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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00422



RNA: CRW_00422
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (....(((((((....((((((((((((.((.(((((((((((((((.(((..((((((.(((....))))).))))..(((.((((.....)))).))).((((.(((.((.((((((.....))).)))...)).)))..)))).......(((...))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).)).)))))))))...))).......((((....))))...)))))))(((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..))))))).......((((((((((....((((..(((.....))).)))).....(((.((((((((.((.........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((.(((((((.......(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).))).....(((((((......)))))))...........((((((........)))))).....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).(((..((((.(((..(((....(((((..................)))))..)))..))))))).))).)))).......)))))))))).)))..)))))).)))).....)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((...(((((..((((........((((((.(((((.....(((....(((.(((....)))))).)))....))))))))))).......)))))))))..((((((((((..((.((((((......((((((.(((...((.....(((((........(((...........((((....((((..((((.....((..((((..(((((((((((.....(((((...((....)).....)))))...)))..((((...((..((.((((.......((((....)))).........((((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..)))))))).....))))))...))..))))......((...((((.........))))...))...)))))))).....))))...)).....))))....))))((.((((..((..(((....)))))..))))...))...)))).(((((((((.(((((...)))))(((((..(((..((((........))))...((((.........((((.....(((((((......((((.((((......(((....)))..........(((((..(((((...)))))..)))))((((.........)))).))))))))......)))))))..(((((((......)))))))..)))).....((((((........)))))).....))))...))).....(((((((.........)))))))....))))).))))))))).)))......)))))....((((((...(((.((.(((((...(((......)))...)))))))))).....))))))....))..))))))))).))).))).))...)))))))))).)))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((((((((.((..((((.((((((.........((((((.(((....))))).))))(((((.((((.....)))).)))))........................................((((((................................))))))...((((....))))...))))))..)))).....(((((((.........))))))).......................)).))))))))).............((((....)))).........(((((((........................................................)))))))...................((((((........((((.........)))).....))))))...........((((((..........))))))......((((......(((....)))....))))....((((.(((((((......((((((((...................(((........))).........(((.(((((.((...........((((((.....................................((((..((((.....))))..))))........))))))...........)).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........))))))...))))))))......................((((((.................)))))).....))))))).((....((((((...(((....(((((...((........))...)))))..))).....)))))))).)))).........((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).(((((((.((.(((((((((...(((.(((................(((.....(((((((.((((.....)))).))))).)).(((....(((..((.....)).)))......))).........)))..((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).)))).))))))...(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)).))))))).....(((.......((((....((...........((((((..............(((......))).......................((....)).)))))).....))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........))))))).))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((.(((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..))....(((((...)))))..).).).)))...))))))))....))).)))..)).)))))))).).((((((......)))))).......(....((((((........))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..((.......((((..................)))).......))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.........)))(((((((((.((.((((((((((((.........((((((.(((....))))).))))(((((.((((.....)))).)))))....(((.....((.(.......)..)).......)))..((((((........(((...........))).......))))))...((((....))))...)))))).))))))...(((((((((.......))))))))(((()))).............).)).)))))))))..((((.......((((....)))).........((((((((..(((............................................)))..)))))))).....))))..........((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((((((((((......((((((((.((((.............((((........))))...)))).(((.(((((.((....((.....((((((.((.............(((....)))...........((((..(((((...)))))..))))..))....)))))).....))....)).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........))))))...)))))))).(((.......)))........((((((.((...........)).)))))).....))))))).((....(((((((..(((....(((((...(((......)))...)))))..)))..)..))))))))))))).........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....(((..((((((((....(((((((((((((((.(((((((((((.(((....))))))....(((((.((((.....)))).)))))....(((....((((((.....))).)))......))).))))).......(((...))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...((((((((......((((...(((.....)))..))))))))))))....))))))))...(((((((....((((....))))..)))....((((((((..(((.......(((......)))(((.(((........)))..)))..)))..)))))))).....))))..........))).....))))))((((.[[[[....))))(((....)))..]]]].....(((((((..........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....((((((((((((.......(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.((((((((.....)))...(((((((((..(((........(((....))).....)))..(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).(((((...)))))))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....))))...(((.......)))))))))).((((((.(((......)))....)))))).....))))))).(((..((((.(((..(((....(((((...(((......)))...)))))..)))..))))))).)))))))).......)))(((((((((....)))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...(((....)))..))))).....((((((.......(((.(((..((((((.(((....))))).))))(((((.((((.....)))).)))))(((.(((.((.((((((.....))).)))...)).)))..)))........(((...))).....))))))......))))))((....((((.(((((((((((((..((((..((((((((((((.......))))))))..((.(((....((((((.....((..((((((..((((........)))).(((((((((...((((.((((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..))))))))..((((........)))).((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........)))))))..((.((((......(((....)))....))))...))..)))).)))))))))..(((((...))))).)))))))).))))))....))).)).((((((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....)))).))))........)))).))))....))))))))))))).(((..((...........))..))).(((..((((.(((..(((....(((((..................)))))..)))..))))))).)))...)))).....))((((((((((....)))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((..[[[[[[[[.....((((................((((((.(((....))))).))))<<<<<.<<<<)))).>>>>.>>>>>.))))).................................................................................((((....))))....................(((((((.........)))))))..........................]]]]]]]]....(((.......(((......))).........(((((((.............(((......)))...............................))))))).....)))...........((((((........((((.........)))).....))))))...........((((((..........))))))......((((......(((....)))....)))).........((((((.......((((((((......(((((.......((((........))))...................................((................(((....)))...........((((..(((((...)))))..))))........))........................)))))...(((((((......)))))))...........(((((..........)))))...)))))))).........(((((((......{{{)))))))................}}}......)))))).......((((((...(((....(((((...(((......)))...)))))..))).....)))))).................(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((....((((((((((((.((.(((((((((((.(((.(((..((((((.(((....)))))).)))(((((.((((.....)))).)))))(((.(((.((.((((((.....))).)))...)).)))..)))........(((...))).....))))))...............(((((....)))))...))))).))))))...(((((((.......(.(.((.((....))))....).).))))))).)).)))))))))...))).........(......))))).)))...((((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..))))))))......((((((((((....((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.((.........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....)))).........(((((((((((((.(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....))))................)))))))...(((((((...))))))).))))))))........))))).(((..(((.((((..(((....(((((....(........)....)))))..)))..))))))).)))............)))))))))).)))..)))))).))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.[[[[[.)).((((((((((((.((.(((((((((((((((.(((.(((.(((.(((....))))))..(((((((.((((.....)))).))))).)).(((.((.((((((.....))).)))...)).)))..)))........(((...))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).)).)))))))))...))).......((((....))))...]]]]].((((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..))))))))......((((((((((....((((..(((.....))).)))).....(((.(((((((.(((.........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((.(((((((.......(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).(((..(((.((((..(((....(((((..................)))))..)))..))))))).))).)))).......)))))))))).)))..)))))).))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((....((((((((((((....(((((((((((((((.(((..((((((.(((....)))))).)))(((((.((((.....)))).)))))(((.(((....((((((.....))).)))......)))..)))........(((...))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...(((((((......(((((((.((....)))).)..)))))))))))....)))))))))...))).................)))).)))...((((((((..(((.......(((......)))(((.(((........)))..)))..)))..))))))))......((((((((((....((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.((.(.......(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((.(((((((((((((.(((((...)))))..(((((((...((((........))))..(((((.(((.(((((.(((..........(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...))))))..........))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....)))).)(((....)))....)))))))......((((...))))....))))))))........))))).(((..(((.((((..(((.((.(((((...(((......)))...))))))))))..))))))).))).))))......))))))))))).)))..)))))).))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...(((....)))..))))).....................((((.(((.(((.(((....))))))....(((((.((((.....)))).))))).))).))))(((((((((..(((((((((...(((.....((((((........(((.(....)....))).......))))))..(((((....))))).....)))..........(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).)))).))))).((.((((.......((((....)))).........((((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..)))))))).....)))))).........((((..(((.....))).)))).....(((.((((((((.((.......(..((((((..........))))))..)...((((......(((....)))....))))....((((.(((((((.......(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).(((..((((.(((..(((....(((((..................)))))..)))..))))))).))).)))).......)))))))))).)))...))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......))..((((((..((((((((((((.((((((.((((((..))))))(((((.(((....)))))).)).(((..))))))))))))))))))))))))))...(((((((((.(((((((..((..))((((((((((((.(.((.(.(((...........)))).).)).))))).(..(((((..)))))).((((.(((...)))))))((.((((.............))))))((((......((((((((((.(((((((.((.(((...))).))..))))).).)...........).)))))).)))(...(((((((((...(((.(((..((((.......)))))))(((..((((((((((...)))..))).))))..))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))..)......(.(((((((.(.......)))))))).)....(..)...)))...)))))))).)....)(((((((((.(.((((((....((((.....))))((((((((...((..((((((.(((.(((((((...(((.(((((....................(((((.((((.....(((((((((..))))).)).).)(((..(((((...)))))..))).((((.(........))))))))))))))))))).))).((.(((((((..(....))))))).)))....).))))))(((((........).))))..))).))))))..))(((((((.(......)))))))).))))))))(..))))))))))))).))))))))...((((.(((..(((..(..((((.((((........)).))))))..))))..)))))))((((..))))...))))))..)..)))))).).)))))))))....)..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((......((((((((((((.(..(((((((((((((((.(((.(((((((.(((....))))))..(((((((.((((.....)))).))))).)).(((.((.((((((.....))).)))...)).))).))))........((.....)).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...(((((((...........((.((....))))........)))))))..).)))))))))...))).........(......)..)).)))...((((((((............(((......)))........................(....)))))))))......((((((((((....((((..((((...)))).)))).....(((.((((((((.............((((((..........))))))......((((......(((....)))....))))....((((.(((((((((((((.(((((...)))))((((........((((........))))...((((.....(((.((((.....((((((.((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))..(((((...)))))......))))))..(((((((......)))))))..)))).))).((((((........)))))).....)))).......................................)))).)))))))........)))))).(((..(((..(((..(((....(((((...(((......)))...)))))..)))..))).))).))).)))).........)))))))).)))..)))))).))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((....((((((((((((.((.(((((((((((((((.(((((((.(((.(((....))))))..(((((((..(((.....)))..))))).)).(((.((.((((((.....))).)))...)).)))..))))........((....)).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))...((((((....(((..(((((.((....)))).)))..))))))))).)).)))))))))...))).......((((....))))...)))))))(((((((..(((.......(((......)))(((.................)))..)))..))))))).......((((((((((....((((..(((.....))).)))).....(((.((((((((.((.........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((.(((((((.......(((((...)))))..(((((((...((((........))))...((((.(((.(((((.(((...((.....(((((((((.............(((....)))..........(((((..(((((...)))))..))))).)))...)))))).....))...))).))))).)))(((..(((((((......)))))))..)))......((((((........)))))).....))))................))))))).((((((...((........))..)))))).....))))))).(((..((((.(((..(((....(((((..................)))))..)))..))))))).))).)))).......)))))))))).)))..)))))).))))......