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UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUAAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAACUGCUUUAUACAAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAAUUUAUUUGAUAGUACCCCAUUACUACUUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCACUCAAGUCCUGACCGCUUGUCGGAAGGGAUGCAGUUAUUAGAUACAAAACCAGCCCCGGGCAACCGGGUUUUCUGUUGGUGAUUCAUGCUAACUUUGCGGAUCGCAUAGCCUUUGUGCUGGCGACGGGUCAUUCAAAUUUCUGCCCUAUCAACUUUCGACGGUAGGAUAGAGGCCUACCGUGGUGAUAACGGGUAACGGGGAAUAAGGGUUUGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGAUACAGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACGAUGCGGGGCCUUUUGGCCAUCGCAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAAUCCCUUAACGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGAAUUUCAGGGCUGUCUUUGUCACCUGGCCACUGAGCCUUUGCGGCCAGUGUUGCUUUCGGGUGCGGGCCCUUUAUUUCUGCUGGGUGCUCCUUUGGGUUGGCUUUUGCUAGCUCGGGGGAUGUCUGCCCAGCACGUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCUUUUUUUAAGCUUGAAUAUCUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACUCUGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUGGGACUGGAGUAAAUGAUUAAUAGGGAUAGUUGGGGGCAUUAGUAUUUAAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUUAGGAAAGACUAACUUCUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAAGGGAUCGAAGAUGAUUAGAUACCAUCGUAGUCUUAACCAUAAACGAUGCCGACCAGGGAUCGGGCGUCAUGUAGUUAUUCACAUAAAAGACGCGCCCGGCACCUUUUGAGAAAUCAAAGUUUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUGGUAAGGAUUGACAGAUUGAAAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUCGUGGAUUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACCUUGAUCUGCUAAUUAGUUGGGCUUGCAUUUAUGCAAGUAAUCCAACUUCUUAGAGAGACUGCUGGCGUUUAGCCAGAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAUAAGGUCAGCGAGUUUCAACUUGCUGGCUUAAGUUGAGUUUCGGCUCGGCUUAAGCUGGGAUUCCUUGGCCGUGAGGUCUGGGUAAUCUUUUGAAACCUUAUCGUGAUGGGGAUUGACCUUUGUAAUUAUCGGUCAUGAACGAGGAAUACCUAGUAAGUGUGGGUCAUCAACCCACGCUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGCUUAGUGAGAUUUUUGGAUUGCCGGGUGAUUGCAGCAAUGCGAACACUUGGCGAGAAAUUGCUCAAACUUGGUCAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
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Afold
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Carnac(20)
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
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....(((.........)))...........................((((((.(........(((((((....)))))))..........)...))))))...................................((((((((..........)))))))).......((((((((((((......(((((((((.....)))))))))))))))))))))........((((.(((((....))))).......))))........................................(((((((((.............((((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..))))).....((((.((((((((..(((((((.(((((((........))))))).).)))...(((((((((((((.(((((..((((...(((((...))))).))))...............(((((((((((....)))).))))).))....................................................(((.....(((((.....(((((......(((((((..........)))))))....................)))))....)))))........)))..............))))))))..)))))))))))))..))))))))..)))).((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).)..)))))))))......(((((((............)))))))(((((((.....))))))).................((((((((((((((....))))))))))))))................................................(((((((((((((((((((..........................))))))..((((((((((.....))))))))))...............................)))))))))))))((((((..............))))))...((..((.(((((((((........................))))))))).)).....(((((((((.....)))))))))............))................................((((.((((.....)))).)))).................................(((..........))).........................................((((((((((.(((.((((((((((((((.((((((......(((((((((((((((((.............(((.(((((((((((((((((((....))))))...))))))))))))))))...(.(((((.....))))).)...(((((((((....(((....)))...).))))))))...........................(((((((.(((((((....)))))))((((((((((((((....))))))))))))))((((((((((((((....)))))))).)))))).....)))))))))))))))))))))))).........))))))))))))))))))))...((((((((((((((.....)))))))))))))).......)))...))))).))))))))))))))((((((..(((((((((((((((((.........((((((((((((((((....)))))))))))))))).......)))..)))))))))))))).))))))................((((((((((....))))))))))........ |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
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...(((((.......)))))....................(((.(...(((((..((((((((((......((((.....))))..(((((.................)))))...........................))))))))))..)))))..).))).(((............)))..(((((..(((.....)))..)))))....................(((.(((((....)))))....)))..((((((.(..........(((.....)))..(((((..(((..(((((((((((.(.((((.(.((((((..(((((....((((((((.......))))))))................(((((..(((((((((...(((((..((.((((........)))).))...)))...((((((((((..........(.(((...(((((...))))).))))(((((((..........((((.((((....))))..)))).........................(((...........(((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))...........))).....((((((........................))))))..)))))))((((((.............)))))))))))))))).))..)))))))))..)))))((((((((.((((((((((((((....))))))))))))))....)))))))).(((((((((((((............)))))))(((((((.....)))))))..............................(((((((((((.............)))))))))))))))))............)))))))))))...).)))).).)).(((((((....((((........))))......))))))).((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))...............((((((.....(((((....................))))).(((((...((.((((....))))))...)))))))))))(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((.((((((...((.((((((((......(((((....(.(((((..........(((....)))............((........)))))))).......)))))((.((((..((((((((....(((((((((((((((.....)))))).)))....))))))....((((((.((.((((..(((((((((((((....))))))...)))))))..)))).....((.(((((.....))))).)).)).))))))....))).)))...).)))))))..........)))))))).))......(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....)))))))))))))..((((((((.((((....)))).))).)))))......)))))))))))...(....(((((............)))))....).....))))))....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....))))))))).....(...((((((((((.(((((....((....((((((((((.(((((....))))).))))))))))..))....))..))).)))))))))).)............)))..)))))(((((((((....))))))))).))))))). |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
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...(((((.......)))))..........................(((((((((...((..(((((((....))))))).))......)))..))))))...(.((..............)).)..........((((((((..((....)))))))))).......((((((..(((......(((((..(((.....)))..))))))))..)))))).......(((((((((((....)))))......))))))((((...((.......)).))))((((.......))))..(((((................((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))....((((((((((((((..(((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))(((((((((((.(((((((((((...(((((...).))))))))).............((((((((((((....)))).))))).)))...................((((.................))))...(((.((((.(.((((((.(.(.(((((.((((.(((((((..........))))))).)((......)).....)))))))).).)))))))....).)))).))).........)))))))))..)))))))).......))))))))).)))))((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).)..)))))))))(((((((((((((............)))))..(((((((.....))))))).....(((.....((((((((((((((((((....))))))))))))))..))))))).....))))))))...................((.....(((((((((((((((((((....((((((....))))))......))))))).((((((((((.....))))))))))..........(((....)))............))))))))))))((((((..............))))))))....(((..(((((((((.......(((....)))...)..))))))))..)))(((((....)))))........................((((((.(((((............................((((.....))))))))))))))).................((....)).((((..........))))...........(..........)..............(((((((((((((.(((.((((((.((((((((.((((((.....((((((((((.((.................(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..(((((((((.((.((((())))).))).)))))))).........(((....)))...(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....))))))))))))).)))))))))).....)...))))))))))))).))))))((.((((.(((((((((.....))))))))).)))).))....)))...))))).)))))))))))))((((.((..((((((((((.((((((..((((...((((((((((.(((((....))))).))))))))))))))...)))..))).)))))))))).)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.(.....(((((........)))))........))))..)))))).......................................((((..((....))))))...........(((((..((((......(((((..(.........)..)))))))))..)))))................((....))....................................((((..(((......))).))))..................................((((((((.......)))))))).......(((((.......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((.((((((((....)))).))))..)))...............................................))))).))))...................((.......))............................................(((((..((((..(..(....((......(.............)).).))..).)))..)))).)...............(((((.(((.(((..........)))).)))).).)..)..............................(((((((.....(((.........))))))))))................................................................((((.((..((((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)).)))).........(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(((..((((((((...(((...............)))))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........((.....))..................((....)).............(((((..................................)))))..)))))))))....)))......((....((((................))))....))........(((((((((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))..(.((((((.....)))))).)....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((......((..................................................(((.((((....)))).)))....)).......))))))))))..(((((((((((............))))).......((....)).....((((((((.......))))))))......)))))).................)))))...((((.((...((((((((..(((..((.(..(...(((((((.((.(((((....))))).)).)))))))...)..).))..)))..))))))))..)).))))....................(((((....)))))............. |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........((((((((...))).)))))...(((((((((((((((((....)))))))......((((((...(((((((((((((.(((....))).)))))))........((((((((..........))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..))))))))))).)))))......(((((((((((....)))))......))))))....)))))......(((.[[[[)))..(((........)))....]]]].........((((.((((((..........)))))).)))).(((..[[[[)))....]]]]......(((((((((((((((..((((((.....((((........))))......)))...(((((((((((((.((((((....((((((((.....(((((..................((((((((((((....)))).)))).))))((((.......))))...))))).....))))....))))..(((..(((.((((...((((((((((.......((((.(((((((..........))))))).)))).......))))..((((...))))))))))......)))).)))......))))))))))))..)))))))))))))..))))))).))))))))(((((((..((((((((((((((....)))))))))))))).....))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((.....)))))))....(((.[[[..))).((((((((((((((....))))))))))))))]]].................((((((((...((((((((((..........)))))))))).((((....((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))..))))))))))))..(((....))).....(((...[[[[....)))..]]]]...............(((....((((.......))))[[[[[[[[[.)))....]]]]....]]]]].(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..((((.[[[))))...)))).......]]].....((((((((....))))).[[[)))....]]].....((((......(((....)))[[[[))))......]]]].((((((((......((((....))))))))))))(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((...........((((((...(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))).....(((((.....))))).....(((.........)))))))))(((..((((..(((...)))))))..)))........(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....)))))))))))...)))))))))).........))))))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.....((((((((((...((((..((((...((((((((((.(((((....))))).))))))))))))))...)))).....))))))))))....)))).............((((((((((((....))))))))..)))).... |
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Fold
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[ FASTA input ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((..................((((...))))..(((((((((.(((..((((((((....))))))))...))..)))))..)))))....................................(((((((..((....)))))))))........((((((...........(((((..((.......))..))))).....)))))).(.....((((((((((......))))......))))))..).................(((((.((((......))))))))).................((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))....................(((((((...((((((........)))).))...)))..))))................((((((...(((((...))))).))))))........((..((((((((((((....)))).))))).)))..))...........................................((((((.(((..(....)..((.......(((.....)))..............(((.(((((((.(((.(((...((........(((((((.....((((((((.((...(((.....)))..))...)))))))))).)))))...........(((((((.((((((((((((..........))))))))))).)...))))))).)).....................(((((.....((((.........)))))))))......(((((..((((((((((((((....))))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....)).....((((......))))...........................)))))...((((((..((((((((...(((...............)))))))))))..)))...((....))..)))......................((((....)))).......................((((.((((.....)))).))))))))))...))))))))))...(((....)))))..)))))))))..................(..((((....))))..).....((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))...((((((..((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))...(((((((((...))))))))).....)))))..........)...((..((((..(((...)))))))..)).........(((.(((((((((((.((((.((.....(........................................((((((((....))))))))))))))))))..)))))))))))..((((((.(((.(.((....)).))))........(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))...)))))))))...))))).)))))))))....((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((.(((((((....))))))).))))))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))))))))))).) |
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Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((..........)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((.......(........(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((.........))))))))))(.((((((((......((((...(...........)........))))...)).)))))).).)...(.((((...((......))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..((((((((((((....)))).))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((...................(.......((....))...................).......................................((((...(((......)))....))))................((((((((.......((...((((...))))(((........))).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(.((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((.(((..((((((((......(((((...)).....)))))))))))..)))...((....))...)).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((..................................................(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((......)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...)(((((((((((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.(((...(((((........)))))....))..))))..))))))((((.......((((..((....((((...............(.(((....)..(((.....))).........)).).......(((((..(.........)..)))))..(.((((((((......((((...(((......))).........))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..)))))..))))...))....((((((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))....((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))........))))(....).....((((((...(((((...))))).))))))........))))((((((((((........)).))))).))).)))).((.................))..(...).((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((((.......((((...(((............................((.....)).........................................................((.(..((((......))))..)..)).....(.........)...(((((.......((...((((...))))(((........))).....))......)))))(....)........((((((((((..........).......)))))))))(.((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...))((....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((...(((((((((((.((((((((......(((............)))))))))))).)))...((....))..))))....)))(((...))).))...)).))....))...(((..........(((((((((((((((((.((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))(..(((((..((.(..((............))..))).....)))))..)))))))((..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((..((((((......))))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........))).))(..((((...(.....).))))..)..........(((.(((((((((...)((..................................................(((.((((....)))).)))....))......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))).(....).....))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((.(.)))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).))).)))))))))).((((((((....)))))))))))))))).. |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).....................((((...((((((................................((((((((.((((((...........................................(((....)))(((.....)))))))))((((..........(((((..((.......))..)))))((................................................((.((................((((..(((......))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).((((..((((((........)))((((.(.((....)).(((.((.(((((....((((((...(((((...))))).))))))(((.............((((((((....)))).)))).........................((((...............))))....)))..))))).)).)))).))))..)))..))))....))))))..........))))))))...........................................................................................................................................................................((((((......................))))))....)))))).............(((..............(((.....................((((.((..((((((..........(((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))).....((....))............))))))..)).)))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...((((((((((..(((((((..........................)))))))..)))...((....))..))))....)))...(((.((.((((...(((((..((..........))..))).))(((((((.((((.....))))(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((....((((((...(((..((....))..))).)))))).........((.((((((((((((.....(..((((((((((.....)))).))))))..)..))))..(.(((((((((.((((...((((.......................))))...)))))))..(.(((((.......))))).)....))))))).......))))....))))))....)))).))))))))).)))).))).(((.(((((((.(.....)..................................................(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...((((......((((((....))))))......))))...)....))..)))..)))))))...)).))))..)))).........((((.(((((....))))).))))........ |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((((((((((((....(((((..((((.((((.(((.((.(((..((((((.(((((((....)))))))......((((((...((((((.....(((((.((.....)).)))))........((((((((..((....))))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..)))))))))))..))))))....(((((((((((....)))))......))))))....))))))))))))..)))).))))).......))))))))..))))))..))......((((((((((.....(.((((((((.......)))))))).))))))..)))))...(((((((((((((((....((((((.((..(((((((..(((((((.............((((.(((((..((......(((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....)))).).))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).............)))))))..))))))).)).)))))).(((((((((((((.(((.....))))))))..))...))))))))))))).))))))))(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..)))))))......((((((........(((((.(((((..(((((((.....)))))))....(((((.((((...((((((((((((((....))))))))))))))...(((((..((((.....................((((((..((...(((((((((..((.((((....((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))..)))).(..(((...(((....)))....)))..).))..)))))))))...((((.(((..........((((.((.....)).)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).))))).))).))))((((((.((((..................(....).(((((....)))))..))))))))))......)).))))))..(((....))).))))..))))))))).))))).........))))).))))).....((((..(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((....(.((((((((((.((.((((....(((((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))....((..((((...(((..((((.((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))).)))...))))..))........))))))).....(((((((....(..(((((((((((((....)))))))))))))..)(((((((.((((....)))).))).))))..)))))))....)))).)).))))))))))...).....))))))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.((((((...(((...((((((((((.(((((....))))).)))))))))).)))...)))..))).)))))))))).)).))))..))))....))))))(((((((((....)))))))))......... |
|
RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((.................................................................................................................................................................................................................................................................((.(.(((((((((.((((((((((.((((..(....((((........))))...)...))))...))))..............))))))...)))............))...((..(.((((((...(((((..........(((......(((((............)))))(...(((((.(.......((((..(((((....))))).....))))...).))))).)...((.((((.((((.....)))))))).....((((...((((((.((((...(((.....(((((((.......))))))).))).....))))...))))))....)))).)).((((....((((((........)))).))......)))).))).....)....(((..(((((...))))).)).)..((....))........))))..(((....(((((...()))))).)))...........)))))))...))(((..((.(...(((..........(.((..(.....((.(...(((((...((.....((......))......)).......)))))..))).)(((((.....)))))......................))....).....))).).......................)).)))..((((...((...(((((((..(((......))).....))))))).)).))))..(.((((.(....(((((((((((((((((.((((((......)))).))...)))))))))))))....(((....)))..)))).)...).))).).(((((((((....((((.((.(((((....)))))....))((.(((((((........((((((.(((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((((........))))(((.((((((...((((....(((((.((((...((((...((...((.(......)))...))..))))..)))))))))....))))..).))))).......)))))))....)))))).)))))))...).)...))))..)))))))))....((((((((((((.((((((((.(.....)...............))))).(.(((((.((((..(((...(((((..........)))))....)).)...))))..)(.((((((((.....))))))))...)).).))...)....((((((((..((((...........))))....)))))))).(((.((((((((....(((....((((((((....))))))))....))).....)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....))).((.(((((((((.....)))))))))....)))))))))))...))))).).))))))...((((((....((((((..(((..((((.....((((...((.(....)...).)))))........))))..)))..)).))))...)))))).))).)).))..))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..((((.((((..............((((...((((((((((............(((((((....)))))))........................................................(((((((..((....)))))))))..............(((..((((.(((((.......................................(((((((((((....)))))......)))))).............................................................((((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..)))))...........(((...(.........................................(((((((((.(((.((((......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).))))).)))..)).........)))..))))).....))))....))))........................................(((((((..........)))))))............................................................)))))))...))))))))).....)...))).........(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))).................................(((((((.....))))))).................((((((((((((((....)))))))))))))).......))))).))))..)))..........................(((((((((..((....(((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))..(((...(((....)))....)))....))..)))))))))......................((((..(((....).))...))))....................................(((((....))))).........................(((....)))..........................(((((....))))).........))))))))))..........(((....))).........)))).))))..))))..)).........................(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((.((.((((....(((((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))........((((...(((..((((.(((((((.((...(((....)))..))..))))))).)))).)))...))))............))))))).....((((((.....(..(((((((((((((....)))))))))))))..)(((((((.((((....)))).))).))))...))))))....)))).)).)))))))))).........))))))))))))).)))))).(.((((.(((((((((.....))))))))).)))).).....)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.((((((.........((((((((((.(((((....))))).)))))))))).......))))..)).)))))))))).)).))))................(((((((((....)))))))))......... |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((..(((((((((...(((....(((((......((((((((((..((.((((((((((((((....)))))))......((((((...((((((.....(((((...........)))))........((((((((..((....))))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..))))))))))).)))))))....(((((((((((....)))))......))))))..((((.(((..((((.((((...((.(((((((((.(((....)))..............((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..))))).......)))))))))))..)))).))))..))).))))....((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.....((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....)))).((((..(((.((((.((((((((..((.(((((.((((.(((((((..........))))))).))))....(((.....))))))))))..))))))...)).)))).)))......))))))))))))..)))))))))).(((((..(((((((((..(((((((((((((((..((((((((....))))))))..)))).))..))))))).((((((((..(.........(((((((((.....(((((.....))))))))))).)))..((.((((((((((((((((((....)))))))))))))).))))))....)..))))))))......))..))))...)))))....(((((((((..((....(((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))..(((...(((....)))....)))....))..)))))))))..((((..((((.........((((.((.....)).)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..((((....))))...))))..))))....))))....)))))....))))))))))).))))))))))))..........(((....)))..)))))...))).))))).))))..)).....((((....))))..((((..(((((((((((((((.(((.((((((.((((((((..(((((.....((((((((((.((.((((....(((((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))....((..((((...(((..((((..(((((((((...(((....)))..)).)))))))..)))).)))...))))..))........))))))).....(((((((....(..(((((((..((((....))))..)))))))..)((((((..((((....))))..)).))))..)))))))....)))).)).)))))))))).....)))))....)))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((...((((....((...(((((..(((.(((((....))))).)))..)))))..))...)))).....)))))))))).)).))))..))))......))))(((((((((....)))))))))......... |