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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00419



RNA: CRW_00419
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))...(((((((........))))).)).......((((..(((....)))...(((((((((..((((.....)))).....))))..)))))((((((((((((.....(((((((......((((((....(((...(((....))).....((.(((((.....(((((((.........)))))))....)))))..........((((((((.......))))))))...)))))..(((((((...........((((((....((.((....((((((....................((((......((((((((..(((((..(((..(((................)))..)))...)))))....))))))))......))))..(((((((...(((........))).((((.((((....((((((.......))))))..........((((((........((((((((.....((((.........((((..((((((((....((......(((((((.....((......((((........)))).......))..)))))))........)).....))))))))...(((((....(((....)))..((...))..))....))).)))).((((((((.((..(((..((((((..(((((.............)))))..))))))(((.....)))..)))..)).....))))))))..............))))....)))))))).......)))))).)))).))))....)))))))....))))))...)).))))))))....((((((...(((..((.(((......................)))))..)))...))))))...))))))).)))))).))).))))..))))))))))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.((.......(((((((((((((((........(((.(((..(((((...((....))......(((((((.(((((.....)))))....))))..)))..........((.......))............................((....))))))).)))))).......)))))....((((....))))....................(((((((((.......)))))))).....................).))))))))))..............(((((.................................(((((.......................................................))))).)))))........)).))))))((((.........)))).....................((((((((.(.....).))))))))..........................................((((((((((((....(((....))).............((((........))))........(((.((((..((((((((.....((((((.....((................(((((..................))))).............)).....)))))).....))))))))..)))).)))........((....................))...........................................................................)))))))........))))).......((((((...(((.....................................)))...)))))).................(((((((((....)))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((((.........(...(((.(((................(((....((((((....((((.....))))....))).)))(((....(((..((((.....)))).)))......)))..((...)))))...((....)).....)))))).).....(..((...(((((....))))).)).)..............(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))).....(((......(((((...((((...........((((((..............((........)).....................(((....)))))))))....))))....)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((((.........)))))))).))).(((.....(((....))).......)))........(((((.(((((((...(((......(.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(((..((..((((......)).......))..))...(((.......)))....))).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...(((.....(((....((((......((((.............(((....)))............)))).....))))....)))....)))..)))...)))))))))).))....(..((.(...((((((...(((.....................................)))...))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.(((((((..((((((((((((((((.......(((.(((..(((((..(((....)))...(((((((((.(((((.....)))))....))))..)))))..(((..((((.....)))).))).......................((....))))))).))))))......))))))...(((((....)))))...................(((((((((.......)))))))).....................).)))))))))).....)........(((((...(((((..........(((((((...............................................((....)))))))))...)))))....)))))...))).))).))))))((((.........)))).....................((((((((.(.....).)))))))).................(....)...................((((((((((((..((((((()))))((((((((((...((((........))))........(((.((((..((((((((.....((((((...((((...((...........(((((.(..............).)))))..........)).))))...)))))).....))))))))..)))).))).((((((((((..................))))))...............(((....))).......)))).......)))))))...)))(.........)))...)))))))........)))))((.(...((((((...(((.....................................)))...))))))....).))........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..[[[.))).......]]]............................(((((((...((((((......(((......((((((.((((........((((((((....(((..((((.....)))).)))......))).))))).......(((....)))...))))))))))........((((.(((((....))))).....(((..((((((((((((((((((.......))))))))...((((((....((((......(((...(((....)))((((...)))))))....))))...........((((....)))).....))))))....(((....))).............((((....))))))))))))))...........)))))))..)))....))))))..)))))))..........(((...[[[[[[.)))...]]]]]]....................(((.....(((....)))[[[....)))..]]]....(((((((.....))))......[[[[.))).........((((........))))...]]]].(((.((((..((((((((.....((((((.....(((........(((....))).....))).........(((..((((...........))))))).)))))).....))))))))..)))).)))(((.....((((.....))))..((((.....(((((((((.(((((...(((....))).))))).)))).)))))....))))..)))...(((....[[[[[.....)))...........]]]]].....((((((.................................................)))))).................(((((((((....)))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((.(((.(((...((.(((((((........))))).))......(((((((...((((((......(((.(....((((((.((((........((((((((....(((..((((.....)))).)))......))).))))).......(((....)))...))))))))))........((((.(((((....)))))....(((((.((((((((((((((((((.......))))))))...((((((.((((.....(((........))).......))))....(((..............)))....((((....)))).....)))))).....(((..(((................)))..)))..))))))))))..))))).......)))).))))....))))))..))))))).(((.((((((((.((((((((.......))))))..........(((((.((.((.......)).)))))))..............(((((((((.(((((((.....((((...)))).(((((((...((((........))))..(((((.(((.((((..((((((((.....((((((...((((..(((...........(((((.((..((....))..)).)))))..........)))))))...)))))).....))))))))..)))).))).....((((((..................)))))).((((......)))).....))))).((((((....)))))).)))))))..((((((((...)))))))).)))))))))).................((((((...(((..((.............................))..)))...)))))).)))))).......)))))))))).)))..))...))).))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((.((((((...((((((((((..((.........(((.(((..((((..................(((((...(((((.....)))))...))).))........((({{{{............)))......................(((....))))))).))))))........))......((((....))))....................(((((<<<......<<<<<<)))......>>>...>>>>>>...)).))))))))))..............((((.......................................................................((((....))))..................))))...))).))).)))))))(((.........))).........(((((........((((((((.........)))))))).............(((....))).......................[[[[[[[[...........................((((........))))........(((.(((...((((((((.....((((((.......................................................................)))))).....))))))))...))).))).....................................................................................................))))).]]]]]]]]((..........((.....((((((...(((.....................................)))...))))))......)).......................}}}}))..........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).................................((......((....))...............((((((.((((........((((.(((....(((..((((.....)))).)))......)))..)))).......(((....)))...)))))))))).............(((((....)))))..........((((((((((((((((((.......))))))))...((((((..........(((........))).......(.......).......................((((....)))).....)))))).....((....))...............(((....))).))))))))))................((....(((.....)))...))...(((((.((((((((.((((((((.......))))))..........(((((.((.((.......)).)))))))..............(((..((((((((((((.....((((...)))).(((((((...((((........))))..(((((.(((.((((..((((((((.....((((((...((((...((...........((((..(..............)..))))..........)).))))...)))))).....))))))))..)))).)))......(((((..................)))))..((((......)))).....))))).((((((....)))))).)))))))..((((((((...)))))))).)))))))........))))).)))...((((((...(((..((.............................))..)))...))))))..............)))))))))).)))..))...))..........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..[[[[.)))))).....................(((((......(((((((...((((((......(((......((((((.((((........((((((((....(((..((((.....)))).)))......)))).)))).......(((....)))...))))))))))........((((.(((((....)))))....(((((.((((((((((((((((((.......))))))))...((((((....((((..(((........)))......(((.....))).......))))...........((((....)))).....))))))...........................((((....))))))))))))))..))))).......))))..)))....))))))..))))))).(((.(((((((.(((.........((((((((.((...)).)))))))).....(((.....(((....))).......)))....((((((((.((((((((...(((..(((..(((((((((((...((((........))))........(((.((((..((((((((.....(((((((((.......((....(((....)))..)).......(((..........)))............)))...)))))).....))))))))..)))).)))(((((...((((.....)))).....................(((((...(((....))).))))).)))))......)))))))...))))..)))....)))...)))))))))).................((((((...(((..((.............................))..)))...)))))).)))))).......)))))))))).)))...)))))...]]]]....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))...((((((..............................(((....)))...............(((((.((((........((((((((....(((..((((.....)))).)))......))).))))).......(((....)))...)))))))))..............(((((....)))))....{{{{{.{{{{{{{{{{((((((((.......))))))))...{{{{{{..........{{{..))))))}}}.((((...............................((.((((....))))))...}}}}}}...........................((((....))))}}}}}}}}}}..}}}}}..(((((........((((...))))..........<<<.<<<<<<<....((((((.......))))))..........(((((.((.............)))))))..............(((..((((((((((((.....((((...)))).(((((((.(.((((........))))).(((((.(((.((((..((((((((.....((((((...((((..(((...........(((((..................)))))..........)))))))...)))))).....))))))))..)))).))).[[[[((((((..................))))))(((((......)))))....))))).((((((]]]])))))).)))))))..((((((((...)))))))).)))))))........))))).)))...((((((...(((..((.(((......................)))))..)))...))))))....)))))........>>>>>>>.>>>...........))))....
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....)))((((((((((((.(.(((........)))))...((..)).))).).)))(((....)))..((((((((.(.((((.......)))).).))).)))))...(((((((((((.(((((((((((...((......))(((((((.(.(((((..)))...(......)).))).)))))).......((((.((((..(..)((((((((((((((((((((((((..))...))))))).)(((((((....(((((((((........)))...(((((((((...((((............)))).))).)))).))..)))))).)))))))..((...))((.(((..((...))..)))))(((..)))))))))))..(((.(......))))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))..((((((.......)))))))))))).))))..)))).(...)).)))))(((...................((((((.(.((((((((..(((((((...))))...(((((((...((.(((.(.((((((((.((.((..(((.((((((((((((.(..((((....(.((((((...(((((.((...(((((((((........)))))))))....).)).).)))((((((.(((...).)).))))))....(((((..........)))))).).)))))...))))..)(((..)))))))).)))..).)))))))))).)))).))).)).))))).)))))))..(......)...)))...))))))))((...........))....((((((((((((..((...................((......))))..)))))))))))))))))))))).(((...)))...))))).))))))))))).).).))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(..(((((......)))))..).....................................................(((((.((((..........((.........((...(.........)..))............)).........(((....)))...)))))))))..............(((((....))))).......................((((.........))))...............................((((((.....((((....(((((...((((...............................................................((((....)))).........))))....)))))...(((..(((((((...................(((.((((....((((((.......))))))..........((((((........(((((((((....(((.................)))...)).......................(((((...((((........))))........(((.((((..((((((((.....((((((................((......)).............................................)))))).....))))))))..)))).))).................)))))...........................................))))))).......)))))).)))).))).....)))))))....))))))).......))))))....((((((...((.......................................))...))))))...............................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((..(((((((.((((((((((............((((...(((((((...((((((......(((......((((((.((((........((((((((....(((..((((.....)))).)))......))).))))).......(((....)))...))))))))))........((((.(((((....)))))....(((((.((((((((((((((((((.......))))))))...((((((....((((..(((........)))......(((.....))).......))))...........((((....)))).....))))))...........................((((....))))))))))))))..))))).......))))..)))....))))))..))))))).....))))................((((((((.(.....).)))))))).....))))))))...((....((((...........(((..((((((((((((...(((..(((..(((((((((((...((((........))))........(((.((((..((((((((.....((((((...((((..(((...........(((((.((............)).)))))..........)))))))...)))))).....))))))))..)))).)))(((((...((((.....)))).....................(((((...(((....))).))))).)))))......)))))))...))))..)))....)))...))))))........)))))).)))...((((((...(((..((.............................))..)))...)))))).............))))..))..)).)))))))......))))))))