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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00450



RNA: CRW_00450
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((..((((((((((((....(((((((((((((((.((((((((.....((....((((((...(((((((...................))))..)))..((((........))))..))))))...))..))))).......(((....))).....)))))).......((((((...........)))))).)))))).))))))....((((((((.......)))))))).....(((((......))))).....)))))))).((((((.....(((((((.((((((..((((......((((............)))).........(((..((((.......))))))).....))))...(((...((((((........))))))...((((...))))..)))..........)))))).......))))).(((((((..........))))))).))..((((...................))))....(((..(((((((((((((..((((...)))).((((((((....((((........))))..((((.....((((((((((....(((...((((......(((((......((((.....))))..........((((.(((...((((.....(((.....)))...))))....))).))))..)))))....((((..(((((((.....)))))))..........))))..))))..)))..)))).....))))))..))..)).(((((((.........)))))))))).))))).)))))))........)))))).)))...((((((..((.....(((((((..((((....))))..))))))).....))..))))))....))))))...))))(((((((((....)))))))))))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((((((((.(((((((((((((((................................................................................................................(((....)))............................(((....)))....)))))).))))))...(((((((((.......))))))))..)..(((((......))))).))).)))))))))...........................................................................................................................((((((........((((.........)))).....))))))...........((((((..........))))))..........................................((((((((((.............................((((........))))..........................((((......................((((.....)))).............................))))..........................((((.(((((((.....)).))))).))))..........................................................(((((((.........))))))).............)))........))))))).(.....((((((..((.....(((((((..((((....))))..))))))).....))..))))))......).........((((((((((....)))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((...((((......((((((((.((((((((((((...(((.(((.....(((..(.((.(((((...............)))).).)).).....)))((((((....(((..(((....))).)))......)))).))...........((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).)))).))))))...(((((........(((.....((....)).......)))..)))))))).))))))))....(((.....((((((...(((..............((((............)))).......(.(((.................))).)..................)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........)))))))...............))....)))...........))))..((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........(((.(((...........((.((((..((((((.(.(.(((..(((((......)))......))..)))(................)).).).)))...))))))))....))).)))..)).)))))))).).((((((.....)))))).......(....((.((((......)))).))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).)..)))(..((.(...((((((..((......((((((................))))))......))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((((((((((.(((((((((((((((..(..((......(......((.((((...............))))...))........)(((((((..((((........))))...........)))).)))......(.(((....))).)...))....................((((....)))))..)))))).))))))...(((((((((.......))))))))..)..(((((......))))).))).)))))))))...)))...............((......................................................................................))(..........)((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((..........))))))).....((((......((....)).....)))).........(((((((((((((...(.......)..(((((.......((((........)))).............(((((((((....((((..(...................((((.....))))..........................)..)))).))))..)))))..............((((.(((((((.....)).))))).))))..................((..((........))..)).........((((.......(((((((.........)))))))))))))))).))))))........)))))))((.(...((((((..((.....(((((((..((((....))))..))))))).....))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((.....((((((((((((....(((((((((((((((.((((((((....(((....)))........((((..................))))...((((....((((((......))).)))......))))))))).......(((....))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))....((((((((.......)))))))).....(((((......))))).....)))))))))...)))....(((((((...(((.((((.........((((.(((....))).))))..............((((.......)))))))).....(((....)))....)))...))))....))).....)))))))(((..[[[...)))..]]].....................................(((((((((.((((...................))))....((((((((((((((((((..((((...)))).(((((.......((((........))))...............(((((((....((((.((((((.........(((...((((.....))))..........))).................(((.....)))..)))))).(((.(((..((((...(((((.....)))))....))))......(((......)))...((((......))))..))).))).)))))))))))..(((((((.........)))))))....))))).)))))))))............)))....((((((.........(((((((..((((....))))..))))))).........)))))).)))))).......)))(((((((((....)))))))))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.(....)))))).(((((((.(((((((((((((((.((.(((.....(((.((....((((........((((....((......))....))))(((((((....((((((......))).)))......))).))))......))))....)))))....)))))................(((((....)))))..)))))).))))))....((((((((.......)))))))).....(((((......))))).))).))))))).(((((((((...((((((.((((((((........((.((((.(((....))).)))).))..((((.(((.........................(((....)))..((((((........))))))..........((((.........)))).))))))).............(((((((..........))))))).((((((((......((....)).....))))........))))))))))))....((((...)))).((((((((....((((........)))).................(((((..((.(((((.(((.((.((((((......((((.....))))...........(((.(((...((((.....(((.....)))...))))....))).))).(((.(((((((.....)).))))).)))...................((.((((......)))).)).....))))))...)).)))........))))).)).))))).))).)))))......))))))....).)).)))).)).((((((..((.....(((((((..((((....))))..))))))).....))..))))))................((((((((((....)))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................((.....(((({{{{{((......<<<<.............<<<<<.......((...........bb)).......<<<<..<<<<<.<<<<<....<<<<<<.<<<.......................(((....)))...........................((((....))))....))......))))((..((((((((.......)))))))).....))(((......))).....>>>))>>>>>>...........................................................................................................................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((..........)))))))..((..........aa.......((..........))....))AA.>>>>>.>>>>>>>>>.......(((BB.......((((........)))).....>>>>>.....>>>>.......}}}}}.....................((((.....))))............................................................(((.((...((.....))[[[[)).)))...]]]]....................................................(((((((.........)))))))......)))......................((.....((((((..((.....(((((((..((((....))))..))))))).....))..))))))......)).........(((((((((....)))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((...(((..(((.((((((((.((.((((((((((((.((.(((..((......))...............(((......(......)......)))(((.(((....((((((......))).)))......)))..)))........(((....))).....)))))................(((((....)))))..)))))).))))))....((((((((.......)))))))).....(((((......)))))..)).))))))))..((((((....((((((.....(...........((.((((.(((....))).)))).))...................................(((....)))..((((((........))))))...(((.....)))....................................(((((..........)))))(((....))).......((....))(............)..........).(......((((...)))).((((((((....((((........))))......................................(........)....((((.....))))...........(.(.........((.....(((.....)))...))..........).).(((.(((((((.....)))).))).)))...................((.((((......)))).)).....................((((((.........)))))).))).))))).....)))))))......))).)))....((((((..((.....(((((((..((((....))))..))))))).....))..))))))..............))).((((((((....)))))))).)))..)))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((..(((((((((.((((((((((((((((((.(((.((((.....((....((((((...((((((....((......))....)))).))......((((........))))..))))))...))..))))........(((....))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))....((((((((.......)))))))).....(((((......))))).))).)))))))))...((.((..(((((((...(((...........((.((((.(((....))).)))).)).............................((....))............)))...))))....)))...))))...))))))))))))..((((((..(((((.....................................((..((((......((....)).....))))...(((..((((((((...((((..((....(((((............((((........))))............)))))........))..))))))))))))..))).))...((((.....)))).......))))).........((((.....(((.....)))...)))).........)))))).....((((((...(((((((.....)))))))......((...((.((((......)))).))....((..((((((((((((..(((....)))..))))..))))))))...))........))........))))))....((((((.........(((((((..((((....))))..))))))).....[[[[)))))).....]]]].......((((((((((....)))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((..((((((((((((.((((((((((((((((((.(((...........................((((..................))))(((((((....((((((......))).)))......))).))))........(((....))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))....((((((((.......)))))))).....(((((......))))).))).))))))))(((((((((...((((((....................((((.(((....))).)))).........(((..((((.......)))))))......(((....)))..((((((.(.....)))))))..(((((...)))).)(((........)))...................((((((..........)))))).............(((.............................)))..(((((..((((...)))).((((((((....((((........)))).........................((((.......................((((.....))))...........(((.......((((.....(((.....)))...))))........)))[[[[.[[[.[[[)))).]]]..]]].]]]].....................((((......))))........................((((((.........)))))).))).))))).)))))))))))....).))).))).)).((((((.........(((((((..((((....))))..))))))).........)))))).............))))(((((((((....)))))))))))))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((.(((..((((((((((((.((((((((((((((((((.(((.((((.....((....((((((...((((((..(.((......)).)..)))).))......((((........))))..))))))...))..))))........(((....))).....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))....((((((((.......)))))))).....(((((......))))).))).)))))))).((((((.....(((((((......(((((.........((((((((((.................(((((...................((....)).................((((((...((((((........((((.........)))).....))))))(((((.....(((((((..........))))))).....(((((((...((........(.....)...(((..((((((((...((((..((....(((((............((((........))))............)))))........))..))))))))))))..))).))...((((.....)))).....)))..))))....................)))))....))))))...)))))..((((.(((((((.....)).))))).))))..)))))))))).(....)....)))))..............((..((((((((((((..(((....)))..))))..))))))))...))....))))))).................((((((..((.....(((((((..((((....))))..))))))).....))..))))))....))))))...))))(((((((((....)))))))))))))))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.(((..))))))).((((((.((((.(..(((.(.....(.((........)).)..(((((((...............)))).).)))))))))))))))))((((((((((((.(.(((((..(.(.(...).(((((((((.(.(.(.(((..)))((.(....).))..))).))))).(..(((((..)))))).((((((....((((.(((((((((..((......))(((.(.(((.(((((......)))))))(((((.(..(.(((.((((((((.......)))))))).))).)).)))))((((...))))...)))))((((........))))...(((((..)))))(((.((..)))))..(..(((.((..(.(.(.((((((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))..))).).).)(((((((.(((..))).)))))))...)).(..))))..)..))))))))..).))))...))))))..((((((.....(((.....))).((((((((...((..((((((.((................(((((((((.(((((((((((((((((.(.((((.......(((......)))((..((..)))).....((((((..........)))))).)))).)))))))))))))(((((((((((..........)))))))))))..((..))....((..)).((...)).))))).))).)).)))))).))))))..))(((((((.(......)))))))).))))))))(..)))))))((...........))....((((((((...(...((((((((((((......))))))))))))..)....)))))))).)))).))..))))(((((..)))))..)).))))))))).)))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((..(((..((((((((((((.((.(((((((((((((((.(((.........................((((((..(.((......)).)..)))).))................................................................))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))....((((((((.......)))))))).....(((((......)))))..)).)))))))).((((((.....(((((((......................((((((...........................................((....)).................((((((...((((((..............................))))))(((.......(((((((..........))))))).....(((...........................(((..((((((((................((((............((((........))))............)))).................))))))))..)))......((((.....))))...........)))......................)))....))))))..........((((.(((.(((.....)))..))).))))....))))))...(....).......................((..((((((((((((..(((....)))..))))..))))))))...))....))))))).................((((((..((.....(((((((..((((....))))..))))))).....))..))))))....))))))...))))(((((((((....)))))))))))).))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.((((..((((((((((((.((((((((((((((((((.(((.....(((.((....((((........(((...........)))........((((((((....((((((......))).)))......))).))))).....))))....)))))....))))))...............(((((....)))))..)))))).))))))....((((((((.......)))))))).....(((((......))))).))).)))))))).((((((.....(((((((....................((((((((((.................(((((...................((....)).................((((((...((((((........((((.........)))).....))))))(((((.....(((((((..........))))))).....(((((((...((........(.....)...(((..((((((((...((((..((....(((((............((((........))))............)))))........))..))))))))))))..))).))...((((.....)))).....)))..))))....................)))))....))))))...)))))..((((.(((((((.....)).))))).))))..))))))))))......((.((((......)))).))....((..((((((((((((..(((....)))..))))..))))))))...))....))))))).................((((((..((.....(((((((..((((....))))..))))))).....))..))))))....))))))...))))(((((((((....)))))))))))))))))