CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00430



RNA: CRW_00430
Rfam family: -

CAAAGGUUUGGUCCUAGCCUUAUUAUUAGUUGUCAGUAAGAUUAUACAUGCAAGUAUCCGCCAACCAGUGAAAAUGCCCUCAUACUCGUCCACUACAAACGAUCCCAAAGGAGCCGAUAUCAAGCACACCCACGGUAGCUCAAGACAUCUUGCUCAGCCACACCCCCACGGGAUACAGCAGUAGUAAAAAUUAAGCAAUAAACGAAAGUUUGACUAAGUUAUACUGAUUAGGGUUGGUCAAUCUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUGACCCAAAUUAAUGAUUAAACGGCGUAAAGUGUGGUUAAACACUUACCAAUGUAAAUAAAGUUAAACUAGCUCUCAGCUGUAAAAAGCUAAAGAUCUAUGGUAAAUAGACUAUUAAUGUAACUUUACUUAUAGUGAACCCACGAUAGCUAAGAUACAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCGUAAACUUUGAUAAUUACUAACAAAAAUAUCCGCCAGAGAACUACAAGCCACUGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUUAUACCCCCUAGAGGAGCCUGUUGCAUAAUCGAUAAACCCCGAUAAACCCUACCAUCACUUGCUAAAUCAGUCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUUAUAAGGAACAAUAGUAAGCUUAAACGCCCCCGCAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAACCUAUGUGAUGGAAAACAAUGGGCUACAUUUUCUACAUAAGAACACACGAACUCUUAUAUGAAAUUAUCAGAUAAAGGAGGAUUUAGAAGUAAGCCAGGAAUAGAGAGCCUGACUGAACUUGGCUAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGUGUUUAAGACUAACAACCCUAUUACACUAAUACAAACAUAAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGAGUAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((.....((((.........))))......))).)).(((..(.(((..(((...))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))...((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).)))))))))).....(((((.....((((....(((..............((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..))......(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<<....))..>>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...)))))....(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((................................))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.......((.(((..(((((.((((.(.(((((.(((.((..((..(((.(((((.((((((....((((........))))....(((((((((...((.(((....)))..)).......((........(((.(..((((....))))..).)))...(((....))).....)).))))).....(((((((.(((((....)))))....((((...(((....((((.((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).....((((.(((((((((((((.((((.(((.......((((....))))...........((((.((((((.((((...(((((.((.(((((.....))))))).....................(((....)))..)))))....))))..))))))))))..))).)))).)))...))))).....))))).))))...........))))..)))..)))).........)))))))........)))).))))))))))))))............(((((((((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....))).((....))..))).....((....))..........)))...))))))......)))))))....)))))))))..))..)))))...............(((((((.................((((((...........(((((((..(((.........)))..))))))).(((.....((.......))...))).))))))..(((((...((..........))...))))).........)))))))..))))).).)))).)))))(((((((((....)))))))))))).)).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((...((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((.((.((((........))))..((((.........)))).......)).((((..((((.....((((..(((....((((....))))....)))...(((....)))......(((((.......((((((...........))))))........)))))....)))).((((((..(((((...((....)).....)))))))))))........))))....))))........)))).....))))....)))))..((((((((...(((((.............))))).((.((((.......)))))).......))))))))))))).(((....))))))))))))))))....)))))))))))..)).....((((((.(((((...((((((......((..................))......((((....)))).....))))))((((((((((((((((((..(((((((((((((((((((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....))).((....))..)))..((((............)))).)))...))))))......)))))))....)))))))))....)))))..((((((..........)))))).................))).))...........(((((((..(((.........)))..))))))))))))))........)))))).......((((((..((((((.....((...............))....))))))..))))))..)))))...))..)))(((((((((....))))))))).)))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).................................................................................(((....))).............................(((....)))...........(((....)))...........................((((....))))........................((((((((..(((((.((....)))).)))..))))))))................((.....((((((......))))))............((((((............((((......)))).....(((((.....)))))..........)))))).......(((....)))....((((((........((((.........)))).....)))))))).................................(..........((((....))))................)((((((((((((.........................((((........)))).....................................................(((....)))...........................................((((((.(((((((........)).))))).)))))).......(((((..........)))))...(.......).......................(((((((.........)))..........)))))))))))........)))))..(.....((((((..((((((............................))))))..))))))......).........((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))(((((((((((((((((.((...(((.(((..((....))......(((.....(((((.....((((.........))))......))).)).(((....(((..((.....)).)))......))).........)))...((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).).)).)))))))..(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))).....(((...((((((......))))))......((((.((((((....((((.(((..(((......)))...))).))).)........(((((................)))))............((((((...((...((((.........))))...)))))))).....))))))....))))..............))).(((......((((....))))....)))........(((((.((((((....((.((((((.(((((((((....((((........))))........(((((((..(........((.((((..((((((.(.(..((..((((......)).......))..))......((....))....).).).)))...)))))))))...)))))))....))))))))).)(.((((...((((((..........))))))..)))).)................))))).....((.((((.........)))).))......))....))))))))).))....(..((.(...((((((..((((((.....(((........))).........))))))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))........................((......))..............................((((.........))))(((....)))...........((............)).((((....))))....((....(((....))).....)).((................(((((....)))))..........))...........((((((((..(((((.((....)))).)))..))))))))...............(((.....((((((......))))))((....)).(.((((((((.......(((.((((......))))..)))(((((.....))))).........)))))))).)(((.(((....))).)))((((((...((...((((.........))))...)))))))))))................................(((((......((((....))))....)))........))((((((((((((.........................((((........)))).....................................................((((())))).........................................((((((((.(((((((........)).))))).))))))))....((((((..........)))))).(((.....)))......................(((((((...((.........))...))))))))))))))........))))).((.(...((((((..((((((............................))))))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((........(((((((((.(((((....(((((..................((((........))))..((((.........))))(((....)))((((..((((.....((((...((((((((((....))))...)))....(((....))).)))..(((((.....((((......(((((....)))))....)))).)))))....)))).((((((((..(((...(((.....))))))..))))))))........))))....))))...((((((......))))))....)))))..((((((((...(((.(((.((((......))))..)))(((((.....))))))))......))))))))))))).(((....))))))))))))........)))))))))))).........(((......)))..)))))......................(((.(((......((((....))))....)))....(((((((((((((((((((...(((((((.(((((((((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....)))...........)))..((((............)))).)))...))))))......)))))))....))))))))).....((((.....))))........))))....(((.....))).....)))...(((....)))..((((((..(((.........)))..))))))))))))))))............)))....((((((..((((((..............(((((...))))).))))))..)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((........(((((((((.........((((......)))).(((......))).......(((.....((((.........))))......))).((((..((((.....((((...((.(((((((....))))...))).)).(((....)))......(((((.......((((((...........))))))........)))))....)))).((((((((..(((((.((....)))).)))..))))))))........))))....))))((((.((((......))))))))((.(((((.((((((((...(((.(((.((((......))))..))).))).(((......))).......)))))))).))))).)).......)))))))))........))))))))).((((.((..(((((...).)))).((((((....((((..................(((......((((....))))....)))....(((..((((((((((((.......)))))..((.((((.(((.((((........)))).............((((.(((((((..(((.(((...((........))....(((....))).((....))..((((((.((............)))))))).((((((((.(((((((........)).))))).))))))))....((((((..........)))))).(((.....))).))).)))..))))))))))).(((((((..(((.........)))..)))))))))).)))).))...))))))).)))...((((((..((((((............................))))))..)))))).......)))))))))).((((((((....)))))))).)).)))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((...........)).....................................................................................................(((((((((...(((((((............................................................((((....))))........................((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).........................((((......)))).............(((((((............((((......)))).....(((((.....)))))..........))))))).......((....)).....((((((........((((.........)))).....))))))...............................................(((....)))..................(((((((((((((...........(((((((((....((((........))))........(((((((.((((..........................))))....................................................................)))))))....)))))))))............((((..........{{)))).....................}}.......((((.(([[(((.........)))..))..))))]].)))))))))........))))........((((((..((((((............................))))))..))))))...................)).)))))....))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(............(((((..........(((......)))..(((......)))...............((((.........)))).((....)).((.............(((...))).((.((((....))))....))....(((....)))......(((((...............(((((....))))).........))))).........((((((((..(((((.((....)))).)))..))))))))..................))...((((((......))))))......((((.((((((((...........((((......))))..((.(((((.....))))))).......)))))))).)))).(((....))))))))(((((........((((.........)))).....)))))....................................(.(((......((((....))))....))).........)((((.((((((...........(..((((((((....((((........)))).............((......................(..........)....(((....))).((....))...((....((............))...))...(((.....)))..)).........))))))))......).....((((((..........)))))).(((.....)))......................(((((((...................))))))).)))))).........))))........((((((..((((((............................))))))..))))))................).((((((((....)))))))).........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((........(((((((((.(((((....(((((.........((((.............(((((.((........(((((...((.(((....)))..)).......((........(((....((((....))))....)))...(((....))).....)).))))).............(((((....)))))..............)).))))).((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).................))))..((((((......))))))....)))))..((((((((...........((((......))))..((.(((((.....))))))).......))))))))))))).(((....))))))))))))........))))))))))))........((((((........((((((..........................(((......((((....))))....)))....((((((((.(((((((((..(((((.....(((((((((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....))).((....))..))).....((....))..........)))...))))))......)))))))....)))))))))....((((...((((((..........))))))..))))...........))).))...........(((((((..(((.........)))..)))))))))))))))))).................((((((..((((((............................))))))..)))))).))))))....))))))(((((((((....))))))))).)))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((((......(((.......((((.(((......)))......................................((((.........))))(((....)))...............(((...))).(((((((....))))...)))....(((....)))......(((((...............(((((....))))).........)))))........(((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).)..................((.((((((......))))))))...(((((.((((((((...........((((......)))).....((((([[[[.)))))......{{{)))))))).)))))(((....)))))))<<<<<<))).......))))))))(((.....(((.>>>>>>.))).(((((((((..............)))......(((......((((....))))....)))....(((..(((((((((((((.....................}}}.((((........))))........(((((.....aaaaaa.........]]]]................(((....)))...........((((.....................)))).aaaaaaaa.aaaa...))))).......AAAA.AAAAAAAA....((((((..........)))))).(((.....)))...........AAAAAA........((((.........)))).............)))))))........)))))).)))...((((((..((((((................(((...)))...))))))..))))))...........))))))(((((((((....)))))))))...)))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((.(((..(((((.((((.(.(((((.(((.((..((..(((.(((((.((((((....((((........))))....(((((((((...((.(((....)))..)).......((........(((.(..((((....))))..).)))...(((....))).....)).))))).....(((((((.(((((....)))))....((((...(((....((((.((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).....((((.((((((((((...(((((((((......((((.(..(((((.((((((((...........((((......))))..((.(((((.....))))))).......)))))))).)))))(((....)))....).)))).........(((........))).))))))))).))))).....))))).))))...........))))..)))..)))).........)))))))........)))).))))))))))))))............(((((((((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....))).((....))..))).....((....))..........)))...))))))......)))))))....)))))))))..))..)))))...............(((((((.................((((((...........(((((((..(((.........)))..))))))).(((.....((.......))...))).))))))..(((((...((..........))...))))).........)))))))..))))).).)))).)))))(((((((((....)))))))))))).))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((.(((((.((((........))))(((((.((((....))))).))))......)))))))..))..(((((.(...((((((.(........))))((((..))))....))).(((((((((((.(((((.(.(((((..)))))..(((((((((((((..))).(((....)))..(((........)))(((((..)))))..((((..........))))((((((.(........))))))).(((.(((((......)))))(((....)))......)))....).)))))))))(((.((((.(......).)))))))...(((((.((((((((((...(((((((...((((((((((((..(.......)..)))))))).))))...)).(..).)))))....))))).)))))))))))))))(((.((((((((...(((.((((((((((((.(....((((.....(((((.(((((((((((((.(((.(......))).))).))))).))))))....(.(.(((((.((..(((..))...((((((......)))))).))))))(((((((((((((....(..(((((((.(((........)).)...)))))).)..)...))))))).......(((..(((......)).))))(((..........)))))))))).)).).))).).)..))))..((((((((((((..)))))))))))).)))))))))..((((......)))).)))).)))((((.............))))((((((.(....((..))((...........))....(((((((((((((((.(.((((........))).))...))..))))))))))))))))))))...((..)))))))))).))))))))))))))).))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................((((......(((....))).....................(((....((((....))))....))).....................))))..............(((((....))))).......................((((((((..(((((.((....)))).)))..)))))))).........................((((......))))........((((.((((((((...........((((......)))).....(((((.....))))).........)))))))).)))).........................................................................................................................................((((((.....(((.....(((((((((....((((........))))........(((((((......................((........))....(((....))).......................................................)))))))....)))))))))............((((............))))..................)))..............(((((((..(((.........)))..))))))).)))))).....................((((((..(((((..............................)))))..)))))).................(((((((((....)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((...........(((((((((((((((((..(((.(((.(((..((((((....(((.(((....(((........((((.........))))(((....)))...........)))....)))))).(((((((....))))...)))............)))))).))))))...............(((((....)))))....)))..))))))).......((((((((..(((((.((....)))).)))..))))))))..)))))))))).....((((..((((((......))))))..((.(((((.((((((((...........((((......))))..((.(((((.....))))))).......)))))))).))))).)).....(((...((((((........((((.........)))).....))))))))).............................)))).........))))))..........((((....(((((((((.((((((((..(((((.....((((..(((....((((........))))........(((((((..(((.....)))...(((((((((......(((....(((....))).((....))..)))..((((............)))).)))...))))))......)))))))....)))..))))....((((...((((((..........))))))..))))...........))).))...........(((((((..(((.........)))..)))))))))))))))))).................((((((..((((((............................))))))..)))))).)))))).........((((((((((....))))))))))))))...