....)))))....))((.(((((((........((((((.(((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((((........))))(((.((((((...((((....(((((.((((...((((...((...((.(......)))...))..))))..)))))))))....))))..).))))).......)))))))....)))))).)))))))...).)...))))..)))))))))....((((((((((((.((((((((.(.....)...............))))).(.(((((.((((..(((...(((((..........)))))....)).)...))))..)(.((((((((.....))))))))...)).).))...)....((((((((..((((...........))))....)))))))).(((.((((((((....(((....((((((((....))))))))....))).....)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....))).((.(((((((((.....)))))))))....)))))))))))...))))).).))))))...((((((....((((((..(((..((((.....((((...((.(....)...).)))))........))))..)))..)).))))...)))))).))).)).))..))).((((((((....)))))))))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((..((((.((((..............((((...((((((((((............(((((((....)))))))........................................................(((((((..((....)))))))))..............(((..((((.(((((.......................................(((((((((((....)))))......)))))).............................................................((((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..)))))...........(((...(.........................................(((((((((.(((.((((......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).))))).)))..)).........)))..))))).....))))....))))........................................(((((((..........)))))))............................................................)))))))...))))))))).....)...))).........(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))).................................(((((((.....))))))).................((((((((((((((....)))))))))))))).......))))).))))..)))..........................(((((((((..((....(((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))..(((...(((....)))....)))....))..)))))))))......................((((..(((....).))...))))....................................(((((....))))).........................(((....)))..........................(((((....))))).........))))))))))..........(((....))).........)))).))))..))))..)).........................(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((.((.((((....(((((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))........((((...(((..((((.(((((((.((...(((....)))..))..))))))).)))).)))...))))............))))))).....((((((.....(..(((((((((((((....)))))))))))))..)(((((((.((((....)))).))).))))...))))))....)))).)).)))))))))).........))))))))))))).)))))).(.((((.(((((((((.....))))))))).)))).).....)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.((((((.........((((((((((.(((((....))))).)))))))))).......))))..)).)))))))))).)).))))................(((((((((....))))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((..(((((((((...(((....(((((......((((((((((..((.((((((((((((((....)))))))......((((((...((((((.....(((((...........)))))........((((((((..((....))))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..))))))))))).)))))))....(((((((((((....)))))......))))))..((((.(((..((((.((((...((.(((((((((.(((....)))..............((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..))))).......)))))))))))..)))).))))..))).))))....((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.....((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....)))).((((..(((.((((.((((((((..((.(((((.((((.(((((((..........))))))).))))....(((.....))))))))))..))))))...)).)))).)))......))))))))))))..)))))))))).(((((..(((((((((..(((((((((((((((..((((((((....))))))))..)))).))..))))))).((((((((..(.........(((((((((.....(((((.....))))))))))).)))..((.((((((((((((((((((....)))))))))))))).))))))....)..))))))))......))..))))...)))))....(((((((((..((....(((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))..(((...(((....)))....)))....))..)))))))))..((((..((((.........((((.((.....)).)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..((((....))))...))))..))))....))))....)))))....))))))))))).))))))))))))..........(((....)))..)))))...))).))))).))))..)).....((((....))))..((((..(((((((((((((((.(((.((((((.((((((((..(((((.....((((((((((.((.((((....(((((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))....((..((((...(((..((((..(((((((((...(((....)))..)).)))))))..)))).)))...))))..))........))))))).....(((((((....(..(((((((..((((....))))..)))))))..)((((((..((((....))))..)).))))..)))))))....)))).)).)))))))))).....)))))....)))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((...((((....((...(((((..(((.(((((....))))).)))..)))))..))...)))).....)))))))))).)).))))..))))......))))(((((((((....))))))))).........