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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00447



RNA: CRW_00447
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((......(((((....(((.............)))....))).)).(((..(.(((..((.....)).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))....((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).)))))))))).....(((((.....((((...(((...........((((((((..((((((((..(((......)))...))))))))..))......(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[[.....))..]]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((.....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((...)))))....(...((((((((.......))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((........................................))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((((((((...((((.....(((.(((((((.............(((.(((((.(((....)))))))).)))..((((.(((.((((....))))))))).))..(((.(((.((((((.(((.....))))))..))).)))..)))..((...((((....)))).)).))))))).)))....))))....(((....))).))))))))).......(((((((((((((.......))))))))...(((.((....(((((...........)))))....((((...(((.((((((((..(((((....................(((.((((((........)))))).)))...((((..........((((..((((((...))))))..))))...((((((........((((.........)))).....)))))).....)))).))))).)).)))))).).))...))))..............)).))).............(((..((((((((((((......((....)).(((((((.....((((........))))....(((.(((((((((((...((((.(((.(((..((((.((.....(((((....)))).).....))...))))..)))....(((.(((.....))))))..)))))))))))..))))))).)))(((((((((.....((((((((((............(((((((.(....)))))))).((((.....))))....)))))).)))).....))))).)))).)))))))..))))))........)))))).)))..(((((((........................................))))))).....))))).....((((((((((....)))))))))).....)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....))).((((.((((((((((((((((((.............((((.((((.((((......((((((...(((.((((....)))))))...)))).)).(((....(((((((((.....((((((.......(((((..((((.((((....))))))..))))))).......)))))).........(((((.....(((..((((..(((((((((((((.......)))))))).(((..((((...((((......))))..))))....))))))))....((((((....(((((.((.....((((.......)))).((((((........))))))..))...((((..........((((..((((((...))))))..))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).....)))).)))))....))))))..))))...)))...)))))..)))))..((((.................)))).))))....)))))))((((((((((((((.....((((........))))....(((.(((((((((((...(((.((((....(((.....(((..((((((.................)))))).......(((....)))..)))...)))..)))))))))))..))))))).))).))))))))....))))))........)))))))).(((((((.......)))))))......))))).))))))))).)))).))))..)))))).(((.......(((((.(((((.........))))).....(((((((........((....................))........)))))))...))))).......((((((((((....)))))))))).)))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((................)))))..........(((.(((((...........))))).)))((((.(.(((.((((....))))))).).))))...........(((((((((.((((((((((.(......((((..((...((((....)))).)))))).........).))))))..........................((....)).((((((((.......)))))))).......(((...................))).......)))).)))))))))...............................(((.((((((........)))))).)))...((((.(((.......))))))).........((.........))((((((........((((.........)))).....))))))............(((.((.......)).))).......................................(((..((((((((((((...............(((((((.....((((........))))....(((.(((((((((((...(((.((((.................((((((.................))))))..............................)))))))))))..))))))).)))(((((((((.....((((((((((............(((((((.......)))))))..................)))))).)))).....))))).)))).)))))))..)))))........))))))).)))..(((((((........................................)))))))...............((((((((((....))))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((((...(((((((...(((.(((.(((....))).....(((...((((.(((((.((((((...................))))))....)))))..(((.....)))...)))).......((...)))))...((....)).....))))))..........((...(.(((....))).).)).((((............((((((((.......)))))))).....))))....)))))))...)))))))))).....((((...((..((((((((.(.((((.........((...((((..(((.((((((........)))))).)))....)))).))..(((((.....)))))...................((((((...((...((((.........))))...))))))))..........))))).)).))))).)..))...)))).(((......((((....))))....)))........(((((.((((((........((((((.((((((((.....((((........))))....(((.(((((((...........((.((((..((((((.((...((((((.(.............).))))))........(........)..)).).)))...))))))))....))))))).))).)))))))).).(((((((...)))))))..(....(((((((.......)))))))....).....)))))....................((((.........))))...))))))))).))....(..((.(..(((((((........................................)))))))...).))...)....((((((((((....))))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((..(((((................))))).)).......(((.(((((.(((....)))))))).)))((((.(.(((.((((....))))))).).)))).(((((((..((((((((((.((((((((((.(.....(((((..((..(((((....)))).)..))))))).....).))))))...(((....))).............(((())))(((((((((.......))))))))..)()((((((...((........))..)))))).....)))).))))))))))......))))))).................(((.((((((........)))))).))).((((((.(((.......)))))))))((...))((.........))((((((........((((.........)))).....))))))...........((((.((.......)).))))((((.............)))).................(((..((((((((((((...((.......)).(((((((.....((((........))))....(((.(((((((((((...(((.((((....(((..........((((((.(.............).))))))........((((.........)))))))..)))))))))))..))))))).)))(((((((((.....((((((((((.......(..(.(((((((.......))))))).)..).............)))))).)))).....))))).)))).)))))))..)))))........))))))).)))..(((((((........................................)))))))...............((((((((((....))))))))))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((...((((.........((((((((............(((.(((((.(((....)))))))).)))((((...(((.((((....)))))))...))))(((.(((.((((((.(((.....))))))..))).)))..))).......((((....))))...))))))))........))))....(((....))).)))))))))............((((((((.......)))))))).....((((((.......[[[.......))))))....]]]....(((.[[[[...))).....]]]]....((((.[[[[[.)))).((((((........)))))).]]]]]................(((..[[[[[)))..]]]]].........((((((.......[[[[[..(((........)))..))))))......]]]]]....................(((......)))........(((..[[[....)))..]]].......((((.[[[.....))))...]]].(((((((.....((((........))))........(((((((((((...((((.(((......((((.........((((....))))............))))(((...)))(((.(((.....))))))..)))))))))))..)))))))....(((((((((.....((((((((((............(((((((.......)))))))(((((.....)))))...)))))).)))).....))))).)))).)))))))....(((((.........))))).....(((((((........................................)))))))................(((((((((....))))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.(((((((((..((........))..)))))..........(((.(((((.(((....)))))))).)))((((((.(((.((((....))))))))).))))....(((.((((((.(((.....))))))..))).))).((((..((...((((....)))).))))))..))))))))))..(((((..((((.(((((.....(((.........((((((((((((.......)))))))).(((.((((((..((((......)))).))))))...))))))).((.(((((((.(((.(((.(((......))).)))....(((.((((((........)))))).))).((((((.(((.......)))))))))....)))))))))).))...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((.((.......)).))))).)))...)))))..((((....))))...........(((..((((((((((((...((.......)).(((((((.....((((........))))....(((.(((((((((((...((((.(((....(((.....(((..((((((.................))))))...................)))...)))..)))))))))))..))))))).)))(((((((((.....((((((((((........(((((.((((.(((.(((...))).))))))).))))).....)))))).)))).....))))).)))).)))))))..))))))........)))))).)))..(((((((........................................)))))))....))))...))))).((((((((....))))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................((((((.(((.((((....))))))))).))))...........(((((.........((((((........((((..((...((((....)))).))))))...........))))))...(((....)))..(((.................{{{{))).......)))))}}}}.................................................((((((.............................(((.((((((........)))))).)))...............................................((((((........((((.........)))).....))))))............[[[....))))))...]]].................(((....))).................((((((((((((...............(((((((.....((((........))))....(((.(((((((.(((...(((...((....<<...........((((((.................))))))..............................))>>))))))...))))))).))).((.(((((.....(((.((((((............(((((((.......)))))))..................))))))..))).....)))))..))..)))))))..))))))........))))))......(((((((........................................)))))))...............((((((((((....))))))))))......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((...((((((((((...(((((((........(((.(((((.(((....)))))))).)))((((((.(((.((((....))))))))).))))....(((.((((((.(((.....))))))..))).))).((((..((...((((....)))).))))))((((((...((..((((.....(((....)))....))))..))........((((((((.......)))))))).....))))))..)))))))...))))))))))............((.((((((.((((.((...((......))...))....(((.((((((........)))))).))).((((((.(((.......)))))))))....)))))))))).))...))((((.........(((.........)))......))))............(((((.((.......)).)))))..............((((....))))...........(((..((((((((((((...((.......)).(((((((.....((((........))))....(((.(((((((((((...((((.(((......((((.((......((((....)))).......))...)))).........(((............)))..)))))))))))..))))))).)))(((((((((.....(((((...))............(((((((.......)))))))........((((((....))))))..))).....)))))).))).)))))))..))))))........)))))).)))..(((((((........................................)))))))................(((((((((....))))))))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((....))).((((.((((((((((((((((((.............((((.((((.((..(((...((((((((.(((.((((....))))))))).)))).)).((((..((((((((((.((((((((((...(((..((((..((...((((....)))).)))))))))........))))))...(((....))).((((.((.....((....)).((((((((.......)))))))).))..))))....(((((...........))))).....)))).))))))))))..(((((...(((......)))....((((....((((((........)))))).(((.((.(((((........((((..((((((...))))))..))))...((((((.......((((((.(((.........((((......))))....(((.....))).........))).)).))))........((((....)))).............)))))).))))).)).)))...)))).)))))..........((((........))))......))))...)))..)).....(((((((.....(((.(((((.((((((.................)))))).....................((((.((....)).)))).)))))...))).....)))))))..................)))))))).(((((((.......)))))))......)))))).)))))))).)))).))))..))))))...........(((...{{{{{)))......}}}}}.....(((((((..((((........)))).............[[[......)))))))...]]].....((..((((((((((....))))))))))..))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((............((((((((((...(((((((........(((.(((((.(((....)))))))).)))((((((.(((.((((....))))))))).))))....(((.((((((.(((.....))))))..))).))).((((..((.(.((((....)))))))))))((((((.(.((..((((.....(((....)))....))))..))).......((((((((.......)))))))).....))))))..)))))))...))))))))))...............((((((.((((.(((.(((......))).)))....(((.(((((((.....).)))))).))).((((((.(((.......)))))))))....))))))))))......{{{{{{....))))((((..<<<....))))>>>..}}}}}}..........(((((.............)))))..((((((......((((....))))....)))....(((..((((((((((((...............(((((((...(.((((........)))))...(((.(((((((((((...((((.(((.((((.((((.........((((....))))............))))).)))....(((.(((.....))))))..)))))))))))..))))))).)))(((((((((.....(((.(((((.............((((((([[[....)))))))]]]................)))))..))).....)))))).))).)))))))..))))))........)))))).)))..(((((((.............((((.........))))..........)))))))............)))((((((((((....))))))))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..(((((..((........))..)))))..)))..((((...((((..((((((.(((.......((((((((.(((.((((....))))))))).)))).)).(((.((((((.(((.....))))))..))).)))..(((((((...........(((((..(((...........((((((....(((....))).((((.((.....((....)).((((((((.......)))))))).))..)))).........)))))).....................((.(((((((.(((.........................(((.((((((........)))))).))).((((((.(((.......)))))))))....)))))))))).))...)))..)))))....((((.........))))....))))))).....)))..))))))....))))..((((........(((......((((....))))....)))....(((..((((((((((((......((....)).(((((((.....((((........))))....(((.(((((((((((...((((.(((.(((..((((.((.....(((((....)))).).....))...))))..)))....(((.(((.....))))))..)))))))))))..))))))).)))(((((((((.....(((((((((((((..(.(..(.(((((((.(....)))))))).)..)..)..))).....)))))).)))).....))))).)))).)))))))..))))))........)))))).)))..(((((((........................................)))))))..))))....)))).((((((((((....))))))))))......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((..((((.(.(((((((((((((((((((..(..((..))........((((((.(......)(((..((((((.(((.((((....))))))))).))))(((((........)).)))..))).((((((........))..).))).((((((...))))))..))))))).(((.(.(((((..(((.(((((.((.(.((((.((..((((..)))))))))).)))))))).......................))))))))).)))...(((((((.((((...)))))))).))).)))..).))))))..)))))))))).))))(((((((((((.(((((((.(((.((((((.(((.((..))))))))))))).))))))))))))))))))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))........(((..))).).....)))))))).(((......)))(.((((((((((((.((((....))))(((.((((((((.((..))(((.((......(..).(((((((...((.(((..((.(((((((((...(....(((((((.(((.(((((....(...........).((((....))))((......)))))))))).))..(((((......).)))).).)))).(((((((.((.............)).)))))))..(((((...))))).).((((((((((((((...)..)))))))))))))))).)))))))..)..))))).)))))))(((((((..))).)))).).))))........))))))))))).(((((((((.(((((......))))).)....................))))))).)(((((((........)))).)))..).))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................((((..(((....))).))))....((((((.(((.((((....))))))))).))))....(((.((((((.(((.....))))))..))).)))............((((....))))...........................(((....)))......................((((((((.......))))))))......................................((((.......((((((....(((((....................((..((((((........))))))..))..................(((...((((.....))))...)))....((((((.(((.....)))..................))))))..........)))))....))))))........))))..........((((....))))................((((((((((((...............(((((((.....((((........))))....(((.(((((((.(((...(((..(((...................((((....)))).............................................))).))))))...))))))).)))...((((((.....(((.(((((((((....(....(((((((.(....))))))))....).....))).....))))))..))).....)))))).....)))))))..))))))........))))))......(((((((........................................)))))))...............((((((((((....))))))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..(((((..((........))..)))))..)))..((((...((((..((((((.(((.......((((((((.(((.((((....))))))))).)))).)).(((.((((((.(((.....))))))..))).)))..(((((((...........(((((..(((...........((((((....(((....))).((((.((.....((....)).((((((((.......)))))))).))..)))).........)))))).....................((.(((((((.(((.........................((..((((((........))))))..)).((((((.(((.......)))))))))....)))))))))).))...)))..)))))....((((.........))))....))))))).....)))..))))))....))))..((((........(((......((((....))))....)))....(((..((((((((((((......((....)).(((((((.....((((........))))....(((.(((((((((((...((((.(((....(((.....(((..((((((.................)))))).......(((....)))..)))...)))..)))))))))))..))))))).)))(((((((((.....((((((((((............(((((((.......))))))).((((.....))))....)))))).)))).....))))).)))).)))))))..))))))........)))))).)))..(((((((........................................)))))))..))))....)))).((((((((((....))))))))))......