|
|
|
AAAAGGUUUGGUCCUAGCCUUAUAGUUAGUUAGAGGUAGAGUUACACAUGCAAAUCUCUAUAAACCAGUGUCAAAUCCCUAGGUUUUACUUUAAACCCUAAGGAGAGGGUAUCAAGCACAUACACAUAUAUAGCUAAAGACACCUUGCCUAGCCACACCCCCACGGGACUCAGCAGUGAUAAAAAUUAAGCCAUAAACGAAAGUUUGACUUAGUCAUACCUCAUCAGGGUUGGUAAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAACUAACUAUUCUCCGGCGUAAAAUGUGUUUUUAUUACGAACAUAAUAGAAUUAAAACCCAACUAAUAUGUGAAAAUUCAUUGUUGGACUUAAAAUCAAUAACGAAAGUAAUUCUAAUUAUAUUAAUACACGAUAGCUAAGAUCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACCUAAGUGAUUAAAUAACAAAAUCACUUGCCUGAGAACUACUGGCCACAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUACUUUAUAUCCAUCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGUUAUACCUUACCACCCCUUGCUAAUUCAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCUUAAAAAAGAACAAGAGUAAGCAAGAGAAUACCCAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCUAUGGGCUGGGAAGUAAUGGGCUACAUUUUCUUCUAAAGAACAGUUACGCUAUCCUCUAUGAAACUUAGAGGACAAAGGAGGAUUUAGUAGUAAAUUAAGAAUAGAGAGCUUAAUUGAAUAGAGCAAUGAAGUACGUACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAAUUAAGCUAACUGUUAACUAUACCUAAUAUUGACUCAUAAACUUAUGAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((....(((.....))).....))).)).(((..(.(((..(((......))).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))....((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).)))))))))).....(((((.....((((....(((..........((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..))......(.((....)))))))))....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[[.....))..]]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...)))))......(...((((((((.......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..................................................))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))..
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((((((.((...(((..((((((((((.((((((......(((.(((................(((.(.........(((((......)))))...(((..(((((....(((...............)))....)).)))..))).).))).(((....))).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((.....(((((........))))).......)))))))).))))))))))((((.(((......(((((((.......)))))))..((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))..............((....))))))))....................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((.........))))))))))).))))......))).................(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))......))))))))..(((((..((((......((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).......((........(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))......(.((((.((((.......)))).)))).)..................)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).))...))))..)))))....((((((((((....)))))))))).) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....(((..((((((((((.((((((..(((((....(((..((((((((.....((((.(((((....)))))..(((...(((((......)))))...)))...)))).....)))))....))).....)))...((....(((....))).....)).)))))....((((((...(((((....))))).))))))..))))))....(((((((......(((((...((....)).....)))))))))))).)))))))))).....)))......(((((....((((.....((((((((((((....(((((......((((....)))).))))).(((..............))))))))))).))))..)))))))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).))))))))((((((((.........)))))))).((............(((..(((((((.......(((((..(((((((((((((.(((.......)))...((((((((..(((((........((((..((((...(((.(((((...((((((((((...((((.((((..((..(((((..........))).))..))..))))..(((.............)))...)))).....))))))))))..))))).)))((((....((((((.......(((...))).(((((((.......)))))))....))))))....)))).....)))).))))........))))))))))))))))))))........)))))).))...))).......)))))))...((((((((...(((........((((((....))))))))).....)))..))))).)))(((((((((....))))))))))). |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.........)))..((((((((((.....(((((..............)))))...............(((.((((((........)).)))).)))...........((...............)).......................(((....)))....................(((.....(((....)))...)))((((............((((((((.......)))))))).............))))......)))))))))).....................................((((((.....(((((...................)))))......................))))))....................((((((........((((.........)))).....))))))........(((((((((.........)))))))))....(......(((....)))........).........((((((((.............................((((.............))))...............................))))))))...............................................................((((((((((((((..(((....))).))))))))))))))..........((((((......(((((((.......)))))))..................................(((((((((.....(((....((....((.......))....))...)))....)))))))))))))))...................((((((....)))))).....................((((((((((....)))))))))).. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))(((((((((..((((((((....(((.(((................(((.....(((.((((.............)))).)))((((......(((..((........)).))).......))))((...)))))...((....)).....)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))....(((((........(((.....((....)).......)))..)))))..))))))))).....((((......((((...((............((((((......(((((....((......)).....)))))..............((....)).))))))....)).....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))........(((((((((.........)))))))))..............(((....(((........))).....)))..((((....((((.(((...(.((((((((((...(.((........)).)........(((.(((...........((.((((..((((((.(.((.((..(((((....))).......))..))..)...((....))....).).).)))...))))))))....))).)))..)).)))))))).)...((((.....))))...........(((((((.......)))))))...))).)))).....))))(((((((.........)))))))..................))).).....(..((.(...((((((.....(((...........)).).............(((((....)))))))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).. |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))))((((((((((.(.(((((((..............))))))..............(((.(((((((......))).)))).)))((((......(((...............))).......)))).....((....(((....))).....)).............(((.(..((((....))))).)))((((............((((((((.......))))))))(((()))).....))))...)).))))))))))...............((((((.......))))))(.((((((((....(((((.....((........))..))))).....................))))))))..)................((((((...(....((((.........))))....)))))))........(((((((((.........))))))))).(.(((.....(((....))).......)))...)....((((((((...............((((.........((((((...........))))))..........))))................))))))))........................................................(((((..((((((((((((((..(((....))).))))))))))))))..))))...(((((((...((.(((((((.......))))))).............))...................(((((((((((...(((...(((.(..((.......))..).)))..))).)).))))))))))))))))...........)....((((((((....))))))..........)).........((((((((((....)))))))))).. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....(((..((((((((((.((((((......(((.(((................(((.........((((.((((...)))).))))(((.((((......(((..(((......))).))).......)))).)))...))).(((....))).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((......((((...(((.....)))..)))))))))))).)))))))))).....)))(((...(((((((.......))))))).((((((((....(((((......((((....)))).))))).(((..............)))))))))))..........)))..(((.[[[[[[))).....((((.........)))).....]]]]]].))))))))((((((((.........))))))))(((((((.....(((....))).......)))).[[[[[..)))(((.(((((........)))))..))).]]]]].................................((((((.((((............................(((....))).....)))).)))))).................(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))........((((.((((.......)))).))))(((...........)))...)))))).......)))))))))))......))))))).....(((....[[[[[[..)))...]]]]]]..........((((((((((....)))))))))).. |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....(((..((((((((((.(((((.(((..............))).......((.(((....((((..(((((......)))))(((.((.((((((....(((...............)))....)).)))).)))))............))))....))).))......((((((...(((((....))))).))))))...)))))....(((((((......(((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).....)))......(((((((.......))))))).((((((((........((((((.((((....)))))))))).....................))))))))...................((((((...((...((((.........))))...)))))))).)))))))).(((((((.........)))))))....((((.....(((....))).......)))).(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))...........(((..(((((..((((...((.((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).................(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))........((((.((((.......)))).)))).((.......))........)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).))...))))..)))))..))).((((((((....)))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((((((((.(((((.(((..............)))......................((...............))...............(((...............)))......................(((....))).................((((((....((((....))))..))))))...)))))....((((((((.........)))))).....................)).)))))))))).....((.........(((((.......)))))....((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))......................))))))....................((((((...((...((((.........))))...)))))))).........((((((((.........)))))))).)).....................................((((((((............................(((((.............)))))..............................))))))))........................................................(((((..((((((((((((((..(((....))).))))))))))))))..)))))..((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((...........(((((((.........))))))).....................................)))))).......)))))))))))........................................................(((((((((....)))))))))... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..........(((..((((((((((.((((((......((...(.........................(((.(((((((......)))).))).))).(((((.((.(((...............)))...)).)))))...........(((....)))......)..))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((......((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).....)))......(((((((.......))))))).((((((((....(((((......(((......))).)))))........((......))...))))))))...................((((((........((((.........)))).....))))))......)).((((((((.........))))))))....(((.....(((....))).......)))..(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))................(((((..((((......((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).................(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((..(((((.....))))).........((((.(..(.......)..).)))).((.......))........)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....))))))......))))..))))).....(((((((((....)))))))))... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.(((...(((..((((((((((.((((((......(((.(((................(((...........(((((......)))))...(((..(((((....(((...............)))....)).)))..)))...))).(((....))).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((.....(((((........))))).......)))))))).))))))))))((((.(((......(((((((.......))))))).(((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))..............((....)))))))))...................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((.........))))))))))).))))......))).................(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))......))))))))..(((((..((((......((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).......((........(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))........((((.((((.......)))).))))....................)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).))...))))..)))))....((((((((((....)))))))))).. |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....(((..((((((((((.(((((((..((((((.(((........................(((.(((((((.(...))))).))).))).(((((....(((..(((......))).)))......)))))...........(((....))).....)))))).)))..((((((...(((((....))))).))))))).))))))....((((((((......((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).....)))......(((((((.......)))))))(((((((((....(((((......((((....)))).))))).(((..............))))))))))).)...(((.......))).((((((........((((..aaa....))))AAA..)))))).))))))))((((((((.........))))))))...((((.....(((....))).......)))).(((((..((([[[[(((((........)))))..))).)))))...........(((..(((((..((((......((((((.((((........]]]]....{{{.........(((....))).....)))).))))))}}}..............(((((((.((((((((((((((..(((....))).))))))))))))))(((...)))((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))........(((...(((.......)))<<<))).(((....).))....>>>.)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....))))))......))))..)))))..)))(((((((((....)))))))))... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.((...(((..((((((((((.((((((......(((.(((................(((.(.........(((((......)))))...(((..(((((....(((...............)))....)).)))..))).).))).(((....))).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((.....(((((........))))).......)))))))).))))))))))((((.(((......(((((((.......))))))).(((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))..............((....)))))))))...................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((.........))))))))))).))))......))).................(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))......))))))))..(((((..((((.(....((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).......((........(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))......(.((((.((((.......)))).)))).)..................)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).)).).))))..)))))....((((((((((....)))))))))).. |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((...(((((..........)))))...(((((((.((..))..)).)))))...((..))..)))).((...)))))).(.....(((((((..)))))))..((((((((((......)).(((((((((..((((..((((((.....(((..))).((((((((((((..((.((((((((((((.(((..((..((((((.(.((.(.(..(.((((((((.............)))).................))))))).)))))))))..((.(((((((.....)))))).))).(((((.((((...........)))).))))).))..))).))))))).))))).)).......((((..))))(...((((.(((((.((((.((((((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))).((..)).)))))))))))))))).)..)))))).).)))))((.((((.((((.((.(.............))))))))))).)).....).).))))(.(...(((((((.(((((..((...............))..)))(((((((((...(..(..((((.(.((.((((..((.(..(((((........)))))..)))..))))))).).))))..)..))))..)))))((((((((((.............))))))))))........)).)))))))....))(((((((((.......)))))))))))))..)))))))).)..((((((((((..))).)))))))..(..((..(.((.((((..)))))).).....))..)((((((((....(....................)...))))((((((....))))))).)))..((..((((...(...)....)))..)..)))))))))).) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((...........(((((((((.((((((......(((.(((................(((..........((((((......)))).))..((..(((((....(((...............)))....)).)))..))....))).((......)).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....((((((((..............................)))))))).))))))))).((((.(((............................(((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))...............(....).)))))))...................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((.........))))))))))).))))........)))...............(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))................(((((..((((......((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).......((........(((((((.((((((((((((((..(((....))).)))))))))))))).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.......................................................................)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).))...))))..))))).....(((((((((....)))))))))... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.((...(((..((((((((((.((((((......(((.(((................(((...........(((((......)))))...(((..(((((....(((...............)))....)).)))..)))...))).(((....))).....))))))......((((((...(((((....))))).))))))..))))))....(((((..(.....(((((........))))).......)..))))).))))))))))((((.(((......(((((((.......))))))).(((((((.....(((((.(((..((....))..))))))))..............((....)))))))))...................((((((........((((.........)))).....)))))).........((((((((.........))))))))))).))))......))).................(((((..(((....(((((........)))))..))).)))))......))))))))..(((((..((((......((((((.((((............((........))....(((....))).....)))).)))))).......((........(((((((.((..((((((((((..(((....))).))))))))))..)).........((((((((.(((.(((((((.......)))))))...((((((.((((((.....))))))........((((.((((.......)))).))))....................)))))).......)))))))))))......))))))).....((((((....)))))).))...))))..)))))....((((((((((....)))))))))).. |