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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00429



RNA: CRW_00429
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (......(((((((((.(((((..(((.((.(((((((((((((((((.(((((((((.(((((..((((((((((((...)))))))))))).........))))).((((((((...)))))))).)))))))))..((((....)))).....))))))))))))))))))).)))....(((((((((((((...(((....(((((((((((....((((((((....)))))))).............((((((....(((((((((....)))))))))..((((((((((.((((.(((((....(((((((((((....((((.........)))))))))))))))...........((((((((((.....(((((...((((((..............((((((((....(((((((....(((...((((........)))).)))..))))))).((((........)))).........)))))))).......(((((((.(((....)))..)))))))............................))))))..)))))..)))))))))).....))))).))))..))))))))))...))))))....)))))))))))......)))...))))).)))........((((((((....))))))))...................)))))...............))))).)))))))))......(((..((((((((((....))))))))))..))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((....(((((((..((((((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((..((((((((((((...)))))))))))).........))))).((((((((...)))))))).)))))))))..((((....)))).....))))))))))))))))))...))))..)).(((((..(((((((.((..(((((((..(((....((((((((....)))))))).....)))..)))))))((((..(((((((((....)))))))))..)))).)).)))))))..((((((..(((((((((((....((((.........)))))))))))))))(((........))))))))).)))))..)))))))..)))))))).........((((((.((((..(((....))))))).......((((...((((....(((((((....((...................))....)))))))))))...((((((((...(((.(((((.(((...((((((((((.....(((((((((((((....((((((((((............)))))))))).....(((((((....))))))).(((.(((....))).))).....))))))))).))))...))))))))))..))))))))))).....)))))))).)))).))))))((....((((((.......)))))).....))...(((..((((((((((....))))))))))..))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................(((((((((((.....))))))))))).........................................................................((((((((((.((....))))...))))))))..................................((((((((.......))))))))....................((((((((((((...((((...........))))))))))))))))(((....((((.........)))))))....................................(((((((.....))))))).......((((((((....(((((((..(.(((....................))).))))))))..........................)))))))).......(((((((.............)))))))..................................(((((((((..............)))))))))......(((((......)))))...........................................................................................(....((((((.......)))))).....).....(...((((((((((....))))))))))...)..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(((((.......))))).)....(((((((..................((((.(((((.....((((((((((.......))))))))))..........))))).))))((((((..........)))))).....)))))))..............(((..((((((.....((....)).......))))))........(((((((((.(((........(((.((((((((.........)))))))).)))...............(((((((((((((....................))))))))))))).....................((((((((..........................)))))))).............))).)))))))))((((.((((((((.((..((((((.((((((((.....((((........)))).....((((((((((.........(.(((((..((...(((........((((((...(((((....)))))............))))))........)))...))))))))....)))))))))).)))))))).)................(....((((((.......))))))....).....))))).))..(((((((........)))))))..........))))))))))).)..)))(..((.(..((((((.......))))))...).))...)....((((((((((....))))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((.........)).....................((((((....)))).....((......((((((((((((...))))))))))))...........)).........................................................)).((((((((((.((....))))...)))))))).................................(((((((((.......)))))))))............((((((()))))))(((((...((((...........)))))))))((((((((((....((((.........)))))))))))))).............((....))........(((((((.....)))))))......(((((((((....(((((((..(.(((....................))).)))))))).............(....).......)))))))))......(((((((.(((....)))..)))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((((((((((.....))).)))))))))).(((.(((((((....))))))).)))....................))))))))...((((((((........)))).....)))).........................((.(..(((((((.....)))))))...).))...(((..((((((((((....))))))))))..))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((........))))).)))))((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((((((((...)))))))))))..))).....))))).((((((((...)))))))).)))))))))..((((....)))).....)))))))))))))))))).........(((((..((((..((((....))))....(((((((((((((((...((((.....(((....)))..((((((.(((((((((((((((....)))))))))..((((((...........))))))..(((((((((((....((((.........)))))))))))))))............((((((..........)))))).......)))))).))))))((((((((....((((((((((......)))..((((.....)))).....))))))).((((........)))).........))))))))...))))(((((((.(((....)))..)))))))..)))))))))))))))...........(((((((((((((((((((.....))).))))))))))((((.(((((((....))))))).))))........)))))).))))..(((((.(((.........((((((((....)))))))).))))))))..........))))).......(((((((.....)))))))..........(((..((((((((((....))))))))))..))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((((..(((..((((((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((..((((((((((((...)))))))))))).........))))).((((((((...)))))))).)))))))))..((((....)))).....))))))))))))))))))...))))..))..)))..)))).......(((((((((..(((....((((((((....)))))))).....)))..))))))))).)))))))))))).((((((((((((((...(((...........))))))))))))))))).....((((((((((((...((((((((......(((........)))......)))))))).((((((.....))))))........((((((((....(((((((....(((...((((........)))).)))..))))))).((((........)))).........)))))))).......(((((((.(((....)))..)))))))..((((((((((.........(((((((((.....((((((((((((.....))).))))))))).((((.(((((((....))))))).))))...................)))))))))........))))))))))...))))))))))))........((((.((..(((..((.................))...)))..)))))).(((..((((((((((....))))))))))..))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.((..((((....((((((((((............................(((((((((((.....)))))))))))...............................................(((....)))................((((((((((.((....))))...)))))))).....................................(((...........)))......................(((((((((((((...((((...........))))))))))))))))).......(((.........)))..................................................................((((((((....(((((((....(((....................)))..)))))))..........................)))))))).......((((((...............))))))..................................((((((((((............)))))))))).......((((......))))................................................))))))))))....)))).))...)))))).............((....((((((.......)))))).....))...(((..((((((((((....))))))))))..))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((.((((.....((((((((........((((..............))))..((((((((((((...))))))))))))...............((((((((...))))))))............))))))))......(((((..(((((.((((((((((.((....))))...)))))))).........(((((..((......((((((......)))))).......))..)))))...................(((((((((((...(((((...........))))))))))))))))((.....((((.........)))).))........((..........))...(..(....)..)((((((.....))))))........((((((((....(((((((....(((...((((........)))).)))..))))))).((((........)))).........)))))))).......(((((((.............)))))))..((((((((((......((.(((((((((....(((((((((((((.....))).)))))))))).(((.(((((((....))))))).)))....................)))))))))..))....)))))))))).......)))))..)))))................((.....)).........)))).)))))))).......(((..((((((((((....))))))))))..))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((((.....((((((((...............(((((((((.(((((..((((((((((((...)))))))))))).........))))).((((((((...)))))))).)))))))))..)))))))).....((((((........((((((((................))))))))....(((((((((((((((((((((((((....(((((((((.......)))))))))..((((((((((((((((..))))))))))..((((((...........))))))..(((((((((((....((((.........)))))))))))))))............))))))..........(((((((.....)))))))......(((((((((....((((((((((......)))....................)))))))..........................)))))))))......(((((((.............)))))))..))))))))))))))).................((((((((((............))))))))))..))))))))))..((((...(((((((.....((((((((........................)))))))).))))))).(((((((..))))))).............)))).))))))...............)))))))........((((((((((....))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((.(((((..(((.((.(((((((((((((((((.(((((((((.(((((..(((((((((((.....))))))))))).........))))).((((((((...)))))))).)))))))))..((((....)))).....))))))))))))))))))).)))....(((((((((((((...(((....(((((((((((.....((((..(((.((((((..(((((........(((((((.((((((((((((....))))))))).))).))))))).((((.(((((....(((((((((((....((((.........)))))))))))))))...........((((((((((.....(((((...((((((..............((((((((....(((((((....(((...((((........)))).)))..))))))).((((........)))).........)))))))).......(((((((.(((....)))..)))))))............................))))))..)))))..)))))))))).....))))).))))..))))).)))))).)))..)))).)))))))))))......)))...))))).)))........((((((((....))))))))...................)))))...............))))).)))))))))......(((..((((((((((....))))))))))..))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((.(((((....((((((((...............((((((((..(((((..((((((((((((...)))))))))))).........))))).((((((((...))))))))..))))))))..))))))))((((..(((((..((((((((((((((((.((....))))...)))))))).....((((((........................(((((((.......)))))))))))))..............((((((((((((...(((((...........)))))))))))))))))......((((..{{{....))))..................(((...................[[[[[[.))).]]]]]].......(((((((((}.}}(((((((....(((...((((........)))).)))..))))))).((((........)))).........)))))))))......(((((((.(((....)))..)))))))..((((((((((.....(((((((((((((....(((((((((((((.....))).))))))))))((((.(((((((....))))))).))))((((....)))).......))))))))).))))...))))))))))......))))))..)))))..))))...........................))))).)))))))))......(((..((((((((((....))))))))))..))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(.(((((((((.(((((..(((.((.(((((((((((((((((.(((((((((.(((((..(((((((((((.....))))))))))).........))))).((((((((...)))))))).)))))))))..((((....)))).....))))))))))))))))))).)))....(((((((((((((...(((....(((((((((((.....((((..(((.((((((..(((((........(((((((.((((((((((((....))))).))))))).))))))).((((.(((((....(((((((((((....((((.........)))))))))))))))...........((((((((((.....(((((...((((((..............((((((((....(((((((....(((...((((........)))).)))..))))))).((((........)))).........)))))))).......(((((((.(((....)))..)))))))............................))))))..)))))..)))))))))).....))))).))))..))))).)))))).)))..)))).)))))))))))......)))...))))).)))........((((((((....))))))))...................)))))...............))))).))))))))).)....(((..((((((((((....))))))))))..))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((.(((((........))))).))).)...(((......)))(((.(((((((...(((((.((..(((((((((((.(...).))))).)))))))).)))))(((((((((...)))))))))..))))))).((((((((((.(((((........)))))))))))..(((((.(((((((((((((((((((((((((......)))).)))).(...))))))))))))(((((((.((..)).)))))..))...(((((((((..))))))))).....)))))).).))))))))(..)..(((((((((((....((........)).....)))))))))))....))).((((((((((..)).....(((((((((..))).))))))((..)).).)))))))((..((.((((.((((((..))))))..(((((......)))))..(((((((........))))..)))(((((...((........))((..)).))))).(((.((((((............)))))).))).(((.((((((.(.(.((((((((....)))))((((......))))((((.(((((........))))).))))..((((..))))))).).))))))).)))..(((((((.((..)).))))))).(((((((..)))))))..(((((...((((.(.(((.((((((..........))))))..)).))))))....))))))))).))..))((......))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((.(((((..(.....((((((((((((((((((.(((((((((..((((..((((((((((((...)))))))))))).........))))..((((((((...)))))))).)))))))))..((((....)))).....))))))))))))))))))....).........................................................................................((((......))))................................((((((((((....((((.........)))))))))))))).............((((((.((....)).))))))....................((((((((....(((((((....(((....................)))..)))))))..(((........)))..........)))))))).......(((((((.............)))))))...................................(((((..(..............)..)))))......((((((......)))))).......................................................................................................))))).)))))))))......(((..((((((((((....))))))))))..))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((((............(((((((((((((((.(((((((((.(((((..((((((((((((...)))))))))))).........))))).((((((((...)))))))).)))))))))..((((....)))).....))))))))))))))).((((.........(((((((((..........((((((((...((((((((((((...((((.................((((((.((((((...(((((((((((((((((((((...(((...........)))))))))))))))........((((.........))))..))))))))).......(((..((((((.((....)).))))))..)))..)))))).))))))((((((((....(((((((....(((...((((........)))).)))..))))))).((((........)))).........))))))))...))))(((((((.(((....)))..)))))))..))))))))))))))))))))..........)))))))))........((((((((.(((..((.((((.((((((......)))))).))))...............((((..(((((.((((((((((...............))))))).))))))))..(((....))))))).))..)))))))))))..))))...)))))))...(((..(((((..(((....)))..)))))..))).