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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00424



RNA: CRW_00424
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ...............(((((...[[[.))))).((((..(((((.(((((((.(......(((.(((..(((((.....)))))......(((........((((((((((.......((((((((..((((......)))).))))))))))))))))))(((..(.(((..(((((((....................))))))))))...))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).))))...)))))))...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))).))))..........(((.....((((.(.((((.....((((((.....((((((((..((((((((...(((......)))......))))).)))..))....(..((....))))))))).....))))))..)))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))........((((((......)))))).))).(((.....((((....)))).....)))...]]]..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.................((.((((..(((((....((((.(((((((.............(((((((((((((((....)))))))))))))))..........))))))))))).....)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((...((((((.((.....))..)))).)).......)))))......((..((((.((((.......))))))))..)).....))))).....((((((((........))))))))......((((((((.(((((.((.((((((((((((...)))))))))))))).).))))))))))..))..))...)))))))))).))....((.((...((((((((..(((((((((((((((..((((((...((((.....))))....))))))...)))))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....))))))))))........................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..(((.((((((((...(((((((((......(((..((((((.....))))))...))).......))))))....))).(((((((.....((((((((((.......(((((((...((((......))))..)))))))))))))))))((((((((((..(((((((..((((.......))))...)))))))))))))..((((((((.((((...((((....))))...(((((.((.......))))))).))))..((((((((..(((((.....)))))))))))))..)))).)))).))))..(((..((((..((((((......((((((((.((....)))))...)))))))))))..))))..)))...(((((((((((((.(((((....)))))(((.((........(((((....)))))......)).)))......(((((((....(((((((((((((((((((.....(((((((((.(((........(((((.........(((((((..((....(((.........))).))..)))))))(((((...((((((......))))))....))))).....)))))......)))...)))))))))........(((((....((((((((........(((((..((((........)))))))))...((.((((((.........))))))))))))))))...)))))...))))))))).)))((.(((((((((((((((((((((....))))))))))))))).....((....))...))))))))....)))))))(((((.........)))))....)))))))......)))))))))))))....)))))))..))))))))....(((((((((((.((((.......))))....(((((((((...((((((...((.((..(((((......((......))..((((((...((((((.((((.....((((((((((((...)))))))))))).....))))))))))....)))))).))))))).))..)).))))..))..)))))))......))))))).))))...)))....(((((.((((..((((...))))..)))).(((..(((.((((((....)))))).)))...))).((((((((((....)))))))))).)))))...........)))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((.((((((......(((..((((((.....))))))...))).......)))))).)).................((((((((((.......((((((((..((((......)))).)))))))))))))))))).(..((((((..(((((((.....(((....))).....)))))))))))))..)..............................(((((.((......)).))))).......((((((((..(((((.....)))))))))))))..................(((...((((.((((((......((((.(((.((....)))))....)))))))))).))))...))).................(((((...(((.......((((.......((((....))))((((((...................))))))....................................))))....)))...)))))...((((((((.((.....((.........))..)).))))))))........((((((......)))))).....(((.....((((....)))).....)))...((((..(((((.(((((....((((((((........(((((..((((........)))))))))......((((((((....)))))).))..))))))))...)))))....................((((.(((((((((((((((....)))))))))))))))..........................))))....((((((.........))))))..............................................((..................(((((.....)))))...................)).............((((............))))..........((((((.(((((.(((.(((((((((((...)))))))))))))).).))))))))))..............................)))))..))))................................((.......))(.......).............(((.((((((....)))))).))).......((((((((((....))))))))))........................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..........(((((.......)))))(((((...((((((((((((........(((.(((..(((((..............((...........((((((((((.......((((((((..((((......)))).))))))))))))))))))....((((((..(((((((........(....)......)))))))))))))............)).............))))).(((((.((......)).)))))(((((....)))))..)))))).......(((((...((((......)))).)))))..)))))))...(((((.....(.((((.....((....)).......)))))))))))))))..))))).......((((((.(.(((((...(((......((((((...........(......(((((((.................))))))).......)(((...)))..................))))))...)))...))))).).((((((...((....(((.........)))....))))))))(((((...((((((......))))))....))))).....(((....)))......(((.........)))..(((((((....(((((....((((........))))........)))))........(((((((.(..........).((((((..((..(((((.....(((.(((((((((((.........(((((((((((((((....)))))))))))))))....)))))..)))))))))......)))...))))))))))..)))))))(((((.......((((((((..(...............(((((...........................((((.......)))).........((((...)))).....)))))..(((((((..........))))))).........)..)))))))).....(((((((((((...))))))))))))))))......................)))))))..))))))(.(..((...((((((((..(((((.((((.((.(..((((((....(((.....))).....))))))...).)).)))).)))))..))))))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))................)))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((.((((((......(((..((((((.....))))))...))).......)))))).)).................((((((((((.......((((((((..((((......)))).))))))))))))))))))((..((((((..(((((((..((.(((....)))))...)))))))))))))..))..(((((((.........)))))))....(((((.((......)).))))).......((((((((..(((((.....)))))))))))))..................(((..(((((.((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))..))).................(((((...(((......((((((.....(((((....))))(((((((..(.((.......)).))))))))...((....)).....(....).......).....))))))...)))...)))))...((((((((.((....(((.........))).)).)))))))).((((...((((((......))))))....))))(((..((((....)))).....)))..((((((.(((((((((((....((((((((........(((((..((((........)))))))))...((.((((((((....)))))).))))))))))))...))))).((...........))(((.(((((((((((((((((((((()))))))))))))))))..........(.......)......))))).)))((((((.........))))))........................(......).(((((....(((.(((..........((..(..(((((.....)))))...)))..(((....))))))..)))))))).(((((((..........)))))))........((((((.(((((.(((.(((((((((((...)))))))))))))).).)))))))))).................).((.......))))))).)))))).....................((((((...((((.....))))....))))))...........(((.((((((....)))))).))).......((((((((((....))))))))))........................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((((......((((((......(((..((((((.....))))))...))).......))))))........(((((((.....((((((((((.......((((((((..((((......)))).))))))))))))))))))....(((((((..((((((..((((.......))))...)))))))))))))..((((((((.((((...((((....))))...(((((............))))).))))..((((((((..(((((.....)))))))))))))..)))).)))).......(((..(((((.((((((......((((((((.........)))...))))))))))).)))))..)))...(((((((((((((.(((((...(((......((((((.....((((((....(((((((((((((.....)))......))))))).)))....(((...))).......)))))).....))))))...)))...)))))...(((((((..[[[[.........(((...)))....)))))))......]]]]..............(((...[[[[)))..((((....)))).....]]]]..(((((((((...[[[[.....((((......))))...)))))))))...]]]]...((((..((((......((((((....))))))))))...))))..(((..[[[[[[.))).......]]]]]]((((((((((((((((((((....))))))))))))))).........(((.....))).....)))))....(((((......[[[[[)))))..]]]]].........)))))))))))))....)))))))..))))))))....(((((((((((.(((((.....)))))....(((((((...............(((....))).......(((......((((((......(((((((.(((.....((((((((((((...)))))))))))).....)))))))))).......((((.....))))...))))))...))).)))))))......))))))).))))..((((((...((((.....))))....)))))).....(((((.(((.((((((....)))))).)))...)))))(((((((((....))))))))).........................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((.(((((.(((.((.((......(((((.......)))))........((((((((.(((.((..(((...(((((((.....((((((((((.......((((((((..((((......)))).)))))))))))))))))).(..((((((..((((((((((((......))))))....))))))))))))..).(((((((.....))))))).((((((((.(((((.((......)).))))).......((((((((..(((((.....))))))))))))).......(((((((....(((..(((((.((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))..)))......(((.((..((.(((((...(((......((((((.....((((((((..((((((((((.(((..........))))))))))....)))..))....((....)).)))))).....))))))...)))...))))).))..)).)))........(((((((((...))).))))))...(((((....((((((......)))))).((.((((.....((((....)))).....))))..))....))))).)))).))).((((......))))))))))))..(((((((((...((((..((((.....(((((((....)))))))))))..)))).(((((.((...((((....((((..(((.(((((.((((((((((((((....))))))))))))))..........(((.....))).....))))).)))..))))..)))).)).)))))..(((((........)))))...))))))))).))))))).))).)))))...))))))))...((.((((.....)))))).(((((.(((.....((..((....(((....)))....))..)).))).)))))(((((...(((((((.(((..(((.(((((((((((...))))))))))))))...))))))))))....))))).)).)).))).)).)))..))))))..((((((((..(((((.((((.((....((((((...((((.....))))....)))))).....)).)))).)))))..))))))))...............(((((((((....))))))))).........................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................((..............((((.......))))......[[[[[[....))........((((((({{.....((((((((((.......((((((((..((((......)))).))))))))))))))))))....((((((..(((((((....................))))))))))))).................................(((((.((......)).))))).......((((((((..(((((.....)))))))))))))................................((((((.......))))))....................................................(((((....)))))...........................(((((((..((..........)).)))))))..........................................................((((((<<<<<<<...((.........)).......))))))........((((((......)))))).............((((....)))).......................(((((....((((((((........(((((..((((........)))))))))...((.((((((.........))))))))))))))))...))))).........................(((((((((((((((....)))))))))))))))..................................((((((.........)))))).....>>>>>>>.......................)))))..............]]]]]]......(((((.....)))))...........................((....)).............................(((((((.(((..((.((((((((((((...))))))))))))))...)))))))))).....................}}........))..........(((....)))...........((((.....((.......))......))))............................................(((((((((....))))))))).........................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((((...((.((((.((......(((.(.......).))).......)))))).))...((((.(((.((((.((((((....((((((((((.......((((((((..((((......)))).)))))))))))))))))).(..((((((..(((((((((((........))))....)))))))))))))..)...(((.........)))............(((((.((......)).))))).......((((((((..(((((.....)))))))))))))..................(((..(((((.((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))..)))..........((..((.(((((...(((......((((((.....((((((....((((((((((.(((..........)))))))))).))).....((...))(....)..)))))).....))))))...)))...))))).))..))..((((((((..(((((((((...))).))))))...((((((...((((((......))))))....)(((.....((((....)))).....))).........))))).(((((....((((((((........(((((..((((........)))))))))...((.((((((((....))))))).)))))))))))...))))).................(..((((.(((((((((((((((....))))))))))))))).........(((.....)))......))))..)..(((((.........))))).....))))))))......)))))).))))))).)))).....))))))))......(((((.....(((((.....)))))....(((..(......((..(.....(((....))).....)..))..)..)))..........((((((.((((..((.((((((((((((...))))))))))))))...)))))))))).................(((((((.((.....))..)))))))..........))).))..................((((.(((((...))))).)))).(((..(((.((((((....)))))).)))....))).(((((((((....))))))))).........................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....(((.((((((((...((.((((.(((.....(((((.......)))))......))))))).))...(((..(((.((((.((((((....((((((((((.......((((((((..((((......)))).))))))))))))))))))....((((((..(((((((..((((.......))))...)))))))))))))..((((((((.((((...((((....))))...(((((.((......)).))))).))))..((((((((..(((((.....)))))))))))))..)))).)))).((((..(((..(((((.((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))..))).......((((...((.(((((...(((......((((((.....((((((....((((((((((.(((..........)))))))))).)))....(((...))).......)))))).....))))))...)))...))))).))..))))((((((((..(((((((((...))).))))))...(((((....((((((......))))))....((((.....((((....)))).....))))........))))).(((((....((((((((........(((((..((((........)))))))))...((..(((((((....)))))))..))))))))))...)))))..((((....((((..(((.((((((((((((((((((((....))))))))))))))).........(((.....))).....))))).)))..))))..)))).(((.....))).))))))))..)))))))))).)))))))..))).....))))))))....(((((((((((.(((((.....)))))....(((((((.....((..((....(((....)))....))..))......((((((......((((((.((((..((.((((((((((((...))))))))))))))...)))))))))).......((((.....))))...)))))).......)))))))......))))))).))))...)))....(((((.((((.((((.....)))).)))).(((..(((.((((((....)))))).)))...)))..(((((((((....)))))))))..))))).........)))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.........((((((((......((((.(((.......((({{{{{..)))}}}}}...)))))))......((((.(((.((((.((((((....((((((((((.......((((((((..((((.(...))))).))))))))))))))))))....((((((..((((((((((((......)))))....)))))))))))))....(((((((.....)))))))..........(((((............))))).......((((((((..(((((.....)))))))))))))..................(((..(((((.((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))..))).................(((((...(((......((((((.....((((((....((((((((((.(((.(.......))))))))))).)))....................)))))).....))))))...)))...))))).........((((((((..(((((((((...))).))))))...(((((...(((((((......)))))).)...........((((....)))).................))))).(((((....((((((((.....((([[[[[..[[[[))).....]]]]]]]]]...((.((((((((....))))))).)))))))))))...)))))................(((.((((((((((((((((((((....))))))))))))))).........(((.....))).....))))).)))((((((.........))))))....))))))))......)))))).))))))).)))).....))))))))...........((((.(((((.....)))))..((((((..............))).(((....))).................)))(((((...((((((.((((..((.((((((((((((...))))))))))))))...))))))))))....)))))........(((((((............)))))))......))))..................(((((.((((.(((((...))))).)))).((((.(((.((((((....)))))).)))...))))((((((((((....)))))))))).))))).........)))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....(((.((((((((...((.((((((...(..(((..((((((.....))))))...)))..)....)))))).)).....((((((..(...((((((((((.......((((((((..((((......)))).))))))))))))))))))((((((((((..(((((((..((((.......))))...)))))))))))))..((((((((.((((...((((....))))...(((((.((......)).))))).))))..((((((((..(((((.....)))))))))))))..)))).)))).))))..(((..(((((.((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))..)))...(((((((((((((.(((((...(((......((((((.....((((((....((((((((((.(((.(......).)))))))))).)))....(((...))).......)))))).....))))))...)))...))))).........((((((((..(((((((((...))).))))))...(((((....((((((......))))))....((((.....((((....)))).....))))........))))).(((((....((((((((........(((((..((((........)))))))))...((..(((((((....)))))))..))))))))))...)))))..((((....((((..(((.((((((((((((((((((((....))))))))))))))).........(((.....))).....))))).)))..))))..)))).(((.....))).))))))))....)))))))))))))..)..))))))..))))))))....(((((((((((.(((((.....)))))....(((((((.....((..((....(((....)))....))..))......((((((......(((((((.(((..(((.(((((((((((...))))))))))))))...)))))))))).......((((.....))))...)))))).......)))))))......))))))).))))...)))....(((((.((((.((((.....)))).)))).(((..(((.((((((....)))))).)))...)))..(((((((((....)))))))))..))))).........)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((.(((...((((.((((.(((.((((((((.........)))).)))).))))))))))).(..(((..(.(((((((((((.((((((((((((...(..).(((((((...((((......))))..))))))).)))))))))..)))(((..((((((((((((((((......((.(((((((((.((((((((((...)))).((((.((((........))...(((((((((((..(((((((((.(....(((((((((.......)))))))))..(((....(((((((.(((..((((.((.(((..))))).)))))))((((((((.(.(((..(........)(.((((...(((.(..........)...)))..)))))..(((...).))..(((((((.((((((((((((..))))))(((.....))).((((((.((...((((.(.(...........).))))).)).))))))..)))))).))))))))))).)))))))(((((((((........................)))))))))((.(((((((((((......))))).)))))).))(..(((((((...........)))))))..)....(..)..)((.((((...((..))((..))..)))).))..(((((((((.(((..(((..(..(.(((((......))))))))))..))).).))..)))).)))))))))...)))..(((((((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))).))).((((.(........)))))....)))))))))).)))))))..)))).((..)).))))))...(....((((((.(........).)))).))...).(((.(((((((..((((.......))))((......)).((...............)).))))))))))))))))......)).))))))).)).(((((((...(((.(((((((((.......))))))))))))....)))))))))))))))))))))))..))).))))))...))))))...)))...).(((..)))....(((.((.......)).))).(((((((((...))))))))).(((((.(((((((((......))))))))).).)))).((((((((((..)))))))))).)))..))...))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.((((((((...((.((((((......(((..((((((.....))))))...))).......)))))).)).....((((((.......(((((((((.......((((((((..((((......)))).))))))))))))))))).((((.(((((...((((((..(((.........)))...)))))).)))))...((((((((.((((...((((....))))...(((((.((......)).))))).))))..((((((((..(((((.....)))))))))))))..)))).)))).))))..(((..(((((.((((((......((((.(((.((....)))))....)))))))))).)))))..)))....(((((((((....(((((...(((......((((((.....((((((.....(((((((((.(((.(......).)))))))))).)).....((.....)).......)))))).....))))))...)))...)))))....(((..((((((((...........................(((((....((((((......)))))).....(((.....((((....)))).....))).........))))).(((((....((((((((........(((((..((((........)))))))))...((...((((((....))))))...))))))))))...))))).........................(((((((((((((((....)))))))))))))))...................................(((((.........))))).....))))))))...))).)))))))))......))))))..))))))))....(((((((((((.(((((.....)))))....(((((((.....((..((....(((....)))....))..))......((((((......((((((.((((..((.((((((((((((...))))))))))))))...))))))))))........(((.....)))....)))))).......)))))))......))))))).))))...)))....(((((.((((.((((.....)))).))))......(((.((((((....)))))).)))........(((((((((....)))))))))..)))))..................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.....(((.((((((((...((..(((((......(((..((((((.....))))))...))).......)))))..)).....(((((((.....((((((((((.......((((((((..((((......)))).))))))))))))))))))((((((((((..(((((((..((((.......))))...)))))))))))))..((((((((.((((...((((....))))...(((((.((......)).))))).))))..((((((((..(((((.....)))))))))))))..)))).)))).))))..(((..(((((.((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))..)))...((((..((((....(((((...(((......((((((.....((((((((..((((((((((.(((..........)))))))))).))).....))....((....)).)))))).....))))))...)))...)))))...(((((.((((((((..(((((((((...))).))))))...(((((....((((((......))))))....((((.....((((....)))).....))))........))))).(((((....((((..((........(((((..((((........)))))))))...((..(((((((....)))))))..))))..))))...)))))..((((....((((..(((.((((((((((((((((((((....))))))))))))))).........(((.....))).....))))).)))..))))..)))).(((.....))).))))))))..)))))))))..))))....)))))))..))))))))....(((((((((((.(((((.....)))))....(((((((.....((..((....(((....)))....))..))......((((((......(((((((.(((..(((.(((((((((((...))))))))))))))...)))))))))).......((((.....))))...)))))).......)))))))......))))))).))))...)))....(((((.((((.((((.....)))).)))).(((..(((..(((((....)))))..)))...)))..(((((((((....)))))))))..))))).........)))))....