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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00426



RNA: CRW_00426
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((....(((.(((((((((((.....((((((((........)))).)).))..))))))))))).)))..))))))).((((..........))))..((((((((((((((..(((.((((((......((((((.(((((....(((....))).(((.((...(((....(((((((..((.......((((..((((((.(((((.(((..((((((((.......))))))))....((((.((...(((((......)))))..))))))..))).)))))))))))....)))).......))..)))))))...)))...)).)))....)))))...(((((.....((((..(((....)))...))))....)))))....(((((.((((((.((.....((((.........))))...))))))))......((((..((((((......))))))...((.............))....(((....(((...((((..((((((.((((((.((((.(((...((((((((((.....((((........)))).......(((.((((..(((((((..(((((..(((...((((((..............)))))).....))).(((.......)))...........)))))...))).))))....)))).)))....))))))))..((((((((...))))).)))...)).......((((((........))))))...))).))))...(((((..((((((.........))))))...)))..))..))))))..((.......))))))))...))))..)))..(((((..............))))).......)))......))))......)))))..)))))).))).))))))...))))))))))..))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(..((((((.(((((((((((.(...(((.((((........))))...)))).))))))))))).)))(((((.(((......)))..)))))....)))...).................((((...(((((..(((((......(((....)))....................(((....((((....))))..)))..............((((((((.........))))))).....................).......)))))...))))).))))((((((...((............((((((....((.((((..(((........)))...)))).))...........(((....)))))))))....))..))))))......((((((.((.....((((.........))))...))))))))............((((((......)))))).................(((....))).................((((((((((((...........................((((........))))...................................................(((.......)))........................................((((((((((((((..((....))...))))))))))))))((.....))..................((((((........))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))((.......)).))))...((((((..((((..................................))))..))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).((((((((((...(((((((...(((.(((..((....))......(((....(((((((((...............)))))).)))(((....(((..(((....))).)))......)))..((...)))))...((....)).....))))))........((((...(((((....))))).))))))).)))).....(((((........(((.....((....)).......)))..))))).))))))))))....((((......((((...((((............((((((....((.((((...((........))....)))).))...........(((....)))))))))....))))....))))....((((((...((...((((.........))))...)))))))).............((((........))))...)))).(((.......(((....))).....))).............((((((((...((..((((((.((((((((..(..((((........)))).......(((.((((...........((.((((..((((((.(((.(((..(((((....))).......))..))).......(....)....))).).)))...))))))))....)))).))).)..)))))))).)...(((((...)))))...........(....((((((........))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))).........(..((.(...((((((..((((.(.....(((..........))).........).))))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((.(((((((((((.(...(((.((((.(....).))))...)))).))))))))))).)))(((((.(((......)))..)))))....))).)))))))..(((....))).((((...(((((.((((((((....(((....))).....))...........(((((.(..((((....))))).)))))............(((((((((.......)))))))).((()))..............).......))))))..))))).))))((((((.((((...........(((((((....((.((((..(((........)))...)))).))...........(((....))))))))))...))))))))))......((((((.((.....((((.........))))...))))))))..........(.((((((......)))))).).....(.........(((....))).......)....(((((((((((((((((......((((..(..............((((........))))....)............(((((....((..............(((..((..(((.......)))))..)))...))..........(..............)..((((((((((((((..((....))...))))))))))))))(((...))).........((..(....((((((........))))))....)..))..))))).((.(((((((.........)))))))..))))))...))))))))((.......)).)))))..((((((..((((.(..............................).))))..))))))...)))).........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..(((((((((((((((((.....(((....(((........)))..)))..)))))))))))(((((((((.(((......)))..)))))).))))))...(((((((((....))).((((...(((((.(((((((((...(((....))).......((((.(((...(((((...(((((....))))).))))))))))))......((((((((.......)))))))).....))).....((((......))))..))))))..))))).)))))))))).............(((......)))...)))..))))))).........(((((.[[[[[...........(((....))).))))).....]]]]]..........((((((.........(((..[[[...)))..]]]..))))))............((((((......))))))...(((.(((.......(((....))).....)))....(((((((((((((((((..(((.......)))(((((.......((((........))))................(((((((((..(((..........(((...(((....(((....)))(((....))).)))....)))............(((.(((.((((((((((((((.(((....)))..)))))))))))))).(((...))).......))))))....((((((........))))))...))).))).))))))...(((((((.........)))))))....)))))..))))))))............))))...((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))..))))).......)))(((((((((....)))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((....(((.(((((((((((.....(((.((((........))))...)))..))))))))))).)))..))))))).((((..........))))..((((((((((((((..((..((((((......((((((..........(((....)))...(((.(((((((((.(((((((............(((..((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..))))).)))...)))))))))))..)))..............)))))))..((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).))))).....(((((.((((((.((.....((((.........))))...))))))))............((((((......)))))).((....(((.......(((....))).....)))...))...(((((((((((((......(((((.(((.....)))....((((........)))).............(((.(((((.((..(((.......((...(((..((..(((.......)))))..)))...)).........(((.(((.....))))))....(((((((((((.(((....)))..))))))))))).(((((...)))))...((........)).((((((........))))))...)))..)).)))))))).(((((((.........)))))))...)))))...))))))).((.......))))))))..((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))....)))))..)))))).))).)))..))..))))))))))..))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.........)))(((((((((((.....(((.((((........))))...)))..)))))))))))(((.(((((.(((..[[..)))..)))))]])))((((((((((((((.........((((....((((.............(((....)))...................((((....((((....))))..))))..............(((((((......<<<)))))))...........>>>.......................))))..))))((((((..............................((((..(((........)))...))))..............(((....)))..............))))))......((((((........((((.........))))..aaa))))))............((((((......)))))).................(((....)))............((((.((((((((((((........(((.....{{.........((((........))))................((((((.((..(((....................................................................((((..((((((((((((((.............))))))))))))))..)))).....................((((((........))))))...)))..)).))))))...(((((((.........)))))))...)))}}...))))))))............))))...((((((.........................((((..........))))...))))))...)))).............AAA........))))))))))..))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.......))).(((((((((((.....(((.((((........))))...)))..))))))))))).((((((((.(((......)))..)))))).))..(((((((((((((..((..((((((......((((((..........(((....)))...(((.(((((((((..((((((..(((((....))))).((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..)))))).))...)))))))))))...................))))))...((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).)))))......((((.((((((.((.....((((.........))))...))))))))............((((((......)))))).((....(((.......(((....))).....)))...))...(((((((((((((......(((((.(((.....)))....((((........)))).............((.((((((.((..(((.......((...(((..((...((.......)).))..)))...)).........(((............)))...((((((((((((.(((....)))..)))))))))))).((((...)))).................((((((........))))))...)))..)).)))))))).(((((((.........)))))))...)))))...))))))).((.......))))))))..((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))....))))...)))))).))).)))..))..))))))))))..))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((...((((((((((.....(((....(((........)))....))))))))))))).(((((((((.(((......)))..)))))).)))....[[[[[[[[[[......................((((((((....(((....)))...(((.(((((((((.(((((((..(((((....))))).((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..)))))).))...)))))))))))...................)))))))..((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).)))))...........)))))).))....))))))))))))...(((.(((((((.(((........((.((((((......))))))..))...(((.......(((....))).....)))....((((((...((((((((......((....)).(((((.......((((........))))...............(((((((.((..(((.....(((.........((..(((.......)))))....((...(((.(((.....)))........((((..((((((((((((((.(((....)))..))))))))))))))..))))))).))..........)))..((((((........))))))...)))..)).)))))))..(((((((.........)))))))....)))))..))))))))...................((((((..(((((((((..............)))))..........))))..)))))).)))))).......)))))))))).)))...]]]]]]]]]]......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((((((((((.....((((((((........)))).).)))..)))))))))))(((((((((.(((......)))..)))))).)))((((((((((((((......((((((......((((((..........(((....)))...(((.(((((((((.(((((((..(((((....))))).((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..)))))).))...)))))))))))...................)))))))..((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).))))).....(((((.((((((.((.....((((.........))))...))))))))............((((((......)))))).......(((.......(((....))).....)))........(((((((((((((......(((((.(((.....)))..(.((((........)))))............((.((((((.....(((............(((......((.((....))))....)))..............(((.(((.....))))))...((((((((((((.(((....)))..))))))))))))(((((...)))))................((((((.((...))))))))...))).....)))))))).(((((((.........)))))))...)))))...)))))))............))))))..((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))....)))))..)))))).))).)))......))))))))))..))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..((((.(((((...((((((((((..((((((((((((((.(((..((((((.((.(...(((....(((((((((.(((......)))..)))))).)))(((...(((((.......(((.....))).......))))).))).)))...).)))))))).))))))...............(((((....)))))..)))))).)))))....(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).))))))))))....((..(((.(.((((((((.((..((.....................((((..(((........)))...))))..............(((....)))......))..)))))))))).)....((((((.((.....((((.........))))...)))))))).)))..))....((((((......))))))...))))).(((.((((.((....))...........((((..((((((.((((((......((....)).(((((.......((((........))))...............(((((((.((..(((.....(((.........((..(((.......)))))....((...(((.(((.....)))........((((..((((((((((((((.(((....)))..))))))))))))))..))))))).))..........)))..((((((........))))))...)))..)).)))))))..(((((((.........)))))))....)))))..))))))..((.......))))))))...))))..)))))))...))))..))........((((((........(((((..(....)...))))).......(((((((((....)))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((........((((.((((((((..((..(....((.(.((((........)))))))...)))..))))))...((((((...(......)....))))))))))))...(((((((((.((((((((......))(((((((.(((..(((..((((..)))..).....)))(((.......)))(..(((((..))))))(((((((.((((((..))((((((((((..))...))))))).)((((((.((.(.(((((((..)))))))).)))))).))...).))))))))))(((.((.((.((((((((((.(..((.(((((.((((....).).)).).)))).))..)((...)).((((..)))))))))))..(((((((..)..((..))(((((.((...(.((((.(((..))))))).).))))))).((..)).(....(((((((..)..))))))...).)))))).((.(......))).)))).).)).)))((((((.(.((((((((......(((((((....((((.....................(((((((...((.(((((((.....((((((...................(........).)))))).((.(((.((.((.(..........).)).((((((((((((.(((((((((((.........))))))))))).)))))))))))).).).))).))((..(((..)).)..)))..)))))))..)....))).))))))))..((((((((((..))).))))))).)))))))...))))))))((...........))....((((((.....................((((................)))).))))))))))))).)))))))))..)...))))).).))))))))).))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................(((((((((...((((((((((.(((.(((..((((((.((.....(((.....((((((((.(((......)))..)))))).))...............................................))).....)))))))).))))))...............(((((....)))))...))))).)))))....(((((((.......(((..................))).)))))))..)))))))))..............(((((((.............................((((..(((........)))...))))..............(((....))).............)))))))......((((((.((.....((((.........))))...))))))))............((((((......)))))).......(((.......(((....))).....)))....(((((((((.(((((((...............(((((.......((((........)))).............((.((((((.((..(((.....((................((......))..........................................(((((((((((((.(((....)))..)))))))))))))........................))..((((((........))))))...)))..)).))))))))..((((((.........)))))).....)))))..))))))).............))))...((((((..............................................))))))..)))))..........(((((((((....)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((..(((((.(((((((((((.....(((....(((........)))....)))))))))))))).((((((((.(((......)))..)))))).)).((((((.((((((......))).))).......(((((((((((....(((....)))...(((.(((((((((.(((((((..(((((....))))).((((((.(((((......((((((((.......))))))))..((((((.((...(((((......)))))..))))).)))...)))))))))))...................)))))))..((((..(((........)))...))))..............(((....)))..))))))).)))))...........)))))).))......)))....)))))).......)).)))..))))))))...((((((......))))))...(((.(((.......(((....))).....)))....((((((...((((((((......((....)).(((((.......((((........))))...............(((((((.((..(((.......((.(((((.(((....(((....)))(((....))).))).)).))).)).........(((.(((....(((((((((((.(((....)))..))))))))))).(((((...)))))......))))))....((((((........))))))...)))..)).)))))))..(((((((.........)))))))....)))))..))))))))...................((((((..(((((((((..............)))))..........))))..)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))........