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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00437



RNA: CRW_00437
Rfam family: -

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................((((((....(((((.......)))))..........))))))...(..............).......................(((....)))...........................((((....))))......................((((((((.......))))))))((..((((....(..(((((....)))))..)...))))))....((((((((..(((.................................)))..)))))))).........((((((...((((.....))))..))))))................................((((.........)))).......................((((...........))))..................((....)).............(((..((((((((((((...............(((((((.....((((........))))....((..(((((((.(((...(((.((((.....((((((.(....).))))((......))(((((...........))))).....(((....)))...))...))))))))))...)))))))..))....(((((.....((((....................(((((.......))))).............................)))).....)))))......)))))))..))))........)))))))).)))...((((((.........(((...............)))...........))))))................((((((((((....))))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.......))))...(((((((.....(((((.....(((.(((................(((......(((((....((((.......)))).....))).)).(((....(((..(((...))).)))......)))..((...)))))...((....)).....)))))).))))).(..((...(((((....))))).)).)...............(((((........(((.....((....)).......)))..)))))...)))))))......(((.......((((...(((.............((((((.........((((.((........))..)))).............((((.....)))))))))).....)))....))))....(((.((...((...((((.........))))...)))).)))..................................))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.((...((((.(((......)))........))))....((((......))))...)).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...(((((...)))))....(....(((((((.......))))..)))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((........((((...............))))..........))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..(......)....................))))).......................((((....(((((((((.(((((.......)))))))..).....))))))......))))..((((.(.......)))))......((....(((....))).....))....................((((....))))......................((((((((.......))))))))((..((((....(..(((((....)))))..)...))))))....((((((((..(((.................................)))..)))))))).........((((((...((((.....))))..))))))...((((.........))))...........(((((.........)))).........)...........(((((((.........)))))))...............(((....)))............(((..((((((((((((...((.......)).(((((((.....((((........))))....(((.(((((((.(((...(((.((((....(((((((.(....).))))((......))(((((...........))))).....(((....)))...)))..))))))))))...)))))))).))(((((((((.....((((.((((...............(((((.......)))))........................)))).)))).....))))).)))).)))))))..))))........)))))))).)))...((((((........((((...............))))..........)))))).............((.((((((((((....))))))))))...)).
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((..................................................................(((.....(((((.......)))))...........)))............................................(((....)))...........................((((....))))......................((((((((.......))))))))((..............((((....))))...........))..................))))))).....(((((((............((((((......((..(((....((((((...((((.....))))..))))))...)))..)).....))))))...........((((.........))))........))))))).......((((((.........))))))................(((....))).................(((((((.(((................(((((((.....((((........))))........(((((((.(((...((((.(((........(((......[[)))((........))..........]]...............................))))))))))...)))))))..........................................(((((.......)))))........................(((((((.........)))))))..)))))))...))).........))))))).......((((((.......(((((...............))).))........)))))).................(((((((((....))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................((((........))))...((..(((((........((((((.................))))))...........)))))..))....(((..(((...))).)))............(.........(((....)))............................(((....))).......................((((((((.......))))))))......(........(((((....))))).......)...(.....).........((.................))...........(.(((((.......((.((((....((((((...((((.....))))..))))))...)))).))......))))).)).......(((((..(((........)))..)))))...........(((((((.........))))))).....(((.......(((....))).....)))....(((..(((((((((((................((((((......((((........))))....((..(((((((.(((...((((.(((....(((..........((((((((......)))).......)))).............(((....)))...)))..))))))))))...)))))))..))..............(((((...)))))....................................................(((((((.........)))))))...))))))...)))))........)))))).)))...((((((.........(((...............)))...........))))))................((((((((((....))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.((..((((((...(((....((((........))))...))).((((((...(((.((((((...((.....)).....))))))...(((((((.(((((((((...(((.(((((.(((((...((..(((((.((((...(((...(((....)))........((((((............(((((....))))).....................((((((((.......)))))))).....))))))....(((((....))))).........))))))).)))))(((((((.............(((((((..((.(((.((.((((((......((.((((....((((((...((((.....))))..))))))...)))).)).....)))))).))........((((.........))))...))))))))))))......(((((((.........))))))).((.((.......)).))....))))))).......)))))))..)))))))).......((....)).))))))))).))).)))).......))).........((((((.(((...((((.(((....(((.....(((..((((((((......)))).......))))....((((......))))..)))...)))..))))))))))...))))))))))))...))))))....(((((...)))))...............)).))))))).(((.(((..((((((.....((.((.(((((((.........)))))))...))..)).....((((.((.......)).))))..))))))..)))......................((((.............))))....))).....(((.((((((((((....))))))))))...)))
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.((..((((((...(((....((((........))))...))).((((((...(((.((((((...((.....)).....))))))...(((((((.(((((((((...(((.(((((.(((((...((..(((((.((((...(((...(((....)))........((((((............(((((....))))).....................((((((((.......)))))))).....))))))..(.(((((....))))))........))))))).)))))(((((((.............(((((((..((.(((.((.((((((......((.((((....((((((...((((.....))))..))))))...)))).)).....)))))).))........((((.........))))...))))))))))))......(((((((.........))))))).((.((.......)).))....))))))).......)))))))..)))))))).......((....)).))))))))).))).)))).......))).........((((((.(((...((((.(((....(((.....(((..((((((((......)))).......))))....((((......))))..)))...)))..))))))))))...))))))))))))...))))))....(((((...)))))...............)).))))))).(((.(((..((((((.....((.((.(((((((.........)))))))...))..)).....((((.((.......)).))))..))))))..)))......................((((.............))))....))).....(((.((((((((((....))))))))))...)))
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.((..((((((...(((....((((........))))...))).((((((.......((((((.................))))))...(((((((.(((((((((.....((............)).......................(((....)))...........................((((....))))......................(((((((.........))))))).........................................................................((((..............((((..................((((((...((((.....))))..))))))................))))......................................)))).........((((((.........))))))......(((.......(((....))).....)))....................................))))))))).))).))))...................((((((.(((...(((..(((....(((.....((...((((((((......)))).......))))....((((......))))...))...)))..))).))))))...))))))))))))...))))))....(((((...)))))...............)).))))))).(((......((((((.....((....(((((((.........))))))).......)).....((((.((.......)).))))..))))))...........................((((.............))))....))).........((((((((((....))))))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.....((((((...(((....((((........))))...))).((((((...(((.((((((...((.....)).....))))))...(((((((..((((((((...(((.(((((.(((((...((..(((((.((((...(((...(((....)))........((((((............(((((....))))).....................((((((((.......)))))))).....))))))....(((((....))))).........))))))).)))))(((((((.............(((((((..((.(((.((.((((((......((..(((....((((((...((((.....))))..))))))...)))..)).....)))))).))........((((.........))))...))))))))))))......(((((((.........))))))).((.((.......)).))....))))))).......)))))))..)))))))).......((....)).))))))))..))).)))).......))).........((((((.(((...((((.(((....(((.....(((..((((((((......)))).......))))....((((......))))..)))...)))..))))))))))...))))))))))))...))))))....(((((...)))))..................))))))).(((.(((..((((((.....((....(((((((.........))))))).......)).....((((.((.......)).))))..))))))..)))......................((((.............))))....))).........((((((((((....))))))))))......