|
|
|
CAAAGGUUUGGUCCUAGCCUUAUUAUUAGUUGUCAGUAAGAUUAUACAUGCAAGUAUCCGCCAACCAGUGAAAAUGCCCUCAUACUCGUCCACUACAAACGAUCCCAAAGGAGCCGAUAUCAAGCACACCCACGGUAGCUCAAGACAUCUUGCUCAGCCACACCCCCACGGGAUACAGCAGUAGUAAAAAUUAAGCAAUAAACGAAAGUUUGACUAAGUUAUACUGAUUAGGGUUGGUCAAUCUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUGACCCAAAUUAAUGAUUAAACGGCGUAAAGUGUGGUUAAACACUUACCAAUGUAAAUAAAGUUAAACUAGCUCUCAGCUGUAAAAAGCUAAAGAUCUAUGGUAAAUAGACUAUUAAUGUAACUUUACUUAUAGUGAACCCACGAUAGCUAAGAUACAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCGUAAACUUUGAUAAUUACUAACAAAAAUAUCCGCCAGAGAACUACAAGCCACUGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUUAUACCCCCUAGAGGAGCCUGUUGCAUAAUCGAUAAACCCCGAUAAACCCUACCAUCACUUGCUAAAUCAGUCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUUAUAAGGAACAAUAGUAAGCUUAAACGCCCCCGCAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAACCUAUGUGAUGGAAAACAAUGGGCUACAUUUUCUACAUAAGAACACACGAACUCUUAUAUGAAAUUAUCAGAUAAAGGAGGAUUUAGAAGUAAGCCAGGAAUAGAGAGCCUGACUGAACUUGGCUAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGUGUUUAAGACUAACAACCCUAUUACACUAAUACAAACAUAAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGAGUAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((.....((((.........))))......))).)).(((..(.(((..(((...))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))...((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).)))))))))).....(((((.....((((....(((..............((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..))......(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<<....))..>>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...)))))....(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((................................))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......((.(((..(((((.((((.(.(((((.(((.((..((..(((.(((((.((((((....((((........))))....(((((((((...((.(((....)))..)).......((........(((.(..((((....))))..).)))...(((....))).....)).))))).....(((((((.(((((....)))))....((((...(((....((((.((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).....((((.(((((((((((((.((((.(((.......((((....))))...........((((.((((((.((((...(((((.((.(((((.....))))))).....................(((....)))..)))))....))))..))))))))))..))).)))).)))...))))).....))))).))))...........))))..)))..)))).........)))))))........)))).))))))))))))))............(((((((((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....))).((....))..))).....((....))..........)))...))))))......)))))))....)))))))))..))..)))))...............(((((((.................((((((...........(((((((..(((.........)))..))))))).(((.....((.......))...))).))))))..(((((...((..........))...))))).........)))))))..))))).).)))).)))))(((((((((....)))))))))))).)).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((...((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((.((.((((........))))..((((.........)))).......)).((((..((((.....((((..(((....((((....))))....)))...(((....)))......(((((.......((((((...........))))))........)))))....)))).((((((..(((((...((....)).....)))))))))))........))))....))))........)))).....))))....)))))..((((((((...(((((.............))))).((.((((.......)))))).......))))))))))))).(((....))))))))))))))))....)))))))))))..)).....((((((.(((((...((((((......((..................))......((((....)))).....))))))((((((((((((((((((..(((((((((((((((((((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....))).((....))..)))..((((............)))).)))...))))))......)))))))....)))))))))....)))))..((((((..........)))))).................))).))...........(((((((..(((.........)))..))))))))))))))........)))))).......((((((..((((((.....((...............))....))))))..))))))..)))))...))..)))(((((((((....))))))))).)))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......)))))).................................................................................(((....))).............................(((....)))...........(((....)))...........................((((....))))........................((((((((..(((((.((....)))).)))..))))))))................((.....((((((......))))))............((((((............((((......)))).....(((((.....)))))..........)))))).......(((....)))....((((((........((((.........)))).....)))))))).................................(..........((((....))))................)((((((((((((.........................((((........)))).....................................................(((....)))...........................................((((((.(((((((........)).))))).)))))).......(((((..........)))))...(.......).......................(((((((.........)))..........)))))))))))........)))))..(.....((((((..((((((............................))))))..))))))......).........((((((((((....))))))))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))(((((((((((((((((.((...(((.(((..((....))......(((.....(((((.....((((.........))))......))).)).(((....(((..((.....)).)))......))).........)))...((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).).)).)))))))..(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))).....(((...((((((......))))))......((((.((((((....((((.(((..(((......)))...))).))).)........(((((................)))))............((((((...((...((((.........))))...)))))))).....))))))....))))..............))).(((......((((....))))....)))........(((((.((((((....((.((((((.(((((((((....((((........))))........(((((((..(........((.((((..((((((.(.(..((..((((......)).......))..))......((....))....).).).)))...)))))))))...)))))))....))))))))).)(.((((...((((((..........))))))..)))).)................))))).....((.((((.........)))).))......))....))))))))).))....(..((.(...((((((..((((((.....(((........))).........))))))..))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))........................((......))..............................((((.........))))(((....)))...........((............)).((((....))))....((....(((....))).....)).((................(((((....)))))..........))...........((((((((..(((((.((....)))).)))..))))))))...............(((.....((((((......))))))((....)).(.((((((((.......(((.((((......))))..)))(((((.....))))).........)))))))).)(((.(((....))).)))((((((...((...((((.........))))...)))))))))))................................(((((......((((....))))....)))........))((((((((((((.........................((((........)))).....................................................((((())))).........................................((((((((.(((((((........)).))))).))))))))....((((((..........)))))).(((.....)))......................(((((((...((.........))...))))))))))))))........))))).((.(...((((((..((((((............................))))))..))))))....).))........((((((((((....))))))))))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((........(((((((((.(((((....(((((..................((((........))))..((((.........))))(((....)))((((..((((.....((((...((((((((((....))))...)))....(((....))).)))..(((((.....((((......(((((....)))))....)))).)))))....)))).((((((((..(((...(((.....))))))..))))))))........))))....))))...((((((......))))))....)))))..((((((((...(((.(((.((((......))))..)))(((((.....))))))))......))))))))))))).(((....))))))))))))........)))))))))))).........(((......)))..)))))......................(((.(((......((((....))))....)))....(((((((((((((((((((...(((((((.(((((((((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....)))...........)))..((((............)))).)))...))))))......)))))))....))))))))).....((((.....))))........))))....(((.....))).....)))...(((....)))..((((((..(((.........)))..))))))))))))))))............)))....((((((..((((((..............(((((...))))).))))))..)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((........(((((((((.........((((......)))).(((......))).......(((.....((((.........))))......))).((((..((((.....((((...((.(((((((....))))...))).)).(((....)))......(((((.......((((((...........))))))........)))))....)))).((((((((..(((((.((....)))).)))..))))))))........))))....))))((((.((((......))))))))((.(((((.((((((((...(((.(((.((((......))))..))).))).(((......))).......)))))))).))))).)).......)))))))))........))))))))).((((.((..(((((...).)))).((((((....((((..................(((......((((....))))....)))....(((..((((((((((((.......)))))..((.((((.(((.((((........)))).............((((.(((((((..(((.(((...((........))....(((....))).((....))..((((((.((............)))))))).((((((((.(((((((........)).))))).))))))))....((((((..........)))))).(((.....))).))).)))..))))))))))).(((((((..(((.........)))..)))))))))).)))).))...))))))).)))...((((((..((((((............................))))))..)))))).......)))))))))).((((((((....)))))))).)).)))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((...........)).....................................................................................................(((((((((...(((((((............................................................((((....))))........................((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).........................((((......)))).............(((((((............((((......)))).....(((((.....)))))..........))))))).......((....)).....((((((........((((.........)))).....))))))...............................................(((....)))..................(((((((((((((...........(((((((((....((((........))))........(((((((.((((..........................))))....................................................................)))))))....)))))))))............((((..........{{)))).....................}}.......((((.(([[(((.........)))..))..))))]].)))))))))........))))........((((((..((((((............................))))))..))))))...................)).)))))....)))))))))....... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(............(((((..........(((......)))..(((......)))...............((((.........)))).((....)).((.............(((...))).((.((((....))))....))....(((....)))......(((((...............(((((....))))).........))))).........((((((((..(((((.((....)))).)))..))))))))..................))...((((((......))))))......((((.((((((((...........((((......))))..((.(((((.....))))))).......)))))))).)))).(((....))))))))(((((........((((.........)))).....)))))....................................(.(((......((((....))))....))).........)((((.((((((...........(..((((((((....((((........)))).............((......................(..........)....(((....))).((....))...((....((............))...))...(((.....)))..)).........))))))))......).....((((((..........)))))).(((.....)))......................(((((((...................))))))).)))))).........))))........((((((..((((((............................))))))..))))))................).((((((((....))))))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((........(((((((((.(((((....(((((.........((((.............(((((.((........(((((...((.(((....)))..)).......((........(((....((((....))))....)))...(((....))).....)).))))).............(((((....)))))..............)).))))).((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).................))))..((((((......))))))....)))))..((((((((...........((((......))))..((.(((((.....))))))).......))))))))))))).(((....))))))))))))........))))))))))))........((((((........((((((..........................(((......((((....))))....)))....((((((((.(((((((((..(((((.....(((((((((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....))).((....))..))).....((....))..........)))...))))))......)))))))....)))))))))....((((...((((((..........))))))..))))...........))).))...........(((((((..(((.........)))..)))))))))))))))))).................((((((..((((((............................))))))..)))))).))))))....))))))(((((((((....))))))))).)))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((......(((.......((((.(((......)))......................................((((.........))))(((....)))...............(((...))).(((((((....))))...)))....(((....)))......(((((...............(((((....))))).........)))))........(((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).)..................((.((((((......))))))))...(((((.((((((((...........((((......)))).....((((([[[[.)))))......{{{)))))))).)))))(((....)))))))<<<<<<))).......))))))))(((.....(((.>>>>>>.))).(((((((((..............)))......(((......((((....))))....)))....(((..(((((((((((((.....................}}}.((((........))))........(((((.....aaaaaa.........]]]]................(((....)))...........((((.....................)))).aaaaaaaa.aaaa...))))).......AAAA.AAAAAAAA....((((((..........)))))).(((.....)))...........AAAAAA........((((.........)))).............)))))))........)))))).)))...((((((..((((((................(((...)))...))))))..))))))...........))))))(((((((((....)))))))))...))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((..(((((.((((.(.(((((.(((.((..((..(((.(((((.((((((....((((........))))....(((((((((...((.(((....)))..)).......((........(((.(..((((....))))..).)))...(((....))).....)).))))).....(((((((.(((((....)))))....((((...(((....((((.((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).....((((.((((((((((...(((((((((......((((.(..(((((.((((((((...........((((......))))..((.(((((.....))))))).......)))))))).)))))(((....)))....).)))).........(((........))).))))))))).))))).....))))).))))...........))))..)))..)))).........)))))))........)))).))))))))))))))............(((((((((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....))).((....))..))).....((....))..........)))...))))))......)))))))....)))))))))..))..)))))...............(((((((.................((((((...........(((((((..(((.........)))..))))))).(((.....((.......))...))).))))))..(((((...((..........))...))))).........)))))))..))))).).)))).)))))(((((((((....)))))))))))).)).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((.(((((.((((........))))(((((.((((....))))).))))......)))))))..))..(((((.(...((((((.(........))))((((..))))....))).(((((((((((.(((((.(.(((((..)))))..(((((((((((((..))).(((....)))..(((........)))(((((..)))))..((((..........))))((((((.(........))))))).(((.(((((......)))))(((....)))......)))....).)))))))))(((.((((.(......).)))))))...(((((.((((((((((...(((((((...((((((((((((..(.......)..)))))))).))))...)).(..).)))))....))))).)))))))))))))))(((.((((((((...(((.((((((((((((.(....((((.....(((((.(((((((((((((.(((.(......))).))).))))).))))))....(.(.(((((.((..(((..))...((((((......)))))).))))))(((((((((((((....(..(((((((.(((........)).)...)))))).)..)...))))))).......(((..(((......)).))))(((..........)))))))))).)).).))).).)..))))..((((((((((((..)))))))))))).)))))))))..((((......)))).)))).)))((((.............))))((((((.(....((..))((...........))....(((((((((((((((.(.((((........))).))...))..))))))))))))))))))))...((..)))))))))).))))))))))))))).)))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................((((......(((....))).....................(((....((((....))))....))).....................))))..............(((((....))))).......................((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).........................((((......))))........((((.((((((((...........((((......)))).....(((((.....))))).........)))))))).)))).........................................................................................................................................((((((.....(((.....(((((((((....((((........))))........(((((((......................((........))....(((....))).......................................................)))))))....)))))))))............((((............))))..................)))..............(((((((..(((.........)))..))))))).)))))).....................((((((..(((((..............................)))))..)))))).................(((((((((....)))))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((...........(((((((((((((((((..(((.(((.(((..((((((....(((.(((....(((........((((.........))))(((....)))...........)))....)))))).(((((((....))))...)))............)))))).))))))...............(((((....)))))....)))..))))))).......((((((((..(((((.((....)))).)))..))))))))..)))))))))).....((((..((((((......))))))..((.(((((.((((((((...........((((......))))..((.(((((.....))))))).......)))))))).))))).)).....(((...((((((........((((.........)))).....))))))))).............................)))).........))))))..........((((....(((((((((.((((((((..(((((.....((((..(((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....))).((....))..)))..((((............)))).)))...))))))......)))))))....)))..))))....((((...((((((..........))))))..))))...........))).))...........(((((((..(((.........)))..)))))))))))))))))).................((((((..((((((............................))))))..)))))).)))))).........((((((((((....))))))))))))))... |