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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00448



RNA: CRW_00448
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.......)))))))......(((((.((...(((((...(((...((((((...(((((((.......(((((...(((((.....)))))...))).))..(((((..((((.....))))(((((((((.....((((.....(((((.....(((.....((...(((....)))..)).......((..((.(((((.((((((...))))))..((((((((.......)))))))).....))))).))..))..)))..((((....))))..)))))..))))...((((((..((((.........))))...((((((((..(((......)))...))).((((((..............)))))).)))))...))))))..)))))..))))..)))))..)))))))..))))))....(((....))).))).....)))))..)).)))))..(((((((((((.(((...((..(((....)))))...)))....((((((((((((((((((.(((.......)))((((....((((.(((........)))))))..(((((((...((((((..(((.....((((((...((((..(((....(((....)))..(((((((.......)))))))..........)))))))...)))))).....)))..))))))...))))..((..(((((((((((............((((.(((..((...................))....))).)))).......)))))))))))..))..)))...)))).)))))))........)))))).......((((((......((((((...((................))...))))))))))))..))))).......)))(((((((((....)))))))))))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.......)))))))...............................(((((((..(((((((.........(((...(((((.....)))))...)))..................................(((.((((((((.....(((....)))..................)))))))).((((....)))).....(((((.....)))))..((((((((.......))))))))..........(((.(((((......))))).))).....)))......................................((.(((((.((((......))))..))))).))...........................................................))))))).)))))))...............................((((.................)))).....((((....))))................(((((((((((((.(((.......)))............((((........)))).........................(((((((.....((((((.............................................................................)))))).....)))))))....(((((((((.............((((.....................................))))........)))))))))..................))))))........))))))).......((((((...(((................................)))...))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.......)))))))((((((((..............(((.(((................(((......(((((....((((.....))))....))).)).(((....((((..........))))......))).........)))...((....)).....)))))).....(((((((...(((((....))))).)))))))............(((((........(((.....((....)).......)))..)))))..))))))))......(((......(((((...((((..........((((((.....(..(((((..(((......)))...)))))..)............((....)).))))))....))))....)))))...((((((....(...((((.........))))...).)))))).................................))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((.....((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..))....((((....))))..).).).)))...))))))))....))))))).....)))))))).)...((((......))))......(((.(.....((.............)).....).))).))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...(((((......(((((((..........................))))))))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.......)))))))...............................(((((((..(((((((.......(((((...(((((.....)))))...))).))......(.(((((.....)))...))...)(((((((((((((.....(((....)))..((....))........)))))))).((((....))))..(..((((((...)))))).)((((((((.......)))))))).((()))...(((.(((((......))))).)))....)))))....(((((...(((..............(.......((.(((((.((((......))))..))))).)))...............................)))....)))))...............))))))).)))))))..............................(((((.................)))))....((((....))))...........((((((((((((((((((.(((.......)))((((.....(((((((........)))).))).....................(((((((.((..((((((..(.((....((...........((((((.......)))))).....................))....))....).))))))..)).)))))))....((((((((((............((((..((.((.......................)).))..)))).......)))))))))).............)))).)))))))........)))))).......((((((.(.(((................................))).).))))))..))))).........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.......)))))))......(((((..(((......)))......(((((((..(((((((.........(((...(((((.....)))))...))).....(((((..((((.....))))((((....(((((((((((((.....(((....))).(((....))).......)))))))).((((....))))((((.((((((...))))))..((((((((.......)))))))).....)))).(((.(((((......))))).)))....)))))....(((((((((((.............(((((((.......(((.((((......))))..))))))))))....((((.............))))....))))))..)))))..))))..)))))..))))))).))))))).....((((......))))..............)))))..(((((((((((.(((......((((....))))....)))....((((((((((((((((((.(((.......)))((((.....(((((((........)))).)))(((.((((...((((((.((((.....((((((...((((..(((....(((....))).....((((((......))))))..........)))))))...)))))).....)))).))))))...))))(((((...((((......))))(((..................)))..........((((......)))))))))............)))..............)))).)))))))))............)))....((((((.......((((((......))))))....(((......)))...)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))))))))))
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.........)))))................................((((((.......((..........((....(((((..[[[)))))....))....]]]...........................((((.((..........((......)).................bbbbbb)).(((((....))))).BBBBBB...((((......((((((<<......<<<..))......>>>........>>..)))).......)))).....))))......(((................................(((((.((((......))))..)))))...........................................)))....{{{{{{.......))aaa...))))))AAA......}}}}}}..............................................((((....)))).................((((.(((((............................((((........))))...................................................................................................................................................................................................................(((((((.........)))))))............))))).........))))........((((((......((((((..........................)))))))))))).................(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((((((((........((.(((.(((((......))).))))).)).......(((.((.......(((((...(((((.....)))))...))).)).(((.(((((((.((.....))))))..))).)))..((........))....))))).(((....)))........((((....((((....))))..))))(((((...)))))...((((((((.......))))))))..(((.((..(((.(((((......))))).)))..)).))).....(((((..((((......................((.(((((.((((......))))..))))).))...........(......)............))))....)))))...)))))))).))))).(((..(((........)))..)))...................((((.................)))).....((((....))))...........(((..(((((((((((((..((...................(((((((........)))).)))...........((((((.((((.....((((((...((((...((....(((....))).....((((((......))))))..........)).))))...)))))).....)))).))))))...(((((........)))))........................................((((((......))))))....(((((((.........)))))))......))..))))))))........))))).......((((((.........(....................((......)))...))))))....)))..........(((((((((....)))))))))........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.......)))))))......(((((.((((...............(((((((..(((((((.......(((((...(((((.....)))))...))).))..(((((..((((.....))))((((....(((((.(((((((.....(((....))).(((....))).......)))))))..((((....))))((((.((((((...))))))..((((((((.......)))))))).....)))).(((.(((((......))))).)))....)))))....(((((...((((.....................((.(((((.((((......))))..))))).))............((....))...........))))....)))))..))))..)))))..))))))).))))))).....((((......))))........))))..)))))..((((((((.((.(((......((((....))))....)))....((((((((.(((((((((..((.........((((((((..(((((((........)))).)))...........((((((.((((.....((((((...((((..(((....(((....))).....((((((......))))))..........)))))))...)))))).....)))).))))))..))))))))...(((((((((((...........................((....))..((((((......)))))).........))))))))))).............))..))))))))))).................((((((.......((((((......))))))....(((......)))...)))))).)))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))))
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.......)))))))......(((((....................(((((((..(((((((.......(((((...(((((.....)))))...))).))..(((((..((((.....))))((((....(((((.((((((......((......)).(((....)))........))))))..((((....))))......((((.....))))...((((((((.......))))))))......................................)))))....(((((....((......................((.(((((.((((......))))..))))).))............((....))............)).....)))))..))))..)))))..))))))).)))))))......((........))...............)))))..((((((((.((.(((......((((....))))....)))....((((((((((((((((((..............(((..(...(((((((........)))).)))...........((((((.((((.....((((((...((((...((....(((....))).................................)).))))...)))))).....)))).))))))...)..))).....(((((((((......................................((((((......))))))..........)))))))))..................))))))))........))))).......((((((.............................(((......)))...))))))..))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.......)))))))......(((((.((...(((((.........(((((((..(((((((.......(((((...(((((.....)))))...))).))..(((((..((((.....))))((((....(((((.(((((((.....(((....))).(((....))).......)))))))..((((....))))((((.((((((...))))))..((((((((.......)))))))).....)))).(((.(((((......))))).)))....)))))....(((((...((((.....................((.(((((.((((......))))..))))).))............((....))...........))))....)))))..))))..)))))..))))))).))))))).....((((......))))....)))))..)).)))))..((((((((.((.(((......((((....))))....)))....((((((((.(((((((((..((.........((((..((..(((((((........)))).)))...........((((((..(((.....((((((...((((..(((....(((....))).....((((((......))))))..........)))))))...)))))).....)))..))))))..))..))))...(((((((((((...........................((....))..((((((......)))))).........))))))))))).............))..))))))))))).................((((((.......((((((......))))))....(((......)))...)))))).)))))).......)).(((((((((....)))))))))))))))))