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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00444



RNA: CRW_00444
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......((((((((..(((((......(((.((......(((....(((.(((....)))))).)))......))))).......)))))..))))..)))).(((((((((((...(((((((((......((((((....(((...(((....))).....((.((((((.......((...(((((....))))).))......)))).)).....(((((((.......)))))))....)))))..(((((((.(((..........)))....((((.....((((((..(((.....((((((((((((.....(((.(((....))).)))....))).)))))))))((((((.(((....)))..))))))...)))...))))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))...........((((((..........)))))).)))).(((...((..(((....)))))...)))....(((..((((((((((((...((((......(((((((((((...((((........)))).....((.(((((((..(((((.....(((.......((........))...((((...)))).)))....)))))...(((...((((((.................))))))..))))))))))))...(((..(((((....(((.(((..((......)).....((((((((.......))))))))...))))))....)))))..))).)))))))...))))........))))...))))))........)))))).)))...((((((..((............((((..........))))........))..))))))...))))))).)))))).))).))))))..))))))))))).)))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).........................................((....)).....((((((((..(((........))).....))))..)))).............................................(((....)))...........................((((....))))......................(((((((.......)))))))...................(((..........))).............((((((...(.((((.((((((((((((..............((........)).))).))))))))).)))).)(((....))).................))))))...((((((...(....((((.........))))....))))))).................................................(((....))).............(((.((((((((((((...((((.....................(((........))).........(((((((.....................................(((.....)))........................................................))))))).......((.....)).................(((.......((((((((.......))))))))....))).............((((((.........)))))).....))))...)))))))........))))).......((((((..((......................................))..))))))...)))..........((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))(((((((((..((((((..(...(((.(((................(((.....(((((....(((........)))....))).))((((....(((..((((...)))).)))......))))........)))...((....)).....)))))).).....(..((...(((((....))))).)).)....))))))....(.(((........(((.....((....)).......)))..))).)..))))))))).....(((......((((((..(((...........((((((..............(((......))).....................(((....))))))))).....)))...))))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))...........((((((..........))))))..))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((((((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(((..((..(((((....))).......))..))..........(.......)))).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((.....))))..((((.......(((((((.......)))))))....))))..))))).....(((((((.........)))))))....))))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).................................(((...(((....))))))(((((((((.((((........))))....))))..)))))..(((..(((.....))).))).......((.............(((....)))...........................((((....))))((.........(....).....(((((((.......)))))))..((()))))....(....(((..........)))......)......((((((..(((((((.((((((((((((.............((((......))))))).))))))))).))))(.(((....)))..)........)))...))))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).................................................(((....)))............(((((((((((((((((...(((((())........(((((...((((........))))))).....((((((((((..............(((((...............(((.....)))............................................)))))...))).)))))))..(((((((.....)))).)))........)).((((......((((((((.......))))))))...))))............(((((((.........)))))))....))))...)))))))........))))).......((((((..((......................................))..))))))..))))).......))((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((...(((.....))).(((((........))))).....(((..((((...........)))).)))...))))))))...(((((........((((((((....(((..((((...)))).)))......))).))))).......(((....)))...)))))(((((((.......(((.(((((....))))).....(((.............(((((((.......)))))))......(((..........)))..........)))....)))......((((((..(((.....(((((((((.(((((...)))))..((((......))))....)))))))))((((((.(((....)))..))))))...)))...))))))...((((((.((((...))))..(((........)))..))))))...............)))))))..........(((....(((.......(((....))).....)))...)))...(((((((.....))))......[[[[.)))...((((...(((........)))))))]]]].(((((((..(((((.....(((......................((((...)))).)))....))))).......(((...))).......(((((.........))))).)))))))(((((..[[[......)))))...]]]........(((.....((((((((.......)))))))).......((((((....)))))).......))).((((...[[[...[[[[....))))...........]]]].]]]..((((((..............................................)))))).................(((((((((....)))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((......))).((((((((.(((((((.....(((.........(((..((((.((......)))))).)))........)))......))))))).))))..)))).(((((((((((...(((((((((......((((((..........(((....))).....((.(((..................((....)).((((........)))).......(((((((.......)))))))))).)).....(((((((.(((..........)))....((((.....((((((..(((.(((.(((((((((.(((((...)))))..((((......))))....))))))))).)))...(((....)))...........)))...))))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))...........((((((..........)))))).)))).(((.......(((....))).....)))....(((..((((((((((((...((((...((.(((((((((((...((((........))))....((..(((((((..(((((.....(((.......((........))...((((...)))).)))....))))).......................(((((.........))))).)))))))..)).((((.....))))((((.....))))......(((...((((((((.......))))))))....))).(((((....)))))..)))))))...))))..))....))))...))))))........)))))).)))...((((((..((......................................))..))))))...))))))).)))))).))).))))))..)))))))))))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................(((...........)))...(((.(((.((((........))))....)))...)))..((((((((((.....((((((..........(((..........(((....)))...........................((((....))))......................(((((((.......)))))))................................................[[[[[[..[[.........[[.................)))((((......))))........]]....((((..(((....)))...)))).....]]...]]]]]]...((((((...((...((((.........))))...))))))))............................................................................((((((((((((...((((.......(((((((......((((........))))........(((((((.....................................(((.....)))........................................................)))))))......)))))))..............................((((((((.......))))))))...................(((((((.........)))))))....))))...))))))))........)))).......((((((..((......................................))..))))))...................)).))))....)))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((......))).((((((((.(((((((.....(((.........(((..((((.((......)))))).)))........)))......))))))).))))..)))).(((((((((((...(((((((((......((((((..........(((....))).........(.................((((....))))(((........)))........(((((((.......))))))).).........(((((((.(((..........)))....(((......((((((..((.((((.(((((((((.((((.....))))..((((......))))....))))))))).)))).))....((((((.....)))))).....))))))...((((((........((((.........)))).....))))))...........((((((..........))))))..))).(((.......(((....))).....)))....(((..((((((((((((...((((......(((((((((((...((((........))))....((..(((((((..(((((.....(((.......((........))...((((...)))).)))....))))).......................(((((.........))))).)))))))..)).((((.....)))).(((.....))).......(((...((((((((.......))))))))....))).(((((....)))))..)))))))...))))........))))...)))))))........))))).)))...((((((..((......................................))..))))))...))))))).)))))).))).))))))..)))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.[[[[[[)))))).........................((...(((((((((((((...(((((...((((......(((((.(((((((((...(((((((((...((((((......((((((((((.........((((........(((....)))....))))(((((((.......(((.(((((....))))).....(((.((((........(((((((.......)))))))...((.(((..........)))))....)))))))....)))......((((((..(((((((.(((((((((.((((.....))))..((((......))))....))))))))).))))..(((....)))...........)))...))))))...((((((........((((.........)))).....))))))...............))))))).................)))..))))))).....(((.....((...)).....))).))))))......(((....))).))))))))).))))))))).......))))).((..(((((((..(((((.....(((.......((........))...(((.....))).)))....))))).......................(((((.........))))).)))))))..))....))))......((((.....))))....)))))...((((((((.......))))))))...))))..((((((.....))))))..)))))).)))...))...]]]]]]..................((((......((((((..((............((((..........))))........))..)))))).................(((((((((....)))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((......))).((((((((.(((((((.....(((.........(((..((((.((......)))))).)))........)))......))))))).))))..)))).(((((((((((...(((((((((......((((((..........(((....)))........(((................((((....))))(((........)))........(((((((.......))))))))))........(((((((.(((..........)))....((((.....((((((.....((((.(((((((((((((((...)))))..((((......))))..).))))))))).)))).....(.((((((.....)))))))....))))))...((((((........((((..{{{....))))}}}..))))))...........((((((..........)))))).)))).(((.......(((....))).....)))....(((..((((((((((((...((((.(.((.(((((((((((...((((........))))....(((.(((((((..(((((.....(((......................((((...)))).)))....))))).......................(((((.........))))).)))))))).)).((((..[[[))))((((.....)))).....((((...((((((((.......))))))))....))))(((((.]]])))))..)))))))...))))..)))...))))...)))))))........))))).)))...((((((................((((..........))))............))))))...))))))).)))))).))).))))))..)))))))))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((..........(((((........)))))..((...(((((((((((((...(((((...((((......(((((.(((((((((...(((((((((...((((((.(((......))).......((((..(..(.......(((....)))....(((.(((((((.......(((.(((((....))))).....(((.((((......(.(((((((.......))))))))..((.((..(......)..))))....)))))))....)))......((((((..(((((((.(((((((((.((((.....))))..((((......))))....))))))))).))))..(((....)))...........)))...))))))...((((((........((((.........)))).....))))))...............)))))))............(((.((.......)).)))...)))...........)..)..))))))))))......(((....))).))))))))).))))))))).......))))).((..(((((((..(((((.....(((.......((........))...(((.....))).)))....))))).......................(((((.........))))).)))))))..))....))))......((((.....))))....)))))...(((((((((....).))))))))...))))..((((((.....))))))..)))))).)))...))..))))))))...)))...........((((......((((((..((............((((..........))))........))..)))))).................(((((((((....)))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....)))(.(((.(.((..(((........)))(((........)))((...(((...........)))..)).(((.(.((((........)))).).))))))))).(((((((((((((((...(((((((.((..((((((.((((((((..((((..)))..).....)))(((.(((((((..(..(((((..)))))).((((..(.(.......).).((((((((..))...))))))(.............).)))).((((((........)))))).(((........)))...))))))).))).(((...)))).))))))))))..)).).))))))..))).......(((((.((((..))))..)))))...((((((((...((..))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).))))))).(((......).((((((.(......).))))))..((..)).))(((.......)))(((((.((....(..(((((.(.((((((((((((((((.(.(((((.(((((((..(((..)))((.(.((..))).))(((((((((((((.(((..)).....((((..((.((((..((..........))..))))).)))))(((((.(((..)))..................).)))))).))).)))))))))(((((..........))))).....)))))).)))).)).)((((((....))))))((.(((((((......))))))).))((((((((((..))).))))))).)..)))))))))))))))((...........))....((((((((((..(.(.(.((..((((.(......).))))...)))))))))))))))))))))..)...)).))))).).))))))))))))))))))).)...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((....((((..(((....................((...((((...........))))..))....................)))..))))........................(((((((((.((((((((..........(((....)))........(((((((.......(((.(((((....))))).....(((.((((......(.(((((((.......))))))))..((.((..(......)..))))....)))))))....)))......((((((..(((.....(((((((((.(((((...)))))..((((......))))....))))))))).......(((....)))...........)))...))))))...((((((........(((...........))).....))))))...............))))))).............((.............))....((((..........(((..((((((((............(((((((.......(((....(((........))).)))........)))))))...............))))))))..)))......((((...)))).........))))............................))))))))..((((.....)))).....)))))))))............................((((((((.......)))))))).............................................)))))))).................((((......((((((..((.............((............)).........))..))))))..................((((((((....)))))))).))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((.((..((((.(((((((.....(((.........(((..((((.((......)))))).)))........)))......))))))).))))))))).)))))))..............(((((....((((((....((.((......(((((....(((.(((((((.......(((.(((((....))))).....(((.((((........(((((((.......)))))))...((.(((..........)))))....)))))))....)))......((((((..(((((((.(((((((((.(((((...)))))..((((......))))....))))))))).))))..(((....)))...........)))...))))))...((((((........((((.........)))).....))))))...............)))))))............(((.((.......)).)))...)))...........((...(((((.(((((((...((((.(((..(((((((((((...((((........))))....((..(((((((..(((((.....(((.......((........))...(((.....))).)))....))))).......................(((((.........))))).)))))))..)).(((..(((((....((((.((..((......)).....((((((((.......))))))))...))))))....)))))..))).)))))))...))))..)))...))))...)))))))))).))..)).)))))....((((((..((............((((..........))))........))..))))))....)).))..)))))).((((((((....)))))))))))))....