|
|
|
UAAAGGUUUGGUCCUGGCCUUCUUAUUGGUUCUUAGCGAGCUUACACAUGCAAGUAUCCGCGCGCCAGUGAGAAUGCCCUUUAAAUCACUCCCGAUCAUAAAGGAGCAGGUAUCAAGCACACACUCAUGUAGCUCAUAACGCCUUGCUUAGCCACACCCCCACGGGAUACAGCAGUGAUAGAAAUUUAGCCAUAAACGAAAGUUUGACUAAGCUACGCUAUAUAGGGUUGGUAAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCACACGAUUAACCCAAAUUAAUAAGUACCGGCGUAGAGCGUGUUUAGGAGAAGACCCAUAAAUAAAGUUAAAUCAGAUCCAAGCCGUAGAAAGCUAAAGAUCAGACAAAAAUAAUCCACGAAAGUGACUUUAUCAGCUCUGAACACACGAUAGCUAAGACACAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACCUCGAUAGCUUCCAACAAAGCUACCCGCCAGAGAACUACUAGCAAAAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGACGGUGCUUCACAUCCCCCUAGAGGAGCCUGUCCCAUAAUCGAUAAACCCCGAUAAACCUCACCCCCACUUGCUAAUUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCCAACCCUUAAAAGGUGCAAAAGUAAGCUCAAUGAUAGCCAUAAAAAAGUUAGGUCAAGGUGUAGCCCAUGUGGAGGUCUAAGAUGGGCUACAUUUUCUCUUAGAGAACAAUCAACCAACGGACGUCACUAUGAAACAAGUGACCAAAGGAGGAUUUAGCAGUAAAUUAAGAAUAGAGAGCUUAAUUGAACUAGGCCAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUUCAUAACCAUUCCACCAUAUAUGAUCCUAAUAGCAUAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGAUUACU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...<<<.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....(((......))).....))).)).(((..(.(((..(((....))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))....(((((.....((((...(((.............((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..))......(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{{....))..}}}}}}}.))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...)))))...........(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((..................................))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((((..(((((.(((((((((((.....(((....(((........)))....)))))))))))))).((((((((.(((......)))..)))))).)).((((((.((((((......))).))).......(((((((((((....(((....)))...(((.(((((((((.(((((((..(((((....))))).((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..))))).)))...)))))))))))...................)))))))..((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).)))))...........)))))).))......)))....)))))).......)).)))..))))))))...((((((......))))))...(((.(((.......(((....))).....)))....((((((...((((((((......((....)).(((((.......((((........))))...............(((((((.((..(((.....(((....(((..((..(((.......)))))..)))....(((.(((.....)))........((((..((((((((((((((.(((....)))..))))))))))))))..))))))).............)))..((((((........))))))...)))..)).)))))))..(((((((.........)))))))....)))))..))))))))...................((((((..(((((((((..............)))))..........))))..)))))).)))))).......)))(((((((((....))))))))).......) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((....(((.(((((((((((.....((((((((........)))).)).))..))))))))))).)))..))))))).((((..........))))..((((((((((((((..(((.((((((......((((((.(((((....(((....))).(((.((...(((....(((((((..((.......((((..((((((.(((((.(((..((((((((.......))))))))....((((.((...(((((......)))))..))))))..))).)))))))))))....)))).......))..)))))))...)))...)).)))....)))))...(((((.....((((..(((....)))...))))....)))))....(((((.((((((.((.....((((.........))))...))))))))......((((..((((((......))))))...((.............))....(((....(((...((((..((((((.((((((.((((.(((...((((((((((.....((((........)))).......(((.((((..(((((((..(((((..(((...((((((..............)))))).....))).(((.......)))...........)))))...))).))))....)))).)))....))))))))..((((((((...))))).)))...)).......((((((........))))))...))).))))...(((((..((((((.........))))))...)))..))..))))))..((.......))))))))...))))..)))..(((((..............))))).......)))......))))......)))))..)))))).))).))))))...))))))))))..)))) |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(..((((((.(((((((((((.(...(((.((((........))))...)))).))))))))))).)))(((((.(((......)))..)))))....)))...).................((((...(((((..(((((......(((....)))....................(((....((((....))))..)))..............((((((((.........))))))).....................).......)))))...))))).))))((((((...((............((((((....((.((((..(((........)))...)))).))...........(((....)))))))))....))..))))))......((((((.((.....((((.........))))...))))))))............((((((......)))))).................(((....))).................((((((((((((...........................((((........))))...................................................(((.......)))........................................((((((((((((((..((....))...))))))))))))))((.....))..................((((((........))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))((.......)).))))...((((((..((((..................................))))..))))))................((((((((((....))))))))))....... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((((((((...(((((((...(((.(((..((....))......(((....(((((((((...............)))))).)))(((....(((..(((....))).)))......)))..((...)))))...((....)).....))))))........((((...(((((....))))).))))))).)))).....(((((........(((.....((....)).......)))..))))).))))))))))....((((......((((...((((............((((((....((.((((...((........))....)))).))...........(((....)))))))))....))))....))))....((((((...((...((((.........))))...)))))))).............((((........))))...)))).(((.......(((....))).....))).............((((((((...((..((((((.((((((((..(..((((........)))).......(((.((((...........((.((((..((((((.(((.(((..(((((....))).......))..))).......(....)....))).).)))...))))))))....)))).))).)..)))))))).)...(((((...)))))...........(....((((((........))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))).........(..((.(...((((((..((((.(.....(((..........))).........).))))..))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))....... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((.(((((((((((.(...(((.((((.(....).))))...)))).))))))))))).)))(((((.(((......)))..)))))....))).)))))))..(((....))).((((...(((((.((((((((....(((....))).....))...........(((((.(..((((....))))).)))))............(((((((((.......)))))))).((()))..............).......))))))..))))).))))((((((.((((...........(((((((....((.((((..(((........)))...)))).))...........(((....))))))))))...))))))))))......((((((.((.....((((.........))))...))))))))..........(.((((((......)))))).).....(.........(((....))).......)....(((((((((((((((((......((((..(..............((((........))))....)............(((((....((..............(((..((..(((.......)))))..)))...))..........(..............)..((((((((((((((..((....))...))))))))))))))(((...))).........((..(....((((((........))))))....)..))..))))).((.(((((((.........)))))))..))))))...))))))))((.......)).)))))..((((((..((((.(..............................).))))..))))))...)))).........((((((((((....))))))))))....... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..(((((((((((((((((.....(((....(((........)))..)))..)))))))))))(((((((((.(((......)))..)))))).))))))...(((((((((....))).((((...(((((.(((((((((...(((....))).......((((.(((...(((((...(((((....))))).))))))))))))......((((((((.......)))))))).....))).....((((......))))..))))))..))))).)))))))))).............(((......)))...)))..))))))).........(((((.[[[[[...........(((....))).))))).....]]]]]..........((((((.........(((..[[[...)))..]]]..))))))............((((((......))))))...(((.(((.......(((....))).....)))....(((((((((((((((((..(((.......)))(((((.......((((........))))................(((((((((..(((..........(((...(((....(((....)))(((....))).)))....)))............(((.(((.((((((((((((((.(((....)))..)))))))))))))).(((...))).......))))))....((((((........))))))...))).))).))))))...(((((((.........)))))))....)))))..))))))))............))))...((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))..))))).......)))(((((((((....)))))))))........ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((....(((.(((((((((((.....(((.((((........))))...)))..))))))))))).)))..))))))).((((..........))))..((((((((((((((..((..((((((......((((((..........(((....)))...(((.(((((((((.(((((((............(((..((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..))))).)))...)))))))))))..)))..............)))))))..((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).))))).....(((((.((((((.((.....((((.........))))...))))))))............((((((......)))))).((....(((.......(((....))).....)))...))...(((((((((((((......(((((.(((.....)))....((((........)))).............(((.(((((.((..(((.......((...(((..((..(((.......)))))..)))...)).........(((.(((.....))))))....(((((((((((.(((....)))..))))))))))).(((((...)))))...((........)).((((((........))))))...)))..)).)))))))).(((((((.........)))))))...)))))...))))))).((.......))))))))..((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))....)))))..)))))).))).)))..))..))))))))))..)))) |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.........)))(((((((((((.....(((.((((........))))...)))..)))))))))))(((.(((((.(((..[[..)))..)))))]])))((((((((((((((.........((((....((((.............(((....)))...................((((....((((....))))..))))..............(((((((......<<<)))))))...........>>>.......................))))..))))((((((..............................((((..(((........)))...))))..............(((....)))..............))))))......((((((........((((.........))))..aaa))))))............((((((......)))))).................(((....)))............((((.((((((((((((........(((.....{{.........((((........))))................((((((.((..(((....................................................................((((..((((((((((((((.............))))))))))))))..)))).....................((((((........))))))...)))..)).))))))...(((((((.........)))))))...)))}}...))))))))............))))...((((((.........................((((..........))))...))))))...)))).............AAA........))))))))))..)))) |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.......))).(((((((((((.....(((.((((........))))...)))..))))))))))).((((((((.(((......)))..)))))).))..(((((((((((((..((..((((((......((((((..........(((....)))...(((.(((((((((..((((((..(((((....))))).((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..)))))).))...)))))))))))...................))))))...((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).)))))......((((.((((((.((.....((((.........))))...))))))))............((((((......)))))).((....(((.......(((....))).....)))...))...(((((((((((((......(((((.(((.....)))....((((........)))).............((.((((((.((..(((.......((...(((..((...((.......)).))..)))...)).........(((............)))...((((((((((((.(((....)))..)))))))))))).((((...)))).................((((((........))))))...)))..)).)))))))).(((((((.........)))))))...)))))...))))))).((.......))))))))..((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))....))))...)))))).))).)))..))..))))))))))..))). |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((...((((((((((.....(((....(((........)))....))))))))))))).(((((((((.(((......)))..)))))).)))....[[[[[[[[[[......................((((((((....(((....)))...(((.(((((((((.(((((((..(((((....))))).((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..)))))).))...)))))))))))...................)))))))..((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).)))))...........)))))).))....))))))))))))...(((.(((((((.(((........((.((((((......))))))..))...(((.......(((....))).....)))....((((((...((((((((......((....)).(((((.......((((........))))...............(((((((.((..(((.....(((.........((..(((.......)))))....((...(((.(((.....)))........((((..((((((((((((((.(((....)))..))))))))))))))..))))))).))..........)))..((((((........))))))...)))..)).)))))))..(((((((.........)))))))....)))))..))))))))...................((((((..(((((((((..............)))))..........))))..)))))).)))))).......)))))))))).)))...]]]]]]]]]]...... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((((((((.....((((((((........)))).).)))..)))))))))))(((((((((.(((......)))..)))))).)))((((((((((((((......((((((......((((((..........(((....)))...(((.(((((((((.(((((((..(((((....))))).((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..)))))).))...)))))))))))...................)))))))..((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).))))).....(((((.((((((.((.....((((.........))))...))))))))............((((((......)))))).......(((.......(((....))).....)))........(((((((((((((......(((((.(((.....)))..(.((((........)))))............((.((((((.....(((............(((......((.((....))))....)))..............(((.(((.....))))))...((((((((((((.(((....)))..))))))))))))(((((...)))))................((((((.((...))))))))...))).....)))))))).(((((((.........)))))))...)))))...)))))))............))))))..((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))....)))))..)))))).))).)))......))))))))))..)))) |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((.(((((...((((((((((..((((((((((((((.(((..((((((.((.(...(((....(((((((((.(((......)))..)))))).)))(((...(((((.......(((.....))).......))))).))).)))...).)))))))).))))))...............(((((....)))))..)))))).)))))....(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).))))))))))....((..(((.(.((((((((.((..((.....................((((..(((........)))...))))..............(((....)))......))..)))))))))).)....((((((.((.....((((.........))))...)))))))).)))..))....((((((......))))))...))))).(((.((((.((....))...........((((..((((((.((((((......((....)).(((((.......((((........))))...............(((((((.((..(((.....(((.........((..(((.......)))))....((...(((.(((.....)))........((((..((((((((((((((.(((....)))..))))))))))))))..))))))).))..........)))..((((((........))))))...)))..)).)))))))..(((((((.........)))))))....)))))..))))))..((.......))))))))...))))..)))))))...))))..))........((((((........(((((..(....)...))))).......(((((((((....))))))))))))))).. |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........((((.((((((((..((..(....((.(.((((........)))))))...)))..))))))...((((((...(......)....))))))))))))...(((((((((.((((((((......))(((((((.(((..(((..((((..)))..).....)))(((.......)))(..(((((..))))))(((((((.((((((..))((((((((((..))...))))))).)((((((.((.(.(((((((..)))))))).)))))).))...).))))))))))(((.((.((.((((((((((.(..((.(((((.((((....).).)).).)))).))..)((...)).((((..)))))))))))..(((((((..)..((..))(((((.((...(.((((.(((..))))))).).))))))).((..)).(....(((((((..)..))))))...).)))))).((.(......))).)))).).)).)))((((((.(.((((((((......(((((((....((((.....................(((((((...((.(((((((.....((((((...................(........).)))))).((.(((.((.((.(..........).)).((((((((((((.(((((((((((.........))))))))))).)))))))))))).).).))).))((..(((..)).)..)))..)))))))..)....))).))))))))..((((((((((..))).))))))).)))))))...))))))))((...........))....((((((.....................((((................)))).))))))))))))).)))))))))..)...))))).).))))))))).)))).. |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................(((((((((...((((((((((.(((.(((..((((((.((.....(((.....((((((((.(((......)))..)))))).))...............................................))).....)))))))).))))))...............(((((....)))))...))))).)))))....(((((((.......(((..................))).)))))))..)))))))))..............(((((((.............................((((..(((........)))...))))..............(((....))).............)))))))......((((((.((.....((((.........))))...))))))))............((((((......)))))).......(((.......(((....))).....)))....(((((((((.(((((((...............(((((.......((((........)))).............((.((((((.((..(((.....((................((......))..........................................(((((((((((((.(((....)))..)))))))))))))........................))..((((((........))))))...)))..)).))))))))..((((((.........)))))).....)))))..))))))).............))))...((((((..............................................))))))..)))))..........(((((((((....)))))))))........ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..(((((.(((((((((((.....(((....(((........)))....)))))))))))))).((((((((.(((......)))..)))))).)).((((((.((((((......))).))).......(((((((((((....(((....)))...(((.(((((((((.(((((((..(((((....))))).((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..))))).)))...)))))))))))...................)))))))..((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).)))))...........)))))).))......)))....)))))).......)).)))..))))))))...((((((......))))))...(((.(((.......(((....))).....)))....((((((...((((((((......((....)).(((((.......((((........))))...............(((((((.((..(((.......((.(((((.(((....(((....)))(((....))).))).)).))).)).........(((.(((....(((((((((((.(((....)))..))))))))))).(((((...)))))......))))))....((((((........))))))...)))..)).)))))))..(((((((.........)))))))....)))))..))))))))...................((((((..(((((((((..............)))))..........))))..)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))........ |