|
|
|
UAAAGUUUUCUUUCAGGGAAUUAAAAUUUGAUCAUGGUUUAAGAUGAUUUAAAAUGGUAUUAUCUAAAUUUGAUUUACAGAGUAGGCAAUAAAAAUUUACCUCGGCAAUUUAUCGCUUGUAAAAUACUUGUUCCAGAAUAAUCGGCUAGACUUGUUAAAGCUUGUACUUUAAUUGAUGUUAAUUAUGAAAUUAUUAUAUUUUCUUUUAGAUCUAUGGUAGAAUUUGGAUUUAUAUUAGUGAAUUUUCAUAAUUUUAAGAUUUGUUGAACAAAGCAGAUUAGUACCUGGUUAGACAAAAAUUAAAAGAGCAGGAGUAAAGUUGUAUUUAAACUGAAAAGAUAUUGGCAGACAUUCUAAAUUAUCUUUGGAGGCUGAGUAGUAACUGAGAACCCUCAUUAACUACUUAAUUUUUUGACUCGUGUAUGAUCGUUUAUUUUAUUCUUAAGGAUUAUAAUAAAAAAUUUUUAAUUUAUUAAAAUAGAUAUAUACCCGGUUUAUGAUUUAAGAAACAUUUGGCCUACAAUAUUUUAUAUUAUGGAUUUUAGUUUUAGUUAACUAAAUGAAAUUGUAAAAGACAGUAAAAAAUUCUUAAUGUAUUUUUGAAGAUUAUCUAGAAGUGGUACAAAUCAUCCAUCAAUUGCCCAAAGGGGAGUAAGUUGUAGUAAAGUAGAUUUAGGGGAACCUGAAUCUAGUAAUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......................(((((...{{{.))))).((((((((((((((((((............................................))))))))...((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))).))...))))))))))...(((([...(.((((..(((..........((((((((((......)))))))))).......((....)).)))))))....(((((....(...((((........))))...))))))..])..)))).(((.....((((...))))...)))...}}}...(((((.((.(((((.((..(((((((((((((((((...((((........)))).....(((((((.....((.((((..(((((((((.(((((.(((...)))......)))))................)))).)))...))))))))....)).)))))..)).))))))))))...((...))....(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.....)))))))).....))...)))))))))).))..(.((.((...(((((((...)))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((..(.....)..)))).......(((((.((((((.((((((..........)))))))))))))))))(((.......(((((....(((..(((.(((((((....((((....(((..(((((((((..(((((.(((..((..((....))..))..((((((.(((.((((((((((((((((((..........((((((((..........))))))))...))))))..)))))))))..))).))).))))))...))).)))))....))))...)))))..)))....)))).(((......(((((((....(((..((....))..)))...(((((.((.(((((..(((((..(((.((...((((....)))).......(((((.((...(((.((.(((((...((((((((((...(((((((((.........))))))))).....)))))))))).))))).)))))...)).)))))..)))))..)))..........(((((((.(((((((...(((((....)))))....(((((.....)))))..))))))).)))))))..))..))))).)).)))))..)))))))....)))...)))))))...)))..)))..))))).......((((((((((....))))))))))))).)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((..(((((((.(((((.......)))))..((((((((......((((((((((....((((((.(((((((((((((.........((((.((((((((((((((....(((..(((((((((.......((((...........)))).(((((............((((((((((((((((.((.......((((((((..........)))))))).))))))))..))))))))))....((((((((......)))))))))))))))))...)))))..)))....))))..)).)))).))))...........(((((((((((........))))..))))))).)))).((((((((...((((....))))...)))))))).((((((((.(((.((((....((((((((((...(((((((((.........))))))))).....))))))))))..)))).)))........)))))))).)))..)))))).......(((((((.(((((((...(((((....)))))....(((((.....)))))..))))))).)))))))..)))).))))))..)))..)))))))))))))))....)))).)))))))))))....((((........((((((((((....)))))))))).)))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((....((..(((((((..........))))))).))...))...........................................................((((...((((..........(((((((......))))))).......((((((((((................((((((((..........))))))))...........))))))))))......................)))).....))))..............................................(((((((..................)))))))...(((((((((((.(.((((....)))).).))))))))...........((.((((....((((((((((...(((((((((.........))))))))).....))))))))))..)))).)).......................)))......................(((((((......)))))))................................................................................(((....))).................((((((((((....))))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((....((((.(((((...((((((((((.(((((((..........)))))))))))..........((((((..........((((((((...........((..(.......)..)).(((((.(((((.((.......(((((((......))))))).......((((((((((....((((..(((.......((((...))))....)))..)))).........))))))))))......(((((...))))))).))))).)..)))).................))).....)))))(((.......)))...(((((((..................))))))).((((...................)))).....))))))................)))))).....)))))))))....))).........))))))))..........................((((.....(.........)...))))(((((..(((((((........(((((((......)))))))......))))))).......((((((..(....).))))))...............((((..........))))....(.(((...))).).....)))))......((((((((((....))))))))))...... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((....))).................(((((.(((((.(((((((..........)))))))))))))))))..........(.............)..............(((..........(((((((((..(((((.(((......(((((((......))))))).......((((((((((.......((((.((..((((((((..........))))))))....)).))))))))))))))..................))).)))))....))))...)))))..........)))........((((.......))))..(((((((..((........))....)))))))(.((((((((((((.(.((((....)))).).)))))))).......(((.((.(((((...((((((((((...(((((((((.........))))))))).....)))))))))).))))).)))))....................)))).).....(((((......((((((((((......)))))))....))))))))..............................................((..........))........(((....))).................((((((((((....))))))))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((...)))))))).......(((((.((((((.((((((..........)))))))))))))))))..........(((((.........(((.(((((((....(((((((...)))(((((((((..(((((.(((...(((....))).((((...((((((((....(((((((((((((((((((.....((((((((((...))).)))))))...))).))))))..)))))))))))))......)))))))))))).)))))....))))...))))).........)))).(((......(((((((....(((............)))...(((((....(((((...(((((((((..(((.((((....)))))))....(((((......(((....(((((...((((((((((...(((((((((.........))))))))).....)))))))))).)))))...)))......)))))....))))))))).(((.....(((((((.(((((((...(((((....)))))....(((((.....)))))..))))))).)))))))...))))))))....)))))..)))))))....)))...)))))))...))).......))))).......((((((((((....))))))))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((..(((...)))..)))))).(((((.((((((.((((((..........)))))))))))))))))....(((((((.........)))).))).(((((((((.((..(((...)))..))....((....)).((.((.(((....))))).))....(((((((((.(((((....))))).................((((.(((((..((((((..((((((((.(((((((.(((((((((.((((((((......))))))))....((((.((...............)).))))..))))))))).......((..(((((((((((........))))..)))))))...)).((((((((...((((....))))...))))))))...........((.(((((...((((((((((...(((((((((.........))))))))).....)))))))))).))))).)).((((((((.(((((.....(((.....)))..))))).)))))))).(((((((......)))))))....(((((.....)))))..)))))))))))))))..))))))..))))))))).(((((....))))).)))))))))(((....))).))))))))).......((((((((((....))))))))))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((((............)))))....................................................................................................................((((((((((.................(((((((..........)))))))............))))))))))......(((((........)))))............................................................((.............[[[......)).....((((((((((((...((((....))))...)))))))........((((...((((....((((((((((...(((((((((.........))))))))).....))))))))))..))))..))))...................)))))......................((((((......)))))).....................................................]]]....................................................((((((((((....))))))))))...... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((...))))))))........((((..((((.(((((((..........))))))))))).)))).......((.((.............(((............((((..........((((((((.................(((((((......)))))))........(((((((((((((((..........((((((((..........))))))))...))))))..))))))))).....((((((((......)))))))).....))))...))))..........)))).........................(((((((.(((........)))...)))))))..))).((((((((...((((....))))...)))))))).......(((.((.(((((...((((((((((...(((((((((.........))))))))).....)))))))))).))))).))))).....................)).)).......(((((((.(((..((((((......)))))).....(((((.....)))))......))).)))))))........................................(((.(((...))).)))..............((((((((((....))))))))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((...)))))))).((((((............(((((((..........)))))))))))))(((((((...((((((............[[[[[[[[[[[[[[[[[[[..[[[[[[[(((((((....(((((((..................(((((............((((((((((................((((((((..........))))))))...........))))))))))....((((((((......))))))))))))))))))))...................))))))).........(((((((.(((((((..................))))))).(((..((((((((...((((....))))...)))))))).........)))((((((....((((((((((...(((((((((.........))))))))).....)))))))))))))))).)))))))....[[[[[[[.......))))))....(((((((........(((((((......)))))))......)))))))............]]]]]]].]]]]]]]..............]]]]]]]].............]]]]]]]....]]]].))))))).........((((((((((....))))))))))...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.[[)))))))).......(((((.(((((.(((((((..........)))))))))))))))))....]]....(((((....(((..(((.(((((((....((((....(((..(((((((((..(((((.(((..((..((....))..))..((((((.(((.((((((((((((((((((..........((((((((..........))))))))...))))))..)))))))))..))).))).))))))...))).)))))....))))...)))))..)))....)))).(((......(((((((....(((..((....))..)))...(((((.((.(((((..(((((..(((.((...((((....)))).......(((((.((...(((.((.(((((...((((((((((...(((((((((.........))))))))).....)))))))))).))))).)))))...)).)))))..)))))..)))..........(((((((.(((((((...(((((....)))))....(((((.....)))))..))))))).)))))))..))..))))).)).)))))..)))))))....)))...)))))))...)))..)))..))))).......((((((((((....))))))))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((...)))))))).......(((((.(((((.(((((((..........)))))))))))))))))......((((((............((((...{{{{{...((((....(((..(((((((((.................(((((((......)))))))[[[[...((((((((((((((((((........((((............))))......)).))))))..))))))))))....((((((((......)))))))).....))))...)))))..)))....))))........((((.......))))..(((((((((((........))))..))))))).)))).((((((((((.((((....)))))).)))))))).(((((((((.((.(((((...((((((((((...(((((((((.........))))))))).....)))))))))).))))).)))))........))))))......)))))).......(((((((.(((((((((((......)))))))....(((((.....))))).....)))).))))))).......(((...))).....(((......)))...]]]](((.(((...))).)))}}}}}.........((((((((((....))))))))))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..(.....)..)))).......(((((.((((((.((((((..........)))))))))))))))))..........(((((....(((..(((.(((((((....((((....(((..(((((((((..(((((.(((..((..((....))..))..((((((.(((.((((((((((((((((((..........((((((((..........))))))))...))))))..)))))))))..))).))).))))))...))).)))))....))))...)))))..)))....)))).(((......(((((((....(((..((....))..)))...(((((.((.(((((..(((((..(((.((...((((....)))).......(((((.((...(((.((.(((((...((((((((((...(((((((((.........))))))))).....)))))))))).))))).)))))...)).)))))..)))))..)))..........(((((((.(((((((...(((((....)))))....(((((.....)))))..))))))).)))))))..))..))))).)).)))))..)))))))....)))...)))))))...)))..)))..))))).....(.((((((((((....)))))))))).).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....(...((((((((((((((((.((((..........))))..(((.((.(.....((((((...)))))).((..))))).))))))))).((((((((((.((((((..)).).))))))))).(((((((((((((((..((..(((((((..)..))))))...(......)....(((........)))(((((((.((((((........))))))..((...))((((..))))(((..)))..((((.((((((.((((((..((..))))))))))))))))))))))))).....))..)))))..)))))))))).(((((((((..............))))))))).))))...((((((((..((((..)))).))).)))))))))))))))....)..............)))))(((((((((....((((((((........))))))))........................)))))))))(((..))).((((((..((((((....((.(.(((((((......)))))))).))...))))))....(.((((((...........)))))).)..((((((..).((((.((((.(........).)))))))).....))))).))))))((...(((((((((((..)))))))))))....)) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..(.....)..))))........((((.(((((..((((((..........)))))).)))))))))....................(((..(((.(((((((....((((.....((..(((((((((..(((((.(((....................((((((.(((.((((((((((((.((((.........................................))))...)))))))))..))).))).))))))...))).)))))....))))...)))))..)).....)))).(((......((((((.....(((..((....))..)))...(((((.((.(((((..(((((..((((((...((((....))))...))).(((((.(....(((.((.(((((...((((((((((...(((((((((.........))))))))).....)))))))))).))))).)))))....).)))))....)))..)))).........(((((((.(((((((....((((....)))).....(((((.....)))))..))))))).)))))))...)..))))).)).)))))...))))))....)))...)))))))...)))..)))..............((((((((((....))))))))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..(.....)..)))).......(((((...((((.((((((..........))))))))))..)))))(((.......(((((....(((..(((.(((((((....((((....(((..(((((((((..(((((.(((..((..((....))..))..((((((..((.((((((((((((((((((..........((((((((..........))))))))...))))))..)))))))))..))).))..))))))...))).)))))....))))...)))))..)))....)))).(((......((((((.....(((..((....))..)))...(((((.((.(((((..(((((..(((.((...((((....)))).......(((((.((...(((.((.(((((...((((((((((...((((..(((.........)))..)))).....)))))))))).))))).)))))...)).)))))..)))))..)))..........(((((((.(((((((...(((((....)))))....(((((.....)))))..))))))).)))))))..))..))))).)).)))))...))))))....)))...)))))))...)))..)))..))))).......((((((((((....)))))))))))))... |
