|
|
|
AAUAGGUUUGGUCCUAGCCUUUCUAUUAGCCCCUGGCAAGAUUACACAUGCAAGCAUCCCCGCCCCGGUGAAAUCGCCCUUCAAAUCACCCGUGAUCAAAAGGAGCAGGUAUCAAGCACGCAGUAAUGCAGCUCAAAACACCCUGCCUAGCCACACCCCCACGGGAGACAGCAGUGAUAAACCUUUAGCAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCUAUGCCAACCCAGGGUUGGUCAACUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCCAGUUAAUAGAGCCCGGCGUAAAGAGUGUUUUAGAUUGCUCCCUAAUAAAGCUAAGCUCCAUCCAAGUCGUAAAAAACUCUGGCUGCUAUAAAAUAAACUACGAAAGUGGCUUUAACACCUCUGAAUACACAAUAGCUGAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUCAGCCCUAAACUUCAACAGUCAAAUCAACAAGACUGCUCGCCAGAACACUACGAGCAACAGCUUAAAAAUCAAAGGACCUGGCGGUGCUUCACACCCCCCUAGAGGAGCCUGUCCUAUAAUCGAUAAACCCCGUUCAACCUCACCAUCUCUUGCUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUGACAAAGGCUAUAAAGUAAGCACAAACACCCACAUAAAGACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCCAUGAGAUGGGAAGAGAUGGGCUACAUUUUCUAUGCCAGAAAACCACGAUAACCCUCAUGAAACUUGAGCGGUCGAAGGAGGAUUUAGCAGUAAAUUAAGAAUAGAGUGCUUAGUUGAACAAGGCCCUGAAGCGCGUACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUAUUUCAAGGAACCCCUAACUAAAUACUCCACGCAUCUAUGUAGAGGAGACAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGGACAAAC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...<<<.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....((((....))))....))).)).(((..(.(((..(((....))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))....((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))....(((((.....((((...(((...........((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..)).....(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{{......))..}}}}}}}.))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((.......((.((((..((((((((((..(((((((((.....))).......)))))).....(((....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...))))).....(..(((((((((.......)))).)))))..).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((...((.......................................))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((.((......(((.((((((((((...(((((......(((.(((.....((((((....((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......))))....)))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...))).......(((((((((...(((.........((((((((...................(((((((((((((.....((((((((....)))).))))...(((((............((((((........((((.........)))).....))))))...........................((((((((.............((((....)))).....(((.(((((..(((((((.....))))..((....)).))).)))))...((((......((((((....((..(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).)))))).....((((((.....))))))...))))........))).....))))))))...)))))...)))))))..........))))))))))))))......))).)))))))))...)).)))....(((...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....)))))))))))))...) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.(((..(((((((((...(((((...((((((.(((.....((((((....((((..(((((((((...((((....))))...)))).)).))).....((..((((...................))))...))..))))....)))).))..)))))).))).....((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((......(((((...((....)).....))))))))))))..)))))))))....))).....((((..........)))).......(((((..((((......(((.((.......((((((.(((((................)))))...........((((.........((((((...((...((((.........))))...)))))))).......)))).(((((..........)))))...)))))))))))..))))...))))).........)))))).((((((((((((...((.......)).((((.((((....((((......((((((((..(((.....(((.((...(((((((((..(((....((((......))))....)))))))..((......................))..))))).((((((((((((((.............))))))))))))))....)).))).......((......)).)))...))))))))))))...))))((((((((((..(((....)))..))))..))))))..))))..))))))........)))))).(((...(((((...(((((......(((................))).......)))))..))))).((.((....)).)).((((((((((....))))))))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................((.((((((..........(((((.....(((..(((....))).)))........))))).............)))))).)).......................(((((....)))))..........(((((((...)))))))..............................((((((....))))))...............((((...(.........................................)...)))).....................(....)............................((((((...(....((((.........))))....))))))).............((((..........))))(((((...........)))))........................(((((((((((.........................................(((((((.............................(((....((((......))))....)))..........................................((((((((((((.............))))))))))))(((.......))).....((...(((((((.......)))).)))))......................................)))))))........))))........))))))).......((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))....... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((((((((....(...(((.(((................(((.......(((....((((....))))....))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).....)))...((....)).....)))))).)....((.(((...(((((....))))).)))))..........))))))..((......(((.....((....)).......)))....))...)))))))))..............(((((.......(..((.......((((((((..(......)...............(((((((.........(.((....))).........(((((............((((((...((...((((.........))))...))))))))...........................(((((((((((((....((.......................))...)))))((((.....))))........(.((((((((((...(.((........)).)........(((((((.......((.((((..((((((.(.(..((..(((((.....))).......))..)).........(.......)).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).).((((((.....)))))).......................))))))))...)))))...)))))))................))))))))......))..)...))))).........(..((.(...((((((..(((((.......(((............)..))........))))).))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))....... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..............(((..((((.(((....................))).))))))).......((.((((((........(.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)........)))))).)).................((((..(((((....))))).....)))).((((((((.))))))))...........(((((...((((.....(.((((((....)))))).)..).)).)....(((((.((((((((..............................))).))))).))))))))))............((((....)))).........................((((((...((...((((.........))))...)))))))).............((((..........))))(((((..((....)).)))))...................(((..((((((((((((...............(((..((........))........(((((((....................((.((((..(((....((((......))))....))))))).)).((((((.....((...............))....((((((((((((.............))))))))))))((((.....))))..((.((...(((((((.......)))).))))).....))........................)))))).)))))))..)))..)))))........))))))).)))...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))....... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......))))(((.((((((((((...(((((......(((.(((.......((((....((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......))))....)))).....)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...)))....(((((...((((...[[[..))))...]]]........................))))).(((((((.....((((((((....)))).)))).....(((((..........[[[[[[.((((...)))).)))))............]]]]]]............(((((..........)))))...(((((........((((....)))).........[[[..)))))((((.....))))..]]]..........(((((...((((......((((((........(((((((..(((..((((.((((..(((....((((......))))....))))))).........................(((.....))).))))..)))....))))))).....)))))).....((((((.....))))))...)))).(((((((.......)))).)))......))))).)))))))..............((((((..........[[[....)))))).........]]].........................(((....))).((((....((((..(((....)))...))))....[[[......))))(((((((((....))))))))).]]].... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((..((((((.((.(((((.(((.....((((.(....((((.......((((...((((....))))...)))).((((((....(((..(((....))).)))......).))))).......))))....)))))....)))))).))......((((..(((((....))))).....)))).(((((((...))))))).....)).))))))((.....)).................)))))))))....((((......(((((((((...(((.........((((((((...................(((((((((((((.....((((((((....)))).)))).......((((.........((((((...((...((((.........))))...)))))))).......)))).(((((..........))))).(((((((........((((....)))).....((....)).))))))).(((((.............)))))..(((((....((((......((((((((.....((((((((((((..((.(.((((..(((....((((......))))....))))))).))).))))...(((((........(((.....)))..)))))..(((((...))))).))))))))......((((((.....)))))).((.((......)).))....))))))))))))...))))).)))))))..........))))))))))))))......))).)))))))))........)))).(((...((((((..(((((......(((................))).......))))).)))))).((.((....)).))..(((((((((....))))))))).))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((..(((..................................(((..............aaaaa....aaa.aaaa..((..<<<<<<)).....((.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)).......>>>>>>.....)))..................(((((....)))))...........((((.....{{))))...............}}..............((((((....)))))).......................................................................((((...............((((....)))).........................((((((...((...((((.........))))...))))))))............(((((..........)))))bbbb)))).......BBBB........................................................................................(((((((..................(((....((((......))))....))).........................................[[[[[[[[[[[[[)))))))......]]]]]]]]]]]]]......................(((((((.......)))).))).......................................................AAAA.AAA....AAAAA..((.....((((((..(((((...................................))))).))))))......)).........(((((((((....)))))))))))).)))) |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((..(((.((((((((((....((((......(((.(((........(((....((((.......((......((......))......)).((((((....(((..(((....))).)))......).))))).......))))....)))......)))))).........((((..(((((....))))).....)))).(((((((...)))))))........))))............................))))))))))...))).......(.(..........((..........((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........)))))...(((((........((((....)))).....((....)).)))))((((.....))))....)))))).(((((((........(........).......((..(((((((..(((..((((..(....(((....((((......))))....)))..)..........................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).)))))))............)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))....(((((((.........)))))))......))...(((.(((.........)))...)))..((((((..((((.......((....))......................)))).))))))...........).)....((((((((....)))))))).)))))))) |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..[[[[))))(((.((((((((((...(((((......(((.(((..((......))...((((....)))).......((.((((((.......((.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)).......)))))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...))).......(((((((((...(((.........((((((((...................(((((((((((((.....((((((((....)))).))))...(((((............((((((........((((.........)))).....))))))...........................((((((((.............((((....)))).....(((.(((((..(((((((.....))))..((....)).))).)))))...((((......((((((....((..(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).)))))).....((((((.....))))))...))))........))).....))))))))...)))))...)))))))..........))))))))))))))......))).)))))))))......]]]]...(((...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((..(((.((((((((((..((((((...((((((.(((...............((((.......((((...(((.{{{{{)))...))))(((((((....(((..(((....))).)))......).))))).).....))))...}}}}}.....)))))).))).....((((..(((((....))))).....)))).(((((((...)))))))........))))))..........................))))))))))...))).......(((((....................((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((..aaa....))))AAA..))))))............(((((..........)))))...(((((........((((....))))..............)))))((((.....))))....))))))((((((((.........................(((.(((((((..(((..((((.((((..(((....((((......))))....))))))).........................(((.....))).))))..)))....)))))))).)).))))))))...<<<.....))))))>>>..))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))....(((((((.........)))))))...........[[[)))))..............]]]..((((((..(((((.....(((....)))....................))))).)))))).................(((((((((....))))))))))))))))) |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.(((..(((.((((((((((...(((((......(((.(((..((......))...((((....)))).......((.((((((.......((.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)).......)))))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...))).......(((((...((((.(((((((.....((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))........(((.........((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........)))))...(((.((((.....((((....)))).........(((((..(((((((.....))))..((....)).))).)))))................))))...(((.(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))...)))...)))......)))...)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))...............(((((.(((((((.....((...(((.(((.((....)))))...))))).((((.............)))).....))))))).)))))............))).))))...))))..)))))...(((((((((....))))))))))))))))) |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((.(((..(((((((.(.((.((.((....)).))))))(......)....(((((..(........)..))))).((......))((((((((..........((((.(.(((.......).)).)))))((...(((.(((((..)))(((((........).))))((((...((((((..)))))).))))((..((((((((...)))))).)).....)).(..)...(((.(((...((.((((((....)))))))).)))))).....).))))....)))))))))))))))))))))).))))))(((((((((((((((((...............)))))))))))).((((((((.(((.(...)(.(((((....((((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))))((..))(((((((((((((......)))))))..((((((....((..((...............))..))...))))))..(((((...........)))))(((((.((...((..((((((((((((((((.((((((....(..((..(..((.((((...((.((..((((..)..)))..)).)).)))).))..)))..)(((..(........)..)))(((((((((.((((((((...............)))))))).))))..).)))).((...(......).)).))))).).)))))))).((....))))))))))..))(((((((.(......)))))))).)))).))).))))))...((((.((....(((.((..((((((.(((((((...(.((((((((......)))))))).)....)))))))))))))..).).)).)...)))))))))))))))))))).))))))))..... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((..(((.((((((((((...(((((......(((.(((...............((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......)))).............))))))..........(((..(((((....))))).....))).))))).....(((((((((.....(((..........))).......)))))))))..))))))))))...))).......(((((...((((((((((((.....((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((.........)))).....)))))).............((((..........))))................................................((((.....))))....))))))((((..((.............................(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....))))))).....))..))))...........)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))...............(((((.((((((...........(((...(((.......)))...)))..............................)))))).)))))............))).)))).)).)))..)))))...(((((((((....))))))))))))))))) |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((..(((.((((((((((...(((((......(((.(((.....((((((....((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......))))....)))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((..((....(((((........)))))......))..)))))..))))))))))...((((......(((((((((...(((..........((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........))))).(((((((........((((....)))).....((....)).)))))))...............))))))((((..((.......((........))......((..(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).))..))))...........)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....)))))))))))).((.(((((((.........)))))))..))..))).)))))))))........)))).......((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))..............)))(((((((((....))))))))))))))))) |