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UAUCUGGUUGAUCCUGCCAGUAUUAUAUGCUGAUGUUAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUGUAAGUAUAAAGACCAAGUAGGAUGAAACUGCGGACGGCUCAUUAUAACAGUAAUAGUUUCUUUGGUUAGUAAAAUACAAGGAUAGCUUUGUGAAUGAUAAAGAUAAUACUUGAGACGAUCCAGUUUGUAUUAGUACAAAAUGGCCAAUUCAUUCAAUGAAUUGAGAAAUGACAUUCUAAGUGAGUUAGGAUGCCACGACAAUUGUAGAACACACAGUGUUUAACAAGUAACCAAUGAGAAUUUCUGAUCUAUCAAUCAGUUGGUAGUAUCGAGGACUACCAAGAUUAUAACGGAUAACGAGGAAUUGGGGUUCGACAUCGGAGAGGGAGCUUUACAGAUGGCUACCACUUCUAAGGAAGGCAGCAGGCUCGUAAAUUACCCACUUUCGAAUUGAAGAGGUAGUGACGACACAUAACUCUAGAGUUGAGUAAAAUCAAUUCUUGAAGGAAUGAGUAGGAGGUAAAUUCUCCUACGAAAUCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGUGUAUAUUAAAGUUGCUGUGAUUAAAACGCUCGUAGUUGAAUUAAAAUGUGGUUUUAUACAUUUUGAAGACUUUAUGUAAGUAAAGUUUCUAGAAAUGUUAAAUUAAAAUCAAAGAAGGAAACAAUUCAAGUAAUUGAGUUGUUAUUACUUUGAAUAAAAUAAGGUGUUUAAAGCAAAACAUUAUGUUAAUGAAUAUUCAAGCAUGGGACAAUGCUGAGGGGAUGUCAAUAAGACAUUUCGAGAGAAGGAUUAAAAGGAACAAUUGGGGUGAUUCAGAAAAUAACGGGAGAGGUGAAAAUCCAUGAUCGCUAUAAGAUGCACGAGAGCGAAAGCAUUUCACUCAACUGUGUCCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCCUAACUAUAAACGAUGUCAACCAAGGAUUGGAUGAAAUUCAGAUGUACAAAGAUAGAGAAGCAUUGUUUCUAGAUCUGAGUAUAUCAAUAUUACCUUGUUCAGAACUUAAAGAGAAAUCUUGAGUUUAUGGACUUCAGGGGGAGUAUGGUCACAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACACCAGGAGUGGAGCCUGCGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAAGACCGAACAGUAGAAGGAAUGACAGAUUAAGAGUUCUUUCAUGAUUUAUUGGGUAGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCAGGUUAAUUCCGGUAACGAACGAGACUGAAACCUAUUAAUUAGUUUUCUGCCUAUAAGACAGAAAUGUUCGCAAGAACAGGUGCGUAAGUACCACUUCUUAAAGGGACACAUUUCAAUUGUCCUAUUUUAAUUGUAGUUAUCUAAUUUCGGUUAGACCUCUUUUAACGUGGGAAAAAGAAAAAGGAAGCAUUCAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGACAUCUUGGGCCGCACUCUCGCUACAAUGGAGUUACUAGAGAGUAUUUUAUCAUUUACACCUUAUUUAUUAGGCUUUGUCUAAUAAUUAAGGAUAGUAAGUGGUGUACCGAGAUUGAAAUAGUUAAGGAAAACUCAAAAGAACGUACAUGACAGGGAUAAAUGAUUGGAAUUAUUUGUUUUGAACGAGGAAUUCCUUGUAAUAUCGAGUCAUUAACUCGAGAUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAAUAAAGAGGUGAAAUUCUAGGAUUCUGUCUUAUAGAUAGAAAAAUGGAUUUAAAUCUCCUUAUUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
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((......(((((((..((((((...))))))..((((..((((...((((((.((.(((.((((((.(((((.....(((..(((((((..((..........((((((((..((((.(((((((........((((.....((((((.....))))))......))))...((..(((.((((((....)))))).)))..(((((((...)))))))......((.((((((((.....)))))))).))))....((((.((((((...)))))).)))).))))))).))))..(((((((.....((((..((((((((.......))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))..)))))))..((((((((((.(.(((((.((........))..((((.((((((.(((...)))...(((((.((((((................(((..(((.((((((((......)))))))).).))..))).((((((((.....))))))))....)))))).)))))..)))))).))))...)))))).))))....))))))................))))))))........))..)))))))..)))......)))))))))))..((((.(((((((((....))))))))).))))...............((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).))))))....((((..((((((......))))))..))))......))).)).)))))).........((.(((.((((.....))))....(((............((((.((((((..(((...((((((((.....((.((((......(((((((((((.((((.((((.....((....)).((((((((...(((((((....(((...(((....)))....(((((....))))).))).((((((...((((..........((..(((.((((...)))).)))...))..((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))........(((.(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...)))..((((..((((....))))...))))..))))..))))))..)))))))....))))))))..)))))))).....((((((..(((...............))).......((((((((............))))))))........)))))))))))).))))).(((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))........)))).)).....))))))))(((.(((((.((...(((((....)))))(((((....))))).))))))).)))....)))..)))))))))).((((((((((.....((.(((((((((.(((((((((((.........))))).........((.....))......)))))).....((((..((....)).))))...((((((...((......)).....))))))....((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...)))))))))).))))))))))).))))))))))....)))........(((((...(((((((........((((((.((((((...)))))).))))))........((((((.....)))))).........))))))).....)))))......))).)).(((((.((..((((((((.(((((..((.((((...(((((((.....)))))))...)))).))..))))).)))))))).)).))))).)))).))))......((((((((....))))))))))))))).)) |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......))))).))..........(((((.......((((............(((......................)))....)))).....))))).....((((((((((............)))))).)))).(((((((((((((....((((((........(((.((((((....)))))).)))(((((((.............(((((((.((((((((.....)))))))).))......((((.((((((...)))))).))))..............))))).((((....(((..((((((((.......)))))))))))......))))......))))))).......(((.(.((.(((((......((((((((((..((((((.(...((..((((((((.....(.(((....((......))...))))(((((.((((....(((.((((((((......)))))))).).))......(((((((.......)))))))........((((((.......((((.....((....)).......))))))))))..))))........)))))...........(((((.................(((((((..((((((...(((((((((....)))))))))....))))))......)))))))..((((..((((((((((....))))))))))....))))...........(((((.............(((((((............)))))))............((((((((.....))))))))........................(.((((((............(((..(.((.......)).)..))).................((....))...)))))).)(((((.((((...............((((((....(...((((.........))))...).))))))..............................(((...((((((...((((...(((((...)))))...))))...))))))...))).(((((.....(((((((.((....))))))))).........))))).....)))).))).))..............................)))))..)))))))))))))...........(((.....)))..............))...)..))))))........((((((((...................((.((((((((.(((((((((((.((((.((((((.(..........).)))))).)))).....((.(.((((.(((.....))).)))).).))....((((....))))...)))))).)))...)).)))))))).))....((((((.........)))))).)))))))))))))))))).............((.(.......).))................((..............((((((.((((........)))).)))))))).))))).)).).)))...........)))))))))))))))))))(((((.(((((((((...))))))))).))))).........((((..((..................................(((((.(.((((((.........((((((.((((.......)))).))))))........((((((.....))))))..........))))))...).)))))...(.(..((...(((((.....((((((((.(((((..((.((((...((((((((...))))))))...)))).))..))))).))))))))....)))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))))..)))). |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))(.......)(.....................)..................((..((((.......))))))........((((....))))...(.((((((.(.......)..))))))..)(((((.......))))).................(((.(((((((()))))))).))).((((((((...)))))))).....((.((((((((.....)))))))).))......((((.((((((...)))))).)))).....................((....((((..((((((((.......))))))))))))......))...............(((((..(((((((....(((((.((((((.(((.(((((.(((((((.(((.((((((((..............((......))((((..((((....))).)..))))((((((((......)))))))).....((....((((((((.....))))))))....)).(((((((.......((((()((.((....)))).....)))))))))))................(((((((.........)))))))................((((.((((((((.(((((((((....))))))))))..)))))))))))......((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).))))))....((((.(((((((......))))))).)))).........((.(((((......))))))).((((((((.....)))))))).......................................................(((........(((((..............))))).....)))(((((...(((((((.....((((.......(((((((((((((....)))))..............))))))))........(.(((.((((...)))).))).)....(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).(((((.(((((((((((((((.((((....)))))))))).)))))...))))..)))))((((....))))..............)))).....)))))))....))))))))))))).............................((((..(((...(((..((((((((..(.......).))))))))........))))))..)))).....))).)))))))..)))))))).)))))).)))))..)))))))..)))))...........(.........).((((((.(.....).))))))(((((....)))))(((((....))))).....(((..((((((.........))))))....))).........((((((....))))))..(((((...........))))........................)((((((.((((.(....).)))).))))))..(((((((((.......))).....))))))....((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...))))))))))......................................(((((.(.((((((((((((((....))))))).......(((((((()))))))).((.((((((.....)))))).))......))))))).)...)))))...((...((.(.(((((.((..((((((((.(((((.(((.((((...((((((((...))))))))...)))))))..))))).)))))))).)).)))))..).))......))((((((((((....))))))))))........ |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................(((((((((.......((((.........))))........)))..))))))..................................((((..((....))))))...........((((....(((......((..((((......)..))..))).)))....))))..(.((..(....)...)).).........................((((.................))))............................((...((((((((.......)))))))).))......(((.......((((....))))..((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((......))))))))..)))..............................................))))).))))................................................................................((((.(.(...................................)))....))).....................((..........))......................................(((.....))..).............................(((((...........))))).......(((((((..((((((.((...((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..))))...))))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(.(..(((............(((((....((.....................))....)))))...............)))..))....((....))........................(..(((((....)))))...)............((((....((((((((........(......).......................................(((((..................................)))))..)))).))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((.......(.(..........(((((....)))))........))...))))..))))...........................................((((.((....)).....)))..)....................))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.................(....(.((.((.((.................)).)).))...)....)...............................))).......))).))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(..((((.((...((((((((..(((..((..(.(...(((((((.....)))))))...).).))...)))..))))))))..)).))))...).)...........((.(((((....))))).)).......... |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((..((((((...))))))...............((((((.............(((((((..........(((((((...(((........((((((((..((((.(((((((........((((.....((((((.....))))))......)))).......(((.((((((....)))))).))).((((((((...))))))))........((((((((.....)))))))).........((((.((((((...)))))).)))).))))))).)))).((((((((.....((((..((((((((.......))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))..)))))))).((((((((((...(((((.....(((....)))((((.((((((.(((...)))...(((((.((((((((((...(((....)))....))))((((((((......))))))))...........((((((((.....))))))))....)))))).)))))..)))))).))))...)))))..))))....))))))((((.....))))...)))))))).........))))))))))...........))))))).....(((((.(((((((((....))))))))).)))))..............((((((.....((((((((((....))))))))))....))))))....((((.(((((((......))))))).))))..(((....))).))))))............((((((((.....))))))))......)))))))).............((((((((...........(((..[[[[[...)))....]]]]]...((((((....[[[.....))))))..]]]...(((((((....(((...(((....)))....(((((....))))).))).((((((...((((..........(((.(((.((((...)))).))).)))..(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......(((.(((((((((((((.........)))))))).)))))...)))..((((..((((....))))...))))..))))..))))))..)))))))....(((((...[[[[)))))..............]]]]......(((((..(((...(((((((....((((.(((........))).))))..))))))))))..)))))......(((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))..................(((.[[[[[[.))).....]]]]]](((((....)))))(((((....)))))..........((((((.........))))))............((((((((((....)))))).[[[...))))..]]].....(((.[[[[.....))).(((...(((....)))..)))]]]].(((.....((((.....(((((.((((...(((.((((....)))).))).((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...)))))))))))).)))))........(((................)))(((((...(((((((........((((((.((((((...)))))).))))))..(((...((((((.....))))))......)))))))))).....))))).....))))....(((((.....((((((((.((((((((..((((...((((((((...))))))))...)))))))..))))).))))))))....)))))..)))..........(((((((((....))))))))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((.((((((((..((..(((((.........((((((.((..((.((((((.(((((.....(((..(((((((..((..........((((((((..((((.(((((((........((((.....((((((.....))))))......)))).......(((.((((((....)))))).))).((((((((...))))))))......(.((((((((.....)))))))).).......((((.((((((...)))))).)))).))))))).)))).((((((((.....((((..((((((((.......))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))..)))))))).((((((((((.(.(((((.((........))..((((.((((((..................................................((((((((......))))))))...........((((((((.....))))))))..................)))))).))))...)))))).))))....))))))................))))))))........))..)))))))..)))......)))))))))))..(((..(((((((((....)))))))))..)))...............((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).)))))).....(((.(((((((......))))))).))).......))..)).)))))).....((((((.(..(((((.....)))))..)........((((((((((.(((((((..(((...((((((((.....(..((((......(((((((((((.((((.((((.....((....))..(((((((...(((((((....(((...(((....)))....(((((....))))).))).((((((...((((..........((..(((.((((...)))).)))...)).(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......(((.((((((((((((.(((....)))))))))).)))))....))).......(((......))).........))))..))))))..)))))))....)))))))...)))))))).....(((((...(((...............))).......((((((((............)))))))).........))))))))))).))))).(((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))........))))..).....))))))))(((.(((((......(((((....)))))(((((....)))))...))))).)))....)))..))))))))))..))))))).......(((((......)))))...................................)))))).)))))))..)))))))).....(((.....((((..((.(((((.(((.........(((....)))......((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...)))))))).))).))))).))...........................(((((...(((((((........((((((.((((((...)))))).))))))........((((((.....)))))).........))))))).....))))).....))))....(((((.((..((((((((.(((((.....((((...((((((((...))))))))...)))).....))))).)))))))).)).)))))..))).......))).((((((((....)))))))))))))))... |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((((((..(((((((.....((........))......((((((.((..((..(((.(((((((.....(((..(((((((..((..........((((((((..((((.(((((((........((((.....((((((.....))))))......))))...((..(((.((((((....)))))).))).((((((((...)))))))).....((.((((((((.....)))))))).))))....((((..(((((...)))))..)))).))))))).)))).((((((((.....((((..((((((((.......))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))..)))))))).((((((((((...(((((.((........))..((((.((((((.((..((((((..((((......)))).))))))..(((..(((..(((.((((((((......)))))))).).))..))).((((((((.....))))))))........)))....)).)))))).))))...)))))..))))....))))))................))))))))........))..)))))))..)))......)))))))..(((((((..(((((((((....)))))))))...)))))))..........((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).))))))....((((..((((((......))))))..)))).)))..))..)).))))))...)))))))..(..(((((.....)))))..)......))))))))..))).........(((((((.((.....(((((...((((........((((((...((((.((((.....((....)).((((((((...(((((((....(((...(((....)))....(((((....))))).))).((((((...((((..........((..(((.((((...)))).)))...)).(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......(((.(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...)))..((((..((((....))))...))))..))))..))))))..)))))))....))))))))..))))))))...))).)))....(((......(((((..(((...(((((((....((((.(((........))).))))..))))))))))..)))))((((..(((((((..((((..((....))..)))).....((((..((((....((((((((..........))))))))((((...(((((.((...(((((....)))))(((((....))))).)))))))..((((((.........)))))).........)))).....((((((((((...((((((..((((((((((..............((.....)).......(((((..((((........))))..)))))....)))))).........))))..)))).))....((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...)))))))))).)))))))))).....)))).)))).......)))))))..)))).(((((((......(..((((.....))))..)((((((....))))))....((((((.....)))))).........))))))))))........)))).)))))..(((((.((..((((((((.(((((..((.((((...(((((((.....)))))))...)))).))..))))).)))))))).)).)))))...))..........(((((((((....)))))))))))))))).. |
