|
|
|
UAAAGGUUUGGUCCCAGCCUUCCUAUUAAUUGUUAGCAAAUUUACACAUGCAAGUAUCCGCGCCCCUGUGAGAAUACCCUUUAAAUCACCUAUGACUGAAAGGAGUAGGUAUCAAGCACACUUAUUUAUAAGUAGCUAAUCACACCUUGCUUAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGAUAAAAAUUAAGCCAUGAACGAAAGUUCGACUAAGUUAUGCUAAUAUUUAGGGUUGGUAAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAAUUAAUAGGUAGCGGCGUAAAGCGUGUUAAAGAACACUAAAUAAAAUAAAGAUAAAACUUGACUAGGCUGUAGAAAGCAACAGUCAAGACUAAAAUAAACUACGAAAGUGACUUUAUUACUUUUGAUCACACGAUAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACUUAGGUAAUUUAAUUAACAAAACUACUCGCCAGAGGACUACUAGCAACAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUUAUAUCCAUCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGAUAAACCUCACCGCCCCUUGCUAAUACAGCUUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUUAAAAGGAAUAACAGUAAGCUUAAAUAUUUCACAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAGCUUAUGGGGCGGGAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUAUAACUAGAAUAUUCACGAAAGUUUCUAUGAAACUAGAAACCAAAGGAGGAUUUAGUAGUAAGUUAAGAAUAGAGCGCUUAACUGAACCAGGCCAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUUUUAAGUCUACUGAUAUAUAAUCUCAGACUAACUAAUAUUAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGACGAAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((.....(((....))).....))).)).(((..(.(((..(((((....))))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))......((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))....(((((.....((((...(((.............((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..))......(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<<......))..>>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((.....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((....)))))......(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..(((.....................................)))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((((((((......((((((.....((((((((..((((..((......)).(((.((((((.(((((...............((((((..((....)).))))))....(((..(((((....))))).)))....((((((((((((((....(((....)))........((((......((((((..(((((....))))).....((((((((........((((((((.....(((((........))))).......))))))))........((((.((((..((((((((((((...............(((((((......(((((((..(((......)))...)))))))............(((....))).)))))))..(((((...........((((((........((((.........)))).....))))))((((....))))............)))))..........(((.......(((....))).....))).((((....(((((((.......(((.......)))............((((........))))......)))))))))))..)))))).)))).))..)))).))))..)))....(((....))).))))).....)))))).....))))........)))))).))))))))..))))))))))))))..))))..))))....(((((....))))).....))))..(((((((......)))))))...))))))...........(((((((.........)))))))..)))))))).....................((((...((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).))))))................((((((((((....))))))))))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((....(((((((((((((((((..(((((((.(((..((....))...((((((....((((((((...(((....)))...))))).)))(((.........(((((....))))).(((((...........)))))...)))..)))))).....)))))).)))).....(((..(((((....))))).....))).))))))))....(((((((......(((((...((....)).....))))))))))))..)))))))))((((..(((.....(((((....))))).............(((....(((((((..(((......)))...)))))))..............(((((((((.....))))))))))))..)))...)))).........)))))))))))..))......(((((((((((.......(((..(((.......)))))).......)).)).)))..))))...(((((..........(((..(((((((((((((.(((...((((((((((((((((...((((........))))........(((((((..((((.(((.(((..(((...((........))....(((....))).)))..)))..((((((..................))))))....)))))))....)))))))..))).)))))))....))))))....................(((((((......)))))))....)))((.((((((..(((((............))))))))))))).....)))))))........)))))).)))...((((((.((((((...(((((...((.......))..)))))....)))))).)))))).)))))(((.......((((((((((....)))))))))).)))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((...........))(.(((((((((((((((((.......((....................))........(((((...(((....)))...)))))................(((((....))))).(((((.(.......).)))))....(((....)))..........................(((((....))))).........))))))).....(((((((((.......)))))))).....................).)))))))))).)............(((((....)))))....................((((((.....(((.(....).)))))))))..............(((((((((.....)))))))))...........((((((........((((.........)))).....))))))(((......)))....................(((....))).......(((....)))............(((..(((((((((((((.(((.......)))(((((.......((((........))))........(((((((..(((..............(((......................................................................)))..)))....)))))))..................(((((....)))))...........(((((((......)))))))....................(((((((.........)))))))....))))).)))))))........)))))).)))...((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).))))))................((((((((((....))))))))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......))))))(((((((((((((((((((....(((.(((..((....))...((((((.................((((((..((....)).)))))).....((..(((((....))))).))............((...))........)))))).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).).)).))))))).....(((((........(((.....((....)).......)))..))))).))))))))))..((........))(((((....)))))....................(((((((..(((......)))...)))))))...........(.((....))).(((((((((((..(...........((((((...((...((((.........))))...))))))))......)..)))))))................(((....))).........................)))).....((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..)).....(((.....)))...).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((......))))......(....(((((((......)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)...(.(..((.(...((((((.((((((.........((((.........)))).......)))))).))))))....).))...)..)..(((((((((....))))))))).......) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.......)((((.(((((((((((((((((.((((.((((.....((....)).....)))).)..((((((((...(((....)))...))))).)))............(((((....))))).(((((.((.....)).)))))....(((....)))..........................(((((....)))))....)))..))))))).....(((((((((.......))))))))(((()))).............).)))))))))).)..))).......(((((....)))))....................((((((.....(((.(....).)))))))))..............(((((((((.....)))))))))...........((((((...(....((((.........))))....)))))))((((....))))....................(((....))).......(((....)))............(((..(((((((((((((.(((.......)))((((((((....((((........))))....(((.(((((((.((((............(((((......................................................................))))))))..).)))))))).)).((((.....))))(((((....)))))..(((.(....(((((((......)))))))....)..)))..........(((((((.........)))))))))).))))).)))))))........)))))).)))...((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).))))))................((((((((((....))))))))))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......)))))).........(((..[[[.....)))..]]]........(((....(((((...((((((((...(((....)))...))))).))).......(((..(((((....))))).)))..)))))...))).....(((.(((....)))....[[[[)))...............(((((....))))).........]]]]........((((((((......((((...(((.[[[[)))..)))))))))))).............]]]](((.....(((((....))))).......(((((((......(((((((..(((......)))...)))))))............(((....))).)))))))............)))...((((((.((((...))))[[[[[[[...........))))))((((....))))..]]]]]]]...........(((....)))((((...(((....)))............(((..(((((((((((((.(((.......)))(((((((((((.((((........))))...((((.(((((((..((((.((((((((((.....................(((....))).......))))))).............(((.....))).......)))))))....)))))))(((...............(((((....)))))..)))......(((((((......))))))).....)))).....)))...(((((((.........)))))))))).))))).)))))))........)))))).)))...((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).))))))...)))).........((((((((((....))))))))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(....)))))))((((((((((((((((((((((((((.(((..((((((((......))).).))))..........((((((..((...))..)))))).........(((((....))))).(((((.((.....)).)))))....(((....))).....))))))................((((....))))...)))))).))))))).....(((((((......(((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((.((...(((((((....)))))....................(((((((..(((......)))...)))))))..............(((((((((.....)))))))))(((....))).((((((...((...((((.........))))...))))))))((((....))))......................(((((.((..((...(((....)))..........))..)))))))(((((((((.(((.......)))((((((((....((((........))))....((..(((((((..(((...(((.(((.......((........))....(((....)))...........((((((...(((......)))...)))))).))).))))))....)))))))..))..(((((........))))).((((((...(((......(((((((......))))))).....)))..))))))....(((((((.........)))))))))).))))).)))))))))))..)).)))).((((...((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).)))))).................(((((((((....))))))))).))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((((((((..............................................(((((...(([[[[[[))...))))).]]]]]]..{{......((........))...........................(((....)))...........................((((....)))).......................((((((((.......)))))))).......................))))))))))...............((........)).....................(((((((..(((......)))...)))))))...............((((((((.....))))))))............((((((........((((.........)))).....))))))..................................................((....))..................((((((((((((..............(((((((<<....((((........))))........(((((((..((((..........................................................................................))))....)))))))......)))))))......((((....))))............(((((((......)))))))....................(((((((.........)))))))>>.........)))))))........))))).......((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).))))))..................((((((((....))))))))}}....... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........)))).(((((((((.((((((((((((.(((.(((..(((.((((......))).)..)))..........((((((..((...))..)))))).........(((((....))))).(((((.((.....)).)))))....(((....))).....))))))...............(((((....)))))...))))).))))))).....(((((((((.......))((.((....))))........)))))))..)))))))))..((((.((.....(((((....)))))....................(((((((..(((......)))...)))))))..............(((((((((.....))))))))).((....))..((((((........((((.........)))).....))))))((((....))))......................(((((.((..((...(((....)))..........))..)))))))(((((((((.(((.......)))((((((((....((((........))))....((..(((((((..(((...(((.(((.......((........))....(((....))).........)))((........................))......))))))....)))))))..)).((((.....)))).......((((((...(((......(((((((......))))))).....)))..)))))).....((((((.........)))))).))).))))).)))))))))....)).)))).((((...((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).)))))).................(((((((((....))))))))).))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((......((((((.....((((((((..((((..((......)).(((.((((((.(((((...............((((((..((....)).))))))....(((..(((((....))))).)))....((((((((((((((....(((....)))........((((......((((((..(((((....))))).....((((((((........((((((((.....(((((........))))).......))))))))........((((.((((..((((((((((((...............(((((((......(((((((..(((......)))...)))))))............(((....))).))))))).(((((((.........((((....(((.....)))................(((((((.(((.......((((.(((........))).))))......))).)))..))))..))))......)))))))....(((((((.......(((.......)))............((((........))))......)))))))......)))))).)))).))..)))).))))..)))....(((....))).))))).....)))))).....))))........)))))).))))))))..))))))))))))))..))))..))))....(((((....))))).....))))..(((((((......)))))))...))))))...........(((((((.........)))))))..)))))))).....................((((...((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).))))))................((((((((((....))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.........)))))((((((((((((((((((((((((((.(((..((((((((......))).).))))..........((((((...........)))))).........(((((....))))).(((((...........)))))....(((....))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))))....(((((((................................)))))))..)))))))))..((((........(((((....)))))....................(((((((..(((......)))...)))))))..............(((((((((.....)))))))))(((....))).((((((........((((..[[[....))))]]]..))))))((((....))))((((...))))...........(((((.((.......(((....)))..............)))))))(((((((((.(((.......)))((((((((..(.((((........)))))...(((.(((((((..(((...(((((((((.....................(((....))).......))))))((((...(((......)))...)))).......))))))....)))))))).))(((((.....)))))......((((((.(.(((......(((((((......))))))).....))).)))))))....(((((((.........)))))))))).))))).))))))))).......)))).((((...((((((.((((((((.(((((...(((.....)))..)))))))..)))))).)))))).................(((((((((....))))))))).))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((......((((((.....((((((((..((((..((......)).(((.((((((.(((((...............((((((..((....)).))))))....(((..(((((....))))).)))....((((((((((((((....(((....)))........((((......((((((..(((((....))))).....((((((((........((((((((.....(((((........))))).......))))))))........((((.((((..((((((((((((...............(((((((......(((((((..(((......)))...)))))))............(((....))).))))))).(((((((.........((((....(((.....)))................(((((((.(((.......((((.(((........))).))))......))).)))..))))..))))......)))))))....(((((((.......(((.......)))............((((........))))......)))))))......)))))).)))).))..)))).))))..)))....(((....))).))))).....)))))).....))))........)))))).))))))))..))))))))))))))..))))..))))....(((((....))))).....))))..(((((((......)))))))...))))))...........(((((((.........)))))))..)))))))).....................((((...((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).))))))................((((((((((....))))))))))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(((..))))))))((((.(((((........)))))((..))...((((.(.............)))))((((.(..((......))..).))))..))))...(((((((((((.(((..))(((((((((((((.(((((((((...(((((((..))).))).)..(((..(((((((((..(..(((((..))))))((((...)).))(((...)))((((((((((..))...))))))).)(((.((..(((((...(((..........)))....)))))..))))).(((((.(((((...((....(((...))).((((((((..((((..))))..).)))))))((........))))....)))))))))))))))))))..))).((..)))))))...)))).))))))))))))).(((.((((((((..((((....))))((.((((..))).).))...(((....)))((((((((((((((((((((((..(...(((...((((((((((....(((.......)))((((((((...(((..))).....(((((((.(((.((.(((((((((((.(.(........).)((........)).(((.((((.(.((((((.((((..)))..).)))))).).))).))))))))..)))))((((((((((.............))))))))))..((((((..)))))).((((..))))(((((((((..)))))))))..))))))).)))).)))..((((((((......).)))))))))).)))))(..))))))............)))))....)))....)..))))))).))))))))).))(((((((.((..))(((..)))..)))))))))))...((..)))))))))).)))))))))))))))....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................(((((((((.(((((((......(((.(((.....................................(((((...........)))))..........(((((....))))).........................................))))))...............(((((....))))).........))))))).....((((((((..............................))))))))..)))))))))................................................(((((((..(((......)))...))))))).............((....))...........................((((((..............................))))))......................................................................................................(((((.(......((((........))))........(((((((..((((.....((((((.....((........))....(((....))).......))))))...................................))))....)))))))......).)))))..............................(((((((......))))))).................................................................................((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).)))))).................(((((((((....)))))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((......((((((......(((.(((..((((..((......)).(((.((((((.(((((...............((((((..((....)).))))))....(((..(((((....))))).)))....((((((((((((((....(((....)))........((((......((((((...((((....))))...((((((((.((((..((((((((((((.((((..(((((.((....)))).)))..)))).)))...........((((.((.(((...(((((..............................(((((((..(((......)))...)))))))..............(((((((((.....)))))))))...)))))....((((..(((.....))).)))).))).)).))))....))))))))).))))))))))))...........((((.((..(((.......(((....))).....)))...(((..((((((((...............((((.((..........((((........))))..........)).))))(((.....))).....))))))))..))).))....(((....)))......)))).)))))).....))))........)))))).))))))))..))))))))))))))..))))..))))))..(((((....)))))...........(((((((......)))))))...))))))...........(((((((.........)))))))..))))..)).....................((((...((((((.((((((...(((((...(((.....)))..)))))....)))))).))))))................((((((((((....))))))))))))))... |
