|
|
|
CACAGGUCUGGUCCUAGCCUUACUAUUAAUUCAUAACAAAAUUACACAUGCAAGUAUCAGCACACCAGUGAGAAUGCCCUCUAACUCUUAUAGAUCAAAAGGAGCAAGCAUCAAGUACACACAGCCCUUACAGUAGCUCAUAACGCUUUGCUCAACCACACCCCCACGGGAUACAGCAGUGAUAAAAAUUAAGCAAUAAGCGAAAGCUUGACUAAGUUAUGUUAUUAUAAGGGUUGGUAAAUUUCGUGCCAGCAACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAAUUAAUAGUUAUCGGCGUAAAGCGUGUUUAAGACACCUAGACAAUAGAGUUAAACCCUUACUACGCUGUAAAAAGCCUUAGUAGGACCAUAAACCCUUCAACGAAAGUGACUCUAAUUUAUCUGACUACACGAUAGCUAGGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCCUAGCCCUAAACUAAAACAGUUCACAAACAAAACUGUUCGCCAGAGUACUACUAGCAACAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUUACAUCCUUCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGAUAUACCUCACCACCCCUUGCUAAUACAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAGACCCUAGUAAGGCACCACAGUGAGCACAAUAACAUACAUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAGCUUAUGGGGUGGGAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUAAUAAAGAGCAAAUACAAAAAACUUAAUGAAACAAUUUAAGACUAAGGUGGAUUUAGUAGUAAGCUAAAAAUAGAGAGUUUAGCUGAACCAGGCCAUAAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCUUCAAUUAUAAGCGCCACAUAAACUAAAACACAUUAAUUCAGUAGCAACUAUAUAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAACAUACUGGAAAGUGUGUUUGGAUAAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....(((.....)))....))).)).(((..(.(((..((............)).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).)))))).....((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).))))))))))....(((((.....((((...(((...........((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..)).......(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[[.....))..]]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((.....)))))....(...((((((((.........))))))))..).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((.....................................................))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((...(((((((((...((((((((((...........(((..((((.........(((....)))....((((((.....((.....)).....))).))).))))...)))....(((((((((.((((((..(((((...(((((........(((....))).(((....)))..........)))))(((((....))))).....))))))))))).))))))))).......(((((((.((....)))))...))))........))))))))))(((((..((..((.(((((...)))))))..))..(((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))...............((....)))))))))...............))))))))))))))....(((((..(((........)))..))))).))).......(((((((.........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....(((((((((.(((((((..(((((...)))))((((((((....((((........))))....((..(((((((...........((((...(((.....(((.....))).....)))))))......((((((.........(((((...(((.....)))...))))))))))))))))))..)).....(((((.((((((((......(((............(((((.........)))))((((((.....)))))).....))).....)))))))).)))))))).)))))..)))))))))).................((((((...((((...((.((.......................)).))...))))...)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))......) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((.((((((..(((((........)))))....(((........)))....))))))..(((.......(((((..........)))))...((((..(((..((.(((((((((..(((((......(((((((((........(((....))).(((....)))..........))))..)))))..(((((....)))))..)))))..)))))))))))..)))..))))..))).....((((....((((......))))..(((((((((.........(((((...))))).((((...((((((((....((((((..(((......)))...))))))..........(((......))))))))))).....))))......))))))))).))))....)))))))))))..))(((...(((((........(((..(((((((.........))))))).....((((..((..(((....)))))..))))....(((..((((((((((((..(((((...)))))(((((...((((.(((........))))))).....(((((..(((((.....(((((((.........(((((.....(((((.((((((((((...(((............))).....(((.....)))..)))))..))))))))))..))))).)))))))..(((....)))....)))))..........(((((.........))))).....))))).((((((..((((((..........)))))))))))).)))))..))))))........)))))).)))...((((((...((((...((.......(((...............))).))...))))...))))))...))).......)))))((((((((....)))))))))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((...((((((((((........................................................................((..((((.((((.....(((((((((.(((((..((((((....((((........(((....))).....................))))..((((....))))......))))))))))).)))))))))....)))).))))..))........................))))))))))(((((...........(.......)..........(((((((.....(((((((.(((......)))..))))))).......................)))))))...............)))))))))))))).....((((.........)))).....................(((((((.........))))))).....((((......(((....)))....)))).........((((((((((((..((((.....))))(((((.......((((........))))........(((((((..((........((.............................................................................))....))....)))))))....................................................................................(((((((.........)))))))....)))))..)))))))........))))).......((((((..((((....((.............................))....)..)))))))))................((((((((((....))))))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((......))))).((((((((((((((((...(...(((.(((..((....))......(((...(((((((.....(((...))).....))).....)))).....................(.(((.......))).).......)))...((....)).....)))))).).....(..((...(((((....))))).)).))))))).........(((((........(((.....((....)).......)))..))))).))))))))))....(((.......((((...(((...........((((((......(((((((.(((......)))..)))))))...............((....)).)))))).....)))....))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((((((.........))))))).))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(.(........((......))(((....))).....................).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)....(((.....)))............................................))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..........((.((.......................)).))..........))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))...... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(....(((((((((...((((((((((...................(........)(((....)))...............(((............)))((..((((.((((..((.(((((((((.(((((..((((((...(((((........(((....))).....................)))))(((((....))))).....))))))))))).)))))))))))..)))).))))..))..((()))................))))))))))(((((((.....))((((.....))))........(((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))................(....).)))))))...............))))))))))))))....)((((.........)))).....................(((((((.........))))))).....((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((..(((((...)))))(((((((((((.((((........))))))).(((.(((((((.((((...((.((((....(((.....(.....................((....)).....................)......)))..)))))))))..).)))))))).)).....(((((.((((((((......(((....((......(((((.........)))))...............)).....))).....)))))))).)))))))).)))))..)))))))........))))).)))...((((((..(((((.(.((..(.......................)..))..)..)))))))))))................((((((((((....))))))))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...(((((((((...((((((((((..........((((..((((.........(((....)))....((((((.....(((...))).....))).))).))))..........(((((((((.((((((..(((((...(((((........(((....))).(((....))).(((...))))))))(((((....))))).....))))))))))).)))))))))))))...(((((((.........)))...))))........))))))))))(((((..(((....(((((...))))).((((...(((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))..........(((......))).))))))).....))))..))).))))))))))))))....(((((..(((........)))..))))).))).......(((((((.........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((..(((((...)))))((((((((((((.(((........))))))).....(((((((..((((.....((((....................((((.........(((....))).......((((............)))))))).)))).))))....))))))).........(((((.((((((((......(((...(((......(((((.........)))))((((((.....)))))).))).))).....)))))))).)))))))).)))))..))))))))............)))....((((((...((((..............(((......))).............))))...)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((...((((((((((..........((((...(((........))).....))))...((((((.....(((...))).....))).))).((((.((((..((.(((((((((.((((((..(((((....((((........(((....))).(((....)))..........)))).(((((....))))).....))))))))))).)))))))))))..)))).))))..((....)).(((....))).......)))))))))).((((((.....))(((((...))))).((((.((((((((((....(((((((.(((......)))..)))))))......................))))))))..)).))))......)))).)))))))))....(((((..(((........)))..)))))...........(((((((.........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....(((((((((.(((((((...((((...)))).((((((((((((.(((........))))))).((..(((((((...........((((...(((.....(((.....))).....))))))).......(((((.........(((((...(((.....)))...)))))))))).)))))))..))......((((.((((((((......(((...(((......(((((.........)))))((((((.....)))))).))).))).....)))))))).)))).))).)))))..)))))))))).................((((((...((((...((.((.......................)).))...))))...)))))).)))))).......))).((((((((....)))))))).))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.......((((((((((([[.................((........))..............................................((((..........(((((((((.(((((..((((((................(((....)))...........................((((....))))......))))))))))).))))))))).........)))).............................))..........................................((((((......(((((((.(((......)))..)))))))...............((....)).))))))....................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.........))))))).....((((......(((....)))....))))..............{{{{{{...............(((((((......((((........))))........(((((((..((((......((.............................................................................))..))))....)))))))......)))))))...............................(((((.........))))).........]]..))))))))).(((.............)))....))))))))..}}}}}}.............((.....((((((...(((.((.((.((.......................)).))..)))))...))))))......)).........(((((((((....)))))))))....... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((...((((((((((...................(........)(((....)))....((((((.....(((...))).....))).))).((((.((((..((.(((((((((.((((((..(((((....((((........(((....))).(((....)))..........))))..((((....))))......))))))))))).)))))))))))..)))).))))..((....))..(......)........)))))))))).((((.(.....).(((((...))))).((((...(((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))..........(((......))).))))))).....))))......)))).)))))))))....(((((..(((........)))..)))))...........(((((((.........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....((((.((((((((((((..(((((...)))))((((((((.((.((((........))))))..((..(((((((..((........(..........................((....)))((......))............(((((...(((.....)))...)))))))....)))))))..))......((((.((((((((......(((...(((......(((((.........)))))((((((.....)))))).))).))).....)))))))).)))).))).)))))..)))))))........))))).......((((((...((((...((.((.......................)).))...))))...))))))...)))).......)))(((((((((....)))))))))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((..(((.(((((((((((.((................(((........)))((((...(((((((.((((((.........((((....((.((..((((.((((..((.(((((((((.((((((..(((((...(((((........(((....))).(((....)))..........)))))(((((....))))).....))))))))))).)))))))))))..)))).))))..))..))..))))...(((.((((...........)))))))..(((((((((((((((....(((((....(((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))...............((....)))))))))...((((((....)).)))).))))).(((.....))).)))))))).......((((.((.(((.......(((((((.........))))))).....((((......(((....)))....))))..))).)).))))..))))))).......)))))).(((((((.....((((........))))....((..(((((((..((((.....((((.......(((((.....((..((....))...))......))).)).................(((.....))).)))).))))....)))))))..)).)))))))..))))))).......................(((((.........))))).....)))))).))))))))))))))...............[[[..))))))))....]]]..((....{{{))........((((((...((((...((.((.......................)).))...))))...))))))..............}}}(((((((((....)))))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((...((((((((((.............................(((....)))....((((((.....(((...))).....))).))).((((.((((..((.(((((((((.((((((..(((((...(((((........(((....))).(((....)))..........)))))(((((....))))).....))))))))))).)))))))))))..)))).))))(.((....))).................))))))))))(((((..(((....(((((...))))).((((...((((((((....(((((((.(((......)))..)))))))..........((((...).))))))))))).....))))..))).)))))))))))))).)..(((((..(((........)))..)))))...........(((((((.........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((..(((((...)))))(((((((((((.((((........))))))).(((.(((((((..................(((.....(((.....))).[[[.)))]]](((....)))......((((..(((((...(((.....)))...)))))..)))))))))))).)).....(((((.((((((((.(....(((...(((......(((((((...).).)))))((((((.....)))))).))).)))....))))))))).)))))))).)))))..)))))))........))))).......((((((...((((.(............(((......)))............)))))...))))))..))))).......)))(((((((((....))))))))).)))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...(((((((((...((((((((((..........((((..((((.........(((....)))....((((((.....((.....)).....))).))).))))..........(((((((((.((((((..(((((...(((((........(((....))).(((....)))..........)))))(((((....))))).....))))))))))).)))))))))))))...(((((((.((....)))))...))))........))))))))))(((((..((..((.(((((...)))))))..))..(((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))...............((....)))))))))...............))))))))))))))....(((((..(((........)))..))))).))).......(((((((.........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....(((((((((.(((((((..(((((...)))))((((((((....((((........))))....((..(((((((..((((.....((((.......(((((.....((..((....))...))......))).)).................(((.....))).)))).))))....)))))))..)).....(((((.((((((((......(((............(((((.........)))))((((((.....)))))).....))).....)))))))).)))))))).)))))..)))))))))).................((((((...((((...((.((.......................)).))...))))...)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.(((((((.((....(((.(((((((((((((((((((...((..))....))).....((.((...).).))..((((((((((...)))..))).))))..((..((((((.(((...).(((((..(((((((.((.((((((((.((...))...(((..))))..))).)))).)))).))))..)..)))).)).)))))))))).))))))..((......)).((((((....((((((.((....)))).))..)).)))..))))))))))))...........))).(((.(....))))((((...))))((((((((.((((((((.(..(((((((((((((..).(((.((((.((((((.(..((((..((((.(((((((((((((.....)))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))..)....(...((((((((((..))).))))))).).))))(((...((((.(((((((.(..)(((((((((...(.(.((...)))).))))))..))).)).)))))))).).................)))((..((((((((.....(((.(........).)))((........))(..)...(((((((((.(..(((...(..((((..((....))..))))).)))))))))..))))))))))))..))((((((...))))))..))))).)))).....((..)).))))).))))).).))))).))))))))))))))))))))))(((((..))))).))))))))).)))))))))).((..(((((((((..(.((.((((((((((((..(((((...(.(.(.(.(((((((........))).)))).))))..)))))))))))((((........))))..)))).)).)))..)))))))))..)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((...((((((((((............................................((((......((.....))......)).)).............((.(((((((((.((((((..(((((....((((........(((....)))..((....))...........)))).(((((....))))).....))))))))))).)))))))))))..........((.((....))))................))))))))))(((((..(((....(((((...)))))...((...(((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))...............((....))))))))).....))....))).))))))))))))))...........................................(((((((.........))))))).....((((......(((....)))....))))....(((((......((((((..(((((...)))))((((.(((....((((........))))....((..(((((((..(((...........................................................................................)))....)))))))..)).....(((((.((((((((......(((............(((((.........)))))((((((.....)))))).....))).....)))))))).))))))))..))))..)))))).....................((((((...((((...((.((.......................)).))...))))...))))))..)))))..........(((((((((....)))))))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...(((((((((...((((((((((..........((((..((((.........(((....)))....((((((.....((.....)).....))).))).))))..........(((((((((.((((((..(((((...(((((........(((....))).(((....)))..........)))))(((((....))))).....))))))))))).)))))))))))))...(((((((.((....)))))...))))........))))))))))(((((..(((....(((((...))))).((((.(((((((((.....(((((((.(((......)))..)))))))...............((....)))))))))..)).))))..))).))))))))))))))....(((((..(((........)))..))))).))).......(((((((.........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....(((((((((.(((((((..(((((...)))))((((((((....((((........))))....((..(((((((...........((((...(((.....(((.....))).....)))))))......((((((.........(((((...(((.....)))...))))))))))))))))))..)).....(((((.((((((((......(((...(((......(((((.........)))))((((((.....)))))).))).))).....)))))))).)))))))).)))))..)))))))))).................((((((...((((...((.((.......................)).))...))))...)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))....... |
