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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00379

RNA: CRW_00379
Rfam family: SSU_rRNA_eukarya

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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................(((((..(....................................)....)))))...............................................................................(((((..............))))).................(......................).......................(((...(((....))).......)))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((...)))))))))..)))..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.....................))))))))............((((......(((((.((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((.................................................))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))...................................................(((((.(((.((((..(((((((((((..............................................................................................................................................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..................))))).....))))..................((..((((((((..............................................((((((((....)))))))).............)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((....((((((((((((((((((..(...((.(((((((((((((...)))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................((((.....)))).............
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DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((...............................(((((((((.(.....((.((.........)).)).......))))..))))))..................................((((..((....))))))...........(((((..((((.....(((.(.(..(......)..))))).))))..)))))...................................................(((.(.(((......)))))....))............................((.....((((((((.......)))))))).))....(((((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))...................................((((((...................................)))))).................................................(((..(((((((..............................(((..)))....))))))))))........................((((...(.(((((.......)))))...................).))))................................................................................................(((..((.(....................)))))).............((((((....((((((((((((.((((((((((((((......))))..))).))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(((..(((((.................(((.(................).)))............)))))..)))...((....)).............(((......((..(((((....)))))...))....)))....((((....(((((((((.....(..((.....))...................................)...(((((..................................)))))..)))))))))....))))..................................................(((((((((.((((..(...(((................(.(......................(....(......(((..................................)))......)....)......................).)...........))).............)..)))))))..(.((((((.....)))))).)....)))))).................)))))))...)))))).................(((.(((((((((.....).......................................(((.((((....)))).))).............)))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))))(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...(.((((((((((((((...)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).............((.((((.....)))).))))))))....
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.......))))).........((((((((...)))).)))).......((......)).(((((.......)))))....((.(..................((((((((...(..(((.((((((((..((((....((((((.....)))))).(((((..(((....((((((..((......))..)))))))))..)))))..))))...)))))))))))..........)..))))))))...((.((.((((..((((((....))))))....)))))).))....)))...(((......)))........((((((.......))))))........(((((((...((......(((((..(((((((((((((((((.(.......)))).)).(((((((((..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))......((((((.........))))))...(((.....))).....))))).)))).((....)).((.(((((((((.(((..((.((.........((((((......(((((((.((((........(((((((((..(((..(((.(((((...((((..(((.((((....((((((...))))))....))))...)))..))))....))))))))..))).....))))))))).(((((((((((...((....))..))))))))))).((((...)))).)))))))))))....))).)))....)......).))..)))........))).)))))).)).((..(((((((........)))))))..))...(((..(((((.(((((..(((((((.((((((..(((((.....((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))...(((....)))..((....((..(((((........)))))..))....))...))))).))))).))).))))))))).((((((((......)))))))))))))))))))).))))).....(((((.((((((.((((...((((........)))).)))).)))))).))))).((((....))))....(((((.....))))).(((((((.....((.(((((.((((.((((((........(((.....))).....((((((.(((((((((((((....(((((....)))))..)....)))))...))))))))))))).....)))))).....((((((...............((......))....))))))..........(((.((((..((((((((((((.....((((((((((((((..(((..(((((((...((..(((....((((((....((((.((......)).))))......))))))....)))..))...))).)))).)))..)))))))))))))))))))))))..........)))..))))))).....(((((.....))))).(...((((((((((.(.(((....)))).)).))))))))...)..)))).))))).))...(((.(((((((((............(((.(((((..(((....)))..))))).))).(((.((((....)))).)))............))))))))))))...(((((.(((((..........)))))........((....))((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))).))))))).......))))))))).(((((.((..((((((((((.(((..((.((((...(.((((((((((((((...)))))))))))))))...)))).))..))).)))))))))).)).)))))................(((((((.....)))))))..........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(.(..........))....))(((......(((.......(((..(...((....(((((...........(((....(..(((.....)))..)).....)).((.....((((((((........)))))))).))(.(((((((....((((..................))))....).)))))).).....(..(((....((....))........)))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..)).......((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((.......(.(((..((((........(((....((((.........((.(...)....(.......).))).))))))..............................................................................................((((((((.......((...((((...))))(((............)))........))......)))))..))).............((((((((((.................)))))))))).((((.......(((((...(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......(...)((.((((((..((((((((.(((.((...))..................................)))))))))))..)))...((....))..))).....))..)))(((.((((..((((....))))...)))).(.....)...((((((((((((((.....))))(((.((((((......((...))....(((....)...)).(((((((((((((.....((....(((..((....))..)))..)).))))).(.((((..(((.((((((((...(((((..((.....))..)).((......))...)))))))....(((((.(((.((((..((((((((((...(...........................................................................................................................................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........)))))))..)))))........)))))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......................................(((.((((....)))).)))....))).......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((.((((((((((((.....))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))((((((((.....))))))))))))))...
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((...))((((((((((..((((.(((((((((((((...))....(((.(((........((....(.............)....))(((......(((.......(((....((((....(((((...........((.....(..(((.....)))..)......))(((.....((((((............)))))).))).(((((((....((((..................))))....).)))))).......(..(((....((....))........)))).)))))...)).)).))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).))...((....))..)))))))))......((((((...(((((...))))).))))))))))........(((((((((((((...)))))))))).)))......((.................)).......(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.(........)((((.............((((.....(((((.........................)).......))).)))).............................................................................................(((((.......((...((((...))))(((............)))........))......)))))..................(((((((((((...............)))))))))))..(((((((..((((((...(...(((((((((.((((((((.(((((......))))..)..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))..)))))))...))))..(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((.((((((..((((((((.(((..........................................)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((...(((..((((....))))...)))............((((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((..(((......(((........))).))).....)))))..))).((.((((((((((((...(((..((((.(.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.(.(((((..........................................................................................................................................))))))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........)))....))))))........))))))))))).....))).(((.(((((((.....(((.......................................((((((((....))))))))....))).......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))))))))..((((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((.(((((((((((((...)))))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))))....))))))))))).(((((((.....))))))))))))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(.(..........))....))(((......(((...(...(((.....(((....(((((..(........(((....(..(((.....)))..)).....)).((.....((((((((........)))))))).))(.(((((((....((((..................))))....).)))))).).)...(..(((....((....))........)))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..)).......((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((......((.(((..(((.........(((...((.(..........((....................))..))))))..............................................................................................((((((((.......((...((((...))))(((............)))........))......)))))..))).............((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((...(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).))...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......(...)((.((((((..((((((((.(((.((...))..................................)))))))))))..)))...((....))..))).....))..))).(((((((..((((....))))...))))((.....))..((((((((((((((.....))))(((.((((((.....(((...)))...(((....)...)).(((((((((((((.....((....(((..((....))..)))..)).))))).(.((((..(((.((((((((...(((((..((.....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((.((((...(...........................................................................................................................................)))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........)))))))..)))))........)))))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......................................(((.((((....)))).)))....))).......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((.((((((((((((.....))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))((((((((.....))))))))))))))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((...))((((((((((..((((.(((((((((((((...))....(((.(((........((....(.............)....))(((......(((.......(((.....(((....(((((...........(((....)..(((.....))).........))(((.....((((((............)))))).))).(((((((....((((..................))))....).)))))).......(..(((....((....))........)))).)))))...)).)..))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))......((((((...(((((...))))).))))))))))........(((((((((((((...))))))))).))))......((.................)).......(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.((......))(((..............((((.....(((((.........................)).......))).)))).............................................................................................((.((.......((...((((...))))(((............)))........))......)).))(....)............((((((((((.................))))))))))..(((((((..((((((...(...(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))..)))))))....)))..(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((.((((((..((((((((.(((..........................................)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((...(((..((((....))))...)))............((((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((..((((.....(((........))))))).....)))))..))).((.((((((((((((...(((..((((.((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.((.(..(..........................................................................................................................................)..)))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........)))....))))))........))))))))))).....))).(((.(((((((.....(((.......................................((((((((....))))))))....))).......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))))))))..((((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((.(((((((((((((...)))))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))))....))))))))))).(((((((.....))))))))))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.......))))).........((((((((...)))).)))).......(((....)))..((((((...))))))..((((.....[[[[[[...((((...(((((((((..((((((.(((((((((.((((....((((((.....)))))).(((((..(((....((((((..............)))))))))..)))))..)))).).)))))))))))........)))).))))))))......{{.{{{{..((((((....))))))))))}}}}}}......[[[))))((((....))))...]]].(((((((....aaa)))))))...AAA((((((((........((((((((..(((((((((((((((((.((.....))))).)).(((((((((..((((.(((((bbbbb.((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))......((((((.........)))))).......bbbbb.......))))).)))).............(((((((((BBBBB.((.((((((.....((((((......(((((((.(((((.......(((((((((.((((..(((.(((((...((((..(((.((((....((((((...))))))....))))...)))..))))....))))))))..))).)...))))))))).(((((((((((.............))))))))))).((((...))))))))))))))))....))).)))))))))))..BBBBB.............))).))))))...(((..(((((((........)))))))..))).......(((((.(((((..(((((((.((((((..(((((....(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))...(((....)))............(((((........))))).............))))).))))).....))))))))).((((((((......)))))))))))))))))))).)))))..)))(((((.((((((.((((.(.((((........))))))))).)))))).)))))(((((....)))))...(((((.....))))).((((((((.......(((((.((((.((((((.(......................((((((.((((((((((((((...(((((....))))).)))....))))...)))))))))))))....))))))).....((((((..........((((.((<<<<..))))))))))))......>>>>(((.((((..((((((((((((.....((((((((((((((..(((..(((((((.......(((....((((((....((((............))))......))))))....))).......))).)))).)))..)))))))))))))))))))))))..........)))..))))))).....(((((.....))))).....((((((((((.(.(((....)))).)).))))))))......)))).)))))....(((((.(((((((((...........((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))............)))))))))))).))(((((((((((..........))))))...............((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))))))))))).........))))))))(((((.....((((((((((.(((.....((((...(.((((((((((((((...)))))))))))))))...)))).....))).))))))))))....))))).]]]]]]........((((((((.....)))))))).........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((...........))).....................((((...((((((.................................((((((...(((((......................................(((....)))(((.....)))))))).......((.....(((((..............))))).................((.......................((.((.................(((...(((....))).......)))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))...................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)).)))))).............................................................................................................................................................................(..(((.....)))..)..............................)))))).................(((..............(((....................(((((((..((((((.............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((...................................................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((((((....))))....................(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((...............((....)).((......))......)))))(((((....(((.((((...(((.............................................................................................................................................................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).......................................((..((((....))))..))..............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...((.((((.....((((...)))).....))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............((((.....)))).............
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((..............((((.((((..((((((..((((((........((.......................(((((..((((((.........)))))).........................((....))))))).(((((((..(((((..((((.....(((((..((......))..))))).))))..)))))................................((((......................(((....)))........(((..........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))...............................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........)))))).).))................................................................................................................................................................))))....))))))).......)).(((............)))...............))))))..................(((((((((...................)))))))))..(((((((..((((((.......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).....((....))...)))).....))))))..)))))))...((....))............((((.........)))).))))))..............(((....(((..((((((((.................................................))))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))..((((....))))(((((((.........(((((((((((..(((.....(((.(((.((((((.........(((.....)))...........(((((((((((....(((((..(..((..((....))..)))..))))).........((.((((((((((((.....(..((((...((((.....))))...))))..)..))))..(.(((((((((.((((...((((...........................................................................................................................................................))))...)))))))....((((((.....))))))......))))))).......))))....))))))....)))).))))))))).)))).))).))).(((((((((.....).......................................(((.((((....)))).))).............)))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((((((..(((..((.(..(...((.((((...((((((...))))))...))))))...)..).))..)))..)))))))...)).))))............))))))).((((.....))))...)))))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.......)))))..(((.....(((((((((((((((...((((((.(.(.((((((..(((((((...)))))))..((((((((.((.........(((((((.((((.(((.((((.((((((((..((((....((((((.....)))))).(((((..(((....((((((..((......))..)))))))))..)))))..))))...))))))))))))....(((..((((((........((.((.((((..((((((....))))))....)))))).))..((.(((((((.(((..((((((....((((((((.......)))))))))))..)))..)))....))))))).))....)))))).)))..(((((.((.(((.((.(..((........))..(((.((.(((((....(((((((..(((....)))..).))))))(((.........((((((((((((.....)))))))).))))......((((((.........))))))...(((.....))).....)))..))))).)).)))..).)).))))))))))......))).)))).)))))))..........)).)))))))).......(((((((((..(((..(((.(((((...((((..((((((((....((((((...))))))....)))).).)))..))))....))))))))..))).....))))))))).(((((((((((...((....))..))))))))))).)))))).).).......((((((((((((((............))))...))))))))))...))))))...........(((((((........)))))))...((((((((.(((((.(((((..(((((((.((((((..(((((....(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))...(((....)))..((....((..(((((........)))))..))....))...))))).)))))..((((.(((((.(((.((((......(((((((...(((....)))...)))))))))))..))).))))).)))).))))))))....)))))))))).....(((((.((.(((((....)))))...(((((.....))))).(((((((.....((.(((((.(((..((((((.....(.((.((.(.(((((((..........((((((.((((((...(((((....))))).)))))))))))))))))))).)))).).....))))))...((((((((.........(((((.((......))))))).....((.(((...(((((.((((((..(((((((((.....(((((((((((..(..(((..(((((((...((..(((..(.((((((....((((.((......)).))))......)))))).)..)))..))...))).)))).)))..)..))))))))))))))))))))))))))..(((((((((..........(((((.....))))))))))))))..(....)..)))))....))).)).....)))))))).))).))))).))...(((.(((((((((...........((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))............))))))))))))..((((((...(((((.(((.........))))))))........((((.((((..(((.....)))..)))).)))).)))))))))))))......)))))))....(((((.((..((((((((((.(((..((.((((.....((((((((((((((...))))))))))))))....)))).))..))).)))))))))).)).)))))........)))))..((((((((.....)))))))).))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((((...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((.....((((.((((.((((.((...((.((.......))))......))))))...)))).........)))).((((((.....(.........(((...(((....))).)))...).)))))).....((((.....((((..........)))).......((...((..((......))....))......)).....(((....((.....)))))...............................((((...((.((((..)).))...))...))))))))))))))).))).((((((...(((((...))))).))))))(.(((..........(((((((((....))))))).)).)))...)(((((..((((......((..((((((.((.((.(((((((((.(((((.((((...((((....(.(((.........(((((.((.....(((((((......................................))))))).)).........))..(((((((......)))))))................(((.(((((.......(((((((.........(((...))).))))))).)))))......))).(...((((((((.(((......)))........)))))))).)((((((...((((..(...((((((((((((((((.((((((......)))).))...))).)))))))))....(((....)))..)))).)...))))....)).))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..(..((..(((((((((((...............))))))))..................))).....))...).......)))))))))..)))).))))................)))).......)))))...))).))))))....).)...))...)))....)))..)).)))..................).....).)....)))(((..((((....(.(((((((.((((.((((((...((((..((.((((((.....)))))))))))))).)((((((((((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)....((((..((((...........))))....)))..)(((((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....))))))))))).....(((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))).))).)))).))))))))..((((((((..(((((((..((.((.(..((...).))).......).......))...))..).)).))..)))))))).))))....)))(.(((((....).))))).))))))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((....((..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.(((.(.((((((......((((..(((.((((.((....((((((......))))))......))))))...)))(((..(...(((..((((..(((((...(...(((((.((((((...((((...(((((((.......((((......((((............)))).))))((((((((......((((...((((....))))....))))...)).)))))).......((((..(((.....)))))))......((((((((((.(((.(((.....((((.....)))).))).....)))..))))((((....))))..(........)(((.(((((...(((((...))))).)))))((.((.....(((...((((((((((....)))))))))).)))...))....)).........((((..(.........).))))..........)).)...((((......(((...((.(((((....((((.....(((((((((.((.(...((((.....................)))).......).........))..........((.((...((((......)))...)...)).......))....)))))))....((((..(((((...(.(((((......))).))......).)))))....))))....(...((((((((((((...(.....).)))))))).)))).)(((((((...(((((..(...(((((((((((((((((.(((((......)))..))...)))))))))))))....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..((..(((.((((((..((.....(.(((........))))))..))).............))).....)))..)).......)))))).))..)))).)))))...)).....)))...))........................)).))))).))))......))))...))))...))))))...))))).).)))))..))))....))).)....)))(...(((((..((((((((.((((((((...(((((((((..(..(.....))...)))))))))))))).(.(((((((((.((.(((((.((((..............))))...)))))...)).)))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)....((((((((..((((...((...)).))))....)))))))).(((.((((((((..((.......((((((((....)))))))).....)).....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))((((((((...((((((..(((..(((....((((((.........))...)))).....).))..)))..))))).)..)))))))).))))...)).)))).......))))...)))...)))))))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................(((((((...))))))).......................................................(((...((((((((((.......................((((((..((......))..))))))......................................................((.((.((((..((((((....))))))....)))))).)).............................((((((.........)))))).............................................................................((((.(((((...((((((.((((((((((..............................((((((((((...))))))))))..))))))..))))))))))...(((((..............)))))...))))).)))).............................................................................((((((...((..(((.(((((...((((..((((((((....((((((...))))))....)))).).)))..))))....))))))))..))......))))))....(((((((((((...((....))..))))))))))).................................................................................(((((((........))))))).........................(((((((.((((((......(((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..)))))....)))))).)))))))...(((....))).................................................(((.....))).....................(((((((...(((....)))...))))))).........................................................(((((....))))).....................(((((.....((.(((((.(((..((((((.................................(((((.((((((..................))))))))))).....................))))))....((((((...........................................................(((((((((.....(((((((((((..(..(((..(((((((...((..(((..(.((((((....((((.((......)).))))......)))))).)..)))..))...))).)))).)))..)..)))))))))))))))))))).........((((((((..........(((((.....)))))))))))))................................))))))..))).))))).))...(((.(((((((((............(((.(((((..(((....)))..))))).))).(((.((((....)))).)))............))))))))))))...(((((.....................................((((.((((..(((.....)))..)))).)))).))))).)))))...................(((((.((..((((((((((.(((..((.((((...(.((((((((((((((...)))))))))))))))...)))).))..))).)))))))))).)).)))))..............))))))))))...)))...............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.......)))))..(((.....(((((((((((((((...((((((.....((((((..(((((((...)))))))..((((((((.((....(((..(((((((.((((.(((.((((.((((((((..((((....((((((.....)))))).(((((..(((....((((((..((......))..)))))))))..)))))..))))...))))))))))))....(((..((((((..(((...((..(.((((..((((((....))))))....)))))..))..((...(..((((((..((((((....((((((((.......)))))))))))..)))..)))..)))..)....))))).)))))).)))..(((((.((.(((.....((((...((....)).(((.((.(((((.((((((.(((((((((((.........((....))............(((((((((.....))))))))).)))))))..))))))))))...((((((............))))))........))))).)).)))..)))).))))))))))......))).)))).)))))))..))).....)).)))))))).......(((((((((..(((..(((.(((((...((((..(((.((((....((((((...))))))....))))...)))..))))....))))))))..))).....))))))))).(((((((((((...((....))..))))))))))).))))))...........((((((((((((((............))))...))))))))))...))))))...........(((((((........)))))))...((((((((.(((((.(((((..(((((((.((((((..(((((....(((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))...(((....)))..((....((..(((((........)))))..))....))...))))).)))))..((((..((((.(((.((((......(((((((...(((....)))...)))))))))))..))).))))..)))).))))))))....)))))))))).....(((((.((.(((((....)))))...(((((.....))))).(((((((.....((.(((((.(((..((((((........(((.....))).....((((((.(..((((((((((.((.(((((....)))))..))..))))))...))))..))))))).....))))))...((((((((.........(((((.((......))))))).....((.(((...(((((.((((((..(((((((((.....(((((((((((..(..(((..(((((((...((..(((....((((((....((((.((......)).))))......))))))....)))..))...))).)))).)))..)..))))))))))))))))))))))))))..(((((((((..........(((((.....))))))))))))))..........)))))....))).)).....)))))))).))).))))).))...(((.(((((((((...........((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))............))))))))))))..((((((...(((((.(((.........))))))))........((((.((((..(((.....)))..)))).)))).)))))))))))))......)))))))....(((((.((..((((((((((.(((.....((((.....((((((((((((((...))))))))))))))....)))).....))).)))))))))).)).)))))........)))))..((((((((.....)))))))).))).....

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