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UACCUGGUUGAUUCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAACGAAUUCAUACUGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAGUUUAUUUGAUGGUAUCUUGCUACAUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCUGAAAAGCCCCGACUUCUGGAAGGGGUGUAUUUAUUAGAUAAAAAACCAAUGGGUUUCGGCCCUCUAUGGUGAAUCAUAAUAACUUCUCGAAUCGCAUGGCCUUGUGCCGGCGAUGCUUCAUUCAAAUAUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGGAUAGAGGCCUACCAUGGUAUCAACGGGUAACGGGGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCCGACACGGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACAAUACAGGGCUCUUUUGGGCCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAAUCCCUUAACGAGGAACAACUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAGUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUCGAACUUCAGGUCUGGCGAGGCGGUCCUCCUCACGGAGUGCACUGUCUUGCUGGACCUUACCUCCUGGUGGUCCUGUAUGCUCUUUACUGGGUGUGCAGGGGAACCAGGAAUUUUACCUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCAAUCGCCCGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACGUGCGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGAUCGCCGUAAUGAUUAAUAGGGACGGUCGGGGGCAUUGGUAUUCCGUUGCUAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUGACGGAAGACCAACAACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGACGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAGGUUAGGGGAUCAAAAACGAUUAGAUACCGUUGUAGUCUUAACAGUAAACGAUGCCGACUAGGGAUCGGCCCACGUCAAUCUCUGACUGGGUCGGCACCUUACGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAAAUAGUCAGGCCGGCUUUGGCUGGUCGUUUGACUUCUUAGAGGGACUGUCGGCGUCUAGUCGACGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGACUGAGCCAGCGAGUCUUACCGCCUUGGCCGAGAGGCCUGGGUAAUCUUGUGAAACUCAGUCGUGCUGGGGAUAGAGCAUUGCAAUUAUUGCUCUUCAACGAGGAAUACCUAGUAAGCGUGAGUCACCAGCUCGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGGCUUAGUGAGAUCUCCGGAUUGGCGUUGGGGAGCCGGCAACGGCACCCCUUGGCUGAGAAGCUGAUCAAACUUGGUCAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAGUA |
Reference structure (ext) |
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Afold
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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...(((((.......)))))..........................(((((((((......(((((.(......).))))).......)))..))))))..................................(((((((........)))))))(((((((........((((((.....(((((...........)))))..................((((..((((....))))....)))).....................((((..(((.....))).))))...................((.............((((((((.......))))))))..........))...............((....((((((((.(((((((........))))))).).)))..)))).................(((((...(((((...))))).))))).............(((((((((((((....)))))))))).)))...................................(((((((...................................)))))))................................(((....)))))...((((((((((((((((((((((....)))).).)))))))))))))))))....(((((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))))......................................................))))))...((((((((((((((.....))))))))))))))....)))))))........(((((((((((((((.((...(((((((((((((((((((((.(((......))))))..))))))))))))))....(((....)))..))))..)).)))))))))))))))......................................................................(..((((((((.((((.....))))))))))))..)......((((((((((...))))))))))...............................................(((.((((.....)))).))).......................................................................................((((((((((((((..............................................................((((((((((((((((((((((....)))))))...))))))))))))))).((((((((.....)))))))).......................(((..((((...........))))..)))........((.((((((((...(((((..(((((...((((((....))))))))))).)))))....))))))))))........((((((..........))))))......(((....)))....(((((((((.....)))))))))..................))))).)))))))))....(((((((..(((((((((((((((((((((.(..((((((((((((((((((....))))))))))))))))))..).))))))))))))))))))))).)))))))...............((((((((((....))))))))))........ |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
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...(((((.......)))))...............(((((((((..(((((((((.(((..(((((.((....)).)))))..))..))))..))))))..(((((..............)))))(((((((((((((((........))))))))..............(((((((....(((((...(((()))))))))....(((((((((.....((((..((((....))))....))))..))).))))))...........((((.(((.......))).))))...............((((..........(.((((((((.......)))))))).).......))))............((((((((((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))....((....))....((((((...(((((...).))))))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))...................((........)).((((((((((.......((((.(((.((....)))))....))))))))))).((..........)))))....((......))......)))))))).((((((((((((((((((((((....)))).).)))))))))))))))))....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))......................((((((......(((....))).))))))..)))))))....(((((((((((((.....)))))))))))))(((((((..((((..(((..((((((((.((((((.((...(((.(((((.((((((((((..(((.......)))))..)))))))).))))).((.(((....))).)))))..)).)))))).))))))))...)))..)))).)))))))...........))))))).....(((..................)))((((..((((((((.((((.....))))))))))))..))).)............)))))))))...............((((....)))).....................(((((((((....))))(((.((.((((((((................((....))....(((((............((((((((((((.(((.(((((..((.....(((.(((((((.((())).))))))).)))..)).))))).))).))))).))))))).............)))))...(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...((((()))))..)))).)))))).....)))))))).))...)))(((.(((((((...(((((..((((...((.((((....)))).)))))).)))))....))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))).))))).............((.(..((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((...((((.((((....)))).))))...)))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))...).))........((((((((((....))))))))))........ |
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.......)))...............(((.....)))....((((((........((..............))......(((((...((((.....................................((((..((....))))))............((....((((......(((((..(.....)..)))))))))....))........((((..................)))).....................((((..(((......)))))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))...............................................))))).))))........................................))))..))))).......................(((((((((((((((((((((......))).).)))))))))))))))))..............((.((((((((......)))))))).))................................(((((((.....(((....))))))))))....))))))..............(((...((((...................))))..)))...........((((((...((((((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(...........)))))))))..)))...((....))..........))..........((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((......((((.....)))).....................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))).................................................(((((((((.((((..(((((((((((((..))))))))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).................)))))))...)))))).................(((.(((((((......((........(((.((((....)))).)))....)).......))))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))...................((.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((((.(.((.((((....)))).)).))).)))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)).........(((.(((((....))))).)))......... |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
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...(((((.[[[...))))).(((.....))).]]]..........(((((((((......(((((..........))))).......)))..))))))......(((((...........))))).((((.((((((((........))))))))......[[[..))))..]]].....(((((...........)))))....(((((((((.....((((..((((.[[[))))....))))..))).)))))).....]]](((((.((((.[[[.)))))))))........]]].....(((((......[[[[[.((((((((.......)))))))).........)))))....((((((.......))))))(((.....((((........))))......)))..]]]]](((((((((((.............((((..[[[.))))....]]]....(((((..(((((((((((((....))))))))).))))...[[[[....))))).....]]]]....((((..[[[[[[[(((....(((....)))..))).......))))..]]]]]]].)))).........))))))).......(((.(((....))).))).(((((((((((((((((.((((....))))...)))))))))))))))))....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..))))))).......(((............[[[[[[.)))..(((....))).]]]]]]....(((((...[[[[[[[[[[[[[)))))..]]]]]]]]]]]]]((((....((((.......((((((((..(((((......(((((((((.(((((((.(((.............)))...))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))....))))..))))..........((((.[[[[[.........)))).....]]]]]....((((((((.((((.....))))))))))))..((((...((((.(((((...))))).)))).))))((((..((((.[[[))))...)))).......]]].(((....(((((....))))).[[[[)))..]]]].....((((...[[[(((....)))....))))........]]]...........((((((.......(((((.....(((((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))((((((...(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))).))).((((((((.....))))))))..(((.........)))))))))(((..((((..(((...)))))))..)))........(((.(((((((...(((((.......((((.((((....)))).))))...)))))....))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....))).((((((((((((.....))))))))...)))))))))))))...))))).))))))))))...((((.....((((((((((.(((..((((......(((((...((((.((((....)))).))))...)))))......))))..))).))))))))))....))))..........))))).(((((((((....)))))))))..)))))). |
Fold
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[ FASTA input ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
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Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....((...........))...))(((....(((((.......(((.....((((...((((.........(..(.(((....)).(((.....)))..........).).......((((((.((...)).))))))(.(((((((((.......((((..................))))....).))))))))...).(.((((...((.....))..)))))).))))...))))..))).(((...((((....((((((((.......)))))))))))).....)))...((((((((....))))...)))))))..((((((........)))).))....)).......)))))))))......((((((...(((((...))))).))))))............((((((((((((......))))))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.(((.....(.((...(((...........(...(...)......((........))....(........))..(((......)..))....(((((((((......)))).))))).................(((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..............(((((.(((((..........).......)))))))))(((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((....((......(..........)..))......)))))..))).((.((((((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((.(.((..(......))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........))))))))))).....))).(((.(((((((.....(((........((((((((....))))))))....)))......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))))).....)).))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....((...........))...))(((....(((((.......(((.....((((...((((.........(..(.(((....)).(((.....)))..........).)(......((((((.((...)).))))))).(((((((((.......((((..................))))....).)))))))).....(.((((...((.....))..)))))).))))...))))..))).(((...((((....((((((((.......)))))))))))).....)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).))....)).......)))))))))......((((((...(((((...))))).))))))..(.........((((((((((((......))))))))).)))....).((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.(((.....(.((...(((...(...........(...)......)...............(........).....................(((((((((......)))).)))))...............(.(((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))...)..........(((((.(((((..........).......)))))))))(((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((............(((..(((......)))..))))))))..))).((.((((((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((.(.((..........)))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........))))))))))).....))).(((.(((((((.....(((........((((((((....))))))))....)))......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))))))))...)).))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....)))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
PPfold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((..((...(((.(((((((.((((...))))...(((.(((........(.....((...........))....).((......(((.......(((.......(....(((..........(..(.((.........((.....))..........)).)........((((..((...))..)))).(.((((((((........(((....................)))......))))))))...).(.((((...((.....))..))))))..)))...).....))).(((....((.....((((((((.......)))))))).))......)))...(((((((......)))...)))))))..((((((........)))).)).............)).))))))........((((....((((...))))..))))..............((((((((((((......))))))))).)))......((.................)).........((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))).))))))))))....(((((((.........))((....((...........(...(...)......(..........)....(........))..(((......)..))....(((((.(((......)))..))))).......(....)....(((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..............(((((.((((...................)))))))))(((((........((((......((((.((((.((((((((..(((........))).....)))))))).)))).....(((....)))..)))).....)))).)))))))....))......((((((........((((.........)))).....))))))...........((..(.(((...(((((((..((.......)).)))))))...)))...((....))...)......))...............................(...........((((((((((((((((.....))))(((.((((((.......(...)................(((((.(((..(((((..................................)))))..))).((.(((....(((((...(((...(((..((....))........)))...)))))))).(((((((.(((.((((..(((((.(.((..(......))))...)))))..)))))))....((((((.....)))))).......)))))..........)).....)))))........))))))))))).....))).(((.(((((((......((........((((((((....))))))))....)).......))))))))))...((((.((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......)))))))).......))))))))))).(....).....)))))..((((.((.....((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))....)).))))...)....))))))).(((((((((....)))))))))))))))... |
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..................((((...........((((((................................(((((((.((((((........................................(((....)))(((.....)))))))))......((......(((((...........)))))...................((.......................((.((................((((...((.....))..))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))))))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........)))))))))....................................................................................................................................((((((......(((....))).))))))....))))))............))))..................................((.((((((..........((.(.((((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))...((((((((((....)).(((((.((((.((((.........))))...((((..(((............(((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))))...(..((((.((..((((..((((....))))...........(((((((.....((((.((((.....)))).)))).....))))))).))))..).).))))..)......)))..))))..................))))...)))))))))))))........((((((((..((((((((...(((..((((..((((.....))))...))))..)))))))..(.(((((((((.((((..(((((.....................)))))..)))))))..(.(((((.......))))).)....))))))).......))))......((((...........)))).))))((......(((.(((((((................(((.((((....)))).))).............))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))..........)))))))).).))((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((((...(((((........)))))...)))))))...)..))))..)))..)))))))...)).))))..)))))).))......((.(((((....))))).)))))))))... |
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((....((...((((((((.(((((.((((((((.((((.((.....(....((...........)).).))))))...))))..............))))...)))))............))..(((..((((((((.........(((.....(((.......(((((..((...))..))))).)))((((((((......((((.....(....).......))))...)).)))))).....(...((((.((((.....)))))))).)..((.(((.....((((.(((.(..(((.....(((((((.......))))))).)))....).)))...))))......)))...))((((...((.((((((........)))).))...))...))))((((.(((((..((...(((((...(((((...))))).)))))((.((.....(((...((((((((((....)))))))))).)))...))....)).........((((...(.(...)...).))))))..))))).))))))).))))))))...)))...((((...((.(((......((.(((...(((..((.((((.((((.....((((.(.........((................((.......................((.......(......((((......)))))....)).....)).)...)....).))))...)))))))).))...))).)))....))....))).....)).)))).((((...((...(((....((.(((......)))........).)..))).)).)))).(.(((.((((.((((((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).)))))(...((((...((....(((.(((((((((.((((.....(((.((...((((.(((((...(.(((((((..(((((...(((((((.((.(((..(...(((.((((((..((((((((..............))))))))..))).............))).....)))...).......))).))...)))))))..(((...((......((((....((((((((.((.(.((((...((...((((((((.((((.(...(((...((....)).))).)......))))......))))))))..))...))))...).))......))))))))....)))).)).))))))))...))))).)).).....)))))..))))...)).(.(((((((((.((((..((((..(.(...........).....)))))..)))))))(.((((..((.....))..))))...)))))))...)......)))..)))).....))))))))).))).)).)))).).(((((.(((((((.....(((........(((.(.((....)))..)))....)))......)))))))))).))(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))))).......)))))))...).((((.((...(((((((.(.(((..((........(((.....((......(.........).))....).))........))..)))..))))))))..)).)))).))).))).))..))).((((((((....)))))))))))))))... |
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((..((((.((((....((((.......((((..(((((((((..((..(((((..........)))))..))...)))..))))))((((((((.((......)).))))))))..))))(((((((........)))))))......))))........(((....)))...)))).)))).((..((.....((((((((.....((((..((((....))))....))))..))).)))))))..)).))))).....(((((((..((((((((((...........(((..(((((((........)))))))..)))..........)))))).((((((..((((((((((((((((..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))..((((.(((((((......(((.....((....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..)))))...)).((((((.((.(((((((.((((((.(((...((((((.((((((((..((((((.(((.........((((((((.((((....))))....(((((.((..(((((..((((((((((.((((....))))...))))))))))..)))))....(((((((..(((((((..(((......)))..)))))))..))))))).(((((((((............((((((......(((....))).))))))..((((((((((((((((((((((((.....))))))))))))).((..((..(((((((.((........)).)).)))))))..))......))))))).))))))))))))).....)).))))).......))))))))((....)).....((((((((.......((((((...(((....)))....))))))....((((...(((.((((......)))).)))........((...(((..((((((((.((((.....))))))))))))..)))..))...))))...))))))))))))))))).((((..((((....))))...))))...))))))).)....((((.((((.....)))).))))))))))................(((....)))....)))))))))...((..((((((((((((..((..((((..((.....(((.(..((((........))))..).)))..)).))))..))..)))).))))).)))....))..((.((((((...(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).................))))))))..))))))))).)))))))))......))))))).....(((((((...(((((..(((((.....((((....))))..))))).)))))....)))))))..))))..((.((((((..........))))))))......)))).)))))).(((((((((.....))))))))).......)))))).....((....))..))))))...((((.((..(((((((((..(((..((((......(..((...((((.((((....)))).))))...))..)......))))..)))..))))))))).)).))))...))))..)))))))(((((((((....)))))))))..))))).. |