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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00427



RNA: CRW_00427
Rfam family: -

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).......(((....((....((....(((((...((((...((((((((..((((..(((((..(((((...)))))..)))))....(((.((((((...(((....)))..)))..))).)))............((((....))))..(((((((.................((((....)))).....................(((((((.........)))))))........................................((((.((((((((((((((((............................)))))).))).)))))))(((((.............)))))))))..........))))))).................))))..))))))))..))))((((..((((((..(((....((((((((((((.........)))))))................((....)).............(((.((((((((...(((((....(((((((.............((((........))))...........))))))).......)))))..))))))))..))).(((((((((....))).......)))))).........................)))))...)))..))))))....))))...................(((((............................))))).))))).....)).....)).....)))................................(((((.........)))))......((((((.....(((....(((............)))...))).....))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).(((((((((.............(((.(((..((....))......(((.....(((((((...(((.....)))...))))).)).(((....(((...(((....)))..)))......))).........)))...((....)).....)))))).......((.((...(((((....))))).)).)).............(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))......(((.....((((((...((((((............................)))))).....))))))..((((.............))))....(((.((((.........)))).)))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.........))))))).))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((..........((.((((..((((((.((...(((((((((....))).......))))))......((.......)).....)).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...(((((...))))).....(....(((((..........)))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((.........................................))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))((...))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))(((.((((((((((((((((((.(.(((((..(((((...((((((((..(((((((((((.((((((...))))).)))))).)).(((.((((((...((((()))))..)))..))).)))............((((....))))..((((((((...............(((((....)))))...................(((((((((.......)))))))).((()))..............).................(((((.((((((((((((((((............................)))))).))).)))))))(((((.............))))))))))........)))))))).................))))..))))))))..))))((((..((((((..(((....((((((((((((.........)))))))(....)((.......(((....))).....)).....(((.((((((((...(((((....(((((((.(..((.......((((........))))......)).).))))))).......)))))..))))))))..))).(((((((((....))).......)))))).........................)))))...)))..))))))....))))....).(((.....))).((((((.((((..(..........)....)))).)))))))))))..).))).)))))))).))))))).))).....(((((.......)))))....(((((.(......))))))(.....((((((.....(((....(((.(.......)..)))...))).....))))))......).........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((....)))(((((.((((((((((((((((((...(((((..((((((..((((((((..((((..(((((..(((((...)))))..)))))(((((((.((((((...(((....)))..)))..))).))).(((((......((((....))))..((((((((........(((....(((((....)))))......)))...........((((((((.......)))))))).....((((....((((......))))............(((((((((((((...((((((...............(((.......))))))))).....))))))).((((.............))))))))))))))....)))))))).)))))....))))...))))..))))))))......(((...((((((..(((.........(((((((.........))))))).....(((.......(((....))).....)))....(((.((((((((...(((((....(((((((....(((......((((........)))))))........))))))).......)))))..))))))))..))).(((((((((....))).......))))))............(((.(((.....))))))...)))..))))))....)))))))))((((.....))))((((((.((((.(((........)))...)))).)))))))))))....))).)))))))).))))))).)))))...(((((.......))))).....((((......))))..((((....((((((......(((........)))....((((......))))...))))))....[[[.....)))).(((((((((....))))))))).]]]....
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.........)))..(((..((((((.((((((((((...(((((..........((((((((..(((...((((..{{(((.....)))....))))..}}........((...............))......................((((....))))..(((((((.................((((....)))).....................((((((...........)))))).............................................(((((((...((((((............................)))))).....))))))).((((.............))))...............)))))))..................)))..))))))))............((((((..(((....(((((.((((((.........))))))......................................(((.(((((((....(((((...aa((.....[[[[[[......((((........))))........[[[[[[[))........)))))...)))))))..))).(((((((((....))).......)))))).........................)))))...)))..)))))).]]]]]]]......]]]]]]......((((((..(((..((........))....)))..)))))))))))..AA))).)))))))..))))))<<)))......>>..................(((((.........)))))......((((((.....(((.....((............))....))).....)))))).................(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.(((((((((.((((((((((((((((((...(((((..(((((...((((((((..(((.(((((((..(((((...)))))..))))).)).(((.((((((...(((....)))..)))..))).)))..(.(.......((((....))))..((((((((.........((....(((((....)))))......))............((((((((.......))))))))..(((.(..............................).)))...(((((((...((((((............................)))))).....))))))).((((.............))))..............))))))))..).).............)))..))))))))..))))).......(((((((........))))))).................(((....))).....((((.(((((((.................)))))))..))))..((((...)))).(((((((.....((((........))))....((..((((((((((((..........................(((((((((....))).......)))))).....(((((..(((.(.........))))..))))).))).)).)))))))..)).))))))).......(((((.((((.(((........)))...)))).))))).)))))....))).)))))))).))))))).)))).)).)))..................(((((.((....)))))))......((((((.....(((....(((((.......)).)))...))).....))))))......(.......)...((((((((....)))))))).))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.(((((((((.((((((((((((((((((...(((((..(((((...((((((((..((((..(((((..(((((...)))))..)))))(((((((.((((((...(((....)))..)))..))).))).(((((......((((....))))..((((((((........(((....(((((....)))))......)))..........((((((.........((((((((...(((.((.......((((......)))).......)).)))...(((((((...((((((............................)))))).....))))))).)))))))).........))))))............)))))))).)))))....))))...))))..))))))))..)))))....((((..((((((((.......(((((((.........)))))))....((((((....(((((..(((((.........(((((..(((....((((((......)))).)).))).)))))...((((........))))........((((((((((((..........................(((((((((....))).......)))))).....(((((..(((.(((.....))))))..))))).))).)).))))))).)))))...)))))..)))))).............))))........)))).))))..)))))....))).)))))))).))))))).))).))).)))...........(((....(((((.((....)))))))......((((((......(((........)))....((((......))))...))))))....)))..........(((((((((....)))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..((((.(((((((((.((((((((((((((((((...(((((..(((((...((((((((..(((((((((((.((((((...))))).)))))).)).(((.((((((...(((....)))..)))..))).))).(((((......((((....))))..((((((((........(((....(((((....)))))......)))...........((((((((....[[[))))))))..(((.......]]]((((......))))..........)))...((((((((((((((((...............(((.......))))))))).))).)))))))(((((.............))))).............)))))))).)))))...........))))..))))))))..))))).......(((((((........)))))))(((.........)))..(((....))).....((((.(((((((............{{{..)))))))..))))..((((...))))((((((((.....((((........))))........((((((((((((......................}}}.(((((((((....))).......)))))).....(((((..(((.(((.....))))))..))))).))).)).))))))).....)))))))).....((((((.((((.(((........)))...)))).)))))))))))....))).)))))))).))))))).)))).)).)))..(((.........))).(((((.((....)))))))......((((((.....(((....((((((.....))).)))...))).....)))))).....((((...)))).(((((((((....)))))))))))))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.(((((((((.((((((((((((((((((...(((((..(((((...((((((((..((((..(((((..(((((...)))))..)))))(((((((.((((((...(((....)))..)))..))).))).(((((......((((....))))..((((((((........(((....(((((....)))))......)))..........((((((.........((((((((...(((.((....(..((((......))))..)....)).)))...(((((((...((((((............................)))))).....))))))).)))))))).........))))))............)))))))).)))))....))))...))))..))))))))..)))))....((((..((((((((.......(((((((.........)))))))....((((((....(((((..(((((....(((....(((.((((((((...(((((....(((((((.(..((.......((((........))))......))..)))))))).......)))))..))))))))..))).(((((((((....))).......)))))).....(((((..(((.(((.....))))))..)))))...........)))..)))))...)))))..)))))).............))))........)))).))))..)))))....))).)))))))).))))))).))).))).)))...........(((....(((((.((....)))))))......((((((......(((........)))....((((......))))...))))))....)))..........(((((((((....)))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(......)))))..))).(((......)))((.(((((((((((((((........(((((.(..)...((((((((((((...)))))))))))).)))))...((((((((((((..))))....(((((((..(((.((...((....(.((.(((((.((((((((((((((..)).)))......((..(((((((((................(((.((((.............)))))).))))))..(((((((.((((.(((((.(((....((.(.((.(((.((((((..))))))))).))......(((((....(((((((((........).))))))))...)))))..((((.((((..(((((((...........)))))))..)))(((((...((.(.((((((.....)))))).).))))))).))))))))...)))))))).))..).).))))))).(...)))))...)).))))))).)).)))).).)))...)).(((((((((...((((...)))).((((.(((...((.(..((((.((..(..((.((((((((((((((((....))).....(((.(((.(.(...((((((((.............))))))))....)((.((((..(......)..)))).)).)))))))...)).)))))))).)).).))..)....(((((((...))))))).(((((((((((((((..))))))..))))))))))).)))))...))((((((((......).))))))).))).))))..)))))..................))))((((((((((.(((((((....(..)(((..))))))).))).)))))))))))))))..))..))))))..)))).))).)))))))))))))).).))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((.((((((((((((((((((...(((((..(((((...((((((((..((((..(((((..(((((...)))))..)))))(((((((.((((((...(((....)))..)))..))).))).(((((......((((....))))..((((((((.........((....(((((....)))))......))..........................................................................(((((.(((((((...((((((............................)))))).....))))))).((((.............)))).)))))........)))))))).)))))....))))...))))..))))))))..))))).................................................................................................................................((((........))))........(((((((...............................(((((((((....))).......))))))............(((............)))...............)))))))...................(((((.((((..................)))).))))).)))))....))).)))))))).))))))).)))).........................(((((.((....)))))))......((((((.........................................)))))).................(((((((((....)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.(((((((((.((((((((((((((((((...(((((..(((((...((((((((..((((..(((((..(((((...)))))..))))).((((((.((((((...(((....)))..)))..))).))).(((((......((((....))))..((((((((........(((....(((((....)))))......)))...........(((((.........((((((((...(((.((.......((((......)))).......)).)))...(((((((...((((((............................)))))).....))))))).)))))))).........))))).............)))))))).)))))....)))....))))..))))))))..)))))....((((..((((((((.......(((((((.........)))))))....((((((....(((((..(((((....(((....(((.((((((((...(((((....(((((((....((.......((((........))))......))...))))))).......)))))..))))))))..))).(((((((((....))).......)))))).....(((((..(((.(((.....))))))..)))))...........)))..)))))...)))))..)))))).............))))........)))).))))..)))))....))).)))))))).))))))).))).))).)))...........(((....(((((.((....)))))))......((((((.....(((....((((((.....))).)))...))).....))))))....)))..........(((((((((....)))))))))))))....