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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00445



RNA: CRW_00445
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (............(((((((((((..((((((......)))))).........(((...((.....((((....)))).....))...))).....)))))).)))))..(((((((((((..........(((((.((((((.((..(((((((...(((....))).(((.((.((((((..(((((((...(((((....))))).))))))).)))))).....((((((((.......))))))))...)).))).............................))))))).))))))))..((((............((((((((............(((......))).....(((((((........)))))))...))))))))...........))))..)))))..(((((......))))).......(((.((((((((.((((....................................((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((.....(((((..(.((((((((.......((........))......((..(((((((..((....)).((...((((((.....(((.(((....(((.....))).......((...(((.....)))..))........))))))....))))))))....)))))))..)).)))))))).)....((((..((.((((.........((((((((....)))))))).........)))).))..).)))......))))).((((((.....))))))..))))))........)))))).......((((((..((((........((.(((.....))).))........))))..))))))..))))).....)))))))))))).)))..)))))))))))....)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((((..((((((......)))))).....((..(((...((.....((((....)))).....))...)))..)).)))))).)))))..(((((((((((.(((((....(((((.((((((.....(((((((...(((....))).(((...(((((((...((((((...(((((....))))).))))))..)))))))....((((((((.......))))))))......)))....(((((....)))))...........)))))))...))))))..((((............((((((((........((..(((......)))...))(((((((........)))))))...))))))))...........))))..)))))...((((......)))))))))...(((.(((((((.(((((..((((.(((((((..........))))))).....((((..((..(((....)))))..))))....(((..((((((((((((....(((.((((((((((((((((......((................)).(((((((..((((.((..((.........))..((((................))))..))))))((((...(((.((((.................)))))))...))))..)))))))..)).))))))))....))))))..................((((((((....))))))))...)))..(((((((((((................)))..))))))))......))))))........)))))).)))...((((((..((((........((.............))........))))..))))))...))..))...)))))))))))).)))..))))))))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((.(((((...((((((.......))))))...................(((....)))........(((((.(.(.......).).))))).))))).)))))))..(((.......)))......((((((.((..(((((((.(.(((....))).).((..(((((((..(((((((.(..((((....))))).))))))).)))))))..))((((((((.......)))))))).(....)...............................))))))))).))))))...............................(((((..(((......)))...)))))((((........)))).................................((((((........((((.........)))).....))))))...........((((((..........))))))......((((......(((....)))....)))).....((..((((((((((((....(((....)))((((((((.............................(((((((.(((((............................................................................................)))))...))))))).....))))))))......((.......))...........((((((((....)))))))).......................((((.........))))..............)))))))........))))).))....((((((..((((.................................))))..))))))................((((((((((....))))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((.....(((((((...............))))).)).(((....(((..(((.......))).)))......)))..........)))...((....)).....)))))).).............(.(((....)))).......)).))))))....(((((........(((.....((....)).......)))..))))).)))))))))).....(((.......((((........................................(((......))).......(((((........)))))........................))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........))))))).))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((......(........)...........(((((((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((.....))).......))..))......((......))....).).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).)...((((.....)))).....(....((((((((....))))))))....).....))))).....((.((((.........)))).))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..((((........((.............))........))))..))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((.(((((..((((((((.....))))))))............(....((((....))))....)..(((((.(.((.....)).).))))).))))).))))))).......(((((((..(((..((((((.((..(((((((.(.(((....))).).((..(((((((..(((((((.(..((((....))))).))))))).)))))))..))((((((((.......))))))))(((())))......((((....))))............))))))))).)))))).)))................((((.......(((((..(((......)))...)))))((((........))))........))))......................(((((........((((.........)))).....))))))))))))....(((((((..........))))))).....((((....(.(((....))).)..))))....(((..((((((((((((...(((((()))))((((((((..........................((.(((((((.(((((...(.(((((......................................................................)))......))))))))...)))))))...)))))))))).....((((.....)))).....(....((((((((....))))))))....)....(((((((.......((((.........)))))))))))...)...)))))))........))))).)))...((((((..((((.................................))))..))))))................((((((((((....))))))))))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((.(((((..((((((((.....))))))))............(((......(((.((((....))))...)))....)))............))))).))))))).((((((((((((((((((((((((((.....(((((((...(((....))).(((...(((((((..(((((((...(((((....))))).))))))).)))))))....((((((((.......))))))))......)))....(((((....)))))...........)))))))...))))).....((((((((......((((((((............(((......))).....(((((((........)))))))...))))))))......((((.....(((.......))).....)))).))))))))...)))).)))..))))))))(((.(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))..)))..))))))((((((((....((((((((((((((((((.(((.....))).................(((((((.(((((............((((.....(((.(((....(((.....)))............(((.....)))............))))))....)))))))))...))))))).....)))))))....))))))...................((((((((....))))))))....)))))....................(((...[[[[[[)))..]]]]]]..))))))))...................((((((..((((...........(((.....)))...........))))..)))))).................(((((((((....))))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((..((((((((.....)))))))).(((........)))..((((....))))..............(((((........))))).))))).)))))))..(((.......))).(((..((((((.((..(((((((...(((....))).(((.((.((((((..(((((((...(((((....))))).))))))).)))))).....((((((((.......))))))))...)).)))....(((((....)))))...........))))))).)))))))).))).......................((..(((((.((((......)).)).)))))..)).........))))).................(((.....(((((.((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((.....(((((.((((.....)))).....((........)).((((((((........(((..((((.(((((((......((((((.........(((.....)))........(((((...(((.(((((((........)))...)))))))...))))).))).)))......))))))).))))..)))..................((((((((....)))))))).....)))).))))...............))))).((((((.....))))))..))))))........)))))).)))...((((((..((((........((.(((.....))).))........))))..))))))....))))).....))).((((((((....))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((.(((((.....................................................................................))))).)))(((((((((....((..((......((((((.....(((((((...(((....))).......(((((((..(((((((...(((((....))))).))))))).)))))))....((((((((.......))))))))......................................)))))))...))))))................................((((..(((......)))...))))(((((........)))))............................................................<<<.<<<<<<<<))[[))......(((((((..........))))))).....((((.....(({{..))}}.....)))).........((((((((((((..............((((((((.............................(((((((.(((((......((........................((.......)).......................................))........)))))...))))))).....))))))))............................((((((((....)))))))).......................((((.........))))..............))))))))........))))((.....((((((..((((........((.............))........))))..))))))......)).....]].>>>>>>>>.>>>..))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((..((((((((.....)))))))).(((........)))..((((....))))..............(((((........))))).)))))...((((((((((.(((((((...(((..((((((.((..(((((((...(((....))).(((.((.((((((..(((((((...(((((....))))).))))))).)))))).....((((((((.......))))))))...)).)))....(((((....)))))...........))))))).)))))))).)))...))))))).....((((((........(((.((((......))).).)))((((((........)))))).....))))))..........................((((......))))........(((.(((((((.(((((........((((((..........))))))......((((......(((....)))....))))....(((..((((((((((((.....((((.....((((((((.......((........))......((..(((((((.(((....).............((........))....(((.....)))............(...(((.(((((((........)))...)))))))...)))...)))))))..)).))))))))......(((.....)))...........((((((((....))))))))....))))...........................((((((.....))))))..)))))))........))))).)))...((((((..((((........((.(((.....))).))........))))..))))))............)))))))))))).)))..))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((...((((((((.....))))))))............(((((.((.....((((....))))......(((((........))))).)).)))))[[[[[[[[[[..........(((((.(((((.(((..(((((((...(((....))).(((.((.((((((..(((((((...(((((....))))).))))))).)))))).....((((((((.......))))))))...)).))).............................))))))).))))))))..((((............((((((((............(((......))).....(((((((........)))))))...))))))))...........))))..)))))..........))))))))))))...(((.(((((((.(((((....................................((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((.....(((((....((((((((.......((........))......((..(((((((..((....)).((...((((((.....(((.(((....(((.....))).......((...(((.....)))..))........))))))....))))))))....)))))))..)).))))))))......((((..((.((((.........((((((((....)))))))).........)))).))..)).))......))))).((((((.....))))))..))))))........)))))).......((((((..((((........((.(((.....))).))........))))..))))))..))))).....)))))))))))).)))..]]]]]]]]]]......
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((((..((((((......)))))).........(((...((.....((((....)))).....))...))).....)))))).)))))..(((((((((((..........(((((.((((((.((..(((((((...(((....))).(((.((.((((((..(((((((...(((((....))))).))))))).)))))).....((((((((.......))))))))...)).))).............................))))))).))))))))..((((............((((((((............(((......))).....(((((((........)))))))...))))))))...........))))..)))))..(((((......))))).......(((.((((((((.((((....................................((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((.....(((((..(.((((((((.......((........))......((..(((((((.(((((.....((((.......((........))....((((((...(....)...((...(((.....)))..))........))))))...)))).)))))...)))))))..)).)))))))).)....((((..((.((((....(....((((((((....))))))))....)....)))).))..).)))......))))).((((((.....))))))..))))))........)))))).......((((((..((((........((.(((.....))).))........))))..))))))..))))).....)))))))))))).)))..))))))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......))...((((((((((.((((........))))(((((........)))))(((((..))))))))).).(((((...(((...)))...)))))).))))(((((((((((((.(((((((((((((.(((((((.((.((((((((((((((((..))).........(((((....(((((.(..(((((..)))))).)))))...)))))...(((((.((((.............)))))).)))....((.(((((......)))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))(((.((((((((...(((((((..(((..(..))).)..)))))((((((..)))..)))..).).)))))))).)))..((((..(.((((.((..))))).))..))))((((..))))(((.((((((((.....((..((((.((..)).))).)..))(((((.((((.(((.(((.(((....))).(..).......))).)))))))((((((((....((((..))))(((((.(((........(((((((...)))))))..((((((((((((((...(((((((.(...(.((...(((((((...(((((..(.((..)).)..)))).)...).))))).)....).))..))))))).)....))))).).))))))))).)).).))))........((((((((.((((..(((((((((((((......)))))))))))))..)))).(..).....((((((((..))).)))).)))))))))....))))))))((...........))....((((((((((((.(((((.(((.............))).))))).))))))))))))))))).....((..)))))))))).)))..)))))))))).)))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((...(....)..))..(((((((.....)))))))........................................................................(((((((((...........((....(((((.((..(((((((...(((....))).(((.((.((((((..(((((((...(((((....))))).))))))).)))))).....((((((((.......))))))))...)).))).............................))))))).)))))))...................((((((((............(((......))).....(((((((........)))))))...))))))))...................))...............................((((((..(((.....................................((((......(((....)))....))))....((((...((..(((((......(((((....((((((((.......((........))..........(((((((..((....))......((((((.....(((.(((....(((.....))).......((...(((.....)))..))........))))))....))))))......))))))).....))))))))............((.((((....(....((((((((....))))))))....)....)))).)).............))))).(((((.......)))))...)))))..........)).........((((((..((((.................................))))..))))))...))))......))).)))))).......))))))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((((..((((((......)))))).........(((...((.....((((....)))).....))...))).....)))))).)))))..(((((((((((..........(((((.((((((.((..(((((((...(((....))).(((.((.((((((..(((((((...(((((....))))).))))))).)))))).....((((((((.......))))))))...)).))).............................))))))).))))))))..((((............((((((((............(((......))).....(((((((........)))))))...))))))))...........))))..)))))..(((((......))))).......(((.((((((((.((((.......(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....(((((((((((((((((....(((((.....((((..((.......((........))......((..(((((((..((....)).((...((((((.....(((.(((....(((.....))).......((...(((.....)))..))........))))))....))))))))....)))))))..)).))..))))............................((((((((....))))))))....)))))..........................((((((.....))))))..))))))........)))))).......((((((..((((........((.(((.....))).))........))))..))))))..))))).....)))))))))))).)))..))))))))))).....