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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00403



RNA: CRW_00403
Rfam family: SSU_rRNA_eukarya

AACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUUAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAGCUUUUAUACGGCUAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAACAGUUAUAGUUUAUUUGAUGGUCUUUACUACAUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAUGGCUAAUACAUGCGCACAUGCCUCUUCCCCUGGAAGGCAGUGUUUAUUAGAUACAGAACCAACCCACCUUCCGGUGGUCCUCAGGUGAUUCAUAGUAACCGAACGGAUCGCGUUGACUUCGGUCUGCGACGGAUCAUUCAAGUUUCUGACCUAUCAGCUUUCGACGGUACUGUAUUGGACUACCGUGGCAGUGACGGGUAACGGGGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGAUUCAGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAACAACACUGGAAAUUUCAUUUCUAGUGAUUGGAAUGAUAGGAAUCCAAACCCCUUUCAGAGUAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUUUCUGCUGGAAGCAGCCAGUCCGCCCUCAGGGGUGUGCACUUGGUGAAUUCUAGCAUCCUUCUGGAUUUCUCCACACUUCAUUGUGUGGAGUUUUUUCCAGGACUUUUACUUUGAGAAAAUUAGAGUGUUUCAAGCAGGCUUGUCGCCUUGAAUACUGCAGCAUGGAAUAAUAAGAUAGGAUUUCGGCCCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGACUGAAGUAAUGAUUAAUAGGGACGGUUGGGGGCAUUCGUAUUUAACUGUCAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUUGUUAAAGACGAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAAGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGCUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGAGAUAGGAAAACGUCAUGCUUGACUUCUCCUGCACCUUAUGAGAAACCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUAGGAAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAAAUAGGAUCAGGAACUUCGUGUUCUUGUAUCACUUCUUAGAGGGACUUUGCGUGUCUAACGCAAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAUGCAUCCAACGAGUUUAUAACCUUGGCCGAUAGGUCUAGGUAAUCUUGUGAGUAUGCAUCGUGAUGGGGAUAGAUUAUUGCAAUUAUUAAUCUUCAACGAGGAAUGCCUAGUAGGCGCAAGUCAGCACGUUGCGCCGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGUUCCGGUGAAUUAUUCGGACCGUUUUGUGGCGCGUUCGUGCCCGAAAUGGGAAGUUUUGUGAACCUUAACACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...{{{.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((.........))...)))))......(((......((((..((..((....((((...........((((....(((((((.....))))))).....))))......(((((.(((....))))))))....((((((........(((...(((((....)))))......)))......)))))).........((((...(((....))).))))...))))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((((((.......))))))).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((........................................................................................................................................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..((((((((.((((....))))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.......((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((.(((((....)))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.......((((((.(((.(((........((((((((........(((((((((.((....((((((....))))))......)))))..))))))..........(.((((((((((.((((((((.((((((..(((((.(((.((((...(((.((.((((((.....((((.(((((..(((...)))))))))))).)))))).)).)))))))..(((((....)))))......))).)))))))))))..(((.((.((((((.(((....))).))).))).)).)))........)))).))))(((..(((((((((((.((((...(((((((((.....((.....))..((((....))))..((((..((((((((((........)))).)).).)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))..(((.......(((((((((((((...)))))))))).)))...(((.(((..........))).))).........)))....))..))))).))))....))))))))).(((.((((((.........((((..((((((((((((......(((.......(((....((((((((...((((((((((((....))))).).)).))))...)))))))))))..(((((...((((((((......)))))))).....)))))......((((((((.....)))))))).....))).(((.....)))......)))))))).(((((((((((((((((........))))))))))))..))))).))))..))))..(((((((..(((((.((...(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..))))...)))))))..)))))))...(((....))).)))))).)))..))))))).)))))))).))).......)))))))))).).....)))))))).........)))..((((((((((...((((...((((.(((((...))))).))))...((((((..((((....))))..........(((((..(.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((.........(((....)))....(((((...........)))))..))))))))..)))))))))..)))))(((((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).).))....(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..)).)))))))).....((((.((....))....(((.((((((((..(((((......((((.((((....)))).))))...)))))..).))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((....)).)))))))......))))))))))..))))).)))))))))).))))))......((((((((..(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))..)))))))))))).)))))))))).......))).((((((((....)))))))).))))))..)
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................((((.(((((...........)))))))))................................................................(((((..(((....))))))))..................................((((((...........))))))...........................................................................(((((((((((...............(((((...)))))......................((((((((((...)))))))))).......................................(((((((...................................))))))).............................................................................................................................................................................((((((...((.....))))))))...........................((((((((((((.............))))))))))))...........................((((((((((((.........................)))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))......................(((((...................))))).................................................................................................))))))))))).....................................................................................................................................................((((((...............(((((((.....)))))))..................((((((((.....))))))))....)))))).....................................................((((((((..............(((((((((....)))))))))............))))))))..........((((((..........))))))....................(((((((.........)))))))..............................................(((((((((.................((((((((.(((((....))))))))))))).................))))))))).......................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..........................(((((((((.......(((((......)))))........)))..))))))...................................((((..........))))...........((((((.((((.....(((((...........))))))))).)))))).......((((...((((....))))......)))).....................((((...(((....))).))))..................................((((((((.......))))))))..................................((((((..((.((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))...............................................))))).))))..........................................................................((((((((((((.............................)))))))))))).............((((((((......))))))))..........................................................................................((((((((((...............))))))))))...((((((((.((((((......(((.(((((.((((((((((................)).)))))))).)))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))....................................................................(((..((((((((.............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..(((((..((((........))))...)))))..)))).))).((((((((.....)))))))).....)))))......................................................((((((((..............((((((((....))))))))............))))))))......((((.((((((..........))))))..................(.(((((((((.....))))))))).).....)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((.((((......))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))...............(((.(((((....))))).))).........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).....((((((.((.((((.....)))).)).))))))....((((((....))))))....................................................(((...((((....)))).))).........(((((......((((.(((((..((.....)))))))))))..))))).............(((((....))))).......(((((((...((.((((((..............))))))..))...)))))))........((((....))))......((((((...........)))))).....((((((((...(((((((.........))))).....((.((((........)))).))((((((((((...(((((((((.........(((...((((......))))))).....(((((.....(((((((((((((...)))))))))).)))((..........))...((((((................((((((..(.((((((((((((((....)..........((((((.(((.............................))).))))))...)))))))...).))))).).)))))))))))).....((((((((............(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))........(((((.(((((...(........((((((((..(((((....((((.(((..(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))...))).)))).((((((((.................(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).......((((((((((.....)))))))))))))))))).......................((((.........))))..........................................((((....))))(((((((..........((((.(((((...))))).))))))))))).....(((....)))..................................)))))..))))))))..)..)))))..)))))...........))))))))....................................(((((((((((((.(((...(((....((.(((((...((((((((((((((.......))).))))))))))))))))...))...))).)))..)))))))))))))........)))))..................((((((((.....))))))))...................))))))..)))))))))))))....................(((.(((((((.(.(((((.((...((((.((((....)))).)))))).)))))..).)))))))))).(((((((.(((.((....)).))).)))))))...(((....)))(((.(((((((((....)).))))))).)))......................))))))))))(((((.((..(((((((((..(((..((....(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)....))..)))..))))))))).)).)))))..............((((((((((....))))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((.....)).((.(((((.......((((((.....(.....(((.(((.((((..((((.(.(((.((....((((((((((.................))))).))))).....)).))).).)))).((((.....((((((.....))))))......)))).((((.(((((...........)))))))))......(((((((.(((...(((((....)))))..(...((((((.(.......((....))....(((.(((....))).)))...)))))))...)...((((....))))........))).)))))))......((((.......))))....((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))............)))))))))).)....((((((...(((((...))))).)))))))))))).........((((((((((...))))))))))................(((.((((((((...((.......((((((.......((((.....((....)).......))))))))))................(((((((((......((((......((.....((((((((...((((((.(((((....))))..).))).)))...)))))))).)).((((((..(.(((((((......)))))))).....)))))).....................))))..(((((...(((.....)))))))).))))))))).((((((((((((((((........)))))))))))).)))).................))...))))..)))).)))...(((((..(((((.(((.((((......)))).)))..)))))..))))))))))))((((((((((.....))))))))))..........(((....)))...(((((((((((..........((.((((((...........)))))).)).(((....))).............(((..(((((...........)))))..))).)))))))))))....(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((.(((((((.(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((((((((.(..((............))..))))...))))))...((.((((..((((((((....(((((((((((.(..........).)))))))))))..............(((.((((..((...(((((((.....))))))).....))..)))).))).((.(((((.....)))))))...............))).)))...).))))))).......)))))))))).)))).))).).....(((((...(((((......((((.((((....)))).))))...)))))....)))))((((.........((((((..........))))))...))))...))))))....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...(((((.....((((((((...(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))...))))))))....)))))....))...)....((((((((((....))))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))((((((((((((.((.(((((...))))).)).))))))....((((((....))))))...................((((.((((.......))))....))))....((((..(((((....)))))))))........((((((.....((((.(((((..(((...)))))))))))).))))))((((((.(((...(((((....)))))......((((((((...(((((((((.....(()).....)))))).)))...))))))))...(...((((....))))).......))).))))))..))))))........((((((((...((((((((.......))))))((...((.((((........)))).))((((((((((...(((((((((.......(((((...((((......)))))))))(((((((((....(((((((((((((...)))))))))).)))((..........))...((((((................((((((..(.(((((((((((((((()))..(.......((((((.(((.........((....))(((......)))))).)))))).).)))))))...).))))).).))))))))))))....(((((((((..(((.......(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))........(((((.((((((.(((.......((((((((..(((((....((((.(((..(((((((((((((((((.(....).))))))))))))..)))))...))).)))).((((((((.................(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).......((((((((((.....))))))))))))))))))..(((....)))..(((((....((((.........))))..)))))...................................((((....))))(((((((..........((((.((((((.)))))).)))))))))))....((((....)))).................................)))))..)))))))).)))))))))..))))).....)))...)))))))))((...........))....................(((((((((((((.((((..(((....((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).).))...)))))))..)))))))))))))(.....))))))))..))(((..........((((((((.....)))))))))))................))))))..))))))))))))).)).................(((.(((((((.(.(((((.((...((((.((((....)))).)))))).)))))..).)))))))))).(((((((.(((.(((()))).))).)))))))...(((....)))(((.(((((((((....)).))))))).)))......................))))))))))(((((.((..(((((((((..(((..((.(..(...((((((((.((((((..))))))))))))))...)..).))..)))..))))))))).)).)))))............))((((((((((....))))))))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................((((((........((((........))))................((....................................((((..((....))))))..........))...............((((.............))))...................(.....(..........)........)......................(((((..((......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................(((((.(((((((((((.(((........)))...))))))))).)).)))))...........((((((((((......))))))))))............................................(((.....)))............))))))..............(((((((.......................)))))))..(((((((..((((((.((...((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..))))..)).))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(......).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..(((((..((((((...))))))....)))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....).......(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)..............(((((....))))).............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..........................(((((((((.(.....((((((....)))))).......))))..))))))...................................((((..((....))))))...........(((((..((((......(.(((..(.....)..))))))))..))))).........................................................((((...((......)).))))..................................((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))..((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((((((((((((((.((((......))))...))))))))))))).)))).....(....((.((((((((......)))))))))).......)........................(((((((.....(((.....))).)))))))........................((((((((((.................))))))))))...........((((((...((((((((((((.((((((.(((((((......))))..)))..)))))).))))).......((((((((((.....))))))))))............(....)((((((.......((((.........))))....))))))..................(((..((((((((.(((......)))))))))))..)))...((....)).............(((.......(..(((((....)))))...).....)))....((((....(((((((((.....(((((.....))).................................))...(((((..................................)))))..)))))))))....))))...........(((..................)))..............(((((((((.((((..(((...((((((.....))))))....).))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).................)))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((((.....).......(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))................))))))(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((..(((((....))))).)))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).................((((....))))..............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).....((((((..((((...))))..[[[[..))))))....((((((....))))))]]]].(((((..((((...))))....)))))...................((((((..(((((.(((.((((...(((....((((((.....((((.(((((..(((...)))))))))))).))))))....)))))))..(((((....)))))......))).)))))))))))(((..[[[[(((((..(((....)))))))))))............]]]].((((((......(((((((((((........(((((((((................((((....))))..((((..(((...((((........))))......)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...)))))))))).(((((..........)))))...((((((((........))))))))...))))).))))....))))))))).....((((((((((.....))))..((((((((((((......(((.......(((....((((((((...((((...(((((....)))))......))))...)))))))))))(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))....((((((((.....)))))))).....)))((((.....)))).....)))))))).(((((((((((((((((........))))))))))))..))))).)))).......((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....))).))))))..........))).))))))))((((((((....)))........)))))..)))))).............(((((((((((...((((...((((.(((((...))))).))))....(((((..((((....))))..........(((((....((((((((.....(((((.....)))))....((((((((..((((...(((....)))......(((.......)))....))))))))))))..))))))))...)))))(((((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((....((((((((((.....))))))).))).....)))).))).((((((((.....))))))))....))))))............((((((((((..(((...))))))).......((((..(((.(((((((...(((((......((((.((((....)))).))))...)))))....)))))))))).(((((((.(((..........))).)))))))...(((....)))....(((....)))........))))..)))))).....)))...))))).)))))))))).))))).......((((((((..(((......(((...((((((((.(((((....)))))))))))))))).........)))..)))))))))))).))))))))))).........(((((((((....))))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((.((((((((.((((((.((.(((((...))))).)).))))))....((((((....)))))).((......))....(((.(((((((((.......))...))))))))))...))))).)))....((((((.....))))))((((((.....((((.(((((((......)).))))))))).))))))...........(((.(((....)))))).((..((((((((...(((((((((((.....))).....))))).)))...))))))))..)).....(((((.((((((((((((.(((((.....(((.(((((((((.((.........((((.........)))).((((..(((.((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...)))))))))).(((((..........)))))....(((((((........)))))))))..))))).)))).)).)))))))))..))).(((.(((((((..........))))))).))).......(((.(((((((.....((((((((...((((((.(((((....)))))...)).))))...))))))))...(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))....((((((((.....)))))))).((((...((((.....))))))))((((.(((..(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))...))).)))).((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))).))))))))..(((....))).((((((....((((.........))))..))))))...((((...)))))))))))))).(((((.((.((((....)))))).)))))..((((...(((..(((((...)))))..))).)))).))))).)))).)))))))).........(((((((.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((.........((((....)).)).(((((...........)))))..))))))))..))))))))))))))).(((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).........(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..)).))))))))......(((.((....))))).(((.(((((((...(((((.((...((((.((((....)))).)))))).)))))....))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((....)).)))))))......)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))..))))))))).)).)))))...........))))).(((((((....))))))).)))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((.{{{{{(((((((((((..((((.((.((((.....)))).)).))))............((.......bb)).........................................................................((.....(((((......((((.(((((..((.....)))))))))))..)))))[[[[[))(((...(((((....))))).................................(((.(((....))).)))..................(((....))).........)))..]]]]]..))))))..))))).((((((((...((......(((((....((((.((...((((((........)))).))...))...)))).......(((((((..((((((...(((((...)))).)))))))...............((((((((((...))))))))))..((((..........)))).((((((................((((((....(((((.(((((((.......((.(((((((.(((((((..........)))))))................))))))).))))))))).....)))))...))))))))))))(((((((((...........((...(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))...............................(((((((((..((((((((.(((.(((...(((.((((((((((((........))))))))))))...)))....))).)))..((((((((.((((((......(((((((((.((((((.(((................)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))).))))))))..........((((((.((((..((((.........))))........((((...............((.......................((((((((((.((((...((((........)))).))))..)))))))))).(((((....))))).................(((....(((((((((..................................(((....))).............((....................................cc))...)))))))))....)))<<<.))aaaaaaaaaa..........))))..AAAAAAAAAA>>>)))).))))))(((.((((..CC((((((((((.....))))))).))).....)))).))).((((((((.....))))))))...)))))))).....)))))))))..)).............)))).)))))))))))).(((.(((((((...(((((.((...((((.((((....)))).)))))).)))))....))))))))))..(((((.((((((..........)))))).......((....)).....(((((((.........))))))).......)))))))))).........))))))))))(((((.((...((((((((..(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))..))))))))..)).)))))....BB..)).))))(((((((((....)))))))))}}}}}....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((...............(((((((...)))).))).............((((((((..))))))))..............(((((...............................(((((((..((....))))))))).....)))))..((.((((.....(((((...((...)).))))))))).))...........(((((.(((((....)))))..)..))))....................((((((..(((....))))))))).................................((((((((.(...).)))))))).................................((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))............((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..((((((.(((..(....)..((.((....(((.....)))....))........(((.(((((((.(((.(((...........((((((((((.((((((((((((....))))).).))).))))).))))))))...(((((((((.((((((((......))))))))).)..))))))).......................((((((.((((.......)))).))))))........((((.((((((((((((((....))))))))))))))...))))............((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))...((((....)))).))))..)).)))))).))))))))...((....))......((((....))))......(((((.........................((((((..((((((((.((((....))))))))))))..)))...((....))..)))................((((.(((((....)))))..)))).........)))))....((.((((.....)))).))..))))))...))))))))))...(((....)))))..))))))))).............(.((((..((((....))))..)).))..(((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((((((((.....)))))).)))).))..)))).)))..(((((((.....))))))).....)))))))............(((..((((..(((...)))))))..))).........((.(((((((((.((((((.(...(((((((((....))))))))))).))))))..))))))))))...((((((.(((((..........)))))..(.((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))).....)))))))))...))))).)))))))).)...((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))).................((((((((....))))))))))))))))..
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((.((((((((.((((((.((.(((((...))))).)).))))))....((((((....)))))).((......))....(((.(((((((((.......))...))))))))))...))))).)))....((((((.....))))))........((((..(((((.(((((((((((..((((..((((((......((((......(((((....)))))..(...((((((((...((((((((..(.....).......))))).)))...))))))))...)..))))........(((..(((((((((.....((((.(((((((((.((..((.....)).(.........).....(((..(((.((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...)))))))))).(((((..........)))))...((((((((........))))))))...))))).)))).)).)))))))))..)))((((((((((((..........)))))))...........((...))..(((....((((((((...((((((.(((((....)))))...)).))))...)))))))))))(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))....((((((((.....)))))))).((((...((((.....)))))))).(((.(((..(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))...))).)))..((((((((..................((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))........((((((((((.....))))))))))))))))))....(....)....))))).......)....).)))))))).))).......))))))..))))..))))...(((((.((.((((....)))))).))))).........(((..(((((...)))))..)))))))))))))))..)))).(((...........((((((((.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((..(((....((((....)).))...(((...........))).)))))))))))..)))))))))))))))).((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).........(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..))).))))))).......((.((....))))..(((.(((((((...(((((.((...((((.((((....)))).)))))).)))))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((....)).)))))))......)))))))))...))))).)))))))))...(((((.((..(((((((((..(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))..))))))))).)).)))))..)))...........((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....((((...........(.(((....(..(((.....)))..)).....)).)......((((((.(......)))))))(((.((((((((......((((...(...........).....))))...)).)))))).)..)).(.((((....((....))..)))))..))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........((..((((((.......))...))((..........)).))))..(......)((....)).(((.(((((......)))))..)).)........(...((((((((.(.....((...((((...))))(((.....))).....))).....)))))..)))..)......(((((((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((.(...))))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((..........((...))((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...(.......)))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))))........)))....))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((......))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((...........((((((((...)))).))))((((((.(.....(((((......))))).......))))..)))...........(((.....(((....((((......((((((..((....)))))))).......((.......((((.....(((((..(......).)))))))))((((((((......((((...(((......)))......))))...)).)))))))).....(.((((...(((....))).)))))..))))....)))..)))........(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))..((((((..((((((((((..((((((...(((((...))))).))))))(((.........(((((((((((((...)))))))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).............((((((((.(........(((((..(((......((((((((((((..((....(...(......)...)))...))))))))))))..........(.(((((((((......)))))))).).........)..(((.(((((.......((...((((...))))(((.....))).....))......)))))......))).....(((((((((((...............))))))))))).((((.......(((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))))))))(((((((((...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.(((......)))))))))))..)))..(((....))).))))....)))(((.....((((..((((....))))...))))...))).......(....((((((((((((((((((((...))))).....(...)..)))((.((...)).))...)))...(((((...(((......((........))..))).....)))))..)))))))))....)))))))).(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))))))))).)((((((((.((((..(((((.((((.......)))).....)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...).))))))))))))..))).(((..((((..((.....))))))..)))))))))).(((.((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))))(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((......))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))......))).((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((............(((....).((((.....)))...).....)).((.....((((((.(......)))))))))(.((((((((......((((...(...........).....))))...)).)))))).).....(.((((....((....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((...(.....(((...(.(((............(.........)...).)))))).(......)...).....(((.(((((......)))))..)).)........(...((((((((.(.....((...((((...))))(((.....))).....))).....)))))..)))..)......(((((((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((.(...))))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((...((.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..((((((((....(.......)))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((......))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((...........((((((((...)))).))))((((((.(.....(((((......))))).......))))..)))...........(((.....((((...((((.......(((((..((....)))))))........((.......((((.....(((((..(......).)))))))))((((((((......((((...(((......)))......))))...)).)))))))).....(.((((...(((....))).)))))..))))...))))..)))........(((....((((((((.......)))))))))))....(((((...((((((((....))))...)(((((...((((((........)))).))...)))..))((((..((((((((((..((((((...(((((...))))).))))))(((.........(((((((((((((...)))))))))).)))......((.................))......(.((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).............((((((((.(........(((((..((((.....((((((((((((..((....(...(......)...)))...))))))))))))..........((.((((((((......))))))))..........))..(((.(((((.......((...((((...))))(((.....))).....))......)))))......))).....(((((((((((...............)))))))))))..(((.......(((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))))))))(((((((((...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.(((......)))))))))))..)))..(((....))).))))....)))((((....((((..((((....))))....(.....)((.(((...........((((.....))))((((...))))))).)).))))....))))((...))((((...(((..(((((..((((..((............))..))))....)))))..)))))))((...))))))))).((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))))).)((((((((.((((..(((((.((((.......)))).....)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...).)))))))))))).)))).(((..((((..((.....))))))..)))))))))).(((.((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))))(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((......))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))......))).((((((((....)))))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((.((((((((.((((((....(((((...)))))....))))))....((((((....))))))...............(((.(((((((..............))))))))))...))))).)))....((((((.....))))))........((((..(((((.(((((((((((..((((..((((((...((((((((...(.(((((....)))))).....((((((((...(((((((((((.....))).....))))).)))...)))))))).....)))))...))).......(((((((((((.((((((.(((((((((..............................((((..(((.((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...)))))))))).(((((.(.......))))))...((((((((........))))))))...))))).))))....)))))))))..))).....(((((((..........)))))))....................(((....((((((((.(.((((((.(((((....)))))...)).)))))..)))))))))))(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))....((((((((.....)))))))).((((...((((.....))))))))((((.(((..(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))...))).)))).((((((((.............(((.(((((.((((((.(((.(((((...).)))).)))..)))))).))))).......[[[[[[[[[[)))..]]]]]]]]]]))))))))..........................)))))).))))))))...........))))))..))))..))))...(((((.((.((((....)))))).))))).........((((.(((((...))))).))))))))))))))))..)))).((((..........((((((((.((((((((.....(((((.....)))))....((((((((..(((....((((....)).))..((((...........)))))))))))))))..))))))))))))))))(((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).((((....(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))).))).((((((((.....)))))))){{{{{{{{{{{{.{.{{{))))}}}.}}}}.}}}}}}}.}}...(((.((....)))))((((.(((((((.(.(((((......((((.((((....)))).))))...))))))...)))))))))).)((((((((((((..........))))))......(((....)))....(((((((((....)).)))))))......)))))))))...))))).))))))))))..(((((.....(((((((((..(((............((((((((.(((((....)))))))))))))............)))..)))))))))....))))).))))...........((((((((....)))))))))))))))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).............(((.....)))..(((((((((.......(((((......)))))........)))..))))))...................((((((((((......((((..((....))))))..........((........)).....(((((...........)))))....))))))))))....(((....((((....))))........((((((...................................(((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))......((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))((((..((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((...))))))))).........................((((...............))))))..))))).)))).(((((((((((..((((.(((.....)))..........((.((((.(((((((..(.((((..((((.((((.......................................................................................................((((...............((((((......(((.....)))..))))))........(((.(((((((..((.(((..))).))..))))))).)))...........))))(((((((..((((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....))..)))).))))..)))).).....((((((...(((...((.....(...((((((((((..((((((((.............))))))))..)))...((....))..))))....)))...)..))((((..((((....))))...))))...)))..))))))..((((.((((.....)))).)))).........))))))))))))).)))).........(((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((...(((.......................)))...)))))))....((((((.....))))))......))))))........))))))......))))).)))).))))))))).)))).))).(((.(((((((((.....).......(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))..........)))))))))((((.((....(((((((..(((..((.(..(...((((((((....(......)...))))))))...)..).))..)))..)))))))...)).))))..)))))).....)))....(((((....))))).............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((...((((((((((((....(((((((((..((((...((...))..))))))).))))))....((((((....((((((((.(((......((((.......))))...((((((((.((((((..(((((.(((.((((...(((.((.((((((.....((((.(((((..(((...)))))))))))).)))))).)).)))))))..(((((....)))))......))).)))))))))))..(((.((.((((((.(((....))).))).))).)).)))........)))).))))))))))).)))).))))))..))))))..)))))).(((((((...((((((((((((((.(.((((..(((.((((((........)))).))...)))..)))).((.((....)))).......).))))))))))).((((.(((((............(((((((((((((...)))))))))).)))......((((..(((...((((..(((..(((.......((((((..(.(((((.(((((((.......((.(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...))))))).))))))))).....))))).).))))))..(.(((((((((..(.....(((((((((.(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))....((((((((.....))))))))......((((((((((.((((..((((((.((((.(((((((((((((((((........))))))))))))..))))).).))).)))..((((((((..(((((.((...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))..))))))))..(((....))).((((((((..((((..((..((((..(.(((((((.((((((.......((..(((((..(((((.((.((((....)))))).))))).((((...((((........)))).)))))))))..))..))))))...)))))))..(((((..(((((..(.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((..((((...(((....))).((...(((.......))).)).))))))))))))..)))))))))..))))).))))))..))))..))..))))....(((..((((((((((.....)))).))))))..)))...)))).))))..(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))))))..((((((((.....))))))))..)))..))))....)))))))))))))))...))))....)..)).))))))).)..)))...((((((((..(((((......((((.((((....)))).))))...)))))..).))))))).))).))))..((((((..........)))))).......)))...))))...(((((((((....)).))))))).))))).))))..)))..((....))..))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((....(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)....))..)))..))))))))).)).)))))......)))).))))(((((((((....))))))))).........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((..(........................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((((.(((((.((((((((.((((.((....((((((......))))))......))))))...))))..............))))...)))))............))................................((((......((((............)))).))))((((((((......((((...(((....)))......))))...)).)))))).....(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.((((((.(((.....(((((((.......))))))).)))...))))))...))))))....))))))).(((...(..(((((.......)))).).)...)))....................................................(((..........)))...((((...((.(((...(((.(...((((((((..((((((((......(......................).......).)))))..))....(((.......(((((((......))))))).......)))......)))).............)))).)....))).)))......))....)))).............((((...((...(((((((((((.((.....)).....))))))))))).)).))))..(.(((((..(...((((.........((((..(((((......)))).)..))))...)))).)...)))))...)..............((..((.(((((....))))).....))(((.(((.(((........((((((..(((((((..((((((((...............))))))))..)))...((((........))))(((.((((((...((((..(((((((.((((...((((...((...((.(......)))...))..))))..))))))))))).......))))..).))))).......)))))))....)))))).))))))...)))...))((((((((.((((..((((..((((.............))))...))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...))))))...................((((...((...)).))))...(((((((((....(((......((((((((....))))))))....))).....))))))))).....(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))).......................(((((((...((((((((..(((..(((..(.((((((...).....))))).....)...)))..)))..))))))))..))))))).))).))).))..)(.((((((....))))))))))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.(((............((((((((........(((((.(((.......(((((......)))))........)))...))))).............(((((((((.((((((((..((((...(((((.(((..((....(((....((((((.....((((.(((((...(.....).))))))))).))))))....))).))...(((((....)))))......))).))))).))))...(((.....(((((.(((....))).))).)).....)))........)))).)))).((..(((((((((((.((((...(((((((((...............................(((..(((.((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((....(((.....)))..))))))...............((((((((((...))))))))))...................................................))))).))))....))))))))).(((.((((((.........((((..((((((((((((................(((....((((((((...((((((((((((....))))).).)).))))...)))))))))))(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))..................................(((.....)))......))))))))..(((.((((((((((((........))))))))))))...)))..))))..)))).((((((((..(((((.(....(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..))))....))))))..))))))))..(((....))).)))))).)))..))))))).)))))))).))........)))))))))........))))))))..............((((((((((...((((...((((.(((((...))))).))))((..(((((..((((....))))..........(((((..(.((((((((.....(((((.....)))))....((((((((..((((...(((....)))......(((.......)))....))))))))))))..)))))))))..)))))(((((((((((((((....(((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((.((..((((..((((((((((((.....))))))).))).))..))))..)).((((((((.....)))))))).....)))))......((((..(((((.((((...........)))).............(((.((((((((..(((((......((((.((((....)))).))))...)))))..).))))))))))..................................................((((((((......).)))))))..)))))..)))).....))))).)))))))))).)))))..))...((((((((..(((..((....(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)....))..)))..)))))))))))).)))))))))).......))).((((((((....)))))))).))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.(((.(((........((((((((........(((((((((.((....((((((....))))))......)))))..)))))).........(((((((((((((..(((((((.((((((..(((((.(((.((((...(((....((((((.....((((.(((((..(((...)))))))))))).))))))....)))))))..(((((....)))))......))).)))))))))))..(((.((..((((..(((....)))..)).))..)).)))........)))).))).(((..(((((((((((.((((...(((((((((.....((.....))..((((....))))..((((..(((((.((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((.......(((((....((((.(..(((...................((((((((((...)))))))))).(((((..........)))))...)))..).))))....)))))...))..))))).))))....))))))))).(((.((((((.........((((..(((.((((((((......(((.......(((....((((((((...(((((..(((((....)))))..)...))))...))))))))))).((((((...((((((((......)))))))).....)))))).....((((((((.....)))))))).....))).(((.....)))......)))))))).(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))..)))..)))).((((((((.(..(..(((...(((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..))))...)))..)..)))))))))..(((....))).)))))).)))..))))))).)))))))).))).......)))))))))...)))).)))))))).........)))..((((((((((...((((...((((.(((((...))))).))))((..(((((..((((....))))..........(((((..(.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((..((((...(((....))).((...(((.......))).)).))))))))))))..)))))))))..)))))..(((((((((((((.((.(((((...(((..(((((((((.......))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))......((((..((((((.............((((((......((..((((((.(((((((...(((((......((((.((((....)))).))))...)))))....)))))))))).))).((.((((((..........))))))))..))......))))))..(((((((((....)).))))))).))))))..)))).))..))))).))))))))...)))))..))...((((((((..(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))..)))))))))))).)))))))))).......)))(((((((((....)))))))))))))))...