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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00417



RNA: CRW_00417
Rfam family: -

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((((((((((((((((..(((((((((((................(((....))).......(((((................))))).....................(((((((((..........(...((..(.(((....))).)...)).)..........)))))))))(((....)))....)))))).)))))...((((((((....((...((((.((....)))).))...))))))))))))))))))))))...)).......(((((.........)))))....((((((.......)....((((((........)))))).........................)))))..................................))))))))).....................................(......)................(.......(((....))).....)...........((((((((((.............................((((........))))........(((((((.........................................................................................................)))))))...((((((.....)).......))))...................((((((........))))))....................(((((((.........))))))).............)))........))))))).......((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))(((((((((((..((((((((...(((.(((..((....))......(((.....((((((..................)))).)).(((....(((..((....)).)))......))).........)))...((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).)))).)))))....(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))))....(((......(((((...(((...........((((((.............((((((........))))))..............(.((....))))))))).....)))....)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))...........((((((..........))))))..))).(((.......(((....))).....)))........(((((.((((((....((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((.....))).......))..))...((........))....).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((......)))).........(...(((((((........)))))))...).....))))).....(((((((.........)))))))......))....))))))))).))....(..((.(...((((((..((......(((((..................)))))......))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((..((.....((.((..(((....)))..)).))(((((................))))).(((.......))).......(((((((((.......(((((..((..(.(((....))).)...))))))).......)))))))))(((....)))))..)))))).)))))...((((((((....((..(((((.((....)))).))..)))))))))))))))))))))))...)))......(((((.........)))))...(((((((....(((.((..((((((........)))))))).)))..........((....))))))))).....((((.........))))............))))))))))..))....)))..................((((((((....)))..)))))......((((......(((....)))....))))....(((..(((((((((((.....(.......)..(((((((((...((((........))))........(((((((..(((.................................................................)))............(((((.........))))).)))))))...((((((((........)))))))).))))))...........(((((((........)))))))(((......))).......(((((((.........)))))))......)))...))))........))))))).)))...((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))................((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((..(((((((((((((................(((........)))......(((((.....)))))......(((........))).((((((((..((((((....))).)))..((((.(((((.((((.....(((....))).((((((..((((....)))).))).(((((....))))).....)))...))))))))))))).........))))))))......(((((......))))).)))))))))))))((((((......(((((.........)))))......(((((.....)))))..))))))...................................((((..........[[[[.))))....]]]]...........))))))))))))...............(((....[[[..)))...]]]..........(((((((((.((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((...((((((.(((.((((((((.....((((........))))........(((((((..(((.....)))...((((((...((((..(((....(((.....)))..................................)))))))...))))))......))))))).....)))))))).....((((......))))..)))........((((((((......))))))))..)))))).((((((.....))))))..))))))((((((((......))))...))))........)))))).......((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))..))))).......)))(((((((((....)))))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((((((((((((((((....(((.(((((((.(((..((.((..(((....)))..)).)).............((........))((((.(((.(((((((((....))).)))..))).)))..)))).......(((....))).....))))))........))))))).((((((....((((((..((((...))))...))))))......)))).)).........(((((......))))).)))))))))))))...)).......(((((.........)))))......(((((.....))))).((((((........))))))..........((((..((....))...)))).....((((.........))))...........)))))))))))).((....(((((((((((.........)))..((((....))))............((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((...(((((.....((((..(((((((.((((........))))...((((.((((((((((((..........................)))))..(((.....))).((....))..((.........))............(((((.........))))).)))))))...((((((((........))))))))........((.....)).((((((((......))))))))....)))).((((((.....)))))).)))))))))))....))...)))...))))))........)))))).)))...((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..)))))).)))).))))....))((((((((((....)))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((({{....((((((((((((((((..((((((((((...............................................................(((...............[[[[[[[[....))).((((..((....(((....))).....))))))........]]]]]]]]((((....))))...)))))).)))).....((((((((..............................)))))))))))))))))))))...)))......(((((.........)))))...(((((((............((((((........))))))................((....))))))))).....((((.........)))).......)))))((((}}.......))))....(((.((((..........(((((............))))).........(((((((.((.........................aaaa.)).......(((((......(((((<<<<....((((........))))........(((((((......................................(((.....))).....................................((((.........))))..)))))))...<<<<<))))).........>>>>>..>>>>.............(((((..........)))))....)))))....)))))))(((((((.........)))))))......))))....))).........AAAA.((.....((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))......)).........(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((.(((..((..(..(((....)))..)..)).........................((((.(((.(((((((((....))).)))..))).)))..)))).......(((....))).....))))))................((((....))))...)))))).)))))....(.((.(((.........))).))......(((((......)))))))))))))))))))...)))......(((((.........)))))......(((((.....))))).((((((........))))))...........(((..((....))...)))......((((.........)))).............)))))))).........(((((...(((.........)))...(((....))).............((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((...((((...)))).((((((((....((((........))))...((((.(((((((..(((.................((........))....(((.....))).((....))............))).............((((.........))))..)))))))...((((((((........))))))))........((.....)).((((((((......))))))))....))))..(((((.....))))))))))).))(((((((...)))))))..))))))........)))))).)))...((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))....).))))......((((((((((....)))))))))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((..((((((((((((..((((((((((((((.(((..((....))..(((..(((((.....)))))...................((((.((..(((((((((....))).)))..)))..))..))))..............))).....))))))................((((....))))...)))))).)))))...((((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))))))))))))))))..(((((.....(((((.........)))))...(((((((...((((.((..((((((........)))))))).)))).........((....)))))))))....)))))........................))))))))))))......)))))....(((......[[[)))...]]]..........((((((.((.((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((...((((((....(((..((((((...((((........))))........(((((((..(((.....)))...((((((...((((..(((....(((.....)))...........((.........))..........)))))))...))))))......)))))))...((((((((........)))))))).)))))))))........((((((((......))))))))..)))))).((((((.....))))))..))))))((((((((......)))))...)))........)))))).......((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))..))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((.(((.........(((....)))................................((((.(((.(((((((((....))).)))..))).)))..)))).......(((....))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))).................(((.............{{{{{..))).}}}}}.)))))))))))))...)))......(((((.........)))))...((((((((..[[[))))).((((((........))))))....]]].....................))).....((((.........))))............))))))))))).......(((((((((((.........)))..((((....))))............((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((...((((...)))).((((((((....((((........))))...((((.(((((((.(((((..........<<<...................(((.....)))....................)))))...........(((((......>>>))))).)))))))...((((((((........))))))))..................((((((((......))))))))....))))..(((((.....))))))))))).))(((((((...)))))))..))))))........)))))).)))...((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..)))))).)))).))))......((((((((((....)))))))))).......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((..((((((((((((..((((((((((((((.(((..((....))..(((..(((((.....)))))...................((((.((..(((((((((....))).)))..)))..))..))))..............))).....))))))................((((....))))...)))))).)))))...((((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))))))))))))))))..(((((.....(((((.........)))))...(((((((...((((.((..((((((........)))))))).)))).........((....)))))))))....)))))........................)))))))))))).......(((((...(((.........)))....))))).......((((((.((.((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((...((((((....(((..((((((...((((........))))........(((((((..(((.....)))...((((((...((((..(((....(((.....)))...........((.........))..........)))))))...))))))......)))))))...((((((((........)))))))).)))))))))........((((((((......))))))))..)))))).((((((.....))))))..))))))((((((((......)))))...)))........)))))).......((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))..))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......))...((((.((..(((...........))).((((((..))))))(.(((.(((....)))).)).).(((((.(...((..))...).)))))))))))((((((((((((.((((..(..(((((((((((((((((((((..((((..)))..).....)))(......).((((((.(((((..))))).(((....((...))...))(((.(((.............))))))..(((((......))))))))))))((((((....((((......(((.(((((((((..........))(((((...))))).((((((..........)))))).((((((((...((((((..))))))(((((((.((((((((.(..((...(((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))...)))))))))).).))))).))...))))))))((((.(((.(((((..(.(((......))))..))))).))))))).))))))))))(((.....)))))))..))))))((((((......)))))).(.(......).)(((((..(((.(........).)))...((((..(........)).))).).)))).....(((((((((((((..........))))...((.(((((.(((...)))((((((.(((((((...)))))))...))))))..)))).).)).((..)))))))))))).)))).(((((((......)))))))...((((((((......).))))))).....((((..(((.((..)).).))..))).).....(((((((((((((.(((((((..................))))))).))))))))))))))..........)))))).)))))))..))))))))))))).)))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((......(((((((((((..((((((((((((((.(((..((.((..(((....)))..)).)).........................((((.((..(((((((((....))).)))..)))..))..)))).......((......)).....))))))................((((....))))...)))))).)))))...((((((((...........((.((....))))........)))))))))))))))))))..(((((.....((((......((...........(((((((....(((.....((((((........))))))...)))..........((....)))))))))...........................(((.....)))........................................((......)).....((((....)))).............)).....))))....(((..((((((.((((....((((((....(((..((((((...((((........))))........(((((((......................((........))....(((.....)))........................................................)))))))...((((((((........)))))))).)))))))))........((((((((......))))))))..))))))..(((((.....)))))....))))..................................)))))).)))...((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))....))))).........((((((((....)))))))).))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((..(((.((((((((((((..((((((((((((((.(((..((....))..(((..(((((.....)))))...................((((.((..(((((((((....))).)))..)))..))..))))..............))).....))))))................((((....))))...)))))).)))))...(((((((....(((..(((((.((....)))).)))..))))))))))))))))))))))..(((((.....(((((.........)))))...(((((((...((((.((..((((((........)))))))).)))).........((....)))))))))....)))))...........)))..)))).)))))(((.........)))..(((((...(((.........)))....))))).......((((((.((.((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((...((((((....(((..((((((...((((........))))........(((((((..(((.....)))...((((((...((((..(((....(((.....)))...........((.........))..........)))))))...))))))......)))))))...((((((((........)))))))).)))))))))........((((((((......))))))))..)))))).((((((.....))))))..))))))(((((((...)))))))................)))))).......((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))..))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))..