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UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCACGUGUAAGUACGCACGGCCGGUACAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUGGUUCCUUUGAUCGCUCCAUCUGUUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCCGACGAGCGCUGACCCCCAGGGAUGCGUGCAUUUAUCAGAUCAAAACCAACCCGGGGCCCCCGCGCCCCGGCCGCUUUGGUGACUCUAGAUAACCUCGGGCCGAUCGCACGUCCCCGUGACGGCGACGAUACAUUCGGAUGUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUACUUUCUGCGCCUACCAUGGUGACCACGGGUAACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCGACGCGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACAGGACUCUUUCGAGGCCCUGUAAUUGGAAUGAGUACACUUUAAAUCCUUUAACGAGGAUCUAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGCUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUCUUGGGAUCGAGCUGGCGGUCCGCCGCAAGGCGAGCUACCGCCUGUCCCAGCCCCUGCCUCUCGGCGCCUCCCCGAUGCUCUUGACUGAGUGUCCCGGGGGCCCGAAGCGUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCCAAGCAGGCCGCGUCGCCUGGAUACUUCAGCUAGGAAUAAUGGAAUAGGACUCCGGUUCUAUUUUGUUGGUUUUCGGAACUGGGGCCAUGAUUAAGAGGGACGGCCGGGGGCAUUCGUAUUGUGCCGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGACCGGCGCAAGACGAACCAAAGCGAAAGCAUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUCGGAGGUUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUUCCGACCAUAAACGAUGCCGACUAGCGAUCCGGCGGCGUUAUUCCCAUGACCCGCCGAGCAGCUUCCGGGAAACCAAAGUCUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAACCUCACCCGGCCCGGACACGGAAAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUCGAUUCUGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCCUCCAUGCUAACUAGUUACGCGACCCCCGGCGGUCGGCGUCCAACUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUUCAGCCACACGAGAUCGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCGGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAACGGAUCAGCGUGUGUCUACCCUGCGCCGACAGGUGCGGGUAACCCGCUGAACCCCGUUCGUGAUAGGGAUCGGGGAUUGCAAUUAUUUCCCAUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGUGCGGGUCAUAAGCUCGCGUUGAUUAAGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGUCCUCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCAACGGCCCUGGCGGAGCGCCGAGAAGACGAUCAAACUUGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......)))))....(((((...........(.....(((.(((.((((........))))(((...((((...(((((.................)))))((((..(........)..))))))))..((((((....(((((((..(((((((...............(.((((....((....))..)))).).........((((((......(((((((......)))))))....))))))..)))))))....(((((((............((((((............(((.((((.((...........)).)))))))..........((((......))))..))))))...((((((((....))))...))))........))))))).......)))))))))))))...))).)))))).).....(.(((...((((.....)))).))))(((((..(...(((...((((((.(((....)))..)))))).)))...)..)).))).....((((((....))))))(((((((((.......((((.....((....)).......))))))))))))))))))......))..............((((((.................))))))((((((.((((....))))....)))))).((((((((....(((.....((..(((((((..((((..((((..((.((((((((((..((((......))))..........((((((((.....((((......))))))))))))..(((((................(.((((((((..(....(((((((.......)))))))......)..)))))...))))(((((.(((.((((((((...((((......))))....)))))))).............((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).)))))).....))))))))..)))))....((((((.((((......))))))))))....)))))))))).))...))))...))))..))))))).))..)))......))))..............(((((.(((((((..((....((((.(((.((((((................((((........)))).((((((((....((((....(((((((....((((..(((((.(((((.(((((.(((((..(((.((((((........))))))...((((.((......))))))...............)))))))).).....((((((((......)))).))))...))))..)))))......(((((.....))))).)))))..)))).......))))))).....))))...))))))))...)).)))).))).))))..((((.((((((.((......((((((((....))))))))..)).))))))...))))(((.....((((..................)))).....))).............(((((((((.....)))))))))......))...)))))))))).))..(.(..((.(..((((.((....((((((((.(((...(((.((...((((((((((((((((((....)))))))))))).).)))))...)).)))...))).))))))))...)).))))...).))...)..)..(((((((((....)))))))))))))..... |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((()))))((((.....))).)((((((((.(((((......))))))).....((((...))))...))))))........(......)((((((((((((((.((...........))..(((((((((...(((((((((((.....((((..(.((((....((((.(((.((.((.................)))).))))))).....)))).)))))....))))...)))))))..)))...(((...((((.((((.....))))))))(((.....))).......)))(((((.......))))).....(((((((((.((.(........((.....)).((((((.......))))))((((.((.((((........)))).)).).)))).)).)))).))))).........(((...(((((......))))))))(((((.........(((((((((.(((....)))..)))))).)))......)).)))(((((((((((....))))))(((((((((.......((((.(((.((....)))))....)))))))))))))......)))))......)))))).....................((((((......(((((((((((....)))).)..)))))).))))))(((((((((..((((.((((((..(((((((......)))))))..))))))))))......((((((((.....))))))))..(....(((((......))))))...(((((((..((((((((((((((((((....))))))))))))))..)))).)..)))))).................))).)))))).(((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))..................))))))((((((.(((((....))))))))))).((..(((((((((..((((((.)))))).)))))))))..))...((......))........)))))))).....(((((((.((((.....)))).))))..(((((((((.........(((((((.((((.((((((((((((((...((((.(..((((((((((.((((..(((((..(((..(((.((((((((.....(((..(((((((((((((.((...((((.((((.......)))).....)))))))))))..))))))))..)))(((((.(()).)))))))).)).))).)))...)))....(((((.....))))).)))))..)))).))..).))))))).)...)))).).)))))))).)))........((((((.((((((.((((((.((...(((((.(((((....)))))))))))).))))))...))))))))).)))))....((((...........))))......))))..))))).))..((((((((.....)))))))).))))))))).......)))............((.(..((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...).))........((((((((((....))))))))))........ |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.................(((.....)))..(((((((((.......((((.........))))........)))..))))))......................................(((..(((....))))))............((....((((......((((...(......)...))))))))....))..................................................................((((.((((.....))))))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((.........)))))))..)))...............................................))))).))))..........................................................................(((..(((((((((((((((((....)))).)..)))))))))).)).)))...............((....((((((......))))))....))...........................................(((......)))...............................(((((((((...................)))))))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((.((((......))))))....)))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(((..((((((((.(............)))))))))..)))...((....)).............(((.......(..(((((....)))))...).....)))....((((....(((((((((......((((.....)))).....................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))).....(((((((((..................)))))))))........(.(((((((.((((..(((((.((((((......)))).))...)))))..)))))))..(((((((.......)))))))...))))).................)))))))...)))))).................(((.((((((((..(...(......(((.(((((....))))))))....)..)..))..)))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))...................((.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((.((((.(((((........))))).))))...)))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).))..........((.(((((....))))).)))))))))... |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
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Murlet(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((.....))).)))).((((........))))...................)))))...)))).........(((....(((((...((((.................((.......(((.....)))...(((((..((((............................))))..))))).......))........................................................((((..............))))...))))...))))).)))....)))))).....((((((((.......))))))))........)))))..((((((((....))))...))))....((((((((.....((((((.(..(.(((..((.(((.(((.((((.((...........(((((...))))).(((.(((((.............(((((((.........)))))))...........................................(((((((..(.(((....))))(((((((((((((((.(((.....)))............(((((.(((((((..(.((((..((((....((((...............(((......)))............................................((((......))))...........))))........((...............(((((...((.(((......)))...........))...)))))..........(((((...........................)))))..(((((((..((((((.((...(((((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))..)))))))..............))..))))..)))).).....(((((...........((...((..........(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))...))...))..((((.....((((..((((....))))...))))...))))..)))))..((((.((((.....)))).)))).........))))))))))))..))))...))))).(((((((((((..(((((.....(((((.((..(((((..((.....(((.(..((((.(....).))))..).)))..)).)))))..)).)))))((((..((((((....)))).))(.(((((((.((((..(((((...(((((.....))))).....)))))..)))))))..(((((.(.......))))))....)))))...)))).............))))).)))).)))))))....))).))).(((.(((((((.......(.......(((.((((....)))).))).......).....))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))))).)))))))).)))))))))).))....(((((((..(((..((.(..(...(((((.((((.......................)))))))))...)..).))..)))..)))))))...))).)..).))))))....))))))))(((((....)))))............. |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((...............(((.......(((.....)))...).....)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((..(............)............))))...)).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........((..((((((.(....((.....).).......).)).))))))..(.....)((....)...).((((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((...(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))).......))))....))((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).))).....))).....))))))))))...(((((((((((..........))))))....(.(((....))).)(((((((((((.....)))))))))...)).))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((((((........))))))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..(((((((((((..((((........(((((((((.......(((((.......)))))........)))..))))))(.......(((.....((((...(((((.............((((........(((...........)))...))))(......(((((..((....))..)))))).(.((((((((.....((((............................))))...)).)))))).).........((((...((.....))..)))))..))))...))))..))).((.....(((....((((((((.......))))))))))).......))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))...........(......)....((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).)))))).)))....).((.................))))))....(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))....((((((...........((((..............(....((.((.((...................)).))....))..).............(.....(..(((((((......)))))).)...)........)..................((...((((...))))(((......)))....)).........................((((((((.(..................)))))))))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..(((((((((.(..(.....).))))))))))..)))..(((....))).))))....))).((....))(((..((((....))))...)))..........(((((((((((.((((.....))))(((.((((((.....(((...)))....(.........)..........(((((....(((.....((..(......)..))...)))))))).........((..((((((((...((((.(((((.((((.....))))..))))).)))))))))...(((..((((.((((..(((((....(...)..............)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))).........)))......))((...(.....).)))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...).)......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))((((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((................))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))....))))))).))).((.(((((....))))).)))))))))... |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((....(..........(((....).((((.....)))...).....)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((..(............)............))))...)).)))))).).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))(((((....(((((.....(((((..(((............(..(((((.(....((.....).).......).)...))))((.(.....)......)...)..(((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..))((....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))((((..(...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))(((...)).)))))))).))))..))).))))).........(.((((((((((((((.....))))((((.(((((...((............(((....)))((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))(((.((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((...(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))........))))))).))((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).))).....))).....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))..(((((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((((((........))))))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).))..))..)))(((((((((....)))))))))))))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..(((((((((((..((((.........(((.((((.((....(((((.......)))))......)))((................(((....(((((...(((((.............((((........((((.........))))...))))(......(((((..((....))..)))))).((((((((((.....((((............................))))...)).)))))))).........((((...((.....))..)))))..))))...))))).)))(((....((((....((((((((.......)))))))))))).....)))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))........)).))))))......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).)))))).)))......((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))))))))))))).....(((((...........((((......................((.((...................)).))......................(........(((((((......)))))).)............)..................((...((((...))))(((......)))....))(........)...............((((((((.((................))))))))))..(((((((...(((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))...)))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.((..........))))))))))..)))..(((....))).))))....))).((....))(((..((((....))))...)))..........(((((((((((.((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))..............(....((((....(((((...(((..(......)..))).)))))))))....)....(((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).))))))))))))))))...(((..((((.((((..(((((..(((...).........))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))).........))).....)))((...........)))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...).)......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((................))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))))))..))).((.(((((....))))).)))))))))... |
|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((((((((....((((..((((.(((...)))..)))).)))).(((((......)))))((((...((((...))))....))))...........((((..(((((((((((((((...(.((((.(((((.((((((((((((((...((((((((...(((((.((.((((((.(((...))).((((((...((((((((((...(((((.(((((((......))))))).....))))))).))).)))))........((.((((.((((.....)))))))))).(((..(((((.((.((......)))).)))))..)))....((((((((....((((..((.((.....))))..)))).........((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))))))).)))).)))))).....(((.((((((...).)))))..((((((.........(((((((((.(((....)))..)))))).)))......)).))))....((((((....))))))........)))............)))).))))))))))))..))))).((((.....))))..))))))))))))))....((.(((((((.((((....)))).))))).)))).((((....)))).(((.(((.(((((((.(((((.((.(.((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))))))))))....(((((((.....)))))))(((((...(((((.(...))))))................(((((((((((((((....)))))))))))))).)....))))).)))))...........))))))).))).))).(((((.((((((((((.(((((...).))))))..)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).....)))))))))).((((((.((((.(((.(((((........)))))..))).))))..........)))))))))))))((((((.(((((....))))))))))).....(((((((((..(((((...))))).))))))))).........................))))))))))))....((((.((((.....)))).)))).....................((((........))))..(((....)))..((((((((..................))))))))(((((((((((((((.((((((..(((((((((((((.((...((((.(((.............))).))))))))))..)))))))))..)))(((((......)))))..((((............)))).((((((((.(((((...(((.((((((((.(.(((....))).))))..)).))).)).).))))).)))).)))).(((.((((((.((((((......(((((.(((((....))))))))))...))))))...)))))))))..((((((.(((((....[[[...))))).....................(((((((((.....))))))))).]]]..)))))))))...))))).))))))))).)..((((.....((((((((((.(((..((((......(((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))......))))..))).))))))))))....)))).............))).((((((((....)))))))))))))))))) |
|
RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........)))....................((((.......((...............................((((((...(((((..........................................(((....)))(((.....))))))))......(((......(((((............)))))..................((.................................((.((..................((((..(((.....))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))).)))))....................................................))))).)))).)))..)))))).(((((((((......((..............(((((((......))).))))......................................................................................................................(((..(((.....)))..)))......)).(((......)))..........))).))))))..........(((..............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).))).......((....))............))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((......(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))......((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((.........................)))...))))))).........................((...)).......))))))..))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).......((..((((....))))..)).............))))))))))..(((((((((((............))))).......((....))........(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))))((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...((((........(((((......)))))..........))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((.....))).)))).((((........))))...................)))))...)))).........(((....(((((...((((.................((.......(((.....)))...(((((..((((......(((((..((....))..)))))))))..))))).......))........................................................((((...((.....))..))))...))))...))))).)))....)))))).....((((((((.......))))))))........)))))..((((((((....))))...))))....((((((((.....((((((.(..(.(((..((.(((.(((.((((.((...........(((((...))))).(((.(((((.............((((((((......))).)))))...........................................(((((((..(.(((....))))(((((((((((((((.(((.....)))............(((((.(((((((..((((.(..(((((...................................................................................................................................((((((......(((......)))...............................((((((((.....................))))))))..(((((((..((((((.((...(((((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))..))))))).))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........)))))))).).))))..(((((((.((((...............((.(....)..))((((.....)))))))))))))))...))))))))))))..))))...))))).(((((((((((..(((((.....(((((.((..(((((...(..(((....(..((((.(....).))))..)..)))..).)))))..)).)))))((((..((((((....)))).))(((..((((.((((..(((((.......................)))))..)))))))..(((((((.......)))))))....))))...)))).............))))).)))).)))))))....))).))).(((.((((((((..............(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))))).)))))))).)))))))))).))....(((((((..(((..((.(..(...(((((.((((((.((((......)))).))))))...)))))...)..).))..)))..)))))))...))).)..).))))))....))))))))(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((.((.((((..(((((((.....)).))))).)))))).(((.((((.((((((.((((...(((....((((((.(((..........((((((((((((.......((((.....((((((.(.....)...))))))....)))).........((((.....(((((...(((((((((((.((................((((((((((((......)))))))..(((((..(((((.(((.....((((..((((((((((.((((((((.(((.((........(((((.((.((......)))).))))).((((.(((.((((((((((.((((..((.((.....))))..)))).)))..(.(((((((...((((((........)))).))...)))..))))..)...))))))).))).))))...))))).)))))))).)).)))).............((((((.(((....)))..)))))).))))..))))...(((((((.(((((....))))).(((((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))))))......)))))))..))).))))).))))).....)))))....((((((.(.((.((..(..((((....))))..)..))))).)))))))).(((((...((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))))))).(.(..((((((((.....))))))))..))..))))).)))))).))))).....)))))......(((..(((((((((....)))))))))..)))....))))....))))))))))))...((((((.((((.((((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).....((....))...((((..((.(((((((...((((..((.(....)))...)))).))))))).)).....((((((..(((((.........((....))..((((....((((((.(((((....))))))))))).(((((((((.((((.((((.....)))).)))).))).......))))))...)))).........)))))))))))...))))((((.....)))).)))).))))..........(((((..(((((.((((.(((..(((((((((...((((..(.(((((((.((.((((..(((((.....((((.((((...((((((.((((((........))))))....((((.(((.............))).))))....))))))..)))).)))).(((((......)))))..((((..((....))..))))..(((((.....))))).)))))..)))).))....))))))).)...)))).).))))))))((.((....))))..(((.((((((.((((((.(.((.(((((.(((((....)))))))))))))))))))...)))))))))...)))...(((((..........)))))......))))..))))).......((((((.....)))))))))))....))))))))).))))))))))))).)))).)))))).((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).))..............))).))).((((((((....)))))))).))))))... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..((((.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(......))))(((......(((..(((.((((.(....(((((.......)))))......).))))..).))...((.....((((.((((.......................(((..((((((.(.........(((.....((((......((((..........)))).))))..((((......(((...(.....)....)))...))))...(..((.(.....)))...................................)...............................((.((.....(((...(..((((((.))))))).)))..))....))................(.(.)..)...))).)))))))..)))))))...)))).))..((.(((((....(.((((..(.....(((((.(.......((.....................))...........)))))).).......)).(.(((((.(......))))))..)....(...........(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).)))))......).(((((.......)))))..(((((((...((((.(...(((((((((((((((((.(((((.......))).))...)))))))))))))....(((....)))..)))).)....))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..(...(((.(((((..(((((................)))))...)).............))).....)))...)......)))))))).......).)))))..))...((((((.((......................................................((.((((..(((((.........................)))))..))))))....(((((((.....))))))).....................(((.(((((((....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).....)))).))...........)))))).((((((..((.(.(((.(..(.(((((..((....))..))))).......)....)...)))..)...).)..)).))))..)))...))).)(.((((((....))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((...(((.(((((((.((.(((((.((((((((.((((.((....((((.........))))......))))))...))))..............))))...)))))..............)).((((..((((((((.........(((.....((((.........(...((....))...)...))))(((((.((.....((((............................))))...))..))))).......(.(.((((...((.....))..))))......((((...(.((((.(((.(..(((.....(((((...........))))).)))....).)))...)))).)....))))).)..(((...((.((((((........)))).))...))...))).((((.((((.((....((((((...(((((...))))).))))))(.((...(((......((.((.((......)).))..)).)))....)).........).....((((...............))))))...)))).))))))).)))))))).........))))..))))))).)))..))..((((((((.....(((......((((.....((...(.......((...................))......)......))..........(....(.....(......).......).....)...............((((((.....((((....(((....(..(((......)))....).....)))......))))....(....((((((((((...............))))))))))..)(((((((...(((..(.....(((((((((.(((((((.((.((((......))))))...))))))).))))).....((....))...)))).....)...))).)))))))...((((.......(((.(((.(((.(.((((.....(((...((((..........(..((......(((..(..(((((...............)))))..)..)))((((.....((..((........((((((...((((..(((((((..(((...((((...((...((.(......)))...))..))))..))).))))))).......))))..).)))))...)).....))..))))))..)...)))).)))...))))...))))....))).)))(((((((((((((((.((((((((...((((.(((((.((((.....))))..))))).))))))))).(.(((...(.(.((((..((((...(..............)......))))..))))).)(.(..((((.......))))..)...).)))...)....(((.((((..((((...........))))....)))).))).(((.((.(((.(....(.........((((((((....))))))))....)......)..))).)))))...(((((.(((((..........)))))....((..((....))..)).((((((((.......))))))))......))))).)))...))))).))))))))))...((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((((.((((..........)))).)))).).)))))...)..))))..)))..)))))))...)).))))....))))..)))))).))))..))).)).)))))).)))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((....((((..((((.((.....))..)))).))))..............((((.((((...(((....((((((.(((.............................................................(((((((........(((............................)))..............(((((.(((((((......))))))).....)))))..))))))).....(((..((..((((((.((((((((.(((.((....................................((((.(((.(((((((....((((..((.((.....))))..))))........(((((((...((((((........)))).))...)))..))))......))))))).))).))))...))))).)))))))).)).)))).............((((((.(((....)))..))))))...))..)))...........((((((....))))))((((((((.....................................)))))))).............................................((((....((.((..(..((((....))))..)..))))...))))............((((.((((((..(((((((......)))))))..))))))))))......((((((((.....)))))))).............................((((((.....(((..(((((((((....)))))))))..)))....((((((((.(..((.(((((((..((((((..(...(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).....((....))...))))..)..))))))..))))))).(.((....)))...))..)...((((.........))))..)))))))).........................((((((.(((((....)))))))))))................(((((...)))))........................))))))..................................................................((((..((((.......(((((((..........(.((((((.....((((..(((((..(((.((((..(.(((((.((((((....(((((((.((((.((...((((.(((.............))).))))))))))...)))))))................))))))))).))..)..)))).))).....(((((.....))))).)))))..))))........)))))).)..........)))))))................(((.((((((.((((((.(.((.(((((.(((((....)))))))))))))))))))...)))))))))...................................))))...)))).......................................))).))))))))))))).))))...((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).............))).((((((((....)))))))).))))))... |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((..((((((......(((((...((((.((((((((.(((((......))))))).....(((.....)))...)))))).....)))).(((((((..((...((((((((((((.....((((((((((((..(((..(((((((((.(((.((((......((((...(((...)))..)))))))).))).))......(((((.(((((((......))))))).....)))))..)))))))....((((..((((((((((.((((((((.(((.((........(((((.((.((......)))).))))).((((.(((..(((((((((.((((..((.((.....))))..)))).)))....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))......))))))..))).))))...))))).)))))))).)).)))).............((((((.(((....)))..)))))).))))..))))...(((((((((((((....))))))(((((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))))))......))))))))))..))))))....((..((((..((...(((((((...((.((..(..((((....))))..)..))))..))))))))).))))...((((.((((((..((..(((......)))..))..)))))))))).))...((((((((.....)))))))).))))))..((((.((((((((......(((((((.((..(((..(((((((((....)))))))))..)))((((((((((((((..((.(((((((..(..(((......(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).....((....))...)))).....)))..)..))))))).((.(....)))...))..)...((((.........)))).)))))))))....))))....)).....((((((((((((.(((((....))))))))))).....(..((.((((.(((((...))))).)))).))..).....))))))..)))))))......)))...))))).....((((((((..((((.(((((...)))))......)))).....((....))..(((((..(((....)))..((((((((..((..((....))..)))))))))).)))))))))))))..))))..........)))))))))))).....))......)).)))))....)))))......))))))....(((((((......((((((.(((.((((..((....))..)))).((((((((.(((((....((.(((..(((...(((....)))..))).....))).))...))))).)))).)))).(((.((((((.((((((.((...(((((.(((((....)))))))))))).))))))...)))))))))..((((..((((((((..(((((..........((..((....))..))....((((((.....))))))..))))).)))))))))))).........))).)))))).((((.((..(((((((((..(((..((((.((...(((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))...).))))))..)))(((((((((....)))))))))))))))... |
