CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00375



RNA: CRW_00375
Rfam family: -

AACCUGGUUGAUCUUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCACAGAUUAAGCCAUGCAAGUGAAAGUACAUAUGUAAGUAAUAUAUUGAAACUGCGAACGGCUCAUUAAAACAGUUAUAAUCUACUUGAUGUUUUUAAUAUAAGGAUAACUACGGAAAAUCUGUAGCUAAUACUUGUGAAAAUACCUUUUGAUAUAUACAUAUGUAUGUAUCAUUAAGGUAUGUAUUUGUUAGAUAUAAGAAUAAAAUAAAUAUAAUUGAAUUAUAACAAAGAAGAAACACAUAAAAUAUGUGUAUUAUCAAUCGAGUAUCUGACCUAUCAGCUUUUGAUGUUAGGGUAUUGACCUAACAUGGCUAUGACGGGUAACGGGGAAUUAGAGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAAUAGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGUAAAUUACCCAAUUCUAAAAAAGAGAGGUAGUGACAAGAAAUAACAAUACAAUAUCGAAAAAUGAUUUUGUAAUUGGAAUGAUAGGAAUUUACAAGGUUCCUAGAGAAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCAUAUAUUAAAAUUGUUGCAGUUAAAACGUUCGUAGUUGAAUAUUAAAGAAUCCGAUGUUUCAUUUAAACUGGUUUGGGAAAACCAAAUAUAUUAUAUAUUUUGCUUUGUUCAAAAUAAGGUUUUCUAAUAAAUUAUGUUUUUAUCAGAUAUGACAGAAUCUUUUUUAAAAUCUCUUCAAUAUGCUUUUAUUGCUUUUGAGAGGUUUUGUUACUUUGAGUAAAAUUAAGUGUUCAUAACAGACGGGUAGUCAUGAUUGAGUUCAUUGUGUUUGAAUACUACAGCAUGGAAUAACAAAUAUGAAUAAGCUAAUUAUUUUUUUUUUCAUUAUUUUUUUUGAUAUUCUUAUUAGCUUAGUUACGAUUAAUAGGAGUAGCUUUGGGGGCAUUCGUAUUCAGAUGUCAGAGGUGAAAUUCUAAGAUUUUCUGGAGACGGACUACUGCGAAAGCAUUUGCCUAAUCUAUUUCCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAAGGGAGUGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAAUCUUAACCAUAAACUAUACCGACUAGGUGUUGGAUGAAUAUAAAAAAUAUAUAAAUAUGUAGCAUUUCUUAGGGAAUGUUGAUUUUAUAUUAGAAUUGCUUCCUUCAGUACCUUAUGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGCGAGUAUUCGCGCAAGCGAGAAAGUUAAAAGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGAGCUUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUCACUAGUUUAAGACAAGAGUAGGAUUGACAGAUUAAUAGCUCUUUCUUGAUUUCUUGGAUGGUGAUGCAUGGCCGUUUUUAGUUCGUGAAUAUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGAUCUUAACCUGCUAAUUAGCGGUAAGUACACUAUAUUUUUAUUUGAAAUUGAAUAUAGGUUACUAUACGUUUAUUCAGUGUUCAAAUUAGGAUAUUUUUUUUAUUAAAAUAUUCUUUUCCCUGUUUUACUAAUAAUUUGUUUUUUUUUACUCUAUUUCUCUCUUCUUUUAAGAAUGUACUUGCUUGAUUAAAUAAAGCUUCUUAGAGGAACAGUGUGUAUCUAACACAAGGAAGUUUAAGGCAACAACAGGUCUGUGAUGUCCUUAGAUAAACUAGGCUGCACGCGUGCUACAAUGAUAUAUAUAACAAGUUGUUAAAAAUGUACUUAUAAAUAAGUGUGUACAAUUUUUCCUGUACUGAAAAGUAUAGGUAAUCUUUAUCAGUAUAUAUCGUAAUUGGGAUAGAUUAUUGCAAUUAUUAAUCUUGAACGAGGAAUGCCUAGUAAGCAUGAUUCAUUAGAUUGUGCUGACUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAAAGAUAUGAUAAAUUGUUUGGAUAUGAAUUAAAAUAAUGAAAUUUUAUAUUUCUGAUUUUUUCUAGAAGAACUGUAAAUCCUAUCUUUUAAAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...[[[.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....(((((.....)))))....)))))......(((......(((((.((..((...((((..(........((((.....((((((.....))))))......)))).....(((((..(((((..((((((....)))))).))))))))))....((((((................................))))))........((((((...))))))..)..))))..)))).)))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....((((((((((((((...))))))))))).)))......(((((((.......))))))).........((((((.......((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...((((.................................................................................................................................((((((((.......................)))))))).................................................................................................................................................................(((((((..((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((.((((.(((((.(((.......((((((((((.((.(((((((((....))))))))))))))))))....)))..))).))))).))))...((....))...)))....))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((.....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((.(((((......(((((((((...(((...(((..((((((((...((..(((((.((((..((....((((((((((.......))))))))))......))...)))))))))...)).....))))).))).)))....)))...))))))))).))))).............)))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..........(((((.(((......))).)))))......((..((((....))))..))....))).......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((.((.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((.............)))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))).))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((.......)))))..(((.....(((((..(.(((((((((((..((((((.((((((...((((..((((((((((..(((((((((((....(((..(((((((.((((....((((((.......((((((..((.((((((.....)))))).))...))))))...(((((((.((((((((((....))))))))))..)))))))......(((((((((..((..........((((((...)))))).....((.((.(((((((...))))))).)).))..))..))))))))).))))))......((((((((.......)))))))).(((((..((((...((((.........))))..)))).....(((((.((.(((.((.(..((........))..(((.((.(((((....((((((...((((.....)))).))))))..(((.......((((((((.((((.....)))).)))).))))......((((((((.....)))))))).........)))..(((....))).))))).)).)))..).)).)))))))))).)))))....)))).)))))))..))).....))))))))))).....((((((((........))).)))))...(((((....))))).))))))))))))))..)))))).(((...........((((((((...(((((((((.(((((..((((((((((((.............((((...((.......))..)))))))))))))))).)))))..........((((((((....(((((...(((.((((((..((((((.(........((((.(((..((((((.((((...((((((....................))))))..)))).)))))).....)))))))...(((((((.(((((((......((((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..)))))...))))))).)))))))...(((....)))...).))))))..))))))))).)))))......................(((((.....))))))))))))).)))))))))........(((((((((....)))))))))......))))))))..((((.((((((.((((...((((........)))).)))).)))))).)))).(((((....)))))...(((((.....))))).))).....((((.....)))).))))))))))))))))).......(((((.(((((....)))))......(((((((((..(((((((((.(((...................((((((.(((...((((((.(((((((((....)))).......((((((.((((........)).))..)))))).)))))..))))))..)))))))))......(((((((((((((((.(.((......)).).)))))))).))))))).((((((((((.......)))))))))).............))).)))))))))...))))))))).........((((((((((((.......((((.........))))))))))))))))..((((((((......((.(((.((((((((((...(((....)))..)).))))))))..(((((((.(((....)))......(((((((((...(((((((.....((..(((((....)))))..)))))))))..((((((((....))))))))............)))))))))(((((((.((((...)))).)))))))...((((....))))...))))))).((((..(((.....)))..)))).......))).))......))))))))..)))))..(((((.((..((((((((((.(((..((.((((...((.(((..(((((...(((((.....)))))..))))))))))...)))).))..))).)))))))))).)).))))).....)..)))))..(((((((((....))))))))).)))..))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..((((((..((((((.....(.....(((.(((..(((....((.((((.......)))).)..)...))).................((.......)).((.(((((.......(((((.....(((((((...)))))))......)))))(((.(((((((.((((((((((....))))))))))..)))))))...)))...(((((...............((((((...))))))........((.(((((((...)))))))........))...)))))..(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))....((.(((..........))).))))))).).).......)))))).)....((((((...((((.....)))).))))))))))))......((((((((.((((.....)))).))))).)))......((((((((.....)))))))).........((((((.......((((.....((....)).......))))))))))..(((((........(((...(((((.(((((.(((....................))))))))......)))))...)))(((((((.((((((...))))))(((.......))).....)))))))........)))))..........)))))).((((.((..(..(((((((((....(.((.......)))...)))))))))..(((((...))))).)..))..)))).....((.((((((((((((.(((((((((.......))))..)).)))))))................(((((((((.(.......(.(((..........))).)...).)))))))))((...(((((((.(((((((.((.((..((.((((((.(.....(((......((((.((...)).))))....))).....).)))))).)).....)).)).))))))).)))))))....))....((((((...((...((((.........))))...)))))))).....))))).))).))((((((((((.(((..........(((((((......(((((((....)))))))....))))))).........))).))))))))))..(((....)))..(((((........))))).....(((((....)))))..............(((((.(((((((..((.(((((((.(((.((((((.........(((.....)))........((((((.(((..(((((....(((....)))......))))).)))............((.((((..((((((((....((((((......((..............)).....)))))).............((((((.((((...((((..((((((((............))))))))..))))...)))).))).)))......(..((((((((((.......))))))))))..).((..((..((....................(((((.((((...........)))).......((((.........))))....))))).....((((.......))))......))..))))....))).)))...).)))))))......))))))...)).)))).))).)...((((((((............((((((((((..............)))).))))))((((((((....)))))))).............))))))))....(((....((((((..........))))))....)))...))))))....(((((((((.....)))))))))......))...)))))))))).))....(..((...(((((.....((((((((((.(((..((.((((......(((..(.......(((((.....)))))....)..))).....)))).))..))).))))))))))....)))))....))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).........((................).....).........................(((((..(((((((((((.........(((((((.(((...((((((..........(((((.(((.(((((((...))))))).)).).)))))....(((((((.(((((((((((())))))))))))..)))))))...(((((((................................)))))))((.((.(((((((...))))))).)).))..)))))).....((((.((((((....((((((((.......)))))))))))..))).)))).....((((((.......))))))((((.((.(((..........))).)).).)))......(((.((.(((((.....(((((....((.......))..)))))................(((((.((((.....)))).)))))((((......((((((((.....))))))))......))))...............))))).)).))).(((.....)).)...............))).)))))))..........))))))))))).)))))....(((.(....).))).........((((((((((((((.....(.....)(((((((.......))))))).))))))))..))))))................((((............((((((((((.((...((.......))..))))))))))))))))..((((((.(((((((((..........(((((...(((.((((((..((((.......))))..............(((.((((..(((((((.....)))........))))........)))).)))((((.(((((((.(((.((((((((.(((((((.((.((..((((((((.((((((.(((((((......))))..)))..)))))).)))))....(((....)))..))))))).))))))).)))))))..))))..))))))))))).......))))))))).)))))...................(((((.....)))))......(...........(((((((....((((((((((()))))))))))..))))))))...(.(((((.((((((.((((...((((........)))).)))).)))))).))))))((((....))))..................((...((((.((((.....)))).)))).))))))))))).)))))).((((......(((((.(((((((((((((((..((((....))))....))))))....)...))))))))))))).......)))).....((((((.............................)))))).....(((.(.((((((()))))))))))..............((((((((((((((((((....)))......)))))))).))))))).((((((((((.......))))))))))............................................((.((((((((((((.......((((.........)))))))))))))))).))(((((.....))))).(...((((((((((...((((()))))..)).))))))))...)......((((()))))................((.....))...........(((....)))((((((((((..((.((((((((....)))))))).))................((((...(((....(((((((()))....)))))))).))))((...((.((((.(((((((((.....))))))))).)))).)).))......))))))))))....((.(.(((((.((..((((((((((.(((..((.(((((.....(((..(((((...(((((.....)))))..)))))))))....)))).))..))).)))))))))).)).)))))..).))........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).........(((((..[[[[....))))).......]]]]...(((....))).........(((.[[[[[)))..............]]]]]......(((....((((((((...)))))))).(((((((...)))))))..[[[[[..)))...(((((((.((((((((((....))))))))))..)))))))]]]]].(((((((((..............((((((...))))))...........(((((((...)))))))............))))))))).....((((....((((((((.......)))))))))))).((((((((...(((.........(((..[[[[)))..]]]]((((........[[[..............))))....]]]..........)))...........((((((((((................(((((.((((.....)))).)))))...((((...((((((((.....))))))))........[[[[[[[(((....(((....)))..))).......))))..]]]]]]].(((.(((.......)))))).........(((((....))))).((((((((........))).)))))....((((((.....))))))........(((((((.......)))))))..(((.(((.(((((.......))))).)))...)))...........((((((((((.(((..........[[[[[[))))))))))))).......]]]]]].....((((((((.....(((.....)))((((......))))[[[...))))))))...]]]..(((((.((((...((((((....................))))))..)))).)))))...(((((((.(((..(((((((.(((((((......((((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..)))))...))))))).)))))))...)))..))))))).........((((...[[[[..))))...]]]]..........(((..[[[[[)))..]]]]]...............(((((((....(((((((((....)))))))))..)))))))......((((((((.(((.((((...((((........)))).)))).)))))).)))))(((((....)))))...(((((.....)))))....((((.((((.[[[[)))).))))...]]]]..............(((((((..[[[[[[..((((((.((((((...(((((....))))).)))))))))))))))))))..]]]]]]....((((((......[[[[[[..........[[[[)))))).....]]]]]]]]]]......(((..[[[[)))...]]]]..((((............((((((((((((((((((....)))......)))))))).))))))).((((((((((.......))))))))))...........)))).....................)))))))))).((((((((((((.......((((.........))))))))))))))))..((((...[[[.))))..]]].(((..[[[[...)))..]]]]....(((.[[[[[)))..]]]]]..(((....)))....(((((((((((...((((............))))........[[[[[[[[[[.....((((((((....))))))))............)))))))))))....(((((((((((..........))))))...............((((.(((((((((.....))))))))).)))).)))))......]]]]]]]]]].))))))))(((((.....((((((((((.(((.....((((......(((..(((((...(((((.....)))))..)))))))).....)))).....))).))))))))))....)))))............((((((((((((....))))))))..))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.......))).(((((((.(((((((..((((((((((((((.((((.((...((((..(((.......)))))))...))))))...)))).(((((((..((((.........))))..)))))))..........(((((((...))))))).)))).).)))))...((((((.((((((((((....))))))))))..)))))).(((((((((..((......))..)))))))))..(((........))).((.((.(((((((...))))))).)).))...))))))).))).)))).((((....((((((((.......))))))))))))..(((((((...((((((.((((((..((.(((......))).((((((((((.(((((.(((((...(((.((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).)))))).))...........................((.((((.((((((......(((((((((...)))))))))......)))))).)))))).))))).))))..((((.((((.......((((.((((((............)))))).)))).......)))).))))............))))))))...........((((((....)))))).((((.(((((((((((....((((((....((((((((((.(((((.......))))).))).......)))))))...((((((((((.(((...((.......))..))))))))))))).((((...))))......((((((((.((((....((...(((....)))..))....)))))))))))).......((((((.((((...((((((....................))))))..)))).))))))...((((((.(((..(((((((.(((((((......((((.(((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))...))))...))))))).)))))))...)))..)))))).((....((..(((((........)))))..))....))..........(((((.....))))).))))))...)))))))))))))))))))))))))))))).(((((.......))))).....(((((.((((((.((((...((((........)))).)))).)))))).))))).((((....))))...((((....(((((((.....((((.((((.....)))).)))).....))))))))))).((((.((((((...((..((.((((((.((((((..((((....))))....)))))))))))).))..)).((((((.(((...((((((.(((((((((....)))).......((((((.((((........)).))..)))))).)))))..))))))..)))))))))......(((((((((((((((...((......))...)))))))).))))))).((((((((((.......))))))))))))))))))))...................))..)))))).)))))).((((((((((((.......((((.........))))))))))))))))..((((((((......((.(((.((((((((((.((.((....)))).)).))))))))..(((((((.(((....)))......(((((((((.(((...))).((((((((((.(((......))).)))).))))))((((((((....))))))))............))))))))).((((((.((((...)))).))))))....((((.....))))..))))))).(((((((((.....))))))))).......))).))......)))))))).))))))).(((((.((..((((((((((.(((..((.((((...((.(((..(((((...(((((.....)))))..))))))))))...)))).))..))).)))))))))).)).)))))..((....)).)))).((((((((....)))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))...........................(((..((....................................))....)))...............................................(((((((...)))))))...............(((((((.((((((((((....))))))))))..))))))).......................................................(((((((...)))))))..................................((((((((.......))))))))......(((((((...((((((((.......))))))......(((((..........))).))..........((((..(((((.(((((...................((((((((((....((((((.((((((((((.(((.......))).)))))..........((((((((.....))))))))..........................((....................................................................................................................................(((.......))).....................................................(((((((((.(((...((.......))..)))))))))))).......<<<<<..<<<<<<<...........((((........(((((..........................................................................................((((((..(((..(((((((.(((((((......((((((((((.((((((.(((((((......))))..)))..)))))).)))))....(((....)))..)))))...))))))).)))))))...)))...))))))............))))).....)))).....................................................((((((....(((((((((....)))))))))..))))))........((((.((((((.((((...((((........)))).)))).)))))).))))..((((....))))........................<<))((((.....))))..>>.....>>>>>>>..>>>>>....((((((...((((..((((((((((((((..................)))))....))...))))))).))))...............................................................................(((...((((..((((......{{{{{{{{{{{{{{))))..))))...)))..}}}}}}}.}}}}}}}.((((((((((.......))))))))))))))))...............))))).))))))...)))))))))).((((((((((((.......((((.........))))))))))))))))..((((.......))))........((((((....................))))))....(((((((......((........((((((((((...............(([[(((((....)))))..))]].......((((((((....))))))))............))))))))))...........(((((..........))))).....))......))))))).(((((((((.....)))))))))...))))).)))))))))........))))))))).(((((.((..((((((((((.(((.....((((......((....((((...(((((.....)))))..))))..)).....)))).....))).)))))))))).)).)))))...............(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(...............(((((((.(((((((.((...))....((((.((((.((...((((...............))))...))))))...))))...(((....(((...........)))....))).((((((.....(((((((...)))))))......))))))...(((((((.((((((((((....))))))))))..)))))))(((((((((..((......))..))))))))).................((.((.(((((((...))))))).)).))...))))))).)))).))).((((....((((((((.......))))))))))))..(((((((...((((((.((((((.....(((..(((.(((((.(.......)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))...............(((((.(((.......))).))))).(((......(((((((((...)))))))))......)))...........))))).))))....((.(((........(((.......(((..............))).........(((((....)))))...........(................((((((....))))))....(...((((((((.((((((((...))))))))................(((.....)))..................(((((((((.(((...((.......))..)))))))))))).....................((((((.....(((((...(((.((((((..(((((..((..............)).((((((.((((...((((((....................))))))..)))).))))))..(((((((.(((..(((((((.(((((((......((((.(((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))...))))...))))))).)))))))...)))..)))))))....)))))..))))))))).)))))...................(((((.....)))))....))))))....))))))))....)..(((((((((....)))))))))...(.......)...(((((.((((((.((((...((((........)))).)))).)))))).))))).((((....))))....((((.......)))))........((((.....)))).)))))).))............((((.(((((....((.....((((((.((((((...((((......)))).)))))))))))).....)).((((((.(((...((((((.(((((.(((....)))........((((((.((((........)).))..)))))).)))))..))))))..)))))))))......(((((((((((((((...((......))...)))))))).))))))).((((((((((.......)))))))))).))))))))).......................)))))).)))))).((((((((((((.......((((.........))))))))))))))))..(((((((.......((.(.(.((((((((((.(.(((....)))).)).))))))))..(((((((.(((....)))......(((((((((.(((...)))..(((((((((.(((......))).))))).)))).((((((((....))))))))............))))))))).((((((.((((...)))).))))))....((((.....))))..))))))).(((((((((.....))))))))).......).).)).......))))))).))))))).(((((.((..((((((((((.(((..(..((((......(((...((((...(((((.....)))))..)))).))).....))))..)..))).)))))))))).)).)))))............)...((((((((....)))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...aaaaaa.....(((((((.(((((((............((((.((((.((...((((..(((.......)))))))...))))))...))))..(((((((.((((.........))))).)))))).(((((.....(((((((...)))))))......)))))....(((((((.((((((((((....))))))))))..)))))))(((((((((..............)))))))))..(((........))).......(((((((...))))))).........))))))).)))).))).((((....((((((((.(....))))))))))))).((((((((...(((((..((((((.....(((..(((.(((((.((.....))))).))...)))..))).(((({{{{{.{{{{{.((((((...((((.....)))).))))))...{{{{{{......(((((.((((.....)))).)))))....{{{...(((((((((...)))))))))..{{{{{..{{{{{............))))....(((.....................(((.(((.......)))))).........(((((....))))).........}}}}}.}}}}}........((((((....))))))...((((((((((((((((((((((...)))))))).}}}..((((...bbbbbb)))).BBBBBB..............((((((((((.(((................))))))))))))).......<<<<.<<<<<<<..((((((.((.(((((.(.(((.((((((..(((((.(((((.(.......))))))((((((.((((...((((((....................))))))..)))).))))))(.(((((((.(((..(((((((.(((((((......((((((((((.((((((.(((..((((...).)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..)))))...))))))).)))))))...)))..))))))))...)))))..))))))))))))))))).................(((((.....)))))...))))))....))))))))))).))).(((((((((....)))))))))((((((...))))))(((((.((((((.((((.(.((((........))))))))).)))))).)))))(((((....)))))...(((((.....))))).........((((.....)))).......)))>>>>>>>.>>>>((((.((((((..(((.....((((((.((((((...((((......)))).)))))))))))).....)))((((((.(((.(.((((((.(((((((((....))))..(((..[[[[[[.[[[[))).....]].]]..]]]]]].)))))..))))))).)))))))))......((((((((((((((((((....)))......)))))))).))))))).((((((((((.......)))))))))))))))))))).................}}}}}}))))))..))))).((((((((((((.......((((.........))))))))))))))))..((((((((.............((((((((((.(.(((....)))).)).))))))))..(((((((.(((....))).....((((((((((((((...)))).(((((((((.(((......))).))))).)))).((((((((....))))))))............))))))))))((((((.((((...)))).))))))....((((.....))))..))))))).(((((((((.....)))))))))...}}}}}.}}}}}.....)))))))).))))))))(((((.....((((((((((.(((.....((((...((.(((..(((((...(((((.....)))))..))))))))))...)))).....))).))))))))))....)))))...........))))(((((((((....)))))))))AAAAAA..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((....((.((((......)))).))....(((((((((((..((((((.((((((...((((..((((((((((..(((((((((((.........(((((((.((((....((((((.......((((((..((.((((((.....)))))).))...))))))...(((((((.((((((((((....))))))))))..)))))))......(((((((((..((..........((((((...)))))).....((.((.(((((((...))))))).)).))..))..))))))))).))))))......((((((((.......)))))))).(((((...((((.....(((((((..((....((((..(((.(((((...(....).))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).)))))).))...........................((.((((.((((((......((((((((.....))))))))......)))))).)))))).))))).)))).......))..))))))).))))..)))))....)))).)))))))..........))))))))))).....((((((((........))).)))))...(((((....))))).))))))))))))))..))))))((((...........((((((((...(((((((((.(((((..((((((((((((.............((((...((.......))..)))))))))))))))).)))))..........((((((((....(((((...(((.((((((..((((((.(........((((.(((..((((((.((((...((((((...((..(....)..))...))))))..)))).)))))).....)))))))...(((((((.(((((((......((((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..)))))...))))))).)))))))...(((....)))...).))))))..))))))))).))))).................(.(((((.....))))).).)))))))).)))))))))........(((((((((....)))))))))......)))))))).(((((.((((((.((((...((((........)))).)))).)))))).)))))(((((....)))))...(((((.....)))))....)))).((((.....)))).)))))))))))))))))..))))).))))........((.(((...(((.(((((((((..(((((((((.(((...................((((((.(((...((((((.(((((((((....)))).......((((((.((((........)).))..)))))).)))))..))))))..)))))))))......(((((((((((((((.(.((......)).).)))))))).))))))).((((((((((.......)))))))))).............))).)))))))))...))))))))).........((((((((((((.......((((.........))))))))))))))))..((((((((......((.(((.((((((((((...(((....)))..)).))))))))..(((((((....(.(((........(((((((((...(((((((.....(..((((((....))))))..))))))))..((((((((....))))))))............))))))))).((((((.((((...)))).))))))..........))).)....))))))).((((..(((.....)))..)))).......))).))......)))))))).........(((((.((..((((((((((.(((..((.((((...((.(((..(((((...(((((.....)))))..))))))))))...)))).))..))).)))))))))).)).)))))..)))..))).)).((((((((((....)))))))))).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................(((((((((((.........(((((((......................((((((.....(((((((...)))))))......))))))...(((((((.((((((((((....))))))))))..)))))))......(((((((((..((..........(((((.....))))).....((.((.(((((((...))))))).)).))..))..))))))))).............((((((((.......))))))))............................................................................((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................((((.((((.....)))).))))...........((((((((.....))))))))....................))))).)))).......................................)))))))..........))))))))))).................................................................................................................................((((((((..(((...((.......))..))).))))))))................................(((......((.((((((..((((((...........(((.(((..((((((.((((...((((((....................))))))..)))).)))))).....))))))....(((((((.(((((((......((((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..)))))...))))))).)))))))...(((....))).....))))))..))))))))....)))...............................................................(((((((((....)))))))))................(((..(..(((.((((....................)))).)))..)..))).(((((....)))))...........................................................................................(((((((((..(((((((((........................(((((.(((...((((((.(((((....................................................)))))..))))))..)))))))).......(((((((((((((((.(.((......)).).)))))))).))))))).((((((((((.......)))))))))).................)))))))))...))))))))).........((((((((((((.......((((.........))))))))))))))))....(((.......))).......(((((((((...(((....)))..)).)))))))..........................((((((((((...(((((((.....(..((((((....))))))..))))))))..((((((((....))))))))............))))))))))...............................................((((.((((..(((.....)))..)))).))))...............................(((((.((..((((((((((.(((.....((((......(.......(....(((((.....)))))...).....).....)))).....))).)))))))))).)).)))))...............(((((((((....)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..(((.....(((((.....((((((((((..((((((.((((((...((((..((((((((((..(((((((((((....(((..(((((((.((((........(((((((......((((...((((((.....))))))......((((((((.(((((((.((((((((((....))))))))))..))))))).......((((((((..((..........((((((...)))))).....((..(.(((((((...))))))).)..))..))..))))))))(((((((..(((((((((((((.......)))))))).(((((...((((((((.((((((.......)))))).........(((((.......(((.((........))..)))..))))).)))....)))))..((((.....))))..)))))..))))).....((((((((.((((.....)))).)))).))))...)))))))..))))))))..))))..)))))))(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))).......)))).)))))))..))).....))))))))))).....((((((((........))).)))))...(((((....))))).))))))))))))))..))))))(..(...........((((((((...(((((((((.(((((..((((((((((((.............((((...((.......))..)))))))))))))))).)))))..........((((((((....(((((...(((.((((((..((((((..........((((.(((..((((((.((((...((((((....................))))))..)))).)))))).....)))))))...(((((((.(((((((......((((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..)))))...))))))).)))))))...(((....))).....))))))..))))))))).)))))......................(((((.....))))))))))))).)))))))))........(((((((((....)))))))))......)))))))).((((..(..(((.((((...((((........)))).)))).)))..)..))))(((((....)))))...(((((.....)))))....)..).((((.....)))).))))))))))))))))((((....(((((................(((..((((((..(..(((((((((.(((...................((((((.(((...((((((.(((((((((....)))).......((((((.((((........)).))..)))))).)))))..))))))..)))))))))......(((((((((((((((...((......))...)))))))).))))))).((((((((((.......)))))))))).............))).)))))))))...)..))))))...)))...((((((((((((.......((((.........))))))))))))))))..((((((((......((.(((.((((((((((...(((....)))..)).))))))))..(((((((.(((....)))....(((((((((((...(((((((.....(..((((((....))))))..))))))))..((((((((....))))))))............)))))))))))..(((....((((((..........))))))....))).....))))))).((((..(((.....)))..)))).......))).))......))))))))..)))))..(((((.((..((((((((((.(((.....((((...((.(((..(((((...(((((.....)))))..))))))))))...)))).....))).)))))))))).)).))))).))))...)))))..(((((((((....))))))))).)))....