|
|
|
UACAGGUUUGGUCCCAGCCUUUCUGUUAAUUUUUAAUAGAAUUACACAUGCAAGUAUCCACACCCCAGUGAGAAUGCCCUCUAAAUCACCCAGAUCAAAAGGAGCGGGUAUCAAGCACACCAUACACCGUAGCUCAAAACGCCCUGCUCAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGACCAAAAUUAAGCCAUGAACGAAAGUUUGACUAAGCCAUAUUAACCAGAGUUGGUAAAUCUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUGACUCAAACUAACAGAAAUACGGCGUAAAGCGUGUUAAAGAAUUAAAAGUACAAAUAAAGUUAAAUUCUAACUAAACUGUAAAAAGCCCUAACUAGAAUAAAAAUCUACUACAAAAGUGACUUUAACAAUACUGACCACACGAUAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACACAGAUAAUUCCAAAAACAAAACUAUUCGCCAGAGUACUACUAGCAACAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUCAUACCCCUCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGAUAAACCUCACCAACCCUUGCUAAUCCAGUCUAUAUACCGCCAUCUCCAGCAAACCCUAAAAAGGACUAAAAGUAAGCUCAACUAUUACACAUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAACCUAUGGGCUGGGAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUAGAACAAGAACACAACCCACCCGAACGAAAACUCCUAUGAAAGCUAGGAACUAAAGGAGGAUUUAGUAGUAAAUCAAGAGUAGAGUGCUUGAUUGAACAAGGCUAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAAUAACACAAACCCAUAAACAUAAUAGCUAGACAAAACCAAAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGACAAAU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....(((.....)))....))).)).(((..(.(((..(((......))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).)))))))))).....(((((.....((((...(((..............((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..))......(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<<......))..>>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((.....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((....)))))...............(...((((((((.......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((......................................))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((((((...((..(((((((((...)))))))))...(((.(((..((((((((......))).).))))........................((((((((....(((((..........)).)))......)))).)))).......(((....))).....))))))...........))...((((....))))))))))))).......(((..(((((((.......)))))))..((...((..(((((((.....................((((...((..((((...((((((..((((....(((((((..((((((......((......)).......))))))........(((.....))))))))))....))))............((((((........((((.........)))).....))))))............))))))....))))...))...))))..(((......(((....)))....))).....(((..(((((((((((((...(((....))).((((((((....((((........))))...((((......(((.(((..(((((((((((...((((....(((((....(((....))).......((((.........))))..........))).))....)))).....)))))))))))......((((.......((((......)))).....))))......................))).)))........))))...........(((((((.........))))))))))).)))).)))))))........)))))).)))...((((((..............................................))))))...)))))))))..))..((((((((....))))))))))).....) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((....(((((.((((((((((....))))))).))).(((....(((((......))).)).)))..(((.........)))...))))).((((((((..........)))).)))).............(((((........(((....)))....))))).))))))......))).)).......(((((.((((((.(((((..((((.(((((((.......))))))).(((...((..((((((((....................((((...((..((((...((((((..((((....(((((((........(((....((((...((...................))..))))..))))))))))....))))............((((((...((...((((.........))))...))))))))............))))))....))))...))...)))).((((..((..(((....)))))..))))....(((..((((((((((((((.((.((((((((((((((((((...((((........))))......................(((((((((((...((((....(((((....(((....))).......((((.........))))..........))).))....)))).....))))))))))).))).)))))))....)))))))).((((..(((...((..............(((((.......)))))......))..((((((....)))))).........))))))).........)).))))))))........)))))).)))...((((((..((...........))...(((...................))).)))))).))).)))))))..))).......))))..))))))))))).))))) |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.....))))))))...................(((....)))...............................(((((((..................................))))))).......(((....)))..............................(....)((((....................((((((.........))))))......................)))).........................................................................................................................................((((((........((((.........)))).....)))))).......................................((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((((..(((....))).((((((((....((((........))))............(((.......(((((((((((...((((...................................................................)))).....))))))))))).......)))..........................................((((((.......))))).........)............(((((((.........))))))))))).)))))))))))))........))))).......((((((..............................................))))))..))))).........((((((((((....))))))))))....... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((.(..............(((.(((..((....))......(((.......(((....(((.....)))....)))(((((((....(((..((........)).)))......)))).)))....)))...((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).).............(((((........(((.....((....)).......)))..)))))..).))))))).....((((...((.((((...((...............((((((....(((((......((......)).......)))))..........(.((....)))))))))......))....))))....((((((...((...((((.........))))...)))))))).............................))...)))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((((.((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((.(((...........((.((((..((((((.(...(((..(((((....))).......))..)))......((.......))...).).)))...))))))))....))).)))..)).)))))))).)...((((......)))).....................(((((..................)))))..))))).....(((((((.........)))))))......)).)))))))))))).))....(..((.(...((((((..............................................))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))....... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))(((((((((...)))))))))............(((..(.(((....))).)..))).(.....(((.....))).....)((((((((....(((...............)))......).))))))).((....(((....))).....))...........................(((((((...............(...(((((((.......)))))))......)((((......))))))))))).........(((........)))(((((((...................(((.......))).......................(.........)..............)))))))..................((((((...((...((((.........))))...)))))))).......................................((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((((..((((())))).((((((((....((((........))))...((((.....(((...((..(((((((((((...((((....((........(......).......................................))....)))).....))))))))))).))....)))........((........)).......................(((((.......))))).......))))...........(((((((.........))))))))))).)))))))))))))........))))).((....((((((..............................................))))))))))))).........((((((((((....))))))))))....... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((.......(((((((((...)))))))))..........................((((..[[[[[[......))))................]]]]]]....................(((.........[[[[[.)))....(((....)))....]]]]]..............................)))))))))..........(((.[[[[....)))......]]]].(((.((((......)))).............[[[[[[))).....]]]]]]...((((((..((((....((((((((.((((((.......................))))))..................))))))))....))))............((((((.((((...))))..(((........)))..))))))............)))))).....................((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((((..(((....))).((((((((....((((........))))...............((((((((((......((((((.........(((....(((....)))(((...)))..)))......(((....))).(((.....)))..)))))).(((.((((.((((.................((((......)))).....)))))))).........(((((.......))))).....))).))).)))))))..(((((((.........))))))))))).))))))))))))........)))))).)))...((((((..............................................)))))).................(((((((((....)))))))))........ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((..(((.((((.(((....((((((.......(((.(((..((((((((......))).).)))).((....(((.....)))....))((((((((....(((((..........)).)))......)))).)))).......(((....))).....))))))......)))))).....)))))))))).)))))))))............(((((((.......))))))).(((...((..((((((((....................((((.......((((...((((((..((((....((((((((.((((((......((......)).......))))))..................))))))))....))))............((((((...((...((((.........))))...)))))))).((......)).))))))....))))........)))).((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((((.((.((((((((((((((((((...((((........))))......................(((((((((((....((........))....(((....)))......(((.......))).((((((.....(((.....)))...))))))..))))))))))).)).))))))))....))))))))..............................((((.......)))).((((((......)))))).((.(((((((.........)))))))..))..)).))))))))........)))))).)))...((((((..............................................)))))).).)))))))))..)))(((((((((....)))))))))........ |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((<<<<<....))))>>>>>..........................................................((.(((...................................(((((........(((....)))....)))))..................((((....)))).......................(((...........)))..........((........))................................(((((..................................................................................)))))...................((((((........((((.........)))).....)))))).......................................(((.......(((....))).....))).............{{{{{{{{{{)))))(((((...[[((aaaa....((((........))))......................(((((((((((.....((.............(((....)))............................................)).......))))))))))).......)).........)))))..............................(((((.......)))))......................(((((((.........)))))))AAAA...]]}}}}}}}}}}...................((((((..............................................)))))).................(((((((((....)))))))))........ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((((...)))))))))............((((((((......))).)).))).......(((.....)))......((((((((....(((((..........)).)))......)))).)))).......(((....))).............................((....)).....((((..(...........(((((((.......))))))).......((((......))))..............................(((..((..................(((((.....)))))....(......)........(((.........)))(.......)...))..)))...................((((..((((...)))).))))..........(((((((.((......................................((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((((.((.((((((((((((((((((...((((........))))......................(((((((((((....((........))....(((....))).......(.........)...(((((.....(((.....)))...)))))...))))))))))).))).)))))))....)))))))).............................(((((.......)))))((((((......)))))).((.(((((((.........)))))))..))..)).)))))))))........))))).)))...((((((..............................................))))))..............)))))))))(((....))).).))))....... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((...((..((((((((.....))))))))...(((.(((..((((((((......))).)).)))........................((((((((....(((((..........)).)))......)))).)))).......(((....))).....))))))...........))...((((....))))))))))))).(((((((.[[[)))))))..]]].((((..((((((..(((((......))))).................((((...((..((((...((((((..((((....(((((((..((((((......((......)).......))))))........(((.....))))))))))....))))............((((((........((((.........)))).....))))))............))))))....))))...))...)))).((((......(((....)))....))))...))...)))).(((((((((...(((....))).((((((((....((((........))))...((((......(((.(((..(((((((((((...((((....(((((....(((....))).......((((.........))))..........))).))....)))).....)))))))))))......((((.......((((......)))).....))))......................))).)))........))))...........(((((((.........)))))))))))).))).))))))))))))).........(((...((((((..............................................))))))................((((((((((....))))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((.......(((((((((...)))))))))............((((((((......))).)).))).......(((.....)))......((((((((....(((((....<<<...)).)))......)))).)))).......(((....)))..........))))).......)))...(((....)))...((((...............(((((((.aaa...)))))))......(((((...AAA)))))....................>>>.....((((((((.[[[[..[[[[.......(((((.{{{.))))).......................}}}.....................)))))))).]]]].............((((..((((...)))).)))).........(((((((...............]]]].......................((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((((....((((((((((((((((((.(.((((........))))).....................(((((((((((....................(((....)))......(((.......))).((((((.....(((.....)))...))))))..))))))))))).))).)))))))....)))))))).............................(((((.......)))))((((((......))))))....(((((((.........))))))).........)))))))))........))))).)))...((((((..............................................)))))).................))))))).............))))...... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.(((..((((((((.....))))))))..((((......(((((.....((((((......(((((....(((.....)))....))).))((((....(((......(((.(((((..((........(((((........(((....)))....))))).((((.............((((....))))...................(.(((((((.......)))))))).....))))......................))..))))).)))...(((((............((((....(((((((..((((((......((......)).......))))))........(((.....))))))))))....))))....)))))...)))...))))..))))))....))))).(((.((((((((.((......................................((((......(((....)))....))))....(((((((((.((((((((...(((....))).((((((((....((((........))))...((((......(((.(((..(((((((((((...((((....(((((....(((....))).......((((.........))))..........))).))....)))).....)))))))))))......((((.......((((......)))).....))))......................))).)))........))))...........(((((((.........))))))))))).)))).))))))))))).................((((((..............................................)))))).)))))).......)))))))))).)))...))))))).)))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((..).((..(((.(((((........)))))))).(((..)))..(((......))))).(((((((((((((..........))))))))..)))))((((((((((.((((.((...(....((((.((((..)))..)))))(((..))))....((.((((.(....(((((((..)((((..))))(((((((......)))))))..(.((((.............)))))...(((((......)))))((..(((((((.((...((((((.(((.((((.((((((((.(((((..(.((((((...((((((.((.(........)))..(..).))))))(((((........)))))..)))))).)..)))).(.....((..))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))..).......)..)))))).)).)))))..)).))))))....)))))))))..)).)))))).).))))))((((((.(.((((((((((.(((.(((((((((((((((((....((((((((((...))))))).((((((.(((((((((.(..((((...((((.((((((.(.............).)))).).)))))....................)))))))))..))))).)..(((...))).)))))(((((..........))))))))...)))))).....(........)).).)))).((..)))))))..((((((......))))))....((((((((((..))).))))))).)).)....))))))))))((...........))....((((((..............(((.(.....................).))).)))))))))))))....(((...))).).).))))).))))))))))))))). |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((((...)))))))))...........................................(((.....)))........((........................................))..............................................((((....)))).....................(((((((.......))))))).................................................................((((....(((((((...(((((......(........).......)))))....................)))))))....))))............((((((..............................)))))).......................................((((......(((....)))....)))).........((((((((((((((..(((....))).(((.((((....((((........))))......................(((((((((((....................(((....))).....................................................))))))))))).....................................................(((((.......)))))......................(((((((.........)))))))))))..))))))))))))........))))).......((((((..............................................))))))...................(((((((....))))))).......... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.(((..(((((((((...)))))))))..((((......(((((.....((((((......(((((....(((.....)))....))).))((((....(((......(((.(((((..((........(((((........(((....)))....))))).((((.............((((....)))).....................(((((((.......)))))))......))))......................))..))))).)))...(((((............((((....(((((((..((((((......((......)).......))))))........(((.....))))))))))....))))....)))))...)))...))))..))))))....))))).(((.(((((((.(((......................................((((......(((....)))....))))....((((((((.(((((((((...(((....))).((((((((....((((........))))...((((......(((.(((..(((((((((((...((((....(((((....(((....))).......((((.........))))..........))).))....)))).....)))))))))))......((((.......((((......)))).....))))......................))).)))........))))...........(((((((.........)))))))))))).))).))))))))))).................((((((..............................................)))))).)))))).......)))))))))).)))...))))))).)))).... |