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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00435



RNA: CRW_00435
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((.((......(((.((((((((((...(((((......(((.(((.....((((((....((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......))))....)))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...))).......(((((((((...(((.........((((((((...................(((((((((((((.....((((((((....)))).))))...(((((............((((((........((((.........)))).....))))))...........................((((((((.............((((....)))).....(((.(((((..(((((((.....))))..((....)).))).)))))...((((......((((((....((..(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).)))))).....((((((.....))))))...))))........))).....))))))))...)))))...)))))))..........))))))))))))))......))).)))))))))...)).)))....(((...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....)))))))))))))...)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((..(((((((((...(((((...((((((.(((.....((((((....((((..(((((((((...((((....))))...)))).)).))).....((..((((...................))))...))..))))....)))).))..)))))).))).....((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((......(((((...((....)).....))))))))))))..)))))))))....))).....((((..........)))).......(((((..((((......(((.((.......((((((.(((((................)))))...........((((.........((((((...((...((((.........))))...)))))))).......)))).(((((..........)))))...)))))))))))..))))...))))).........)))))).((((((((((((...((.......)).((((.((((....((((......((((((((..(((.....(((.((...(((((((((..(((....((((......))))....)))))))..((......................))..))))).((((((((((((((.............))))))))))))))....)).))).......((......)).)))...))))))))))))...))))((((((((((..(((....)))..))))..))))))..))))..))))))........)))))).(((...(((((...(((((......(((................))).......)))))..))))).((.((....)).)).((((((((((....)))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................((.((((((..........(((((.....(((..(((....))).)))........))))).............)))))).)).......................(((((....)))))..........(((((((...)))))))..............................((((((....))))))...............((((...(.........................................)...)))).....................(....)............................((((((...(....((((.........))))....))))))).............((((..........))))(((((...........)))))........................(((((((((((.........................................(((((((.............................(((....((((......))))....)))..........................................((((((((((((.............))))))))))))(((.......))).....((...(((((((.......)))).)))))......................................)))))))........))))........))))))).......((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).(((((((((((((((....(...(((.(((................(((.......(((....((((....))))....))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).....)))...((....)).....)))))).)....((.(((...(((((....))))).)))))..........))))))..((......(((.....((....)).......)))....))...)))))))))..............(((((.......(..((.......((((((((..(......)...............(((((((.........(.((....))).........(((((............((((((...((...((((.........))))...))))))))...........................(((((((((((((....((.......................))...)))))((((.....))))........(.((((((((((...(.((........)).)........(((((((.......((.((((..((((((.(.(..((..(((((.....))).......))..)).........(.......)).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).).((((((.....)))))).......................))))))))...)))))...)))))))................))))))))......))..)...))))).........(..((.(...((((((..(((((.......(((............)..))........))))).))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..............(((..((((.(((....................))).))))))).......((.((((((........(.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)........)))))).)).................((((..(((((....))))).....)))).((((((((.))))))))...........(((((...((((.....(.((((((....)))))).)..).)).)....(((((.((((((((..............................))).))))).))))))))))............((((....)))).........................((((((...((...((((.........))))...)))))))).............((((..........))))(((((..((....)).)))))...................(((..((((((((((((...............(((..((........))........(((((((....................((.((((..(((....((((......))))....))))))).)).((((((.....((...............))....((((((((((((.............))))))))))))((((.....))))..((.((...(((((((.......)))).))))).....))........................)))))).)))))))..)))..)))))........))))))).)))...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((......))))(((.((((((((((...(((((......(((.(((.......((((....((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......))))....)))).....)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...)))....(((((...((((...[[[..))))...]]]........................))))).(((((((.....((((((((....)))).)))).....(((((..........[[[[[[.((((...)))).)))))............]]]]]]............(((((..........)))))...(((((........((((....)))).........[[[..)))))((((.....))))..]]]..........(((((...((((......((((((........(((((((..(((..((((.((((..(((....((((......))))....))))))).........................(((.....))).))))..)))....))))))).....)))))).....((((((.....))))))...)))).(((((((.......)))).)))......))))).)))))))..............((((((..........[[[....)))))).........]]].........................(((....))).((((....((((..(((....)))...))))....[[[......))))(((((((((....))))))))).]]]....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).(((((((((..((((((.((.(((((.(((.....((((.(....((((.......((((...((((....))))...)))).((((((....(((..(((....))).)))......).))))).......))))....)))))....)))))).))......((((..(((((....))))).....)))).(((((((...))))))).....)).))))))((.....)).................)))))))))....((((......(((((((((...(((.........((((((((...................(((((((((((((.....((((((((....)))).)))).......((((.........((((((...((...((((.........))))...)))))))).......)))).(((((..........))))).(((((((........((((....)))).....((....)).))))))).(((((.............)))))..(((((....((((......((((((((.....((((((((((((..((.(.((((..(((....((((......))))....))))))).))).))))...(((((........(((.....)))..)))))..(((((...))))).))))))))......((((((.....)))))).((.((......)).))....))))))))))))...))))).)))))))..........))))))))))))))......))).)))))))))........)))).(((...((((((..(((((......(((................))).......))))).)))))).((.((....)).))..(((((((((....))))))))).)))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((..(((..................................(((..............aaaaa....aaa.aaaa..((..<<<<<<)).....((.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)).......>>>>>>.....)))..................(((((....)))))...........((((.....{{))))...............}}..............((((((....)))))).......................................................................((((...............((((....)))).........................((((((...((...((((.........))))...))))))))............(((((..........)))))bbbb)))).......BBBB........................................................................................(((((((..................(((....((((......))))....))).........................................[[[[[[[[[[[[[)))))))......]]]]]]]]]]]]]......................(((((((.......)))).))).......................................................AAAA.AAA....AAAAA..((.....((((((..(((((...................................))))).))))))......)).........(((((((((....)))))))))))).))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((..(((.((((((((((....((((......(((.(((........(((....((((.......((......((......))......)).((((((....(((..(((....))).)))......).))))).......))))....)))......)))))).........((((..(((((....))))).....)))).(((((((...)))))))........))))............................))))))))))...))).......(.(..........((..........((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........)))))...(((((........((((....)))).....((....)).)))))((((.....))))....)))))).(((((((........(........).......((..(((((((..(((..((((..(....(((....((((......))))....)))..)..........................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).)))))))............)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))....(((((((.........)))))))......))...(((.(((.........)))...)))..((((((..((((.......((....))......................)))).))))))...........).)....((((((((....)))))))).))))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..[[[[))))(((.((((((((((...(((((......(((.(((..((......))...((((....)))).......((.((((((.......((.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)).......)))))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...))).......(((((((((...(((.........((((((((...................(((((((((((((.....((((((((....)))).))))...(((((............((((((........((((.........)))).....))))))...........................((((((((.............((((....)))).....(((.(((((..(((((((.....))))..((....)).))).)))))...((((......((((((....((..(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).)))))).....((((((.....))))))...))))........))).....))))))))...)))))...)))))))..........))))))))))))))......))).)))))))))......]]]]...(((...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....)))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((..(((.((((((((((..((((((...((((((.(((...............((((.......((((...(((.{{{{{)))...))))(((((((....(((..(((....))).)))......).))))).).....))))...}}}}}.....)))))).))).....((((..(((((....))))).....)))).(((((((...)))))))........))))))..........................))))))))))...))).......(((((....................((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((..aaa....))))AAA..))))))............(((((..........)))))...(((((........((((....))))..............)))))((((.....))))....))))))((((((((.........................(((.(((((((..(((..((((.((((..(((....((((......))))....))))))).........................(((.....))).))))..)))....)))))))).)).))))))))...<<<.....))))))>>>..))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))....(((((((.........)))))))...........[[[)))))..............]]]..((((((..(((((.....(((....)))....................))))).)))))).................(((((((((....)))))))))))))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((.(((..(((.((((((((((...(((((......(((.(((..((......))...((((....)))).......((.((((((.......((.(((((.....(((..(((....))).)))........)))))....)).......)))))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((((((....(((((........)))))......)))))))))..))))))))))...))).......(((((...((((.(((((((.....((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))........(((.........((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........)))))...(((.((((.....((((....)))).........(((((..(((((((.....))))..((....)).))).)))))................))))...(((.(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))...)))...)))......)))...)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))...............(((((.(((((((.....((...(((.(((.((....)))))...))))).((((.............)))).....))))))).)))))............))).))))...))))..)))))...(((((((((....)))))))))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((((((.(((..(((((((.(.((.((.((....)).))))))(......)....(((((..(........)..))))).((......))((((((((..........((((.(.(((.......).)).)))))((...(((.(((((..)))(((((........).))))((((...((((((..)))))).))))((..((((((((...)))))).)).....)).(..)...(((.(((...((.((((((....)))))))).)))))).....).))))....)))))))))))))))))))))).))))))(((((((((((((((((...............)))))))))))).((((((((.(((.(...)(.(((((....((((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))))((..))(((((((((((((......)))))))..((((((....((..((...............))..))...))))))..(((((...........)))))(((((.((...((..((((((((((((((((.((((((....(..((..(..((.((((...((.((..((((..)..)))..)).)).)))).))..)))..)(((..(........)..)))(((((((((.((((((((...............)))))))).))))..).)))).((...(......).)).))))).).)))))))).((....))))))))))..))(((((((.(......)))))))).)))).))).))))))...((((.((....(((.((..((((((.(((((((...(.((((((((......)))))))).)....)))))))))))))..).).)).)...)))))))))))))))))))).)))))))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((..(((.((((((((((...(((((......(((.(((...............((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......)))).............))))))..........(((..(((((....))))).....))).))))).....(((((((((.....(((..........))).......)))))))))..))))))))))...))).......(((((...((((((((((((.....((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((.........)))).....)))))).............((((..........))))................................................((((.....))))....))))))((((..((.............................(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....))))))).....))..))))...........)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....))))))))))))...............(((((.((((((...........(((...(((.......)))...)))..............................)))))).)))))............))).)))).)).)))..)))))...(((((((((....)))))))))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((..(((.((((((((((...(((((......(((.(((.....((((((....((((.......((((...((((....))))...)))).(((((.....(((..(((....))).)))........))))).......))))....)))).))..)))))).........((((..(((((....))))).....))))))))).....(((((..((....(((((........)))))......))..)))))..))))))))))...((((......(((((((((...(((..........((((((.(((.(((..(((((.......((((((..........((((((((....)))).))))...((((((...........((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........))))).(((((((........((((....)))).....((....)).)))))))...............))))))((((..((.......((........))......((..(((((((..(((..((((.......(((....((((......))))....))).............................(((.....))).))))..)))....)))))))..)).))..))))...........)))))).....))))).(((((((.......)))).)))....)))))))))))).((.(((((((.........)))))))..))..))).)))))))))........)))).......((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))..............)))(((((((((....)))))))))))))))))