|
|
|
AAUAGGUUUGGUCCUAGCCUUUCUAUUAGCCCCUGGCAAGAUUACACAUGCAAGCAUCCCCGCCCCGGUGAAAUCGCCCUUCAAAUCACCCGUGAUCAAAAGGAGCAGGUAUCAAGCACGCAGUAAUGCAGCUCAAAACACCCUGCCUAGCCACACCCCCACGGGAGACAGCAGUGAUAAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUGCCAACCCAGGGUUGGUCAACUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCCAGUUAAUAGAGCCCGGCGUAAAGAGUGUUUUAGAUUGCUCCCUAAUAAAGCUAAGCUCCAUCCAAGUCGUAAAAAACUCUGGCUGCUAUAAAAUAAACUACGAAAGUGGCUUUAACACCUCUGAAUACACAAUAGCUGAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUCAGCCCUAAACUUCAACAGUCAAAUCAACAAGACUGCUCGCCAGAACACUACGAGCAACAGCUUAAAAAUCAAAGGACCUGGCGGUGCUUCACACCCCCCUAGAGGAGCCUGUCCUAUAAUCGAUAAACCCCGUUCAACCUCACCAUCUCUUGCUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUGACAAAGGCUAUAAAGUAAGCACAAACACCCACAUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCCAUGAGAUGGGAAGAGAUGGGCUACAUUUUCUAUGCCAGAAAACCACGAUAACCCUCAUGAAACUUGAGCGGUCGAAGGAGGAUUUAGCAGUAAAUUAAGAAUAGAGUGCUUAGUUGAACAAGGCCCUGAAGCGCGUACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUAUUUCAAGGAACCCCUAACUAAAUACUCCACGCAUCUAUGUAGAGGAGACAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGGACAAAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...<<<.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....((((....))))....))).)).(((..(.(((..(((....))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))....((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))....(((((.....((((...(((...........((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..)).....(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{{......))..}}}}}}}.))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((.......((.((((..((((((((((..(((((((((.....))).......)))))).....(((....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...))))).....(..(((((((((.......)))).)))))..).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((...((.......................................))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((.((......(((.((((((((((...(((((......(((.(((.....((((((....((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......))))....)))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...))).......(((((((((...(((.........((((((((...................(((((((((((((.....((((((((....)))).))))...(((((............((((((........((((.........)))).....))))))...........................((((((((.............((((....)))).....(((.(((((..(((((((.....))))..((....)).))).)))))...((((......((((((....((..(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).)))))).....((((((.....))))))...))))........))).....))))))))...)))))...)))))))..........))))))))))))))......))).)))))))))...)).)))....(((...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....)))))))))))))...) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.(((..(((((((((...(((((...((((((.(((.....((((((....((((..(((((((((...((((....))))...)))).)).))).....((..((((...................))))...))..))))....)))).))..)))))).))).....((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((......(((((...((....)).....))))))))))))..)))))))))....))).....((((..........)))).......(((((..((((......(((.((.......((((((.(((((................)))))...........((((.........((((((...((...((((.........))))...)))))))).......)))).(((((..........)))))...)))))))))))..))))...))))).........)))))).((((((((((((...((.......)).((((.((((....((((......((((((((..(((.....(((.((...(((((((((..(((....((((......))))....)))))))..((......................))..))))).((((((((((((((.............))))))))))))))....)).))).......((......)).)))...))))))))))))...))))((((((((((..(((....)))..))))..))))))..))))..))))))........)))))).(((...(((((...(((((......(((................))).......)))))..))))).((.((....)).)).((((((((((....))))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................((.((((((..........(((((.....(((..(((....))).)))........))))).............)))))).)).......................(((((....)))))..........(((((((...)))))))..............................((((((....))))))...............((((...(.........................................)...)))).....................(....)............................((((((...(....((((.........))))....))))))).............((((..........))))(((((...........)))))........................(((((((((((.........................................(((((((.............................(((....((((......))))....)))..........................................((((((((((((.............))))))))))))(((.......))).....((...(((((((.......)))).)))))......................................)))))))........))))........))))))).......((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((((((((....(...(((.(((................(((.......(((....((((....))))....))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).....)))...((....)).....)))))).)....((.(((...(((((....))))).)))))..........))))))..((......(((.....((....)).......)))....))...)))))))))..............(((((.......(..((.......((((((((..(......)...............(((((((.........(.((....))).........(((((............((((((...((...((((.........))))...))))))))...........................(((((((((((((....((.......................))...)))))((((.....))))........(.((((((((((...(.((........)).)........(((((((.......((.((((..((((((.(.(..((..(((((.....))).......))..)).........(.......)).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).).((((((.....)))))).......................))))))))...)))))...)))))))................))))))))......))..)...))))).........(..((.(...((((((..(((((.......(((............)..))........))))).))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..............(((..((((.(((....................))).))))))).......((.((((((........(.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)........)))))).)).................((((..(((((....))))).....)))).((((((((.))))))))...........(((((...((((.....(.((((((....)))))).)..).)).)....(((((.((((((((..............................))).))))).))))))))))............((((....)))).........................((((((...((...((((.........))))...)))))))).............((((..........))))(((((..((....)).)))))...................(((..((((((((((((...............(((..((........))........(((((((....................((.((((..(((....((((......))))....))))))).)).((((((.....((...............))....((((((((((((.............))))))))))))((((.....))))..((.((...(((((((.......)))).))))).....))........................)))))).)))))))..)))..)))))........))))))).)))...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......))))(((.((((((((((...(((((......(((.(((.......((((....((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......))))....)))).....)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...)))....(((((...((((...[[[..))))...]]]........................))))).(((((((.....((((((((....)))).)))).....(((((..........[[[[[[.((((...)))).)))))............]]]]]]............(((((..........)))))...(((((........((((....)))).........[[[..)))))((((.....))))..]]]..........(((((...((((......((((((........(((((((..(((..((((.((((..(((....((((......))))....))))))).........................(((.....))).))))..)))....))))))).....)))))).....((((((.....))))))...)))).(((((((.......)))).)))......))))).)))))))..............((((((..........[[[....)))))).........]]].........................(((....))).((((....((((..(((....)))...))))....[[[......))))(((((((((....))))))))).]]].... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((..((((((.((.(((((.(((.....((((.(....((((.......((((...((((....))))...)))).((((((....(((..(((....))).)))......).))))).......))))....)))))....)))))).))......((((..(((((....))))).....)))).(((((((...))))))).....)).))))))((.....)).................)))))))))....((((......(((((((((...(((.........((((((((...................(((((((((((((.....((((((((....)))).)))).......((((.........((((((...((...((((.........))))...)))))))).......)))).(((((..........))))).(((((((........((((....)))).....((....)).))))))).(((((.............)))))..(((((....((((......((((((((.....((((((((((((..((.(.((((..(((....((((......))))....))))))).))).))))...(((((........(((.....)))..)))))..(((((...))))).))))))))......((((((.....)))))).((.((......)).))....))))))))))))...))))).)))))))..........))))))))))))))......))).)))))))))........)))).(((...((((((..(((((......(((................))).......))))).)))))).((.((....)).))..(((((((((....))))))))).))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((..(((..................................(((..............aaaaa....aaa.aaaa..((..<<<<<<)).....((.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)).......>>>>>>.....)))..................(((((....)))))...........((((.....{{))))...............}}..............((((((....)))))).......................................................................((((...............((((....)))).........................((((((...((...((((.........))))...))))))))............(((((..........)))))bbbb)))).......BBBB........................................................................................(((((((..................(((....((((......))))....))).........................................[[[[[[[[[[[[[)))))))......]]]]]]]]]]]]]......................(((((((.......)))).))).......................................................AAAA.AAA....AAAAA..((.....((((((..(((((...................................))))).))))))......)).........(((((((((....)))))))))))).)))) |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((..(((.((((((((((....((((......(((.(((........(((....((((.......((......((......))......)).((((((....(((..(((....))).)))......).))))).......))))....)))......)))))).........((((..(((((....))))).....)))).(((((((...)))))))........))))............................))))))))))...))).......(.(..........((..........((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........)))))...(((((........((((....)))).....((....)).)))))((((.....))))....)))))).(((((((........(........).......((..(((((((..(((..((((..(....(((....((((......))))....)))..)..........................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).)))))))............)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))....(((((((.........)))))))......))...(((.(((.........)))...)))..((((((..((((.......((....))......................)))).))))))...........).)....((((((((....)))))))).)))))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..[[[[))))(((.((((((((((...(((((......(((.(((..((......))...((((....)))).......((.((((((.......((.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)).......)))))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...))).......(((((((((...(((.........((((((((...................(((((((((((((.....((((((((....)))).))))...(((((............((((((........((((.........)))).....))))))...........................((((((((.............((((....)))).....(((.(((((..(((((((.....))))..((....)).))).)))))...((((......((((((....((..(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).)))))).....((((((.....))))))...))))........))).....))))))))...)))))...)))))))..........))))))))))))))......))).)))))))))......]]]]...(((...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((..(((.((((((((((..((((((...((((((.(((...............((((.......((((...(((.{{{{{)))...))))(((((((....(((..(((....))).)))......).))))).).....))))...}}}}}.....)))))).))).....((((..(((((....))))).....)))).(((((((...)))))))........))))))..........................))))))))))...))).......(((((....................((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((..aaa....))))AAA..))))))............(((((..........)))))...(((((........((((....))))..............)))))((((.....))))....))))))((((((((.........................(((.(((((((..(((..((((.((((..(((....((((......))))....))))))).........................(((.....))).))))..)))....)))))))).)).))))))))...<<<.....))))))>>>..))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))....(((((((.........)))))))...........[[[)))))..............]]]..((((((..(((((.....(((....)))....................))))).)))))).................(((((((((....))))))))))))))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.(((..(((.((((((((((...(((((......(((.(((..((......))...((((....)))).......((.((((((.......((.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)).......)))))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...))).......(((((...((((.(((((((.....((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))........(((.........((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........)))))...(((.((((.....((((....)))).........(((((..(((((((.....))))..((....)).))).)))))................))))...(((.(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))...)))...)))......)))...)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))...............(((((.(((((((.....((...(((.(((.((....)))))...))))).((((.............)))).....))))))).)))))............))).))))...))))..)))))...(((((((((....))))))))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((.(((..(((((((.(.((.((.((....)).))))))(......)....(((((..(........)..))))).((......))((((((((..........((((.(.(((.......).)).)))))((...(((.(((((..)))(((((........).))))((((...((((((..)))))).))))((..((((((((...)))))).)).....)).(..)...(((.(((...((.((((((....)))))))).)))))).....).))))....)))))))))))))))))))))).))))))(((((((((((((((((...............)))))))))))).((((((((.(((.(...)(.(((((....((((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))))((..))(((((((((((((......)))))))..((((((....((..((...............))..))...))))))..(((((...........)))))(((((.((...((..((((((((((((((((.((((((....(..((..(..((.((((...((.((..((((..)..)))..)).)).)))).))..)))..)(((..(........)..)))(((((((((.((((((((...............)))))))).))))..).)))).((...(......).)).))))).).)))))))).((....))))))))))..))(((((((.(......)))))))).)))).))).))))))...((((.((....(((.((..((((((.(((((((...(.((((((((......)))))))).)....)))))))))))))..).).)).)...)))))))))))))))))))).))))))))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((..(((.((((((((((...(((((......(((.(((...............((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......)))).............))))))..........(((..(((((....))))).....))).))))).....(((((((((.....(((..........))).......)))))))))..))))))))))...))).......(((((...((((((((((((.....((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((.........)))).....)))))).............((((..........))))................................................((((.....))))....))))))((((..((.............................(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....))))))).....))..))))...........)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))...............(((((.((((((...........(((...(((.......)))...)))..............................)))))).)))))............))).)))).)).)))..)))))...(((((((((....))))))))))))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((..(((.((((((((((...(((((......(((.(((.....((((((....((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......))))....)))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((..((....(((((........)))))......))..)))))..))))))))))...((((......(((((((((...(((..........((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........))))).(((((((........((((....)))).....((....)).)))))))...............))))))((((..((.......((........))......((..(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).))..))))...........)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....)))))))))))).((.(((((((.........)))))))..))..))).)))))))))........)))).......((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))..............)))(((((((((....))))))))))))))))) |