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UACCUGGUUGAUUCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUACGCAAAUUAUACUGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAGUUUAUUUGAUGUUUCUUGCUACAUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCGUAAAAAGCCCCGACUUCUGGAAGGGGUGUAUUUAUUAGAUAAAAACCAUCCUCCUCGGAGUUUGGUGAUUCAUAAUAACUUCUCGAAUCGCACGGCCUUGUGCUGGCGAUGCUUCAUUCAAAUAUCUGCCCUAUCAACUGUCGAUGGUAGGAUAGAGGCCUACCAUGGUUGCAACGGGUAACGGGGAAUAAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCCGACACGGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACAAUGCAGGGCCCUUUUGGGUCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAAUCCCUUAACGAGGAACGAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGAAGUUUGGUCUCGGACGCUGGGUCUGCUUAAUUGCAUGUACUUGACGGUCCGAGACUUCCUUCUUGGUGAACGGCCGCCCUCGGGUGGUCCGGAACCAGGACUAUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCCAUAGGCCCGAAUAUAUUAGCAUGGAAUAACAGAAUAGGACGUGCGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUAGAACUGCCGUAAUGAUUAAAAGGGACAGCCGGGGGCAUUAGUAUUUGCACGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUGUGCAAAGACUUCCUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAGGUUAGGGUAUCGAAAACGAUUAGAUACCGUUGUAGUCUUAACAGUAAACUAUGCCGACUCCGAAUCGGUCGAUGCUCAUUUCACUGGCUCGAUCGGCGCGGUACGAGAAAUCAAAGUUUUUGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGAAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUCACCGGGUCCGGACAUAGUAAGGAUUGACAGAUUGAUGGCGCUUUCAUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACCUUGACCUGCUAAAUAGACGGGUUGACAUUUUGUUGGCCCCUUAUGUCUUCUUAGAGGGACAAUCGACCGUCUAGGUGAUGGAGGCAAAAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCCGGGCUGCACGCGCGCUACACUGACAGAGACAACGAGUGGAGCCCCUUGUCCGAAAUGACUGGGUAAACUUGUGAAACUUUGUCGUGCUGGGGAUGGAGCUUUGUAAUUUUUGCUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUCAGCUUGCGUUGACUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGGCUUAGUGAGGACUUGGGAGAGUACAUCGGGGAGCCAGCAAUGGCACCCUGACGGCUCAAACUCUUACAAACUUGGUCAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUAUCUGUAGGUGAACCUGCAGAUGGAUCAUUU |
| Reference structure (ext) |
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Afold
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
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.(((((((.......)))))..))............(((((((....(((.(((.((((..((((((.......))))))....(((((.................)))))...(((....(((((((.((.((.(((.((....(((((..............................(((((...........)))))....((((((.......((((..(((....)))..))))......))))))............))))))).))))).)).))))..)))....))).....((((.....(((((.((((((((.......)))))))).).....)))).....)))).............(((.(((..((.((((........)))).))...)))...)))))))))))))((((..((((((...((((.....)))).))))))...............((((((((((....))))))))))(.((((((((((..........(((((............(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).............(((((.(((((............(((...(((...((((((((.(.(((((.(((......)))...))))).)..))))))))......(((((.....(((((((....))))))).....))))))))...)))..............(((((.(.....((((...))))......)...)))))((((((((((((((((((.....)))))))))))))).))))....))))).))))).......)))))(((..(((((........((((((((.(...((.......))...).))))))))...))))).))).((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((((.......)))))....)))))))))).)..........)))).................)))))))......(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((....((((.(((.((((((................(((.........)))(((((((((((((.......(((.((..........)).))).....)))))...((.((((..((((((((.(((((.(((.(((...((....(.((((.......)))).)..))...))).))).)))))......(((((((((...)))))))))(((.(((((((.......(((........)))........))))))).))).....))).)))...).))))))).......)))))))))).)))).))).))))(((((((...((((((......(((.(((......))).)))...))))))....))))))).(((((((((((((((............))))).(.....)..))))))))))((((((((.(....)))))))))......))...)))))))))).))....(..((.(..((((.((....((((((((.(((..(.(...((..((((.(..(((((.((((....)))).)))))..)))))...))..).)..))).))))))))...)).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........ |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.(((..((((((.......))))))..))..))))..))))))................................((((((((........))))))))((((...((.................(((((...((....)))))))....((.......))..((((..(((....)))..))))(((((.............)))))((.((((.....))))))...................(((((...(((((....((((((((.......)))))))))))))....)))))...................((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))(((.((.(((((.(......(((((((((.....(((((....((........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).......)).....)))))......))...))))))...).......)))))).)).)))..((.....)).(((.(((((((..........))))))).)))...........((((..(((...(((((((((((.(((((((((......))).).))))).).))))))))))..)))((((((...((((((((....))))))).)..))))))))))...(((((((............)))))))..((((...))))...........))..((((((((((((((((((.....))))))))))))))..))))))))....................................(((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))(((......((((((((((.....))))))))))...((((((((((...(((...((((((.(.......).))))))(.((((((...........)))))).)....(((..((((((((.(((.........)))))))))))..)))........)))...)))))))))).....))).....((((((.............................((((.((((.....)))).))))))))))...............(((.........))).((((...........)))).............................(((((((((((((((..(((((((...((((.(((((((((.......))).)))))).)))))))))(((((......(((......).)(((((((((...)))))))))(((.((((((((((((((.........)).)))))).....)))))).)))........))))))(((..((((...........))))..)))........(((.(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....))))))))))..(((((((((((............))))).......(((())))((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))))))....))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..(((...(...((((.(.((((((.((((....)))).)))))).)))))...)))...)..))).)))))))))).)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((...........((..(((.....)))...)).((((........))))............................))).........................................(((...(((((((..........((...................(((...........)))......................................((....))..................))..............(((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))......(((...(((...................(((...((((((........)))).))...)))((((..((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))))))))................................................))..))))).)))).(((((((((((.(((((((((.....)))...............(((.........((((.............(((((.............(((......)))............(..)))))).....................((..)).....................................))))(((((..((.........)).)))))......))))))))).......((((((......................................(((((((..((((((..........(((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))...........))))))..)))))))..............(((((((.((((((((((((((((((....(((..........................((((((((................))))))))........((....))....................((((..((((....))))...))))..)))....)))))....(((((((((....((((.((((.(..............................))))))))).........(((((..(......((....))....)..))))).....))))))))).(.((((........)))).).......)))))))))..((((....................(((.((((..((((..........................))))..)))))))....((((.(.......))))))))).................)))).)))).)))......))))))....)).)))).))).(((.(((((((((.....).......(((..(((....)))..)))............)))))))))))...(((((.........................((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))).))))))........)))))))))))..)))).....(((((((..(((..((....(...(((.................................)))...)....))..)))..))))))).......................)))..)))..((....))................ |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............(((.......(((.....)))...).....)).((.......((((((((.....))))))))))(.((((((((.....((((..............))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((............(..(((((...(.((.....)......(...).).)).))))..(((....)))..(..)(((.(((((..)))))..))))...........((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((.((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((.((...)).)))))))))))..)))...((....))..)))....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.......(((....).(((((...(((..(((((....((..(.((...))......)..))......)))))..))))))))(...)))((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((........))))).))))))..)))))))..(((((.(((.....)))))))).....))))))........)))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((.(((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.((..........((..........))...)))))..))))))........(((......((....((((.......((((..(((....))))))).................((((.......(((((..((...))..)))))))))(((((((((...)((((..((......))..))))...)).)))))).......(.((((...((.....))..)))))..))))....))...)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))...........((....))....((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)))))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))....((((((.........).((((..(((......((((..((((((..(((..(.....).......).))......))))))..)))).........((((((((((..)))))))).))..............(...(.......((...((((...))))(((....))).....))......)...)..............(((((.(((.(.((.............))))))))))).((((.......(((((.((...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))))))))......))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.((...........))))))))))..)))...((....))..))))...)))..((((.(((((..((((....))))...)))...............(((((((((((.....))))(((.((((............((.....))(....).(((((...(((..(((((..(.((......(..........)..))).....)))))..))))))))...((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((((((.((((..((((((((((((........).)))))).)))))..)))))))..(((((.(((.....))))))))....)))))).........)))......((((..((.....)))))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...)).......)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((.(((((((................)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))))))).)))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((............(((....)..(((.....))).........)).((.......((((((((.....))))))))))(.((((((((.....((((..............))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((....((((....(.((.....)............).)..)))))).(......)...(..)(((.(((((..)))))..)))............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((.(((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((.((...)).)))))))))))..)))...((....))..)))....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((....(.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((.((.((..........)).))...)).)))))..))))))))...((((((((...((.((..((....))..))(((......)))...))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((........))))).))))))..)))))))..(((((.(((.....)))))))).....)))))........))))))))).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((.(((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((...(((.(((((((.((((...)))...(((((((((.((.(......).((..........))...)))))..))))))........(((.....(((....(((((......((((..(((....))))))).................((((.......(((((..((...))..)))))))))(((((((((...)((((..((......))..))))...)).)))))).......(.((((...((.....))..))))).)))))....)))..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))...........((....))....((((((...(((((...))))).))))))..).........(((((((((((........))))))).))))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))))))))))))....(((((((.((........((((.((((......(((((...)((((.(((..(.....).......).)).)....))).....)))).........((((((((((..)))))))).))..........................((...((((...))))(((....))).....))...........(....)........(((((.(((.(.((.............))))))))))).((((.......(((((.((...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))))))))).....))))..(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...(((.((((((..((((((((.((...........))))))))))..)))...((....))..)))....)))..((((.(((((..((((....))))...)))..............((((((((((((.....))))(((.(((((...........((.....))(....)..((((...(((..(((((..((((..((............))..))))....)))))..)))))))((..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((..(....(..........).)...)))))..)))))))..(((((.(((.....))))))))....)))))).........))).))....(((...(.....).)))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...)).......)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))))(....).)).))))..((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((.(((((((................)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((.......)))))).(((((....((((((((..(((((((((((((((((...((((((.......)))))).............((((((.....(((((.....{{{...))))).....((((((((.....}}})))))))).....))))))..)))))))).....(((((...........)))))....((((((.......((((..(((....)))..))))bbbbb.))))))......BBBBB...(((((((((...(((.(((((((.((((.....(((((((.......(((((((((((..((((((((((((.(((((((.............((((....))))..(((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...).))))))))))............(((((((((((((....)))))))))).))).........((((.......<<<<...........))))>>>>....))))).)))).))))))).))))(((((((((.(((((((..........)))))))........((((((([[[.))).))))(((((((((((.(((((.(((......)))...))))).).))))))))))....(((((((...((((((((....))))).)))..)))))))]]].((((((((.....)))))))).........((((...))))..........))).))))))(((((((((((((.....)))))))))))))))))))))...)))))))..))))....)))).)))...........(((.((((((((((.(((((...).))))))..)))))))).)))...(((((.((((((((((.....))))))))))..(((((.........))))).((((((...........))))))....aaaa.a...)))))AAAAA........(((..((((((((.((.((......))))))))))))..)))....((((((....)))))).....)))).))))))).))))))))))))....((((.....)))).....((((.((((.....)))).))))..)))))))))))).......(((((....)).)))(((((...........))))))))))....)))))......(((((((.(((((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))((((((.....((((....)).))((((((((...))))))))((((.((((((((((((..............)))))).....)))))).)))).......))))))(((..((((...........))))..)))..((((......(((((((.(.((((((...((((...(((.(...)))).))))..)))))))...))))))))))).(((((((((((............)))).......(((....)))(((.(((((((((.....))))))))).))).))))))))))...))))).))))))))))(((((((.....((((((((((.(((........(((.((((...((((((.((((....)))).))))))..))))...)))......))).))))))))))....))))...)).).........(((((((((....)))))))))))))))).. |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........))).....................((((...((((((...............................((((((...(((((.......................................(((....)))(((.....)))))))).......((.......(((((...........)))))..................((...................((.((................((((..(((.....))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)).))))))...........................................................................................................................(..(((.....)))..)...................)))))).............(((...............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((..................)))))))..)))...((....)).........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((......(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))......((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((..........................)))...)))))))..........................((.....)).......))))))..))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).......((..((((....))))..)).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...((((.(((.....((((......)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).............((((...........((((((...............................(((((..((((((.........))))))..........................((....)))))))...(((((..(((((..((((.......(((((...........)))))))))..)))))..............................((((...............((((..(((.....))).))))........................((.(((....((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))))))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........))))))))).)).............................................................................................................))))....)))))((((((......(((....)))..))))))....))))))............))))...........((((((((...................(((((((..((((((......(((((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).((..((..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((....(((..((((((((................))))))))..)))...((....)).........)))..((((.((.((((((((....))))....................(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....((.........))..((((((((.......((((((((((((.((..(((((....((...((((.(.).))))..))..((((........)))))))))..)).)))).))))))))((((....)))).(.(((((((((.((((...((((........................))))...)))))))..(.(((.((.......))))).)....)))))))........))))).))).......)).))).))))))))).))...)))).))(((((((((.....).......(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...((((.((((((((.(((......))).))))))))))))...)....))..)))..)))))))...)).))))....)).))))))))((((.(((((....))))).))))........ |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.((((.(((((...(((((((((...((((((((((..((((((.........((((..((((...))))...))))..((((((.....(((((.((.....)).))))).....((((((((.(.....))))))))).....))))))..)))))).......((.((.((((((((....(((((..((((((((.....((((..(((....)))..))))...)).))))))((((.((.......(((((((((...(((.(((((((.((((......(((((((...(((.((((((((((..((((((((.(((.(((((((...((((..((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))..))))......((((.(((((..((......(((((((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..)))))......))...)))))).).))..))))).)))).))))))).))).((((((....(((((((..........)))))))..(((((...(((.((((((((((...(((((((((((..((((((((......))).).))))..).))))))))))..)))).((((...((((((((....))))).)))..)))).))))))((((((((.....)))))))).....))).((((...))))........))))).))))))(((((((((((((.....)))))))))))))))))))))...)))))))..(((((((..((((((..(...((((..(((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))......(((....)))..))))..)..))))))..)))))))....))).)))))))))).(((((((.......(((.((((......)))).))).((..((((((...(((..((((.((........))))))..))).))))))..))..((....))...)))))))....)))).))))))).)))))))))))).......((....))..)))))).))))).)))))))))).))....))))))))))((((.....(((((....)).))))))).))))).)))).(......).))))).)))).(((..((((((..(((((((((((((((...((((((((((.((((.((.((....((((.(((.............))).)))).....(((.((((..((((((((..((.....))..)))).....))))..)))))))..)).)).)))).))))).))))).(((....((((.....((((.((((..((((...........))))..)))).)).)).....(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....))))))).)))).((((((((((............)))).......(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))..)))))).)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((.((((.((....((((...((((((.((((....)))).))))))..)))).)).))))....))).)))))))))).)).))))..))))))...)))..(((((((((....)))))))))))))))... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((..(((.(((.((....((((......)))).......)).)))...))).........)))).((((((....((.........(((...(((....))).)))...))..))))))....((((......((((..........)))).))))(.(((.((......((....(......)..)..))).))))....(((.(........)).))................................(..........)...........((.....(.(...((.......(....))).))...))..............((((..............))))..............((((......((...((.(((((....(((((.(((......((((((.......((.....................))...........)))))).)).......).(..((((((......))))))...).......(...(((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).))))).....))).)((((((...))))))...(((((((...(((((.(...(((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))).))).....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..(((((...(...(((.((((((..(((((((..........))))).))..))).............))).....)))...).......))))).....))))).)))))...))....))....))))...((((...(((..((.(((((((.....))))).))))))))))).......(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)..................((.(((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....))))))).))......(((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))).....................(((((((...(((((((..((....((((..((...).)))).......).......))...))..).)).))..))))))).............(.((((((....))))))).......... |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....((................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.(((((.((((((......((((.((((.((((.((....(((((.......)))))......))))))...)))).(..((((((((..((((((....((.........(((...(((....))).)))...))..))))))..))((((......(.((............))).))))((((((((......((((..((((...))))......))))...)).))))))......((.((((.((((.....))))))))......((.....((((((.((..((.(((.....(((((.......))..))).)))...))))...))))))....))))(((..((.(((...........).))...))...)))....(.....(((((....).)))).)...((....))...(((..(((...(((...((((......((.....(...((..((((((((((..((.....(((((((.......((.....))...........))))))).))........((......((....)).............))..)))).............)).))))...))..).............)).....)))).((((...((...((((((((((..............).))))))))).)).))))....)))..)))...)))........((((((..(((((......)))).)...))))))............))))))...).....(((...(((......((((......((((...((.((((.((((..((((...((..((....(.(((..((((((((...............))))))))..)))...)......))..)).).((..((((((...((((..(((((((.((((...((((...((...((....))...))..))))..))))))))))).......))))..).))))).......)))))..))))...)))))).))))...))))..)))..)).)((.((((..(((((.((.(((...........)))))...)))))..)))))).(.((((((((.....))))))))...)..................((((..((((...........))))....))))((....(((.......(((((....)).).))......))).....))............(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))).........................((((((....((((((((.(((..((((..(...((((((((((((((...))))))))))))).)...)..))))..)))..)))))))).)))))..).))))...)).)))).......)))))...)))...)))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((............((((.((((....((((.((.....))..)))).((((((((..........((..................))...((((((.....(((((..(.....)..))))).....((((((((.(.....))))))))).....))))))..))))))))..........)))).))))............(((((((.....((((..(((....)))..))))...)).)))))..................................................................((((((((.......)))))))).................................(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).........................................................(((((((((((((....)))))))))).)))..........................................................((((((.(((((......(((.(((((((..........))))))).)))......(((..(...(((.....(((((((((((..((((((((......))).).))))..).))))))))))....(((((((...((((((((....))))).)))..)))))))....((((((((.....)))))))).))).....((((...)))).......)..))).......(((((((((((((.....)))))))))))))............)))))............((((((.(..(((((((((....(((((((...((((......))))....))))))).((((......(((....)))..((((.....((((((((((............((((((((((.(((.....................................................(((((((.((...........)))))))))................................................................................(((((((((............(((.(((((((((........((((......).)))..(((...........)))....)))))))).).))).................)))))))))....................................................))).))))))))))...........((((..(((...)))..)))).............(((.(..........).)))....))))))))))...))))......))))..)))))))))..).)))))).))))))..............(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....)))))))......(((((.((((............)))).................(((.(((((((((.....))))))))).)))..)))))..........................((((.((..((((((((((.(((............((((...((((((.((((....)))).))))))..))))............))).)))))))))).)).)))).............)).(((((((((....)))))))))......... |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((.....(((((((..(((((((.....)).))))).((.(((((.((((...((((((((...((((((..((((..((((...))))....))))))))))..))))).)))..))))..))))).))......((((.((((((((......(((((..........((((((((...((((((((((((((((..........(((((((((((..(((.((.(((..........((((((.(((((.((((.....)))))))))................(((((...(((((....((((((((.......)))))))))))))....))))).))))))....((((....(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).((.((....)))).....)))).)))))))).))))))))..)))...........(((((((((((((....))))))))).)))).)))))))))).......))))))...)))).....)))).((((..(((((..(((((((((..((((......((((.(((((((..........))))))).)))).....)).))..))))....)))))..)))))....(((((((((........((.((((......)))))).....(((((((...((((((((....))))).)))..)))))))....((((((((.....))))))))....)))))))))....))))..........)))))...((((((((((((((.....))))))))))))))..)))))))).))))...)))))))...))))))))))))(((.......((((((((...((((......))))....)))))))).(((((((..(((....)))...((((((...((..(((((((........((((((...((((((...........))))))....((((((...((((..(((((((((((((((..((((((((.((.((......))))))))))))..)))...((....))..(((((((.((..((((..((((..(((((((.((((...((((.((....)).......((......))..))))..)))))))))))..))))..))))..))..))))))).....))).))).))))))....))))..)))))).....))))))...((((.((.((((((((((.((((((((((((((..(((.((.((....((((.(((.............))).)))).....(((.((((..((((((((..((.....))..)))).....))))..)))))))..)).)).)))..))))).)))))..(((((.(((........(..((((..((((...........))))..))))..)....(((.(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....))))))))))..(((((((((((............)))).......(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))..)))))))))).))))).........)))))))))))))).)).))))...)))))))..))..(((.((((...((((((.((((....)))).))))))..))))...))).......)))))).......)))))))....))).........((((((((((....))))))))))........ |
