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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00418



RNA: CRW_00418
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((..(((((...(((((((..(((......((((.((...............)))))).............)))...)))))))..)))))..))))).(((((((((((....(((((.........(((....((....(((....))).....)).(((.......((..((((((((....((((((..((((((......((...((((((((.......)))))))).....))......))))))..)))))).....(((((((.......((((......((((.......))))......))))........))))))).))))))))..))......))).....)))..(((................)))...)))))...((((...))))..........(((.((((((((..(((.....(((((((((........)))))))))...(((...((..(((....)))))...)))....((((((((((((((((((.(((.......)))...((((((((..(((((.(((((((((((((((....(((.((((((......((...................))....(((....)))..........))))))......(((........))).)))..)))))))))((....)).)))..))).((((((.....(((((((.....((((...((..(((((((...........)))))))....))..)).))...))))))).....))))))))))))))))))))))))))........)))))).......((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))..)))))......))))))))))).)))..))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((..(((((...(((((((..(((...............................................)))...)))))))..)))))..)))))..)))))................................)...(((....)))..................................((((((..((((((......((..(((((((((.......))))))))..)..))......))))))..))))))...................((((.(((..((((.......))))..))).))))((.....................))...............(((....))).......................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((........))))))))..................(.....................)((((((...................................................................................)))))).................................................................(((((((((((((.............)))))))))))))......................((((((......))))))......................((((((.........))))))((.......))........(.........).........((((((........(................................).......))))))................((((((((((....))))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((....(((....((((((....((((((((...(((.(((................(((.....((((((((...............)))))).)).(((....(((..((....)).)))......))).........)))...((....)).....)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).)))))....(((((........(((.....((....)).......)))..)))))...)))))).......)))........((((........))))............))).))))))).((((....((((((((................(((....))).......................((((((...((...((((.........))))...))))))))........(((((((((........)))))))))..((((........((((...(((........)))....))))....))))..((((.((....(.((((((((((...(.((........)).)........(((((.(...........((.((((..((((((.(((........((......))...........((....))............))).).)))...))))))))....).)))))..)).)))))))).)...((((.....))))..........((((((......)))))).....)).)))).........(((((((.........))))))).......))))))))...))))......(..((.(...((((((.................................................))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((..(((((...(((((((..(((...............................................)))...)))))))..)))))..)))))..)))((...........)).................)))...(((....)))......................(((((((.....((((((..((((((.((...((..(((((((((.......))))))))..)()))...)).))))))..))))))......(((((........((((.(((..((((.......))))..))).)))).........)))))...)))))))................(((....))).......................((((((...((...((((.........))))...))))))))........(((((((((........))))))))).........((((.((((..(((..........))..).)))))))).......(((.......)))....(((((.............................................(((((......................((......))...................................))))).((((((((((((((.............)))))))))))))).......))))).........((((((......))))))......................((((((.........))))))((.......)).......(((.......))).((.(...((((((.......(((...(((.................)))....)))......))))))....).))........((((((((((....))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((..(((((...(((((((...(((....)))........(((.............))).......(((....))).)))))))..)))))..))))).(((((((((((....(((((...(((((((((((..(((...(((....)))........(((.....(((((((...(((((....))))).)))))))...........((((((((.......))))))))..)))))).....(((((........))))).......))))....)))))))..............((((((......(((((......((((....)))).))))).............(((....)))))))))................)))))...((((...))))..........(((.((((((((..(((.....(((((((((........)))))))))...(((.......(((....))).....)))....((((((((((((((((((.(((.......)))...((((((((..(((((....((((((((((((.(((....((((((.............(((.................(((....))).......)))))))))......(((........))).)))..))))))))).........)))......((((((.....(((((((................((((((......)))))).((((......))))........))))))).....))))))))))))))))))))))))))))............)))....((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......)))))).))))))......))))))))))).)))..))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((..(((((...(((((((...(((....)))........(((.............)))......((.......)).)))))))..)))))..)))))..)))))..........................((((((.(((((((...)))........(((...........((((((((....((((((..((((((.((...((...((((((((.......)))))))).....))...)).))))))..)))))).....(((((((..((((.((((.(((..((((.......))))..))).))))...)))).))))))).))))))))..........)))...(((....))).(((...............)))..((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.((....((.(((((((((........)))))))))...(((.......(((....))).....)))....(((..(((((((((((((.(((.......)))..(((((((......(((.((.((((((((..((((((.......((((..((.(((((......((........))....(((....)))...........((....))................)))))...))..))))......))))))..)))))))).)).))).((((...))))...........(((((((...........)))))))..((((((....)))))).)))))))...((((.........)))).)))))))........)))))).)))...((((((....((.(((...(((..(((.......)))..)))....))).))...)))))).......)).....)))))))))).)))...)))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((..(((((...(((((((..........................................................)))))))..)))))..)))))..))))).........................((((.......(((....))).................((((((....((((....))))..))))))............((((((((.......))))))))........................................................((((.......))))........(((((...................))))).............(((....))).......................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((........))))))))........................................)))).........................................................................................................((......))..........................................(((((((((((((.............)))))))))))))......................((((([[......)))))]]...................(((((((.........)))))))......................................((((((.......(((...((...................))....)))......)))))).................(((((((((....)))))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((..(((((...(((((((...(((....)))........(((.............)))..................)))))))..)))))..)))))..)))))..........................((((((.(((((((...)))......................((((((((....((((((..((((((......((...((((((((.......)))))))).....))......))))))..)))))).....(((((((..((...((((.(((..((((.......))))..))).)))).....)).))))))).))))))))................(((....)))........................((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.((.......(((((((((........)))))))))...(((.......(((....))).....)))....(((..(((((((((((((.(((.......)))....(((((.............((((((((..((((((.......((((..((.(((((......((........))....(((....)))...........((....))................)))))...))..))))......))))))..)))))))).......(((((...)))))..........((((((......)))))).........((((((....)))))).)))).......(((.........)))).))))))))........))))).......((((((.......(((...(((.................)))....)))......))))))....))).......)))))))))).)))...)))))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.(((((((..(((((...(((((((...(((....)))........(((.............)))..................)))))))..)))))..))))).....((((........(((((.........(((((((((..........(((....(((((((...........((((((((....((((((..(((((..((...((...((((((((.......)))))))).....))...))..)))))..)))))).....(((((((..((((.((((.(((..((((.......))))..))).))))...)))).))))))).))))))))................(((....)))................))).....((((..(((.....))).))))...........))))...)))......(((((((((........)))))))))...(((.......(((....))).....)))...)).))))))).(((((((.((((.(((.........((((((.(((..(((.((.((((((((..((((((.......(((.....)))...((((((...((((..(((....(((....)))...........((....))..............)))))))...))))))........))))))..)))))))).)).)))...)))...))))))........((((((......))))))....))).)))).))).)))).............)))))..((((.......))))...))))...)).)))..........((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....))).[[[[[)))))).....]]]]]......((((((((((....))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((..(((((...(((((((...(((....)))........(((.............)))......((.(....))).)))))))..)))))..)))))..)))))..........................((((((.(((((((...)))........(((...........((((((((....((((((..((((((...........((((((((.......)))))))).............))))))..)))))).....(((((((..((((.((((.(((..((((.......))))..))).))))...)))).))))))).))))))))..........)))...(((....))).(((...............)))..((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.((.(.....(((((((((........)))))))))...(((.......(((....))).....)))....((((((((((((((((((.(((.......)))..(((((((....[[[......((((((((..((((((.......((((.....(((((..........((((........(((....))).............))))..................))))).......))))......))))))..)))))))).......(((((...)))))..........((((((......)))))).........((((((....)))))).)))))))...(((....]]]....))).)))))))........)))))).......((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))..)))))......))))))))))).)))...)))))))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((..(((((...(((((((...(((....)))........(((.............)))..................)))))))..)))))..))))).(((((((((((............(((((((((((..((((.((((.(((.(....)....))).....(((((((...(((((....))))).)))))))..........)))))))).....(((((...(((.....)))..))))).......................))))....))))))).(((((((......(((((.......(((((......((((....)))).))))).............(((....))).)))))............(....)......(((.....))).)))))))..(((.((((((((.((.......(((((((((........)))))))))...(((.......(((....))).....)))....(((((((((((.((((((.(((((((...((((....))))................(((((((((.(((....((((((.................((........))....(((....)))..........))))))......(((........))).)))..))))))))).....)))))))...((((..(((((((((((((.....(......).....((((((......))))))....))))))))...)))))..))))...)))))).((((.((((.......)))).))))........)))))).......((((((..(((........)))..................((....)).......))))))..))))).......)))))))))).)))..))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.(((((((((....((((((((((((..(....((..))....((..(.(((((..)))).))...))..)..))).)))))))))...)))))))))...)))))).)))).....(((((..)).).))(.(((((.(((((((((..)))...(((.(.(...............).)((((..))))..((.(((((...(.(((..))((((((((....((((((.(.(...)))).))..)).)))..)))).)((.(((((((((((.(.((((((((((((((((.(.((((.((((((......(((((...(((((......))))))))))...((......))((((..)))))))))).)).))(......).((((((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))).((..)))))((.((..)).)).(((......))).)))).((.((((.((((.....................)))))))).))))))).)))))(.((((..(((((((((....(.((........)))..(((.(....(((((((((((.(..(................(.(((((.(((((((...............)))))).).))).))))..)))))))..)))))((((((((((.............))))))))))((((((((((((.(((......)))((((((......)))))).((((......)))).....)))))))))))).)))).(......)))))))))..)(((((.((...........)))))))))))..)((..))))))))))))))))).))))....)))))))(..)...((..)).((((..))))...(((...)))....)))..).)))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((..(((((...(((((((...((......))........(((.............)))..................)))))))..)))))..))))).(((((((((((............(((((((((((........((......))................(((((((....((((....))))..)))))))..........(((((....................................)))))................))))....))))))).(((((((......(((((.......(((((......((....)).....))))).............(((....))).)))))........................((((...)))).)))))))..(((.((((((((..........(((((((((........)))))))))...(((.......(((....))).....)))....((((((((((.((((((.....................................((((((((..((((((...........................((........))....(((....))).........................................................))))))..))))))))..............................((((((......)))))).......................................................)))))).........))))).......((((((.......(((..............................)))......))))))..))))).........)))))))).)))..))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((..(((((...(((((((...(((....)))........(((.............)))..................)))))))..)))))..))))).(((((((((((............(((((((((((..((....(((....))).....)).(((((...(((((((....((((....))))..)))))))...........((((((((.......))))))))......)))))...........................))))....))))))).(((((((......(((((.......(((((......((....)).....))))).............(((....))).)))))........................(((.....))).)))))))..(((.((((((((.((.......(((((((((........)))))))))...(((.......(((....))).....)))....(((((((((((.((((((.(((((((...((((....))))................(((((((((.(((....((((((.................((........))....(((....)))..........))))))......(((........))).)))..))))))))).....)))))))...((((..(((((...(((((...)))))..........((((((......))))))...............)))))..))))...)))))).((((.((((.......)))).))))........)))))).......((((((....((.(((...(((..(((.......)))..)))....))).))...))))))..))))).......)))))))))).)))..))))))))))).