CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00442



RNA: CRW_00442
Rfam family: -

AAAAGGUUUGGUCCUAGCCUUAUAGUUAGUUAGAGGUAGAGUUACACAUGCAAAUCUCUAUAAACCAGUGUCAAAUCCCUAGGUUUUACUUUAAACCCUAAGGAGAGGGUAUCAAGCACAUACACAUAUAUAGCUAAAGACACCUUGCCUAGCCACACCCCCACGGGACUCAGCAGUGAUAAAAAUUAAGCCAUAAACGAAAGUUUGACUUAGUCAUACCUCAUCAGGGUUGGUAAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAACUAACUAUUCUCCGGCGUAAAAUGUGUUUUUAUUACGAACAUAAUAGAAUUAAAACCCAACUAAUAUGUGAAAAUUCAUUGUUGGACUUAAAAUCAAUAACGAAAGUAAUUCUAAUUAUAUUAAUACACGAUAGCUAAGAUCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACCUAAGUGAUUAAAUAACAAAAUCACUUGCCUGAGAACUACUGGCCACAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUACUUUAUAUCCAUCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGUUAUACCUUACCACCCCUUGCUAAUUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCUUAAAAAAGAACAAGAGUAAGCAAGAGAAUACCCAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCUAUGGGCUGGGAAGUAAUGGGCUACAUUUUCUUCUAAAGAACAGUUACGCUAUCCUCUAUGAAACUUAGAGGACAAAGGAGGAUUUAGUAGUAAAUUAAGAAUAGAGAGCUUAAUUGAAUAGAGCAAUGAAGUACGUACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAAUUAAGCUAACUGUUAACUAUACCUAAUAUUGACUCAUAAACUUAUGAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....(((.....))).....))).)).(((..(.(((..(((......))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))....((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).)))))))))).....(((((.....((((....(((..........((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..))......(.((....)))))))))....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[[.....))..]]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...)))))......(...((((((((.......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..................................................))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...((((((.((...(((..((((((((((.((((((......(((.(((................(((.(.........(((((......)))))...(((..(((((....(((...............)))....)).)))..))).).))).(((....))).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((.....(((((........))))).......)))))))).))))))))))((((.(((......(((((((.......)))))))..((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))..............((....))))))))....................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((.........))))))))))).))))......))).................(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))......))))))))..(((((..((((......((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).......((........(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))......(.((((.((((.......)))).)))).)..................)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).))...))))..)))))....((((((((((....)))))))))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.....(((..((((((((((.((((((..(((((....(((..((((((((.....((((.(((((....)))))..(((...(((((......)))))...)))...)))).....)))))....))).....)))...((....(((....))).....)).)))))....((((((...(((((....))))).))))))..))))))....(((((((......(((((...((....)).....)))))))))))).)))))))))).....)))......(((((....((((.....((((((((((((....(((((......((((....)))).))))).(((..............))))))))))).))))..)))))))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).))))))))((((((((.........)))))))).((............(((..(((((((.......(((((..(((((((((((((.(((.......)))...((((((((..(((((........((((..((((...(((.(((((...((((((((((...((((.((((..((..(((((..........))).))..))..))))..(((.............)))...)))).....))))))))))..))))).)))((((....((((((.......(((...))).(((((((.......)))))))....))))))....)))).....)))).))))........))))))))))))))))))))........)))))).))...))).......)))))))...((((((((...(((........((((((....))))))))).....)))..))))).)))(((((((((....))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.........)))..((((((((((.....(((((..............)))))...............(((.((((((........)).)))).)))...........((...............)).......................(((....)))....................(((.....(((....)))...)))((((............((((((((.......)))))))).............))))......)))))))))).....................................((((((.....(((((...................)))))......................))))))....................((((((........((((.........)))).....))))))........(((((((((.........)))))))))....(......(((....)))........).........((((((((.............................((((.............))))...............................))))))))...............................................................((((((((((((((..(((....))).))))))))))))))..........((((((......(((((((.......)))))))..................................(((((((((.....(((....((....((.......))....))...)))....)))))))))))))))...................((((((....)))))).....................((((((((((....))))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))(((((((((..((((((((....(((.(((................(((.....(((.((((.............)))).)))((((......(((..((........)).))).......))))((...)))))...((....)).....)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))....(((((........(((.....((....)).......)))..)))))..))))))))).....((((......((((...((............((((((......(((((....((......)).....)))))..............((....)).))))))....)).....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))........(((((((((.........)))))))))..............(((....(((........))).....)))..((((....((((.(((...(.((((((((((...(.((........)).)........(((.(((...........((.((((..((((((.(.((.((..(((((....))).......))..))..)...((....))....).).).)))...))))))))....))).)))..)).)))))))).)...((((.....))))...........(((((((.......)))))))...))).)))).....))))(((((((.........)))))))..................))).).....(..((.(...((((((.....(((...........)).).............(((((....)))))))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((((.(.(((((((..............))))))..............(((.(((((((......))).)))).)))((((......(((...............))).......)))).....((....(((....))).....)).............(((.(..((((....))))).)))((((............((((((((.......))))))))(((()))).....))))...)).))))))))))...............((((((.......))))))(.((((((((....(((((.....((........))..))))).....................))))))))..)................((((((...(....((((.........))))....)))))))........(((((((((.........))))))))).(.(((.....(((....))).......)))...)....((((((((...............((((.........((((((...........))))))..........))))................))))))))........................................................(((((..((((((((((((((..(((....))).))))))))))))))..))))...(((((((...((.(((((((.......))))))).............))...................(((((((((((...(((...(((.(..((.......))..).)))..))).)).))))))))))))))))...........)....((((((((....))))))..........)).........((((((((((....))))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.....(((..((((((((((.((((((......(((.(((................(((.........((((.((((...)))).))))(((.((((......(((..(((......))).))).......)))).)))...))).(((....))).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((......((((...(((.....)))..)))))))))))).)))))))))).....)))(((...(((((((.......))))))).((((((((....(((((......((((....)))).))))).(((..............)))))))))))..........)))..(((.[[[[[[))).....((((.........)))).....]]]]]].))))))))((((((((.........))))))))(((((((.....(((....))).......)))).[[[[[..)))(((.(((((........)))))..))).]]]]].................................((((((.((((............................(((....))).....)))).)))))).................(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))........((((.((((.......)))).))))(((...........)))...)))))).......)))))))))))......))))))).....(((....[[[[[[..)))...]]]]]]..........((((((((((....))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.....(((..((((((((((.(((((.(((..............))).......((.(((....((((..(((((......)))))(((.((.((((((....(((...............)))....)).)))).)))))............))))....))).))......((((((...(((((....))))).))))))...)))))....(((((((......(((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).....)))......(((((((.......))))))).((((((((........((((((.((((....)))))))))).....................))))))))...................((((((...((...((((.........))))...)))))))).)))))))).(((((((.........)))))))....((((.....(((....))).......)))).(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))...........(((..(((((..((((...((.((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).................(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))........((((.((((.......)))).)))).((.......))........)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).))...))))..)))))..))).((((((((....))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((((((((((.(((((.(((..............)))......................((...............))...............(((...............)))......................(((....))).................((((((....((((....))))..))))))...)))))....((((((((.........)))))).....................)).)))))))))).....((.........(((((.......)))))....((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))......................))))))....................((((((...((...((((.........))))...)))))))).........((((((((.........)))))))).)).....................................((((((((............................(((((.............)))))..............................))))))))........................................................(((((..((((((((((((((..(((....))).))))))))))))))..)))))..((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((...........(((((((.........))))))).....................................)))))).......)))))))))))........................................................(((((((((....)))))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..........(((..((((((((((.((((((......((...(.........................(((.(((((((......)))).))).))).(((((.((.(((...............)))...)).)))))...........(((....)))......)..))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((......((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).....)))......(((((((.......))))))).((((((((....(((((......(((......))).)))))........((......))...))))))))...................((((((........((((.........)))).....))))))......)).((((((((.........))))))))....(((.....(((....))).......)))..(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))................(((((..((((......((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).................(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((..(((((.....))))).........((((.(..(.......)..).)))).((.......))........)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....))))))......))))..))))).....(((((((((....)))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.(((...(((..((((((((((.((((((......(((.(((................(((...........(((((......)))))...(((..(((((....(((...............)))....)).)))..)))...))).(((....))).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((.....(((((........))))).......)))))))).))))))))))((((.(((......(((((((.......))))))).(((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))..............((....)))))))))...................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((.........))))))))))).))))......))).................(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))......))))))))..(((((..((((......((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).......((........(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))........((((.((((.......)))).))))....................)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).))...))))..)))))....((((((((((....))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.....(((..((((((((((.(((((((..((((((.(((........................(((.(((((((.(...))))).))).))).(((((....(((..(((......))).)))......)))))...........(((....))).....)))))).)))..((((((...(((((....))))).))))))).))))))....((((((((......((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).....)))......(((((((.......)))))))(((((((((....(((((......((((....)))).))))).(((..............))))))))))).)...(((.......))).((((((........((((..aaa....))))AAA..)))))).))))))))((((((((.........))))))))...((((.....(((....))).......)))).(((((..((([[[[(((((........)))))..))).)))))...........(((..(((((..((((......((((((.((((........]]]]....{{{.........(((....))).....)))).))))))}}}..............(((((((.((((((((((((((..(((....))).))))))))))))))(((...)))((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))........(((...(((.......)))<<<))).(((....).))....>>>.)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....))))))......))))..)))))..)))(((((((((....)))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.((...(((..((((((((((.((((((......(((.(((................(((.(.........(((((......)))))...(((..(((((....(((...............)))....)).)))..))).).))).(((....))).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((.....(((((........))))).......)))))))).))))))))))((((.(((......(((((((.......))))))).(((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))..............((....)))))))))...................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((.........))))))))))).))))......))).................(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))......))))))))..(((((..((((.(....((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).......((........(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))......(.((((.((((.......)))).)))).)..................)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).)).).))))..)))))....((((((((((....))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((...(((((..........)))))...(((((((.((..))..)).)))))...((..))..)))).((...)))))).(.....(((((((..)))))))..((((((((((......)).(((((((((..((((..((((((.....(((..))).((((((((((((..((.((((((((((((.(((..((..((((((.(.((.(.(..(.((((((((.............)))).................))))))).)))))))))..((.(((((((.....)))))).))).(((((.((((...........)))).))))).))..))).))))))).))))).)).......((((..))))(...((((.(((((.((((.((((((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))).((..)).)))))))))))))))).)..)))))).).)))))((.((((.((((.((.(.............))))))))))).)).....).).))))(.(...(((((((.(((((..((...............))..)))(((((((((...(..(..((((.(.((.((((..((.(..(((((........)))))..)))..))))))).).))))..)..))))..)))))((((((((((.............))))))))))........)).)))))))....))(((((((((.......)))))))))))))..)))))))).)..((((((((((..))).)))))))..(..((..(.((.((((..)))))).).....))..)((((((((....(....................)...))))((((((....))))))).)))..((..((((...(...)....)))..)..)))))))))).)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((...........(((((((((.((((((......(((.(((................(((..........((((((......)))).))..((..(((((....(((...............)))....)).)))..))....))).((......)).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((..............................)))))))).))))))))).((((.(((............................(((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))...............(....).)))))))...................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((.........))))))))))).))))........)))...............(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))................(((((..((((......((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).......((........(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.......................................................................)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).))...))))..))))).....(((((((((....)))))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.((...(((..((((((((((.((((((......(((.(((................(((...........(((((......)))))...(((..(((((....(((...............)))....)).)))..)))...))).(((....))).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....(((((..(.....(((((........))))).......)..))))).))))))))))((((.(((......(((((((.......))))))).(((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))..............((....)))))))))...................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((.........))))))))))).))))......))).................(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))......))))))))..(((((..((((......((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).......((........(((((((.((..((((((((((..(((....))).))))))))))..)).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))........((((.((((.......)))).))))....................)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).))...))))..)))))....((((((((((....))))))))))..