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CAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAACAACUUUAUACUGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAGUUUAUUUGAUAAUACCUACUACUUGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCGAAAAAACCCGACUUCUGGAAGGGUUGUAUUUAUUAGAUACAGAACCACUGCAGGGCAACCUGGUUACUUGGUGAUUCAUAAUAACUUCGCGAAUCGAAUGGCUUGUGCCGUCGAUGAUUCAUUCAAAUCUCUGCCCUAUCAACUUUCGGUGGUAAGGUAUUGGCUUACCAUGGUUCCAACGGGUAACGGAGAAUUAGGGUUCGAUUCCCGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACUUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGACACAGGGAGGUAGUGACAAAAAAUAACAAUACAGGAUCUUUAAAGGUCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAACCCCUUAACGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUUUUGGAAAUUGCUUACUGGUCGGCCGCAAGGUCUGUACUGGUACGGCAGUUUCUUCUUCUCGAAGGCAGUGGGUGCUCUUAAUUGAGUGUCUACUGAGUUCGGGACUUUUACUGUGAGAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCUUAUGCUUGAAUAUUGCAGCAUGGAAUAAUGGAAUAGGAUCCCGAUCUUAUUUUGUUGGUUUCUAAGAUCGAGAUAAUGAUUAAUAGGGACGGUUGGGGGCAUUAAUAUUUAAUUGUCAGAGGUGGAAUUCUUGGAUUUAUGAAAGAUUAACUUCUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCGUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGAUGAUCAGAUACCAUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGGAUUAGUGGACGUUUAAUAAUGACACCAUUAGCACCUUAUGAGAAAUCAAAGUUUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUCCCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUCACCAGGUCCGGACAUAGGAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGCCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAACCUACUAAAUAGUUACAUGAUUUUCGAAUCAUGGGCAACUUCUUAGGGGGACUAUUGGUGUAUAAUCAAUGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAUGAGGUCAACGAGUAUCAUCCUUCACCGGAAGGUGCGGGUAAUCUUUUGAAACCUUAUCGUGAUGGGGAUAGAUCAUUGCAAUUAUUGAUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGUGAGUCAUCAGCUCGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGGUUUAGUGAGGUCCUCGGACUGGUACAGCGCGUGGCAACACAUACUGCGCCGGGAAGUUGAACAAACUUGAUCAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCUAGU |
Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......)))))..........................(((((((((.......((((..........))))........)))..))))))...................................(((............)))...........((((((.((((.....(((((...........))))))))).))))))........((....((((....)))).......))......................((((..(((....))).))))..................................((((((((.......))))))))..................................((((((..((.((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))))))))).)))...............................................))))).))))..........................................................................((((((((((..................................))))))))))..........(((((((((((......))))))))))).....................................................................................(((((((((((...............)))))))))))..((((((((.((((((......(((.((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))........................((...........)).............................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((..................))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..................................................(((.((((((((....(((......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................(((((.((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((......))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)).)))))................((.(((((....))))).)).......... |
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
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.((((((((((.((((((.(((.(.......................(((((((((..((((((((((((....))))))))))))...)))..)))))).................................((((((..........)))))).........((((((..........(((((...........))))).....))))))........).)))))))))))))))))))......................((.((((((.(((((....)))))))).............(((((((((............((((((((.......)))))))).........))))...)))))............))).))...((((((((.....(((((((((((((((......(((.((.(((((.....(((((...(((((...))))).))))).............(((((((((((((....)))))))))).)))....................................................))))).)).)))........(((...((((((.(((.............................))).))))))....((((((((((((((((((((((....)))).).))))))).))))))))))...(((((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))))......................(((((((.((((......)))))))))))........))).............((((((((((((.............))))))))))))..........................((...............((((((..........................))))))((((((((((((.....))))))))))))................................................................................((((((................))))))........................((((((......((((......)))).........)))))).((((((((.....((((.((((.....)))).))))....................(((((......((((.........(((((((((((................)))))))......))))......))))....)))))...........................))))))))....................((((((((((((((.(((((((....)))))))...)))))))))))))).((((((((.....))))))))..........................))((((...........)))).............(((.((((((((((..(((......((((((((....))))))))....))).))..)))))))))))........((((((..........))))))......(((....)))....(((((((((.....))))))))).................................((((((..(((........))).))))))............(((.(((...(((....)))...))).))).............................)))))))))))))))....))))))))(((((....)))))............. |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...(((((.((((.(((.....(((((..((...)).)))))...((((((...(((((((((........((((......((.........))......))))....))))))...........((((((..........))))))........)))...))))))...........))).)))).)))))(((((((...)))))))...(..(((((((...((((.....(((((.(((.(((.....(((((...(((....(((..((((..........((((((...(((((..(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))....)))))....(((.......)))....((.((((........)))).)).((((....))))...((....))....((((((...(((((...))))).))))))............((((((((((((......))))))))).)))))))))..((((((.....((((((((.........((((((.......((((.....((....)).......))))))))))................(((((((((.......((((((((.(((.(...((((((((((((((((.((((....))))...))))))).))))))))).....((((((..((((((((((((......))))))))))))..))))))).))).))))))))...........((((((.(((......)))))))))))))))))).((((((((((((((((((....)))))))))))))).)))).............................))))))))...........))))))((((((......((((..........))))....)))))).....))))..)))...)))..(((((...........)))))((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((..(((....((((..(((.......))).)))).....)))..(((....)))..)))....)))..))))).....))))))))))).............((((.(((((.(((((((..((....((((.(((.((((((................((((.............))))..........((((((((((((.((..(((((.........(((.((((((..........)))))).))).....)))))..)).))))).)))).)))...........(((((....(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....))))))))..................))))).....((((...........)))).)).)))).))).)))).((((............))))(((.((((....)))).))).........(((..((..((((.........((((((..........))))))...))))))..)))......((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.(..((.(..((((.((....((((((((.(((....((......((((..(((...(((....)))...)))..))))......))....))).))))))))...)).))))...).))...)..)..))))..))))...)))))))..)...)))). |
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.((((.((((.........((.....))...(((((((((.(((..((((((((....))))))))..))..))))..)))))).................................((((((..((....))))))))..............................)))).)))).))))))(((((.....)))))(((.((.(((((((...(((((((((...(......)....))))((((.((((((((((((....)))).................(((((((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))...))))).......)))))))).)))).((((((((..(..((((((...((((((......(((.((.(((((.(..((((((...((((......))))))))))........((..((((((((((((((()))))))))))).)))..))...............(((((...............))))).......)))))).)).))).......((((((((..((((((..........))))))(((.........((((((((.((.....((((((((((((((((((((((....)))).).))))))).))))))))))...(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))..)).)))))))).........((((((.(((((......))))))))))))))))).)))))((((((((((((((....))))))))))))))...(((...(((........)))....)))(((..(((((((((((..............((((((...(.((((..........)))))..))))))((((((((((((.....))))))))))))(.......)((....))............((((.........))))..(((...........)))..(((((((((((((((((((..(((.......))).)))))))........((....))..((((((((((..((...........)).)))))).....)))).....(((((((((...((((.((((.....)))).)))).))..))))))).........((((......(((((...(()..(((((((((((..............())))))))......))))).))))).......))))))))))))))))((((((((.......))).)))))(((....)))..........(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....))))))))...............((((())))))))))))))))..)))......(((....)))...(((.(((((((((((.(((....(.(((.((((....)))).))))...))))))..)))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))...((.((((())))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))).....................(((.......))).(((((((((.(((..(.((..(...(((((.(((.(.(((....))).).))).)))))...)..)).)..))).)))))))))..))))))...))))))..).)))))))).)))))...)))))))..)).)))... |
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((..............................(((((((((.......((((..........))))........)))..))))))..................................(((((..((....)))))))..........(((((..((((.....(((((..(.....)..)))))))))..))))).........................................................((((..(((....))).))))..................................((((((((.......)))))))).......(((((.......((((....))))..((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))....................................((((((...................................))))))................................................((((((((((((((((((((((....)))).).))))))).))))))))))....((((...(((((((((((((......)))))))))))))...)))).......................(((((((.....(((....))))))))))........................(((.(((((((...............))))))).)))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........((((((........((((.........)))).....)))))).................(((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....)).......................(..(((((....)))))...)............((((....(((((((((........((.....)).......................................(((((..................................)))))..)))))))))....))))...........((((................))))..............((((((....((((..((((.(((((((....))))))..).))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..........................................))))))..(((.(((((((.....(((......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))))(..((((.((...((((((((..(((..((.(..(...(((((((((...(((....)))...)))))))))...)..).))..)))..))))))))..)).))))...).........((((..........))))..))............ |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((.(((((((((.((((....((((((((...))).)))))..(((((((...((((((((....)))))))).............((((((((((..((((...........))))))))...((((((..........))))))......))))))..))))))).........)))).)))....(((((((((.....))))))..)))...))))))))))).)))).......(((((........((((.((((((((((((....))).....(((.....)))..(((((((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....)))...))))))......))))))))).)))).((((((((.....((((((...((((((......(((.((((..((((........((((((((...)))...(((((((((............((((((((((....))))))))))...(((((..............((((((((((((((..........(((((((.(((((((..(((((......(((((((((.....)))............((((((((........((((((((.(((....((((((((((((((((((((.........))).))))))).)))))))))))))(((((((..(((((((.((((......)))).)))))))..))))))).....))))))))..........(((((((.(((......))))))))))))))))))))))))....(((((((((....))))))))).....(((((((.(((((......)))))..))))))))))))..)))))))........(((.(((((((.....((((..........))))...))))))))))....))))))).......)))))))))......(((....))))))))......((((.........))))..........(((.(((((.........(((..(((((((.((((....))))...)))))))..)))..(((....))).))))).))))))))(((......((((((((((((.(((...)))..((((((((((((......(((((((((((.(((((...))))).))))........(((((......(((((...(((..(((((((............(((((((....))))))))))))))..))))))))....)))))......))))))).........))).)))))))))(((....)))....))))......((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))))))))..((((((((.....((((((((((((.....(((....))).....)))))))).))))(((((((....)))...(((.(((((((((((.(((......(((.((((....)))).)))....))))))..)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....))).((((((((((((.....))))))))...)))))))))))))).))))))))....))))))))))))...))))).........(((.((((....))))..))).))))(((....)))...)))))))...(((((.....)))))...........))))))...))))))....))))))))(((((....)))))....))))).... |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((.((((((.(((......(..(((......)))..).(((((((((..((..((((((((....))))))))..))...)))..))))))......(((((.((.....)).)))))......((((((..((....)))))))).((((....((((((.(((((.....((((..((...))..))))))))).))))))....))))..)))))))))))))).))).(((.(((..(((........((((.((((((.(((((....))))).((.((((......)))))).((((((..........((((((((.......)))))))).((((...((.....))..)))))))))).)))))).)))).((((((((.....((((((...((((((.((((.((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....))))))))).))))....................((((..(((.......)))))))))..))))).)))).((.((((((((((.(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))....((((((((((((((((((((((....)).))).))))))).))))))))))...(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))...))))))))..........(((((((((.(((......)))))))))))))).)).(((((((((((((((((((....))))))))))))))..))))).((((........))))....(((.(((((((((((................(((((((.....((((..........))))...)))))))(((((((((((.....))))))))))).........(((....))).(((((.((....((((...((((((..(((((((((((((...(((..((((((((((((.((((((.((((....))))...))))))...............((((..((((((((((((..((((.......))))..))....))))))))))..))))(((....((((((((((((((.(((...((..(((((((((.........((((....)).)).(((((...........)))))..))))))))).)).....))).))))).....)))))))))....)))))))))))))))..)))........))))))).((((((....)))).))......(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))))))))))))))))))...)))).(((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))))(((.((....))))).(((.((((((((...((((......(((.((((....)))).)))......))))..)))))))))))..(..((.((((((..........))))))))..).(((....)))(((.(((((((((.....))))))))).))).)))))))))))).....)).))))))).((((((..(((........))).))))))..))))....(((((.(((...(((....)))...))).))))).(((((.....)))))...........))))))...))))))....))))))))(((((....))))).)))..))).))) |
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((.(((((((((.((((.....................(((((((((..((..((((((((....))))))))..))...)))..)))))).................................((((((..((....)))))))).........[[[[[[..........[[[[[)))).)))...]]]]]((((.]]]]]])))).......{{))))))))))aa)))).............................((.(((((....)))))))..............(((((.(((............((((((((.......)))))))).........)))....))))).....................((((((((.....((((((...((((((.......................(((((....((((...))))..))))).............(((((((((((((....)))))))))).))).............................................................(((.......(((((........................(((((.((.......bbb.bb..........(((((((((((((((((.((((....))))...))))))).))))))))))...(((((((..((((((((((((......))))))))))))..))))))).....))BB.BBB..........((((((.((((......))))))))))..))))).))))).(((((((((((((....)))))))))))))..........(((........))).....<<<<<))).........................((((.ddddddd....................)))).((((((((((((.....))))))))))))........(((....)))................................................(((((((((((...((((((..(((.......))).))))))........(((....)))........................................................(((....(((((((((........((.....)).....................................................................................)))))))))....)))..)))))))))))...........................................(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....)))))))).............................(((...........)))..................(((((((((((.(((......(((.((((....)))).)))....))))))..))))))))............(((((..........))))).........DDDDDDD.....(((((((((.....)))))))))......>>>>>......................(((((...((......cccc))..)))))..........(((((.(((...(((....)))...))).)))))..(((.......)))....CCCC....))))))...))))))....))))))))((AA........))}}........... |
MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((.((((((.(((.............(((...)))...(((((.(((..((..((((((((....))))))))..))...)))...)))))......(((((.((.....)).)))))......((((((..((....)))))))).((((....((((((.(((((.....((((..((...))..))))))))).))))))....))))..)))))))))))))).))))....(((....(.........(((.((((((.(((((....)))))))).............(((((((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))...)))))............))).)))..((((((((.....((((((...((((((......((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))....................((((...((.......)).))))....))))).)))).((.((((((((((.(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))....((((((((((((((((((((((....)).))).))))))).))))))))))...(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))...))))))))..........((((((((.((((......)))))))))))))).))..((..((((((((((((((....))))))))))))))....))..((((........))))......((((((((((..........))))))))))((((((.....((((..........))))...))))))((((((((((((.....))))))))))))................................((((............(((...........)))..((((((((((..(((((((.((((....))))...))))))).......(((....)))...((((((((((((..((((.......))))..))....)))))))))).....((((....(((((((((......(((((...)))).....)..........((.........))...(((...........)))..........((..........))...........)))))))))....)))).))))))))))..............))))..........................((..((((..(((..(((((((....)))))))....)))..))))..)).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..))).))))))).....(((((((....)))...(((.(((((((((((.(((......(((.((((....)))).)))....))))))..)))))))))))..(((((.((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).......)))))))))..............((.((((((..(((........))).)))))).(((....))).......(((((((....))).....)))).)).(((((.....)))))...........))))))...))))))....))))))))(((((....))))).)....))).... |
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..((((.(((((((...(((........(((((((((.((....((((((......))))))......)))))..))))))........(((.....(((....((((......((((((..((....))))))))................((((.....(((((..(.....)..)))))))))((((((((......((((...(((......)))......))))...)).)))))).......(.((((..(((....))).)))))..))))...)).)..))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))...((....))..((.((....))))...))))))..(((((...))))).))................(((((((((((((....)))))))))).)))......((.................))))).....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.((......(.((...((((...............((...((.....)).))...........(.........(((......))..)..)..((((..(((......)))..))))(.....).......(((.(((((.......((...((((...)))).((....)).....))......)))))......))).....(((((((((((...............))))))))))).((((.......(((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...((((((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...........((.(((((((((((((.((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))(..(((((..((.(......((........))..))).....)))))..)))))))....((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))....(((((((((.((((..((((((.((..(.....).).)..))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))........)))).(((..((((..((.....))))))..)))........(((.(((((((.....(((......((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))))).....)).))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((........)))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))(((.(((((....))))).)))))))))... |
PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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