CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00433



RNA: CRW_00433
Rfam family: -

UACAGGUUUGGUCCCAGCCUUUCUGUUAAUUUUUAAUAGAAUUACACAUGCAAGUAUCCACACCCCAGUGAGAAUGCCCUCUAAAUCACCCAGAUCAAAAGGAGCGGGUAUCAAGCACACCAUACACCGUAGCUCAAAACGCCCUGCUCAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGUGACCAAAAUUAAGCCAUGAACGAAAGUUUGACUAAGCCAUAUUAACCAGAGUUGGUAAAUCUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUGACUCAAACUAACAGAAAUACGGCGUAAAGCGUGUUAAAGAAUUAAAAGUACAAAUAAAGUUAAAUUCUAACUAAACUGUAAAAAGCCCUAACUAGAAUAAAAAUCUACUACAAAAGUGACUUUAACAAUACUGACCACACGAUAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACACAGAUAAUUCCAAAAACAAAACUAUUCGCCAGAGUACUACUAGCAACAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUCAUACCCCUCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGAUAAACCUCACCAACCCUUGCUAAUCCAGUCUAUAUACCGCCAUCUCCAGCAAACCCUAAAAAGGACUAAAAGUAAGCUCAACUAUUACACAUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAACCUAUGGGCUGGGAAGAAAUGGGCUACAUUUUCUAGAACAAGAACACAACCCACCCGAACGAAAACUCCUAUGAAAGCUAGGAACUAAAGGAGGAUUUAGUAGUAAAUCAAGAGUAGAGUGCUUGAUUGAACAAGGCUAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAAUAACACAAACCCAUAAACAUAAUAGCUAGACAAAACCAAAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGACAAAU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....(((.....)))....))).)).(((..(.(((..(((......))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).)))))))))).....(((((.....((((...(((..............((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..))......(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<<......))..>>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((.....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((....)))))...............(...((((((((.......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((......................................))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((((((((...((..(((((((((...)))))))))...(((.(((..((((((((......))).).))))........................((((((((....(((((..........)).)))......)))).)))).......(((....))).....))))))...........))...((((....))))))))))))).......(((..(((((((.......)))))))..((...((..(((((((.....................((((...((..((((...((((((..((((....(((((((..((((((......((......)).......))))))........(((.....))))))))))....))))............((((((........((((.........)))).....))))))............))))))....))))...))...))))..(((......(((....)))....))).....(((..(((((((((((((...(((....))).((((((((....((((........))))...((((......(((.(((..(((((((((((...((((....(((((....(((....))).......((((.........))))..........))).))....)))).....)))))))))))......((((.......((((......)))).....))))......................))).)))........))))...........(((((((.........))))))))))).)))).)))))))........)))))).)))...((((((..............................................))))))...)))))))))..))..((((((((....))))))))))).....)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((....(((((.((((((((((....))))))).))).(((....(((((......))).)).)))..(((.........)))...))))).((((((((..........)))).)))).............(((((........(((....)))....))))).))))))......))).)).......(((((.((((((.(((((..((((.(((((((.......))))))).(((...((..((((((((....................((((...((..((((...((((((..((((....(((((((........(((....((((...((...................))..))))..))))))))))....))))............((((((...((...((((.........))))...))))))))............))))))....))))...))...)))).((((..((..(((....)))))..))))....(((..((((((((((((((.((.((((((((((((((((((...((((........))))......................(((((((((((...((((....(((((....(((....))).......((((.........))))..........))).))....)))).....))))))))))).))).)))))))....)))))))).((((..(((...((..............(((((.......)))))......))..((((((....)))))).........))))))).........)).))))))))........)))))).)))...((((((..((...........))...(((...................))).)))))).))).)))))))..))).......))))..))))))))))).)))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.....))))))))...................(((....)))...............................(((((((..................................))))))).......(((....)))..............................(....)((((....................((((((.........))))))......................)))).........................................................................................................................................((((((........((((.........)))).....)))))).......................................((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((((..(((....))).((((((((....((((........))))............(((.......(((((((((((...((((...................................................................)))).....))))))))))).......)))..........................................((((((.......))))).........)............(((((((.........))))))))))).)))))))))))))........))))).......((((((..............................................))))))..))))).........((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).(((((((.(..............(((.(((..((....))......(((.......(((....(((.....)))....)))(((((((....(((..((........)).)))......)))).)))....)))...((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).).............(((((........(((.....((....)).......)))..)))))..).))))))).....((((...((.((((...((...............((((((....(((((......((......)).......)))))..........(.((....)))))))))......))....))))....((((((...((...((((.........))))...)))))))).............................))...)))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((((.((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((.(((...........((.((((..((((((.(...(((..(((((....))).......))..)))......((.......))...).).)))...))))))))....))).)))..)).)))))))).)...((((......)))).....................(((((..................)))))..))))).....(((((((.........)))))))......)).)))))))))))).))....(..((.(...((((((..............................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))(((((((((...)))))))))............(((..(.(((....))).)..))).(.....(((.....))).....)((((((((....(((...............)))......).))))))).((....(((....))).....))...........................(((((((...............(...(((((((.......)))))))......)((((......))))))))))).........(((........)))(((((((...................(((.......))).......................(.........)..............)))))))..................((((((...((...((((.........))))...)))))))).......................................((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((((..((((())))).((((((((....((((........))))...((((.....(((...((..(((((((((((...((((....((........(......).......................................))....)))).....))))))))))).))....)))........((........)).......................(((((.......))))).......))))...........(((((((.........))))))))))).)))))))))))))........))))).((....((((((..............................................))))))))))))).........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((.......(((((((((...)))))))))..........................((((..[[[[[[......))))................]]]]]]....................(((.........[[[[[.)))....(((....)))....]]]]]..............................)))))))))..........(((.[[[[....)))......]]]].(((.((((......)))).............[[[[[[))).....]]]]]]...((((((..((((....((((((((.((((((.......................))))))..................))))))))....))))............((((((.((((...))))..(((........)))..))))))............)))))).....................((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((((..(((....))).((((((((....((((........))))...............((((((((((......((((((.........(((....(((....)))(((...)))..)))......(((....))).(((.....)))..)))))).(((.((((.((((.................((((......)))).....)))))))).........(((((.......))))).....))).))).)))))))..(((((((.........))))))))))).))))))))))))........)))))).)))...((((((..............................................)))))).................(((((((((....)))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((..(((.((((.(((....((((((.......(((.(((..((((((((......))).).)))).((....(((.....)))....))((((((((....(((((..........)).)))......)))).)))).......(((....))).....))))))......)))))).....)))))))))).)))))))))............(((((((.......))))))).(((...((..((((((((....................((((.......((((...((((((..((((....((((((((.((((((......((......)).......))))))..................))))))))....))))............((((((...((...((((.........))))...)))))))).((......)).))))))....))))........)))).((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((((.((.((((((((((((((((((...((((........))))......................(((((((((((....((........))....(((....)))......(((.......))).((((((.....(((.....)))...))))))..))))))))))).)).))))))))....))))))))..............................((((.......)))).((((((......)))))).((.(((((((.........)))))))..))..)).))))))))........)))))).)))...((((((..............................................)))))).).)))))))))..)))(((((((((....)))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................((((<<<<<....))))>>>>>..........................................................((.(((...................................(((((........(((....)))....)))))..................((((....)))).......................(((...........)))..........((........))................................(((((..................................................................................)))))...................((((((........((((.........)))).....)))))).......................................(((.......(((....))).....))).............{{{{{{{{{{)))))(((((...[[((aaaa....((((........))))......................(((((((((((.....((.............(((....)))............................................)).......))))))))))).......)).........)))))..............................(((((.......)))))......................(((((((.........)))))))AAAA...]]}}}}}}}}}}...................((((((..............................................)))))).................(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((((...)))))))))............((((((((......))).)).))).......(((.....)))......((((((((....(((((..........)).)))......)))).)))).......(((....))).............................((....)).....((((..(...........(((((((.......))))))).......((((......))))..............................(((..((..................(((((.....)))))....(......)........(((.........)))(.......)...))..)))...................((((..((((...)))).))))..........(((((((.((......................................((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((((.((.((((((((((((((((((...((((........))))......................(((((((((((....((........))....(((....))).......(.........)...(((((.....(((.....)))...)))))...))))))))))).))).)))))))....)))))))).............................(((((.......)))))((((((......)))))).((.(((((((.........)))))))..))..)).)))))))))........))))).)))...((((((..............................................))))))..............)))))))))(((....))).).)))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((...((..((((((((.....))))))))...(((.(((..((((((((......))).)).)))........................((((((((....(((((..........)).)))......)))).)))).......(((....))).....))))))...........))...((((....))))))))))))).(((((((.[[[)))))))..]]].((((..((((((..(((((......))))).................((((...((..((((...((((((..((((....(((((((..((((((......((......)).......))))))........(((.....))))))))))....))))............((((((........((((.........)))).....))))))............))))))....))))...))...)))).((((......(((....)))....))))...))...)))).(((((((((...(((....))).((((((((....((((........))))...((((......(((.(((..(((((((((((...((((....(((((....(((....))).......((((.........))))..........))).))....)))).....)))))))))))......((((.......((((......)))).....))))......................))).)))........))))...........(((((((.........)))))))))))).))).))))))))))))).........(((...((((((..............................................))))))................((((((((((....)))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.(((((.......(((((((((...)))))))))............((((((((......))).)).))).......(((.....)))......((((((((....(((((....<<<...)).)))......)))).)))).......(((....)))..........))))).......)))...(((....)))...((((...............(((((((.aaa...)))))))......(((((...AAA)))))....................>>>.....((((((((.[[[[..[[[[.......(((((.{{{.))))).......................}}}.....................)))))))).]]]].............((((..((((...)))).)))).........(((((((...............]]]].......................((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((((....((((((((((((((((((.(.((((........))))).....................(((((((((((....................(((....)))......(((.......))).((((((.....(((.....)))...))))))..))))))))))).))).)))))))....)))))))).............................(((((.......)))))((((((......))))))....(((((((.........))))))).........)))))))))........))))).)))...((((((..............................................)))))).................))))))).............))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.(((..((((((((.....))))))))..((((......(((((.....((((((......(((((....(((.....)))....))).))((((....(((......(((.(((((..((........(((((........(((....)))....))))).((((.............((((....))))...................(.(((((((.......)))))))).....))))......................))..))))).)))...(((((............((((....(((((((..((((((......((......)).......))))))........(((.....))))))))))....))))....)))))...)))...))))..))))))....))))).(((.((((((((.((......................................((((......(((....)))....))))....(((((((((.((((((((...(((....))).((((((((....((((........))))...((((......(((.(((..(((((((((((...((((....(((((....(((....))).......((((.........))))..........))).))....)))).....)))))))))))......((((.......((((......)))).....))))......................))).)))........))))...........(((((((.........))))))))))).)))).))))))))))).................((((((..............................................)))))).)))))).......)))))))))).)))...))))))).))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.(((..).((..(((.(((((........)))))))).(((..)))..(((......))))).(((((((((((((..........))))))))..)))))((((((((((.((((.((...(....((((.((((..)))..)))))(((..))))....((.((((.(....(((((((..)((((..))))(((((((......)))))))..(.((((.............)))))...(((((......)))))((..(((((((.((...((((((.(((.((((.((((((((.(((((..(.((((((...((((((.((.(........)))..(..).))))))(((((........)))))..)))))).)..)))).(.....((..))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))..).......)..)))))).)).)))))..)).))))))....)))))))))..)).)))))).).))))))((((((.(.((((((((((.(((.(((((((((((((((((....((((((((((...))))))).((((((.(((((((((.(..((((...((((.((((((.(.............).)))).).)))))....................)))))))))..))))).)..(((...))).)))))(((((..........))))))))...)))))).....(........)).).)))).((..)))))))..((((((......))))))....((((((((((..))).))))))).)).)....))))))))))((...........))....((((((..............(((.(.....................).))).)))))))))))))....(((...))).).).))))).))))))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((((((((...)))))))))...........................................(((.....)))........((........................................))..............................................((((....)))).....................(((((((.......))))))).................................................................((((....(((((((...(((((......(........).......)))))....................)))))))....))))............((((((..............................)))))).......................................((((......(((....)))....)))).........((((((((((((((..(((....))).(((.((((....((((........))))......................(((((((((((....................(((....))).....................................................))))))))))).....................................................(((((.......)))))......................(((((((.........)))))))))))..))))))))))))........))))).......((((((..............................................))))))...................(((((((....)))))))..........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((.(((..(((((((((...)))))))))..((((......(((((.....((((((......(((((....(((.....)))....))).))((((....(((......(((.(((((..((........(((((........(((....)))....))))).((((.............((((....)))).....................(((((((.......)))))))......))))......................))..))))).)))...(((((............((((....(((((((..((((((......((......)).......))))))........(((.....))))))))))....))))....)))))...)))...))))..))))))....))))).(((.(((((((.(((......................................((((......(((....)))....))))....((((((((.(((((((((...(((....))).((((((((....((((........))))...((((......(((.(((..(((((((((((...((((....(((((....(((....))).......((((.........))))..........))).))....)))).....)))))))))))......((((.......((((......)))).....))))......................))).)))........))))...........(((((((.........)))))))))))).))).))))))))))).................((((((..............................................)))))).)))))).......)))))))))).)))...))))))).))))....