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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00370



RNA: CRW_00370
Rfam family: SSU_rRNA_eukarya

UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUGCAAGUAUGAACUAAUUCGAACUGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAGUUUGUUUGAUGGUACGUGCUACUCGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCAACAAACCCCGACUUCCGGGAGGGGCGCAUUUAUUAGAUAAAAGGCUGACGCGGGCUCCGCCCGCUGAUCCGAUGAUUCAUGAUAACUCGACGGAUCGCACGGCCCUCGUGCCGGCGACGCAUCAUUCAAAUUUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGGAUAGGGGCCUACCAUGGUGGUGACGGGUGACGGAGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGACACGGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACAAUACCGGGCGCUUUAGUGUCUGGUAAUUGGAAUGAGUACAAUCUAAAUCCCUUAACGAGGAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUUAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGACCUUGGGCGCGGCCGGGCCGGUCCGCCUCACGGCAGGCACCGACCUGCUCGACCCUUCUGCCGGCGAUGCGCUCCUGGCCUUAACUGGCCGGGUUCGUGCCUCCGGCGCCGUUACUUUGAAGAAAUUAGAGUGCUCAAAGCAAGCCAUCGCUCUGGAUACAUUAGCAUGGGAUAACAUCAUAGGAUUCCGGUCCUAUUGUGUUGGCCUUCGGGAUCGGAGUAAUGAUUAAUAGGGACAGUCGGGGGCAUUCGUAUUUCAUAGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUUAUGAAAGACGAACAACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUGGGGGCUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCCUAGUCUCAACCAUAAACGAUGCCGACCAGGGAUCGGCGGAUGUUGCUUAUAGGACUCCGCCGGCACCUUAUGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGGGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUUACCAGGUCCAGACAUAGCAAGGAUUGACAGACUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUCAGCCUGCUAACUAGCUAUGCGGAGCCAUCCCUCCGCAGCUAGCUUCUUAGAGGGACUAUGGCCGUUUAGGCCACGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCGCACGCGCGCUACACUGAUGUAUCCAACGAGUAUAUAGCCUGGUCCGACAGGCCCGGGUAAUCUUGGGAAAUUUCAUCGUGAUGGGGAUAGAUCAUUGCAAUUGUUGGUCUUCAACGAGGAAUGCCUAGUAAGCGCGAGUCAUCAGCUCGCGUUGACUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAAUGGUCCGGUGAAGUGUUCGGAUCGCGGCGACGGGGGCGGUUCGCCGCCCCCGACGUCGCGAGAAGUCCAUUGAACCUUAUCAUUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUG
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...[[[.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((...........))...)))))......(((......((((..((..((....(((............((((....(((((((.....))))))).....))))......(((((..((...))..)))))....((((((........((((..((((((...)))))).....))))......)))))).........((((.((((......))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((....)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...<.((((...((((......(((((((((.((((((((.((((....))))...)))))))))))))))))....(((((...((((..(((((((......)))))))..))))...))))).............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((.((((((((....))))))))...))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))..)).))))))))))...(((((((.....(((.......((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......((((((.(((....((((..(((((((((...((((((((((..((((((((.(((....)))....(((((((((..((((..((((...))))....))))))))))))).......))))))))...........((((..(((((((....((((((.((((......((((..((...))..)))).)))).))))))......((((...(((((((((.((((..(((((((.((((..((((..((((..((..(....)..))..(((((((((....(((..((...(((..(((((..(((((((((((((((((.......))))))))..((((...(((((((((......(((((.((((((((((...((((((........)))).))...)))..))))....((((((((((....................(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..)))))...(((((.((((.....((((.((.((((((((.((....))))))...)))))).(((((((..........)))))))..........)))).....))))))))).)))))..((((((.(.(((.....)))).))).))).)))))))))))))...(((((.(..(((..(((((((......)))))))..)))..).))))).)))))))))..............(((.....))).))))..(((((((................((((((.(((((((....))))))).)))))).((....)).)))))))..((((((((..(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))....))))))))))))))..)))...))...)))...((((((....((((......((((.((.....)).))))......))))....))))))..)))))))))....))))..)))).)))).))))))).)))).)))))....))))..))))..........)))))))))))..((((.((((.....)))).))))..))))))))))((((......(((....)))....)))).))))).)))).....)))).((((.((((.((......))))))..(((((((((((((.(((......(((((((..(.((.....((((.(((.....((....))))).))))....)))..)))))))....(((((((......))))))).............((((((..(((((.....)))))..........(((((.(((((.((.((((.(((((...........))))))))).))....((.((((.(((((..((((......((((((.((....)).))))))...))))........(((....))).))))).)))).))....))))).(((((...))))).)))))(((.(((((((((.....))))))))).)))..)))))))))...))))).))))))))....(((((.((..(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))......))))..)))..))))))))).)).))))).)))).......))).((((((((....)))))))).)))))).))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................((((......))))......................................((((((((.......)))))))).............................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((((....)))))))))).......................................(((((((...................................)))))))...................................................................................................................................................................................................................................(((((((((((...............)))))))))))................((((((((((.((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))......................((((((((...............)))))))).......(((....)))................................................................................))))))))))......................................................................................................................................................((((((..........((((((((((((......)))))))..)))))..............(((((.....))))).......))))))....................................................(((((.................(((((((((....)))))))))...............)))))..........((((((..........))))))...............((((((((((((((.....))))))))))))))...............................((((((((..(((((((((..........................................................................))))))))).))))))))..............((((((((((....))))))))))........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).................................................................................................................(((((..........)))))...................((.....(((((...........)))))))...................................................................((((..(((......))).))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))....(((((..((.((((........)))).))...)))..))....................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((....)))))))))).)))....................................((((((...................................)))))).....................................................................................................................(((((((......)))))))............................................................................................((((((((...................))))))))....(((((...................(((((.((((((((.....................)))))))).))))).......(((((((((.......)))))))))..)))))........................((((.........))))............................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((((((((......)))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).................................................((..((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))).))..(((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))))....................(...((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((........))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))....)..........(((.(((((....))))).))).........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))....(((((((.((...............)).)))))))...(...(((....)))...)...............................................(((((((...(((((((.((....)).))))..)))....)))))))......((((.......)....))).........................((((((...)))))).((((((.(((...........))).)))))).......................................................((((((((.......))))))))......((((((((((((...............((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))........................(((((.....(((((..(((.............(((((((((((((....)))))))))).))).............)))..))))).....)))))........(((((.(((.((((((.((.((((((.....(((((.((((((.(((.....(((............)))......))).)))))).)).)))))))))((((....)))).......)).))))))))).))))).........(((((.(.((((..(((((((......)))))))..)))).).))))).)))))....................................((((((((((((((((....((.((((((.(((((((....))))))).)))))).))................((((((((.((((((..........(((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))(((.....))))))))).))))))))..............(((((((((((((.........))..............................(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...............)))))))))))....................((((((...........................(((.....)))(((((((.................................)))))))..............(((.(((((.....(((((.........(((.(((((((........))))))).))).....))))).....)))))..)))....................))))))(.((((..((((((((((((......)))))))..)))))..)))).)......(((((.....)))))..................(((....)))...................(((((....)))))...))))))))))))..)))).....((((((.((....)).))))))..............(..((((..(((((((..................))))))))))).)......((((.(((((((((.....))))))))).)))).......................))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..............((((((((((....))))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))...............(((((((((...((((((((((((......................................(((..............((((((..(((((...((((((((..........))))...........((((((.((((......(((((.....)))).)....)))).)))))).............((((((...))))))(((((((.(((...........))).)))))))))))(((........)))....)))))..))))))....((......(((..(.((((((((.......)))))))).).)))....))...((((((((....))))...)))))))..(.((((........)))).))))))......(((((..((((.((((...(.(((...(((.......))).))))(((((((.......((((((((((((......))))))))).))).................((((........))))(.(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).)............))))))).........(((.((((..((...(.(((..(((....((((..........)))).....)))..))..).)..))..)))).)))...)))).))))))))).....((((((........))))))..................((((((((...............))))))))........)))))).......(((((....(((((((((...(.......)...)))))))))...................(((((...(((.(((.((((((........))))))(((((((.((.(((((((.....(((.(((....))).))).........))))))).))))))))).....((((((....(...((((.........))))...).)))))).....)))))))))))..(((.((((((((...............))))))))..)))))))).....)...)))))))))((((.(((.......((((....))))....)))...)))).(((((.(((((((..((((((....((((((((((..........(((.....))).......((((((....(((.......((((((((((((.((..(((((.........(((.(((((((........))))))).))).....)))))..)).))))).)))).)))))).......((.((.((((........((((((..((((((......)))))))))))).......(((((.....(((((((...(((............)))...))).)))...)....)))))........(((((((....))))).)))))).)).))..............))))))))).))))))).......))))).....(((.((((.........((((((..........))))))...)))).)))..(.(((..((((((((.......))))))))..))).))...)))))))))).))....(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))...)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...)((.(((((((((((....))))))))))...).)).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))....(((((((.((.((.........)).)).)))))))..(((.((((....)))).)))((..(((((.................)))))))..((((((.....(((((((.(((((((((.((....)).))))..))).)).)))))))))))))(((((.....)....)))).........................((((((...))))))(((((((.(((...........))).)))))))(.((((......)))))........(((((.(((((((..((..((.(((..(.((((((((.......)))))))).).))))).))(((((((......(((((....((((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))).....................((.(((((.....(((((..(((.....(...((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))...).....)))..))))).....))))).....)).(((((.(((.((((((.((.((((((.....(((((.((((((.(((....(((((.(.......)))))).....))).)))))).)).)))))))))(((((()))))).(....))).))))))))).))))).)))))..((((((.(.((((..(((((((......)))))))..)))).).))))))))))))).....))))))).)))))(.........).....((((((((((((((((...(((.((((((.(((((((....))))))).)))))).)))..(....).......((((((((.((((((.((...(((.(((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).((.(((....))).)))))..)).)))))).))))))))...((....))..((((((((((((((.........)))....(((..................))).(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....)).....))))))))))).............((....))((((.............((((((........(((.....)))(((((((.............(((.....))).........)))))))............(((((((((((.((..(((((..((.....(((.(((((((.((())).))))))).)))..)).)))))..)).))))).))))))))))))............))))(((.((((..((((((((((((......)))))))..)))))..)))).))).((.(((((.....))))).))(((((((((((....((((()))))...).)))))))).))..((((((....))))).).))))))))))))..))))..((.((((((.((....)).)))))).))........(((((.((((..(((((((.((.((((()))).))).))))))))))))))))((.((((.(((((((((.....))))))))).)))).)).......................((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..).))........((((((((((....))))))))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................((((((........((((..........))))................((((..................................((((..((....))))))........))))...............(((((..(.....)..)))))...................((........................))......................((((.(((........)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((.(((.(((((((((((((......))).).)))))))))))).))))..............((.((((((((......))))))).)))...................................................................))))))..............(((((((((...................)))))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((..((((((......))))))....))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........))))............(((.(((((((.(.....).......(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((((((......)))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....))))).............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((.....)))..(((((.(((.......((((..........))))........)))...)))))..................................(((((..((....))))))).................((((.....(((((..(.....)..))))))))).................................................................((((.((((......))))))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))................................................(((.((((((((((((((((((......)).)).)))))))))))))))))...(((((.(...((((((((((((......))))))))))))..)..)))))......................(((((((.....(((....))).)))))))........................(((((((((...................)))))))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))).........((((((((((.....)))))))))).........(.......((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((....(((..((((((((.((..........))))))))))..)))...((....))..........))).........(((.(((((....)))))..)))...........((((....(((((((((....(((..((((.................................)))).)))..(((((....(...(..............)...)......)))))..)))))))))....)))).)..............((((((...........................(((((((((.((((..(((((.((((((......))))))..).))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))......))))))...)))))))))...))))))................(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))...................((.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((.(((((....))))).))).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).))........((((.(((((....))))).))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..((((..(((((((((...((((((((((..((((((((.(((....)))....((((((((((..(((..((((...))))....))))))))))))).......))))))))(((((((....))).))))....(((..((((((.((((......((((...........)))).)))).))))))........)))..(((((((((((..(((((((((.(((...........))).)))))).....(((((.(((((((((...................(((((..(((((((((((((((((.......))))))))((((((...(((((((((......(((((.((((((((((.....((((........))))......)))..))))((((.(((((...........((((((((.....(((((..(((.............(((((((((((((....))))))))).)))).............)))..))))).....))))....)))).......))))).)))).(((((((((........((((.(((((((..........))))))).))))......((((...........)))))))))).....((((..(((....)))....))))...)))))))))))...(((((....((((.(((((((......)))))))...))))..))))).)))))))))..............((((...)))).))))))(((((((...(((....)))...((((((.(((((((....))))))).))))))..........)))))))..((((((((..(((((......(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))....))))))))))))))(((....))).........((((((....((((......((((...........))))......))))....))))))..)))))))))....(((....)))..(((....((((((.....((((.(((((....)))))..))))...)))))))))...))))).......))))))))))))))))))))))))((((......(((....)))....)))).))))).)))).....))))(((..(((((....)))))...)))((((((((((......((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...[[[[.)))......((((((..((((((......)))))))))))).......]]]].....(((((.....)))))(((((((((((((.....(((.[[[))).....)))))))).)))))(((((....))))).....]]]...(((((....(((...(((((...[[[)))))....)))...)))))........]]]....((((((((((((..........)))))).....[[[[......((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))))..]]]]......))))))))))..(((((.....(((((((((..(((..(((((((...((((((((.(((((((((....))))))))).)))))))))))...))))..)))..)))))))))....)))))............((((((((((((....))))))))..))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((((((((..((.(((...((.(((..(((..(((((((((.(((....)))((((((.((((...(((((((((..((((..((((...))))....))))))))))))).....)))).))))))..........((((..(((((((.(((((((((.((((......((((..((...))..)))).)))).))))))......(((((..((((((...)))))).((((((.(((...........))).))))))...))))).(((.(((.(((((.(((.((((...((((.(((((..(((((((((.(((((((.......))))))).((((((...(((((((((......(((((.(((.((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..........(((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..))))).....)))))..........))..))))).))))....((((((.....(((((.((((((.(((....(((((.(((...)))))))).....))).)))))).).))))))))))((((.(((((((((....))).)).)))).)))).))))))))...(((((....((((.(((((((......)))))))...))))..))))).)))))))))..............((((...)))).)))))).(((((.....(((.....(((.((((((.(((((((....))))))).)))))).)))....))))))))...((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))).))))))))....))))))))))))))..)))).............((((((....((((.((...((((.((.....)).))))....))))))....)))))).((.((((.((((...((((........)))).)))).)))).))))))))))))))..))))))..)))...)))))))))))..((((.((((.....)))).))))..))))))))))))..))))).(((.............))).))))).)).))))))))).((((..(((.((......))))).(((((((((((((((.(((........((((((((.((((...((((.(((.............))).)))).)).)))))))))).((((((((((((......)))))))..)))))......((((((...((((.....)))).(((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))))(((((....))))).((.((((.(((((.((((.......((((((.((....)).))))))......(((....))).)))).....))))).)))).))....(((((.....))))).((....))((((.(((((((((.....))))))))).)))).)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))......))))..)))..))))))))).)).))))).))))......)))).((((((((....))))))))..........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(({{.........))......................(((((((((..((((((((...................((...........................)).................))))))))..(((((....))).))...........((((((.((((.......((((.....))))......)))).)))))).............(((((((((((.....((((((.(((...........))).)))))).....(((((.(((((((((...................(((((..(((((((((((((((((.......))))))))(((((.....((((((((......(((((.((.(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((......((..bbbbb.....bbbbb))(((.............(((((((((((((....)))))))))).))).............)))..BBBBB.....BBBBB..........))..))))).))))....((((((......((.(([[[[(((aaa......aa...)))......AA.......AAA.))]]]]....)).))))))..((.((((..(((....)))....)))).))....)))))))...(((((...((((..(((((((......)))))))..))))...))))).))))))))............................))))).((((..................((((((.(((((((....))))))).)))))).((....))...))))...((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.(((......)))...)).)))))))).)))))....(((....)))..))))...)))))))).))))))))....))))))))))))))...................((((((....((((........((dddd.......))DDDD....))))....))))))..)))))))))....(((....))).........((((((..........(((((....))))).........))))))......)))))..........)))))))))))))))))))).....................}}.....................................................(((((((((((((.(((..........................................................(((.((((..((((((((((((......)))))))..)))))..)))).)))....(((((.....)))))..........................((...((((...........))))ee))..EE.............................(((((..<<..))>>cccc))).....CCCC..........(((((((.......)))))))...........................((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))....(((((.((...((((((((..(((..((((......((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))......))))..)))..))))))))..)).)))))...............(((((((((....))))))))).........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(.(((((((((((..((((.((((((((((((...)))).......((((.(((..(((((((......)))))))..))..))))..).(((((.....(((((.((.....)).)))))......((((((..((....))))))))......)))))......(((.....(((((..((...))..))))))))..(((((........((((..(((..(...))..)).....))))......)))))..........((((..(((......))).))))..................((((..((((((....((((((((((...)))))))))))))..))).))))......((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..)).................((.................)).))..))))).)))..))).))))))...............))))))))))))...(((((((.............(.....(......(.((((((.((((((((((((((....))).)).))))))))))))).)))...(((((((...((((((((((((......)))))))).))))..)))))))).....)................((((((.((((......)))).))))))......(((((...(((((((((((((....)))))))))))))....................((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...((....))..(..(((((....)))))......)....................)))))..(((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))...((....))..))))...............((((.(((((....)))))..)))).....................((((.....))))............................((....))...........................((((((((((((....))))))))).)...((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))).(.((((((.((.((((..(((((((((((((....))))))))..)))))..))))).)..((((((((.....))))))))....)))))))............(((..((((..(((...))))))).)))........(((.((((((((..((((((.....((((.((((....)))).)))).).)))))...)))))))))))..((((((.(((((.((....)).)))))..(..(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))).....)))))))))...))))).))))))).))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((.(((((((......)))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))..(((((((....))))))).)))))))).)
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((...((((.((((..((((((((.....(((((((((..((....))..(((((.((((...(((((((((..((((..((((...))))....))))))))))))).....)))).))))).((((((....))).)))((((((.(((((((((.((((......((((..((...))..)))).)))).))))))......(((((..((((((...)))))).((((((.(((...........))).))))))...))))).(((.(((.(((((.(((.((((.....((.(((((..(((((((((.(((((((.......)))))))..(((((....((((((((......(((((.(((.((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..........(((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..)).........)))..))))).....)))))..........))..))))).))))....((((((.....(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...))))))).......))))))((((.(((((((((....))).)).)))).)))).))))))))...(((((....(((..(((((((......)))))))..)))....))))).))))))))...............((((...)))).)))))..(((((....)........(((..(((((.(((((((....))))))).)))))..)))..(....)))))...((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))).))))))))....))))))))))))))..))...............((((((....((((.((...((((.((.....)).))))....))))))....)))))).((.((((.((((...((((........)))).)))).)))).))))))))))))))..))))))..)))...)))))).......((((.((((.....)))).))))..))))))))).............(.............)...)))).)))).....))))..)))).(((.((......))))).(((((((((((((((.(((.......(((((((((.((.....((((.(((.............))).))))....))))))))))).(((((((((((......)))))))..))))........(((((..(((((.....)))))(((((((((((((((...(((....)))..))).))))))).)))))(((((....))))).((.((((.(((((............((((((.((....)).))))))......(........)..........))))).)))).))....(((((.....)))))..(....).((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))).)))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))......))))..)))..))))))))).)).)))))................((((((((....)))))))).))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............(((.......(((.....)))...).....)).((.....((((((((.....))))))))))(.((((((((......((((......................))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........(.........(...(.(.(.....)....(...).).)).)..((....))...........(.(((.(((((......)))))..))))..............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..((((.(((((((...(((........(((((((((.((..........((...........))...)))))..))))))........(((.....(((....((((......((((((..((....))))))))........((........)).....((((((.........))))))..((((((((((......((((......................))))...)).)))))))).....(.((((...((......))..)))))..))))....)))..))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((..((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))..))))......))(.((....)))...((((((...(((((...))))).))))))..(.........(((((((((((((....)))))))))).)))....).((.................))))).....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((((......((.((((..(((..((..((((.....((((.(((.....))...........)..).)))))))(....)..............((((.((((......))))..)))))).....(.....)....(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..............(((((((((((...............))))))))))).((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))))))))......))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))......))..(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).....))).)))(((.((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))(((.((((((..........((.....))(....).......((((((((((((....((......(..........)..))......)))))......((.((((((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.(.((.......)).)......)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........)))....))))))........))))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((............(((....)..(((.....))).........)).((.....((((((((.....))))))))))(.((((((((......((((......................))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((.........(...(.(.(.....)....(...).).)).)).(......)...........(.(((.(((((......)))))..))))..............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..((((.(((((((...(((........(((((((((.......((....((...........))...)))))..))))))........(((.....((((...((((.......(((((..((....))))))).........((........)).....((((((.........))))))..(.((((((((......((((......................))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..)))))..))))...))))..))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((..((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))..))))......))(.((....)))...((((((...(((((...))))).))))))..(.........(((((((((((((....))))))))).))))....).((.................))))).....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((((......((.((((.((((......((((.....((((.((..................))..).)))))))......(.............((((.((((......))))..)))).......)..........(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..............(((((((((((...............)))))))))))..(((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))).)))).....))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))......))..(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).....))).))).(((((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))(((.((((((.......(...).....(((....)...))..((((((((((((............(((..(((......)))..))))))))......((.((((.(((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))((((((((.(((.((((..(((((...((.......))........)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........))))).))))))........))))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...[[[[[[[..((((.((((..(((((((((...((((((((((...........((((((.((((...(((((((((..((((..((((...))))....))))))))))))).....)))).))))))((((((....))).)))((((((.(((((((((.((((......((((...........)))).)))).))))))......(((((..((((((...))))))(((((((.(((((......)).))).)))))))..))))).(((.(((.(((((.(((.((((...((((.(((((..(((((((((((((((((.......))))))))((((((...((((((((((((...(((((.((((((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((...........((((((((.....(((((..(((.............(((((((((((((....)))))))))).))).............)))..))))).....)))))....))).......))))).))))....((((((.(((.(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))..)))..))))))((((.(((((((((....))).)).)))).)))).)))))))))))(((((....(((..(((((((......)))))))..)))....))))).)))))))))(((.....)))...((((...)))).))))))(((...........)))......((((((.(((((((....))))))).))))))...................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.(((((...).)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))...)))))))).))))))))....))))))))))))))..)))).............((((((....((((.((...((((...........))))....))))))....))))))....((((.((((.(.((((........))))))))).))))...))))))))))))..))))))..)))...)))))).......((((.((((.....)))).))))..)))))))))).............................))))).)))).....))))..))))((((.((......))))))(((((((((((((((.(((.......(((((((((.((((...((((.(((.............))).)))).)).)))))))))))((((((((((((......)))))))..)))))......((((((..(((((.....)))))(((((((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).)))))(((((....)))))....((((.(((((...(((.((...((((((..........)))))).)))))....................))))).))))......(((((((...)))))))........((((.(((((((((.....))))))))).)))).)))))))))...))))).))))))))))..(((((.....(((((((((..(((..(((((((...((((((((.(((((((((....))))))))).)))))))))))...))))..)))..)))))))))....)))))...........)))).((((((((....))))))))]]]]]]]...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))((((.((((((((((((((........(((((((........)))).....................(((((((((((((...............(((.....))).......(((((..((....))))))).......))))......((((.....(((((...........)))))))))((((((...............(((...)))..........(((....))))))))).........((((...((......))..)))).....)))))...(((((..(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))....(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))..)))))))))..)))......((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((....))))))))).))))...)))).))))........................(((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))..))))))))))...(((((((.(((((.....(((....)))...................................................................................................................................((((((......(((....)))..)))))).)))))..(((..........(((((...............(((((((...............(((((((..((((((......((((..(((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))......(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....))....))))))).((((.........))))...))))).............(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........))))))(((.((.((((((((....))))....................(((((((..(((.....(((.(((.((((((.................((.........))..((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((..(((((......................)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))........))))))......))))).)))).)))))))).)))).))).))).(((((((.....(((.......((..((((....))))..))....)))......))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((.(((((.......))))).))......)))))))))))))))))...)).)))(.(..((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((....((((........))))....))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))...).))))))))..((((.(((((....))))).))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((..(((((((((((((((((((((.((.((.........)).)).)))))))..(((.((((....)))).))).....)))))...))))...........(((((.(((((..(..(((((((((.(((((((....))).))))......(((((((((.((((..(...(((((.....)))).).)..)))).)))))).....((((...((((((((((((((((.((((((.(((...........))).))))))))...((((..(((((((((....(((..((...(((..(((((..(((((((((..(((....(..(((((..(((((.(((((..(((((((((......(((((.(((.((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((......(((((((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..))))).....)))))....))).).))..))))).))))....((((((.(...(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...))))))).....).))))))((((.(((((((((....))).)).)))).)))).))))))))...(((((.(..(((..(((((((......)))))))..)))..).))))).)))))))))........((((((((((.......)))....)))))))...))))).)))))...(((((.(((((((....))))))).))))))))))..)..))).......((((((((..(((((..(...((((.((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))).....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))....))))))))))))))..)))...))...)))...((((((....((((......((((.((.....)).))))......))))....))))))..)))))))))....(((....)))...(((.(.((((((.....((((..((((....))))...))))...)))))).).))).)))).......)).)))))))))))))))).......)))..)))).(....).))))).)..)))))))))).)))))..)).((((.((((.((......))))))(((((((((((((((.(((......(((((((..(.((.....((((.(((.....((....))))).))))....)))..)))))))(((((((((((......)))))))..)))).......((((((..(((((.....)))))(((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).))))).((((....)))).....((((.(((((.((((.......(((((......)))))(((((....))))).........)))).....))))).))))..(((.((((((.....))))))....))).((((.(((((((((.....))))))))).)))).)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).))))......))))(((((((((....))))))))).........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...(((((...((.((((..((((.((((....((((.((((.((((.((.....(....((...........)).).))))))...)))).........)))).((((((....((........(((...(((....))).)))...))..))))))....(((.......((((...........))))..)))((((((.((.......((......................))...))...)))))).....((..((((.((((......))))))))......((((.....((((.(((....(((.....(((((((.......))))))).)))......)))...))))......)))).))..(((...((.((((((........)))).))...))...)))))))))))(((((....((((((...(((((...))))).))))))..((.....(((...((((((((((....)))))))))).)))...))....((......((.((((...(.(...)...)..))))...)).)))))))((.(((((((((.((.((.((((......(((...((.(((((....(((((.....(((((.(((.((.......(..(.........(....................).....)..)...))........(..........(.((((......))))..)................)...))).))).....(((..(((((...(...(((....))).....).....)))))....))).....(...(((.((((.(((......)))........))).)))).)(((((((...(((((.(....(((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).)))))....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((..((......((.(.(((....))).).....)).))....)))..((((((..(...(((.((.(((..((((((((...............))))))))..)))..............)).....)))...).......)))))).))..))))).)))))...)).....)))...)))).......)).))...))).))))))...))))))...)).)))))......)))))))((.(((...((.((((((...(((...((....)).))).))))))(((((((((((((((.((((((((...((((((((((.((((.....))))..))))))))))))))).(.(((((((((.((((..(((((......................)))))..)))))))(.((.((..(.....)..)).))...)))))))...)....(((.((((..((((...........))))...)))).))).(((.((((.(......(((.......(((.(.((....))..))))....))).......).)))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))).))((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((...(.((((......)))).)...))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))...))).......))((((((((((....))))))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((..((..........(((((((((...((((((((((.........................(((((((((..((((..((((...))))....)))))))))))))...............(((((((....))).)))).........((((((..(((..........................)))..)))))).............(((((((((((((...((((((.(((...........))).)))))).....((((..(((((((((.....((............((((...(((((((((.(((((((.......))))))).((((((....((((((((......(((((.(((.((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..........(((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..)).........)))..))))).....)))))..........))..))))).))))....((((((.....((((((..(((((((..........)))))))..((......)).....)))))).......)))))).(((.(((((((((....))).)).)))).)))..))))))))...(((((.(..(((..(((((((......)))))))..)))..).))))).))))))))...............(((.....))).))))))((((((.................((((((.(((((((....))))))).)))))).((....))..))))))..((((((((..(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))....))))))))).)))).............))....((((((....(((.......((((.((.....)).)))).......)))....))))))..)))))))))....(((....))).........((((((......((...((((....))))....))....)))))).......)))).......)).)))))))))))))))))))))((((......(((....)))....)))).))))).))))..........((((....................(((((((((((((((.....((((((.(((((.(((.(((..(((..(((.....................(((((.....((((..((((((((((((......)))))))..)))))..)))).....(..(((((.....)))))..).....)))))........................((.....))...............................((((......((((((.((....)).))))))...)))).........................)))...)))....))).)))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).............))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).)))).......))..((((((((....)))))))).))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((..((((.((((..(((((((((...((((((((((..((((((((.(((....)))....(((((((((..((((..((((...))))....))))))))))))).......))))))))...........((((..(((((((....((((((..(((......((((..(.....)..)))).)))..))))))......((((...(((((((((.((((..(((((((.((((..((((..((((..((..(....)..))..(((((((((....(((..((...(((..(((((..(((((((((.(((((((.......))))))).((((((....((((.(((((.........(((.(((((((...((((((........)))).))...)))..))))(((((.(((............((((((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..))))).....)))))....))).(((((.(((.((((((..((((..((((......((((.(((((((..........))))))).)))).....)).))..))))..((.((((((.(((((...))))))))).)).))..))))))))).)))))...))).)))))..))).(((..(((((((......)))))))..)))..))))).))))..((((((((.....))))))))..........))))))(((((((................(((((..(((((((....)))))))..))))).((....)).)))))))..((((((((.(..(((..(...(((((((((.((((((((((..(((......)))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)).)..)))))))))....))))))))))))))..)))...))...)))...((((((....((((......((((.((.....)).))))......))))....))))))..)))))))))....))))..)))).)))).))))))).)))).)))))....))))..))))..........)))))))))))..((((.((((.....)))).))))..))))))))))((((.......((....)).....)))).))))).)))).....))))..)))).........(((((.....(((((((((((((((.(((......(((((((..(.((.....((((.(((.....((....))))).))))....)))..)))))))(((((((((((......)))))))..)))).......((((((...(((((((.(((((((((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).))))).((((....))))..((.((((.(((((..((((......((((((.((....)).))))))...))))........(((....))).))))).)))).)).......))))))..))))......))).(((.(((((((((.....))))))))).)))..)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))......))))..)))..))))))))).)).))))).........)))))..((((((((....)))))))))))))))...