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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00452



RNA: CRW_00452
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((...(((....)))..)))....((((..((((.((((..........(((((...((((((((....((((((((..(((.......)))..))).(((.((..(((((((.((....))))))..)))..))..)))..(((...(((....)))........(((((...(((((.((...((((....))))(((...)))..)))))))..((((((((.......))))))))......)))))...((((((....)))))).)))....)))))....(((((((.(((.((((.....))))...................((((((.........((.....)).........((....))...))))))...))).)))))))...............))))))))..))))).(((.((((((((.((.........(((((((..........))))))).....((((......(((....)))....))))....((((((((((((........((((((.(((.((((((((.....((((........))))....(((.((((.((.((((..(((............((........))....(((....))).......))))))).........(((((....((.....))....)))))......)).)))).))).))))))))...((((((......))))))))).........(((((((......)))))))...)))))).....((......(((....))).((((((...((........))..))))))))...))))))).......((((((..(((.....(((((...(((......)))...))))).....)))..))))))..))))).......)))))))))).))).)))).)))).)))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......)))))).......((((...((..((((..........(((((...((((((((......((((((..(((.......)))..)))).)).((.(((.((((.((....))))))....(((((....((((((...(((....)))....(((.(((((.....(((((((.........)))))))....))))))))......))))))........(((((.((....)).........((((((....)))))).)))))..)))))..((((((((..(((....((.....((((((((..((...(((..(((......)))...)))..)).((...........))....))))))))))...)))..)))))....)))..)))))..))))))))..))))).(((.((((((((..(((.......(((((((..........))))))).(((.((((..((..(((....)))))..))))....(((..(((((((.(((((..((((((((((.((((((((.....((((........))))....(((.((((((..((((..(((.((...................))....(((....))).......)))))))......................(((((.........))))).)).)))).))).))))))))...((((((......))))))))))........(((((((......)))))))...)))))).(((((.......))))).)))))((((((...((........))..)))))).....))))))).)))..............)))....((((((((..(((..(((((...........)))))..)))..))))).)))...))))))))))).))).))))..))..))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.........)))).(((.........(((((((((((.................................((((..(((.......)))..))))((((.......))))...................................(((....)))............................(((....)))....)))))).))))).....((((((((.......))))))))..............((((((....)))))))))..............(((((((.(((.((((.....))))........................................................................))).)))))))...((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((..........))))))).(((...........)))........................(((((((....................((((.........(((........))).........((((..............................................................................................................))))........)))).....(((((......))))).((((((......(((((((......)))))))..)))))).........................((((((.................)))))).....))))))).......((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))................((((((((((....)))))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))((((((((.....(((((((...(((.(((................(((.....((((((..(((.......)))..)))).)).(((....((((.........))))......))).........)))...((....)).....)))))).......(..((...(((((....))))).)).)))).)))).....(((((........(((.....((....)).......)))..)))))...)))))))).....(((.......((((...(((...........((((((..............(((......))).......................((....)).)))))).....)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((..........))))))).))).(((.......(((....))).....)))........(((((.(((((((...((..((((((.((((((((((...((((........))))........((((.((...........((.((((..((((((.(.(..((..(((((....))).......))..))........(........).).).).)))...))))))))....)).))))..)).)))))))).).((((((......))))))(((((.......(((((((......)))))))...)))))..))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((.(...((((((..(((......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.......))))))(((.........(((((((((((.........((....((((....))))....))((((..(((.......)))..))))((((.......)))).......((((((................((..(.(((....))).)...))..............))))))((((....))))...)))))).))))).....((((((((.......))))))))(((())))......((((((....)))))))))..............(((((((.(((.((((.....))))((.....))........((........))...........................................))).)))))))...((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((..........))))))).(((.(.......).)))...................(((..(((((((((((((...(.......).((((((((((...((((........))))))).(((.((((.((......................................................................................((...........))...)).)))).)))..)))))))...((((((......))))))((((((......(((((((......)))))))..))))))............(((((((.........)))))))..........))))))........))))))).)))...((((((..(((.....(((((..................))))).....)))..))))))................((((((((((....)))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.(((....))).)))).............(((....[[[...)))..]]].............................................((((.....(((((((....[[[[[))))..)))......))))............]]]]]....(((.[[[[[.........))).(((((....))))).....]]]]]........((((((((.......[[[[[.(((.....)))......)))))))).........]]]]]..((((((.[[[((((....)))))))))).....((((...)))).......]]]......................................(((....)))..............(((.[[[[[[))).....((((.........)))).....]]]]]]..........(((((((..........))))))).(((.[[[[......)))...........]]]]....((((((((((((........((((((((((.(((((((((((...(((........))))))......((((.....(((.....)))...((((((...((((..(((....(((....))).......(((.............)))........)))))))...)))))).........)))).....))))))))...((((((......))))))))))........(((((((......)))))))...)))))).((((....))))(((....))).((((((.(((......)))....)))))).....))))))).......((((((..(((.....(((((...(((......)))...))))).....)))..))))))..)))))..........(((((((((....)))))))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.(....))))))).......((((..((((.((((..........(((((.(.((((((((.....(((((((..(((.......)))..)))((((.(((.(((((((.((....))))))..))).)))..)))).......(((....))).(((.((.(((((.....(((((((.........)))))))....))))).........((((((((.......))))))))...)).))).....((((((....)))))).))))...((((((..((........))..)))))).....((((...)))).......(((......))).............................(((....)))....((((........))))..........)))))))).)))))).(((.((((((((.((....((...(((((((..........))))))).(((...........)))....(((((..........(((..(((((((((((((..((((...)))).((((((((......((........)).(((((......................)))))......((........))....(((....)))......(.(((((((...................((((((((...(((((.(((((.............))))).))))).((((......))))..((((((......(((((((......)))))))..))))))))))))))......(((....))).))))))).).))).))))).)))))))........)))))).)))...((((((..(((.....(((((...(((......)))...))))).....)))..)))))).))))).)).....)))))))))).))).)))).)))).))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.........))))...............(((.(((...........(((((...((((((((........((((...((.......))...))))..................................................(((....)))...........................((((....))))....................(((((((.........)))))))...............(((((....)))))..............................((((.....)))).................(((......))).......................((....))..........................[[[[[.......))))))))..))))).(((.(((((]]]]]..........(((((((..........))))))).(((...........)))........................((((((.........(((((......(((((((......((((........)))).....((.((((.........................................(((....)))...........................................................)))).))...)))))))...((((((......))))))............(((((((......)))))))....)))))............((((((......<<<)))))).................>>>......)))))).......((((((..(((.....(((((...(((......)))...))))).....)))..)))))).................{{))))).)))..))).)))}}......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((..(....).))))).......((((..((((.((((..........(((((.(.((((((((......((((((..(((.......)))..)))).)).(((.(((((((.((....))))))..))).))).......((....(((....)))....(((..((((.....(((((((.........)))))))....)))).)))......((((((((.......))))))))..............((((((....))))))..))....((((((..((........))..)))))).....((((...)))).......(((......))).............................((......))....((............))..........)))))))).)))))).(((.((((((((.((.........(((((((..........))))))).(((...........))).....(.............(((..(((((((((((((..((((...)))).((((((((....((((........))))................((((((...(((((((......(((.((((.......(((....))).............................................(.....)....)))))))......)))))))....(((((......))))).(((((.......(((((((......)))))))...)))))...))))))....((((((.........)))))).))).))))).)))))))........)))))).)))...((((((..(((.....(((((...(((......)))...))))).....)))..))))))....).........)))))))))).))).)))).)))).))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((((....(((((((((...((((((((((((((.(((..((((..((((....))))..)))).......(((..............((((.((..(((((((.((....))))))..)))..))..)))).......(((....))).))).))))))...............(((((....)))))..)))))).)))))....((((((((.....(((((........))))).......))))))))..))))))))).....(((......(((((((.(((.............(((.....))).........((((((.........((.....)).........((....))...))))))...))).)))))))...)))...[[[[[[.))))))))))))...(((.(((((((.(((.........(((((((..........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....(((..(((((((........((((((.(((.((((((((.....((((........))))....(((.((((.((.((((..(((............((........))....(((....))).......))))))).........(((((....((.....))....)))))......)).)))).))).))))))))...((((((......))))))))).........(((((((......)))))))...)))))).....((......(((....))).((((((...((........))..))))))))...))))))).)))..............)))....((((((((..(((..(((((...........)))))..)))..))))).)))....)))))))))).))).........]]]]]]..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.((....)))))))....((.((((..((((.((((..........(((((.(.((((((((......((((((..(((.......)))..)))).)).(((.(((((((.((....))))))..))).))).......(((...(((....)))....((((.((((.....(((((((.........)))))))....))))))))......((((((((.......)))))))).....{{{......((((((....)))))).)))....((((((....[[[[[[......)))))).....((((...))))...(((.(((......)))..)))........................(((....))).}}}((((]]]]]]..))))..........)))))))).)))))).(((.((((((((.((.(.......(((((((..........))))))).(((.<<<<......)))...........>>>>....(((..(((((((((((((..((((...)))).((((((((....((((........))))....(((........aaaaaaa...aaaaaaa......(((.(((((......(((....)))...........................................((((...)))).)))))))).)))..AAAAAAA...((((((......))))))((((((......((((((((...).)))))))..))))))...AAAAAAA..(((((((.........)))))))))).))))).)))))))........)))))).)))...((((((..(((((...(((((...(((......)))...)))))..)).)))..)))))).............))))))))))).))).)))).)))).))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((...(((....)))..)))....((((..((((.((((..........(((((...((((((((......((((((..(((.......)))..)))).)).((.(((.((((.((....))))))....(((((.(((.(((((...(((....)))....((((.((((.....(((((((.........)))))))....))))))))......))))))))......(((((.(((.....)))......((((((....)))))).)))))..)))))....(((((((.(((.............(((.....))).........((((((.........((.....)).........((....))...))))))...))).)))))))........)))))..))))))))..))))).(((.((((((((.((.........(((((((..........))))))).(((.((((......(((....)))....))))....(((..(((((((........((((((.(((.((((((((.....((((........))))....(((.((((.((.((((..(((............((........))....(((....))).......))))))).........(((((....((.....))....)))))......)).)))).))).))))))))...((((((......))))))))).........(((((((......)))))))...)))))).....((......(((....))).((((((...((........))..))))))))...))))))).)))..............)))....((((((((..(((..(((((.(.......).)))))..)))..))))).)))....)))))))))).))).)))).)))).))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.(((..))))))))((.(((((..((((((((.((..(((.((((((..((((..((((.(((((..((.(((((.((.(......)))).)))).(((((...((((((((.............))).).))))).))))..))..))))))))).......((((((....(((((((((...((((.((((.((((...(.(((((..)).((((((.((.((((((((((((..(((.(..(.((((((((((....)))))))))))).))).((((.(.((((((((((.(((.......))))))))))))))..))))))))..((........))..)))))))).)).......(((..)))...))))))....)..)).).)))(((((...((.(.((((.(((..))))))).).)))))))..)(((......)))((((..))).).))))..))))....(..)((...))..))))))))).)))))))))))))).)))))........(((.....))))).)))))(((((((.(((......((..))..(((((..(.(.((((..(((.(........).)))...(((((((..)..)).).))).).))))))))))....))))))))))..).).)..))))).((((((((..((.((........)).((((((...)))))).((((((....((..((((((..(...(((((((......)))))))).))))))..))........(((((((.(......)))))))).))))))..(..))))))).).((((((.(.(.(((..((((((.........((((((((((((..))))..))..))))).)(((..)))))))))(((.(((.((((..))))))).)))))))))))))).))).).).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..((....)).)).........((((..((((.((((..........(((((.(.((((((((......((((((..(((.......)))..)))).))(((.(((......................(((((..((.(((((...(((....))).....((..(((...............((((....)))).......))).)).......))))))).......(((((..(.......).......((((((....)))))).)))))..)))))....(((((((.(((.............(((.....)))..........................................((....))............))).)))))))........)))))).)))))))).)))))).(((.((((((((............(((((((..........))))))).(((...........))).....((((..........(((..((((((.........((((((.(((.(((((.(......((((........))))........((((.((......................((........))....(((....)))........................................................)).))))......).)))))....(((((......))))).))).........(((((((......)))))))...))))))...........................................................)))))).)))...((((((..(((.....(((((...(((......)))...))))).....)))..)))))).))))...........)))))))).))).)))).)))).))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.(....))))))).......((((..((((.((((..........(((((...((((((((......((((((..(((.......)))..)))).)).((.(((.((((.................(((((.((....(((......((.(((.....((((.((((.....(((((((.........)))))))....))))))))......((((((((.......)))))))).))).)).......((((((....)))))).))).)).)))))....(((((((.(((..((((.......(((.....))).......(((......)))))))...................((....))............))).)))))))..))))..)))))..))))))))..))))).(((.((((((((.((.........(((((((..........))))))).(((...........))).(..(((((..........(((..(((((((........((((((.(((.((((..((.....((((........))))....(((.((((.((.((((..(((............((........))....(((....))).......)))))))......................(((((.........))))).)).)))).))).))..))))...((((((......))))))))).........(((((((......)))))))...))))))........................((((((...((........))..)))))).....))))))).)))...((((((..(((.....(((((...(((......)))...))))).....)))..)))))).)))))..).....)))))))))).))).)))).)))).))))..