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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00443



RNA: CRW_00443
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ..(((((...<<<.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((......(((.....)))....))).)).(((..(.(((..((....)).))).....))))..((....))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))...((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))....(((((.....((((.....(((..........((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..)).......(.((....)))))))))......)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[[.......))..]]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((.....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((....))))).....(...((((((((......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((................................................))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..((.((((((.(((((............(((((((.((((.(((.(((.....(((.......(((((........((((........))))...((((((..(((((...((((...........))))...)).)))..))))))..)))))......)))....))))))...............(((((....)))))....)))).)))))))...((((((((.......)))))))).....)))))...)))))).))..........(((..((((.....(((((....(((((((.......(((((((.........((((...((((....))))...))))..............((....)))))))))...)))))))..)))))...((((((........((((.........)))).....))))))...................................))))..)))....((.(..((..((((..........(((..(((((((((((((.....((((..(((((..(((.(((.....))))))...)))))......((((.((((.(((.((((.....(((((((((.((((..((..(((((....))).......))..))..))))....(((........))).)))...)))))).....)))).))).)))).))))(((((...(((((....)))))...........((((((......))))))...............)))))..........))))..(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...((((((.....(((((((...........))))))).(((((....)))))...)))))).))))..))..).)).((((((((((....))))))))))......)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((..((((...(((((((...(((((((...((((((.(((.....(((.......(((((......(((((((.............)))))))..((((((((((((...........))))..)).....))))))....)))))......)))....)))))).))).((((((((...........)))))).)).....)))))))..(((((((......(((((...((....)).....))))))))))))....)))))))....((((((.....((((...(((..((((((...((((((((...((...((((...((((....))))...))))...((.......))..))...))))))))...)))))).)))...)))).(((...((((...))))..))).........))))))..))))...)))(((((......)))))...)))))..((((((......((((.......(((((..........(((..(((((((((((((.(((.(((..((.((..((((((((((..(((...(((...(((..((((...((....(((((((..(((((.((.......((((..((....(((....)))(((....))).))..))))...............)))))))...))).))))....))..)))).)))...)))....)))...)))))...)))))...))....((((((......)))))).))..)))))).(((((....(((((((.........)))))))..)))))...)))))))........)))))).)))...((((((.((((((.(((.........)))))))))..(((((....)))))...)))))).)))))........))))((((((((....)))))))))))..))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.........))).............(((((................))))).......................(((.............)))((((.((((.....((((...........))))......)))).)))).......(((....)))...........................((((....))))..(((((........)))))((((((((.......))))))))............................................................((((((...((((((((.......................................................))))))))...))))))...........((((((........((((.........)))).....))))))...................................................((....)).................((((((((..................((((.......................))))................................)))))))).................................................................((((((((((.((.............)).))))))))))((((....))))....(((((...((((((......)))))).............)))))..................(((((.......))))).......................(.....((((((.................................(((....))).....))))))......).........((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.......))))))(((((((.(.((((((((((...(((.(((................((((....(((((((((.............))))))).)).........)))).........(((.(((.((...)).))))))......((....)).....)))))).).....(..((...(((((....))))).)).).)).)))))))..(((((........(((.....((....)).......)))..)))))..).)))))))....(((((.....((............................((((((..((((((((.((((((.........................((....))...(((((.....(((((.........((((((...((...((((.........))))...)))))))).........................................((........((((...(((........)))....))))....))))))).....)))))(.((((((((((......(........)...........((((.((...........((.((((..((((((.(.((.((..(((((....))).......))..))....)..(...).......).).).)))...))))))))....)).))))..)).)))))))).))))))).)))).................((((((......))))))..))))..)))))).......(((((((.........)))))))..........)).....)))).).....(..((.(...(((((.....(((((...............................)))))....)))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.......)))))).(((....)))(((((................))))).......................(((..((.......)))))((((.(((((..((((((...........))))..))).)))).)))).((....(((....))).....))...................(((((....))))).(((((........)))))((((((((.......))))))))(((())))......................................(((((.........((((((...((((((((.......................................................))))))))...))))))...)))))...((((((...(....((((.........))))....)))))))..................................................(((....)))................((((((((.................(((((.......................)))))...............................))))))))..........(((.......)))..........................................((((((((((.((.............)).))))))))))((((....))))..(((((((...((((((......))))))....(.......))))))))................((((((.....))))))......................((.(...((((((.(((((..................)))))..(((((....)))))...))))))....).))........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.......))))))...........(((((....[[[[[[......))))).........]]]]]]..............(((((.......(((((.((((.....((((...........))))......)))).)))))......(((....))).......))))).........(((..(((((....))))).[[[[))).......]]]]((((((......[[[[[))))))..]]]]]...(((((((....................((((.....(((((....(((((((.......((((((((...((((((......((((....)))).))).)))....................))))))))...)))))))..)))))...((((((.((((...))))..(((........)))..))))))........(((((......)))))...........)))).(((.......(((....))).....)))....(((..(((((((((((((.(((.......)))....(((.(((.....))))))....(((((.....((((.((((.....((((.....(((((((((.((((........(((....)))(((....))).....))))....(((........))).)))...)))))).....)))).....)))).))))(((((...(((((....)))))...........((((((......))))))..((((.....)))))))))..........))))).(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...(((((((((((((.(((.........)))))))))).(((((....)))))...))))))...)))))))......((((((((((....)))))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((..............(((((................)))))....(((((..(((((............))))).......((((((.((((((...((((...........))))...)).)))).)))))).....(((....)))..(((....)))..............(((((....))))).(((((........)))))((((((((.......))))))))....))))).((((.((.((((...............)).)).)).))))....((((..........))))....................((((....)))).))))))))).))))).....((....)).(((((.(((.............)))..((((..((((...)))).)))).((((....((((((((..........(((((......))))).((((....))))...(((.......(((....))).....)))....(((..(((((((((((((.(((.......)))..(((((((.((((...........((((((((((.((((.((((.(((.((((.....(((((((((.((((..((..(((((....))).......))..))..))))....(((........))).)))...)))))).....)))).))).)))).))))........(((((....)))))...........((((((......))))))......))))...))).)))..)))))))))))...(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...((((((.....(((((((...........))))))).(((((....)))))...)))))).)))).))))....))))((((((((....)))))))).)))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.......)))))......................................(((((((.(((((......(((((((.............)))))))..(((.....((((...........))))....<<)))((...........(((....)))...........................((((....)))).....((...{{{{{))((((((((((.........)))))..............................................................((((((...((((((((.......................................................))))))))...))))))...........((((((...((...((((.........))))...)))))))).......................................................................(((..((((((((..................((((..((..............))...))))................((.......)).....))))))))..)))......)))))...}}}}}.......................................))(((>>(((((...................)))))..)))........................((((((......))))))......................((((((.........)))))).......................................[[[[[[...((....................)).......))))).))))))).]]]]]]................((((((((((....)))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.(((((((((..............(((((................)))))....(((((...............(...............)(((((.((((((...((((...........))))...)).)))).)))))......(((....)))...((....))...............(((((....))))).(((((........)))))((((((((.......))))))))....))))).((((......((...............)).......))))..........................................((((....)))).)))))))))..))))...................................((((.((((((..((.....))(.........)........))))))........(((((......))))).((........))...(.(.......(((....))).....).)....(((..(((((((((((((.(((.......)))..(((((((...........................((((.((((.(((.((((.....(((((((((.((((..((..(((((....))).......))..))..))))....(((........))).)))...)))))).....)))).))).)))).))))........(((((....)))))...........((((((......))))))..........................)))))))...(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...((((((......(((((.............)))))..(((((....)))))...))))))....))))........((((((((((....)))))))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((..)))).............(((((................)))))...)))))...........(((((((.............)))))))........(((((((((((.................((((((((............(((((........(((...................((((((((((.(((((........)))))((((((((.......))))))))...[[[[[.............)))))).......))))(((((...(((((....(((((((.......((((((((..........................((((((..............))))))...))))))))...)))))))..)))))...((((((.((((...))))..................))))))..............................((((((........((((((((.............(((....(((((((((.(((((((.............((((.......................))))(((((.........(((((..............]]]]].......))))).........))))).))))))).......................)))))))))(((((((((((...................))))))))))).......................((((((......))))))......)))...)))))))).......))))))...(((((((...))))))).......))))).)))....)))))....((((((.....(((((((...........))))))).(((((....)))))...))))))............))))))))..........)))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((...(((((............(((((((.((((.(((.(((.....(((.......(((((........((((........))))...((((((..(((((...((((...........))))...)).)))..))))))..)))))......)))....))))))...............(((((....)))))....)))).)))))))...((((((((.......)))))))).....)))))[[[[[[[...))))))).....(((..(((......(((((....(((((((.......(((((((.........((((...((((....))))...))))..............((....)))))))))...)))))))..)))))...((((((........((((.........)))).....))))))....................................)))..)))......(((....)))............(((..(((((((((((((.....((((..(((((..(((.(((.....))))))...))))).((((.((((.((((.(((.((((.....(((((((((.((((..((..(((((....))).......))..))..))))....(((........))).)))...)))))).....)))).))).)))).))))........(((((....)))))...........((((((......))))))......))))....................))))..(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...((((((.....(((((((...........))))))).(((((....)))))...))))))...]]]]]]]......((((((((((....)))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((....(((....)))(((((................))))){{{{(((((<<<<..<<<..........(((.....)))..(((((.((((((...((((...........))))...)).)))).)))))......(((....)))..(((....)))..............(((((....))))).(((((........)))))((((((((.......))))))))....)))))..((((((([[[[....)))).......]].]]....)))............{{{{{...{{{{{{{{...............((((....)))).))))))))).)))))............}}}}}}}}...}}}}}.......((((.((((((.(((.....)))>>>..>>>>.....}}}}))))))........(((((......))))).((((....))))...(((.......(((....))).....)))....(((..(((((((((((((.(((.......)))..(((((((.((((.................((((.((((.((((.(((.((((.....(((((((((.((((........(((....)))...............))))....(((........))).)))...)))))).....)))).))).)))).))))........(((((....)))))...........((((((......)))))).aaaaa)))).AAAAA......)))))))))))...(((((((...))))))).))))))))........))))).)))...((((((.....(((((((...........)))))))((((((....))))).).))))))....))))........((((((((((....)))))))))).......
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((.((((((.(((((............(((((((.((((.(((.(((.....(((.......(((((........((((........))))...((((((..(((((...((((...........))))...)).)))..))))))..)))))......)))....))))))...............(((((....)))))....)))).)))))))...((((((((.......)))))))).....)))))...)))))).))..........(((..((((.....(((((....(((((((.......(((((((.........((((...((((....))))...))))..............((....)))))))))...)))))))..)))))...((((((........((((.........)))).....))))))...................................))))..)))....((.(..(..(((((..........(((..(((((((((((((.....((((..(((((..(((.(((.....))))))...))))).((((.((((.((((.(((.((((.....(((((((((.((((..((..(((((....))).......))..))..))))....(((........))).)))...)))))).....)))).))).)))).))))........(((((....)))))...........((((((......))))))......))))....................))))..(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...((((((.....(((((((...........))))))).(((((....)))))...)))))).)))))..)..).)).((((((((((....)))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...).))))(((((.(((....)))))))).((.(..((..))...(((((....((.(..(...)).))((((((((.((((..)))))))))))).)))))...(((((((((((........)))(((.(((((.((((((.((.(.(((..))).(((......)).))))))))))))).(((((..)))))..((((((......))))))((.((((.............))))))..((((.....(((((.((..)..).)))))..(((.((.(...(((((((((((((((((..)))((((((((((.((((.((((...((......))....)))).(((..))).....)).)).))))))))))....)))))))))).((..))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))).(.((((.(..........).)))))(((......))).(...)((.((((.((((.....................)))))))).))......(((.(((((((((..))))..................))))).((((((..(.((((((((....((((.(.((....(...........)...)).).))))(.(((((((.(.(((......)))).))))))))))))..)))).((((((((.(............).))).)))))((((((......)))))).(((((...((((((((..)))))))).((((((...)))))))))))((((((((((..))).))))))).)))))))..)))((..))))))....)))))).))))(((((((((((((.(((........))).)))))))..................))))))).).)))..((((((((((..))))))).))))))))))).).))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((.(((((............(((((((.(((..(((.(((.....(((.......(((((............................(((((..(((((...((((...........))))...)).)))..)))))...)))))......)))....))))))...............(((((....))))).....))).)))))))...((((((((.......)))))))).....)))))...)).................(((..(((......(((((....(((((((.......(((((((................(((......)))......................(....).)))))))...)))))))..)))))...((((((..............................))))))....................................)))..)))..............((((..........(((..(((((((((((((..................................................((((.((((.(((.((((.....(((((((((.((((..((....(((....)))...........))..))))....(((........))).)))...)))))).....)))).))).)))).)))).................................((((((......))))))....................................(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...((((((...............................(((((....)))))...)))))).))))............(((((((((....)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((.(((((............(((((((.((((.(((.(((.....(((.......(((((........((((........))))...((((((..(((((...((((...........))))...)).)))..))))))..)))))......)))....))))))...............(((((....)))))....)))).)))))))...((((((((.......)))))))).....)))))...)).....))))))).....(((..((((.....(((((....(((((((.......(((((((.........((((...((((....))))...))))..............((....)))))))))...)))))))..)))))...((((((........((((.........)))).....))))))...................................))))..)))..........(..(((((..........(((..(((((((((((((.(((.......)))..(((((((.((((...........((((((((((.((((.((((.(((.((((.....(((((((((.((((..((..(((((....))).......))..))..))))....(((........))).)))...)))))).....)))).))).)))).))))........(((((....)))))...........((((((......))))))......))))...))).)))..)))))))))))...(((((((...))))))).)))))))........)))))).)))...((((((.....(((((((...........))))))).(((((....)))))...)))))).)))))..).......((((((((((....)))))))))).......