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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00438



RNA: CRW_00438
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (........((((((.(((.(((((((..((.((((((.((((((....((((((......(((((.(((....))).......(((.....))).....)))))........(((..(((....))).)))......)))).))...((....(((....))).....)).))))))......((((..(((((....))))).....)))))))))).....(((((((((......(((((.((....)))).)))..))))))))).))..)))))))...))).....(((((((((((.....................))))))).....((((((((...........(((((........((.((((....))))))(((((...((((....))))...((((((........((((.........)))).....))))))..............))))).)))))......(((((..((....)).))))).))))))))..))))..)))))).((((((((((((....(((....)))..(((((((....((((........))))........((((((.(((...(((((((.....(((((((((((......))))....(((((((......((....))(((.((((....))))..))).....)))))))....))))))).....)))))))...((((((.....))))))........(((((((.......))))))))))))))))(((.((((.(..((.....))..).)))).))).)))))))....))))))........))))))((((...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))))))..)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..((((((.(((..(((((..(((.((((((.((((((....((((((......(((((..(((.......................)))...)))))..((((.............))))..........)))).))...((....(((....))).....)).))))))......((((..(((((....))))).....)))))))))).....(((((((......(((((...(((.....)))..)))))))))))).)))..)))))....))).....((((((((((.................))))))....))))...((((((((..........((((...........))))......(((((((.......((((...........((((((...((...((((.........))))...))))))))............(((((..........))))).....)))).......))))))).))....)))))).)))))).((((((((((((....(((....)))..(((((((....((((........))))..((((..((((((.(((...(((((((.....(((((((((((......))))....(((((((..((....))....(((..(((....)))...))).....)))))))....))))))).....)))))))...((((((.....))))))...)))..(((((((.......)))))))...))))))....))..)).(((((((.........))))))))))))))....))))))........))))))....)))((((((...((((......(((................))).......))))..)))))).....((((.......((((((((((....)))))))))).))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................(((((..................................))))).............(((....)))..........................(((....)))..........................(((((....)))))...........((((((....))))))......((((((..((....)).)...)))))..................................(((((((.....................)))))))......(((((......)))))........................................((((....))))...((((((........((((.........)))).....))))))...............................(((((...........)))))....................(...((((((((((((....(((....)))..(((((((....((((........))))........(((((((((((...((.(((.....(((.((.((((......)))).)).)))......))).))))))).(((.((((....))))..))).((((((((((((((.............))))))))))))))(.......)............(((((((.......)))))))...))))))...........(((((((.........))))))))))))))....)))))........)))))))..)....((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).((((((.(((.............(((.(((................(((.((.................))........((.....((....(((..(((....))).)))......))....))....)))...((....)).....))))))......((.(((...(((((....))))).)))))..............(((((........(((.....((....)).......)))..))))).))).))))))....((..(...(((((((((((.....................)))))))(((.(((((((......)))).))).)))...................(((((((.......((((...........((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(.(((((..........))))).)...)))).......)))))))........))))...)..))(((((.(((((((...(((.((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((.......((.((((..((((((.(.(..((..((((.......)).......))..))....((....))......).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).).((((((.....))))))...(....(((((((.......)))))))....).....))))).....(((((((.........))))))).....)))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..(((........(((................))).......)))...))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......)))))..((..........)).........................(((((...(................).............))))).(((....(((..(((....))).)))......))).......((....(((....))).....)..............((((..(((((....))))).....)))).(((((((....))))))).....(((((((.((....))))...)))))..................................(((((((.....................)))))))(((.(((((((......))))).)).)))...........((((....))))).........((((....))))...((((((...(....((((.........))))....))))))).............((((..........))))(((((..((....)).)))))...................(((..((((((((((((....((((()))))..(((((((....((((........))))........(((((((((((...((.(((.....(((.((.((((......)))).)).)))......))).))))))).(((.((((....))))..))).((((((((((((((.............))))))))))))))((.....))............(((((((.......)))))))...))))))...........(((((((.........))))))))))))))()..)))))........))))))).)))...((((((..(((((......(((....(......)....))).......))))).))))))................((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((..((((((.(((.(((((((.....((((((.((((((...(((((((......(((((.(((....))).......(((.....))).....)))))........(((..(((....))).)))......))))............(((....))).....)))))))))......((((..(((((....))))).....)))))))))).....(((((((((......(((...(((.....))))))..))))))))).....)))))))...))).....(((((((((((.....................))))))).....((((((((...........(((((...........((((....)))).((((((...((((....))))...((((((.((((...))))..(((........)))..))))))..............)))))))))))......(((((...........))))).))))))))..))))..)))))).....((((((((....(((....)))..(((((((....((((........))))........((((((.......(((((((.....(((((((((((......))).....(((((((..............(((.((((....))))..))).....)))))))...)))))))).....)))))))...((((((.....))))))........(((((((.......)))))))...))))))(((....))).(((((((.........))))))))))))))....))))))))......)))..((((....((((((..(((((......(((...(((....)))...))).......))))).)))))).....[[[[...))))((((((((((....)))))))))).]]]]..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((((..((((....(((((((((..(((((((...(((.((............(((....)))((((((.(((.....))).....(((..(((((((.(((..(((....))).)))......(((......)))....(((....)))....((((((........((((((..(((((....))))).(((((((((.((((.(((((..((((((......((...((((((((.((((.(((..((.((((...((....))....)).)).))..)))((((((.....................)))))).(((.(((((((......)))).))).))).........)))).))...))))))...)).((((((....))).))).....)).)))).))))).))))))).........))))))...............))))))........)))))).(((((....((..(((.............)))..))...))))))))))))....)))...)))))).)).)))..)))))))..........((......)).(((((((((((...((.(((.....(((.((.((((......)))).)).)))......))).))))))).(((.((((....))))..)))....(((((((((((.............))))))))))).((((.....)))).....((...(((((((.......))))))))).))))))............))))))))))))).))).........)))))).....(((.((....))))).((((...((((((..(((((......(((................))).......))))).)))))).((.((....)).))..(((((((((....))))))))).))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((.(((((((.................(((.(((..[[.............................................((...((((....(((..(((....))).)))......))))..)).......................))))))...............(((((....)))))...........((((......{{))))....................................}}......)))))))...)))..........((((((.....................))))))..((.(((((((......))))).)).))............((((....))))...........(((....)))....((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........)))))............................................((((((]](((.................(((((((....((((........))))........(((((((((((...((.........(((.((.((((......)))).)).)))..........)))))))......((......)).......((((((((((((((.............)))))))))))))).....................(((((((.......)))))))...))))))...........(((((((.........)))))))))))))).....)))..........))))))((.....((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))......)).........(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((.(((((((.(((.(((((.......(((.(((......(...(((((...(....).........(((.....))).....)))))..((.....))..(((....)))..........(((......))).....((....))).....))))))..........((...(((((....)))))......))..))))).....(((((((((......(((((.((....)))).)))..))))))))).))).)))))))...))).......(.(((((((.....................)))))))(((.(((((((......))))).)).)))...........((((....))))..........((((....))))...((((((........((((.........)))).....))))))............(((((..........)))))(((.............)))(....).......)....)))))).((((((((((((............((..(((((((....((((........))))........(((((((((((...((.(((.....(((.((.((((......)))).)).)))......))).))))))).(((.((((....))))..)))...((((((((((((.............))))))))))))((((.....)))).....((...(((((((.......))))))))).))))))............((((((.........)))))).)))))))..))))))))........))))))((((...((((((..(((((......(((................))).......))))).)))))).((.(......).))..(((((((((....))))))))).))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.((((((.(((.(((((((..((.((((((.((((((....((((((......(((((.(((....))).......(((.....))).....)))))........(((..(((....))).)))......)))).))...((....(((....))).....)).))))))......((((..(((((....))))).....)))))))))).....(((((((((......(((((.((....)))).)))..))))))))).))..)))))))...))).....(((((((((((.....................))))))).....((((((((...........(((((........((.((((....))))))(((((...((((....))))...((((((........((((.........)))).....))))))..............))))).)))))......(((((..((....)).))))).))))))))..))))..)))))).(((((.(((((.............)))))))))).....((((........)))).)))))..(((((((...((..(((((......(((.((.((((......)))).)).)))..........((....))....((((....)))))))))..)).{{{{{{{{{{)))))))......}}}}}}}}}}((((((..[[.)))))).((((((.(((((((.......))))))).((.(((((.(((((.......))))).(((..((((((.......(((....))))))))).)))...)))))..))...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))....))))))....]]((((((((((....)))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((.(((((((.(((..(((((.(((..(((.(((..........(((((.(((....))).......(((.....))).....))))).............(((....)))..........(((......)))...................))))))))).....(((....(((((....)))))..)))....)))))......(((((((((......(((((.((....)))).)))..))))))))).))).)))))))...))).....(((((((((((.....................)))))))(((.(((((((......))))).)).))).......((((((((....)))).))))...(.((((....)))))..((((((........((((..[[[....))))]]]..))))))............(((((..........)))))((((...........))))............))))..)))))).((((((((((((............((.((((((((....((((........))))........(((((((((((......(((.....(((....((((......))))....)))......)))...))))).(((.((((....))))..)))...((((((((((((.............))))))))))))((((.....))))..........(((((((.......)))))))...))))))...........(((((((.........)))))))))))))).)))))))))........))))))((((...((((((..(((((......(((...(((....)))...))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((.(((((((..((.((((((.((((((....((((((......(((((.(((....))).......(((.....))).....)))))........(((..(((....))).)))......)))).))...((....(((....))).....)).))))))......((((..(((((....))))).....)))))))))).....(((((((((......(((((.((....)))).)))..))))))))).))..)))))))...))).....(((((((((((.....................))))))).....((((((((...........(((((........((.((((....))))))(((((...((((....))))...((((((........((((.........)))).....))))))..............))))).)))))......(((((..((....)).))))).))))))))..))))..)))))).((((((((((((....(((....)))..(((((((....((((........))))........((((((.(((...(((((((.....(((((((((((......))))....(((((((......((....))(((.((((....))))..))).....)))))))....))))))).....)))))))...((((((.....))))))........(((((((.......))))))))))))))))....((((.(..((.....))..).)))).....)))))))....))))))........))))))((((...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...).)))).((....((........))((((..))))..((((..))))...((.((((((((..))))((((((((....((((..((((.............)))).(((((((.(........).).)))))).((.(.(.(.(.(((..))))))))).))))(((((((.((((...((((((..)))))).))))(.(((.((((.(((((.((((((((((((((((.(((((((((.((((......................)).)))))......((((((((((.(....((........).)...)...((((((..)))))).)))))))))))))))).))))))))..((((((..)))))).....(...(((((..)))))...)..).)).)))))))))).))))))))....(((....))).((..)).(...)(((((.(......).)))))....((((....((..(((.(.(......)).)))..))...)))).(((((((((....((((..))))(((((((((...((..(((((((((......)...((((.((.(((((((((((((..))((((((((.............)))))))).(((.............))).(........)).)))))).)))).((((((((((.............)))))))))).((((((.((...)..).)).))))(((((((.......)))))))..))))))))))))))..))((((((((((..))).))))))))))))))))..)))))..................))))((.(.((((....))).)).))).).)))))(((.............)))))))))))((((..))))..((..))..(((((((((..))))))))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((.(((((((..((.((((((.((((((......((((......(((((.(((....))).......(((.....))).....))))).........((..(((....))).)).......))))............(((....)))........)))))).......(((..(((((....))))).....))).)))))).....(((((((((......(((((.((....)))).)))..))))))))).))..)))))))...))).....(((((((((((.....................))))))).....((((((((...........(((((.........(.((((....))))).(((((...((((....))))...((((((.........((...........))......))))))..............))))).)))))......(((((..((....)).))))).))))))))..))))..)))))).((((((((((((....(((....)))..(((((((....((((........))))........((((((.......(((((((.....(((((((.(((......))).....(((((((......((....))(((.((((....))))..))).....)))))))....))))))).....)))))))...((((((.....))))))........(((((((.......)))))))...)))))).....(((.(..((.....))..).)))......)))))))....)))))))........)))))((((...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.(((.(((((((..((((((((..((((((....((((((......(((((.(((....))).......(((.....))).....)))))........(((..(((....))).)))......)))).))...((....(((....))).....)).))))))............(((((....)))))))))))....(((((((....))))))).....(((((...(((.....)))..)))))........))..)))))))...))).....(((((((((((.....................))))))).....((((((((...........(((((........((.((((....))))))(((((...((((....))))...((((((........((((.........)))).....))))))..............))))).)))))......(((((..((....)).))))).))))))))..))))..)))))).((((((((((((....(((....)))..(((((((....((((........))))........((((((.......(((((((.....(((((((((((......))))....(((((((......((....))(((.((((....))))..))).....)))))))....))))))).....)))))))...((((((.....))))))........(((((((.......)))))))...))))))...........(((((((.........))))))))))))))....))))))........))))))((((...((((((..(((((......(((................))).......))))).))))))................((((((((((....))))))))))))))...