|
|
|
AUAAAGGUUUGGUCCUAGCCUUUCUAUUAGUUGACAGUAAAUUUAUACAUGCAAGUAUCUGCCUCCCAGUGAAAUAUGCCCUCUAAAUCCUUACCGGAUUAAAAGGAGCCGGUAUCAAGCUCACCUAGAGUAGCUCAUGACGCCUUGCUAAACCACGCCCCCACGGGAUACAGCAGUAAUAAAAAUUUAGCAAUGAACGAAAGUUUGACUAAGUUAUACUAUAACUAGGGUUGGUAAAUUUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAAUUAAUAGUAAUACGGCGUAAAGCAUGAUUAGGGAAUAAUAUAAAUAAAGUUAAAUGUAAAUCAAAGCUGUAAAAAGCUCCUGAUUAACUUAAAAUAAAACACGAAAGUUACUUUACCACUCCUGAAUUCAUGAUAGCUAGGAUACAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCCUAGCCAUAAACUUAAAUAUUUCUCAACAAAAUUAUUCGCCAGAGAACUACAAGCAACAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUUAUAUCCAUCUAGAGGAGCCUGUUAUGUAAUCGAUAAACCCCGAUAUACCUCACCAUCACUUGCCAAUACAGCCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUUACAAGGAAUAAUAGUAAGCCAAAUUAUUACCAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAGCCAAUGUGAUGGCAAUAAAUGGGCUACAUUUUCUAUUUUAAGAACAUAUCCCUACGAAAACCCAAAUGAAACCAAGGCUAAAGGAGGAUUUAGUAGUAAAUUAAGAAUAGAGAGCUUAAUUGAAUAAGGCCAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAACUACUAGUAUUACUAAAAAUAUUUCACUACAUAAACGUACUAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGAUAAUU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((...<<<.))))).((((((((((.(((((((((...(((.(((..((....))......(((......(((((....((((.....))))....))).)).(((..(.(((..((.....)).))).....))))..((...))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).)))))).....((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).)))))))))).....(((((.....((((...(((...........((((((((...((((((((..(((......)))...))))))))..))......(.((....))))))))).....)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[[....))..]]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((...((..(((((((((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((((((..(((((((((....))).......)))))).....(((....)))...))))).)))...))))))))....)))))))..)).))))))))))...(((((....)))))..........(...((((((((.....))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((............................................))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(..((((.(((..(((............(((.(((((......))).)))))(((((((..(((((((.......(((((.(.(((((.....))))).).))).))..(((((..((((.....))))((((....(((((.(((((((.....(((....))).(((....))).......)))))))..((((....))))((((.((((((...))))))..((((((((.......)))))))).....)))).(((.(((((......))))).)))....)))))....(((((...((((.....................((.(((((.((((......))))..))))).))............((....))...........))))....)))))..))))..)))))..))))))).)))))))....))).))).))))..........................((((((.((.(((......((((....))))....)))....(((((((((.((((((((..((.........((((((((..(((((((........)))).)))...........((((((.((((.....((((((...((((..(((....(((....))).....((((((......))))))..........)))))))...)))))).....)))).))))))..))))))))...(((((((((((...........................((....))..((((((......)))))).........))))))))))).............))..))))))))))).................((((((.......((((((......))))))....(((......)))...)))))).)))))).......)).(((((((((....))))))))))))))))) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.......)))))))......(((((.((...(((((...(((...((((((...(((((((.......(((((...(((((.....)))))...))).))..(((((..((((.....))))(((((((((.....((((.....(((((.....(((.....((...(((....)))..)).......((..((.(((((.((((((...))))))..((((((((.......)))))))).....))))).))..))..)))..((((....))))..)))))..))))...((((((..((((.........))))...((((((((..(((......)))...))).((((((..............)))))).)))))...))))))..)))))..))))..)))))..)))))))..))))))....(((....))).))).....)))))..)).)))))..(((((((((((.(((...((..(((....)))))...)))....((((((((((((((((((.(((.......)))((((....((((.(((........)))))))..(((((((...((((((..(((.....((((((...((((..(((....(((....)))..(((((((.......)))))))..........)))))))...)))))).....)))..))))))...))))..((..(((((((((((............((((.(((..((...................))....))).)))).......)))))))))))..))..)))...)))).)))))))........)))))).......((((((......((((((...((................))...))))))))))))..))))).......)))(((((((((....))))))))))))))))) |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.......)))))))...............................(((((((..(((((((.........(((...(((((.....)))))...)))..................................(((.((((((((.....(((....)))..................)))))))).((((....)))).....(((((.....)))))..((((((((.......))))))))..........(((.(((((......))))).))).....)))......................................((.(((((.((((......))))..))))).))...........................................................))))))).)))))))...............................((((.................)))).....((((....))))................(((((((((((((.(((.......)))............((((........)))).........................(((((((.....((((((.............................................................................)))))).....)))))))....(((((((((.............((((.....................................))))........)))))))))..................))))))........))))))).......((((((...(((................................)))...))))))................((((((((((....))))))))))....... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.......)))))))((((((((..............(((.(((................(((......(((((....((((.....))))....))).)).(((....((((..........))))......))).........)))...((....)).....)))))).....(((((((...(((((....))))).)))))))............(((((........(((.....((....)).......)))..)))))..))))))))......(((......(((((...((((..........((((((.....(..(((((..(((......)))...)))))..)............((....)).))))))....))))....)))))...((((((....(...((((.........))))...).)))))).................................))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((.....((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..))....((((....))))..).).).)))...))))))))....))))))).....)))))))).)...((((......))))......(((.(.....((.............)).....).))).))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...(((((......(((((((..........................))))))))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))....... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.......)))))))...............................(((((((..(((((((.......(((((...(((((.....)))))...))).))......(.(((((.....)))...))...)(((((((((((((.....(((....)))..((....))........)))))))).((((....))))..(..((((((...)))))).)((((((((.......)))))))).((()))...(((.(((((......))))).)))....)))))....(((((...(((..............(.......((.(((((.((((......))))..))))).)))...............................)))....)))))...............))))))).)))))))..............................(((((.................)))))....((((....))))...........((((((((((((((((((.(((.......)))((((.....(((((((........)))).))).....................(((((((.((..((((((..(.((....((...........((((((.......)))))).....................))....))....).))))))..)).)))))))....((((((((((............((((..((.((.......................)).))..)))).......)))))))))).............)))).)))))))........)))))).......((((((.(.(((................................))).).))))))..))))).........((((((((((....))))))))))....... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.......)))))))......(((((..(((......)))......(((((((..(((((((.........(((...(((((.....)))))...))).....(((((..((((.....))))((((....(((((((((((((.....(((....))).(((....))).......)))))))).((((....))))((((.((((((...))))))..((((((((.......)))))))).....)))).(((.(((((......))))).)))....)))))....(((((((((((.............(((((((.......(((.((((......))))..))))))))))....((((.............))))....))))))..)))))..))))..)))))..))))))).))))))).....((((......))))..............)))))..(((((((((((.(((......((((....))))....)))....((((((((((((((((((.(((.......)))((((.....(((((((........)))).)))(((.((((...((((((.((((.....((((((...((((..(((....(((....))).....((((((......))))))..........)))))))...)))))).....)))).))))))...))))(((((...((((......))))(((..................)))..........((((......)))))))))............)))..............)))).)))))))))............)))....((((((.......((((((......))))))....(((......)))...)))))).)))))).......)))(((((((((....))))))))))))))))) |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((........((((((..((((.....((((......))))((((.((((.(((......(((((...(((((.....)))))...))).)).(((.(((((((.((.....))))))..))).)))..((........))...)))))))....)))).......(((((((...(((((....))))).))))))).)))).)))))).((((((((.......))))))))..(((.((..(((.(((((......))))).)))..)).))).....(((((((((((...........((((((.....((.(((((.((((......))))..))))).))............((....)).))))))....))))))..)))))...)))))))).))).(((((..(((........)))..))))).............((.(((((.................))))).)).((((....))))....((.....(((((((((.((((((((..((.(((((.(((...((((.((((.(((........)))))))............((((((.((((.....((((((...((((..(((....(((....))).((..((((((......))))))..))......)))))))...)))))).....)))).)))))).(((((((........)))))))....))))..)))))).))...................((((((......))))))....(((((((.........)))))))......))..))))))))))).................((((((......((((((..........................)))))))))))).))))))......)).((((((((((....))))))))))....... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.........)))))................................((((((.......((..........((....(((((..[[[)))))....))....]]]...........................((((.((..........((......)).................bbbbbb)).(((((....))))).BBBBBB...((((......((((((<<......<<<..))......>>>........>>..)))).......)))).....))))......(((................................(((((.((((......))))..)))))...........................................)))....{{{{{{.......))aaa...))))))AAA......}}}}}}..............................................((((....)))).................((((.(((((............................((((........))))...................................................................................................................................................................................................................(((((((.........)))))))............))))).........))))........((((((......((((((..........................)))))))))))).................(((((((((....)))))))))........ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((........((.(((.(((((......))).))))).)).......(((.((.......(((((...(((((.....)))))...))).)).(((.(((((((.((.....))))))..))).)))..((........))....))))).(((....)))........((((....((((....))))..))))(((((...)))))...((((((((.......))))))))..(((.((..(((.(((((......))))).)))..)).))).....(((((..((((......................((.(((((.((((......))))..))))).))...........(......)............))))....)))))...)))))))).))))).(((..(((........)))..)))...................((((.................)))).....((((....))))...........(((..(((((((((((((..((...................(((((((........)))).)))...........((((((.((((.....((((((...((((...((....(((....))).....((((((......))))))..........)).))))...)))))).....)))).))))))...(((((........)))))........................................((((((......))))))....(((((((.........)))))))......))..))))))))........))))).......((((((.........(....................((......)))...))))))....)))..........(((((((((....)))))))))........ |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.......)))))))......(((((.((((...............(((((((..(((((((.......(((((...(((((.....)))))...))).))..(((((..((((.....))))((((....(((((.(((((((.....(((....))).(((....))).......)))))))..((((....))))((((.((((((...))))))..((((((((.......)))))))).....)))).(((.(((((......))))).)))....)))))....(((((...((((.....................((.(((((.((((......))))..))))).))............((....))...........))))....)))))..))))..)))))..))))))).))))))).....((((......))))........))))..)))))..((((((((.((.(((......((((....))))....)))....((((((((.(((((((((..((.........((((((((..(((((((........)))).)))...........((((((.((((.....((((((...((((..(((....(((....))).....((((((......))))))..........)))))))...)))))).....)))).))))))..))))))))...(((((((((((...........................((....))..((((((......)))))).........))))))))))).............))..))))))))))).................((((((.......((((((......))))))....(((......)))...)))))).)))))).......)).(((((((((....))))))))))))))))) |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((<<<<<<<<<<<<<)))).......(((.(((((..[[[.))).))))).....(((.((((.(((......(((((...(((((.....)))))...))).)).(((.(((((((.((.....))))))..))).)))ccccccc..........)))))))ddd.)))DDD..]]]...CCCCCCC(((((....))))).....(((((...)))))...((((((((..aaaa.))))))))(.(((.....(((.(((((......))))).))).....))))....((((((((((.(........................(((((.((((......))))..)))))............(((..AAAA)))..........))))))..)))))...>>>>>>>>.>>>>>((((..(((........)))..)))).................(((((.....{{{{{{{{....)))))....((((....))))...........((((((((((((((((((.....(((((.............(((((((........)))).)))...........((((((.((((.....((((((...((((..(((....(((....))).....((((((......))))))..........)))))))...)))))).....)))).)))))).(((..........bbbbbb))).............))).))...................((((((......))))))....(((((((..BBBBBB.)))))))..........))))))))........))))).......((((((......(((....................(((......))))))))))))..)))))..........(((((((((....)))))))))}}}}}}}} |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.......)))))))......(((((.((((...............(((((((..(((((((.......(((((.(.(((((.....))))).).))).))..(((((..((((.....))))((((....(((((.(((((((.....(((....))).(((....))).......)))))))..((((....))))((((.((((((...))))))..((((((((.......)))))))).....)))).(((.(((((......))))).)))....)))))....(((((...((((.....................((.(((((.((((......))))..))))).))............((....))...........))))....)))))..))))..)))))..))))))).))))))).....((((......))))........))))..)))))..((((((((.((.(((......((((....))))....)))....(((((((((.((((((((..((.........((((((((..(((((((........)))).)))...........((((((.((((.....((((((...((((..(((....(((....))).....((((((......))))))..........)))))))...)))))).....)))).))))))..))))))))...(((((((((((...........................((....))..((((((......)))))).........))))))))))).............))..))))))))))).................((((((.......((((((......))))))....(((......)))...)))))).)))))).......)).(((((((((....))))))))))))))))) |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......).)))))).(((.(((..)).)(((..)))..(..)...((((((....((((((.(..(((.((((((((..((((.((..)..).))))..................))))))((((((((((((.(((((((((.(.(.(.(((..)))..((.......)).))).)))))))).)((((..))))..(((((........)))))((((((((((((((((((((.(..(..(((..(((.(((((((((((..)))))))))))))))))..((((...............)))).((...(((((((.(........)...................)))))))....)))).)))))))(...))))))))).))))))))))))).).))))))))..)))))))...)))))).(((.((((..(((................((((((.(..........).).))))))))(........)(((((.((....(..(((((.(.((((((....(((.......)))..(((.(((((((((...........))))))..((...)).(..)...)))))).((((.((.(.((.....................))).))))))(((..(.(.(((......))).))..)))...(..).((((((((...(.......)....))).))))).((((((((((((.((....)).(((((.(((.(((..(.............)..).)).))))))))....)))).))))))))(((((((..)))))).)(..)))))))((...........))....((((((.(.(((((.(((((....(((..)))...)).))).))))).).))))))))))))..)...)).))))))))).))).((((..))))..)))... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.......)))))))......(((((....................(((((((..(((((((.......(((((...(((((.....)))))...))).))..(((((..((((.....))))((((....(((((.((((((......((......)).(((....)))........))))))..((((....))))......((((.....))))...((((((((.......))))))))......................................)))))....(((((....((......................((.(((((.((((......))))..))))).))............((....))............)).....)))))..))))..)))))..))))))).)))))))......((........))...............)))))..((((((((.((.(((......((((....))))....)))....((((((((((((((((((..............(((..(...(((((((........)))).)))...........((((((.((((.....((((((...((((...((....(((....))).................................)).))))...)))))).....)))).))))))...)..))).....(((((((((......................................((((((......))))))..........)))))))))..................))))))))........))))).......((((((.............................(((......)))...))))))..))))).......)).(((((((((....))))))))))))))))) |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.......)))))))......(((((.((...(((((.........(((((((..(((((((.......(((((...(((((.....)))))...))).))..(((((..((((.....))))((((....(((((.(((((((.....(((....))).(((....))).......)))))))..((((....))))((((.((((((...))))))..((((((((.......)))))))).....)))).(((.(((((......))))).)))....)))))....(((((...((((.....................((.(((((.((((......))))..))))).))............((....))...........))))....)))))..))))..)))))..))))))).))))))).....((((......))))....)))))..)).)))))..((((((((.((.(((......((((....))))....)))....((((((((.(((((((((..((.........((((..((..(((((((........)))).)))...........((((((..(((.....((((((...((((..(((....(((....))).....((((((......))))))..........)))))))...)))))).....)))..))))))..))..))))...(((((((((((...........................((....))..((((((......)))))).........))))))))))).............))..))))))))))).................((((((.......((((((......))))))....(((......)))...)))))).)))))).......)).(((((((((....))))))))))))))))) |