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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00449



RNA: CRW_00449
Rfam family: -

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.......))))).........................................................((....((((.......))))....))...........(((...........))).......................(((....)))..................((((((....(((....))).....................(((((((.......((..((.((....)))).....)).)))))))............................((((......)))).....((((((...(((((....((((((((....)))))))).............)))))......)))))).))))))..............((((((........((((.........)))).....))))))..............(((.........)))...((....))........(((....))).................((((((((((((..(((....)))..............(((........)))......................................................((......))..........................................((((((((((((((............)))))))))))))).....................((((((......)))))).......................................................)))))))........))))).......((((((....((((..........................)))).....))))))................((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))..((((((.(((((((((((((.(((.(((..((....))......(((.......(((....(((.......)))....)))....(((....(((..((....)).)))......)))..........)))...((....)).....))))))..........((...(((((....))))).))))))).)))))))...(((((........(((.....((....)).......)))..))))).).))))))......((((.....(((((....................................((((((((....)))))))).........(..(((.((....)))))..).............)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))...........((.((((.......)))).)).)))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((.(((.((((((.((((((((((...((((........))))........(((((((...........((.((((..((((((.((...(((.(((((....))).......)).))).......(((.......))))).).)))...))))))))....))))))).)).)))))))).)...((((.....))))....(.....((((((......)))))).....).....))))).....((.((((.........)))).)).....)))...)))))))))).))....(..((.(...((((((.....(((..........................)))......))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).(.....((((......)))).........................)......((((((...((((.......))))...))).)))((.....(((...(....)..))).......))........((....(((....))).....)).........((((((((...((((....))))......((............((((((((......((((((.((....)))))...))))))))))).............))(........)..((((((....))))))...(((((((...(((((....((((((((....)))))))).............)))))......)))))))))))))))............((((((...((...((((.........))))...))))))))..............((((.......))))..(((....))).......(((....)))............(((..((((((((((((..((((())))).((((((((....((((........))))........((..((((((...................................(((....)))..))))))..))..........................((((((((((((((((((............))))))))))))))(.......).....((..((.((((((......)))))).))..)..........)....(((............))).)))))))).))))..)))))))........))))).)))...((((((....((((..........................)))).....))))))................((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((......)))))....))))))))))((((.[[[..))))..]]]......((((..[[[[[[...[[[[))))...]]]]...]]].]]].......(((...........)))..........((((.((((....(((....)))................((((((((..(((((....)))))...................((((((((......((((...(((.....)))..)))))))))))).............(((........)))((((((....))))))...((((((((.((((......((((((((....))))))))..)))).................))))))))))))))))............)))).)))).....((((.[[[[....))))(((....)))..]]]]...(((((((((....))).......(((....))).......(((....)))............))))))..(((.[[[[)))......]]]]....(((((((..((((........))))......................................(((((..........(((....)))..........(((.((((..((((....))))..)))).)))[[[[[[[[[[[[[[..))))).....]]]]]]]]]]]]]]......))))))).........((((.....[[[[[[.......))))..]]]]]]...............(((.[[[[[[.......((((...................)))).........)))..]]]]]].........(((((..........((((((.............))).)))........(((((((((....))))))))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((.(((((((.(((((((....)))))))....(((........)))...)))))))..((((((...((((.......))))...))).))).......(((((......)).)))..........((((.((((....(((....)))........(((.....((((((((..(((((....)))))...................(((((((......(((((((.((....)))))...))))))))))).............(((........)))((((((....))))))....(((((((..(((((....((((((((....)))))))).............))))).....))))))).))))))))...)))......)))).))))....)))))))))))).((....((((((((............(((.((((.......)))).))).....(((.......(((....))).....)))....(((..((((((((((((.(((..(((..((((.(.((((((.((((........))))...........((((..((...(((((.(((.((.((.((.((((........(((....))).((....)).(((.((((..((((....))))..)))).)))...(((((((((((............))))))))))).(((((...)))))...))))...((((((......)))))).....)).)))).)))))))).)).)))))))))))))))..)))....)))...))))))........)))))).)))...((((((....((((..........................)))).....)))))).)))).))))....))((((((((((....)))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................(((((...((((.......))))...))).))........(((...........))).......................(((....))).................(((((((...((((....))))....................((((((((......(((..........)))........)))))))).................................................................((((((((....))))))))................((....))...{{{{))))))).............((}}}}........((((.........)))).........))..............(((.........)))...................(((....))).................................(((.(((((((..........((((........))))........................(((..................))).....(((....)))..........................................((((((((((((((............)))))))))))))).....................((((((......))))))....................................((((((.(((....................................[[[[))).))))))..........................))))))).)))]]]]................((((((((((....)))))))))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.........))).....(((((....(...((.((...((.(((..(((.((((......))).)..))).......(((.......)))....(((.((((((....(((((......)).)))......)))).))))).......(((....))).....)))))................(((((....)))))....)).).)...).....(((((((......(((((((.((....)))))...)))))))))))..............((........)).((((((....))))))....(((((((..(((((....((((((((....)))))))).............))))).....)))))))((.((.((((......))))))))(((.........(((.........)))......)))...........((((((.((..............(((....))).......(((....))).........)).))))))(((.(((((((.(((..(((..((((...(((((..((((........))))............((...((...(((((.(((.((.((.((.((((........(((....))).((....)).(((.((((..((((....))))..)))).)))..((((((((((((............)))))))))))).((((...))))....))))...((((((......)))))).....)).)))).)))))))).))..))..))))).))))..)))....)))...))))))).........)))........((((((....((((..........................)))).....))))))......).))))....((((((((((....)))))))))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.[[[[[[)))))).(((((.(((((((((((..(((..((((...(((((.....((((((((...((((((...((((.......))))...))).)))....)).(((((......)).)))..........((((.((((....(((....)))........(((.....((((((((..(((((....)))))...(((((((..((.....((((((((.....(((((........))))).......))))))))...............(((.........((((((....))))))............((((......((((((((....))))))))..))))...)))......))..)))).))).))))))))...)))......)))).))))...))))))....))))).....))))..)))..))))..))))))).................(((....)))..........)))))............]]]]]]((((...........(((((.((((((((((((((...((((........)))).................((.(((((((.....((.((.((.((((..(((...(((....))).((....)).))).....................(((..((.((((((((((((((............))))))))))))))..)).....)))..))))...((((((......)))))).....)).)))).)))))))..))..)))))))...((((((.(((...(((..(((..((...........)).)))..)))...))).))))))..........................))))))).))))).{{{{.))))........((((((((((....))))))))))...}}}}
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((((((((.((((((..((((((((((((.(((.(((..((((((((......))).).))))..................(((((..((...((((....(((((......)).)))......))))..)))))))....(((....))).....))))))...............(((((....)))))...))))).)))))))...((((((((.....(((((........))))).......))))))))...)))))).......(((((......((((((....))))))...((((((((..(((((....((((((((....))))))))....(....)...))))).....))))))))...........)))))......)))))......)))))))))))).......((((((((((((.....(((((((.(((.............(((....))).......(((....)))........))).))))))).)).))......(((((.((((((((((((((...((((........)))).................((.(((((((.....((.((.((.((((..(((...(((....))).((....)).))).....................(((..((.((((((((((((((............))))))))))))))..)).....)))..))))...((((((......)))))).....)).)))).)))))))..))..)))))))...((((((.(((...(((..(((..((...........)).)))..)))...))).))))))..........................))))))).)))))...)))).))))......((((((((((....)))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((......).))))).(((((((((........))))).))).)...((((.(.............)))))((..)).(((((((((..))))...))))))(((((((((((((((..(((((.(((((.((...))..(((..(((.(((((..))).(((..........((((((((((((...........)))).)..)....((.(..........).))))))))))).((..(((((.(((((......)))))......(((..))).)))))..)))))))(((((...(((((....))))).))))).)))(((..)))))))....((..(((......)))..))((((......))))(((((((.(((...((..))....))))))))...((.(.((((.(((..))))))).).))...(...((((((((..)).)))))..)....))).((((....))))))))))....((.(((((...(((((...((((((((((((((((.((((((...)))).((((((((.(((..)))...(((((((((((((.((..((((((.(.(..(((.((.............))))).....((((..))))))))))))..))..(((...(((((...)))))..)))...).)))))))).).).).)((((..(((((((...)))))))..)))))))))))(((((((..((((.(...............)))))..)))))))((..))(((((((..))).)))))(......).).).)))))(..)....)))))).................))))..(((......)))).(((...........))).)))))....))))).))..(((...)))....((..))))))))))))..)))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((..(((((.(((....(((((...((((((((((...((.(((........................(((((....((.........))....))).))........(((((......)).))).......................(((....))).....)))))................(((((....)))))....)))).))))))....((((((((..............................))))))))...)))))...................((((((....))))))...((((((((..(((((....((((((((....)))))))).............))))).....))))))))........................))).......)))))..))...........................((((((.(((.............(((....))).......(((....)))........))).)))))).............(((((.(((((((..........((((........)))).................((.((((((...........................(((....)))...........................................(((((((((((((............)))))))))))))......................((((((......))))))..............))))))..))............((((((.(((...(((............................)))...))).))))))..........................))))))).)))))...................(((((((((....)))))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((........(((((((.(((((((....)))))))....(((........)))...)))))))......(((((..(((((...............(((((....((.....))...((((((((..((((((((.((((((....(((....))).....((.((((((((...((((...(((((....)))))................((((((..(((.....(((((...(((.....)))..)))))......................((((((......((((((....))))))......((((...(((((((..((((((((....)))))))).......((((....(((....)))(((((((.(((.(((......)))))))))))))......((((.........))))....)))).(((((....(((((((.(((.............(((....))).......(((....)))........))).))))))).((((...)))).......))).))..)))))))))))............))))))..)))..))))))..))))...))))).))).))........(((...(((....))).((....)).))).....................)))))).))))))))..((........))......))))))))....))))).................((((((......))))))....)))))..)))))...))))))...........((((((.(((...(((..(((..((...........)).)))..)))...))).)))))).........(((((..........((((((.((.......)).))).)))........(((((((((....))))))))))))))...