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CAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAGUCUUGUCUCAAGGACUAAGCCAUGCAAGUGCCAGUAUGAGUGAAUUGUACAACGAAACUGCGAAUGGCUCGGUAAAACAGCUAUAGUUUCUUCGGGGGUAAUACUACCGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCCCGAAAGCGAGUCUCUCGCGGUACAAAUUGGAGACACAAGCCAAUAUUUUGGUGAUUCACAAUUUUUUUUCUGAUUGCACUUUUUAGUGCGACACCCCGUUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUUUGGAUGGUAAGGUAUUGUCUUACCAUGGUUGUGACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGAGUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUACUAAUUCAGUGAGGUAGUGACAAAGAGUAUCAAUAGGGGGGCCAUCGGCUCUUCUAGUUGGAAUGAGUACAGAGUAAACAAUUUAACGAGGACCAAUAGGAGGGCAAGCCAAGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACUUACUCCUAGGGUGUUUGUUCACAGUGCUGCAGUUAAAAAGUUCGUAGUCGGACCUAUGAGCUGGGCGGUGGUGUGGGCGCAAGCCUGUGGUGCCGCCCGGCUCUUUUGGGGAAAUGGCCGGAGUAGGGUUUUAAGCGGCUUUGCUCCGGGCGUCCCCCGUUUACUGUGAAAAAAUGAGAGUGUUCAAAGCAGGCGAUGAGCCGUGAAUACCAUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGGCCGCUGAUGCCUAUUUUGUUGGUUUCGAGGUGUCGGGCAAUGAUUAAGAGGGACGGUUGGGGUCAUUUGUAUUAAGUCGUCAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUGACGUAAGACAAACAGCUGCGAAAGCGUCUGACAAGGACGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUAUAAACGAUAAGAACUGGGGAUCGGAAGAGUAUUUAAAUAGGGCUCAUCCGGCACCCUCCGGGAAACCAAAGUGUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGAAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAGUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCCGGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGAGCGUGGUAGCUAGGGGACUUGUGCAUUUAUGCACGGGCUUUUUCUCCUUCCUACACGGACUGCUGGCGAAUAGUCAGCGGAAGCCUCAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUUGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUGCACUGAGCGGACCAGCGGGCGAGGAUAGCCGAAAGGUUUUCCGGACCCUUAAAUUCGCUCGUGCUGGGGAUGGAGGCUUGCAAUUGUCCCUCUUGAACGAGGAAUACCUUGUAGGCGUGAGUCAUCAGCUCGCGCCGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGGGUGAGGAGGUGAGAAGUUGGGAGGUGUUGGUUCGGGCCCGCAAGGUGUCUGGGCUAGCGCUAAACUCGUUCAAACCUUAUCAUUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAGAA |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).........................((((((((..................................))..)))))).................................(((((.........)))))..........((((((.(((((.....((((.....))))))))).))))))...........................................((((((......))))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))....(((((...((((((........)))).))...)))..)).....................(((....(((.....)))..)))...............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................)))))).................................................................................................................(((((((((......)))))))))....................................((((...................))))...............(((((((((((((....)))..))))))))))........................................((((.((((((((((((((((...(........)...)).)))))))))))))).......(((((((((.......)))))))))............................................................................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))..................((....(((((((((......................................................................................................)))))))))....))...................................................(((((.(((.((((..(((((((((((.............))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..................))))............................((..((((((((....(((...((((((((....))))))))....)))...)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((.......))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))................((.(((((....))))).)).......... |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((......(((..(((((.(((((((......))))))).))))))))...)))))......................(((((((..((((((........(((((.(((..(((((...........))))).))).)))))............................))))))..)))))))...(((((.........(((((....)))))......)))))....(((((((((((((....))))))....................((((..(((((....((((((((((...)))))))))))))))....)))).............................((.((((........)))).)).(((((.((((.(((.((.(((((........(((.....................................((((((((((...)))))))))).((((.....(...................).....)))).....)))........))))).)).)))...((.......)))))).)))))(((.(((((((((.............(((((....)))))....(((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))....((((..(((.(((((((((((((......))))))))))))).))).))))...))))))))).))).....((((.((((((((((.....))).................(((((((((((((((.(.......))))))))))))).)))..................(((((((((((((((((((((.(((((.(((.((((((.((((......)))).))).))).))).))))).......((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))......((((.................................(((((.((((...........)))).)))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)...((((....))))................))))((((((((((((.((((((...(((((.(((((..(((((((..................((((((............((((((((((((.((..(((((.........(((.....(((........))).....))).....)))))..)).))))).))))).))............))))))..((((.(((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..............)))))))..))))).)))))....)))..)))))))))))))))........................((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....)))))))))))..........))))).))))))))))))))))((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))...........))..))))).)))).......(.(.(((((.((...(((((((.(((((..((((......(((((((((((((((((....)).))))))))))))))).....).)))..))))).)))))))..)).)))))..).)...........((.(((((....))))).))...))))))) |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((.(..((((..((((((........))))))..))))(((.(((((.....(((..........................((((.(.((.....((((.(((..(((((...........))))).))).))))...)).).)))).....((((((.....((....(((((((...........((((((...(((......(((........)))............(((((((....)))))))....(((((((((................)))))))))...)))..)))))).((((((((.............))))))))..)))))))...(((..((.((((........)))).))...))).......))....))))))....(.(((...((((.....)))).))))(((((((((.(((....(((((((((.....))))))))).................................((((.....(....(((((((..((.((..((((.((((..((((((.......)))))..).(((((((.................................(((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))...(((((......(((((((((((((......))))))))))))).....)))))....)))))))......(((((..((((((..(((.....)))......(((((((...((((((((((((((((..........)))))))))))).))))...(((((((((......((((.....((((((((.(((......((((((((.....(((.....(((((........)))))......)))..((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))......................((....))...........((((((......(((.(.((((....((.....(((...(((((.(((.......((((....))))....)))..)))))..)))....))......))))).))))))))).))))))))..))))))))).))......))))....)))))).)))..............((((((((......)))))))))))))))....((((..((((((((....(((((((((((.(..........).)))))))))))........((((((..(.((((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))).....((((((((.....)))))))).)..))))))....))).)))...).))))))))))).)))))...)))).(((.(((((............))))).))).(((.((((....)))).)))....................)))))).))...))))))).....).((((......))))...........((((((((.......))))))))......)))).))).)))))).))).(.(..((...(((((.....((((((((.(((((..(((...((..(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))...))..)))..))))).))))))))....)))))....))...)..)..)))....)))..)).))).).)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....(.(((..(((((.(((((((......))))))).)))))))).).)))))......................(((((((..(((((((.......(((((.(((..(((((.((.....)).))))).))).)))))....).......................))))))..)))))))..((((((..((.....(((((....)))))...)).))))))...(((((((((((((....))))))((..(((((.......((((((((.((((((....((((((((((...)))))))))))))))..).))))..))))........))))).)).....(.((.((((........)))).)).)((((.((((.(((.((.(((((((...((.(((...((.........................)).....((((((((((...))))))))))(((((.....((.................)).....)))))....))).))))...))))).)).)))...(((.....))))))).))))((((.(((((((((((())).......(((((....)))))..(.(((((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))))).)..((((..(((.(((((((((((((......))))))))))))).))).))))...))))))))).))))..(.((((.((((((.(((.....)))).....(((.......((((((((((((((((.(.......))))))))))))).))))..)))....((((..(.(((((((((((((((((((((.(((((.(((.((((((.((((......)))).))).))).))).))))).......((((((((((.....))))))))))........(((((....(......(((((....))))).....)(((((...(((((........................(((((.((((.(.......).)))).)))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)..(((((....)))))......)))))...)))))((((((((((((.((((((...(((((.((((((((((..(((.....)))..)))))..((((((((......(...((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((.(....).)))).)).)))..)).)))))..)).))))).))))).)).....)...)).))))))..((((.(((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))....)))..)))))))))))))))...)))))....(((....)))(.((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....))))))))))).)........))))).))))))))))))))))((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))........)..))))))))).)))).)....((.(.(((((.((..((((((((.(((((..((((..(...(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))...).).)))..))))).)))))))).)).)))))..).)).........(((.(((((....))))).)))..))))))) |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((((((.(.....(((...........))).......))))..))))))..................................((((.((....))))))..................((((.....((((((...))))))))))..................................................((((((......))))))..................................((((((((.......)))))))).........(((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((((.(((((((((((((((....)))))))))))))).)))))))..............((((((((((((......))))))))))))...............................(((((((.....(((.....))).)))))))............(((((((((((((........)))))))))))))............................((((((...((((((((((((.((((((((((((((......))))..))).))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))............(....)(((((........((((.........)))).....)))))............((....(((..(((((((((((.........)))))))))))..)))...((....))..........))..........((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((.....((..(((...................................))).))...(((((..................................)))))..)))))))))....)))).....(((((((((..................)))))))))........(((((((((.((((..(((((((((((((......))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).................)))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((((((....)).)))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((..(((((.(((((((......))))))).))))))))...((((((((((.....))))))...[[[[[[[....))))..(((......))).]]]]]]]...((((....((((((.[[[.....))))))..]]]...........(((((.[[[[(((((...))))))))))(((((((((......(((((....)))))..))).))))))..]]]]...(((((((....)))))))..))))......................((((((((((((((((..((((...[[[[[[[[..)))).......]]]]]]]].(((.....((((((.....((((........))))......)))..))).....)))(((((((..((((((...((((.[[[[)))).))))))......]]]].(((.((((((((((...))))))))))[[[....))).(((...)))]]]............(((..[[[[[[((((.......)))).........)))........]]]]]]..(((((..(((((((((.............(((((....)))))....(((((((((((((....((((....))))....)))))))))))))....((((..(((.(((((((((((((......))))))))))))).))).))))...)))))))))...(((...(((((((.....(((.....))).)))))))))))))))....((((((((((((...[[[....))))))))))))....(((....)))]]]...............((((((.[[[[[(((((.....((((...((((......))))....)))).....))))))))))).((((((((((.....))))))))))..]]]]]....((((.[[[[[[[[(((((....)))))........))))..]]]]]]]]...........((((.(((..(((((.((((.(((....))))))).)))))..)))..[[[[[[........))))..]]]]]]....((((.(((((....)))))..))))............((((((((....((((((.(((((((...))))((((((..(((.....)))..))))))))).)))))).[[[[[....((((....))))....))))))))......]]]]]................(((((...(((((((((((((((.....)))).))))))))))))))))(((((((..((((.(((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....))))))))..(((...))).....)))))))(((..((((...........))))..))))))))))((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....))))))))))).(((((((..(((.[[[[[..)))((((......))))......]]]]](((((((((.....))))))))).....)))))))............((((.[[[[....(((((((.....))).))))))))......]]]].(((((((((((((((.........)))))))))))))))............))))))))))))))))...(((.............[[[[)))(((((....))))).....]]]].... |
|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((((.((.......................((..(((((((((.((...(((((((.....))))))).....)))))..))))))..))............................(((((.(((....)))))))).......((((((((.((((.....((((((...)))))))))).))))))........(((((....)))))....................(((((((.(...))))))))...................(((.(((.(...(.(((((((((.....))))))))).)..)))).)))......(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).)))))))........))..((((((..........))))))....................((.......((((((.(((((((((((((((..))))))))))).))))))))))....((((..(((.(((((((((.(((......))).))))))))).))))))))).....................((((((.((((.......)))).)))))).....((((((..((((((((((((((.....).)))))))))))))...................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))..(((....))).((.(((((....))))).....))....................)))))).(((((((..(((((((((.(((.....))).)))))))))..)))...((....))..))))...............((((.(((((....)))))..)))).................(((.((((.....)))).)))..........................................................(((((((.(((((....))))).)).))..(((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..(((((((((((((......)))))))..)...)))))..)))))).).((((((((.....))))))))....))))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.((((((((..(.((((.((((.((((....)))).)))).).))))..))))))))))...((((((.(((((..........)))))..(.((((((....))))))..((((((((.....)))))))).).....)))))))))...))))).))))))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((.((((((((((((((....)).)))))))))))).))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))............))..((.(((((....))))).)))))))))).) |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..(((((.(((((((......))))))).)))))))).(((..(((........))).)))...((((((.....(((((.........))))).)))))).(((((.....(((((.(((....))))))))...................)))))..(((((...)))))......(((((.........(((((....)))))......)))))..........(((((((....))))))).(((..(((...((((((..(((..(..((((((((((((((((.....((((((......((((((((....((................((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))(...(..(((...)))..)...)..(((((.(((...(((((...........((((.((....)))))).......)))))..))).)))))((((((((..((.........(((((....)))))....(((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))....(((((..((.(((((((((((((......))))))))))))).))))))).)).))))))))..........((((.(((((((((.((((.(((.((.(((((......(((((((((((((((((..........)))))))))))).))))).))))))))))......(((((((((((((((.((((.(((((.(((.((((((.((((......)))).)).)))).))).))))).......((((((((((.....))))))))))............(...........(((((....))))).....((((((...((((((...................((..(((((.((((...........)))).)))))..))((((.(((((.(((.....))).))))).))))..(...((((....))))....).))))))...))))))(((((((((((.((((.((..(((((.((((((((((..(((.....)))..)))))).((((((((....(((((.((((((((((((.((..(((((.((........((((....(........)))))........)).)))))..)).))))).)))))))))))).....)).))))))..(((.((((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).)))).))))).....)).)))))))))))))))....)......(..((....)).).((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....)))))))))))..........))))..))))))))))))))).((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).....)))))))))..)))).)))).)).))))))))(((((((.....))).)))))))))).....(((.(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))...)))......))))))))))))))))).)))))))))...)))..))).((.(((((....))))).)).))))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((..(((((((((((..((((........(((((((((.((..........((..........))...)))))..))))))((.........((((........(((((....(((((.(((....))))))))................(((((.....((((.....)))))))))(((((((((...)..((((......))))...)).)))))).......(.((((((......))))))).)))))..((.....((..((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))....(....)...((.((....))))...))))))..((((.....)))).)).)))).......))))(((((((((((((...)))))))))).)))...)).((.................))))))....(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((...........((((.....................(((..(........)..(.........).)))......................((((((((((......))))).)))))................(((((.......((...((((...))))(((.....))).....))......)))))..............(((((((((..............((...)))))))))))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....))))))).(.......)(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).....)))...(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((..........((.....))(....).(((((...(((..(((((.((((.......((........))..))))....)))))..))))))))(..((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))))))....(((((((((.((((..(((((......(..........).........)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))........)))).)....((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...((((((((....))))))))....)))....))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))))).....)).)))...((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))))))))))).((.(((((....))))).)))))))))... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((......(((..((((..(((((((......)))))))..)))))))...)))))..)).(((((((..........(((((((..((((((...((((.......)))).((((((.....((((((.((....))))))))........((......)).))))))..))))))..)))))))......((....))...(((((....))))))))))))........(((((((.(((((....)))))...(((..(((...((((((..(((.((..((((..((((((((((....(((((((......((((((((...(((..((((.((((((...(((((((.((.((((........)))).)).(((.(((((..((((((((((.(((..((((((...((((.....)))).))))))((((((.....((..(((..(((((...)))))..)))(((..(.((..(((...)))..)).)..)))....((((((..(((..(..((((.(..(((.((((((..(((((.(((((.........((((.(((((((((..((.........(((((....)))))....((((((((((((..(..((((....))))..)..))))))))))))....(((((..((.((((((((..((........))..)))))))).))))))).)).))))))))).))))....((((((...((((((......(((((..........)))))...............(((.((((((((.((..((..(((((..(((((((((..............((((((...((((.(((((.(((.((((((..(((......)))..)).)))).))).))))).......((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....))))))....))))....))))))..((((((((((.....((((...........))))....)))).......))))))..)))))))))....((....)).((((...((((..(....)..)))).((((....))))...))))...)))))..))..)))))))))).))).......))))))((((((((((..(((.....)))..))))))...)))).)))))).))))).))))...(((..((((....))))..))))..)))))).)))..).)))).)..))).)))))).))....))))))..((((((...))))))..)))...((((((((((.(((..(((((((..(((((....)))))..).....))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........))))))..))))))))))))))))))))))))).))))..((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....))))))))))).(((((((((((...((....)).))))....((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).....)))))))..............))))))))))).((((((.....))).))).)))))))....(((.((((((((..(((((((....)).)))))..))))))))...)))......))))))))))..)))))))))))))))...)))..)))(((.(((((....))))).)))..))))))) |
