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AACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGACUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAAUGUUAUACAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAACAGUUAUAGUUUAUUUGAUAAUCGAAUUUACAUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCUGGUUAGCCUGACUUUUGUGGAAGGGCUGUAUUUAUUAGAUAACAAACCAAUAUUCCCCGUGUCUAUUGUGACGACUCAUAAUAACUGAUCGAAUCGCAUGGACUUUGUCCGCGAUACAUCAUUCAAGUUUCUGCCCCAUCAGCUUUCGAUGGUAGUGUAUUGGACUACCAUGGCUUUAACGGGUAACGGAGGAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGUAAAUUACCCAAUCCUGACUCAGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAACGGACCGAAGCCUAUGUUUCGGGAUUGCAAUGAGUAGAAUUUAAACCCCUUUACGAGGAUCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUUUCUGGGAGGGUGCCAAUGUCCGCUCGUUUGCGUGUGCAGCGGCGCCCUUCCAUCCUUCUGUUAACGUUUCUUGGUAUUCAUUUACUGGUUUCGGGCUCAGAUACUUUACCUUGAGAAAAUUAGAGUGUUCCAGGCAGGCUUGCGCCGGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACUUUAGUCUCCUUUGUUGGUUCGAGGGACUGAAGUAAUGAUUAAUAGGGAUAGUCGGGGGCAUUAGUAUUUAAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUCGGAUUUGUUAAAGACUAACUUAUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCAAAGACGAUCAGAUACCGUCCUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGGAUCGGAGGCGCGCUUUAUCCGCCUUCGGCACCUUAUGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCUUGCGGCUCAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCCAGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAGCCUACUAACUAGUCGAACCAAUCUCCGAUUGGCUGCGACUUCUUAGAGGGACUUUGUGGGCCAAACACAAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGACGCAUACAGCGAGUACGUCCCAGCUCCGCGAGGCAGCUGGUAAUCAGCAAUAUGCGUCGUGAUGGGGAUAGAUCUUUGGAAUUAUAGAUCUUGAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUUACCUUGCGCUGAUUAAGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUUCGAGUGGUCCGGUGAACCUUUUGGACUGCGCGAGGCCCCGAGCCUUGUGCGGAAAAUCAAGUAAACCAUAUCACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.......(((((.....)))))........)))..))))))..................................(((((..........)))))..........((((((.((((.....(((((.............))))))))).)))))).......(((.....................))).....................((((..(((.....)))))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))....(((((..((.((((........)))).))...)))..))..........((((((....((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((....)))))))).)))....................................(((((.....................................)))))....................................................................................................................((((((......))))))..............................................................................((((((((((.((....)))))))))))).....................(((((...................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......(((((((((.......)))))))))..))))).....................................................................(((..((((((((...........))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((..................))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........................................))))))...(..((((((((......(......((((((((....)).))))))....).....)))))))).)....((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................(((((.((.....(((((((((((((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).)))......... |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))).............(((.....)))..(((((((((.......(((((.....)))))........)))..))))))......(((.......)))..........(((((((..(((((....)))))..)))))..))...(((........)))(((((..(.......)..)))))...................((.(((((((((.....((((((((....))))))))..((((.(.(((((..((((...))))))))).)))))............((((...((((((((((((((((.......)))))))).........(((((...(((.(((.((((((((..((((.(((((((.((((((((((......((....(((((.(((.((.(((((....((((((...((((......))))))))))................(((((((....)))))))........................((((((.............))))))........))))).)).)))...(..(.(((((((.(((((((..........))))))).(((......)))...))))))).).)((((((((((((..(((.(((..(....)))).)))..)))))))))))))))))..))...))))))))))).))).))).))))..)))))))).))).)))))))).........(((.(((((((.(((.(()...))))))))))).)))....................(((((((((((.((.(......))))))))))))))..((((((((...............(.(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).....).((((((((((.....))))))))))))))))))....)))))))).)))).(((((((((.........).((((((((.....((.......))..)))))))).(((((((((.........)))))))))...................)))))))).......)))))))))))((....)).............(((((((((...((((.((((.....)))).)))).))..))))))).........................)(((...........)))..............................(((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).))))))))))))))))........((((.((((..(((((.(((((((...)))))).).)))))..)))).))).).(((((.......)))))(((.(((((((((.((.((((())))).))).)))))))).)))......((((()))))..(((.((((((((..((((.......((((((((....)).))))))...)).))..)))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))...((.((((())))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).))))))))))(.(((((.((....(((((((((..(((..(.(((.....(((((((((((.....)))))))))))......))))..)))..))))))).)))).)))))..).(.......).((((.(((((....))))).))))........ |
|
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((((((.((....(((((.....)))))......)))))..))))))...................................((((..((....))))))..................((((.....(((((..(.......)..)))))))))((((((........((((...(((....)))......))))......)))))).........((((..((.......))))))..................................((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))...(((((((..((((((........)))).)).).)))..)))..((....(((((((..((((((...((((.....)))).))))))............((((((((((((..))))))))).)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((((((((((.(((((((......))).).)))).))))))))))))......(.(...((((.(((((((......)))))))))))...).)..........................(((((......(((....))).))))).............((((((((((((.(....)))))))))))))............................((((((...((((((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).))).........((((((((((.....)))))))))).................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((....(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))...((....))..........))).........((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((.....((..((((......................((....))...)))).))...(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((((((((((.....))))))).)))))..)))).....(((((((.......)))))))....))))))...............)))))))))...)))))).........))))))).(((.(((((((...(..((.......(((((((....)).))))).....)).)...))))))))))..((((((.((((............)))).....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))))..............))))))..(((((.((.....((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((.)))))))))))))....).))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))........(((((((...........(((((.((((((....((((((...))))))..............((((((((((((((.......))))......)))).(((((..(((((....)))))..)))))..))))))..))))))))))).((((..(((((((((...((((((.....((((......((((.....(((((((...((((((((....))))))))..(((....(((((..((((...))))))))).......)))......(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))))))).)))....))))...((((.....))))..))))...)))))).)))))...)))).)))).)))))))(((..((((((...(((((...))))).))))))..[[[......)))..(((((((....)))))))..]]].(((((.........(((((...(((((((((((((..(((((((..((((((.(((.........(((((((((.(((.....)))............(((((.(((((((.(((.((((..........((((((((((((..(((.(((........))).)))..))))))))))))((((((((((((..((((((((((......))))((((((((......((((((..((((............(((((((.(((........))))))))))....((((((..........(((((((((((((.((((.........)))))))))))....((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))...((((....)))).)))).....)))))..))))))))..(((....)))....((((......)))).......))))))...(((....))).)))))).(((((((..(((((((((.........)))))))))..)))..(((....))).))))...........))))))))))..........))))))))..))))))))))))))))))..((((.....))))....)))))))...))))))))))))..))))...))))).)))))))))........((((....))))....))))))).))))))).((((((((((((((((((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))..........(((.((((..(((((..((((((...))))))...)))))..)))).)))........)))))......((((.((((((((.....(((....))).....)))))))).))))((((.(((....)))..(((.((((((((..(((....))).((((((.........))))))..........)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))))))..))))).))))))))))..(((((.........(((((((..(((......(((((.(((((((((((.....)))))))))))....)))))...)))..)))))))......)))))...))))))...)))))..(((((....))))).......))))). |
|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............(((.......(((.....)))...).....)).((.....((((((((.......))))))))))(.((((((((......((((...................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....)).))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((....)))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........((...(.(((...(.(.((.....))...(..).).)).)))))..((....)).......((((.(((((......)))))..))))............((((((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..))).........(((((((((.................).))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.((...))...))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.......(......(((.((((....)).)).)))....)......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(..((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((................((((.(((((((.(.(((........(((((((((.......((....(((......)))...)))))..))))))((.....................(((........(((((..((....)))))))...................((.....((((((...........))))))))((((((((((......((((...................))))...)).)))))))).....(.((((...((.....)).)))))...)))(((......(((.((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))...((....))..((.((....))))...))))))..(((((...))))).))))).............(((((((((((....)))))))).)))))))).((.................)))))...).((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((.(((.......(.((...(((((............(((((((.......)...............)....)))))..((....))........(((((((((......)))))))))(....).........(.(((((.......((...(((.....)))(((....)))....))......)))))...)..........((((((((((...............)).))))))))..(((.......(((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..((((((((.(......)..))))))))..)))...((....))..))).....))).)))((((((((..((((....))))...)))...............(((((((((((.....))))(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((((............((...(((......)))...)))))))......((.((((((((((((...((.((..((....))..))(((......)))...)))))))...(((((.(((.((((..(((((.(....((.)).....)...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........)))))))))).)))).))).(((.(((((((.......(......((((((((....)).))))))....)......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))).)))..(((((((.((..(..((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)).)))))))((((((((((....))))))))))........ |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((............(((....)..(((.....))).........)).((.....((((((((.......))))))))))(.((((((((......((((...................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....)).))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((....)))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........(((...(.(((...(.(.((.....))...(..).).)).)))))).(......).......((((.(((((......)))))..))))............((((((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..))).........(((((((((.................).))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.((...))...))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.......(......(((.((((....)).)).)))....)......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(..((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((........(((.....((((.(((((((..((((...(((..(((((((((.......((....(((......)))...)))))..))))))................)))....(((........(((((..((....)))))))...................((.....((((((...........))))))))((((((((((......((((...................))))...)).)))))))).....(.((((...((.....)).)))))...)))(((......(((.(((...((((....((((((((.......)))))))))))).....((((((((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))...((....))..((.((....))))...))))))..(((((...))))))))))).............(((((((((((....)))))))).))))))...((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))))))))))))).........(((((.....(.((...(((((......(.(...(((((((.......)...............)....)))))...).)...........((((.(.(((......))).).)))(....).....)..((.(((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))...)).........((((((((((...............)).))))))))..(((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))....))....(((.((((((..((((((((...........))))))))..)))...((....))..))).....))).))))))))....(((((((...)).................((((((((((((((((.....))))(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((((............(((..(((......)))..))))))))......((.((((.(((((((...((.((..((....))..))(((......)))...)))))))((((((((.(((.((((..(((((.(....((.)).....)...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........))))).))))))........)))))))))).)))).))).(((.(((((((.......(......((((((((....)).))))))....)......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....)))))((((((.((..(..((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....).........((((((((((....)))))))))))))))... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((((.....(((.(((((((((((((...)))).)))).))..))).))).((((((...))))))...((((((((((.(..(((........((((((.(((((((((((....(((((.((((((....))))).)))))).(((((((.(.((..(((.(((((((.(((....((((.....(((((((...)))).)))........((.(((((((.((((((((....))))))))..((((...(((((..((((...)))))))))..)))).(((((((..(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))).((((......{{{)))).((((..(((.((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))................(((((((....)))))))..((((..[[[))))...]]]...(((((((...........)))))))...))))).))))...((((((((....(((((((.(((((((..........)))))))(((((....)))).).)))))))....((((((((((((..(((.(((......)))...)))..)))))))))))).((((((((((..(((((((((((......))))((((((((.......(((((..((((.((((...(((.(((((((.(((........)))))))))).)))((((((......(((.(((((((((((((.(((.((......))))))))))))))..((((((((.(((((.(((...(((((((((.((((((.(((.(((((...).)))).)))..)))))).)))))...((((....)))).))))...)))).))))))))))))..(((....)))....((((......)))).........)))).)))..........))))))..........(((((((((.........))))))))).......(((....)))...........)))).)))))))))...........))))))))..)))))))))))))))))...((((.....))))...)))))))).)))))))}}}.)))))))))...........)))).....))).))).)))))))..))))))))))............((((((((((((((.(((.......(((((((((.((((...((((.(((.............))).)))).)).)))))))))))(((((..((((((...))))))...)))))......((((((((.((((..........((((.((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).))))...))))...((((((.......(((.....)))))))))(((((..(.(((((.((((((((...)))))....))).)))))))))).).((((((..........))))))......(((....)))....(((((((((....).))))))))....)))))))))))...))))).)))))))))(((((.((((((....)).))))...)))))..........(((((((((((.....)))))))))))...))))))))))).)))..))).........)))..))))).....)))))).(((((....)))))...)))))))))) |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........))).....................((((...((((((...............................(((....(((((.......................................(((....)))(((.....))))))))..(((..((.....(((((.............)))))....((((((........((((...................))))......))))))...........))..............((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((....)))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).))))................................................................................................................................)))......)))(((....)))...........)))))).............(((.............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.............)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((......................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)......((..((((....)).))..))...........))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((......(((.(((..(((..((.(..(...(((((((.............)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).....................((((.........................................((((.((((((.......................................(((....)))(((.....)))))))))....((((.....(((((.............)))))))))((((((........((((...................))))......)))))).........)))).............(((((.................................((((((((.......)))))))).........((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...))).(.(((((..((.(((((((....((((...((((.....)))).))))(((.(............((((((((....))))))))..(((..((((.............................(((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))..............(.(((((.(((((((...(((.((((((................................................................................................................................((((((......(((....))).))))))........(((.(((((((((((.(......)))))))))))).)))...............))))))...)))..(((((.((((...(((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))......(((((((((((((.....))))))))))....(((....((....)).....(((((....))))).))).((((((...((((..((.........(((....(((..((((((((...........))))))))..)))...((....))..........)))......))((((.(.(((....)).).).)))).))))...))))))....)))((((.....)))).)))).)))))...))))))))))))).......)))))))(((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((...(((......................)))...)))))))..(.((..((.....))..)).)....))))))........))))))......))))).)))).)))))))))))))))))).(((.(((((((.......(......(((.((((....)).)).)))....)......))))))))))..((((((.((((............))))....((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))).).......)))))))))((((.((.....((((((((..(((..((((..(...((((((((..(.....)..))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....((((((.....((((((...........(((..((((((....(((((.....)))))..............((((((....((((.......))))...........(((((..(((((....)))))..)))))..))))))..))))))..(((.((((..(((.(((((...((((((.....((((....(.((((.....(((((((...((((((((....))))))))..((((.(.(((((..((((...))))))))).)))))..........(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))))))).)))....)))).).((((.....))))..))))...)))))).)))))...)))..))))))).)))......((((((...(((((...))))).))))))))))))..........(((((((....)))))))))))))..............(((((...(((((((((((((..(((((((..((((((.(((.((....))(((((((((.(((.....)))..........((.((((.(((((((..((((.(.((.((.....((((((((((((..(((((((......))).).)))..)))))))))))).((((((((((..(((((((.(((......))).((((((((.((..(((((((((..((....))..)))))))))...(((..((((.(.((((((..((...((((((......(((.(((((((((((((.((((.(.....).))))))))))))...((((((((..(((((..(...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))....((((....)))).))))..)..)))))..))))))))..(((....))).((.((((......)))).....)).))))).)))..........)))))).((((.((..(((((((((.(......))))))))))..))...(((....))).))))..))..)))))).).))))...)))...)).))))))))..)))))))))))))))))...)))).).)))).((((.....))))..))))))))))))).))))...))))).)))))))))........((((....))))....))))))).))))))).(((((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))......(.(((((.(((.((((..(((((..((((((...))))))...)))))..)))))))..(((((((.......))))))).....))))))......(((((((((((..((..(((((((((.(((((....)).))).(((.((((((((..((((.......((((((((....)).))))))...)).))..)))))))))))...)))))..))))..)).))))))))))).))))).(((.....((((.((((((((.......)))))))).))))..)))..)))...))))).))))))))))..(((((.((...((..((((((..(((...((....)).(((((((((((.....)))))))))))............)))..))))))..)))).)))))...))))))...)))))..(((((....)))))...)))))))... |
|
RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((..(((.(((.((..((((....)))).......)).)))...))).........)))).((((((....((.........(((...(((....))).)))...))..))))))....((((......((((..........)))).))))...((.((......((....(......)....)..))).))....((.(........)).).......(((...............)))..........(...........)...........((.....(.(...((((.........)))).))..))...............(((.............)))..............((((......((...((.(((((....(((((.(((......((((((.......((.....................))...........)))))).)).......)....((((((......))))))................((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).))))).....))(((..(..))))....(((((((...(((((..(..((((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))))))).....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..(((((...(...(((.((((((..(((((((..........))))).))..))).............))).....)))...).......))))).....))))).)))))...))....))....))))(((...(((..((.(.(((((.....))))).)))))))))........(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...).................(((.(((((((..(((.......((((((((....))))))))....))).....))))))).)))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))....................((((((((..((((((...(((...)....).......).............)..).)).))..))))))))............(.((((((....))))))).......... |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((.....)))))............................................................................................................................................................................................................................................................................................))......((((......(((...(((.((((.((....((((((......))))))......))))))...))).............................................(((....((((....(((.(((.......((((......((((............)))).))))((((.....((((...((((....))))......))))....).)))........(...((((.((((.....)))))))).)......(((((((((((.((((((.(((.....(((((((.......))))))).)))...)))))).))))((((....))))..(((.((((.(.....)...))...))....))).......((.(.(((((((..))))))).).)).............((((((.(((((.((((......(((...((.(((((((....(((((((.((.....((((((..(((...((.................)).......)))..)))))).)).........((((.....((((((((..........))))))))........))))...))))))....((((..(((((...(.(((((.....))).))......).)))))....))))....(...((((((((.(((......)))........)))))))).)(((((((...(((((..(...((((((((((((..)))))))).........(.(....))..)))).)...)))))...)))))))((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...).)..((((((..(...(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..))).............))).....)))...).......))))))..)..))....)))))...)).....)))...)))).......)))))...))).)))....))))))))))......)))...))))...)))(.((((..(((((.(............................)..)))))..)))))..(.((((((((.....))))))))...)........................((((...((...)).))))(.((((((((...(((((.......((((((....))..))))....)))))....))))))))...).((((((((((............)))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))........................(((((((...((((((((..((..(((..(((((.).......))))..........)))...))..))))))))..))))).)).)))...)).))(.((((((....))))))).......... |
|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...............................(((((.((((((....((((((...))))))..............((((((..............................(((((..(((((....)))))..)))))..))))))..))))))))))).((((..((...((((...((((((...............((((.....(((((((...((((((((....))))))))..((((.(.(((((..((((...))))))))).)))))..........(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))))))).)))....)))).........................)))))).)))).....))..)))).............((((((...(((((...))))).))))))................(((((((....))))))).....................((((...(((((((((((((..(((((((..((((((.(((.((....))(((((((((.(((.....)))............(((((.(((((((..((((.(.(.(((.....((((((((((((..(((.(((......)))...)))..))))))))))))(((((((((((..(((((((((((......))))((((((((.((...((((((((............))))))))....(((..((((.(.((((((..(....((((((......(((.((((((.((((((.(((..(......).))))))))).....((((((((..(((((..(...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))....((((....)))).))))..)..)))))..))))))))..(((....)))....((((......)))).......)))))).)))..........)))))).((((.((..(((((((((.(......))))))))))..))...(((....))).))))...)..)))))).).))))...)))...)).))))))))..))))))))))))))))))..)))).).)))).((((.....))))..))))))))))))..))))...))))).)))))))))........................))))))).))))))).(((((((((((((((.(((........(((..(((((.(((.......)))..)))))..)))........((((..((..((((..(((((..((((((...))))))...)))))..))))..)).(((((((.......)))))))......))))........((((((((((..((..(((.(((((..((((....)).))..(((.((((((((..((.........((((((((....)).))))))......))..)))))))))))...)))))...)))..)).)))))))))).....................((((((((.......))))))))............)))...))))).))))))))))..(((((.((...(..(((((((..(((............(((((((((((.....)))))))))))............)))..)))))))..))).)))))...))))))...))))...(((((....)))))...)))))))... |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....((((((.....((((((...........(((..((((((....((((((...))))))..............((((((....((((.......))))...........(((((..(((((....)))))..)))))..))))))..))))))..(((.((((..(((.(((((...((((((.....((((......((((.....(((((((...((((((((....))))))))..((((...(((((..((((...)))))))))..))))..........(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))))))).)))....))))...((((.....))))..))))...)))))).)))))...)))..))))))).)))......((((((...(((((...))))).))))))))))))..........(((((((....)))))))))))))..............(((((...(((((((((((((...((((((..((((((.(((.((....))(((((((((.(((.....)))............(((((.(((((((.(((.(((((((..(((((((((((((((((..((..(((........)))..))..))))))))))).(((((((((((..(((((((.(((......))).((((((((.((..(((((((..(((..((((.......(((((((.(((........))))))))))....((((((......(((.((((((.((((((.((((.........)))))))))).(((.((((((((.(..(..(((...(((.(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))...((((....))))..)))...)))..)..)))))))))..(((....)))....((((......))))...))).)))))).)))..........)))))).((((.((..(((((((((.........)))))))))..))...(((....))).))))......)))))))..))))...)))...)).))))))))..)))))))))))))))))).......))))))..))).)))))))...))))))))))))..))))...))))).)))))))))........((((....))))....))))))..))))))).(((((((((((((((.((((((((...(((..(((((((((.......))).))))))..)))........(((((((((.((((..(((((..((((((...))))))...)))))..)))))))..(((((((.......)))))))....)))))).......(((((((((((..((..(((((((((.(((((....)).))).(((.((((((((..((((.......((((((((....)).))))))...)).))..)))))))))))...)))))..))))..)).))))))))))).))))).(((.....((((.((((((((.......)))))))).))))..)))..)))...))))).))))))))))..(((((.((...((..((((((..(((...((....)).(((((((((((.....)))))))))))............)))..))))))..)))).)))))...))))))...)))))..(((((....)))))...)))))))... |
